[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가. 청구법인은 사회복지사업을 영위하는 비영리법인으로서 1971.10.1.OOO 목장용지 등 32필지(662,354㎡)를취득하여 2007.7.2. 주식회사 OOO에게 470억원에 양도한 후 2007사업연도 법인세 신고시 비사업용 토지의 양도로 보아 양도차익의 30%에상당하는 14,039,639천원을 법인세로 납부하였으나 2008.12.23.위토지는 사업용 토지에 해당한다고 경정청구를 제기하였다.

 나. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대한 2009.2.4. 국세청에 과세자문 결과OOO 대지 753㎡는 사업용 토지로보아 55,038천원을 환급하고, 이를 제외한 (별표)의 31필지661,601㎡(이하“쟁점토지”라 한다)에 대해서는 비사업용 토지에 해당한다고 판단하여2009.3.25. 경정청구를 거부하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.5.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

  (1) 쟁점토지 중 농지

   쟁점토지 중 농지는 도시지역안의 농지에 해당하지 아니하고 양도농지에 실제 농작물(고구마, 감자, 채소, 옥수수 등)을 재배하여가축용 사료로 사용하였으며, 양도농지의 일부면적은 「농지법」제6조제2항 제7호 등에 의하여 임야를 전용하여 취득한 농지이므로 「법인세법」제55조의2 제2항 제1호 가목에 의하여 당연히 사업용 토지에 해당되고,국세청 예규에서도 비영리사업자가 사업에 직접 사용하는 농지는재촌·자경 여부와 관계없이 사업용으로 규정하고 있으며, 개인의경우2006.12.31. 이전에 20년이상 소유한 농지를 2009.12.31.까지 양도하는 경우 사업에 직접 사용하였는지 여부에 불구하고 사업용 토지로 규정하고 있는 등 청구법인의 쟁점토지 중 농지는 「법인세법시행령」에서규정하는 제사, 종교, 자선, 학술, 기예, 그 밖의 공익사업을 목적으로하는 「지방세법」 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리 사업자가그 사업에 직접 사용하는 농지이므로 사업용 토지에 해당한다.

  (2) 쟁점토지 중 목장용지

   청구법인의 쟁점토지 중 목장용지는 1971년에 취득하여 양도일까지축산업에 직접 사용한 토지로서 국가로부터 「초지법」제5조의 규정에의거 초지 조성허가를 득하여 목장용지로 실제 사용하던 토지로 같은 법제21조의2의 규정에 의하여 사용이 금지된 토지이므로「법인세법」제55조의2 제3항의 규정에 의거 사업용 토지에 해당한다.

   청구인은 목장용지에서 생산한 축산물(우유 등)로 복지시설 등에무료 기부는 물론 판매대금으로 정관에 규정된 사업에 직접 사용하였으므로 「법인세법 시행령」제92조의7 제3항의 규정에 의거 축산업이주업에 해당되어 사업용 토지에 해당한다.

  (3) 쟁점토지 중 임야

   양도한 임야의 일부는 초지조성 허가를 받아 목장용지로 사용하던토지와 인접하여 사용이 사실상 제한되어 있었고, 임야의 경우 수익이발생하지 아니하였으나 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항 제2호의 규정에 의하면 2006.12.31. 이전에 20년이상 소유한 농지및 임야, 목장용지로서 2009.12.31.까지 양도하는 경우 거주 또는사업과관계없이 사업용 토지에 해당하나 법인이 소유한 토지라 하여비사업용토지로 보는 것은 공평과세 및 평등의 원칙에 위배되는 것으로 당연히사업용 토지로 보아야 한다.

 나. 처분청 의견

 (1) 쟁점토지 중 농지

   청구법인이 양도한 농지는 「법인세법」 제55조의2 제2항 제1호에의거 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이고, 같은 항 제3호에 규정한제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는「지방세법」 제186조제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에직접 사용하는 토지에 해당하지 아니하므로 사업용 토지로 보기 어렵다.

 (2) 쟁점토지 중 목장용지

   청구법인은 부동산임대업과 축산업을 수익사업으로 운영하는 비영리법인으로 부동산임대 수입금액이 축산업 수입금액보다 많으므로축산업을 주업으로 하는 법인에 해당하지 아니하고, 1998년 이후에는축산업에 대한 수입금액 신고내용이 없으며, 목장으로 운영한 사실도확인되지 아니하므로 축산업을 주업으로 하지 아니한 법인이 소유한목장용지는 비사업용 토지에 해당하는 것이다.

