[청구번호]

조심 2026인1649 (2026.08.14)

[세 목]

부가

[결정유형]

경정

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[제 목]

쟁점매입처로부터 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

[결정요지]

쟁점세금계산서는 공급한 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 재화를 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서로 보아 3%의 가산세를 적용하였으나, 재화를 공급받고 실제로 공급한 자가 아닌 자의 명의로 발급받은 세금계산서에 대한 2% 가산세율을 적용(「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호)이 타당

[관련법령]

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

동고양세무서장이 2025.11.26., 2025.12.8. 청구법인에게 한 2019년 제1기 부가가치세 OOO원, 2019년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호에 따른 가산세율(2%)을 적용하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.3.24. 설립되어 의류 제조 및 도·소매업을 영위하는 법인으로 A 등 7개 업체(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 2019년 제1기 및 제2기 과세기간 중 총 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하며, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 발급받아 매입세액 OOO원을 공제하는 것으로 하여 2019년 제1기 부가가치세 OOO원, 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 대구지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.25.∼2025.5.31. 쟁점매입처를 포함하여 B 등 34개 업체(이하 “명의대여 사업자”라 한다)와 그 실행위자인 C에 대한 2016년 제2기부터 2019년 제2기 과세기간 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과 C은 명의대여 사업자를 이용하여 I가 아닌 명의대여 사업자가 수입하는 것처럼 수입신고·통관대행하고 세관으로부터 수입세금계산서를 수취하였으며, 명의대여 사업자는 실제 화주 또는 가공세금계산서 수취를 원하는 사업자에 실물거래 없이 가공세금계산서를 발급한 것으로 판단하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.11.26., 2025.12.8. 각 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에 2019년 제1기 부가가치세 OOO원, 2019년 제2기 부가가치세OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 현재 중국에서 생산된 청바지 등 의류를 2∼3개의 공급경로를 통하여 매입한 후 동대문시장 소재 의류쇼핑몰 약 10개 업체와 인터넷 쇼핑몰 약 200개 업체에 공급하는 의류 도매업을 영위하고 있다.

(가) 청구법인은 2016.3.18. 설립 당시 영세한 규모로 매출액도 미미하였으나, 이 건 처분 대상 과세기간인 2019년에는 약 OOO원의 매출을 달성하였고, 현재는 연간 OOO원 이상의 매출을 올리는 중견 의류도매업체로 성장하였다.

(나) 개업 초기부터 2019년까지는 자금 여력이 부족하여 자체 상표(OEM 방식)의 의류를 직접 생산할 수 없어 쟁점매입처 등으로부터 의류를 매입하여 거래처에 판매하는 방식으로 영업을 하였다.

(다) 2019년 당시 C이 총괄 운영하던 A 등 쟁점매입처는 중국 교포가 운영하는 중국 광저우 소재 D으로부터 생산된 의류를 수입하여 청구법인을 비롯한 국내 의류도매업체에 공급하고 있었다. 당시 자금 사정이 넉넉하지 않았던 청구법인은 물품을 먼저 공급받고 약 한 달 후 대금을 지급할 수 있는 거래조건이 유리하여 쟁점매입처를 통하여 의류를 공급받을 수밖에 없었다.

(라) 쟁점거래는 중국으로부터 수입된 의류가 인천세관 보세창고에 입고되면 쟁점매입처가 직접 통관절차를 진행하고, 통관 완료 후 용달업체를 통하여 청구법인에 배송하는 방식으로 이루어졌다. 배송을 담당한 용달업체는 대부분 영세사업자였으므로 청구법인은 배송비를 지급한 후 간이영수증을 수취하였고, 이를 법인세 신고 시 손금으로 반영하였다.

(마) 또한, 쟁점거래에 대한 거래대금은 모두 청구법인 명의의 예금계좌에서 쟁점매입처 명의의 예금계좌로 통상 거래일로부터 약 1개월 후 계좌이체 방식으로 정상적으로 지급하였다. 이후 2021년부터는 자금 사정이 개선되고 매입단가 절감 등을 목적으로 청구법인이 직접 중국 업체에 OEM 방식으로 의류 생산을 의뢰하여 수입하거나 일부 품목은 다른 수입업체를 통하여 공급받는 방식으로 거래구조를 변경하였다.

(2) 청구법인은 처분청의 해명요구에 대해 정상거래를 입증할 자료를 제출하였고, 쟁점매입처의 거래상대방들 중 상당수는 관할 세무서의 정상거래 여부에 대한 해명요구에 따라 관련 자료를 제출하였고, 소명 결과 정상거래로 인정받았다.

