[청구번호]조심 2010중2483 (2011. 9. 6.)
[세     목]부가[결정유형]경정경정
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[제     목]ㅇㅇㅇ건립 및 운영사업을 부가가치세 과세대상인 부동산임대사업으로 보아 ㅇㅇㅇ 건립공사와 관련하여 수취한 세금계산서의 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부(경정)ㅇㅇㅇ건립 및 운영사업을 부가가치세 과세대상인 부동산임대사업으로 보아 ㅇㅇㅇ 건립공사와 관련하여 수취한 세금계산서의 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부(경정)
[결정요지]일반 학원처럼 운영하게 하면서 저소득층에 대한 수강료를 교육대상자를 대신하여 청구인이 지급하여 청구인의 공약사업을 이행하는 등 변형된 형태이기는 하나 부동산을 임대한 것으로 보이므로, 청구인이 쟁점매입세액을 공제해 달라며 경정청구한 것에 대하여 처분청이 이를 거부한 처분은 잘못임일반 학원처럼 운영하게 하면서 저소득층에 대한 수강료를 교육대상자를 대신하여 청구인이 지급하여 청구인의 공약사업을 이행하는 등 변형된 형태이기는 하나 부동산을 임대한 것으로 보이므로, 청구인이 쟁점매입세액을 공제해 달라며 경정청구한 것에 대하여 처분청이 이를 거부한 처분은 잘못임
[관련법령]부가가치세법 제7조【용역의 공급】부가가치세법 제7조【용역의 공급】
[참조결정]
[따른결정]조심2017부2490
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[주    문]

 

OOO세무서장이 2009.11.13. 청구인에게 한 2009년 제1기 확정 부가가치세 28,146,000원의 부과처분은, OOO 건립공사와 관련하여 주식회사 OOO로부터 수취한 공급가액 2,488,868,001원의 세금계산서 관련 매입세액 248,886,799원을 공제받을 수 있는 매입세액으로 하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

 

[이    유]

 

 

 1. 처분개요

 

  가. 청구인은 2008.4.2. OOO시민의 영어능력향상과 사교육비 절감 등을 목적으로 청구인 소유의 OOO 토지에 OOO 건립 및 운영사업(부지 6,888평, 건평 3,175평, 이하 OOO이라 한다)을 추진함에 있어 주식회사 OOO 한다)를 사업시행자로 지정하고, 위 건립공사와 관련하여 2009년 제1기 확정신고기간중OOO로부터 교부받은 매입세금계산서 2,488,868,001원(공급가액 기준)에 대한 관련매입세액 248,886,799원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하는 것으로 하여 부가가치세 신고를 하였다.

 

  나. 처분청은 2009년 1기(확정) 부가가치세 환급현지확인(2009.8.24.∼2009.8.26.)시 쟁점매입세액은 과세사업과 무관한 매입세액이므로 공제되지 아니한다는 내용으로 2009.9.28. 과세예고통지(예상세액 168,183,047원)하였고, 청구인은 과세예고통지액 중 139,201,830원을 자진납부한 바, 나머지 미납부세액에 대하여는 2009.11.13. 청구인에게 2009년 제1기(확정) 부가가치세 28,146,000원을 결정·고지하였다.

 

  다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.4. 이의신청을 거쳐 2010.7.21. 심판청구를 제기하였다.

 

 

 2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 

  가. 청구인 주장

 

   (1) 주위적 청구

 

    (가) 청구인은 OOO에게 동 시설을 임대해 주고 OOO가 청구인이 정한 운영규칙 등을 제대로 준수하는지 관리·감독만 할 뿐, 동 시설은 OOO 책임과 계산하에 운영되고 있으며, 동 시설 운영으로 인한 수입 및 비용도 모두 OOO에게 귀속(2009년 22.6억원 손실, 2010년 10.4억원 손실 발생함)되며, 동 시설의 운영주체는 청구인이 아닌 OOO 되는 것으로 청구인과 OOO 학원운영에 대해 형식상으로는 위·수탁계약이 되어 있으나, 실지는 민간투자사업실시협약서(이하 “협약서”라 한다. 제2조 제21호 및 제5조 제1항)에 의거 포괄적으로 OOO에게 동 시설을 임대해 주고 있으며, OOO 동 시설을 임차하여 자신의 책임과 계산하에 동 시설을 운영하고 있다.

