[청구번호]

조심 2026지0546 (2026.09.22)

[세 목]

취득

[결정유형]

취소

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[제 목]

쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제58조의3에 따른 창업벤처중소기업이 취득한 부동산으로서 취득세 감면 대상에 해당하는지 여부

[결정요지]

쟁점개인사업자에서 근로하는 직원들과 청구법인의 직원들 간 연관성이 없고, 청구법인이 쟁점개인사업자의 인적·물적 설비 시설 등을 승계하여 설립된 것으로 보이지 않는 점,청구법인의 설립으로 새롤운 근로자를 추가로 고용하여 원시적인 고용 창출 효과가 발생한 것으로 보이며, 청구법인과 쟁점개인사업자가 특수관계인 점, 거래처의 일부가 중첩되는 점 등의 사실만으로는 사업의 동질성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인을 감면 대상으로 봄이 타당함

[관련법령]

지방세특례제한법 제58조의3

[참조결정]

조심2019지2153

[따른결정]

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[주 문]

서울특별시 서초구청장이 2025.5.10. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.1.28. 서울특별시 서초구 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매를 원인으로 취득하고, 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따른 창업벤처중소기업 감면(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인의 대표자 a이 기존 영위하던 개인사업자인 OOO(이하 “OOO” 또는 “쟁점개인사업자”라 한다)의 ‘사업을 확장하거나 다른 업종을 추가’하여 법인을 설립하는 경우로 ‘창업’에 해당되지 않는다고 보아, 2025.5.10. 청구법인에게 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율(8%)을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.28. 이의신청을 거쳐 2026.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표자 a은 치과의사로서 2015.4.3. 강원특별자치도 춘천시에 개인사업체인 OOO를 개원하고 치과 진료 경험과 전문성을 축적해 왔다. 이후 이러한 치과 진료 경험과 노하우를 첨단 정보통신기술과 융합하여 새로운 사업모델을 구현하고자, 「지방세특례제한법」제58조의3 제4항 제4호에서 규정된 감면대상 업종인 ‘정보통신업’을 영위하는 청구법인을 창업하였다.

a은 청구법인 설립 직후인 2019년 5월경 중소벤처기업진흥공단이 주관하는 국고보조금 사업인 청년창업사관학교에 입교하여 개인 맞춤형 구강건강관리, 데이터 기반 질병 예측 등 일반 소비자 및 의료현장에 적용 가능한 사업모델을 구체화하였고, 이를 바탕으로 2019년 하반기 OOO라는 치과 온라인 강의 플랫폼과 OOO라는 OOO 소프트웨어를 개발하였다.

이후, OOO AI 기술을 통해 취득한 특허를 실질적으로 활용하기 위해, 임상 데이터 확보 및 디지털 설계·제조 공정의 내재화를 목적으로 OOO 제조업을 사업목적에 추가하였고, 그 과정에서 기존 아날로그 중심의 치과기공 방식을 넘어 데이터 기반의 OOO 모델로 전환하였으며, 치과의사와 치기공사를 연결하여 설계와 제조 공정을 통합하는 ‘OOO’ 플랫폼을 구축하여 데이터 기반 치과 진료 및 디지털 헬스케어 서비스 모델을 구현하였다.

청구법인은 창업 초기 구강환경 관련 데이터 확보를 위하여 구강용품 도소매업을 사업자로 추가하고, 외부 전문 제조업체와 계약을 통해 제품을 공급받아 유통·판매하였다. 이후 청구법인은 직접 기획한 칫솔 브랜드 ‘OOO’ 및 치약 브랜드 ‘OOO’에 대하여 상표권 및 디자인권을 출원·등록하고 직접 판매를 진행하였다.

(2) 「중소기업창업 지원법」 제2조 제2호에서 창업이란 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제1항에서 「중소기업창업 지원법」 제2조 제2호의 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것으로 한다고 규정하고 있는데, 청구법인의 경우 그 각 호에 해당하지 아니하므로 청구법인의 설립은 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업에 해당한다.

