[주    문]

 OO세무서장이 2009.11.6. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 110,314,950원의 부과처분 중 2009.12.16. 감액경정한 91,937,500원을 제외한 나머지 세액 18,377,450원은 이를 취소한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가.청구인은 OOO OOO OOO OOOOOOOOO OOO O OO,OOOO(OO OOOOOOO OO)O OOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOO OOOOOO, OOOOOOOOOO OOOOOOOOOOO OOO OOO에게 7억6,641만원에 양도하고,2009.5.29.8년 이상자경농지로 인한 양도소득세가감면되는 것으로 보아 2008년 귀속양도소득세 확정신고를하였다.

 나. 처분청은청구인의 쟁점농지 보유기간이 양도소득세 감면 요건(8년)에 미치지 못한다는 사유로 2009.11.6. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 110,314,950원을 경정·고지하였다.

  다. 그 후청구인은 쟁점농지의 8년 이상 자경여부와무관하게쟁점토지의 양도가 대토에 의한 세액감면 요건을 충족한다는 이유로 경정청구를 제기하여2009.12.16. 91,937,500원이 감액경정되었고,나머지 18,377,450원에 대하여 2010.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구인 주장

    청구인은 1999.12월초 홍OOOOO OOOOO OOOOO OOOO OOOOOO의 농가영농규모 적정화 사업자금을 대출 받기 위해 OOOOOO OOOOO OOOO OOO OOO OOO OO OOO OOOO OO, OO OOO와 쟁점농지를 2억6,000만원에 매수하는 매매계약을 체결하고계약금 3,000만원을 지급하였고, 1999.12.14. 중도금 7,000만원을,1999.12.29.쟁점농지를 담보로 제공하여 원덕농협의 대출금(이자율 11.8%～13.5%)으로잔금 1억6,000만원을 각 각 지급하였다.  그 후 OOOOOO로부터농가영농규모 적정화 사업자금지원(이자율 4.5%)을 받기 위하여 형식적으로 OOOOOOO OOO로부터2000.5.10. 취득하여 2000.6.20. 청구인에게 양도하는 방식을 취한 것이다.따라서 쟁점농지의 잔금청산일인 1999.12.29. 취득하여 양도일인2008.3.12.까지 청구인이 쟁점농지를 보유한 기간은 8년3개월로 8년 이상 자경기간 요건을 충족한 것인데도,기간요건을 충족하지 못한다는 이유로 과세한 이 건 처분은 취소하여야 한다.

 나. 처분청 의견

   청구인은 홍OO에게 잔금을 청산한 1999.12.29.을 취득한 것이라고 주장하나, 이를 뒷받침할 수 있는 매매계약서를 제시하지 못하고 있고 계약금 3,000만원의 지급에 대한 증빙도 제시하지 못하므로, OOOOOO로부터 소유권이전등기를 받은 때인 2000.6.20.을 취득시기로 보아 경정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

    쟁점농지의 취득일시기가 잔금청산일(1999.12.29.)인지 아니면 소유권이전 등기접수일(2000.6.20.)인지 여부

 나. 관련법령

   (1)조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것)제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「OOOOOO 및 농지관리기금법」에 의한 OOOOOO 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서생략)

   (2) 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. ～ 2. (생 략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

   (3) 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 것) 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

   (4) 소득세법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정된 것) 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. ～ 4. (생 략)

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

   (5) OOOOOO및농지관리기금법(1999.2.5. 법률 제5759호로 개정된 것) 제18조【농지매매사업등】①공사는 전업농업인의 육성과 농업인이 아닌 자의 농지소유를 억제하기 위하여 농업인이 아니거나 전업 또는 은퇴하고자 하는 농업인등의 농지를 매입하여 전업농업인으로 육성하고자 하는 대상자(이하 "전업농육성대상자"라 한다) 및 농업법인에게 우선적으로 매도할 수 있다.

②공사는 전업농육성대상자 및 농업법인에게 농지구입에 필요한 자금을 우선적으로 지원할 수 있다.

    제23조 (농지매매사업자금의 융자등) ①농림부장관은 제18조·제19조 및 제22조의 규정에 의한 농지매매사업, 농지의 장기임대차사업, 농지의 교환·분합사업에 소요되는 자금을 제31조의 규정에 의한 농지관리기금에서 융자할 수 있다.

 다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

    (가) 청구인은 1968.10.20.부터 쟁점농지의 양도일 현재까지 쟁점농지가 소재하는 OOO OOO OOO에 거주하여 왔고, 쟁점농지를 자경한 사실이 청구인의 주민등록초본과 처분청이 청구인의 대토농지에 따른 감액경정(2009.12.16., 91,937,500원) 관련자료에서 확인된다.

    (나) 청구인과 홍OOO OOOO OOO OOO OOOO OOOO OOOOOO OO(OOOOOO OOOO OO)OO OOOO OOO OOO, OOOO OOOOOOOOOOO OOOOOOO OOO OOOO OOOOO OO O OOOO OOO OOOOO OOOOOOO, OOOOOOOOOOO OOOO OOO(OOOO O)O OOOO OO(OOOOOOO OOOOOOOO)O O,OOOOOO OOOOOO, OOOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOO OOO,OOOOOO OOOO(OOO OOOOO)OO OOOO OOO OOOO OOOOO OOOO OO(OOOOO OOO)OO O,OOOOOO OO(OOO OOOOO)OO OO O OOO,OOOOOO OOOO OO(OOOOOOOOOOOOOOO)O OOO OOO OOOOO OOOOO, OOOO OOOO 계좌 조회자료 등에 나타난다.