 

    (나) 청구인과 OOO 협약서를 근거로 체결한 임대차계약은 청구인이 OOO 공로 즉, ① 동 시설 신축 관련 공헌, ② 신축자금 200억 중 111억원 선부담 및 무이자로 6년간 분할 상환, ③ 공사원가에 신축건물 공급 등의 공로를 인정하여 임대기간인 6년 동안은 형식상 임대료가 없는 것으로 하고, 임대기간 경과 후 재임대할 경우에는 임대료 등 임대조건을 공고하여 공고에 의한 임대료로 하기로 한 것으로, 형식상은 무상임대계약이지만 실질적인 측면에서는 유상임대에 해당하고,현재 무상임대하고 있으나 무상임대기간이 경과한 후에는 유상 임대(매출부가가치세 발생)할 것이며, 설령 무상임대를 할 경우에도 무상임대를 위해 공급받은 매입세액은 불공제대상이 아니라는 기획재정부 해석(부가 22601-52, 1992.4.22.)과 OOO 건립관련 매입세액 공제여부에 대해 매입세액을 공제하는 것이 타당하다고 한 국세청 예규(부가-1655, 2009.11.17.)가 있다.

 

    (다) OOO 동 시설에서 교육할 수 있는 정원의 20%(저소득층 자녀 중 학교장 추첨에 의해 선발)의 수강생들에게 무상으로 교육을 실시하고, 청구인은 동 무상교육인원에 해당하는 수강료를 무상교육대상자를 대신하여 OOO에게 연간 1,149백만원(6년간 69억원) 이내에서 위탁교육부담금으로 지급하도록 되어 있으며, 이는 OOO 청구인의 위탁교육 의뢰에 의해 수행한 교육의 대가로 받는 것이지 무상으로 재정지원을 받는 것이 아니다.

 

    (라) OOO 임대차계약에 의거 상가를 임차, 이를 전대하여 연간 약 384백만원(6년간 23억원) 정도의 전대수입이 발생할 것으로 추산하였으며, 상가전대료 수입은 청구인이 OOO에게 수강료 상한선을 규제함에 따라 수강료 수입보전 차원에서 청구인이 OOO에게 전대권을 부여한 것으로 임차인이 없어 공실이 발생할 경우에도 그로 인한 손실을 청구인이 OOO에게 보전해 주지 않으며, 실제 전대수입은 2009년 45백만원 및 2010년 231백만원으로 당초 예상액보다 2009년 339백만원, 2010년 153백만원이 적게 발생하였다.

 

    (마) 청구인이 동 시설을 유상 또는 무상으로 임대하다가 처분청이 주장하는 것처럼 공익목적인 교육사업에 청구인이 직접 사용하여 면세로 전용한다면, 실제 면세전용으로 전용된 시점에 당초 공급받을 때 공제받았던 부가가치세를 재계산하여 과세하도록 하는 규정(「부가가치세법 시행령」제62조의2)이 있음에도 불구하고, 굳이 동 시설을 공익목적으로 건립했다는 이유로 실제 구체적인 사용용도를무시하고 관련 매입세액을 당초부터 불공제하는 것은 부당하다.

