[청구번호]

조심 2025광1655 (2026.08.11)

[세 목]

양도

[결정유형]

기각

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[제 목]

주식 양도계약에 따라 이루어진 쟁점주식의 양도시기는 2007.11.22.이므로 부과제척기간이 경과하였다는 청구주장의 당부 등

[결정요지]

① 청구인이 제출한 증빙만으로는 쟁점금전소비대차약정이 형식적이고 사실상 2007.11.22. 쟁점주식의 양도가 완결되었다는 주장이 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려움② 법원은 ㅇㅇㅇ가 쟁점법인에게 이미 변제한 부분을 제외한 나머지 채무인수금 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판결한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려움

[관련법령]

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인과 청구인의 형 A(이하 “청구인등”이라 한다)은 2005.11.25. 설립되어 경기도 곤지암읍 OOO에서 골프장업을 영위하는 B 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대주주로 쟁점법인 발행주식 OOO주 중 청구인이 OOO주(이하 “쟁점주식①”이라 한다), A이 OOO주(이하 쟁점주식①과 합하여 “쟁점주식”이라 한다)를 각 보유하였다.

나. 청구인등은 2007년 2월경 당시 쟁점법인의 대표이사인 C와 쟁점주식을 OOO원에 양도하기로 하는 주식매매계약을 체결(2007.3.14. 매매대금을 OOO원으로 변경, 이하 “쟁점매매계약”이라 한다)하는 한편, 청구인등은 2007.2.23. 쟁점법인에게 쟁점주식과 D 회원권을 담보로 질권을 설정해주고 쟁점법인으로부터 OOO원을 한도로 자금을 차입하는 금전소비대차 및 질권설정 약정(이하 “쟁점금전소비대차약정”이라 한다)을 체결하였다.

다. 쟁점법인과 C는 2007.2.23.부터 2007.12.31.까지 청구인등에게 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급하였고, 이후 쟁점주식은 2016.8.13. 제3자인 E에게 명의개서 되었으며, 청구인등은 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

라. 처분청은 2024.2.23.부터 2024.3.13.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인등이 2016.8.13. E에게 쟁점주식을 양도한 것으로 보고, E가 쟁점주식을 취득하면서 인수한 채무가액 OOO원 중 청구인 지분비율(20%)에 해당하는 OOO원을 쟁점주식①의 양도가액으로 보아, 청구인에게 2024.5.1. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.29. 이의신청을 거쳐, 2025.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 사건 경위는 다음과 같다.

(가) 쟁점법인은 2005년 11월경 경기도 광주시 곤지암읍 OOO 골프장 9홀의 부지와 골프장등록권을 인수하며 설립되었으나, 쟁점법인 설립 전 위 소재지에서 18홀 정규 골프장을 운영하던 F 주식회사(이하 “F”이라 한다)와 법적인 다툼이 발생하여 정상적인 사업을 영위하지 못하였다.

쟁점법인은 2006년 5월～7월경 F 주주들이 보유한 주식 및 채권을 인수하여 전체 골프장 운영권을 인수하기로 하되, 쟁점법인이 소유한 부지에 9홀의 골프장이 완공되어 기존의 골프장과 함께 27홀의 골프장이 정상적으로 운영될 때까지는 F이 골프장 운영권을 가지는 조건으로 F과 합의하였으며, 2006년 8월경 청구인등이 F 주식 85%를 취득하여 경영권을 확보하고, 당초 F의 비상대책위원장인 C는 쟁점법인의 대표이사로 취임하였다.

청구인등은 쟁점법인을 설립하기 전부터 9홀 골프장 운영권을 확보하기 위해 약 OOO원의 투자자금을 대부분 사채업자로부터 차입하여 고액의 이자를 지급하고 있는 상황이었으나, 위와 같이 골프장의 경영권 인수가 지연되면서 이자가 감당하기 어려운 수준으로 늘어났고, 심한 자금 상환 압박에 골프장 사업 포기를 선언하고 암암리에 쟁점주식의 매수자를 물색하는 과정에서 C가 사정하여 쟁점주식을 C에게 양도하기로 하였으며, 청구인등은 2007.2.23. C와 매매대금을 OOO원으로 하는 1차 주식매매계약을 체결하였다.

