[청구번호]

조심 2026서0686 (2026.08.18)

[세 목]

기타

[결정유형]

재조사

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[제 목]

제2차 납세의무자 지정, 납부고지 처분의 당부

[결정요지]

청구인이 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 단정하기 어려움

[관련법령]

국세기본법 제39조제2호

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

마포세무서장이 2025.7.4. 청구인을 주식회사 A의 제2차 납세의무자로 지정하여 청구인에게 OOO원을 납부고지한 처분은, 주식회사 A의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 자가 누구인지 등을 재조사하고 그 결과에 따라 납부고지세액 등을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)의 대표이사이고, 체납법인은 2025.7.1. 기준 2023년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2023〜2024년 귀속 원천징수분 사업소득세·근로소득세·퇴직소득세 합계 OOO원을 체납하였다.

나. 처분청은 체납법인의 체납액의 납세의무 성립 당시 청구인이 체납법인의 발행주식 200,000주 중 120,000주(60%)를 보유한 대표이사로서 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 과점주주에 해당한다고 보아, 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 2025.7.4. 청구인에게 보유지분율에 따른 체납세액 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.20. 이의신청을 거쳐 2025.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 체납법인의 실질적 지주회사로 볼 수 있는 B 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)와 C(쟁점법인의 실질대표)이 체납법인의 경영, 회계, 자금집행, 의사결정, 투자유치, 인사 등에 지배적인 영향력을 행사하였고, 청구인은 C에 의하여 채용되어 대표이사라기보다 중간관리자에 가까운 역할만을 담당하였다.

(가) 쟁점법인은 주식회사 D, 주식회사 E 등을 계열사로 보유하고 있고, C(게임 회사인 주식회사 F의 대표이사 G의 전 배우자)은 쟁점법인의 “회장”으로 불리우며 메타버스 플랫폼 개발을 준비하면서 청구인을 스카우트하여 2021.12.13. 주식회사 E의 대표이사로 채용하였다.

(나) C은 2022년 2월경 청구인에게 별도 법인을 만들어 플랫폼을 개발하라고 지시하면서 상호를 ‘주식회사 A’로 정해주었고, 2022.3.21. 청구인(지분 60%), C의 사실혼 배우자 H(지분 20%), 쟁점법인의 비서실장 I(지분 20%)을 발기인으로 하여 체납법인을 설립하였다.

(다) C은 2022.3.8. 청구인에게 전환사채를 활용하여 쟁점법인 및 C의 측근들이 64%, 청구인이 36%를 각각 보유하도록 지분구조를 만들라고 지시하였고, 이를 위해 2022.4.11. 쟁점법인과 체납법인이 전환사채 인수계약을 체결하였는데, 그 내용은 쟁점법인이 OOO원을 체납법인에 투자하고 투자금을 1주당 OOO원, 총 133,334주의 주식으로 전환할 경우 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점법인과 C의 측근들이 체납법인의 지분 64%를 보유하게 되는 것이다.

＜표1＞ 쟁점법인과 체납법인의 전환사채 인수계약에 따른 지분구조

○○○

(라) 청구인은 입사 제안 당시 ‘메타버스 플랫폼은 최소 3년의 개발기간, OOO원의 투자가 필요하다’는 조건을 제시하였고, C은 이 조건을 받아들여 쟁점법인이 체납법인에 2022.4.11. OOO원(전환사채 인수계약), 2022.9.6. 추가 OOO원(대여)을 투자하도록 하였으며, 청구인이 이러한 규모에 맞는 관리자, 개발자 등을 체납법인에 채용할 때도 C의 승인을 받았다.

(마) C의 재산은 대부분 전 배우자(주식회사 F의 대표이사)와 이혼하면서 분할받은 J 코인과 F 주식으로 구성되어 있었는데, J 코인이 2022.10.27. 불투명한 유통량을 원인으로 폭락하기 시작하여 2022.12.8. 상장 폐지되고, 주식회사 F 주식의 주가도 80%까지 하락하자 쟁점법인은 2022.10.31. 체납법인에 대한 추가 투자를 중단하겠다고 공지하면서 2022.12.30. 체납법인에 자생력을 확보하고 외부 투자를 유치하라고 지시하였다.