 

   (2) 예비적 청구

 

     처분청의 주장대로 동 시설물이 면세사업과 관련하여 지어졌다고 하여 관련된 매입세액은 불공제한다고 하더라도, OOO는 교육시설동(교육관련 면적 5,177.63㎡, 주차장 등 공용면적2,089.89㎡), 원어민숙소동(1,250.80㎡), 상가동(1,990.69㎡), 경비실(8.64㎡)로 이루어져 있으며 시설의 총 연면적은 10,517.65㎡으로 면세사업과는 무관한 상가 임대부분까지 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

 

  나. 처분청 의견

 

   (1) 주위적 청구

 

    (가)청구인은 OOO 회계상 독립성을 들어 청구인은 단지OOO건립 후 시설사용권만 주는 부동산임대업자에 불과하다고 주장하고 있으나, 2010.1.26. 최종협의된협약서(최초 협약일은 2008.4.2.)에 의하면 OOO 관리·운영을 위탁하였으며(제30조), 수탁자는 위탁자에게 매년 사전 사업계획의 승인을받아야 하고, 공인회계사의 감사보고서를 첨부한 사후 결산보고를하여야 하며(제34조), 180억원의 범위 이내에서 재정지원(제36조)을하고, 교육생 선발에 대한 기준을 정하여(제35조) 약정하는 등 청구인은OOO 사업이라는 면세사업을 하면서단지 그 운영을 민간사업자에게 위탁하여 시설을 건립·운영한 것으로OOO운영의 주체는 청구인이며, OOO 단지 청구인의 위탁을 받은 단순한 수탁자로 판단된다.

 

    (나)OOO 사교육비 절감목적으로 추진되는 지역특화 교육사업의 일환으로 원칙적으로 지자체에서 관련 자금을전액 조달하여야 하나, OOO 민간투자실시협약을통해 총사업비 179억원 중 78억원은 청구인이 선부담하고 나머지 101억원은 OOO 민간자금으로 충당하였다가 준공 후 시설관리운영기간(6년) 동안 전액 상환하는 것으로, 결국OOO 청구인 소유의 토지 위에 지방자치단체자금을 전액 투입하여OOO건립 후 그 운영을 위해전문 교육업체인 OOO에게 위·수탁 운영권을 주는 형태일 뿐, 부동산임대목적으로 건립된 것은 아니라 할 것이고,청구인이 제공한 사용수익권에 대한 임대료 등 반대급부가 전혀없는 반면, 청구인이 선정한 무상교육대상자에 대한 교육비 및운영비 지원 등 사업대행비 명목으로 79억원(실제 69억원 지원)을 지급하고OOO내 상가임대료 등 편익시설 수익금 전액(추정금액 23억원)을 OOO의 운영비로 사용할 수 있도록 하는 등 각종 재정지원이 이루어지고 있다.

 

    (다)OOO 건립 및 운영이 공익목적임은 협약서를 통해 분명히 나타나고있는 것으로,OOO 사업은 건립 후 단순히 임대수익을창출하는「부가가치세법」상 부동산임대사업이 아니라 각종 재정손실을 감수하면서까지 청구인이 직접 추진하여야 할 교육사업을민간에 대행시키고 민간 수탁운영자에게 각종 재정지원을 하는공익목적 지방자치단체 고유 행정 교육사업에 해당된다 할 것이다.

 

   (2) 예비적 청구

 

     청구인은 면세사업과는 무관한 부동산임대분인 상가부분에 대하여는 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 이는 건물의 임대라는 전제하에 성립되는 내용으로, OOO 청구인이 위탁한 범위 내에서책임과 권한이 있을 뿐 모든 권한이 있는 것은 아니므로 이 사건과 같이임대가 아닌 시설을 위탁운영하는 경우에는 적용할 수 없는 것이다.

 

 3. 심리 및 판단

 

  가. 쟁 점

 

   (1) 주위적 청구

 

    OOO 건립 및 운영사업을 부가가치세 과세대상인부동산임대사업으로 보아 OOO 건립공사와 관련하여 수취한 세금계산서의 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부

 

   (2) 예비적 청구

 

    OOO 중 상가동이 차지하는 비율에 해당하는 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

 

  나. 관련법령

 

  (1) 부가가치세법

 

   제1조【과세대상】① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

⑤ 제1항의 재화와 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

   제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

   제12조【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것

17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

 

   제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

 

  (2) 부가가치세법 시행령

 

   제2조【용역의 범위】① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다.