C가 쟁점주식 양수자금을 조달할 능력이 없는 상황에서, 청구인등은 2007.2.23. C와 쟁점주식 매매계약을 체결하면서 같은 날 쟁점법인과 쟁점금전소비대차약정을 체결하여, 청구인등이 쟁점법인으로부터 차입금 형식으로 쟁점주식 양도대금을 수취하고, 쟁점법인의 대표이사인 C가 청구인등을 대신하여 청구인등의 차입금을 상환하는 방식으로 쟁점주식의 양도가 이루어졌다.

이후 청구인등은 2007.3.14. 쟁점주식의 양도대금을 OOO원으로 변경하여 C와 쟁점매매계약을 체결하였고, 이는 매매계약 작성 당시 입회자인 G에게 C가 소개비 명목의 수수료 OOO원을 지급하는 대가로 쟁점주식 양도대금을 OOO원 감액조정한 것이었다.

C는 2007.12.22. 청구인등으로부터 쟁점주식을 모두 인수한 후 2008년 쟁점법인과 F의 합병을 통해 H의 완전한 지배권을 행사하였으며, 골프장 명칭도 I로 변경하는 등 대외적으로도 회장으로서 왕성한 활동을 영위하였다.

(나) 이후 쟁점주식 매매거래와 관련한 형사소송이 진행되었는바, C가 쟁점법인의 자금으로 청구인등에게 쟁점주식 매매대금을 지급한 횡령 등 혐의에 대하여, 서울중앙지방법원 2017.7.19. 선고 OOO 판결(이하 “제1판결”이라 한다)에서 C에게 일부 유죄가 선고되었으나, 서울고등법원 2018.11.21. 선고 OOO 판결(이하 “제2판결”이라 한다)에서는 C에게 무죄가 선고되었다.

제2판결 선고 이후 검찰은 C가 청구인등의 쟁점법인에 대한 차입금을 상환하기 위하여 법인자금을 횡령한 혐의 등에 대하여 C를 다시 기소하였고, 수원지방법원 성남지원 2023.2.16. 선고 OOO 판결(이하 “제3판결”이라 한다)에서 C에게 유죄가 선고된 후, 수원고등법원 2024.10.30. 선고 OOO 판결(이하 “제4판결”이라 한다)에서 C에게 징역 3년이 선고되었다.

(2) 쟁점주식의 양도시기는 2007.11.22.이므로 처분청이 부과제척기간을 경과하여 청구인에게 부과한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

(가) 청구인등이 쟁점주식을 C에게 양도한 방식은 쟁점매매계약과 쟁점금전소비대차약정을 결합한 것으로, 청구인등이 쟁점주식 매매대금 상당액을 쟁점법인으로부터 차입금 형식으로 수취하고, 당시 쟁점법인의 대표이사인 C가 청구인등을 대신하여 청구인등의 차입금(가지급금)을 상환하는 방식이었다.

제3판결에서 C는 2015년 6월경부터 개인적으로 지급하여야 하는 쟁점주식 매매대금을 회사 자금으로 지급하여 횡령하였다는 혐의로 수사가 진행되자, A에게 교부한 약 OOO원이 주식매매대금이 아니라 쟁점법인과 A 사이의 금전소비대차약정에 따른 대금이라고 주장하는 한편, A이 쟁점법인에 대한 차입금을 변제한 것처럼 처리하여 유리한 판단을 받기로 마음먹었다는 내용을 적시하고 있다.

제1판결에서도 쟁점주식에 관하여 계약당사자 및 그 내용을 달리하는 두 계약이 동시에 체결된 것은 C 스스로도 인정하는 바와 같이 처음에는 C 개인이 자금을 조달하여 A으로부터 주식을 매수할 수 있을 것이라는 생각에 주식매매계약을 체결하였으나, 이후 자금 조달이 여의치 않아 A으로부터 그 주식을 담보로 제공받고 쟁점법인의 자금을 대여하는 형식을 취하게 되었기 때문으로 보인다고 판시하였다.

(나) 청구인등은 2007.2.23. 쟁점주식 매매계약을 체결한 후 아래 ＜표1＞과 같이 2007.11.22.까지 쟁점주식 매매대금을 모두 수령하였다.

＜표1＞ 쟁점금액 수취내역(형사판결상 범죄일람표상 금액을 기초로 작성)

(다) C는 청구인등과 2007.3.14. 쟁점매매계약을 체결하면서 쟁점주식 양도대금 OOO원을 2007.8.31.까지 모두 지급하기로 약정하였으나, 2007년 9월말까지 잔금 OOO원을 지급하지 못하였으며, 청구인등이 계약파기를 언급하자 C는 2007.9.29. 쟁점주식 잔금 및 추가기여금에 대한 합의서를 작성하면서 기여금 OOO원을 추가로 지급하겠다고 약속하였다.

