[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가.청구법인은 조경공사 시공 설계업 등을 영위하는 내국법인으로 2006,2007사업연도 중 청구법인의 최대주주(발행주식 30.1% 보유)이자 등기이사인 OOO에게 직무발명 보상금으로 1,366,046,830원(2006년 : 367,807,830원, 2007년 : 998,239,000원으로 이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 지급한 다음,2006·2007사업연도 법인세 신고당시 당해 과세연도의 이전 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 연구 및 인력개발비로 보아 해당 세액의 공제를 신청하였다.

 나. 처분청은 청구법인의 임원이 지급받은 쟁점보상금이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조, 같은 법 시행령 제9조 및 [별표6] 제1호 라목 소정의 직무발명 보상금에 해당하지 아니한다고보아, 쟁점보상금에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하여2010.1.15. 청구법인에게2006～2007사업연도 법인세 726,590,010원(2006사업연도 : 239,902,650원, 2007사업연도 : 486,687,360원)을 경정 ·고지하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

  (1) 쟁점보상금의 직무발명 보상금 해당 여부 관련

   조특법 제2조 제1항 제1호는 “내국인”이라 함은「소득세법」에 의한 거주자 및「법인세법」에 의한 내국법인을 말한다고 규정하였고, 같은 법 제10조 제1항은 “내국인”에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 인정하고 있는바, 개인사업자에 대한 국세청 예규(서면1팀-396, 2004.3.16., 소득 46011-2504, 1993.8.23.)는 청구법인에게도 동일하게 적용되어야 하는 점, 쟁점보상금이 조특법 시행령 [별표6] 1. 기술개발란 라목 소정의 “직무발명 보상금”이므로 연구 및 인력개발비에 해당한다고 주장함에 대하여, 처분청은 위 조항과 관련이 없는 같은 란 가목 소정의 “자체기술 개발” 관련 요건의 미비를 과세사유로 제시한 것은 부당하다고 보이는 점, 2008 간추린 개정세법에서 2008.10.7. 같은 법 시행령 [별표6] 1. 기술개발란 라목의 개정사유를 “연구개발비의 범위를 합리적으로 조정”하였다고 명시하고 있는바, 이는 임원에게 직무발명 보상금을 지급한 경우에도 연구 및인력개발비에 포함됨을 확인적으로 규정한 것에 불과하다고 해석되는점 등을 종합하였을 때, 쟁점보상금은 연구 및 인력개발비에 해당한다고 해석함이 합리적이다.

  (2) 신의성실의 원칙 위배 관련

   국세청 예규(서면1팀-396, 2004.3.16.)에서 “당해 기업이 그 종업원에게 직무발명으로 지출한 금액”의 종업원에는 법인의 임원도 포함된다고 보았던 점, 이후 청구법인도 2006.9.14. 국세종합상담센터에 위 조항의 해석이 종전과 동일한지 여부에 대하여 질의하였던바, 국세종합상담센터장은 2006.9.26. 기존의 위 예규를 참고하라고 답변(서면인터넷방문상담1팀-1356)하였던 점, 청구법인은 그 회신을 신뢰하여 법인세 신고당시 쟁점보상금을 연구 및 인력개발비에 포함하였던 점, 그런데 이후 2008.10.7. 조특법 시행령 제9조 제2항 관련 [별표6] 1. 기술개발란 라목의 규정이 “종업원”에게 지출한 금액에서 “종업원 또는 종업원 외의 자”에게 지출한 금액으로 개정됨에 따라, 동 시행령 개정 전에 법인의 임원에게 지급된 직무발명 보상금은 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다고 해석을 변경한 점 등을종합하였을 때, 위와 같은 예규에 반하여 쟁점보상금이 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다고 보아 과세한 처분은 신의성실원칙에 위반되며, 또한 이 건은 적어도 청구법인에게는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 가산세를 부과한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

  (1) 쟁점보상금의 직무발명보상금 해당 여부 관련

    구 조특법 시행령 제9조 제2항 [별표6] 1. 기술개발란의 가목에 의하면 세액공제가 가능한 연구 및 인력개발비는 ‘전담부서에서 근무하고 기획재정부령이 정하는 자’의 연구개발비용으로 한정되고, 조특법 시행규칙 제2조 제2항에서 주주인 임원을 종업원에서 제외하고 있는바, 종업원의 범위에 출자임원이 포함된다 보기는 어려운 점, 2008.10.7. 개정된 조특법 시행령 [별표6] 1. 기술개발란 라목은 직무발명 보상금으로 세액공제의 대상이 되는 범위를 “종업원”에서 “종업원 또는 종업원 외의 자”로 확장하면서, 그 적용시기를 2008. 10.7.이 속한 사업연도부터로 규정하고 있는바, 2007.12.31. 이전에는 ‘종업원’에게 지급된 직무발명 보상금에 대하여만 세액공제가 인정된다고 해석하여야 하는 점등을 종합하였을 때, 청구법인이 출자임원에게 지급한 쟁점보상금에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 인정하여서는 아니된다.