6. 부동산업 및 임대업. 다만, 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야 또는 염전 임대업을 제외한다.

7. 사업서비스업

8. 공공행정, 국방 및 사회보장행정

9. 교육서비스업

 

   제30조【교육용역의 범위】법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 교육용역은 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교ㆍ학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소 기타 비영리단체 및 「청소년활동진흥법」 제10조 제1호의 규정에 의한 청소년수련시설에서 학생ㆍ수강생ㆍ훈련생ㆍ교습생 또는 청강생에게 지식ㆍ기술 등을 가르치는 것으로 한다.

 

   제38조【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. (단서 생략)

 

   제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액

                    면세공급가액

＝ 공통매입세액 × ───────

                     총공급가액

 

  다. 사실관계 및 판단

 

   (1) 청구인은 OOO시민의 영어능력 향상과 사교육비 절감을 목적으로 청구인 소유의 토지(OOO 영어체험시설을 건립하기로 하고 타당성 검토를 거친 후「영어체험시설 건립 및 운영에 대한 민간위탁사업자 모집공고」를 통해 공개입찰 방식으로 2008.4.2. OOO 사업자로 선정하여 다음과 같이 2010.1.26. 부동산임대차계약서 및 민간투자사업실시협약을 체결하였다.

 

    (가) OOO 임대차계약서의 주요내용

  임대재산에 대하여 임대인 청구인을 “갑”이라 하고, 임차인 OOO “을”이라 하여 다음과 같이 임대계약을 체결한다.

 

제1조(임대재산의 사용목적) 이 계약에 의한 재산은 OOO 운영 및 부속상가(제상가동)건물 운영(전대포함)에 사용하여야 한다.

제2조(임대기간) 임대기간은 2009.10.6.∼2015.10.5.까지로 한다.

제3조(임대료) ① “을”의 임대재산 건립 및 건립기금 선부담(110억 가량)의 공로를 인정하여 제2조의 임대기간 동안은 임대료는 없는 것으로 한다.

② 임대기간이 종료된 후에 제9조에 의거 계속하여 “을”이 임차를 할 경우에는 제9조의 공고 등의 임대차조건에 의한다.

제4조(보존책임등) “을”은 선량한 관리자의 주의로써 임대재산의 보존책임과 사용 또는 수익의 목적에 필요한 부담을 지고, 민법 제203조 또는 제626조의 규정에 의한 비용 상환 청구 등 일체의 청구를 하지 못하며, 임차권 및 사용권 이외의 권리주장을 하지 못한다.

제6조(금지행위) “을”은 “갑”의 승인없이 다음 각호의 1에 해당하는 행위를 하지 못한다.

 1. 임대재산의 사용목적 또는 수익목적의 변경

 2. 임대재산의 전대(부속상가 건물 제외) 또는 권리의 처분

 3. 임대재산의 원상을 변경하는 행위

 4. 임대재산에 시설한 “을”의 시설물을 제3자에게 양도하는 행위

제7조(계약의 해제등) ① “을”이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 “갑”은 “을”에게 임대한 재산의 전부 또는 일부의 계약을 해제·해지할 수 있다.