청구인등은 2007.11.22. 쟁점주식 양도대금을 모두 수취하였으나 추가기여금은 OOO원만 수취하였으며, C는 2010.11.8. 2차 합의서를 작성하면서 OOO원을 기여금으로 지급하고 쟁점법인의 모든 서류에 2011.12.31.까지 명의이전 등기절차를 완료하기로 하였으나, 2010.11.9.부터 2010.11.18.까지 기여금 OOO원만을 지급하였고, 쟁점주식에 대한 명의개서를 이행하지 아니하였다.

C는 청구인등이 쟁점법인 설립 전 장부에 계상하지 못한 OOO원에 가까운 비용을 지출하였으나 청구인등이 사채 상환 압박과 혼란한 골프장 상황을 견디지 못하고 C 본인에게 쟁점주식을 OOO원에 양도한 점을 인정하여 위와 같이 기여금을 추가로 지급하기로 약속하였던 것으로 보인다.

(라) C는 청구인등과 2차 합의서를 작성한 후에도 본인 명의로 쟁점주식에 대한 명의개서를 하지 아니하였고, 2015년경 쟁점법인이 자금난에 시달리자 주식회사 J과 E에게 금전의 대여를 요청하면서 서류작성 등을 위해 청구인등에게 인감증명과 인감도장 등을 요청하였으나, 청구인등이 이를 거절하자 청구인등의 인감 등을 위조하여 허위의 서류를 작성한 사실도 있다.

(마) C는 청구인등과 체결한 쟁점매매계약과 쟁점금전소비대차약정에 따라 2015·2016년 청구인등을 대신하여 쟁점법인에 대한 차입금을 대위변제하였고, C는 선의로 청구인등의 차입금을 상환하였다고 하나 이는 건전한 상식을 가진 일반인이라면 누구도 쉽게 납득하기 어려운 의견이며, C는 청구인등에게 자신이 대위변제한 금액을 갚으라는 요구를 한 적이 없고, 심지어 청구인등에게 대위변제한 금액에 대하여 알려 준 적도 없다.

C가 청구인등의 쟁점법인에 대한 차입금을 대위변제한 내용은 제3판결에서 적시한 구체적 범죄사실에서 확인되며, 쟁점법인 회원권을 이용하여 횡령한 자금으로 OOO원을 상환처리한 내용과, 쟁점법인 회원권을 이용하여 OOO원을 상환처리한 내용 및 2016년 당시 쟁점법인의 대표이사 N의 계좌를 이용하여 OOO원을 상환처리한 내용 등이 나타난다.

(바) 처분청이 제출한 OOO회계법인의 쟁점법인에 대한 조사보고서에 따르면, C는 2016년 6월말 E에게 A이 쟁점법인에 상환해야 할 대여금 원금 및 이자 OOO원을 면책적 채무인수 후 변제하면 쟁점법인이 담보로 보유중인 쟁점주식 전부를 양도하겠다고 제안하였고 E가 이를 수락하였다는 사실관계가 나타난다.

이와 같이 C는 쟁점법인에 대한 청구인등의 차입금과 이자를 청구인등이 상환하지 않더라도 이를 면제해 주기 위해서 E에게 쟁점주식 매매의 가장 큰 조건으로 면책적 채무인수를 제시하였고, 이를 E가 수락하여 2016년 쟁점주식이 E에게 명의개서 되었는바, C가 청구인등을 위해 선의로 이러한 행위를 하였다고 보기는 어렵다.

결국 C는 2016년 쟁점주식의 실제 소유자의 자격으로 E에게 쟁점주식의 매매를 제안한 것이고, 청구인등의 명의로 된 쟁점법인의 차입금은 실제로는 C 본인의 채무이며, 자신의 채무를 E에게 변제하게 함으로서 상환한 것으로 보는 것이 타당하다.

(사) 처분청은 이 건 세무조사를 실시하면서 2016년 쟁점주식 양도에 대한 납세의무자가 청구인인지 C인지 불확실한 상황에서 C 일방의 진술과 C가 제출한 자료에 근거하여 부실한 조사를 실시하였고, 정확한 사실관계를 확인하지 못한 상황에서 청구인을 납세의무자로 보아 양도소득세를 부과하였으므로 이는 부당하다.

