[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가. 청구인은 2007.7.23. OOO OOO OOO OOO 542 답 430㎡ 및 동소 544 답 2,658㎡, 동소 548-4 전 98㎡ 합계 3,186㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 한국토지공사에게 양도한 후, 양도소득 과세표준을1,424,833천원으로 산정하고 8년 이상자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용(산출세액 492,128,481원 중 100,000,000원을 감면세액으로 차감)하여 2008.6.2. 양도소득 과세표준을 확정신고하였다가, 2008.11.17. 쟁점토지가 비영리내국법인의 고유목적사업용 고정자산이므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 보아 경정 등의 청구를 하였다. 

 나. 처분청은쟁점토지가 비영리내국법인의 고정자산에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구인의 경정 등의 청구를 거부하면서 당초 신고시 신고세액 401,240,030원을 처분청에 납부하지 않았으므로 납부불성실가산세 43,815,412원을 적용하여 2009.6.9. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 445,055,440원을 경정·고지하였다.

 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.15. 이의신청을 거쳐 2009.9.4. 심판청구를 제기하였다.

 2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구인 주장

  (1) 쟁점토지의 사실상 소유자는 비영리내국법인인 ‘OOOO’이므로 쟁점토지는 양도소득세 과세대상이 아니다.

   (2) 쟁점토지는 환매계약에 부수하여 매매계약이 체결되어 양도된 것이므로 양도소득세 면제 내지 감면대상에 해당한다.

   (3) 쟁점토지 중 548-4 전 98㎡는 도로이므로 이 부분에 대한 양도소득세는 비과세되어야 한다.

  나. 처분청 의견

  (1) 매매계약체결 및 등기이전 등 쟁점토지의 처분절차가 청구인 개인 자격으로 이루어졌고, 청구인이 쟁점토지의 사실상 소유자라고 주장하는 OOOO는 주무관청으로부터 비영리법인의 설립허가를 받았거나 관할 세무서장에게 법인으로 신청하여 승인받은 사실이 없어 세법상 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니하므로 쟁점토지가 비영리내국법인의 고정자산이라는 청구주장은 이유없다.   

   (2) 쟁점토지에 대하여 환매특약이 약정되었거나 부동산등기부상 환매특약이 등기된 사실이 없으므로 이 부분에 대한 청구주장 또한 이유없다.

   (3) 쟁점토지의 매매계약서 등을 보면, 청구인은 쟁점토지 중 548-4 전 98㎡를 140,042천원에 유상양도한 것으로 나타나는 바, 양도소득세가 비과세되어야 한다는 청구주장 역시 받아들이기 어렵다.

 3. 심리 및 판단

  가. 쟁 점

   (1) 쟁점토지가 사실상 비영리내국법인 소유로 당해 법인의 고유목적사업에 직접 사용되는 고정자산에 해당하여 양도소득세 과세대상에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

  (2) 쟁점토지는 환매계약에 부수하여 토지 매매계약이 체결되어 양도되었으므로 양도소득세가 감면 내지 면제되어야 한다는 청구주장의 당부

   (3) 쟁점토지 중 일부는 도로이므로 이 부분에 대한 양도소득세가 비과세되어야 한다는 청구주장의 당부

  나. 관련법령

  (1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)

제1조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2.“비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

  가.「민법」제32조의 규정에 의하여 설립된 법인

  나. 「사립학교법」기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서「민법」제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)

   다.「국세기본법」제13조 제4항의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)

제3조【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

 (2) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것)

제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

 (3) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것)

제13조【법인으로 보는 단체】① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다

1.주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

②제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  (4) 국세기본법 시행령

제8조【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 기타 필요한 사항

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에「부가가치세법 시행령」제8조 제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서「법인세법」제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다.

  (5) 소득세법

제88조【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

  (6) 소득세법 시행령

제151조【양도로 보지 아니하는 경우】① 법 제88조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 채무자가 채무의 변제를 담보하기 위하여 자산을 양도하는 계약을 체결한 경우에 다음 각호의 요건을 갖춘 계약서의 사본을 과세표준확정신고서에 첨부하여 신고하는 때에는 이를 양도로 보지 아니한다.