특히, 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것은 창업에 해당하지 않는다고 규정하고 있는데, 이는 개인사업자인 개인이 또 다른 개인사업을 개시하거나 중소기업인 법인을 설립하여 기존사업과 같은 종류의 사업을 개시했을 때 창업으로 보지 않는다는 뜻이라 할 것이나, 청구법인은 치과보건업을 영위하는 a의 쟁점개인사업자와 별도로 정보통신업을 영위하는 바, 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시한 것이 아니며 동일선상에 있는 업종을 영위함으로써 사업을 확장한 것 또한 아니라 할 것이다.

개인사업자로 영위하던 ‘치과보건업’과 청구법인이 영위하는 ‘정보통신업’은 업종 분류가 분명히 상이하고, 정보통신업은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제4항에서 열거한 창업감면 대상 업종에 해당하며, 같은 조 제6항 제4호에서 규정한 ‘창업으로 보지 아니하는 경우’란 창업중소기업에 해당하지 않는 기존 기업이 종전 사업을 계속 영위하면서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우를 의미한다.

그러나, 청구법인은 최초 설립 당시부터 창업중소기업에 해당하고, 이후 감면 적용 기간 내에 같은 조 제4항에 따른 업종을 추가한 것에 불과하므로, 창업중소기업으로서의 지위는 계속 유지된다고 보아야 한다.

(3) 청구법인은 2020.10.30. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업확인기관장으로부터 벤처기업확인(유효기간 : 2020.10.30.∼2022.10.29.)을 받았고, 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항에서 벤처기업확인일부터 4년 이내에 부동산 취득시 취득세 감면을 받을 수 있는 요건을 충족하였다.

창업 초기 특정 회사와 거래 비중이 높았던 것은 청구법인 대표자의 개인사업장과 거래하던 치기공소가 OOO 기술 도입 과정에서 기술 개발 및 테스트를 공동으로 수행한 파트너였기 때문이고, 이는 초기 고정비 부담을 최소화하고 변동 수요에 대응하기 위한 경영상 합리적인 선택이었다.

이후, 청구법인은 사업 규모를 확대하여 외주 가공 비중이 증가하였고, 이에 따라 청구법인 대표자와 치기공소 대표자는 공동으로 ㈜A를 설립하여 외주 가공을 전담하도록 하였으며, 이는 디지털 공정의 내재화, 외주 네트워크화, 플랫폼 기반 다자 연결을 통해 새로운 가치사슬을 구축한 것으로 디지털 플랫폼 기반 혁신 창업의 전형적인 발전 과정에 해당한다.

청구법인은 정보통신업을 영위하는 창업중소기업으로서 창업일부터 4년 이내에 제조업을 추가하였고, 이는 「지방세특례제한법」제58조의3 제4항에 따라 창업중소기업이 영위할 수 있는 범위 내 업종에 해당하며, 또한 쟁점부동산은 정보통신사업, OEM 제조 및 OOO 사업에 직접 사용되고 있으므로 사업용 부동산에 해당한다.

그럼에도, 처분청은 특수관계자 등과 거래 비중이 높다는 이유로 청구법인의 창업 실질을 부인하였고, 청구법인이 치과업과 유사한 업종을 영위한다는 이유만으로 이를 개인사업장의 사업 확장 또는 업종 추가로 보아 이 건 감면규정의 적용을 배제하였으며, 이는 창업감면 제도의 입법 취지 및 정부의 창업·벤처 육성 정책 방향에 정면으로 배치되는 위법·부당한 처분이다.

따라서, 처분청이 청구법인의 법인 설립 및 부동산 취득을 기존 쟁점개인사업자의 사업(치과업)의 확장 또는 업종 추가로 보아 이 건 감면규정의 적용을 배제한 것은 부당한 처분이다.

