[주    문]

OO세무서장이 2009.5.11. 청구법인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 9,053,040원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이    유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 OOO OOO OOOOOOO OOOOO OO에서 하수도시설물 유지 및 보수관리업을 영위하는 법인으로서, 2008.10.29. (주)OOOOO이하 “OOOOO”라 한다)로부터 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 매입하고 공급가액 5억원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2009.1.25. 매입세액 공제하여 부가가치세 환급신고를 하였다.

나. 처분청은 부가가치세 환급 현지조사 결과 OOOOO는 당초  (주)OOOOOOO(이하 “OOOOOOO ”라 한다)로부터 쟁점특허권을 취득하는 계약을 체결하였고 일부 대금을 지급하였으나, 이 후  OOOOOOO, OOOOO, 청구법인 3자간 기술이전계약에 따라 쟁점특허권을 청구법인에게 양도하기로 하였다 하여 OOOOO가 청구법인에 발행한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 2009.5.10. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 9,053,040원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.4. 이의신청을 거쳐 2009.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

   「국세기본법」 제14조에 의하면 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세자로 하여 세법을적용하도록 규정하고 있으며, 국세 심판례(OO OOOOOOOOO,OOOOOOOOO.)는 법인이 개발하고 사용하였으나 상표등록원부상 상표권자가 법인의 대표자인 경우 사실상 법인이 개발·취득한 법인의 자산으로 보아야 한다고 해석하고 있으며, 대법원 판례(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)는 특허권 및 실용신안권이 대주주의 명의로 등록되어 있으나 개인이 단독으로 특허권 등을 개발하였다고 보기 어려운 경우 당해 특허권 등은 법인과 공동으로 개발한 것으로 공동소유로 인정하여야 한다고 판시하고 있다.

   OO기술연구소는 ‘자주식 물막이 수밀패널 및 이를 이용한 지하구조물의 보수보강공법’을 개발하고 2003년부터 2006년에 걸쳐 관련 기술에 대한 쟁점특허권을 특허등록원부상 대표이사 OOO 및 그의 아들 OOO의 이름으로 등록하였으나, OO기술연구소가 쟁점특허권과 관련한 기술을 개발하여 사업을 하고 있었고, 특허를 신청하기 위하여 OO기술연구소가 비용을 지출하고 OO기술연구소의 자산으로 계상하였으며, OO기술연구소의 재무상태가 좋지 아니하여 쟁점특허권을 대표이사 등의 명의로 할 유인이 있었고, 기술이전계약서상 쟁점특허권의 양도인은 OO기술연구소로서 쟁점특허권 양도에 대한 대가가 OO기술연구소에 실제로 입금된 사실은 쟁점특허권이 OO기술연구소의 자산임을 적극적으로 표시하는 증거라 볼 수 있어 공부상의 형식에도 불구하고 OO기술연구소가 쟁점특허권의 실질적인 소유자이다.

   OOOOO가 당초 계약서에 의한 대금지급의무를 이행하지 못할 것이 예상되자 OO기술연구소와 OOOOO는 2008.2.25. 합의서를 작성하여 대금지급시기를 재조정하였다가 청구법인에게 매수인의 지위를 양도하는 3자간 기술이전계약서를 체결하였으므로 계약이 자동 해지되는 규정은 적용되지 아니하며, OOOOO는 OO기술연구소가 실질적으로 소유하는 쟁점특허권을 매입하는 과정중에 대금의 일부를 지급한 상태에서 3자간 기술이전 계약에 따라 청구법인에게 쟁점특허권을 취득할 수 있는 권리를 양도하였으므로 이는 재산적 가치가 있는 권리를 양도한 것으로서 「부가가치세법」 제6조 및 같은 법 시행령 제1조에 따라 재화의 공급에 해당하며 부가가치세 과세대상 거래로서 세금계산서를 발행하여야 하는 것이다.

