[청구번호]

조심 2026지0437 (2026.10.01)

[세 목]

취득

[결정유형]

취소

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[제 목]

쟁점토지 취득 후 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[결정요지]

쟁점토지를 취득한 후 관련 법령 및 내부 규정에 따라 사업계획 확정, 설계도서 작성, 업체선정, 착공, 공사 진행 등 쟁점토지를 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 보이는 점 등 고려했을 때 청구법인이 쟁점토지 취득 후 유예기간 내에 이를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

[관련법령]

지방세특례제한법 제14조

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

경기도 남양주시장이 2025.12.12. 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.10.8. 경기도 남양주시 OOO 외 2필지 토지(전 3,325㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 「지방세특례제한법」제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) 제3항(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따라 농업협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 100분의 85를 감면 받아 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 그 취득일로부터 1년이 경과하는 시점까지 건축물 사용승인을 받지 못하여, 2025.10.13. 「지방세법」제20조 제3항에 따라 감면받은 취득세를 자진신고하여 취득세 등 합계 OOO원을 납부한 후, 그 취득일부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한데 정당한 사유가 있다는 취지의 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.12.12. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 농업협동조합이라는 법인의 특성상 농협중앙회로부터의 사전승인, 공사 공개입찰 등의 내부 규정에 따른 절차를 준수하여야 하였고, 우천 등의 기상 악화 사유도 있었음에도 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 게을리하지 않았다.

청구법인은 「농업협동조합법」에 의하여 설립된 비영리법인으로서 쟁점토지 구입 및 건물 신축과 같은 일정금액(OOO) 이상의 고정자산 취득과 관련하여 임원 소수의 의사결정에 의해서가 아닌 관련법과 규정에 따라 이사회 심의를 거쳐 대의원 60여명으로 구성된 총회의 의결을 통해 확정되어지는 의사결정 구조를 가지고 있고, 나아가 OOO 이상의 건물 공사의 진행에 있어서는 일반경쟁 입찰을 거쳐야 한다.

청구법인은 2024.10.8. 쟁점토지를 취득한 후 고유업무 목적 사용을 위해 정상적인 절차를 진행하여 왔고, 입찰공고 후 입찰자가 없어 두 차례에 걸쳐 입찰이 유찰되어 최초 입찰공고일로부터 약 2개월 15일이 경과된 시점에 수의계약(계약일: 2025.7.23.)을 하게 되었고, 공사 개시 이후 우천으로 인하여 공사가 약 21일간 지연되었으며, 긴 추석 연휴까지 겹쳐 공사 기간이 늦어지는 상황이 발생한 것이다.

(2) 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 유예기간이 경과한 날(1년 55일 경과)인 2025.12.2.에 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 한다)의 임시사용승인을 받은 것은 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 따라 감면된 취득세 추징 사유에 해당하는 것은 사실이다.

그러나, 이러한 유예기간 내 고유업무에 직접 사용할 것을 요구하는 것은 지가상승 이익 도모나 법인의 사업목적과 다른 용도로의 전용을 방지하는데 있다고 할 것인바, 청구법인은 관련 법령 및 정관에서 정한 ‘농기계 임대’ 목적의 ‘농기계 보관창고’로 직접 사용하기 위해 쟁점토지를 취득하였고, 관련 제반 절차를 진행하여 목적에 맞게 사용하고자 하였다는 점,

또한, 일반적으로 법인이 사업계획의 수립, 공사 입찰 및 업체 선정 등의 절차를 거치면서 예기치 않는 사유(입찰지연, 기후상황, 추석연휴 등) 발생 시, 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 건축물을 완공하여 사용하는 것은 현실적으로 불가능하고, 청구법인이 쟁점토지를 취득하여 고유목적 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 유예기간을 넘긴 것이므로 정당한 사유가 있다고 할 것인 점 등에 비추어,

처분청이 청구법인의 정상적인 노력은 전혀 고려하지 않은 채 유예기간이 불과 55일이 경과한 날에 이 건 건축물의 임시사용승인을 받았다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세특례제한법」제14조 제3항에서 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제177조의2 제1항에서 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우에는 이 법에 따른 취득세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제178조 제1항에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호(1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우)의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2002두6491 판결)으로서, 건물의 착공 행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 해당하여 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결)고 할 것이다.

또한, ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 지방세 감면의 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임)이다.

대법원은 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 해당하여 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결)고 판시하였고, 최근 판례(대법원 2025.4.24. 선고 2025두30974 판결)에서 단순히 건축물의 사용승인이나 공장등록만으로 ‘직접 사용’ 요건을 충족했다고 볼 수 없고, 토지에 건축물을 신축했다고 해서 바로 직접 사용으로 보지 않으므로 실제로 해당 업종의 영업이 개시되어야 직접 사용한 것으로 볼 수 있다고 판시하였다.

(2) 청구법인은 내부 규정에 따른 고정자산 사업계획 심의, 일반경쟁입찰에 따른 공사업체 선정, 우천으로 인한 공사 중단 및 긴 추석연휴 등은 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하는 ‘정당한 사유’에 해당한다고 주장한다.