(4) a은 2015.2.26. OOO 치과병원에서 치주전문의로 박사학위를 취득하였고 본래 OOO 치과 교수가 꿈이었으나 이상과 현실의 문제로 개원을 할 수 밖에 없었는데, 쟁점개인사업자 개업 후 몇 년 동안 그 경영에 매진했으나, 이후 다시 연구자로서의 꿈을 실현하고 그동안의 진료경험을 정보통신기술과 융합하고자 하였다.

그러나, 치과보건업을 영위하는 경우 해당 의료기관에서 의료행위밖에 할 수 없었고, 부대사업 또한 할 수 없다는 법적 한계점으로 인해 정보통신업을 목적으로 하는 청구법인을 창업하게 된 것이고, 쟁점개인사업자가 있는 강원특별자치도 춘천시에서 청구법인의 설립을 고려하기도 하였으나 우수한 IT기술 인력을 확보하고 대외신뢰도를 높이고자 각종 법인세 및 지방세 감면 측면에서 불리하지만 서울특별시에 청구법인을 창업한 것이며, 청구법인과 쟁점개인사업자는 물리적인 사업 장소도 다르고 인적 구성도 다른 바, 사업을 확장한 것으로 볼 수 없다.

서울특별시장은 사업장 소재지 및 인적 구성의 차이 등 청구법인이 주장한 사실 일부는 인정하면서도, 최초 창업 당시의 업종인 정보서비스업(2019.1.10. 창업) 보다 추가된 업종인 제조업(2022.1.10. 업종 추가)에서 대부분의 매출이 발생하였다는 점, 청구법인의 주요 매출·매입처가 모두 특수관계자와 관련이 있다는 점 등에 비추어, 청구법인과 쟁점개인사업자가 상호보완적으로 운영된다는 의견이다.

「지방세특례제한법」 제58조의3 및 같은 법 시행령 제29조의2에서 특수관계자와의 거래가 일정 비율을 초과하면 감면을 배제한다는 규정은 존재하지 않고, 창업의 판단은 기존 사업 승계 및 연장여부에 따라 이루어져야 할 것으로, 청구법인은 종전 사업과 다른 기술·설비·인력을 기반으로 신규 사업을 영위 중이며, 점차 제3자 매출이 확대되고 특수관계자와의 매출 비중이 감소 추세인 바, 거래 형식만을 부각하여 판단한 서울특별시장의 결정은 「지방세기본법」 제17조 실질과세의 원칙을 위반하고 재량권을 일탈·남용한 것이다.

따라서, 청구법인은 쟁점개인사업자와 사업 장소 및 인적구성이 다르고, 벤처기업 확인일(2020.10.30.)부터 4년 이내인 2021.1.28. 쟁점부동산을 취득한 바, 이 건 감면규정에 따라 당연히 취득세 감면 적용대상이다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 감면규정인 「지방세특례제한법」 제58조의3 제2항에서 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일로부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 최초로 확인받은 날부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제6항 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

이 건 감면규정에서 창업으로 보지 않는, 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에 해당하는지 여부를 판단할 때에는, 기존 사업체 내부에 사업부서를 새로 설치하는 경우에만 국한할 것은 아니라, 새로운 법인을 설립한 경우에도 기존 사업체와 신설법인의 지분 구성, 임·직원 겸직 여부, 생산제품 등 업종의 동일성, 의사결정 과정이나 거래관계, 실질적으로 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는지 여부 등을 종합적으로 고려하여야 할 것(조심 2019지2153, 2020.2.25., 대법원 2014.3.27. 선고 2011두11549 판결, 같은 뜻임)이다.

또한, 법인의 설립 경위, 기존에 사업을 영위하던 개인 또는 법인과 신설법인의 출자자 구성, 전자가 후자의 설립이나 운영에 관여한 정도, 양자가 운영하는 사업의 유사성과 관련성, 양자 사이의 거래 현황과 규모 및 인적·물적 설비를 공유하는 정도 등을 종합하여 판단하여야 할 것(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41948 판결, 같은 뜻임)이다.

(2) 청구법인은 대표자 a이 치과의사로서 경험한 치과진료 경험 및 노하우를 첨단 정보통신기술과 융합하고자 정보서비스업을 목적으로 창업한 것이라 주장한다.