    (다) 홍OOO OOOOOOO OOOO OOO OOOOO OO, OOOOOOO OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOO OOOOOOO OOO OOO O,OOOOOO OOOO OO(OO OOOOOOOOOOOOOOOO, OOOO OOO OOOO)O OOOOO, O OOO OOOOOOOOOO OOOO OOOO OOOOOO OO(OO OOOOOOOOOOOOOOO)O OO OO(OOOO OOOOOOO OOO OOOOOOO OO)OOOO, OOOOOOOOOO OO O OOOOOOOO OOOO OOO OOOO OOOO OOOO OOOOO OOOO(OO OOOOOOOOOOOOOOO)O OOOOO, O,OOOOOO OOO OO(OO OOOOOOOOOOOOOOOO)O OOOOOO OOOOO OOOOO OOO OOOOOOOO OOO O OOOO O OOOO OOO OOOO OO OOO, OOO OOO OOO O,OOOOO O O,OOOOOOOO OOOO OO(OO OOOOOOOOOOOOOOOO)O,OOOOOOOO OOOOOO(OO OOOOOOOOOOOOOOOO)O, OOOOOOOO OOOOOO(OO OOOOOOOOOOOOOOO)로 각 대체되었으며, 나머지 3,000만원은 현금으로 인출되었다.

    (라) OOOOOOO OOOO OOOO OOO OOOOO OO,  OOOOOOOOOO OOOOO O,OOOOOO OOOO OOOO OOOOOO OO(OO OOOOOOOOOOOOOOO)로 대체하여 지급하였고, 2001.1.15. 부터 매년 1.15. 원금과 이자를 상환하여 오다가 쟁점농지를 양도한 이후인 2009.1.15. 미변제 잔금을 일시에 모두 상환하였다.

    (마) 쟁점농지의 등기부등본에는 2000.8.21. “이 농지는 OOOOOO 및 농지관리기금법에 의하여 지원된 농지로 OOOOOO의 동의를 얻지 아니하고는 매매계약일로부터 8년 이내에 전매, 증여, 임대 또는 대리 경작할 수 없다”고 등재되었으나, 쟁점농지가 OOO OOOO OO(OO) 된 후인 2008.3.12. 동 내용이 말소된 사실이 확인된다.

    (바)  청구인은 2010.9.1. 조세심판관회의에서 전화에 의한 의견진술을 통하여 1999년 11월 홍OO의 집에 가서 계약금 3,000만원을 지급하고 등기권리증을 받아 왔고, 1999년 12월 OOOOOO OOOOO OOO OOOO OO OOOOO OOO OOOOO OOOOO OOOOOO, OOOOOOOOO OOOOOOO OOOO OOO OOOOOO와 매매형식만 취하였다고 진술하였다.

    (사) OOOOOOOOOOO OOOOOOOO OOO「OOOOOOOO OOO OOOOO OO OO」OOOOOOOOOOOO OO OOOOOOO OOOOOOO OOOOOOOO OOOOOO(OO O OOOOOOO)가 이·탈농하려는 농민의 농지를 매입함으로써 이·탈농을 돕고 그러한 농지를 OOOOOO가 관리하여 필요한 농민에 매도하는 사업이지만, 현실적으로는 농지를 매입하려는 농민이 팔려고 하는 농지소유자를 스스로 물색하여 매매거래를 하게 되고 농어촌공사는 매입하려는 농민에게 장기저리의 농지매입자금을 지원하고 있다고 기술되어 있다.

   (2)「소득세법 시행령」제162조 제1항은 토지의 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 하도록 규정하고 있다.

   (3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건데, 청구인의 쟁점농지 취득과 유사하게 OOOOOO의 농지규모화사업과 관련한 농지매매사업이 현실적으로 농지를 매입하려는 농민이 팔려고 하는 농지소유자를 스스로 물색하여 매매거래를 하게 되고 농어촌공사는 매입하려는 농민에게 장기저리의 농지매입자금을 지원하는 형태로 진행되어 온 점, 청구인이 비록 매매계약서를 분실하여 계약금 지급사실이 불분명하지만1999.12.14. 7천만원을 홍OOO O OOOOO OOO OOO OOOOO OOO OOOO으로부터 대출을 받아서, 1999.12.29. 함OOOO OOO,OOOOOO OOOO OO OOO OOOO OOO O,OOOOOOO OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOO O,OOOOOO OOO OOOO OOOO OOOOOOOOO OO OOO OOOO OOOOOOO  OOOOOO에 대체 납부된 점 등을 고려할 때, 1999.12.29. 홍OO에게 쟁점농지의 잔금을 지급하였으므로 이날이 쟁점농지의 취득시기라는 주장이 신빙성있어 보인다.

  따라서 처분청이 쟁점농지의 취득일을 2000.6.20.로 보고, 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면 적용을 배제하고 과세한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결  론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.