그러나, 청구법인의 이 건 건축물의 실제 공사기간은 4개월(2025.8.1.～2025.11.30.)에 불과한 사실이 공사도급 표준계약서 등에서 확인되는 점, 공사업체 선정을 위한 일반경쟁입찰 및 수의계약에 소요된 기간은 2개월여에 불과하고, 공사기간 중 우천일수 19일과 추석연휴 3일을 감안하더라도 건축공사를 개시한 날(2025.8.18.)부터 화도읍장에게 임시사용승인 신청서를 접수(2025.11.19.)하기 전까지 실제 공사기간은 3개월에 불과한 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 고정자산 취득을 위한 사업계획을 확정한 후, 이 건 건축물의 신축 설계도서 작성을 하기 까지 약 4개월 가량이 지연되었고, 이에 대하여 청구법인은 진지한 노력을 다하였는지 구체적인 증빙자료를 제출하지 못하였으며, 우천으로 인한 공사지연과 긴 추석연휴 등의 사유는 청구법인이 정상적인 주의의무를 다하였다면 충분히 예측할 수 있었던 사실상의 장애 사유에 불과하다고 보이는 점 등에 비추어, 청구법인의 경우는 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하는 ‘정당한 사유’에 해당되지 않는다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지 취득 후 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1970.3.31. 경기도 남양주시 OOO에 사업장을 두고 「농업협동조합법」에 따라 설립된 농업협동조합이고, 이 건 건축물 신축을 위하여 아래와 같이 일정을 진행하였다.

1) 일반건축물대장에 따르면, 이 건 건축물의 착공일은 2025.8.7.이고, 사용승인일은 2026.2.19.이며, 건축/연면적은 396㎡/396㎡, 건축물(층수)은 2개동(지상 1층), 주용도는 창고시설인 것으로 나타난다.

2) 청구법인은 2024.11.21. 이 건 건축물의 사업계획을 확정하고, 2025.3.25. 건물 신축 관련 설계도서를 작성한 것으로 확인된다.

3) 청구법인은 이 건 건축물 신축공사 업체 선정과 관련하여 2차례(2025.5.8., 2025.5.19.) 입찰공고를 진행하였으나 유찰되었고, 2025.7.23. ㈜A과 수의계약(공사기간: 2025.8.1∼2025.11.30)을 아래와 같이 체결하였다.

＜이 건 건축물 공사도급계약서(일부발췌)＞

○○○

4) 처분청은 청구법인이 2025.8.6. 제출한 이 건 토지 상의 착공신고서를 2025.8.7. 수리(도시건축과-OOO호, 2025.8.7.)하였고, 청구법인은 2025.8.7. 착공신고필증(착공예정일: 2025.8.15.)을 교부받아 2025.8.18. 착공을 시작한 것으로 확인된다.

＜이 건 건축물 착공신고필증＞

○○○

5) 청구법인은 2025.12.2. 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 임시사용승인을 받은 후 고유목적(창고시설-농업용)으로 직접 사용한 것으로 확인된다.

＜이 건 건축물 임시사용승인＞

○○○

6) 기상청 기상자료에 의하면, 2025.8.1.부터 2025.11.30.까지 10㎜이상의 강수일은 총 19일(10㎜∼30㎜: 8일, 30㎜∼: 11일)이고, 2025년 추석 연휴는 총 3일(10.6.∼ 10.8.)인 것으로 확인된다.

(나) 청구법인은 쟁점토지 취득일(2024.10.8.)부터 임시사용승인일(2025.12.2.)까지는 약 1년 55일, 착공일(2025.8.18.)까지는 약 9∼10개월 소요되었으며, 착공일(2025.8.18.)부터 사용승인일(2026.2.19.)까지는 약 6개월 소요된 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 2025.10.13. 이 건 경정청구를 제기하였고, 처분청은 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 따라 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아, 2025.12.12. 이를 거부하였다.

(라) 청구법인이 처분청에 취득세 신고 시 제출한 고유목적확인서에 의하면, ‘1년 이내 직접 사용하지 않거나, 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 목적으로 사용하거나 임대, 매각하는 경우 사유발생일로부터 30일 이내에 취득세 등을 신고납부하고, 미신고 시 그 후 가산세를 포함하여 추징되는 것에 이의 없음을 확인함’이라는 문구가 기재되어 있고, 청구법인은 이에 서명한 사실이 확인된다.

(마) 처분청이 이 건 건축물에 대하여 현지 출장을 한 후 촬영한 사진은 아래와 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제14조 제3항 및 같은 법 제178조 제1항에서「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 정당한 사유없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당용도에 ‘직접 사용’하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

여기서 ‘직접 사용’이란 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에서 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이며, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2002두6491 판결)으로서, 건물의 착공 행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 해당하여 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 ‘사용승인’을 받은 시점에 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 볼 수 있다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결)고 할 것이다.

한편, 유예기간(1년) 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여 할 것(대법원 2017.8.18., 선고 2017두42293 판결, 같은 뜻임)이다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 이를 유예기간 내 ‘직접 사용’하지 못한 데에 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하는 ‘정당한 사유’가 있다고 볼 수 없다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 2024.10.8. 쟁점토지를 취득한 후 2025.12.2. 임시사용승인을 받을 때까지 관련 법령 및 농협중앙회의 내부 규정에 따라 사업계획 확정, 설계도서 작성, 업체선정, 착공, 공사 진행 등 쟁점토지를 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다한 것으로 보이는 점,

쟁점토지 취득(2024.10.8.)부터 임시사용승인(2025.12.2.)까지 약 1년 55일이 소요되었는데, 이는 유예기간을 55일 정도를 도과한 것으로, 청구법인은 쟁점토지를 현재 원래 목적에 맞게 ‘직접 사용’하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점토지 취득 후 유예기간 내에 이를 ‘직접 사용’하지 못한 데 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세의 세액(연부로 부동산을 취득하는 경우 매회 세액을 합산한 것을 말하며, 1년 이내에 동일한 소유자로부터 부동산을 취득하는 경우 또는 1년 이내에 연접한 부동산을 취득하는 경우에는 각각의 부동산에 대하여 산출한 취득세의 세액을 합산한 것을 말한다) 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 취득세: 200만원 이하

나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령

제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 포함한다.