[청구번호]

조심 2026서0210 (2026.09.15)

[세 목]

종합소득

[결정유형]

취소

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[제 목]

쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부

[결정요지]

이 사건 처분은 우리 원 재조사 결정의 판단 및 취지 등에 따라 「국세기본법」제65조 제5항 및 제80조의2에 따른 재조사를 성실하게 제대로 이행하지 아니하여 쟁점선결정 재조사 결정의 기속력에 정면으로 배치되어 위법한 처분임

[관련법령]

[참조결정]

조심2025서0923

[따른결정]

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[주 문]

남대문세무서장이 2024.5.28. 청구인에게 한 2018년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 건물 건설업 및 건물분양업을 주요 사업으로 하여 2016.7.28. 설립되어 2021.6.30. 폐업한 법인으로, 청구인은 2017.12.29.부터 2021.6.30.까지 쟁점법인의 대표이사로 재직하였다.

나. 쟁점법인은 2018.1.25. (주)B(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 중도금대출 기관 모집 및 자서 업무 등의 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공한 것으로 하여 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였으며, 2018.4.19. 2018년 제1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 위 공급가액에 대한 부가가치세를 매출세액에 포함하여 부가가치세 OOO원을 신고‧납부하였으나, 2018사업연도 법인세 신고 시에는 위 공급가액을 매출액에 포함하지 아니하였다.

다. 기흥세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점법인이 2018사업연도 법인세 신고 시 공급가액 OOO원을 매출에서 누락한 것으로 보아 2024.3.14. 쟁점법인에게 2018사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하는 한편, 2024.3.19. 쟁점용역의 공급대가 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 후 처분청에 소득자료를 통보하였으며, 이에 처분청은 2024.5.28. 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.14. 이의신청을 거쳐, 2025.1.22. 심판청구를 제기하면서 쟁점금액은 쟁점법인의 용역제공에 대한 대가가 아니라 청구인의 개인적인 투자금의 반환이라고 주장하였고, 우리 원은 2025.7.3. 청구인이 제출한 E의 사실확인서 등 증거자료의 진위여부와 쟁점법인이 쟁점거래처에 용역을 실제로 제공하였는지 여부 등을 재조사하라는 결정(조심 OOO, 이하 “쟁점선결정”이라 한다)을 하였다.

마. 조사청은 2025.7.23.부터 2025.8.25.까지 쟁점법인에 대한 재조사를 실시한 결과, 쟁점법인이 쟁점거래처에 용역을 제공한 대가로 쟁점금액을 수취한 것으로 보아, 2025.9.1. 청구인에게 당초 처분이 적정하다는 내용의 재조사 결과통지를 하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 경위는 다음과 같다.

(가) 청구인은 C(주)가 진행하고 있던 ‘OOO 민간투자시설 및 공동주택 신축사업’에 투자하고자 2011.6.28. C(주)와 투자약정계약을 체결하였고, 위 사업에 OOO원을 투자하였다.

(나) 이후 사업제안자가 C(주)에서 D 유한회사로 변경되었고, 청구인은 D 유한회사와 대리사무계약을 체결한 쟁점거래처와 기존에 작성한 투자약정서 내용을 변경하기 위하여 2015년 7월경 투자약정변경합의서를 작성하였으며, 동 변경합의서의 주요 내용은 청구인이 기 투자한 OOO원에 대한 반환의무를 쟁점거래처가 승계하는 것이었다.

(다) 청구인은 위 변경합의서를 근거로 투자금 OOO원의 반환을 요청하였으나, 쟁점거래처는 투자금 반환을 위해서는 신탁사에 자금 집행을 요청해야 하는데 집행 근거가 없이는 자금 집행을 할 수 없으니 자금 집행 요청을 하기 위해서는 용역계약서가 필요하다고 요구하였고, 이에 청구인은 2018.1.22. 쟁점거래처와 중도금대출 기관 모집 및 자서 업무 등을 목적으로 하는 ‘선수금 운용계약서’를 형식적으로 작성하게 되었다.

(라) 쟁점거래처는 2018.1.25. 쟁점금액을 쟁점법인 계좌로 입금하였고, 청구인은 같은 날(2018.1.25.) 동 금액을 현금으로 출금하여 E에게 반환하였으며, E은 2018.2.13. ‘울산광역시 OOO 신축사업’을 추진하고 있던 주식회사 F과 투자약정을 체결하고 동 금액을 투자하였으며, 청구인은 투자약정에 연대보증인으로 참여하였다.

