[주    문]

심판청구를 기각합니다.

[이    유]

1. 처분개요

가.청구법인은 비상장법인인 OOO의 주식(이하“쟁점주식”이라 한다) 40,000주(지분율 40%)를 보유하던 중 2001.12.20.OOO의 주식 등과 아래와 같이 교환하는 계약을 체결하고2002.3.11. 잔금을 청산하였으나, 이에 따른 법인세 등을 신고하지아니하였다.

<쟁점주식과 OOO 주식 등의 교환·정산내역>

OOO

  나. 처분청은 쟁점주식의 잔금청산일을 2002.3.11.로 보고, 쟁점주식의 양도 및 OOO의 주식 재양도와 관련한 청구법인의 투자유가증권처분이익 3,050백만원〔쟁점주식의 양도차익 2,508백만원(2,908백만원 - 400백만원) + OOO의 주식 재양도차익 542백만원(1,532백만원 - 990백만원)〕을 계상하여 2009.8.12.청구법인에게 2002.1.1.～12.31.사업연도 법인세 1,436,074,630원을 경정·고지하였다.

  다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

   법인세법상 비상장주식의 양도시기는 대금을 청산한 날, 주식을 인도한 날 또는 명의개서일 중 빠른 날을 양도시기로 보는 것인바, 쟁점주식의 양도계약서에 주식인도일을 2001.12.31.로 작성하고 동 일자에 매수인에게 쟁점주식을 인도하여 이 날부터 양수인이 쟁점주식에대한 실질적인 권한을 행사하였으므로 쟁점주식의 양도시기는 2001.12.31.로보아야 하고, 쟁점주식의 양도시기를 2001.12.31.로 볼 경우 이 건 부과처분일인 2009.8.12. 현재 법인세 과세표준 신고기한(2002.3.31.)부터 부과제척기간인 7년이 경과하여 법인세를 부과할 수 없으므로 이 건 법인세의 부과처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

   쟁점주식은 실제 발행된 사실이 없고, 주주명부 등도 작성·비치하지 아니한 것으로 주식교환에 관여한 자들이 진술하고 있으므로, 실제 주식이 인도된 사실이 없어 청구인이 주장하는 주식인도일을 양도시기로 볼 수 없고, 실제 쟁점주식의 교환을 주도한 청구법인의 대표자 최OOO가 쟁점주식과 교환한 OOO의 주식을 재양도하고 양도소득세 신고시 취득일을 2002.1.26.로, 양도일을 2002.3.11.로 하여 신고하였음이 확인되며, OOO의 주식을 재양도한 후 잔금으로 수령한 약속어음(발행금액 449백만원, 발행일 2002.1.26., 만기지급일 2002.3.21.)으로 쟁점주식의 교환에 따른 대금을 정산하여 쟁점주식의 양도시기는 OOO의 재양도일인 2002.3.11.로 봄이 타당하므로, 쟁점주식의 처분이익에 대한 귀속시기는 2002.1.1～12.31. 사업년도이고, 법인세의 신고기한은 2003.3.31.이 되어 이로부터 7년 이내에 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

 청구법인이 보유한 비상장주식의 양도시기를 주식인도일로 보아야 한다는 청구주장의 당부

 나. 관련법령

  (1) 법인세법

  제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

  ② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (2) 법인세법 시행령

  제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

    3. 상품 등외의 자산의 양도 :그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날].다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

  (3) 소득세법

  제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

  (4) 소득세법 시행령

  제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

   1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

   2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

  (3) 국세기본법

  제26조의2 【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

  2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

 ⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

  (4) 국세기본법 시행령

  제12조의3 【국세 부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의 2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

  1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날.

  다. 사실관계 및 판단

   (1)먼저, 이 건의 사실관계를 본다.

      (가)처분청의 OOO 전산조회자료에서 청구법인은 본점소재지를 OOO로 하고, 법인명을 OOO(사업자등록번호 OOO)로 하여 1987.2.1. 개업하였으며, 2001.12.31.까지 자동차 매매업을 영위하다가 폐업한 것으로 나타난다.

      (나) 처분청은 OOO검찰청(특수부)에서 최OOO(청구법인의 대표자이며, 쟁점주식의 교환을 주도한 자)에 대한 배임 등 내사사건을 수사하던 중 최OOO가 2002.1.31. 쟁점주식 전량을 양OOO등의 주식교환을 주도한 자)에게 125억원에 양도하고, 양도소득세를 포탈하였다는 정황을 발견하고, 위 검찰청에서 2009.1.13. 양도소득세 등 세금포탈사건을 조사하여 고발조치할 것를 의뢰함에 따라 조세범칙조사를 실시하였다.

