[주    문]

OO세무서장이 2001.5.2 청구법인에게 한 부가가치세 1999년도 제2기분 136,980,740원, 2000년도 제1기분 133,292,210원, 2000년도 제2기 예정분 76,132,010원의 부과처분은 이를 취소하고,

2000년도 제2기 확정분에 대한 부가가치세 환급거부 처분에 대해서는 매입세액 130,323,819원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 세액을 경정한다.

[이    유]

1. 처분개요

청구법인은 1997.11.17 설립되어 1999.9.8 부동산매매업 및 임대업으로 사업자등록을 하고, 1999.11.10 부산광역시 연제구 OO동 OOOOOOOOOO OOO OO 대지 930.5m2(이하 “쟁점토지”라 한다)상에 지하 3층 지상 14층 연면적 9,230.26m2의 건물(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 건축허가를 득한 후, 청구외 OO종합건설에 도급금액 10,725,000,000원에 쟁점건물 신축공사를 발주하였으나 OO종건이 시공중 부도가 나자, 2001.2.7 청구외 OO건설(주)와 도급금액 5,500,000,000원에 잔여공사 도급계약을 체결하여 쟁점건물을 신축하고, 이 과정에서 학교법인 OO학원 소속 OO대학교가 쟁점건물의 공사계약금 900,000,000원 및 공사기성금 2,700,000,000원 합계 3,600,000,000원을 지출하였으며, 청구법인은 부가가치세 신고시 쟁점건물 신축공사 관련 매입세액 476,728,779원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 부가가치세 환급신청을 하였다.

처분청은 2001.2월 청구법인의 부가가치세 환급신청에 대한 실지조사결과, OO대학교가 쟁점건물의 공사비 일부를 부담한 사실을 확인하고, 쟁점건물의 실제 건축주를 청구법인이 아닌 OO대학교로 보아 쟁점매입세액의 공제를 부인하여, 2001.5.2 청구법인에게 부가가치세 1999년도 제2기분 136,980,740원, 2000년도 제1기분 133,292,210원, 2000년도 제2기 예정분 76,132,010원 합계 346,404,960원을 각각 결정고지하고, 2000년도 제2기 확정분 130,323,819원에 대해서는 이의 환급을 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.7.26 이의신청을 거쳐 2001.11.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점건물 신축과정에서 공사비가 부족하여 일부 자금을 OO대학교로부터 차입하였고, 다만 OO대학교가 동 대여금을 학교자체의 토지와 시설을 취득한 것으로 회계처리한 것은 사립학교법에서 학교의 교비를 대여할 수 없도록 규정하고 있음에 기인하는 것인 바, 청구법인은 쟁점토지 매입, 쟁점건물 신축, 분양, 임대 등 모든 법률행위를 하였으므로 청구법인이 쟁점건물의 건축주임이 분명함에도, 처분청에서 단순히 청구법인에게 자금을 대여한 OO대학교를 건축주로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 환급신청을 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OO대학교가 청구법인에게 자금을 대여했다고 주장하나, 사립학교법상 OO대학교와 같은 학교는 교비를 대여할 수 없도록 되어 있고, OO대학교는 쟁점토지 잔금, 쟁점건물 공사계약금, 기성금 등 대규모 자금을 지출하면서 이를 학교의 토지구입 및 시설비명목으로 회계처리하였으므로 쟁점건물의 실제건축주를 OO대학교로 보아 쟁점매입세액의 공제를 부인한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 처분청이 쟁점건물의 건축주를 청구법인이 아닌 사립학교로 보아 매입세액공제를 부인하고 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(2호 생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 각호생략)

사립학교법 제29조【회계의 구분】① 학교법인의 회계는 그가 설치·경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.

② 제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 교비는 이를 교비회계와 부속병원회계로 구분할 수 있으며, 각 회계의 세입·세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다.

⑥ 제2항의 규정에 의한 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만, 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 사실관계에 대하여 살펴본다.