  (2) 신의성실의 원칙 위배 관련

   청구법인이 2006.9.26. 국세종합상담센터장으로부터 회신을 받은 질의답변서에서 인용한 국세청 예규(서면1팀-396, 2004.3.16.)는「소득세법」에서 규정한비과세소득과 관련된 내용으로 “연구 및 인력개발비” 세액공제와는 무관하며, 국세청 예규(법인세과-1255, 2009.11. 9.)에서도 2007.12.31. 이전에 내국법인이 임원에게 지급한 직무발명보상금은 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 아니라고 답변하였으므로 이 건 과세처분을 위법하다고 보아서는 아니된다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  ① 청구법인의 대주주이자 임원에게 지급된 쟁점보상금을 연구 및 인력개발비에 해당하는 조특법 시행령 제9조 제2항 및 [별표6] 제1호 라목 소정의 직무발명 보상금으로 인정할 수 있는지 여부

 ② 청구법인의 질의에 대하여 과세관청이 회신(서면인터넷방문상담1팀-1356, 2006.9.26.)을 한 다음에 이루어진 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 있는지 여부

 나. 관련법령

  (1) 조세특례제한법 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

   1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

   2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

  (2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

[별표 6] 연구.인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

<참고> 2008.10.7. 개정 조세특례제한법 시행령[별표 6]

  1. 기술개발

   라. 당해 기업이그 종업원또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액

 [부칙](2008.10.7. 대통령령 제21064호)

   제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

   제4조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관한 적용례】별표 6의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 분부터 적용한다.

  (3) 조세특레제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】② 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 “상시 사용하는 종업원수”라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원,「소득세법 시행령」제20조의 규정에 의한 일용근로자 및 「기술개발촉진법 시행령」제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외한다)수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산한다.

  (4) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제12조【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

   5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

   라.종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금

  (5) 발명진흥법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   2."직무발명"이란종업원, 법인의 임원또는 공무원(이하 "종업원 등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

   3. "개인발명가"란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

   제10조【직무발명】①직무발명에 대하여 종업원등이특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면사용자등은그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다)에 대하여통상실시권(通常實施權)을 가진다.

  ②제1항에도 불구하고 공무원의 직무발명에 대한 권리는 국가나 지방자치단체가 승계하며, 국가나 지방자치단체가 승계한 공무원의 직무발명에 대한 특허권등은 국유나 공유로 한다. 다만,「고등교육법」제3조에 따른 국·공립학교(이하 "국·공립학교"라 한다) 교직원의 직무발명에 대한 권리는「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」제11조 제1항 후단에 따른 전담조직(이하 "전담조직"이라 한다)이 승계하며, 전담조직이 승계한 국·공립학교 교직원의 직무발명에 대한 특허권등은 그 전담조직의 소유로 한다.

   ③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.

  제11조【직무발명보상제도의 실시와 지원시책】① 정부는 종업원등의 직무발명을 장려하기 위하여 직무발명보상제도 등의 실시에 관한 지원시책을 수립·시행하여야 한다.

  ② 제1항에 따른 지원시책에는 다음 각 호의 내용이 포함되어야 한다.

   1. 표준이 되는 보상규정의 작성 및 보급

   2. 보상과 관련된 분쟁을 해결하기 위한 합리적인 절차규정의 작성 및 보급

  ③ 정부는 직무발명에 대한 보상을 실시하는 사용자등에 대하여는 제3장과 제4장에 따른 발명의 권리화와 사업화를 촉진하기 위한 조치를 먼저 하여야 한다.

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인의 발행주식총수 중 30.1%를 보유한 최대주주이자청구법인의 등기이사이었던 OOO은 2006 및 2007사업연도 중 청구법인에게 법면보호네트의 시공방법(특허번호 제190840호) 등 8개의특허에 대한 전용실시권을 설정하여 주고, 직무발명 보상금으로 쟁점보상금(2006사업연도 : 367,807,830원, 2007사업연도 : 998,239,000원)을 수령하였다.

  (2) 구 조특법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정되기전의 것) 제9조 제2항과 같은 항 관련 [별표6] 1. 기술개발란 라목에서 “당해 기업이 그 종업원에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액”을 직무발명 보상금인 연구 및 인력개발비로서 세액공제의 대상이 된다고 규정하였고, 조특법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정된 것) [별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 1. 기술개발란 라목은 “당해 기업이 그 종업원 또는 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액”으로 규정하여 “종업원 외의 자”에게 지급한 보상금 또한 직무발명 보상금의 범위에 포함하였으며, 2008간추린 개정세법(기획재정부)에서 그 개정사유를 “연구개발 및인력개발에 필요한 비용 중 연구개발비 세액공제가 적용되는 연구개발비의 범위를 합리적으로 조정”하기 위함이라고 적시하였다.