1. 당사자간에 채무의 변제를 담보하기 위하여 양도한다는 의사표시가 있을 것

2. 당해 자산을 채무자가 원래대로 사용ㆍ수익한다는 의사표시가 있을 것

3. 원금ㆍ이율ㆍ변제기한ㆍ변제방법 등에 관한 약정이 있을 것

② 제1항의 규정에 의한 계약을 체결한 후 동항의 요건에 위배하거나 채무불이행으로 인하여 당해 자산을 변제에 충당한 때에는 그 때에 이를 양도한 것으로 본다.

  다. 사실관계 및 판단

   (1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

    (가) 쟁점토지의 부동산등기부등본 및 처분청의 양도소득세 현지확인조사서를 포함한 기타 심리자료를 보면, 아래와 같다.

     1)  쟁점토지 중 544 답 2,658㎡ 및 548-4 전 98㎡는  1982.11.2.에 나머지 542 답 430㎡는 2001.3.29.에 청구인 명의로 소유권이전등기가 각각 경료되었다.

     2) 쟁점토지는 2007.7.23. 아래 <표> 내역과 같이 한국토지공사에게 공공용지 협의취득을 원인으로 양도되었다.

OOOOOOOOO OOOO OOOO

(OO O O, O)

   (나) 한편, 청구인은 쟁점토지의 사실상 소유자는 비영리내국법인인 OOOO이므로 쟁점토지는 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하면서, OOOO의 사찰등록증 및 주지 임명장, 청구인의 승려증, 처분청의 납세번호증 등을 관련증빙으로 제출하고 있다.

   (다) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대,

        「국세기본법」제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 법인격이 없는 단체 중 ①주무관청의 인·허가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체 또는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 단체, ② 대표자 등이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 단체를 세법상 법인으로 보는 단체로 각각 규정하고 있는 바, 청구인이 쟁점토지의 사실상 소유자라고 주장하는 OOOO의 경우 주무관청의 인·허가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사실이 없는 점, 그리고 관할 세무서장에게 단체로서 승인을 받은 사실도 없는 점으로 보아 세법상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다 하겠다.

        또한, 쟁점토지는 당초 청구인 명의로 소유권이전등기가 경료되었다가 한국토지공사에게 양도된 점 등으로 보아 OOOO를 쟁점토지의 사실상 소유자로 보기도 어려울 뿐만 아니라 설령, OOOO를 비영리내국법인으로 보더라도 쟁점토지가 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용되는 고정자산으로 인정할 만한 증빙자료도 제출되지 않았다.

        따라서, 쟁점토지가 양도소득세 과세대상이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

   (2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

    (가) 청구인은 쟁점토지는 환매계약에 부수하여 매매계약이 체결되어 양도된 것이므로 양도소득세면제 내지 감면대상에 해당한다고 주장하면서 청구인과 한국토지공사의 2007.6.27. 환매특약부 존치대상토지 매매계약서 등을 증빙자료로 제출하고 있다.

    (나) 청구인이 제출한 위 환매특약부 존치대상토지 매매계약서를 보면, 토지의 표시로 “OOO OOO OOO OOO 548-2 전 1,012㎡”라고 기재되어 있고, 쟁점토지의 2007년 6월 및 7월 각 매매계약서와 부동산등기부등본 등을 보면, 쟁점토지에 대하여 환매특약을 약정하였거나 부동산등기부상 환매특약등기를 경료한 사실이 없는 것으로 나타난다.

    (다) 위 사실관계를 종합하여 보건대, 청구인이 주장하고 있는 환매특약부 매매계약은 OOO OOO OOO OOO 548-2 토지에 대한 계약으로 쟁점토지와는 무관한 것으로 보인다.

         따라서, 쟁점토지에 대하여 환매특약을 약정하였거나 부동산등기부상 환매특약등기를 경료한 사실이 없으므로 이 부분에 대한 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 

   (3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다.

    (가) 쟁점토지의 매매계약서를 보면, 쟁점토지 중 548-4 전 98㎡의 양도가액이 140,042천원으로 나타난다.

    (나) 청구인은 쟁점토지 중 548-4 전 98㎡는 도로이므로이 부분에 대한 양도소득세가 비과세되어야 한다고 주장하나,

         위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대,「소득세법」제88조 제1항에 의하면,자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우를 양도소득세의 과세대상이 되는 ‘양도’로 규정하고 있는 바, 매매계약서상 양도가액에 관한 약정내용을 비추어 볼 때, 청구인은 위 548-4 전 98㎡를 유상양도한 것으로 볼 수 있고, 이는 양도소득세의 과세대상이 되는 양도에 해당한다 할 것이므로 이 부분에 대한 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.