(마) 조세심판원은 쟁점선결정에서 청구인이 제출한 증거자료에 따르면 쟁점금액은 쟁점법인의 매출이 아니라 청구인이 개인적으로 투자한 자금을 회수한 것이라는 청구주장이 신빙성이 있어 보이므로, 쟁점법인이 쟁점거래처에 용역을 실제로 제공하였는지 여부 등을 재조사하라고 결정하였으나, 조사청은 실제 용역의 제공이 있었는지 여부에 대하여 재조사를 제대로 실시하지 않고 단지 쟁점거래처의 소명내용에 따라 당초 과세처분이 정당하다는 내용의 결과통지를 하였다.

(2) 쟁점금액은 쟁점법인의 대표이사였던 청구인이 개인적으로 투자한 자금의 회수일 뿐 쟁점법인의 매출에 해당하는 금액이 아니므로, 이를 매출누락으로 보고 대표자 상여로 소득처분하여 청구인에게 부과한 종합소득세는 취소되어야 한다.

(가) 청구인은 당초 심판청구 과정에서 2018년에 쟁점거래처로부터 투자금 OOO원을 회수하였다는 내용이 기재된 E의 사실확인서를 제출하였는데, 처분청은 동 확인서가 불복과정에서 제출된 것이고 사인 간의 이해관계에 따라 작성될 수 있는 것이므로 객관적인 증빙자료에 해당하지 않는다는 의견이나,

E의 사실확인서는 2011년 ‘OOO 민간투자시설 및 공동주택 신축사업’에 대한 투자 이후 투자금의 반환과정과 2018년 ‘울산광역시 OOO 신축사업’에 재투자하기까지의 사실관계를 뒷받침하기 위하여 작성된 것으로, 청구인이 제출한 입증자료들을 종합하면 사실확인 내용에 신빙성이 인정된다 할 것이다.

(나) 청구인이 제출한 2017.10.13. 작성된 업무대행용역계약서 및 2018.1.25. 작성된 선수금운용계약서는 모두 개인적인 투자금의 반환을 위해 쟁점거래처의 요청에 의하여 형식적으로 작성한 것인 점, 쟁점법인은 2018년～2020년 기간 동안 쟁점세금계산서 외에 다른 매출이 전혀 없고 직원이 2명에 불과한 점, 업무대행용역계약서 및 선수금운용계약서상 용역의 주된 내용이 중도금대출기관 섭외와 수많은 분양계약자들의 대출자서 관련 제반업무인데 직원 수가 2명에 불과한 쟁점법인이 관련 제반업무를 수행한다는 것은 현실적으로 불가능하고 OOO원에 달하는 용역계약을 쟁점법인과 같은 회사에 맡긴다는 것이 불합리한 점, 처분청의 재조사 과정에서 쟁점거래처는 쟁점법인이 개발사업을 도와준 대가로 쟁점금액을 지급하였다고 회신하였을 뿐 실제로 계약서상 제반업무가 수행된 사실에 대하여 명백하게 입증하지 못하는 점 등에 비추어, 쟁점법인은 쟁점거래처에 어떠한 용역도 제공한 사실이 없고 쟁점금액은 청구인이 개인적으로 투자한 자금을 회수한 것에 불과하다는 청구주장이 사실임을 알 수 있다.

처분청은 위와 같은 사실관계에도 불구하고 재조사 과정에서 쟁점거래처에 단순히 공문을 발송하여, 쟁점거래처가 정상적인 용역제공의 대가로 쟁점금액을 지급하였고 2018.1.25. 작성된 선수금운용계약서에 대하여는 알지 못한다고 회신한 내용만을 근거로, 재조사를 제대로 실시하지도 않고 청구주장을 받아들이지 않았으므로 이는 부당하다.

나. 처분청 의견

조사청은 당초 쟁점법인이 쟁점거래처에 발행한 쟁점세금계산서의 적정성을 확인하기 위해 2018.3.7. 현장확인을 실시하였고, 쟁점법인은 현장확인 당시 2017.10.13. 작성된 업무대행용역계약서를 제출하면서 쟁점거래처에 실제 용역을 제공하고 쟁점금액을 수령한 것으로 소명한 사실이 있으며, 조사청은 청구인이 제출한 용역계약서 및 금융증빙 등을 검토한 결과 불성실 거래혐의가 없는 것으로 보아 현장확인을 종결하였다.