(바) 이에 청구인은 2023.1.30. OOO 관계자, 2023.1.31. OOO 관계자, 2023.3.11. OOO 관계자, 2023.3.11. 영국의 OOO 관계자, 2023.4.24. OOO 대체투자 솔루션팀 관계자 등을 만나면서 외부 투자를 받기 위하여 노력하였으나 메타버스에 대한 시장의 관심이 크게 식은 상황에서 추가 투자를 유치할 수 없었다.

(사) 쟁점법인은 체납법인이 파산하면 기존 투자금을 모두 잃게 될 것을 우려하여 2023.1.9.부터 2024.3.8.까지 총 9차례에 걸쳐 약 OOO원을 대여금 형식으로 체납법인에게 지급하였으나 이는 임직원 급여도 지급할 수 없을 정도의 턱없이 적은 액수였으므로 체납법인은 경영을 지속할 수 없었다.

(아) 쟁점법인의 파산 신청으로 체납법인은 결국 2025.3.19. 서울회생법원으로부터 파산선고 결정에 이르게 되었고, 청구인은 체납법인의 근로자 24명으로부터 임금 미지급으로 고소를 당하여 민사상 임금지급 의무가 없음에도 개인재산과 노부모·친지들로부터 빌린 돈으로 19명에게 합의금 OOO원을 지급하였으며, 나머지 피해자들에 대한 관계에서 징역 6월, 집행유예 1년의 유죄판결을 받았다.

(2) 「국세기본법」 제39조(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)에 따르면, 제2차 납세의무자에 해당하는 과점주주는 주주와 그의 특수관계인으로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자를 의미하는 것인데, 청구인은 체납법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당하지 아니한다.

(가) 「국세기본법」 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도인바, 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적 납세의무를 부과하는 것으로서 그 적용요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결, 같은 뜻임)

(나) 「국세기본법」 제39조(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)는 과점주주의 실질적 요건을 ‘주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’에서 ‘그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 변경하여 과점주주의 범위를 축소하였는데, 이러한 실질적 요건은 그 형식적 요건인 ‘주식의 소유사실’의 증명으로부터 곧바로 일응의 추정이 이루어진다고 볼 수 없고, 과세요건사실의 존재를 비롯한 처분의 적법성에 대한 증명책임을 지는 과세관청이 그 요건의 충족여부를 증명할 책임을 부담한다고 보아야 하며, 이와 같은 법리에 따라 다수의 하급심 판결(부산지방법원 2025.1.23. 선고 2023구합24457판결 등)에서 실질적인 요건을 판단하여 과세관청의 처분을 취소한 바 있다.

(다) 처분청이 답변서에서 제시한 대법원 판례(2004.10.15. 선고 2003두8418 판결)는 개정전 「국세기본법」 제39조의 적용에 관한 판결로서, 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 것에 대한 판시내용은 포함되어 있지 않으므로 이 건에 원용할 수 없다.

(3) 처분청은 단순히 청구인이 체납법인의 발행주식 60%를 보유하고 있고 대표이사로서 급여를 받고 있다는 이유만으로 청구인이 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당하는지에 대한 구체적인 증명 없이 이 건 부과처분을 한 것으로서 부당하고, 아래와 같은 구체적인 사실에 따르면 청구인은 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 자들에 해당하지 아니한다.

(가) 청구인은 C에 의하여 채용된 자이고 C의 프로젝트를 위하여 체납법인이 설립되었으며, 체납법인의 파산도 C이 회장으로 있는 쟁점법인이 신청한 것으로서, 체납법인은 그 시작부터 끝까지 C 내지 쟁점법인의 지배적인 영향력 아래에 있었다.

(나) C은 체납법인 설립 이전인 2022.3.8.부터, 설립 초기 청구인이 체납법인의 지분 60%를 보유하더라도 쟁점법인의 전환권 행사 시 청구인 36%, C의 측근 및 쟁점법인이 64%를 보유하게 되는 구조를 구상하였는데 청구인은 이에 대하여 어떠한 의견도 제시할 수 없었고, 청구인이 체납법인의 임원을 선임하는 과정에서도 C 내지 쟁점법인에 보고하거나 지시를 받아 처리하였다.