그러나, 「중소기업창업 지원법」과 이 건 감면규정 상 창업은 개념 범위 자체가 다르므로 「중소기업창업 지원법」의 창업에 해당한다고 해서 이 건 감면규정이 당연히 적용되는 것은 아니라 할 것(대법원 2020.10.15. 선고 2020두42910 판결, 같은 뜻임)인 점,

청구법인은 2019.1.10. 소프트웨어 개발 및 공급업을 목적으로 설립된 후, 정보서비스업 소액(OOO원) 매출 및 OOO(공급가액 OOO원, ‘동영상 송출’) 매출을 제외하면, 쟁점개인사업자에 대한 매출이 정보서비스업 매출의 대부분을 차지하나, 그 거래내용이나 매출액의 객관적 산출 근거가 확인되지 않는 점,

청구법인의 설립 8개월 후인 2019.9.16. 도·소매업을, 2022.1.10. 신체보정용 기기 제조업 등을 목적사업으로 추가하여 2022년 이후 매출은 모두 제조업에서 발생하고 있고, 그 최대 매출처 또한 쟁점개인사업자로, 청구법인이 정보서비스업을 목적으로 하거나 독자적인 거래영역을 구축한다기보다는 구강용품 및 치기공 제조업을 목적으로 하여 치과인 쟁점개인사업자의 운영을 보조하는 역할을 하는 것으로 보이는 점,

사업자번호가 동일한 OOO 및 OOO의 경우, 쟁점개인사업자의 연매입 평균 32%의 최대 매입처였으나, 2022년부터는 청구법인에 대한 최대 매입처(65.90%, 76.35%)로 나타나고, 그와 동시에 청구법인이 쟁점개인사업자의 최대 매입처로 변동되어 쟁점개인사업자와 청구법인이 사실상 하나의 기업으로 기능하며 거래처를 공유하는 것으로 나타나는 점,

쟁점개인사업자의 대표자 a은 청구법인 설립 당시 청구법인의 지분 100%를 가지고 있었고, a은 2022년 이후에도 특수관계인과 함께 최대지분을 소유한 과점주주로, 비록 청구법인이 쟁점개인사업자와는 독립된 법인격을 가진 별개의 사업주체이고 일부 정보서비스업으로 추정되는 매출이 발생하였다고 하더라도, a에 의해 쟁점개인사업자의 종전 사업을 청구법인이 확장하여 운영함으로써 구강용품 및 치기공 제조업을 주업종으로 하는 청구법인과 치과보건업을 영위하는 쟁점개인사업자가 상호보완적으로 운영되는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 설립을 창업으로 보지 않고 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제58조의3에 따른 창업중소기업이 취득한 부동산으로서 취득세 감면 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) a이 대표로 있는 사업자 내역 및 사실관계 등은 아래와 같다.

1) 청구법인 대표이사(a)는 2015.4.3. OOO를 개업하여 심판청구일 현재 대표원장으로 재직 중이고, 2017.9.25. 주식회사 B을(업태·종목: 부동산 매매 및 임대업, 병원 컨설팅업), 2019.1.10. 청구법인을 개업하였으며, 2024.1.1. OOO(업태·종목: 제조업·치과기공소)을 개업한 사실이 아래와 같이 확인된다.

＜청구법인 대표이사(a)의 법인·개인사업자 내역＞

○○○

2) 등기사항전부증명서(법인)에 의하면, 청구법인은 2019.1.10. ‘소프트웨어 개발 및 공급업, 컴퓨터 프로그래밍 시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업’ 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2021.3.30. 본점 소재지를 ‘서울특별시 금천구 OOO’에서 쟁점부동산으로 이전하였으며, 2022.1.10. ‘정형외과용 및 신체보정용 기기 제조업, 치과기공소 및 의치제조업, 치과재료 및 기자재의 도소매업’ 등의 목적사업을 추가한 것으로 확인된다.