 1. 공용·공공용 또는 공익사업에 필요한 때

 2. “을”이 계약체결한 날부터 6월이 경과하여도 사용목적에 사용하지 아니하거나 임대기간의 만료일까지 사용목적을 달성할 수 없다고 “갑”이 인정할 때

 3. ～ 4. 생략

 5. “을”에게 체납처분·강제집행 등의 사유가 발생한 때

제8조(임대재산의 반환) 임대기간이 만료되거나 이 계약이 해제·해지된 경우에는 “을”은 “갑”이 지정하는 기한내에 임대재산을 원상으로 회복하여 “갑”의 입회하에 반환하여야 하며, “을”은 임대받은 재산에 대하여 일체의 연고권을 주장할 수 없다

제9조(재임대 등) ① 제2조의 임대기간이 만료된 후에 “갑”이 제1조의 사용목적을 위하여 공고 등을 통해 사업자를 선정함에 있어 “을”이 임대기간 동안 부주의 등이 없는 것으로 “갑”이 판정할 경우에는 “을”에게 재임대에 대한 우선권을 부여할 수 있다.

 

    (나) OOO 건립 및 운영 민간투자사업 실시협약서의 주요내용

  OOO를 “갑”이라 하고, OOO “을”이라 한다

 

제1조(목적) 본 협약은 지역특화발전특구에 대한 규제특례법에 따라 민간투자사업으로 시행함에 있어 OOO 건립 및 운영사업에 대하여 사업시행자를 지정하고, 동 사업의 시행에 관하여 “갑”과 “을”간에 필요한 사항을 협약함을 목적으로 한다

 

제2조(정의) 21. 관리운영권 : 본 사업에 대한 준공확인 후 “갑”이 시설사업기본계획 및 사업계획서와 본 협약에 따라 사업시행자가 설정하는 OOO 관리운영권 및 동 시설의 임대차권을 포함하는 것을 의미한다.

23. 위탁사용기간 : 사업시행자인 “을”이 “갑”으로부터 본 사업과 관련된 준공필증을 교부받고 관리운영권을 설정받아 본 사업시설을 사용·수익할 수 있는 기간으로서 운영을 개시하는 날로부터 6년이 되는날까지의 기간을 의미한다.

 

제4조(사업시행자의 지정) ① “갑”은 시설사업기본계획 및 본 협약에 따라 “을”을 사업시행자 및 시설운영관리자로 지정하고, 운영개시일로부터 시설운영관리자에게 본 사업에 대한 관리운영권을 설정·부여한다.

 

제5조(사업시행자의 자격과 권한, 책임과 권리) ① “갑”은 시설사업기본계획 및 협약 제3조의 규정에 의거 “을”에게 다음 각호의 행위를 할 수 있는 자격 및 권한과 권리를 부여한다.

1. 실시계획 및 본 협약에 따른 시설공사와 그 유지보수, 관리운영을 위한 시설의 설계 및 건설

2. 제1호에 규정된 시설공사 및 운영기간 동안의 본 사업부지 및 시설에 대하여별도 임대차 계약에 의한 임차권. 다만, 사업시행자는 본 협약에 명시된 용도를 제외하고는 다른 목적으로 본 사업부지를 사용할 수 없다.

3. 관리운영권 및 부대사업 운영권에 의한 본 시설의 유지보수, 관리운영과 프로그램 개발 및 사용료, 영어교육의 온라인, 오프라인을 통한 프로그램 운영사업

4. 동 시설의 명칭을 사용하여 운영하는 프로그램 사업

 

제6조(사업시행자의 의무) ① “을”은 본 사업과 관련된 제반 법규 및 규정을 준수하고 특허권 등의 보호의무를 지며, 본 협약을 성실히 수행하여야 할 책임과 의무를 다하고, 본 사업의 시행과 관리운영이 성공적으로 추진될 수 있도록 성실히 노력하여야 한다.

② “을”은 본 협약에 별도 규정한 경우를 제외하고 본 사업을 본 협약에 따라 자신의 비용으로 수행함을 원칙으로 한다. 다만, 본 사업에 정해지지 않은 사항에 대해서는 상호협의하여 결정할 수 있다.

③ “을”은 본 사업과 관련한 제반 법규와 본 협약에 의하여 위탁받은 업무를 수행함에 있어 직접 또는 간접으로 발생한 제반사고에 대한 민·형사상 및 행정상의 제반 책임을 진다.

