[주    문]

OOO세무서장이 2009.11.3. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합소득세 135,385,260원의 부과처분은 청구인에 대한 상여 처분액을 「법인세법 시행규칙」 제54조에 의하여 재직기간의 일수에 따라 재계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가. 청구인은 2006.1.1.부터 2006.6.2.까지 주식회사 OOO의 법인등기부상 단독 대표이사로서 재직하고 2006.6.2.부터 2006.11.8.까지는 김OOO과 공동대표이사로 재직하였다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO에 대하여 2004～2006사업연도에 대한 세무조사를 실시하여 2006사업년도 가공매입금액 332,377,061원(이하 “쟁점가공매입액”이라 한다)에 대하여 OOO에게 법인세와 부가가치세를 과세하는 한편, 법인소득금액 계산상 익금산입한 쟁점가공매입액 중 299,139,355원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대표이사인 청구인에게 상여로 소득처분(쟁점가공매입액 중 나머지 33,237,706원은 김OOO에게 상여처분)하고, 이에 대한 소득금액변동통지를 OOO에게 하였으나, OOO가 이에 대한 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 아니하고 폐업하자, 2007.7.3.자로 청구인에게 다시 소득금액변동통지를 하였고 청구인 또한 이에 대한 종합소득세를 신고·납부하지 아니하자, 처분청은 2009.11.3. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 135,385,260원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.21. 이의신청을 거쳐 2010.9.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

  청구인이 2006.1.1.부터 2006.11.8.(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)까지 법인 등기부상 OOO의 대표이사로 재직하였으나, 쟁점과세기간동안 OOO의 실지대표자는 제출된 입증자료에 의하여 확인되는 이OOO으로, 이OOO은 2006.1.1.부터 2006.5.11.까지 OOO의 지분 40%를 실제로 소유한 최대주주로서 OOO의 경영을 사실상 지배한 임원이었고, 김OOO은 2006.5.12.부터 2006.12.31.까지 OOO의 지분 42.42%를 실제로 소유한 최대주주로서 OOO의 경영을 사실상 지배한 임원이었으므로 쟁점과세기간동안 OOO의 실지대표자는 청구인이 아닌 이OOO으로 보아야 하고, 이OOO을 실지대표자로 보지 않는다 하더라도 최소한 김OOO이 청구인과 더불어 공동대표이사로 취임한 2006.6.2.부터는 김OOO을 OOO의 실지대표자로 보아야 하며, OOO의 법인 등기부에 기재된 바와 같이 쟁점과세기간동안 청구인을 대표자로 보더라도 같은 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우, 익금에 산입한 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분계산하여 이를 대표자 각인에게 상여처분하도록 「법인세법 시행규칙」제54조에서 규정하고 있으므로 청구인에게 안분되어야 하는 금액은 쟁점가공매입액 중 청구인의 재직기간에 상당하는 금액이어야 할 것이나 처분청에서 계산한 299,139,355원을 이를 초과하는 금액으로 잘못된 처분이다.

 나. 처분청 의견

  OOO가 국세청에 신고한 주식변동상황명세서상에는 이OOO은 발행주식총수의 100분의 30이상을 소유하지 않은 것으로 확인되며, 청구인이 OOO에 대한 조사당시 조사청에 출석하여 진술한 전말서에 의하면 청구인의 모든 책임하에 영업, 생산, 자금관리, 세금계산서 수취, 발행이 이루어졌다고 진술한 바 있으며, 청구인이 OOO의 실지대표자가 아니라는 사실이 객관적인 증빙이나 법원의 판결에 의하여 입증되는 경우 등에 해당하지 아니하므로 법인 등기부상의 대표자인 청구인을 OOO의 대표자로 보아 종합소득세를 과세한 당초 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

  OOO의 대표자가 누구인지 여부 및 청구인에게 상여처분된 금액이 적정한지 여부

 나. 관련법령

  (1) 법인세법 제67조 【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

  (2) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  (3) 법인세법시행규칙 제54조 【대표자 상여처분방법】영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우 대표자 각인에게 귀속된 것이 분명한 금액은 이를 대표자 각인에게 구분하여 처분하고 귀속이 분명하지 아니한 경우에는 재직기간의 일수에 따라 구분계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분한다.

  (4) 상법 제337조【기명주식의 이전의 대항요건】 ① 기명주식의 이전은 취득자의 성명과 주소를 주주명부에 기재하지 아니하면 회사에 대항하지 못한다.

② 회사는 정관이 정하는 바에 의하여 명의개서대리인을 둘 수 있다. 이 경우 명의개서대리인이 취득자의 성명과 주소를 주주명부의 복본에 기재한 때에는 제1항의 명의개서가 있는 것으로 본다.

  제352조【주주명부의 기재사항】 ① 기명주식을 발행한 때에는 주주명부에 다음의 사항을 기재하여야 한다.