청구인등이 파악한 바에 따르면, C는 제2판결에서 무죄를 선고받았으나 검찰이 다시 본인을 기소하여 제3판결에서 횡령 및 배임 혐의에 대해 유죄가 선고되자, 본인에게 양도소득세가 부과될 것을 우려하여 본인에게 유리한 자료들을 처분청에 제출하였으며, 처분청은 C가 제출한 자료와 진술 등에만 의존하여 청구인등에게 이 건 양도소득세를 부과하였다.

또한 처분청은 2016년 쟁점주식의 양수자인 E에 대한 조사도 실시하지 아니하였고 E가 처분청에 관련 내용을 진술하겠다고 하였음에도 이를 확인하지 아니하였으며, C가 청구인등의 쟁점법인에 대한 차입금을 면제해 주는 과정 등에 대하여도 면밀한 조사를 실시하지 아니하였다.

(3) 쟁점주식①의 양도가액은 실제 거래가액인 OOO원으로 보아야 하고, 이와 달리 처분청은 임의로 정한 가액을 쟁점주식의 양도가액으로 산정하여 이 건 양도소득세를 부과하였으므로 이는 부당하다.

(가) 설령, 청구인등이 양도한 쟁점주식의 양도시기를 2016년으로 본다 하더라도, 쟁점주식①의 양도가액은 실지거래가액인 OOO원으로 보아 양도소득세를 경정하여야 한다.

2016년 8월경 쟁점법인은 사업부진과 심각한 자금경색으로 사실상 부도상태에 처해 있었으며, 쟁점법인에 자금을 대여한 E는 본인의 채권 확보가 불확실한 상황에서 어쩔 수 없이 쟁점법인을 인수해 달라는 C의 제안을 받아들여 쟁점주식을 양수하게 되었다.

이와 같이 E가 2016년 8월 부도위기에 처한 쟁점법인의 주식을 액면가액으로 양수한 것은 지극히 정상적인 거래인데, 처분청은 쟁점주식의 실지거래가액을 무시하고 양도가액을 1주당 OOO원으로 평가(쟁점주식의 사실상 거래가액 OOO)하여 양도가액을 산정하였으므로 이는 부당하다.

쟁점주식①의 실지거래가액을 OOO원으로 보기 어렵다면 이 건은 실제 시가를 산정하기 어려운 경우에 해당하므로, 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 따라 시가를 산정하고 양도소득세를 경정하여야 한다.

(나) 처분청은 청구인이 쟁점법인에 담보로 제공한 쟁점주식①에 대한 양도소득세를 계산하면서, 쟁점주식①의 가액을 실지거래가액이나 시가가 아닌 쟁점법인의 담보권 실행에 의한 강제 매각 시 채무자의 미상환 채무의 총액으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였다.

처분청은 2006년경 청구인등이 쟁점주식을 담보로 제공하고 쟁점법인으로부터 OOO원을 차입하였고, 2016년 말 그 미수이자 OOO원을 합한 OOO원의 차입금이 있었으므로, 2016년 8월 쟁점주식의 매매가액은 OOO원에 해당한다는 의견이나, 이는 법령에 규정된 과세방법이 아닐 뿐 아니라 처분청이 과세권을 심각하게 남용하면서까지 청구인에게 무리하게 과세를 한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식의 양도시기를 쟁점주식의 명의개서일인 2016.8.13.로 본 처분은 정당하다.

(가) 청구인등은 2007년 쟁점법인과 C로부터 OOO원을 지급받으면서 C와 쟁점매매계약을 체결하였고, 쟁점법인을 거래상대방으로 하여 쟁점금전소비대차약정을 체결하였는바, 청구인등이 지급받은 쟁점금액은 어떤 계약이 더 실질에 부합하느냐에 따라 청구인등이 C에게 쟁점주식을 판 매매대금이 되거나, 청구인등이 쟁점법인으로부터 받은 대여금이 될 것이다.

법원은 세금 부과처분 취소소송 등에 있어서 이미 확정된 민·형사사건의 확정판결은 다른 증거들에 비추어 그 사실판단을 그대로 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거자료가 되는 것이라고 판시(대법원 1995.10.13. 선고 95누3398 판결)하고 있다.

아래 ＜표2＞와 같이 쟁점금액과 관련하여 확정된 형사사건의 판결은 제1판결～제4판결이 있고, 쟁점법인은 E가 2016년 8월 쟁점주식을 양수하면서 쟁점법인에 대한 차입금 OOO원을 변제하지 아니하자 E에게 약정금을 지급하라는 내용으로 민사소송을 제기하였고, 서울중앙지방법원 2021.8.12. 선고 OOO 판결(이하 “제5판결”이라 한다)에서 쟁점법인이 승소한 후 대법원에서 판결이 확정되었다.