(다) 체납법인의 이사진은 청구인을 제외하면 C 내지 쟁점법인의 측근들인 H(C의 사실혼 배우자), 주식회사 E의 이사 K으로 구성되어 결국 쟁점법인이 체납법인 이사회의 소집 및 결의에 대한 전적인 권한을 보유하고 있으므로, 청구인이 체납법인 발행주식의 60%를 보유하였더라도 주주총회 등에서 C 내지 쟁점법인의 의사에 반하는 결의를 할 수도 없었고, 만일 그와 같은 방식으로 체납법인을 운영하려 하였다면 청구인은 C에 의하여 사임되었을 것이다.

(라) 체납법인은 격주로 쟁점법인에 체납법인의 실적, 계획, 사업현황 보고를 하였고, 쟁점법인은 2022.8.10. 체납법인의 재무 관련 실적들을 실시간으로 파악하기 위한 것이라고 하며 체납법인의 회계프로그램 접근권한을 요구하였고 그 이후 수시로 체납법인의 회계상황을 체크하면서 실시간으로 자금 사용 내역을 업데이트할 것을 지시하고, 비교적 작은 금액(휴대전화 구입비 OOO원) 지출 시에도 쟁점법인에 기안서를 제출하여 승인을 받아 집행하였다.

(마) 쟁점법인은 2023년 3월 경 체납법인의 전환사채 매각을 위해 주식회사 L과 양해각서를 체결하면서 해당 계약서에 체납법인에 대한 “경영권 일체”를 양도한다고 작성하였는데, 이는 쟁점법인이 체납법인의 경영권을 보유한 것을 직접적으로 나타내는 것으로서 전환사채가 경영권을 위한 도구였음을 증명하는 것이다.

(바) 쟁점법인이 전환권을 행사하기 전까지는 체납법인의 채권자에 불과할 뿐 주주의 권한을 가질 수 없고 반드시 전환권을 행사한다고 볼 수 없다고 본다 해도, C 내지 쟁점법인은 전환사채 존부와 무관하게 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 것이므로 이로써 과점주주의 판단이 달라질 수 없다.

(사) 처분청은 청구인이 체납법인으로부터 급여를 받았다는 점을 제2차 납세의무자 지정의 주요 요소로 보았는데, 쟁점법인의 투자 중단 이후 2023〜2024사업연도에 체납법인의 임직원들은 급여를 제대로 지급받지 못했고 청구인 역시 2023년 10월 이후 급여를 전혀 받지 못하였으며 급여 외의 배당금을 받은 사실도 없었으며, 오히려 이러한 사실을 통해 청구인의 급여 지급 또한 C 내지 쟁점법인의 영향력 아래 있었음을 알 수 있다.

(4) 청구인은 형식상 대표이사일 뿐 실제로는 체납법인의 경영에 대하여 재량권을 가지고 결정할 수 있는 일이 아무것도 없었음에도 불구하고, 체납법인 파산 등으로 힘든 시간을 보내던 중 대표이사로서 체납법인이 급여를 체불한 근로자들로부터 고소를 당하게 되었는데 청구인에게는 민사상 미지급 급여를 지급할 의무가 없음에도 불구하고 나름의 책임감을 가지고 개인재산과 빌린 돈으로 근로자들에게 합의금까지 지급하였으나, 또다시 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정되어 고통 속에 살게 된바, 청구인의 억울한 사정 등을 고려하여 과점주주의 실질적 요건을 엄격하게 판단하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 체납법인은 2025.7.1. 기준 2023년 제1기 부가가치세를 포함하여 근로소득세, 사업소득세, 퇴직소득세 등 12건, OOO원을 체납하였고, 처분청은 각 체납액의 납세의무성립일 현재 청구인이 체납법인의 대표이사로서 발행주식 200,000주 중 120,000주를 보유하고 체납법인을 운영한 과점주주에 해당하는 것으로 보아 아래 ＜표2＞의 내용과 같이 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 청구인에게 12건, 체납액 OOO원을 납부고지하였다.

＜표2＞ 체납법인의 체납액 및 청구인의 제2차 납세의무자 지정내역

○○○

(2) 청구인은 체납법인의 명의상 대표이사에 불과하고 쟁점법인과 C이 체납법인의 64% 지분, 청구인이 36% 지분을 보유하고 있다고 주장하고 있으나, 이는 쟁점법인이 실제로 전환권을 행사하여 체납법인의 주식을 취득한 경우를 가정한 것으로서 아직 이러한 전환권은 행사되지 않은 상태이므로, 체납법인의 체납액의 각 납세의무성립일 현재 청구인이 체납법인 발행주식의 60%인 120,000주를 보유하고 있다.