(가) 청구법인은 쟁점거래가 정상거래임을 입증하기 위하여 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서, 거래대금 지급을 확인할 수 있는 금융거래내역, D으로 샘플을 발송한 국제운송자료 등을 제출하였다. 이에 처분청은 중국 D에서 실제로 의류가 생산되었다는 점에 대한 추가 입증을 요구하였고, 청구법인은 중국 D의 납품사실확인서와 함께 청구법인 직원과 중국 D 직원이 샘플 제작·생산·발송과 관련하여 주고받은 메신저 대화내용을 제출하였다.

(나) 또한, 처분청은 쟁점거래 대금이 쟁점매입처에 지급된 이후 그 자금이 다시 청구법인 또는 청구법인의 대표자에게 환원되지 않았는지 확인하기 위하여 청구법인 계좌의 거래내역 등을 요구하였고, 청구법인은 법인의 주거래계좌 5개 계좌와 대표자의 주거래계좌 거래내역을 제출하였으며, 아울러 C이 작성한 쟁점거래의 사실관계에 관한 확인서(옥중편지)도 함께 제출하여 정상거래임을 충분히 소명하였다.

따라서, 쟁점거래는 청구법인이 의류 수입을 대행하는 쟁점매입처로부터 중국에서 생산된 청바지 등 의류를 실제로 매입하여 이를 거래처에 공급한 정상적인 거래이고, 거래대금 역시 모두 정상적으로 지급되었다. 또한 처분청은 지급된 거래대금이 청구법인 또는 그 대표자에게 다시 환원되었다는 사실을 입증하지 못하였으므로, 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 거래처 관련인들이 쟁점거래가 가공거래임을 인정하고 이에 대해 진술하였다.

(가) 쟁점매입처에 대한 실사업자인 C 및 관련인들은 실제 화주를 대신해서 명의대여 사업자로 통관업무를 진행하고 실제 화주 또는 단순히 매출세금계산서를 필요로 하는 사업자를 대상으로 매출세금계산서를 발행하였다고 진술하였다.

(나) 쟁점거래처 직원인 E이 진술한 관세청 신문조서에 따르면 쟁점거래 관련 내용이 상세하게 나오며 공급대가가 입금된 후 10% 수수료를 제외하고 청구법인에게 다시 반환하는 가공거래라고 진술하였다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙자료로 쟁점매입처로부터 실제 의류를 공급받았다고 할 수 없다.

(가) 청구법인이 증빙자료로 제출한 작업지시서 샘플, 납품사실확인서, 메신저 대화내용 화면 캡쳐 출력물에서 계속 거론되는 ‘F’라는 업체는 쟁점매입처가 아니다. 또한 작업지시서 샘플에는 구체적인 날짜나 결재서명도 없어 이를 신뢰할 수 없다. 납품사실확인서는 해명안내문이 송달된 이후 2025년 11월 15일에 작성되었으며 청구법인의 다양한 매입처를 봤을 때 중국으로부터 의류를 수입했을 수는 있으나 그것이 쟁점매입처와의 관련된 거래라는 것을 입증할 수는 없다.

(나) 청구법인이 제출한 G국제운송송장에서는 운송날짜나 세부 운송품목 확인할 수 없어 쟁점매입처와 관련된 것임을 알 수 없으며 만일 해당 거래가 사실이라면 중국업체에서 청구법인이 아닌 쟁점매입처로 물건을 보냈어야 할 것이다.

(다) 청구법인이 제출한 쟁점매입처 거래대금 송금 결제내역 및 세금계산서와 청구법인 및 대표자 H의 예금거래내역은 쟁점매입처 계좌로 거래대금을 입금한 내역이 확인될 뿐이지 반환받지 않았다는 증거나 가공이 아닌 실제 거래였다는 것의 입증이 될 수 없으며 조사청이 조사 대상자의 계좌를 확인한 결과 청구법인의 대금 입금 후 비슷한 금액이 현금으로 다시 출금되는 형태를 보이고 있는 등 여러 정황을 비추어 볼 때 청구법인이 계좌를 통해 쟁점매입처에 대금을 이체하면 쟁점매입처는 현금 출금 후 현금으로 청구법인에 반환하는 가공 거래로 봄이 타당하다.