     (다) 처분청은곽 OOO, 최OOO, 양OOO 등의 검찰진술조서, 양도·양수계약서, 정산서 및 영수증 등에 의하여 최OOO와 양OOO은 최OOO 등이 소유한 쟁점주식〔최OOO 10%, OOO 50%, 청구법인 40%〕 전량과 양OOO 등이 소유한 OOO의 주식전량 및 OOO 소재 부동산을 교환·정산(계약일 2001.12.20.)한 사실을 발견하고, 거래당사자들이 양도(처분)차익에 대하여 관련 제세를 무신고한 사실을 확인하여 청구법인에게 이 건 법인세 등을 과세하였음이처분청의 조사종결복명서, 법인세결정결의서 등 심리자료에 나타난다.

     (라) 또한, 처분청은 쟁점주식의 양도(교환)과 관련하여 최OOO 등이 교환 취득한 OOO의 주식을 OOO에 재양도한 대금으로 쟁점주식과 양OOO 등의 주식교환에 따른 정산차액 26억원을 지급한 사실을 확인하고,최OOO 등이OOO의 주식을 양도하고 수령한 약속어음의 만기일이2002.3.11 및 2002.3.21.이고, 최OOO의 OOO의 주식 양도소득세 신고시 2002.3.11.을 양도일로 하여신고하였으므로, 쟁점주식의 잔금청산일을 2002.3.11.로 보아 이를 양도시기로 하여 이 건 법인세를 과세하였음을 알 수 있다.

     (마) 한편, 쟁점주식의 양도·양수계약서(2001.12.20.계약)에는 최OOO의 쟁점주식 전부와 양OOO의 OOO, OOO 주식 전부 및 OOO(토지, 건물, 허가, 시설일체)을 교환하는 것으로 되어 있고, 최OOO 등이 보유한 쟁점주식의 평가액은 125억원, 양OOO의 주식 등 평가액은 121억원으로 나타나며, 주식의 인도는 2001.12.31.에, 잔금은 2002.1.31. 정산하는 것으로 약정하였으며, 정산서 등 심리자료에서 정산내용은 아래와 같이 나타난다.

OOO

     (바) 처분청의 조사복명서, 관련인들의 검찰 진술서 등에서 OOO는 주주명부가 없고, 쟁점주식의 교환과 관련하여주식변동상황명세서상 주주의 변동이 없으나, 주식양·수도 계약서, 정산서, 법인등기부상 등기이사 및 사업자등록상 대표이사 변동내역 등에서 쟁점주식의 교환거래가 있었던 것으로 조사하였음이 나타난다.

   (2)「법인세법」제40조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고,  같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호에 의하면, 상품 등외의 자산 양도의 귀속시기는 그 대금 청산일, 이전등기ㆍ등록일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 규정되어 있다.

   (3) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구법인 등의 쟁점주식의 양도에 따른 잔금은 OOO의 주식을 재양도하고 지급받은 대금으로 정산한 사실이 확인되고, OOO의 주식을 재양도하고 잔금을 지급받은 날은 2002.3.11 및 2002.3.21.이며,최OOO 등이 OOO의 주식의 양도일을2002.3.11.로 하여 양도소득세 등을 신고한 사실이 확인되므로 청구법인이 양도한 쟁점주식의 잔금청산일도 2002.3.11.로 봄이 상당한 것으로 판단된다.

   (4) 청구법인은 쟁점주식의 양도·양수계약서에서 2001.12.31.에 주식을 인도하는 것으로 되어 있고, 2002.1.2. 인수업체인 OOO의지출전표 결재를 최OOO 측의 관계자인 이OOO가 하였으므로 쟁점주식은 2001.12.31. 인도 또는 사용수익된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점주식은 비상장주식으로 양수인 양OOO측의 관계자인 최OOO이 검찰조사에서 당시 주식 실물을 양수한 사실이 없는 것으로 진술하고 있는 점, 주식의 명의개서나 주식변동상황명세서상 쟁점주식을 양도한 것으로 신고한 사실이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점주식이 2001.12.31. 인도되었거나 사용수익되었다고 보기는 어렵다 할 것이다.

      (4) 따라서, 처분청이쟁점주식의 양도(교환)와 관련하여 잔금청산일인 2002.3.11.을 양도시기로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은잘못이 없는 것으로 판단된다.

 4. 결  론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.