조사청은 쟁점선결정에 따른 재조사 과정에서 쟁점법인이 쟁점거래처에 실제 용역을 제공하였는지 여부를 다시 확인하기 위해, 쟁점거래처에 업무대행용역계약서, 선수금운용계약서 및 투자약정변경합의서의 작성 경위 등에 대하여 자료제출을 요구하였다.

쟁점거래처는 경기도 의정부시 OOO 사업지의 수분양자 중도금 대출과 관련하여 쟁점법인과 위 업무대행용역계약을 체결하였고, 쟁점법인의 대표자인 청구인은 부동산 개발업을 30년 넘게 하면서 사업부지의 선정 및 투자자 소개나 금융기관 등에 인맥이 많아 관련 업무를 수행한 것으로 소명하였다.

또한 쟁점거래처는 청구인이 제출한 2018.1.25. 작성된 선수금운영계약서에 사용된 도장은 쟁점거래처의 법인 인감이 날인된 것이 아니고 쟁점거래처는 법인 인감 외에 별도의 사용인감이 없으며, 선수금 운용계약서에 대하여는 알지 못한다고 답변하였다.

한편 E이 자필서명한 사실확인서는 당초 심판청구가 제기된 후에 작성된 확인서로 이는 사인간의 이해관계에 따라 얼마든지 작성될 수 있는 것이므로, 객관적인 증빙에 해당한다고 볼 수 없다.

따라서 위와 같은 사실관계를 종합하면 쟁점법인이 쟁점거래처와 업무대행용역계약을 체결하고 쟁점세금계산서를 발행한 후 수취한 쟁점금액을 쟁점법인의 용역제공에 대한 대가에 해당한다고 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점법인이 쟁점거래처로부터 쟁점금액을 수취한 것은 쟁점법인의 용역제공에 대한 대가가 아니라 청구인이 개인적으로 투자한 자금을 회수한 것이므로 쟁점금액을 매출누락한 것으로 보아 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

제80조(결정의 효력) ① 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(2) 법인세법

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

(3) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점금액이 쟁점법인의 용역제공에 대한 대가가 아니라 청구인이 개인적으로 투자한 자금을 회수한 것이라고 주장하며, 다음과 같은 심리자료 등을 제출하였다.

(가) 청구인이 제출한 E의 사실확인서(2025.5.14.)에 따르면, E은 본인이 투자한 투자금 OOO원을 쟁점거래처로부터 반환받았고, 동 금액을 주식회사 F에 재투자하였다는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

＜표1＞ E이 작성한 확인서

(나) 청구인은 2011.6.28. C(주)와 체결한 투자약정서를 제출하였으며, 동 약정서의 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 투자약정서(2011.6.28.)

(다) 청구인은 투자금 OOO원의 입금 증빙으로 C(주) 대표이사 G가 작성한 영수증(2011.7.4.)을 제출하였으며, 동 영수증은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ G가 작성한 영수증(2011.7.4.)

(라) 청구인은 2015년 7월에 쟁점거래처와 체결한 투자약정변경합의서를 제출하였으며, 동 합의서의 내용은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 투자약정변경합의서(2015년 7월)

(마) 청구인은 2018.1.22. 쟁점거래처와 체결한 선수금운용계약서를 제출하였으며, 동 계약서의 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 선수금 운용계약서(2018.1.22.)

(바) 청구인은 쟁점금액의 입금 증빙으로 쟁점법인 명의의 은행계좌 거래내역을 제출하였으며, 동 거래내역에 따르면 2018.1.25. 쟁점거래처로부터 총 OOO원이 입금되었고, 같은 날 동 금액이 대체출금된 것으로 나타난다.

(사) 청구인은 2018.2.13. E과 H(주식회사 F 대표이사)이 체결한 투자약정서를 제출하였으며, 동 약정서의 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 투자약정서

(아) 청구인은 주식회사 F의 은행계좌 거래내역을 제출하였으며, 동 계좌 거래내역에는 2018.2.9. OOO원이 대체입금된 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 쟁점법인이 쟁점거래처와 업무대행용역계약을 체결하고 이에 대한 용역을 제공한 후 쟁점금액을 수취하였다는 의견으로, 다음과 같은 심리자료 등을 제출하였다.