   처분청은 청구법인이 OOOOO에 쟁점세금계산서상의 대금지급내역을 제시하지 못하고 OO기술연구소와 OOOOO가 부가가치세를 납부하지 아니한 사실로 쟁점세금계산서가 가공이라고 판단하였으나, 청구법인이 자금사정으로 대금지급을 하지 못한 것은 이는 쟁점세금계산서 발행의 적법성에 영향을 미치지 못하며, OO기술연구소와 OOOOO가 부가가치세를 납부하지 아니한 것은 자금사정에 의하여 지급이 늦어진 것으로 이는 2008년 재무제표상 당기손실 및 누적손실로 인하여 이월결손금이 확대된 사실로 알 수 있고 처분청의 부가가치세 환급 현지확인 조사 이후 체납세액에 대하여 납부 노력을 기울인 결과 2009년도에 전부 완납하였으며 실제로 청구법인에게 쟁점특허권의 명의가 이전되어 가공거래가 아니므로 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

   OO기술연구소와 OOOOO의 당초계약서 제6조 제2항 라)에 의하면 OOOOO가 의무를 이행하지 않을 경우 본 계약은 자동 해지된다고 되어 있는 바, 청구법인의 주장대로 OOOOO가 특허권을 취득하는 과정상 잔금 미지급 등의 사유로 계약이 변경되었다면 「부가가치세법 시행령」 제59조 제2항에 의거 OO기술연구소는 당초 OOOOO에게 발행한 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 발행하여야 함에도 관련 수정세금계산서를 발행하지 아니하였으며, OO기술연구소는 OOOOO에게 발행한 세금계산서에 대한 (-)매출세금계산서를 교부하여야 하고, OOOOO의 권리를 승계한 청구법인에게 관련 세금계산서를 발행하였어야 한다.

   청구법인은 특허권 등재여부가 부가가치세 과세대상 여부가 될 수 없다고 주장하나, 「특허법」 제101조에 의거 특허권 이전시 등록되지 아니한 경우 그 효력이 발생하지 아니한다고 명시되어 있는 바, OOOOO가 특수관계자인 OO기술연구소에게 쟁점특허권 매입 잔금을 미지급하여 특허권 이전 등록을 하지 못한 상태에서 쟁점특허권을 청구법인에게 양도한 것이어서 OOOOO는 쟁점특허권에 대한 권리가 없음에도 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행한 것이므로 쟁점세금계산서는 「부가가치세법」 제17조 제2항에 의한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

   (1) 부가가치세법

   제6조 【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

   제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

   (2) 부가가치세법 시행령

   제1조 【재화의 범위】① 「부가가치세법」(이하 “법”이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ기계ㆍ건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력ㆍ열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다.

   (3) 법인세법 시행령

   제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매 : 그 상품 등을 인도한 날

2. 상품 등의 시용판매 : 상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다

   (4) 특허법

   제101조【특허권 및 전용실시권의 등록의 효력】 ① 다음 각호에 해당하는 사항은 이를 등록하지 아니하면 그 효력이 발생하지 아니한다.

  1. 특허권의 이전(상속 기타 일반승계에 의한 경우를 제외한다)·포기에 의한 소멸 또는 처분의 제한

  2. 전용실시권의 설정·이전(상속 기타 일반승계에 의한 경우를 제외한다)·변경·소멸 (혼동에 의한 경우를 제외한다) 또는 처분의 제한

  3. 특허권 또는 전용실시권을 목적으로 하는 질권의 설정·이전(상속 기타 일반승계에 의한 경우를 제외한다)·변경·소멸(혼동에 의한 경우를 제외한다) 또는 처분의 제한

다. 사실관계 및 판단

   (1) 청구법인은 2008.10.29. OOOOO로부터 쟁점특허권을 매입하고 공급가액 5억원의 쟁점세금계산서를 수취하여 2009.1.25. 매입세액 공제하여 부가가치세 환급신고를 하였으나, 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 2009.5.10. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 9,053,040원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

   (2) OO기술연구소(대표이사 OOO)는 2003년～2006년에 걸쳐 쟁점특허권을 등록하였는 바, 특허등록원부의 특허권 등록 및 이전 현황은 아래 <표>와 같다.

   (3) 청구법인은 쟁점세금계산서는 OOOOO가 쟁점특허권을 매입하는 과정에서 3자간 기술이전계약에 따라 청구법인에게 쟁점특허권을 취득할 수 있는 권리를 양도함에 따른 것이어서 이는 「부가가치세법」상 재화의 공급에 해당하는 거래에 따른 세금계산서라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

    (가) 당초 기술이전계약서(2007.11.23.)에 의하면, OO기술연구소 및 대표이사 OOO(갑)은 OOOOO 대표 OOO(을)와 쟁점특허 관련 기술을 이전하는 계약을 체결하였고, 제6조 제2항은 선급기술료는 13억원, 2회 분할 납부하고, 이를 이행하지 않을 경우 본 계약은 자동해지된다고 규정하고 있으며, 제15조 제2항은 갑과 을은 상호 합의하에 본건 관련 사업은 계약당사자 또는 제3자 회사나 법인 등으로 할 수 있고 이 경우 조건은 본건 계약과 동일하게 모든 권리와 의무를 승계하는데 동의한다고 되어 있다.