＜청구법인의 목적사업＞

○○○

3) 청구법인의 임원은 설립 당시 a이 사내이사로 등재되어 있었으나, 2025.3.7. 대표이사 a, 사내이사 b, 사내이사 c으로 변경등기되었고, 사내이사 b은 a과 특수관계인(형제자매의 배우자)이다.

＜청구법인 임원에 관한 사항＞

○○○

4) 청구법인의 주주명부에 의하면, a은 2019년부터 2022년까지 청구법인의 단독 주주로서 최대주주(지분 100%)였고, 사내이사 b이 2023년 12월 기준 a의 주식(지분 4%)을 양도받았으며, 2023년 12월말 기준 a은 특수관계인 b과 함께 최대지분을 소유한 과점주주(지분 86.91%) 지위를 유지하고 있다.

＜청구법인 주주명부 요약(2019년∼2023년)＞

○○○

5) 청구법인은 2020.10.30. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 제1항에 따라 벤처기업확인기관장으로부터 벤처기업(유효기간 : 2020.10.30.∼2022.10.29.) 확인을 아래와 같이 받은 것으로 나타난다.

[ ＜벤처기업확인서(2020.10.30.∼2022.10.29.)＞

○○○

6) 거래처별 매출원장에 의하면, 청구법인의 2019년∼2023년 최대 매출(치아보철물·구강용품 등 치과기공재료 등 납품) 거래처는 ‘OOO’이고, ‘OOO’에 대한 연매출은 2019년부터 2023년까지 각각 70.58%, 83.05%, 70.90%, 59.42% 및 34.28%를 차지하며, 2023년의 경우 과점주주인 b의 사업장인 ㈜C와 OOO에 대한 청구법인의 매출 비중이 14.19% 것으로 확인된다.

7) 청구법인의 매출현황(2019년∼2023년)에 의하면, 정보서비스업 관련 매출은 2019년에서 2021년까지 각각 OOO원 발생한 것으로 나타나고, 정보서비스업 관련 거래처는 대부분 ‘OOO’인 것으로 확인된다.

＜청구법인 거래처별 매출현황(2019년∼2023년, 일부발췌)＞

○○○

＜청구법인의 부가가치세 신고내역 및 매출처＞

(단위 : 원)

○○○

8) 청구법인의 거래처별 매입현황(2019년∼2023년)에 의하면, 기존 거래내역이 없던 OOO가 2022년 청구법인의 최대 매입거래처로 나타나 연매입의 65.90%를 차지하고, 2023년 청구법인의 최대 매입거래처 또한 기존 거래내역이 없던 OOO으로 연매입의 76.35%를 차지하는 최대 매입처인 것으로 확인된다.

＜청구법인 거래처별 매입현황(2019년∼2023년)＞

○○○

9) 청구법인이 제출한 고용보험 사업장 자격취득자 명부에 의하면, OOO에서 2019년부터 근로하였던 58명 중 청구법인이 설립(2019.1.10.)된 후 OOO를 퇴사하고 청구법인에 입사한 자(직원 13명)는 없는 것으로 확인된다.

10) 청구법인은 2019.10.30. ‘OOO’에 관한 특허를 출원하였다는 자료를 아래와 같이 제출하였다.

＜청구법인의 특허출원서＞

○○○

(나) 청구법인의 대표이사 a이 운영하는 쟁점개입사업자 OOO의 내역 및 사실관계 등은 아래와 같다.

1) 거래처별 매입현황(2018년∼2022년)에 의하면, OOO의 2018년∼2021년 주요거래처는 OOO, D(주) 등으로 확인되고, 최대 매입거래처는 OOO(사업자번호 OOO)로 연매입의 평균 32%를 차지하며, OOO의 사업자번호는 청구법인 사내이사이자 특수관계인(b)의 개인사업체인 ‘OOO’의 사업자 번호와 동일한 것으로 확인된다.