(3) 설령, 청구법인이 실제 의류 등 재화를 공급받았다 하더라도 청구법인은 세관으로부터 정당하게 수입매입세금계산서를 발급받았어야 할 것이고 실사업자인 C으로부터 세금계산서를 발급받은 것 또한 아니므로 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점이 달라지는 것은 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입처로부터 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법률

부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 일부개정되기 전의 것)

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 조사청은 2025.2.25.∼2025.5.31. 명의대여 사업자와 실행위자인 C에 대한 ‘범칙 세목별(자료상) 조사’를 실시하였다.

(나) 조사종결보고서에 따르면 C은 동대문 상인 등 I로부터 의류 등 수입대행을 의뢰받아 수입물품의 운송 및 통관 업무 전반을 대행하면서 통관 편의 등을 목적으로 타인 명의를 이용하여 총 34개 타인명의로 사업자등록을 한 사실이 「관세법」 위반 관련 공소장, 판결문 등을 통해 확인되었고,

매출세금계산서를 실제 화주 또는 매입세금계산서가 필요한 사업자에게 발행하고 금액을 돌려준 사실이 C 본인의 진술 등을 통해 확인된 것으로 조사되었으며, 조사일 현재 C은 「관세법」 위반죄로 유죄판결이 확정되어 서울구치소에 수감 중인 것으로 나타난다.

＜표1＞ 조사청이 작성한 거래 흐름도

OOO

(다) C의 「관세법」 위반 관련 서울세관 압수자료에는 명의대여 사업자의 세금계산서 발급내역을 일괄 관리한 자료가 포함되어 있고 발급금액, 부가가치세액, 받을 금액 및 반환할 금액의 비율 등이 기재되어 있는 것으로 나타난다. 조사청은 이를 근거로 압수자료로서 확인되는 금액 총 OOO원을 가공세금계산서 발급금액으로 확정하였다(C에 대해서는 「조세범 처벌법」 제10조 제3항의 세금계산서 발급의무 위반 및 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 제8조의2 세금계산서 교부의무 위반 등의 가중처벌 규정에 따라 관련하여 고발조치하였다).

＜표7＞ 전자/수기 세금계산서 발행 현황 일부(청구법인에 대한 것 발췌)

OOO

(라) 조사청의 사업장 조사에 따르면 쟁점매입처는 모두 폐업한 상태인 것으로 확인된다.

(마) 청구법인은 2019년에 쟁점매입처 A로부터OOO원, B으로부터 OOO원, J으로부터 OOO원, K으로부터 OOO원, L으로부터 OOO원, M으로부터 OOO원, N으로부터 OOO원의 매입세금계산서를 각 수취하였다.

(바) 쟁점매입처의 계좌 일부 내역에 따르면 청구법인이 대금을 이체한 다음날 일부 금액이 출금된 것으로 나타난다.

＜표8＞ 쟁점매입처(A) 계좌 일부 발췌

OOO

＜표9＞ 쟁점매입처(B) 계좌 일부 발췌

OOO

(사) 처분청은 조사청이 파생한 과세자료와 청구법인의 해명자료 검토결과 실제 재화를 공급받았다는 정황을 확인할 수 없다는 이유로 이 사건 부과처분을 하였다.

(아) 청구법인은 쟁점거래가 가공거래가 아님을 주장하며 ① 쟁점거래 관련 전자매입세금계산서 일체, ② 청구법인이 중국 제조업체인 ‘F’에 의류 제작을 지시한 작업지시서, ③ 청구법인이 ‘F’에 의류 샘플을 보낸 증빙으로 G 국제운송 송장, ④ 2025.11.15. ‘F’가 작성한 납품사실확인서, ⑤ 청구법인과 F 간 의류 작업 관련 메신저 대화내역, C의 옥중 서신, ⑥ 2019년 청구법인 및 대표이사의 특정계좌 거래내역을 제출하였다.

＜표10＞ 작업지시서

OOO

＜표11＞ 국제운송장

OOO

＜표12＞ 2025.11.15. 납품사실확인서

OOO

＜표13＞ 메신저 대화내역

OOO

＜표14＞ 2025년 12월 C의 옥중 서신

OOO

(자) 국세통합전산망 자료에 따르면 쟁점매입처는 각 OOO원에서 OOO원 상당의 부가가치세 체납액이 있는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법」 제38조 제1항 제1호는 매출세액에서 공제하는 매입세액을 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액으로 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(나) 먼저, 쟁점거래가 실제 재화의 공급이 없는 거래에 해당하는지에 대하여 살펴본다.