④ “을”은 관리운영권을 제3자에게 양도·대여할 수 없다. 단, 사전에 “갑”의 승인을 받았을 경우에는 그러하지 아니하며, 사업시행자 지정당시 공동출자자간에는 양도할 수 있다.

 

제10조(총 사업비) ① 총 사업비는 별첨1(총사업비 및 총투자비)과 같이 2010.1.25일 불변가격 기준 금 20,008백만원으로 한다. 총사업비는 “갑”의 지원금 금 8,900백만원, “을”의 투자금 금 11,108백만원을 부담한다.

 

제18조(보험가입) ① “을”은 본 사업시설의 건설 및 본 사업시설의 운영과 관련하여 본 협약 및 실시계획에서 정한 바에 따라 별첨 보험가입계획과 같이 각종 보험에 가입하거나 시공자로 하여금 보험에 가입하도록 하며, 제3자에 대한 손해배상책임을 지는 경우 “을”의 책임으로 제3자에 손해배상을 함으로써 “갑”에게 손해가 없도록 하여야 한다.

 

제30조(위탁범위) ② “을”은 사업을 위탁받아 수행함에 있어 청소년 교육특구 사업과 OOO 설치목적에 맞도록 다음 각호의 사항에 해당하는 사업을 수행한다.

 (원어민 영어교사 수급사업)

 (국제교육센터 운영사업)

 

제34조(결산보고 및 사업계획) ① “을”은 매 회계연도의 9월말일까지 다음연도 사업게획(예산계획포함)을 수립하여 “갑”의 승인을 받아야 하며, 해당 연도 운영실적에 대한 결산보고서를 공인회계사의 감사보고서를 첨부하여 “갑”에게 다음연도 3월말일까지 제출하여야 한다.

 

제36조(재정지원) ① “갑”은 초기투자원금 상환 및 저소득층 등 무상교육비를 합하여 6년간 180억원 범위내에서 “을”에게 지급하되 그 내역은 다음 각호와 같다.

1. “갑”은 제10조에서 정한 총 사업비중 을의 초기투자원금 11,108백만원을 매년 균등 분할하여 상환한다.

2. “갑”은 “을”이 저소득층 등을 대상으로 실시한 무상교육비로 6,892백만원 이내에서 부담한다.

 

   (2) 먼저, 처분청이 쟁점매입세액을 과세사업과 무관한 매입세액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분에 대하여 살펴본다.

 

    (가) 처분청의 부가가치세 환급 현지확인 보고서(2009년 9월 작성)에 따르면, OOO 사업은 청구인과 OOO 민간투자실시협약에 따라 청구인 소유의 토지위에 건립(건축주 : 청구인)하고 청구인 예산 부족으로 총사업비 179억원 중 78억원만 청구인이 부담하며 나머지 101억원을 OOO 민간자금으로 충당하였다가 준공 후 시설관리운영기간(6년) 동안 매년 균등하게 전액 상환하는 단순 차입형태로 이루어지는 바, 결국 청구인 소유 토지위에 시 자금을 전액 투입하여 OOO 건립 후 사업시행자에게 무상사용권을 주는 형태이며, 청구인이 선정한 무상교육대상자에 대한 교육비 지원 내지 운영비 지원금 등 사업대행비 명목으로 79억원을 지급하고, OOO 내 상가 임대료 등 편익시설 수익금 전액을 OOO 운영비로 사용할 수 있도록 하는 등 각종 재정지원을 함께 하고 있는 것으로 OOO 사업은 청구인의 자금으로 건립 후 반대급부 없이 무상사용수익권을 줄 뿐만 아니라, 자방자치단체에서 하여야 할 교육사업을 민간에 대행시킴에 따라 발생되는 수탁운영자의 손실을 각종 재정지원을 통해 보존해 주는 구조로 이루어지는 바, 쟁점 OOO 건립은 부가가치세 과세대상 부동산임대사업을 영위할 목적이 아니라 사교육비 절감 등 공익목적 지방자치단체 고유 행정 교육사업에 해당되므로 쟁점매입세액은 전액 불공제대상이라고 보고하고 있다.(적출실적 <표1>)