＜OOO의 거래처별 매입현황(2018년∼2022년)＞

○○○

2) OOO는 2022년 주요거래처와의 거래를 유지하고 있으나, OOO와의 거래는 연매입의 2.35%로 급감하였고, 청구법인에 대한 매입이 27.39%로 급증한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인 대표자(a)와 특수관계에 있는 b이 대표로 있는 법인 및 개인 사업자 내역 등은 아래와 같다.

1) b은 OOO과 ㈜C의 대표자로서, 2013.6.27. OOO(사업자번호: OOO, 업태: 제조업, 종목: 치과기공소)을 개업하였고, 2023.4.11. ㈜C를 개업하였으며, ㈜C는 정형외과용 및 신체보정용 기기 제조업을 사업목적으로 하여 경기도 군포시에 설립되었다가 현재 서울특별시 구로구로 이전한 것으로 나타난다.

＜특수관계인(b)의 법인·개입사업자 내역＞

○○○

2) ㈜C는 2023.12.31. 기준 청구법인의 주식 2,000주(지분 20%)를 소유하고 있고, 청구법인의 주식 나머지는 a이 4,000주(지분 40%)를, 청구법인이 4,000주(지분 40%)를 소유하고 있는 것으로 확인된다.

(라) 청구법인은 2021.1.28. 쟁점부동산을 OOO원에 취득하고, 이 건 감면규정에 따라 취득하는 부동산으로 하여 취득세 감면(75%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였으며, 2021.3.30. 본점 소재지를 쟁점부동산으로 이전하였다.

(마) 청구법인이 2021.1.28. 이 건 취득세 신고 시 처분청에 제출한 부동산 용도확인서 내용은 아래와 같다.

＜부동산 용도확인서＞

○○○

(바) 처분청은 청구법인과 청구법인 대표자가 운영하는 OOO의 업종(치과업)이 동일하고, OOO에서 청구법인 매출의 대부분(OOO원 중 OOO원으로 약 54%)이 발생하므로 창업으로 볼 수 없다는 의견이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제58조의3 제2항 제1호에서 2023년 12월 31일까지 창업하는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 최초로 확인받은 날부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고,

창업중소기업 등에 대한 취득세 등의 감면은「지방세특례제한법」제58조의3 제6항에서 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호[1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가「부가가치세법」제5조 제2항에 따른 사업개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다. 2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우. 3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우. 4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우]의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인의 설립을 기존 개인사업자의 사업의 확장 또는 업종의 추가에 불과하여 창업으로 볼 수 없다고 보아, 쟁점부동산이 이 건 감면규정의 감면 대상에 해당하지 않는다는 의견이다.

그러나, 청구법인이 제출한 고용보험 사업장 자격취득자 명부에 의하면 쟁점개인사업자에서 근로하는 직원들과 청구법인의 직원들 간 연관성이 없고, 청구법인이 쟁점개인사업자의 인적‧물적 시설 등을 승계하여 설립된 것으로 보이지 않으며, 청구법인의 설립으로 새로운 근로자를 추가로 고용하여 원시적인 고용 창출 효과가 발생한 것으로 보이는 바, 청구법인의 설립은 ‘사업 초기 부담 완화를 통해 고용 창출을 지원한다’는 이 건 감면규정의 법적 취지에 부합한다고 볼 수 있는 점,

청구법인의 대표자 a은 치과의사로서 경험한 치과진료 경험 및 노하우 등을 첨단정보통신기술과 융합하고자 정보서비스업을 목적으로 청구법인을 창업하였고, 사업초기 단계에는 정보통신업 관련 매출이 작았으나 관련 특허 등을 통해 ‘OOO’이라는 신규시장을 개척한 것으로 볼 수 있는 점,

사업의 동질성 여부는 한국표준산업분류상 동일한지 여부와 더 큰 부가가치를 창출하여 원시적인 사업창출 효과가 있는지 여부로 판단해야 하고, 청구법인과 쟁점개인사업자의 특수관계, 거래처의 중첩 등의 사실만으로는 사업의 동질성이 있다고 보기 어려운 점,

따라서, 청구법인이 벤처기업 확인일(2020.10.30.)부터 4년 이내인 2021.1.28. 취득한 쟁점부동산은 이 건 감면규정에 따라 창업벤처중소기업이 취득한 부동산으로서 취득세 감면 대상에 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ② 2023년 12월 31일까지 창업하는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)이 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 정보통신업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종은 제외한다.