  (3) 쟁점토지 중 임야

   청구법인이 양도한 임야는 「법인세법」 제55조의2 제2항 제2호에 의하여산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야에 해당하지 아니하고,임업을주업으로 하지 아니하며, 당해 법인의 업무에 직접 관련이 있다고인정할 만한 상당한 이유가 없으므로 비사업용 토지에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

   공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자의 쟁점토지를 비사업용토지의 양도로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

 나. 관련법령

  (1) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정된 것)

  제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을양도한 경우에는당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

    1.·2. (생  략)

    3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

   ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

    1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서"농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

     가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다.

     나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다.

    2.임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다.

     가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것

     나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것

     다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것

    3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는목장용지. 다만，토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다.

     가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다)

     나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지

    4. ~ 7. (생  략)

    ③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

    ④ ~ ⑦ (생  략)

  (2) 법인세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19255호로 개정된 것)

  제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

    1.토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

     가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

     나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

     다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

    2.토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

     가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

     나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

     다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

    3.토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

     가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

     나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

  제92조의4【토지지목의 판정】법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의등재현황에 의한다.

  제92조의5【농지의 범위 등】① 법 제55조의2 제2항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

   ② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

    1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

    2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서생산한 농산물을 당해 법인이 제조ㆍ생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 “사용비율”이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

   ③ 법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에서 "「농지법」 그 밖의법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지" 라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

    1. 「농지법」 제6조 제2항 제2호ㆍ제5호ㆍ제9호 가목 또는 라목에 해당하는 농지

    2. 「농지법」 제6조 제2항 제6호의 규정에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 동법 제6조 제2항 제7호의 규정에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

    3. 「농지법」 제6조 제2항 제9호 마목 내지 사목의 규정에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

    4. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

    5.제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로하는「지방세법」 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가그 사업에 직접 사용하는 농지

    6. 「농지법」 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 재정경제부령이 정하는 농지

  제92조의6【임야의 범위 등】① 법 제55조의2 제2항 제2호 가목에서“공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다.

    1. 「산림법」에 따른 산림유전자원보호림(山林遺傳資源保護林)ㆍ보안림ㆍ채종림(採種林)ㆍ시험림

    2. 사찰림 또는 동유림(洞有林)

    3. 「자연공원법」에 따른 공원자연보존지구 및 공원자연환경지구 안의 임야

    4. 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」에 따른 도시공원 안의 임야

    5. 「문화재보호법」에 따른 문화재보호구역 안의 임야

    6. 「전통사찰보존법」에 따라 전통사찰이 소유하고 있는 경내지

    7. 「개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법」에 따른 개발제한구역 안의 임야

    8. 「군사시설보호법」에 따른 군사시설보호구역, 「해군기지법」에 따른 해군기지구역 및 「군용전기통신법」에 따른 특별보호구역 안의 임야

    9. 「도로법」에 따른 접도구역 안의 임야

    10. 「철도안전법」에 따른 철도보호지구 안의 임야

    11. 「하천법」에 따른 연안구역 안의 임야

    12. 「수도법」에 따른 상수원보호구역 안의 임야

    13. 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 재정경제부령이 정하는 것

    ② 법 제55조의2 제2항 제2호 나목의 규정을 적용함에 있어 주업은 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업연도 종료일 현재 당해 법인의 총자산가액 중 당해 사업에 공여되는 자산의 가액이 큰 사업으로 한다.

    ③ 법 제55조의2 제2항 제2호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 「산지관리법」에 따른 산지 안의 임야로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 임야를 말한다. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(동법 시행령 제30조의 규정에 따른 보전녹지지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 임야로서 도시지역으로 편입된 날부터 2년이 경과한 임야를 제외한다.

    1. 「산림법」에 따른 영림계획인가를 받아 시업(施業)중인 임야

    2. 「산림법」에 따른 특수개발지역 안의 임야

    ④ 법 제55조의2 제2항 제2호 다목에서 "대통령령이 정하는 것" 이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

    1. 「산림법」에 따른 종ㆍ묘 생산업자가 산림용 종자 또는 산림용 묘목의 생산에 사용하는 임야

    2. 「산림법」에 따른 자연휴양림을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야

    3. 「수목원조성 및 진흥에 관한 법률」에 따른 수목원을 조성 또는 관리ㆍ운영하는 사업에 사용되는 임야

    4. 산림조합 및 산림계가 그 고유목적에 직접 사용하는 임야

    5.제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법」 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야

    6. 종중이 소유한 임야(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

    7. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황，소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있는 임야로서 재정경제부령이 정하는 임야

  제92조의7【목장용지의 범위 등】① 법 제55조의2 제2항 제3호에서 “목장용지”라 함은 축산용으로 사용되는 축사와 부대시설의 토지, 초지 및 사료포(飼料圃)를 말한다.