    (나) 기술이전계약서(2008.10.29.)에 의하면, 위 갑과 을 및 청구법인(병)은 쟁점특허 기술이전계약을 재계약하기로 하고, 제1조 제1항은 당초 계약서 제15조 제2항에 따라 을의 권리와 의무를 병이 승계함을 갑이 동의하고, 제2조는 을이 2008.9.11. 갑에게 지불한 5억원을 제외한 잔금을 지불한다고 되어 있다.

    (다) 확인서(2009.7.28.)에 의하면, OOOO연구소 대표이사 OOO은 쟁점특허권을 취득하기 위하여 OOOO연구소가 비용을 지출하였고 실질적인 권리자이나 대표이사 개인 명의로 등록한 것은 쟁점특허권 등록 당시 OOOO연구소가 사업상 어려움을 겪고 있어 이에 국세 체납 등 채무가 연체되고 있는 상황에서 회사 명의로 특허권을 취득할 경우 가압류될 것을 우려한 것이고 아들 명의로 된 특허권은 대학생 신분으로 학점 취득의 이점을 취하기 위함이었다고 하고 있다.

    (라) 세금계산서를 보면, OOOO연구소가 2008.9.11. OOOOO에 기술이전 계약금으로 공급가액 5억원의 세금계산서를 발행한 것으로 되어 있고, OOOOO는 2008.10.29. 청구법인에 특허권양도대금으로 공급가액 5억원의 쟁점세금계산서를 발행하였으며, OOOOO는2008.1.7.～2008.9.11.까지 OOOO연구소의 OO은행 계좌(OOOOOOOOOOOOO)로 345,000천원을 송금한 것으로 나타난다. 

    (마) 특허권등록원부를 보면 쟁점특허권의 특허 권리자는 청구법인의 공동대표자이자 OOOO연구소의 대표이사인 OOO과 그의 아들 OOO 개인 명의로 등록되었다가 2008.12.5. 청구법인으로 명의가 이전된 것으로 나타난다.

    (바) 손익계산서를 보면 OO기술연구소는 2007년 당기순손실 179,188천원, 2008년 당기순손실 153,268천원으로 나타나고, OOOOO는 2008년 당기순손실 5,537,744천원으로 나타난다.

    (사) 2009.10.14. 발급한 OO기술연구소의 부가가치세 납세사실증명을 보면, 2008년 귀속 부가가치세를 2009.3.1. 41,211,940원, 2009.7.31. 5,623,840원, 2009.8.3. 1,900,020원, 2009.8.31. 200,000원, 2009.9.28. 3,008,720원, 합계 51,944,520원을 납부하였고, OOOOO는2009.6.29. 2008년 제2기 확정 부가가치세 248,216,707원 등393,070,750원을 납부하여 쟁점세금계산서와 관련된 부가가치세는 모두 납부된 것으로 나타난다.

    (아) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 처분청은 쟁점특허권이 개인 명의로 등록되어 있고 OOOOO는 OOOO연구소로부터 쟁점특허권을 이전받지 못한 상태에서 청구법인에게 양도한 것이라 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하였으나, 「특허법」에 따른 특허권의 권리상태는 부가가치세 과세와 직접적인 관련이 없다고 할 것이고, OOOO연구소, OOOOO 및 청구법인 3자간에 청구법인이 OOOOO의 권리의무 일체를 승계하고 OOOO연구소가 동의하는 계약을 체결한 점으로 보아 당초 기술이전계약서상의 계약이 자동해지된 것으로 보기 어려운 점, OOOO연구소가 5억원의 세금계산서를 OOOOO에 교부하고 부가가치세를 완납한 점, OOOOO가 쟁점특허권의 대금을 OOOO연구소 계좌로 송금한 점, OOOOO가 청구법인에 쟁점세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 점, 쟁점특허권이 청구법인 명의로 이전된 점 등으로 볼 때, OOOOO가 청구법인에게 쟁점특허권에 대한 양수자의 권리와 의무 일체를 양도하는 것으로 하여 쟁점세금계산서를 발행한 것은 타당하므로 쟁점세금계산서상의 매입세액 50,000,000원을 공제하여야 할 것이다.

   따라서, 청구법인이 OOOOO로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 50,000,000원을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.