(가) 청구외 학교법인 OO학원과 청구법인의 주주 정OO·정OO은 1997.2.26 부산광역시로부터 쟁점토지를 2,275,000,000원에 취득하는 매매계약을 체결하고 계약금 및 중도금 1,365,000,000원을 지불한 상태에서, 청구법인은 1998.1.15 OO학원의 토지매수권을 승계받고, OO학원은 1999.4.29 정OO·정OO의 토지매수권을 승계받은 후 OO학원 소속 OO대학교가 잔금 910,000,000원을 지출하고 토지취득비로 계상한 사실이 부동산매매계약서(1997.2.26), 권리의무승계계약서 2매(1998.1.15, 1999.4.29), OO대학교 지출결의서 등에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 1999.9.8 부동산매매·임대업으로 사업자등록을 하고, 1999.11.10 부산광역시 연제구청장으로부터 건축허가를 득한 후, 청구외 OO종합건설과 도급금액 10,725,000,000원에 쟁점건물 신축공사 계약을 체결하고 발주하였으나 OO종합건설이 시공하다가 부도가 나자, 2001.2.7 OO건설(주)와 도급금액 5,500,000,000원에 잔여공사 도급계약을 체결하여 쟁점건물을 신축하였으며, 이 과정에서 OO대학교가 쟁점건물의 공사계약금 900,000,000원 및 공사기성금 2,700,000,000원 합계 3,600,000,000원을 지출하고 학교시설비로 계상한 사실이 사업자등록증 2매(1999.9.18, 1999.12.8), 건축허가서(1999.11,10), 공사도급계약서 2매(1999.12.15, 2001.2.7), OO대학교 회계총괄부 지출결의서, 출금전표, 예금통장 사본(OO은행 계좌번호 : OOOOOOOOOOOOO) 등에 의하여 확인된다.

(다) 쟁점토지는 2001.4.23 청구법인과 OO학원이 각각 60%(계약금 및 중도금 1,365,000,000원 상당) 및 40%(잔금 910,000,000원 상당) 지분으로 소유권이전등기를 하였다가 2001.8.31 청구법인이 OO학원의 지분 40%를 인수하여 쟁점토지 전체를 취득하였고, 이 과정에서 OO학원이 쟁점토지 소유지분을 처분하기 위해 교육인적자원부장관에게 수익용재산의 처분허가를 신청하여 허가받은 사실이 쟁점토지 등기부등본, 부동산매매계약서(2001.8.30), 학교법인 OO학원 이사회회의록(2001.8.10), 수익용재산 처분허가신청공문(2001.8.16), 기본재산 처분허가공문(2001.8.24) 등에 의하여 확인된다.

(라) 청구법인은 2001.9.10 쟁점건물의 소유권 보존등기를 경료한 사실이 부동산등기부등본에 의하여 확인된다.

(마) 청구법인이 부가가치세 신고시 쟁점건물 신축공사와 관련된 쟁점매입세액 476,728,779원을 공제하여 부가가치세 환급신청을 한 데 대하여, 처분청은 2001.2월 부가가치세 환급신청에 대한 실지조사결과, OO대학교가 쟁점토지 잔금 910,000,000원을 지출하고(쟁점토지 계약금 및 중도금 1,365,000,000원과 동 취득세 50,050,000원은 청구법인 주주 조OO외 7인이 공동부담), 쟁점건물의 신축공사 계약금 및 중도금 3,600,000,000원을 지출한 사실을 확인하고, 쟁점건물의 실지 건축주를 OO대학교로 보아 청구법인에 대하여 쟁점매입세액의 공제를 배제하고 이 건 처분한 사실이 결정결의서, 현지확인복명서(2001.2월) 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점건물의 실지 건축주에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점건물의 건축허가서(1999.11.10), 건물사용승인서(2001.8.31)에 의하면, 청구법인이 건축주로서 쟁점토지상에 건물신축과 사용승인을 신청하여 부산광역시 연제구청장이 이를 각각 허가한 것으로 확인되고,

공사도급계약서 2매(1999.12.15, 2001.2.7), 건축물설계계약서(1999.9.8), 감리용역계약서(1999.12월) 등을 보면, 청구법인이 제반용역을 발주한 계약의 일방당사자로서 OO종합건설, OO건설(주), (주)OO건설, (주)OO건축사사무소 등과 각각 공사도급계약, 건축물설계계약을 체결한 것으로 확인되며, 쟁점건물의 당초 공사도급금액은 10,725,000,000원이고, 잔여공사 도급금액은 5,500,000,000원으로, OO대학교는 그 중 일부인 3,600,000,000원만을 부담한 것으로 확인되고(나머지 공사대금은 청구법인이 분양대금 등으로 충당함),