(3) 대법원은 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다 함은 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고 납세의무성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것(대법원 2004.10.15. 선고 2003두8418 판결 참조)이라고 판시한 바 있다.

(4) 체납법인이 쟁점법인과 C으로부터 법인의 경영에 관하여 상당한 간섭을 받은 것이 사실이라 하더라도, 청구인은 스스로 이사회의 의사결정 과정에 참여하였고 체납법인의 주식 60%를 실제 보유하고 있는 자로서 청구인의 의지에 따라 의사결정 과정에 참여하여 상황을 바꿀 수 있었을 것으로 판단되고, 또한 체납법인의 대표이사로서 다른 임직원에 비해 더 높은 급여를 수령한 사실도 있는 등 청구인이 명의상 대표이사라거나 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없다고 단정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인은 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당하지 아니하므로 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)

제39조【출자자의 제2차 납세의무】법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

(2) 국세기본법 시행령

제20조【출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위】② 법 제39조 제2호 각 목 외의 부분에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 체납법인의 설립, 주금 납입, 임원 등기, 해산 등에 대하여 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구인이 제출한 M의 계열사 구조 화면 출력물은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ M 계열사 구조 화면 출력물

○○○

(나) 청구인은 헤드헌터의 스카우트 제안으로 2021.10.18. 주식회사 E에 입사하게 되었다고 주장하며 2021.8.27.자 헤드헌터의 메일(e커머스 산업영역 경력과 플랫폼에 대한 노하우 등 역량을 갖춘 인재 구인) 및 2021.9.27. M 인사팀장과의 문자메시지 대화내용을 아래 ＜표4＞와 같이 제출하였고, 주식회사 E 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2021.12.13. 주식회사 E의 대표이사로 취임하였다가 2022.3.31. 사임한 것으로 등기되었다.

＜표4＞ 헤드헌터의 메일 및 청구인과 M 인사팀장의 대화내용

○○○

(다) 처분청의 이의결정서에 따르면, 2021년 말 쟁점법인 및 주식회사 E의 주요 주주현황은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 쟁점법인 및 주식회사 E의 주요 주주현황

○○○

(라) 체납법인의 등기사항전부증명서(2022.4.5. 현재 유효사항)에 따르면, 체납법인은 2022.4.1. 서울특별시 마포구 OOO을 본점 소재지로 하여 자본금 OOO원(1주당 OOO원, 보통주식 2,000,000주 발행)으로 설립되었고, 사업목적은 전자상거래·유통업, 통신망을 이용한 데이터 및 정보의 축적·배급·판매업, 결제대금 예치업, 광고대행업 등으로 나타나며, 임원 등기사항은 아래 ＜표6＞와 같다.

＜표6＞ 체납법인의 2022.4.5.자 임원 등기사항

○○○

(마) 처분청의 이의결정서에 따르면, 체납법인의 주식 중 청구인의 지분에 대한 주금 OOO원은 청구인이 납입한 것으로 나타나고, 청구인은 C이 체납법인의 사명을 청구인에게 지시하였다고 하며 아래 ＜표7＞의 C과의 2022.2.22.자 문자메시지 내용을 제출하였다.

＜표7＞ 2022.2.22.자 청구인과 C의 문자메시지 대화내용

○○○

(바) 체납법인의 2022.3.1.자 주주명부는 아래 ＜표8＞과 같고(청구인은 주주 중 H은 C의 사실혼 배우자, I은 쟁점법인의 비서실장이라고 주장함), 체납법인의 2022사업연도 주식등변동상황명세서에 따르면 I은 주식 40,000주 중 20,000주를 2022.7.11. N(쟁점법인의 대표이사)에게 양도한 것으로 나타나며, 2024사업연도까지 그 외의 지분변동은 없었던 것으로 나타난다.

＜표8＞ 체납법인의 2022.3.1.자 주주명부

○○○

(사) 체납법인의 등기사항전부증명서에 따르면, 2024년 이후 체납법인 임원의 주요 변동사항은 아래 ＜표9＞과 같다.

＜표9＞ 체납법인 임원 주요 변동사항

○○○

(2) 체납법인의 전환사채 발행, 운영 등과 관련하여 확인되는 내용은 다음과 같다.