(가) 국세통합전산망 조회자료상 쟁점법인은 2018.2.28. 전자세금계산서 조기경보 현장확인 대상자로 선정된 것으로 나타나고, 조사청은 2018.3.7. 쟁점법인에 대한 현장확인을 실시한 결과, 아래 ＜표7＞과 같이 금융기관 알선 거래 등에 대한 업무대행용역계약서 및 금융증빙 등을 검토한 결과 불성실 거래 혐의가 없다고 본 것으로 나타난다.

＜표7＞ 현장확인 보고서 주요내용

(나) 쟁점법인이 2017.10.13. 쟁점거래처와 체결한 업무대행용역계약 내용은 아래 ＜표8＞과 같고, 처분청은 동 계약내용에 따라 쟁점법인이 용역을 제공하고 쟁점금액을 수취하였다는 의견이고, 청구인은 업무대행용역계약 또한 개인적인 투자금 반환을 위해 형식적으로 작성된 것일 뿐 실제 용역의 제공은 없었다고 주장한다.

＜표8＞ 업무대행용역계약서

(다) 조사청은 쟁점선결정에 따라 2025.7.23.부터 2025.8.25.까지 재조사를 실시하였고, 쟁점거래처에 업무대행용역계약서, 선수금운용계약서 및 투자약정변경합의서의 작성 경위, 대금수수내역 및 계약내용을 입증할 수 있는 자료 일체에 대하여 소명요구한 것으로 나타나며, 조사청은 쟁점거래처의 회신내용 등을 근거로 쟁점법인이 실제 용역을 제공하였다고 보아 2025.9.1. 청구인에게 당초 처분이 적정하다는 내용의 재조사 결과통지를 하였다.

＜표9＞ 쟁점거래처가 제출한 경위서 주요내용(2025.8.12.)

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「국세기본법」 제80조의2는 심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다고 규정하고, 같은 법 제80조 제1항 및 제2항은 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 ‘제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다’고 규정하고 있다.

또한 「국세기본법」 제65조 제1항 제3호에 의하여 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로(대법원 OOO 전원합의체 판결 참조), 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다고 보아야 하는바, 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 할 것이다(대법원 OOO 판결, 같은 뜻임).

(나) 우리 원은 쟁점선결정에서 “청구인이 제출한 증거자료에 따르면 쟁점금액은 쟁점법인의 매출이 아니라 청구인이 개인적으로 투자한 자금을 회수한 것이라는 청구주장이 신빙성이 있어 보이고 쟁점금액이 쟁점법인의 매출에 해당하는지 여부에 대한 처분청의 조사가 부족해 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 제출한 E의 사실확인서 등 증거자료의 진위여부와 쟁점법인이 쟁점거래처에게 공급가액 OOO원의 용역을 실제로 제공하였는지 여부 등을 재조사”하는 것으로 결정하였으나, 처분청은 청구인이 제출한 E의 사실확인서 등 증거자료의 진위여부에 대하여는 사실관계를 확인하지 아니한 채 사인간의 이해관계에 따라 언제든지 작성될 수 있는 서류에 불과하다는 이유로 그 증거능력을 배척한 점, 처분청은 쟁점거래처에 대한 현장조사를 실시하거나 경기도 의정부시 OOO 수분양자들 중 일부에게 사실확인을 요청하면 쟁점법인이 쟁점용역을 실제로 제공하였는지 여부 등을 확인할 수 있었을 것으로 보이나, 단순히 쟁점거래처에 계약서 작성경위 등 자료제출 협조 요청 공문을 발송하고 이에 대한 회신내용을 근거로 당초 처분을 그대로 유지한 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 처분청은 우리 원 재조사 결정의 판단 및 취지 등에 따라「국세기본법」제65조 제5항 및 제80조의2에 따른 재조사를 성실하게 제대로 이행하지 아니하여 그 재조사 결정의 기속력에 정면으로 배치된다 할 것이다.

따라서, 처분청이 2025.9.1. 청구인에게 한 당초 종합소득세 부과처분이 적정하다는 내용의 재조사 결과통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.