쟁점건물 분양 및 임대계약서 사본 13매에 의하면, 청구법인이 건물주로서 2001.2.1 이후 (자)OOO, (주)OOOOO, (주)OO은행 등에게 쟁점건물을 분양하거나 임대한 것으로 확인되고 있으며,

취득세·등록세 영수증에 의하면 청구법인이 쟁점부동산 취득과 등록에 따른 세금을 아래 표와 같이 전부 납부한 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 쟁점건물의 신축 공사비중 부족자금 3,600,000,000원을 OO대학교로부터 차입하였다가 상환하였다는 주장인 바,

OO대학교 예금통장 사본 3매에 의하면, 청구법인은 아래 표와 같이 2001.2월～3월 기간중 3회에 걸쳐 합계 1,310,000,000원을 OO대학교에 지급한 것으로 확인되고,

청구법인이 발행한 자기앞수표와 OO대학교 예금통장 사본 2매에 의하면, 청구법인은 2001.9.28 OO은행 OOOOOO지점에서 전체 9매 합계 2,390,000,000원 상당의 자기앞수표(수표번호 : 바가OOOOOOOOOOOOOOOOO)를 발행하여 당일자에 아래 표와 같이 OO대학교 예금계좌에 전액 입금한 것으로 확인되고 있다.

(다) 청구법인이 처분청에 제출한 부가가치세 확정신고서(2001.7.25) 사본 및 청구법인의 예금통장(OO은행 계좌번호 : OOOOOOOOOOOOO) 사본에 의하면, 청구법인은 쟁점건물의 신축과 관련하여 2001년도 제1기중 277,519,237원의 환급세액이 발생한 것으로 신고하였고, 처분청은 2001.8.4 2001년도 제1기의 위 환급세액에 대하여는 정당한 것으로 인정하여 청구법인에게 위 환급세액을 지급한 것으로 확인된다.

(라) 처분청은 OO대학교가 쟁점건물의 공사계약금 및 기성고 등 상당한 규모의 자금을 지출하면서 이를 학교의 시설비 명목으로 회계처리하였고, 사립학교법상 학교는 교비를 대여할 수 없도록 되어 있으므로 쟁점건물의 실질건축주를 청구법인이 아닌 OO대학교라고 보았으나,

앞에서 살펴 본 바와 같이, 청구법인은 쟁점건물 신축당시 건축주로서 행정기관의 허가와 승인을 득하고, 2차례 공사도급계약을 체결하였으며, 건물신축후에는 제세공과금을 납부하고, 쟁점건물의 소유권보존등기를 필하였으며, 쟁점건물을 분양·임대하는 등 쟁점건물의 소유자로서 이의 취득·사용·수익과 관련한 제반 법률행위를 수행한 주체임이 확인되고,

쟁점건물의 총 신축공사비(당초 공사도급금액은 10,725,000,000원, 청구법인이 주장하는 공사비는 9,221,000,000원)중 OO대학교가 지출한 공사비는 3,600,000,000원에 불과하고 나머지 공사비는 청구법인이 부담하였을 뿐만 아니라,

청구법인이 2001.2월～9월중 OO대학교가 지출한 공사비 3,600,000,000원(대표이사 차입금 1억원을 포함하여 3,700,000,000원)을 상환한 사실이 확인되는 점으로 보아, OO대학교가 3,600,000,000원을 지출하면서 이를 학교시설비 명목으로 회계처리한 것은 사립학교법 제29조에서 교비의 타인 대여를 금지하고 있기 때문인 것으로 판단되고(OO대학교는 상기자금의 대여상환과 관련하여 사후에 수입·지출 전표를 작성하였으나 결산서에는 반영하지 아니함),

아울러 처분청이 쟁점건물의 신축공사와 관련된 2001년도 제1기분 부가가치세 매입세액에 대하여는 그 환급을 인정한 사실 등을 감안하여 볼 때, 쟁점건물의 건축주를 청구법인으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

따라서 처분청에서 OO대학교를 쟁점건물의 실제건축주로 보고 이의 매입세액공제를 부인하여 이 건 부가가치세를 과세하고, 환급신청을 거부한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.