(가) 청구인은 체납법인 설립 이전인 2022.3.8.부터 C, I 등이 전환사채를 이용하여 전환권 행사 시 C 등이 체납법인의 지분 대부분을 보유하는 구조를 구상하였다고 하며, 아래 ＜표10＞의 문자메시지 대화내용을 제출하였다.

＜표10＞ 청구인과 C, I의 문자메시지 대화내용(2022.3.8.)

○○○

(나) 체납법인은 쟁점법인과 2022.4.11. 전환사채 인수계약을 체결하였고, 그 주요 내용은 아래 ＜표11＞과 같으며, 이에 첨부된 ‘퇴사제한 및 경업금지 약정서’에 따르면 청구인은 해당 계약 체결일 이후 3년 또는 체납법인이 국내외주식시장에 상장된 후 1년이 되는 날까지 퇴사가 제한되고(쟁점법인이 지분을 전량 처분한 경우 제외), 이를 위반할 경우 퇴사로부터 10일 이내에 쟁점법인에 위약벌금 OOO원을 지급한다는 내용이 나타난다.

＜표11＞ 체납법인과 쟁점법인의 전환사채 인수계약 주요 내용

○○○

(다) 청구인은 쟁점법인에게 체납법인의 회계 프로그램 계정을 공유하여 쟁점법인이 실시간으로 회계 현황을 들여다보았고, C이 M의 회장으로서 그룹대표 경영회의를 주관하였으며, 체납법인은 비교적 소액 지출건(OOO원)에 대해서도 쟁점법인의 승인을 받아 지출하였다고 주장하며 쟁점법인 직원과의 이메일 내역을 아래 ＜표12＞와 같이 제출하였다.

＜표12＞ 쟁점법인 직원과의 이메일 송수신내역(발췌)

○○○

(라) 청구인은 체납법인의 임원 선임에 대해서도 C의 지시를 받았다고 주장하며 2022.10.13.자 C과의 문자메시지 대화내용을 아래 ＜표13＞과 같이 제출하였다.

＜표13＞ 2022.10.13.자 청구인과 C 등의 문자메시지 대화내용

○○○

(마) 청구인은 C 재산의 상당 부분을 차지하는 J 코인이 2022.10.27. 폭락하기 시작하여 2022.12.8. 상장 폐지되는 등 쟁점법인의 자금 사정이 어려워져 직접 투자 유치를 위해 노력했다고 하며, 이와 같은 내용의 2022.10.31.자 체납법인 직원과의 문자메시지 대화 및 ‘2023, M 회장 경영방침’(아래 ＜표14＞ 참고)을 제출하였다.

＜표14＞ ‘2023, M 회장 경영방침’(발췌)

○○○

(바) 아래 ＜표15＞의 2023.1.6.자 체납법인의 이사회 회의록에 따르면, 참석자는 청구인, H, K으로 나타나고 청구인은 H과 K이 C 및 쟁점법인의 측근으로서 참석자의 과반을 차지하므로 청구인이 이들과 다른 의사결정을 할 수 없었다고 주장한다.

＜표15＞ 2023.1.6.자 체납법인 이사회 회의록

○○○

(사) 청구인은 쟁점법인이 2023년 3월에 ㈜L에게 체납법인이 발행한 전환사채 및 경영권 일체를 양도하는 양해각서 체결을 추진하였으나 체결에 이르지 못하였다고 하며 해당 양해각서(안)을 제출하였고, 그 주요 내용은 아래 ＜표16＞과 같다.

＜표16＞ 쟁점법인과 ㈜L의 양해각서(2023년 3월)

○○○

(아) 2023년에 체납법인이 지출한 주요 인건비 내역은 아래 ＜표17＞과 같다.

＜표17＞ 2023년 체납법인의 주요 인건비 내역

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(3) 청구인은 체납법인의 대표이사로서 체납법인의 근로자들로부터 임금 미지급 등 「근로기준법」 위반으로 고소를 당하였고, 주변에서 돈을 빌려 일부 직원들에게 합의금 OOO원(미지급 급여보다 적은 금액으로서 40%는 합의서 작성 시에, 나머지 60%는 이후 자금 여력이 생겼을 때 지급함)을 지급하였으며, 합의금을 수령한 피해자들의 합의서와 처벌불원서를 법원에 제출하여 공소기각 결정을 받았다고 주장하며, 2024.10.21. 대출금 OOO원 및 2024.10.23. 계좌 출금액 OOO원의 증빙자료, 2024.11.29.자 OOO원 차용증, 근로자들과의 합의서(2024.12.13.자) 및 처벌불원서 등을 제출하였다.

