[주    문]

OO세무서장이 2008.12.4. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 8,282,940원의 부과처분과 대표자 상여로 소득처분하여 2006년 귀속 55,000,000원의 소득금액변동통지를 한 처분은 이를 취소한다.

[이    유]

1. 처분개요

  가. OOO세무서장은 청구법인의 거래처인 OOOOOO(O)(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 대하여 세무조사를 실시한 뒤 청구법인이 OOOOOO(O)로부터 수취한 2006년 제2기 3건의 세금계산서(공급가액합계 50백만원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였다.

 나. 처분청은 과세자료에 따라 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하고,공급대가를 대표자 상여로 소득처분을 하여 2008.12.4. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 8,282,940원을 경정·고지하고, 2006년 귀속 소득금액변동통지(55,000,000원)를 하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

  청구법인은 2006사업연도에 OOO 외 2인(이하 “실제거래처”라 한다)과 운송계약을 체결하고 정상적인 거래를 하였으나, 실제거래처의 요구에 따라 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취하였던 것으로서, 실제거래처로부터 정상적인 운송용역을 제공받고, 그 대가를 실제 지급한 뒤 손금으로 회계처리하였다.

   처분청은 실제거래처 중 OOO의 차량별운송현황이 매번 다른 내용이므로 신빙성이 없다고 보았으나, 이는 실제거래처의 단순한 자료작성상 착오에 불과하며 추가 소명시에 올바른 내용의 자료를 제출하였고, OOO의 경우 2006년도 차량별 물품인수증을 제시하지 못하고 있는 점을 문제삼고 있으나, 차량별 물품인수증의 경우 소규모 운수업체에서는 물품을 인수한 후 특별한 이상이 없으면 일정기간이 지난 후에는 보관을 하지 아니하는 경우가 많으므로 2년이 경과한 시점까지 보관하기는 사실상 어려운 실정이다.

   또한, 처분청은 지급한 대금이 매출과 관련된 것인지 여부가 불분명하다고 주장하지만, 실제거래처 중 OOO은 2000.8.1.부터 현재까지 OOOOO OO OOO OOOO에서 OOOOOO라는 상호로 화물운수업을 영위하고 있으며, OOO는 배우자인 OOO이 OOOOO OO OOO OOOOO에서 OOOOOO라는 상호로 2003.2.20.부터 현재까지 트럭운수업을 영위하고 있고, OOO은 2003.2.14.부터 2008.4.30.까지 OOOOO OOO OOO OOOOO에서  운수업을 영위하고 있었는 바, 청구법인이 실제거래처라고 주장하는 자들은 운송업을 영위하는 사업자이고, 지급대상 기간동안 계속하여 운송업을 영위하고 있는 사실이 확인되므로 청구법인이 실제거래처에게 지급한 금전이 운송매출과 관련되었다고 보는 것이 타당하다.

   처분청은 OOO에게 지급한 금액과 배우자인 OOO에게 지급한 금액을 구분하기 어렵다고 주장하지만, OOO에게 지급한 금액(매달  평균 128만원) 및 지급일(매월 초일 또는 말일)과 OOOO에게 지급한 금액(매달 평균 397만원) 및 지급일(매월 중순)은 많은 차이가 있는 사실이 확인되고 있고, 청구법인이 2006사업연도에 신고한 OOOO와의 공급대가가 37,190천원이고, 청구법인이 실제로 지급한 금액이 42,406천원이므로 그 차액 상당액인 5,216천원은 OOO가 별도로 다른 용역을 제공하고 받은 대가라고 보아야 할 것이다.

  위와 같이 청구법인이 영위하는 소규모 운송업의 특성상 자료 등의 보관이나 정리가 어려운 경우가 많으며, 거래처(개별운송업자 등)도 마찬가지로 증빙자료의 보관이 곤란한 경우가 빈번하지만 거래의 관행과 대금지급한 장부기록 등에 의하여 거래의 실질내용을 충분히 확인할 수 있음에도, 사실관계 및 회계처리 등에 대한 구체적인 조사나 확인도 없이 단순히 증빙이 불충분하다는 사유만으로 쟁점세금계산서를 가공거래에 따라 수취한 세금계산서로 보아 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 공급대가를 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

  청구법인은 OOOOOO(O)로부터 수취한 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 인정하지만 실제거래처가 있으므로 법인소득금액계산에서 손금으로 인정하여야 한다고 주장하면서 확인서, 예금통장, 용차별 운송현황 등을 제시하고 있으나,