처분청은 쟁점매입처의 실사업자인 C 및 관련인들의 진술, 서울세관 압수자료 및 청구법인이 대금을 이체한 다음날 유사한 금액이 현금으로 출금된 정황 등에 비추어 쟁점거래는 실물 없는 가공거래에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 2016.3.24. 설립되어 의류 제조 및 도·소매업을 영위하면서 동대문시장 소재 의류쇼핑몰 및 인터넷 쇼핑몰 다수에 의류를 공급하는 사업자로서 2019년 제1기 및 제2기 과세기간에도 약 OOO원의 매출을 신고한 것으로 나타나는바, 쟁점세금계산서에 대응하는 의류의 매입이 전혀 없었다면 이러한 매출이 이루어지기 어려워 보이는 점, 청구법인이 제출한 작업지시서, 국제운송송장, 납품사실확인서 및 메신저 대화내역 등에 의하면 중국 광저우 소재 D에서 의류가 제작되어 국내로 반입된 정황이 확인되고, 처분청 역시 청구법인이 중국으로부터 의류를 수입하였을 수는 있었다는 것에 이견은 없는 것으로 보이는 점, 쟁점거래대금이 청구법인 명의의 예금계좌에서 쟁점매입처 명의의 예금계좌로 이체된 사실이 확인되는 점, 쟁점매입처의 계좌에서 청구법인의 이체 다음날 일부 금액이 출금되었으나 그 자금이 청구법인에 실제 환원되었다고 볼 수 있는 자료는 확인되지 않는 점, C 등의 진술과 서울세관 압수자료는 C이 명의대여 사업자를 이용하여 수입신고·통관을 대행하면서 매출세금계산서를 발급하여 온 사실을 뒷받침하는 자료로 보일 뿐, 청구법인과의 개별 거래에 대해 재화의 공급이 없었다는 점을 입증하는 자료로는 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 실제 재화를 수취함 없이 쟁점세금계산서만을 발급받았다고 보기는 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로, 쟁점세금계산서가 실제로 재화를 공급한 자가 아닌 자의 명의로 발급받은 세금계산서에 해당하고 청구법인이 그러한 사실을 알지 못한 데에 과실이 있는지에 대하여 살펴본다.

1) C은 동대문 상인 등 I로부터 의류 등의 수입대행을 의뢰받아 수입물품의 운송 및 통관 업무 전반을 대행하면서 통관 편의 등을 목적으로 총 34개 타인 명의로 사업자등록을 한 사실이 관세법 위반 관련 공소장 및 판결문 등을 통하여 확인되고, 조사일 현재 「관세법」 위반 혐의로 유죄판결이 확정되어 수감 중인 것으로 나타나는바, 쟁점매입처는 C이 그 명의를 빌려 사업자등록을 한 명의대여 사업자로서 쟁점거래에 있어 의류의 수입 및 통관 등을 실제로 수행한 자는 C인 것으로 확인되고, 청구법인 또한 2019년 당시 C이 A 등 쟁점매입처를 총괄 운영하고 있었다는 취지로 주장하고 있는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서는 그에 적힌 공급자와 실제로 재화를 공급한 자가 서로 다른 세금계산서에 해당한다 할 것이다.

2) 다만, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서라 하더라도 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정을 주장·입증한 경우에는 그 매입세액을 공제받을 수 있다 할 것인바(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 2019년 당시 C이 A 등 쟁점매입처를 총괄 운영하고 있었다고 스스로 밝히고 있어 쟁점매입처의 사업자등록 명의자와 그 사업을 실제로 영위하는 자가 서로 다르다는 사정을 인식하고 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점매입처로부터 계속하여 의류를 공급받으면서도 그 명의자와 매매계약을 체결하거나 그 명의자가 실제 거래당사자인지 여부를 확인하였다는 자료를 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인은 쟁점거래가 정상적인 실물거래라는 주장만 할 뿐 쟁점매입처의 명의가 위장된 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점에 대해서는 이를 뒷받침할 만한 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 있다고 보기 어렵다.

(라) 따라서 쟁점세금계산서는 재화를 공급받고 실제로 공급한 자가 아닌 자의 명의로 발급받은 세금계산서에 해당하고, 청구법인이 그 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다고 보기 어려우므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(마) 다만, 처분청이 쟁점세금계산서를 재화를 공급받지 아니하고 발급받은 세금계산서로 보아 그 공급가액의 100분의 3에 해당하는 가산세를 적용한 것은 잘못이 있는 것으로 보이므로, 「부가가치세법」 제60조 제3항 제4호에 따라 재화를 공급받고 실제로 공급한 자가 아닌 자의 명의로 발급받은 세금계산서에 대한 가산세율인 100분의 2를 적용하여 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.