1. 주주의 성명과 주소

2. 각 주주가 가진 주식의 종류와 그 수

2의2. 각 주주가 가진 주식의 주권을 발행한 때에는 그 주권의 번호

3. 각주식의 취득년월일

② 무기명식의 주권을 발행한 때에는 주주명부에 그 종류, 수, 번호와 발행년월일을 기재하여야 한다.

  제423조【주주가 되는 시기, 납입해태의 효과】① 신주의 인수인은 납입 또는 현물출자의 이행을 한 때에는 납입기일의 다음 날로부터 주주의 권리의무가 있다. 이 경우 제350조 제3항 후단의 규정을 준용한다. 

② 신주의 인수인이 납입기일에 납입 또는 현물출자의 이행을 하지 아니한 때에는 그 권리를 잃는다.

③ 제2항의 규정은 신주의 인수인에 대한 손해배상의 청구에 영향을 미치지 아니한다. 

③ 제1항 및 제2항의 경우에 전환주식을 발행한 때에는 제347조에 게기한 사항도 주주명부에 기재하여야 한다.

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 조사청이 제출한 조사관련 서류에 의하면, 쟁점가공매입액 332,377,061원은 2006사업연도 전체 가공매입액 1,350,414,088원에서 2006년 전체 가공매출액 1,018,037,027원을 차감한 순액으로 나타난다.

  (2) OOO의 「등기사항전부증명서」에 의하면, 2006사업년도 OOO의 법인 등기부상 대표이사 및 그 재직기간은 아래 <표1>과 같고, 발행주식총수 및 자본총액의 변동 현황은 아래 <표2>와 같으며 1주당 액면가액은 500원임이 나타난다.

OOO

  (4) 청구인이 명의상으로만 OOO의 대표이사일 뿐, 사실상 대표자는 이OOO이라는 주장을 하며 제출한 자료는 다음과 같다.

   (가) 2005.10.4. 이OOO, 청구인이 계약한 「투자계약서」에 의하면, OOO는 신주 26만주를 발행하고 이를 이OOO이 1억3천만원에 인수하며, 청구인 소유주식 74만주를 이OOO이 3억7천만원에 인수하는 것으로 나타나며, 이OOO에 대하여 회계 및 업무에 관한 특별감사권과 임원선임 요구권을 행사한다는 내용이 나타난다.

  (나) 위 투자계약서에 따라 2005.10.4. 청구인은 이OOO에게 주식 74만주를 매매하는 계약서를 작성한 사실이 「주식매매계약서」에 나타난다.

  (다) 2006.4.25. OOO, 청구인이  계약한 「투자계약서」에 의하면, OOO는 신주 140만주를 발행하고 이 중 OOO 주식회사가 92만주를 4억6천만원에 인수하며, OOO 주식회사는 OOO에 대하여 회계 및 업무에 관한 특별감사권과 임원선임 요구권을 행사한다는 내용이 나타난다.

  (라) 2006.4.25. 권OOO, 청구인이  계약한 「투자계약서」에 의하면, OOO는 신주 140만주를 발행하고 이 중 권OOO가 48만주를 2억4천만원에 인수하며, 권OOO는 OOO에 대하여 회계 및 업무에 관한 특별감사권과 임원선임 요구권을 행사한다는 내용이 나타난다.

  (마) 이OOO이 OOO와 청구인을 대상으로 청주지방법원에 제출한 신주발행 무효 등의「소장」에 의하면, OOO와 청구인은 위(가)의 투자계약에 따라 1백만주(지분율 40%)를 실질적으로 소유하고 있는 이OOO의 신주인수권을 보호하지 않고 자의적으로 이OOO을 배제하고 신주발행절차를 밟아 이OOO 인수를 저해함과 동시에 이OOO의 지분비율을 희석시키는 불법행위를 하였다고 2006.5.12. 발행한 보통주 80만주의 무효와 OOO에 대여한 3억5천만원 및 손해배상금 각 1억원을 지급하라는 청구주장이 나타난다.

  (바) 청구인이 주장하는 OOO의 실제주식소유현황은 아래 <표4>와 같다.

OOO

  (사) 청구인은 이OOO이 CEO로서 OOO의 자금집행에 관하여 최종결재를 하였다며 2006.3.10.～2006.3.31.기간 중 이OOO이 결재한 「회계전표」를 제출하였다.