    ② 법 제55조의2 제2항 제3호 각 목외의 부분 단서에서 “법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

    1. 종중이 소유한 목장용지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

    2. 「초ㆍ중등교육법」과 「고등교육법」에 따른 학교 및 「축산법」에 따른 가축개량총괄기관과 가축개량기관이 시험ㆍ연구ㆍ실습지로 사용하는 목장용지

    3.제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 「지방세법」 제186조 제1호 본문의 규정에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 목장용지

    4. 그 밖에 토지의 소유자, 소재지, 이용상황, 소유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있는 목장용지로서 재정경제부령이 정하는 것

    ③ 법 제55조의 2 제2항 제3호 가목의 규정을 적용함에 있어서 주업은 다음 각 호에 따라 판정한다.

    1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다. 다만，「농업협동조합법」에 의하여 설립된 농업협동조합과 농업협동조합중앙회는 이를 축산업을 주업으로 하는 법인으로 본다.

    2. 제1호 본문의 규정에 불구하고 당해 법인이 축산업에 직접 사용한 목장용지에서 생산한 축산물을 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하고 그 축산업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 축산업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 축산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율" 이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 목장용지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 목장용지에 한하여 축산업을 주업으로 하는 것으로 본다.

    ④·⑤ (생  략)

 (3) 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정된 것)

  제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

    1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

    2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

    3.「사회복지사업법」의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인

  제182조【과세대상의 구분】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

    1.종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

     가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는면제되는 토지

     나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

    2.별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지.다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

    3.분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각목의 1에 해당하는 토지

     가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

     나.산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야및 종중소유 임야로서대통령령이 정하는 임야

     다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조 동항 각호외의 부분후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조 동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지

     라. 가목 내지 다목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

    ② 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 과세대상의 구분방법, 주택부속토지의 범위산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제186조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다.

    1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가그 사업에 직접 사용하는 부동산.이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다.

    2. ~ 8. (생  략)

  (4) 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정된 것)

  제132조【분리과세 대상토지의 범위】① 법 제182조 제1항 제3호 가목에서 “공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각호에서 정하는 것을 말한다.

    1. (생  략)

    2. 전ㆍ답ㆍ과수원

     가. 전ㆍ답ㆍ과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 과세기준일 현재실제 영농에 사용되고 있는 개인이 소유하는 농지.다만, 특별시지역ㆍ광역시지역(군지역을 제외한다)ㆍ시지역(읍ㆍ면지역을 제외한다)의 도시지역 안의 농지는 개발제한구역과 녹지지역 안에 있는 것에 한한다.

     나.·다. (생  략)

     라. 관계법령의 규정에 의한사회복지사업자가 복지시설의 소비용에 공하기 위하여 소유하는 농지

     마.·바.(생  략)

    ④ 법 제182조 제1항 제3호 라목에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각호에서 정하는 토지(법 제182조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 토지를 제외한다)를 말한다. 다만, 제5호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 의한 토지는 동호 규정에 의한 시설 및 설비공사를 진행중인 토지를 포함하며, 제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지는 취득일부터 5년이 경과한 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지를 포함하지 아니하다.

    14. 제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지

 (5) 농지법

  제6조【농지 소유 제한】① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

   ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

    1. 국가나 지방자치단체가 농지를 소유하는 경우

    2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 농림수산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지ㆍ연구지ㆍ실습지 또는 종묘생산지로 쓰기 위하여 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

    3. 주말ㆍ체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미생활이나 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다. 이하 같다)을 하려고 농지를 소유하는 경우

    4. 상속[상속인에게 한 유증(遺贈)을 포함한다. 이하 같다]으로 농지를 취득하여 소유하는 경우

    5. 대통령령으로 정하는 기간 이상 농업경영을 하던 자가 이농(離農)한 후에도 이농 당시 소유하고 있던 농지를 계속 소유하는 경우

    6. 제13조 제1항에 따라 담보농지를 취득하여 소유하는 경우(「자산유동화에 관한 법률」 제3조에 따른 유동화전문회사등이 제13조 제1항 제1호부터 제4호까지에 규정된 저당권자로부터 농지를 취득하는 경우를 포함한다)