 

 

 

 

OOO

    (나) 아울러, 예비적 청구와 관련하여,청구인은 면세사업과는 무관한 부동산임대분인 상가부분에대하여는 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 이는 건물의임대라는 전제하에 성립되는 내용으로, 위에서 본 바와 같이OOO 청구인이 위탁한 범위 내에서 책임과 권한이있을 뿐 모든 권한이 있는 것은 아니므로 이 사건과 같이임대가아닌 시설을 위탁·운영하는 경우에는 적용할 수 없다는 의견이다.

 

  (3) 이에 대하여, 청구인은 부가가치세 과세대상인 임대용역을 공급한 것이므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다며 아래와 같이 주장하고 있다.

 

    (가) 청구인은OOO관련하여 ① 동 시설 신축과 관련한 OOO 공헌, ② 신축자금 200억원 중 111억원 선부담 및 무이자로 6년간 분할 상환, ③ 공사원가에 신축건물공급 등에 대한 OOO 공로를 인정하여 6년간 무상임대조건으로 임대차계약을 체결하였으며, 청구인의 경우도 ①OOO신축과 관련하여 기획·관리·감독 등 건축 관련 제반사항 업무를 OOO 전가하고, ② 신축자금111억원 OOO 선부담에 따른 이자비용을 절감하였으며,③ 공사원가에신축건물을 공급받아 취득가액을 절감한 만큼 이익을 본 것으로 형식상은 무상임대계약이나 실질적으로는 유상임대에 해당*한다.

 * 협약서상 관련내용

 

 제2조(정의)

 21.(관리운영권) 본 사업에 대한 준공확인 후 “갑”(청구인)이 시설사업기본계획 및 사업계획서와 본 협약에 따라 사업시행자가 설정하는 OOO 관리운영권 및 동 시설의 임대차권을 포함하는 것을 의미한다.

 

 제5조(사업시행자의 자격과 권한, 책임과 권리)

 1. 실시계획 및 본 협약에 따른 시설공사와 그 유지보수, 관리운영을 위한 시설의 설계 및 건설

 2. 제1호에 규정된 시설공사 및 운영기간 동안의 본 사업부지 및 시설에 대하여 별도 임대차 계약에 의한 임차권.(단서생략)

 

    (나)OOO 임대차계약서 및 협약서에서 정한운영규칙 준수 외 모든 의사결정을 자체적으로 하고, 운영수입 및 지출을 자기 책임과 계산하에 집행·관리 하고 있으며, 이에 따라 손실(2009년22.6억원 손실 및 2010년 10.4억원 손실)이 발생한 경우에도 청구인이 별도 보전하지 않으며, 청구인이OOO운영만을 위탁하였다면 청구인이 직원을 상주시켜 동 시설에 대한 유지보수및 관리·감독을 하였어야 할 것이나OOO 상주하는 청구인의 직원은 없으며, 청구인이 필요한 경우 센터내 공실을 비교적 자유로이 사용할 수 있을 것이나 청구인의 OOO 상가동 무상사용 요청에 대하여 OOO 기존 입주자와의 형평성을 고려할 때 무상제공이 어렵다고 회신한 것을 보아도 이를 임차하여 사용하고 있다는 반증이다.

 

   (다) 이 건과 관련하여 2009.9.21. 국세청에 질의(질의자:OOO)한 것에 대하여 국세청은 ‘과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 지방자치단체와 위수탁 공사계약을 체결하여 자기의 책임과 계산하에 시공업체를 선정하여 부가가치세가 과세되는 건설용역을 제공하고 지방자치단체는 완공된 건물을 사업자 또는 제3자에게 임대하여 학원 등을운영하게 하는 경우, 사업자가 당해 건설용역과 관련하여 시공업체로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액과 지방자치단체가 부동산임대업과 관련하여 사업자로부터 교부받은 세금계산서의매입세액은「부가가치세법」제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것’이라고 회신(2009.11.17.)하고 있다.