  (3)「발명진흥법」제2조 제2호는 “직무발명이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체의 업무 범위에 속하고 그 발명을하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.”라고 규정하였다.

  (4) 청구법인은 국세청장에게 “법인의 출자임원이 발명진흥법에 의한 직무발명을 하고 특허권을 취득하여 등록한 후, 법인으로부터 특허권 사용료를 지급받다가, 그 사용료 대신 당해 법인에게 특허권 존속기간까지의 전용실시권을 허용하고 그 대가로 직무발명 보상금을 일시에 지급받는 경우, 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항 [별표] 1.기술개발 라목에 해당하는지 여부 및 조특법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용할 때 임원에게도「소득세법」상 관련 규정의 해석을 적용하는지 여부”에 대하여 인터넷으로 질의를 하였던바, 국세청장은 “귀 질의의 경우 붙임의 우리 청 기질의회신문[서면1팀-396, 2004.3.16] 및 [소득46011-2504, 1993.8.23.]을 참고하시기 바랍니다.”라고 회신하였다.

  (5) 국세청장의 질의회신문 중 서면1팀-396(2004.3.16.)은 “「소득세법」제12조 제5호 라목에 규정하고 있는 비과세소득에는 법인세법 시행령 제43조 제6항에서 규정하는 임원의 직무발명도 포함되는 것입니다.”라는 내용이고, 또한 소득46011-2504(1993.8.23.)는 “종업원이 직무와 관련하여 발명한 특허법 및 실용신안법에 규정된 직무발명에 대한 특허권 또는 특허를 받을 수 있는 권리를 사용자에게 승계를 시키거나 전용실시권을 설정하는 경우, 사용자로부터 받는 특허권 및 실용신안권과 관련된 보상금은「소득세법」제5조에 규정하는 비과세 기타소득에 해당되며, 사용자가 동 직무발명 보상금을 당해 과세연도에 현금으로 지출하는 때에는「조세감면규제법」제17조에 규정된 기술 및 인력개발비 세액공제대상(제목변경 : 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)이 되는 것이다.”라는 내용이다.

  (6) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 직무발명 보상금의 지급과 관련된「발명진흥법」제2조 제2호는 “직무발명”의 범위와 관련하여종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것으로규정하여 종업원 범위에 임원을 포함하지 아니한 점, 2008.10.7. 개정되기 전의 조특법 시행령 제9조 제2항 관련 [별표6] 1. 기술개발란 라목은 “종업원”에게 지출한 직무발명 보상금만을 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 규정하였고, 2008.10.7. 개정된 조특법 시행령제9조 제2항 관련 [별표6] 1.기술개발란 라목이 “종업원 또는 종업원 외의 자”에게 지출한 금액으로 범위를 확대하면서 그 사유를 “연구개발비의 범위를 합리적으로 조정”이라고 하였는바, 이는 동 개정의 전후에 따라 연구 및 인력개발비의 적용범위가 달라지는 창설적인입법으로 해석할 수 있는 점, 조특법 제96조 등은 종업원의 범위에서 임원을 제외하고 있는 점 등을 종합하였을 때, 청구법인의 최대주주이자 등기이사인 OOO이 구 조특법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 관련 [별표6]1. 기술개발란 라목 소정의 “종업원”에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

  (7) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인의 질의에 대하여 처분청은 기존의 질의회신문[서면1팀-396, 2004.3.16.] 및 [소득46011-2504, 1993.8.23.]을 참고하라고 답변하였는데, 그 중 서면1팀-396(2004.3.16.)은「소득세법」상 “비과세소득”의 범위에 대한 것으로 조특법상 연구 및 인력개발비의 성립 범위와 관계가 없는 회신이고, 나머지 회신인 소득46011-2504(1993.8.23.)의 경우 연구및 인력개발비의 성립 범위와 관련된 것이기는 하지만, 그 내용이 “종업원”이 직무발명과 관련하여 특허권을 승계시켜주고 그 대가로서 보상금을지급받음을 전제하는 것이라, 이 건과 같이 “법인의 임원”이 직무발명보상금을 지급받은 경우에 대한 명확한 회신이 아닌바, 그렇다면 처분청이 청구법인에게 한 회신(서면인터넷방문상담 1팀-1356,2006.9.26.)은 “법인의 임원이 직무발명 보상금을 지급받은 경우에도 연구 및 인력개발비에 포함된다.”라는 공적인 견해를 표명하였다고 인정하기 보다는 일반적인 의미로 연구 및 인력개발비와 관련한 법규를 해석한 것으로 이해함이 합리적이라 하겠다.

  (8) 따라서, 청구법인의 최대주주이자 등기이사이었던 OOO에게 지급된 쟁점보상금을 직무발명 보상금으로 보지 아니하고 가산세를 가산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.