  (아) 청구인은 청구인과 이OOO이 연서하여 서명한 2005.12.31.현재의 주식보유현황을 제출하였고, 그 내용은 이OOO은 실질적 대주주로서 청구인이 대주주로 신고됨으로써 향후 세무조사등으로 개인 소득세 등 세금문제가 발생될 경우 해당금액에 대하여 개인자격으로 변제할 것을 확약한다는 내용이 나타나며, 위 주식보유현황에 의하면 2005.12.31. 현재 청구인은 508,000주(지분율 26.74%)를 보유하고, (주)OOO 300,000주 합계 740,000주를 보유하고, 이OOO 260,000주, 이OOO 160,000주를 보유하는 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

  (가) 국세통합전산망상 OOO가 지급한 급여지급내역을 보면 2006.1.1.～2006.11.30. 기간동안 청구인에게 84,700천원을 지급하였고, 2006.10.1.～2006.12.31. 기간동안 김OOO에게 4,700천원을 지급하였으며, 이OOO은 급여지급내역이 없다.

  (나) OOO에 대한 법인세 조사시 청구인이 2007.6.8. 조사청 조사공무원에게 진술한 전말서 내용에 의하면 영업, 생산, 자금관리, 세금계산서 수취, 발행이 청구인의 책임하에 이루어졌다는 사실을 확인하였으며, 주요 매입처와 주요 매출처와의 거래 흐름과 그 과정을 상세하게 설명하면서 자료상 확정업체로부터 실물거래 없이 쟁점가공매입금액의 세금계산서를 수취한 사실을 인정하였고 실질적인 대표이사로서의 역할과 책임을 다하고 있음을 진술하며 전말서에 서명 날인한 사실이 나타난다.

  (다) 2006.12.22. OOO의 대표이사 김OOO의 전 대표이사 청구인, OOO의 대주주로서 회사운영에 지대한 영향력을 행사하고 있는 이OOO은 지금까지 회사운영에 대한 분쟁관계를 해소하고 회사의 발전을 위해 상호간 양해하에 다음 사항을 합의하고 각각 서명·날인한다는 내용의 「합의서」에는 총발행주식 3,300천주 중 이OOO 및 그의 지정인이 1,412천주(42.8%), 김OOO 및 그의 지정인이 1,412천주(42.8%)를 보유하기로 합의한 내용이 나타난다.

 (5) 이 건 대표자 상여처분액을 법인 등기부상 대표자로서의 재직기간 일수에 따라 재계산하면 아래 <표5>와 같이 계산된다.

OOO

  (6) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 법인세법상 대표자 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있어 상여처분의 대상이 되는 법인의 대표자는 제한적으로 엄격히 해석하여야 하는 점에 비추어 보면, 청구인은 쟁점과세기간에 84,700천원의 급여를 수령한 점, 법인 등기부상 단독 대표 또는 공동대표이사로 등재된 점, 2005.10.4. 이OOO과의 투자계약서 및 2006.10.25. 김OOO과의 투자계약서상 OOO의 대표이사로서 투자계약에 참여한 사실이 있는 점, OOO에 대한 법인세 조사시 청구인이 2007.6.8. 조사청 조사공무원에게 진술한 전말서 내용에 의하면 영업, 생산, 자금관리, 세금계산서 수취, 발행이 청구인의 책임하에 이루어졌다는 사실을 확인한 사실이 있는 점에 비추어 청구인은 OOO의 대표자로서의 역할과 책임을 다하고 있는 것으로 보이는 반면, 이OOO은 2006.12.28. 공동대표에 취임하기 전까지는 OOO의 임원으로 등재되거나 사실상 임원이라고 입증된 사실이 없어 이OOO의 지분을 30%이상 소유한 대주주로서 OOO의 경영을 사실상 지배한 자라고 하더라도 법인세법시행령 제106조 단서 괄호규정의 대표자 요건에 해당되지 아니하는 점이 있고, 김OOO 또한 2006.6.2. 공동대표에 취임하기 전까지는 OOO의 임원으로 등재된 사실이 없고 사실상 임원이라고 입증된 사실이 없는 점에 비추어, 쟁점과세기간동안 OOO의 실제 대표자는 청구인이 아닌 이OOO으로 보아야 한다거나, 가사 그렇지 않더라도 최소한 김OOO이 청구인과 더불어 공동대표이사로 취임한 2006.6.2.부터는 김OOO을 OOO의 실제 대표자로 보아야 한다는 청구주장은 그 이유가 부족하다 하겠다.

  다만, 이 건 사업연도 중에 대표자가 변경된 경우로서 사외유출된 금액이 전체 가공매입액에서 가공매출액을 차감한 순액으로 그 귀속일자 및 어느 대표자에게 귀속되었는지 분명하지 아니한 경우로 보이므로 「법인세법 시행규칙」 제54조에 의하여 재직기간의 일수에 따라 구분 계산하여 이를 대표자 각인에게 상여로 처분하면, 처분청의 안분계산에 일부 착오가 있어 보인다.

  따라서, 이 건 청구인에 대한 상여 처분액은 청구인이 2006사업년도 중에 법인 등기부상 단독 대표이사로 재직한 일수 153일과 공동 대표이사로 재직한 159일을 감안하여 재계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.