 

    (라) 아울러, OOO 면세사업을 영위하기 위한 것이므로 쟁점매입세액을 불공제한다 하더라도, 상가동(1,990.69㎡)의 경우 OOO 전대업자가 되어 마트, 음식점 등의 임차인과 임대차계약을 체결하고 매출세금계산서도 발행하고 있어, 면세사업과는 전혀 관련이 없는 일반적인 부동산임대(과세사업)이므로 상가동의 건설과 관련된 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

 

 

 

 

OOO

   (4) 청구인은 2011.8.11.(목) 조세심판관회의에 출석하여, 청구인은 OOO 센터를 임대해 주고 운영규칙의 준수여부만을 확인할 뿐, 센터운영으로 인한 모든 손익(2009년 22.6억원 손실, 2010년 10.4억원 손실)이 OOO 귀속되는 점, 청구인과 OOO가 협약서에 근거하여 임대차계약을 체결한 점, 청구인은 센터정원의 20% 범위내 저소득층 학생을 OOO 위탁하면서 연간 1,149백만 범위(1인당 12만원)내에서 교육비를 지급하고 있는 점, OOO 임차한 센터의 상가를 전대하여 발생한 전대수입이 당초 예상액에 미달하는 경우에도 청구인의 별도 보전이 없어 손실을 OOO 떠안고 있는 점, 청구인 역시 센터내 공간사용 등 필요한 경우 OOO 임차를 요청하여 사용할 수는 있으나 임차여부는 전적으로 OOO 권한으로 청구인이 센터 사용과 관련하여 권리를 주장할 수 없는 전형적인 부동산 임대에 속한다 할 것이며, OOO에서 위탁운영하고 있는 13개 시설의 경우 시설운영비를 지급하는 대신 예산·조직·운영 등에 대하여 관여하고 있는 반면, OOO 경우 OOO 센터를 임대한 경우로 별도의 운영비를 지급하고 있지 않으며, 이에 따라 일반적인 가이드라인의 준수여부 외 센터운영에는 관여를 하고 있지 않다는 취지의 의견진술을 하였다.

 

   (5) 이상의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, OOO 건립단계부터 관여하는 등 통상적인 부동산 임대와는 다른 모습이기는 하나, 협약서에 근거하여 청구인과 OOO가 임대인과 임차인의 지위에서 임대차 계약 및 협약서를 체결한 후, OOO 자기 계산과 책임하에 OOO 운영한 것으로 보이는 점, OOO 운영에 따라 발생한 손실에 대하여 청구인의 재정보전이 없었고 별도의 위탁운영수수료를 수취하지 아니한 것으로 보이는 점, OOO 청구인이 OOO 위탁운영한 것이라면 비교적 자유롭게 필요공간을 확보하여 시장의 공약사항을 이행할 수 있을 것임에도 청구인이 OOO에 사용가능여부를 확인하고 있고 OOO 역시 OOO 임대여부에 대한 결정권을 행사하고 있는 점, OOO 건립 및 운영사업이 지방자치단체에서 직접 수행하기에는 부담스러운 사업으로 이를 교육전문업체인 OOO에 임대하여 일반 학원처럼 운영하게 하면서 저소득층에 대한 수강료를 교육대상자를 대신하여 청구인이 지급하여 청구인의 공약사업을 이행하는 등 변형된 형태이기는 하나 부동산을 임대한 것으로 보이므로, 청구인이 쟁점매입세액을 공제해 달라며 경정청구한 것에 대하여 처분청이 이를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 

 

4. 결 론

 

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.