(4) 처분청의 이의결정서에 따르면, 쟁점법인이 2025.1.3. 청구인을 사기 혐의로 고소하였으나, 체납법인의 개발부 직원 P과 경영기획실장 O은 체납법인의 실질적 경영자가 쟁점법인과 C이라는 내용으로 2025.2.12.자 진정서(아래 ＜표18＞ 참고)를 OOO경찰서에 제출하였고, OOO경찰서장은 쟁점법인과 청구인의 관계가 고용인과 피고용인의 관계로 보여진다는 이유 등으로 아래 ＜표19＞의 내용과 같이 2025.5.3. 불송치(혐의없음) 결정한 것으로 나타난다.

＜표18＞ P과 O의 2025.2.12.자 진정서 주요 내용

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＜표19＞ OOO경찰서장의 청구인에 대한 수사결과 통지서(불송치)

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(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구인이 체납세액의 납세의무 성립일 현재 체납법인의 주식 60%를 보유한 최대주주이자 대표이사로서 「국세기본법」 제39조에 따른 ‘과점주주’에 해당한다는 의견이다.

(나) 「국세기본법」(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것) 제39조 각 호 외 본문에서 ‘법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세․가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2호에서 제2차 납세의무를 부담하는 ‘과점주주’에 대하여 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령이 정하는 자로서 ‘그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’이라고 규정하고 있다.

(다) 이러한 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도로서(대법원 1995.6.13. 선고 94누1463 판결 등, 같은 뜻임), 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결, 같은 뜻임).

(라) 체납법인 설립 당시 청구인 외의 주주는 C의 지인으로 보이는 H(지분 20%), 쟁점법인의 비서실장 I(지분 20%)으로서 모두 C의 측근으로 보이는 점, C은 체납법인 설립 이전(2022.3.8.)부터 전환사채를 활용하여 향후 체납법인에 대한 지분율을 높이는 구조를 구상한 것으로 나타나고, 이에 따라 쟁점법인은 2022.4.1. 체납법인이 발행한 OOO원 규모의 전환사채를 인수하였으며 만일 전환권을 행사하였다면 C과 쟁점법인 등의 체납법인 지분율이 64%에 달하였을 것으로 보이는 점, 이후 쟁점법인은 2022.9.6.부터 2024.3.8.까지 체납법인에게 총 17회에 걸쳐 약 OOO원을 대여한 것으로 나타나는 점, 쟁점법인은 체납법인에 대하여 ‘2023, M 회장 경영방침’을 전달하고 체납법인의 회계프로그램 접근권을 받아 실시간으로 체납법인의 회계 자료를 열람·관리해왔으며, 체납법인의 비용 지출도 쟁점법인의 승인을 거친 것으로 나타나는 점, 쟁점법인이 2025.1.3. 청구인을 사기 혐의로 고소하였으나 체납법인의 개발부 직원 P과 경영기획실장 O은 실제로 청구인이 아닌 C과 쟁점법인이 체납법인의 경영을 주도하였다는 내용의 진정서(2025.2.12.자)를 제출하였고 OOO경찰서장은 조사 결과 쟁점법인과 청구인이 고용인과 피고용인의 관계로 보인다는 이유 등으로 2025.5.3. 불송치(혐의없음) 결정한 것으로 나타나는 점, 청구인이 제출한 체납법인의 근로자들과의 합의서, 처벌불원서, 판결문 등에 따르면, 청구인이 근로자들에게 합의금으로 OOO원을 지급한 것은 근로자들에게 미지급 급여 채권을 변제한 것이 아니라 청구인에 대한 처벌불원서를 받기 위하여 지급한 합의금의 성격이라고 볼 수 있는 점 등에 비추어, 청구인이 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 자로서 과점주주의 요건을 충족한다고 단정하기는 어려운 측면이 있다.

다만, 제시된 증빙만으로는 체납법인의 실제 과점주주를 확인하기 어렵고, 쟁점법인은 2025.1.3. 청구인을 사기 혐의로 고소하였으며, 청구인이 2023년에 체납법인으로부터 OOO원의 급여를 수취한 사실 등을 고려할 때, 처분청이 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 자가 누구인지 등을 재조사하고 그 결과에 따라 납부고지세액 등을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.