   실제매입처 중 1인이라고 주장하는 OOO의 경우 사업자등록이 되어 있지 아니하고, 수출선적 관련업무를 하고 대금을 월별로 지급받는 개인이기 때문에 세금계산서를 발행하지 못하였다는 확인서를  제시하고 있지만, 부가가치세 신고현황을 확인한 결과 청구법인이 영세율 매출을 신고하지 아니한 사실이 나타나며, 금융자료 및 전산자료를 조회한 결과 OOO의 배우자인 OOO이 현재 OOOOO에서 OOOOO는 상호로 영업 중에 있으며, 지속적으로 청구법인과 거래를 하고 있으므로 OOO에게 지급하였다고 주장하는 금액이 실제로 지급된 것인지 여부가 불분명하다.

   실제거래처라고 주장하는 OOO의 경우 차량운송별 현황자료가 매번 다른 내용이고, 2006년도의 차량별 물품인수증을 요구하였으나 보관하고 있지 아니하다는 사유로 제출하지 못하고 있으므로 청구법인이 OOO에게 지급한 금액이 청구법인의 매출과 직접적으로 관련되어 있는 매입대금인지 여부가 불분명하다.

   실제거래처 중 OOOOO OOO OOO에서 운수업을 영위하는 OOO에게 지급한 금액도 자료상인 OOOOOO(O)와 관련하여 지급한 것이라고 인정하기에는 개연성이 부족하고, 당초 과세자료해명안내문 발송시 제시한 증빙자료와 과세전적부심사청구시 제시한 증빙자료가 서로 상이하여 입증자료로서의 신빙성이 부족하다.

  따라서 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분과 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

  자료상으로 확인된 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서상 운송용역을 다른 거래처로부터 실제 제공받았으므로 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 과세하고, 공급대가를 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

 나. 관련 법령

  (1) 법인세법

   제14조【각 사업연도의 소득】① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

   제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

    제66조【결정 및 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

    ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

    1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

    2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

    제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 교부받은 쟁점세금계산서상 거래내역을 보면 아래 [표]와 같다.

  [표] 쟁점세금계산서

(OO O O)

   (2) 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 실제거래가 있었다고 주장하며 처분청에 제시한 증빙자료는 아래와 같다.

  (가) 2006년 10월부터 2006년 12월까지 입금표

(단위 : 원)

  (나) 청구법인이 조사당시 처분청에 제출한 2006년 용차별 운송현황에는 10월분 155회 운행/19,000,000원, 11월분 167회 운행/17,500,000원, 12월분 116회 운행/13,500,000원을 각각 운송료로 지급한 것으로 나타나며, 청구법인은 쟁점거래처에게 2006.1.1.부터 화물운송을 위임한다는 내용의 수출화물운송계약서를 증빙자료로 제시하였다.

  (3) OOO세무서장이 쟁점거래처에 대하여 세무조사를 실시한 후 작성한 자료상혐의자 조사종결복명서의 주요내용은 다음과 같다.

   (가) 쟁점거래처는 2005.4.1. OOO OOO OOO OOOOO에서 개업하였으나, 대표자와의 연락이 두절되고 사업장을 무단전출한 사유로 2007.5.31. 직권폐업조치하였고, 현지확인출장조사한 결과 OOO이 소유하는 주택의 부수토지상에 가건물을 설치하고 이를 사무실로 운영한 것으로 조사되어 있다.

    (나) 매입처에 대한 조사에서 OO주유소 OOO이 세금계산서를  발행하고 거래한 사실이 없다고 진술함에 따라 가공거래로 확정하였고, OOOO은 쟁점거래처의 대표이사인 OOO의 개인사업체이므로 해당 거래분은 가공혐의자료로 분류하였다.

    (다) 매출처에 대한 조사에서 OOOOOO 외 6개 업체와의 거래를 가공거래로 확정하였고, 청구법인을 포함한 16개 업체와의 거래는 가공거래 혐의자료로 분류하였다.

   (4) 청구법인의 장부상 2006사업연도에 실제거래처에게 지급하였다고 기장한 운송료 지급내역은 아래 [표]와 같다.

(OO O O)

   (5) 청구법인이 실제거래처라고 주장하는 OOO 외 2인에게 법인의 예금계좌(OOOO OOOOOOOOOOOOOOOOO)와 대표이사의 예금계좌(OOOO OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 자금이체한 내역은 아래와 같다.

(OO O OO)

   (6) 청구법인이 실제거래처 중 OOO의 OOOOO OOOO 예금계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에 입금한 내역은 아래와 같다.

