[주    문]

1. 강남세무서장이 93.6.16 청구인에게 경정고지한 90년 귀속 종합소득세 40,654,420원 및 동 방위세 8,130,880원의 부과처분은 부동산매매업에 대한 총수입금액을 933,060,655원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이    유]

1. 원처분 개요

청구인은 서울특별시 중구 OO동 OOOOOO외 2필지 대지 199평 및 위 지상건물 543평(청구인 지분 ½, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 90.5.19 20억원(청구인 지분: 10억원)에 양도하였다.

처분청은 청구인을 부동산매매업자로 판정하고 91.9.16 90년 제1기 부가가치세 160,654,420원과 90년 귀속 종합소득세 134,692,110원 및 동 방위세 26,938,420원을 결정고지 하였으나, 부동산매매업자의 경우 종합소득세 기본세율과 양도소득세율을 적용하여 계산한 금액중 많은 금액을 종합소득세 산출세액으로 하여야 하는 소득세법 제82조의 규정에 따라 세액계산을 다시 한 후 93.6.16 90년 귀속 종합소득세 40,654,420원 및 동 방위세 8,130,880원을 증액경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.8.6 심사청구를 거쳐 93.11.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

1) 국세청장은 이 건 심사청구에서 심사청구기간의 경과로 각하하였으나, 93.6.16 과세처분의 증액결정이 있었고 93.8.6 심사청구하였는 바, 이러한 경우 확정된 선행과세처분의 위법에 대하여도 다툴 수 있으므로 증액 경정한 날부터 기산하여 불복청구기간의 경과여부를 계산하여야 한다.

2) 쟁점부동산의 양도는 포괄양도로서 부가가치세 과세대상이 아니다.

3) 청구인이 양도한 쟁점부동산의 매매가액 10억원에는 부가가치세 66,939,345원이 포함되어 있으므로 부동산매매업에 대한 종합소득세 과세시 그 총수입금액은 소득세법 제30조 제9항에 규정한 바에 의하여 부가가치세를 공제하고 계산하여야 한다.

나. 국세청장 의견

국세청장은 청구인이 부동산매매업에 따른 총수입금액의 결정을 안 날은 91.9.16로 보아야 하며 이 날로부터 60일 이내에 심사청구를 하여야 함에도 이를 경과한 93.8.6 심사청구를 하였으므로 기간이 경과한 부적합한 청구라 하여 이 건 각하하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 본안심리 대상인지 여부와

(2) 쟁점부동산의 양도가 포괄양도로서 부가가치세 과세대상인지 여부와

(3) 부동산매매업자에 대한 총수입금액 계산시 매매가액에서 부가가치세 상당액을 공제하여야 할 것인지 여부에 다툼이 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여

처분청이 청구인에게 부동산매매업자로 과세한 당초처분일은 91.9.16이었으며, 부동산매매업자의 경우 기본세율과 양도소득세율을 적용하여 산출세액이 많은 금액을 종합소득 산출세액으로 하게되어 있는 바, 세율적용의 착오로 93.6.16 증액경정고지 하였으며, 청구인은 93.6.16을 처분을 안 날로 보아 이때부터 기산하여 60일 이내인 93.8.6 심사청구를 하였는 바, 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 경정하는 처분을 한 경우에 그것이 증액경정인 때에는 처음의 과세처분은 뒤의 경정처분의 일부로 흡수되어 그 독립된 존재가치가 상실, 소멸되는 것으로 보아야 하므로 처음의 과세처분이 불복기간의 경과나 전심절차의 종결로 이미 확정된 뒤에 증액경정처분을 한 경우에도 당사자는 경정처분에 대한 소송절차에서 이미 확정된 처음의 과세처분에 의하여 결정된 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법여부를 다툴 수 있다 할 것이다.(대법원 85누599, 87.12.22 및 국심 89서664, 89.7.31 합동회의 참조)

그렇다면 청구인에 대한 93.6.16 증액경정처분은 그 과세표준과 세액을 다시 결정한 것임이 이 건 종합소득세 결정결의서에 의하여 확인되는 바, 당초결정의 효력은 경정처분으로 인하여 소멸된다 할 것이므로 이 건 경정처분시점부터 기산하여 청구기간을 계산하는 것이 타당하므로 이 건 심사청구는 기간을 경과하지 아니한 적법한 것이라 할 것이고 따라서 이 건 심판청구도 적법한 청구로서 본안심리대상이라고 판단된다.

다. 쟁점(2)에 대하여

청구인은 이 건 부동산 양도에 대하여 부동산매매업이라고 판정한 선행처분에 대하여 다툼이 없으며 부동산매매업자의 경우 부동산임대업으로서 포괄양도하였다는 청구주장은 이유가 없다고 판단된다.(국심 92서1292, 93.6.4 동지).

라. 쟁점(3)에 대하여

먼저 관련규정을 보면 소득세법 제30조 제9항에 『부가가치세의 매출세액은 당해년도의 소득금액의 계산에 있어서 이를 총수입금액에 산입하지 아니한다.』고 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다』고 규정하고 있다.

청구인은 쟁점부동산을 10억원에 양도하였는데, 매매계약서에 의하면 부가가치세를 별도로 표시하지 아니한 사실이 확인되고 위 매매가액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 불분명하므로 쟁점부동산중 건물분의 부가가치세 과세표준은 위 규정에 따라 다음 산식에 의하여 계산하여야 하고,

<산식>

이 산식에 의해 계산한 669,393,452원이 건물분 부가가치세 과세표준이 되며, 그 부가가치세는 66,939,345원이 된다.

따라서 이 건 부동산매매에 따른 총수입금액은 양도가액 10억원에서 부가가치세 66,939,345원을 공제한 933,060,655원으로 보아야 함이 타당하다고 판단된다(국심 91서116, 91.4.16도 같은 뜻임).

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.