    7. 제34조 제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

    8. 제34조 제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우

    9. 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」 제24조 제2항에 따른 농지의 개발사업지구에 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 1천500제곱미터 미만의 농지나 「농어촌정비법」 제98조 제3항에 따른 농지를 취득하여 소유하는 경우

    9의 2. 「농어촌정비법」 제2조 제10호에 따른 한계농지 중 최상단부부터 최하단부까지의 평균경사율이 15퍼센트 이상인 농지로서 대통령령으로 정하는 농지를 소유하는 경우

    10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

     가.「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따라 한국농촌공사가농지를 취득하여 소유하는 경우

     나. 「농어촌정비법」 제16조ㆍ제25조ㆍ제43조ㆍ제82조 또는 제100조에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우

     다. 「공유수면매립법」에 따라 매립농지를 취득하여 소유하는 경우

     라. 토지수용으로 농지를 취득하여 소유하는 경우

     마.·바. (생  략)

    ③ 제23조 제2호부터 제6호까지의 규정에 따라 농지를 임대하거나 사용대(使用貸)하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 그 기간 중에는 농지를 계속 소유할 수 있다.

    ④ 이 법에서 허용된 경우 외에는 농지 소유에 관한 특례를 정할 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인은 사회복지사업을 영위하는 비영리법인으로서1971.10.1. 취득한 쟁점토지 등을 2007.7.2. 매매대금 470억원에 주식회사OOO에게 양도하고, 비사업용 토지의 양도로 보아 양도차익의 30%에 상당하는 14,039백만원을 2007사업연도 법인세로 신고·납부하였다.

  (2) 청구법인은 「법인세법 시행령」에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 농지 등은 사업용토지로 규정하고 있으므로 쟁점토지 등은 사업용 토지에 해당한다는 이유로 2008.12.23.경정청구를 제기하였다.

  (3) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여2009.2.4. 쟁점토지 등의사업용 토지 해당 여부를 국세청에 과세자문을 신청하였고, 이에 국세청장은「지방세법」 제186조 제1호에 다른 비영리사업자가 소유하는 농지, 임야 및목장용지(이하 “농지 등”이라 한다)를 제사·종교·자선·학술·기예그 밖의 공익사업에 직접 사용하지 않는 경우 해당 농지 등은 「법인세법 시행령」 제92조의5 제3항 제5호, 제92조의6제4항제5호 및 제92조의7 제2항 제3호에 따른 농지, 임야및 목장용지에 해당하지 아니하는 것이며,초지를 취득한 후 「초지법」제21조의2 및 같은 법 제23조에 따라 초지의형질변경 등이 제한된 경우로서 사료재배 등 초지 본래의 용도로의사용이 금지 또는 제한되지 아니한 경우 해당초지는 「법인세법 시행령」제92조의11 제1항 제1호의 “법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당하지 아니하는 것이라고 회신OOO하였음이 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다.

  (4) 처분청은 국세청의 과세자문 결과를 청구인에게 회신(2009.3.24.)하면서 청구법인이 양도한 농지 등에서 「지방세법」상 분리과세 대상이고, 사업에 직접 사용한 충청남도천안시 풍세면 용정리 915-30 대지 753㎡에 대해서는 사업용 토지로보아 2009.4.10. 55,038,330원을 환급하고,쟁점토지에 대하여는 비사업용 토지로 판단하여 경정청구 거부처분하였다.

 (5) 처분청은 쟁점토지 중 목장용지에 대하여 청구법인의 사업목적에 직접 사용하지 아니하였다는 증거서류로 OOO이 2002년 및2007년에 촬영한 항공사진 사본과 청구법인의 수입금액 신고내역을 제출하였는 바, 항공사진에는 축사나 가축으로 추정되는 형체가 보이지 않아 목장을 운영한 사실이 확인되지 아니하고, 축산업에 대한 수입금액은 1997년에 38,438천원만이 신고되어 있어 축산업을 주업으로 하는 법인으로 보기 어려우며, 쟁점토지 중 농지 및 임야의 경우에도 청구법인의 사업에 직접 사용한 내역이 확인되지 아니하여 비사업용 토지에 해당한다는 의견이다.

  (6) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 보면, 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에직접 사용하는 농지 등은 비사업용 토지에서 제외하고 있으나, 처분청에서 제시한 항공사진, 수입금액 신고내역 등에 비추어 청구법인은쟁점토지를사업목적에 직접 사용하였다고 보기 어려울 뿐 아니라,농업·축산업·임업 등을 주업으로 하는 법인에 해당하지 아니하므로 쟁점토지를비사업용 토지로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별표> 쟁점토지 양도내역

(단위 : 원)