(단위 : 원)

   (7) 청구법인이 증빙자료로 제시하고 있는 OOO가 2008.10.25. 작성한 거래사실확인서에는 OOO가 부산부두에서 수출품 현품과 서류들을 입고시키고, 청구법인으로부터 그 대금을 월별로 지급받고 있으며, 개인이기 때문에 세금계산서를 발행하지 못하였고, 법인예금통장에서 2006년 8,779,000원, 2007년 4,003,000원을 지급받았다는 내용이 기재되어 있고, 또한 OOO이 2008.10.25. 작성한 거래사실확인서에는 OOOOO에서 간이과세자로 운송업을 영위하고 있으므로 청구법인으로부터 의뢰를 받아 운송을 하고 운송료를 월말에 지급받았으며, 2006년에 합계 22,998,000원, 2007년에 합계 7,089,000원을 지급받았다는 내용 등이 나타난다.

  (8) 거래처원장에는 청구법인이 2006사업연도에 OOO의 배우자 OOO에서 35,247,000원의 운송료를 지급한 것으로 기장되어 있다.

  (9) 위의 사실관계를 종합해 보면, 청구법인이 실제거래처와 거래를 하면서 2006사업연도에 지급한 금액의 합계가 83,261천원(OOO 22,998천원, OOO 55,353천원, OOO 4,910천원)이고, 그 금액에서  OOO의 OO계좌에 입급되었으나 청구법인의 거래처원장상 OOO에게 지급한 것으로 계상된 금액 35,247천원을 차감한 금액이 48,014천원으로 쟁점세금계산서상의 공급가액에 상당하며, 처분청은 실제거래처 중 OOO에게 지급한 금액이 청구법인의 매출과 관련이 있는지 여부가 입증되지 아니한다는 의견이나,청구법인이 2006사업연도에 OOO에게 지급한 금액이 55,353,000원이고, 거래처원장상 OOO의 배우자인 OOO에게 지급한 금액이 35,247,000원이므로 20,106,000원의 차액이 발생하는 점을 고려하면, 청구법인이 OOO의 예금계좌에 이체한 금액 중에는 OOO의 용역제공에 대한 대가가 포함되어 있는 것으로 보이며, 청구법인이 OOO의 예금계좌에 입금한 내역을 보면, 월초나 월말에 지급한 금액과 매월 중순에 정기적으로 지급한 금액간에 상당한 차이가 발생하고, 일반적인 상거래관행상 그 금액이 모두 OOO에게 지급한 운송대가라면 비슷한 금액을 지급하는 것이 정상적이고, 월초나 월말 및 월중에 지급하는 금액간에 차이가 있을 이유가 없다 할 것이다.

  (10) 또한 처분청은 청구인이 주장하는 실제거래처 중 OOO과 OOO에게 지급한 금액도 쟁점세금계산서와 관련성이 있다고 보기는 어렵다는 의견이나, 청구법인이 OOO과 OOO에게 지속적으로 거래대금을 지급한 사실이 예금계좌, 법인장부 등에 의하여 확인되고 있으며, OOO 외 2인은 세금계산서를 발행하지 아니하는 간이과세자인 사실, OOO과 OOO은 개별화물운송업자이므로 청구법인의 업무와 연관성이 있는 사실 등을 감안할 때, 이들과의 거래에서 발생한 대금을 처리하기 위하여 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취할만한 필요성과 개연성이 있다고 보이며, 차량별 운송현황과 관련하여 처분청은 당초 제시한 자료와 불복청구시 제출한 자료가 상이하고, 차량별 물품인수증을 제시하지 못하고 있으므로 신빙성이 부족하다는 의견이나, 세무조사시에 제시한 차량별 운송현황은 쟁점세금계산서가「부가가치세법」상 가공세금계산서에 해당되지 아니하며, OOOOOO(O)와 거래를 하였다는 사실을 입증하기 위한 것인 반면, 불복청구시 제출한 차량별 운송현황은 쟁점세금계산서상 거래를 위장거래로 인정하지만 실제 매입거래는 있었다는 사실을 증빙하기 위한 것이므로 증빙자료를 제출한 목적이 상이하며, 당해 거래처가 소규모 간이과세자인 점을 고려할 때, 차량별 물품인수증을 제시하지 못한다 하여 청구법인과 실제거래처간의 거래 자체를 부인하기는 어렵다 하겠다.

  (11) 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 공급가액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분 및 공급대가를 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한  처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결  론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.