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)

가. 연구개발업

나. 광고업

다. 기타 과학기술서비스업

라. 전문 디자인업

마. 시장조사 및 여론조사업

6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업

가. 사업시설 관리 및 조경 서비스업

나. 고용알선 및 인력공급업

다. 경비 및 경호 서비스업

라. 보안시스템 서비스업

마. 전시, 컨벤션 및 행사대행업

7. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)

8. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업

9. 대통령령으로 정하는 물류산업

10. 「학원의 설립ㆍ운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업 또는 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업(직업능력개발훈련을 주된 사업으로 하는 경우로 한정한다)

11. 「관광진흥법」에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 또는 대통령령으로 정하는 관광객이용시설업

12. 「전시산업발전법」에 따른 전시산업

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 「부가가치세법」 제5조 제2항에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 제1호 및 제2항 제1호에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 「조세특례제한법」 제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

⑧ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 제1항 제2호 및 제2항 제2호에 따른 경감기간이 지나기 전에 중소기업간 통합 또는 법인전환을 하는 경우 그 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 경감기간에 대하여 제1항 제2호 및 제2항 제2호를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업간 통합 및 법인전환 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정된 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일

④ 법 제58조의3 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)

2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 「조세특례제한법 시행령」 별표 6의 비용이 해당 과세연도의 수입금액의 100분의 5(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업 해당 여부에 대한 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발 및 인력개발을 위한 비용의 비율이 100분의 5 이상을 유지하는 경우로 한정한다) 이상인 중소기업

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2020.12.29. 법률 제17764호로 개정된 것)

제2조(정의) ① "벤처기업"이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.

제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업 (1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제10호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다) (2) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 벤처투자조합(이하 "벤처투자조합"이라 한다) (3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다) (4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다) (5) 삭제 ＜2020.2.11＞ (6) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제66조에 따른 한국벤처투자 (7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자 (8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인

나. 다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3 제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다. 1) 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 2) 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

다. 벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)

② 제1항 제2호 나목 및 다목에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제25조(정의) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4 제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 "벤처기업확인위원회"라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

(4) 중소기업창업 지원법

제2조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "창업"이란 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다.

(5) 중소기업창업 지원법 시행령

제2조(정의) ① 「중소기업창업 지원법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호의 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것으로 한다.

1. 타인으로부터 사업을 상속 또는 증여받은 개인이 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개인인 중소기업자로서 개시하는 것

2. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업을 새로 설립하는 것으로서 다음 각 목에 해당하는 것

가. 개인인 중소기업자로 사업을 개시하는 것

나. 개인인 중소기업자가 단독으로 또는 「중소기업기본법 시행령」에 따른 친족과 합하여 의결권 있는 발행주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다) 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하거나 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 가장 많은 주식의 지분을 소유하는 법인인 중소기업을 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것

3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다) 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우

나. 법 제43조 제4항에 따른 성실경영실패자가 기존 사업과 같은 종류의 사업(중소벤처기업부장관이 정하여 고시하는 절차와 기준에 따라 판정한 결과 새로운 비즈니스 모델의 도입 또는 신기술의 적용 등으로 재기역량이 우수하다고 인정되는 경우에 한정한다)을 개시하는 경우

4. 법인인 기업이 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하는 다른 법인인 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것. 이 경우 소유비율은 법인인 기업과 그 소속 임원이 소유하고 있는 주식을 합산하여 계산한다.

5. 법인의 과점주주(「국세기본법」 제39조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 새로 설립되는 법인인 중소기업자의 과점주주가 되어 사업을 개시하는 것

6. 「상법」에 따른 법인인 중소기업자가 회사의 형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 것