＜표2＞ 쟁점금액과 관련한 민·형사사건

(나) 처분청은 아래와 같은 판결문상 기재내용과 A의 진술내용 등을 근거로 청구인등이 지급받은 쟁점금액을 쟁점법인으로부터의 대여금으로 보았다.

1) 제2판결에서 쟁점법인의 이사 K은 쟁점법인은 2007년 2월 이사회에서 대주주인 청구인등에게 OOO원 한도에서 자금을 지원해 주되 쟁점주식과 골프장 회원권 50매를 담보로 질권을 설정하기로 결의하고 청구인등과 금전소비대차계약을 체결하였다고 진술하였고, 증인 김창해와 이길환도 이사회 결의를 통해 공개적으로 금전소비대차계약을 체결하였다는 취지로 진술하였다.

제2판결에서 2007.2.23.자 쟁점금전소비대차약정에 첨부된 청구인등의 인감증명서는 발급일자가 2007.2.22.로 그 무렵 실제 약정이 체결되었음을 뒷받침하고, 청구인등은 쟁점주식을 담보로 설정하는 것에 협조한 사실도 나타난다.

2) A에 대한 피의자 신문조서(2015.10.6.)에서 A은 C가 2010년경에도 쟁점금액을 주식을 판 돈이라고 했다가 빌려주는 돈이라고 했다고 여러번 말을 바꾸었고, 본인도 수시로 주식매매를 없던 것으로 하자고 했다가 C가 다시 산다고 하면 파는 것으로 하면서 끌어왔다고 진술하였으며, 본인은 위임장을 써주는 방식으로 주총에 관여하였고, 쟁점주식 매매거래가 완전히 이행된 것이 아니어서 언제든 돈을 변제하고 대주주로 될 수 있는 지위에 있다는 취지로 진술하였다.

또한 쟁점법인의 직원 M의 진술조서(2015.9.15.)에서 2007년 쟁점법인이 A에게 지급한 OOO원에 대하여 쟁점법인이 청구인에게 자금을 대여한 것으로 알고 있다는 내용을 확인한 것으로 나타난다.

(다) 2007년 청구인등에게 쟁점금액을 지급한 주체는 쟁점법인과 C로 총 OOO원 중 OOO원은 청구인에 대한 쟁점법인의 단기대여금으로 회계처리 되었고, C가 청구인에게 지급한 OOO원에 대하여는 제2판결에서 사실상 쟁점법인의 자금을 C 또는 O 명의를 거치는 형태로 청구인등에게 지급된 것으로 판시하였다.

＜표3＞ 쟁점금액 지급내역 및 쟁점법인의 회계처리

(라) 제2판결에서 법원은 위 ＜표3＞의 쟁점금액과 관련한 C의 횡령 등 혐의에 대하여 아래 ＜표4＞와 같이 세부적으로 구분하여 판시하였고, 판결내용을 종합하면 쟁점금액은 쟁점법인의 자금으로서 C가 쟁점주식을 매수하는 대가로 지급한 것으로 볼 수 없다는 취지인 것으로 나타난다.

＜표4＞ C의 횡령 등 혐의에 대한 제2판결 주요내용

2) 한편, 제2판결에서 위 ＜표4＞ 구분 ‘라’의 지급액 OOO원에 대하여는 쟁점법인 소유의 금액에 해당한다는 사실 등을 인정할 수 없고, 위 ＜표4＞ 구분 ‘마’의 지급액 OOO원에 대하여는 공소시효가 완성되었다고 판단한 것으로 나타난다.

(마) 쟁점법인은 2007.2.23. 쟁점금전소비대차약정에 따라 쟁점주식에 대하여 질권을 설정하였고, 쟁점법인은 2016년 8월경 청구인등이 채무를 최종적으로 변제하지 않아 쟁점주식을 처분하여 변제에 충당하기로 하고, 2016.8.13. E와 쟁점주식 매매계약을 체결하였으며, 2017.3.30. 2016사업연도 법인세 신고 시 쟁점주식을 E에게 양도한다는 내용으로 주식등 변동상황명세서 및 주식출자지분 양도명세서를 제출하였다.

또한 청구인은 2018.7.16. 쟁점주식①을 2016.8.13.자로 양도하였다는 내용의 증권거래세 기한 후 신고서를 제출하였다.

(바) 상기와 같이 청구인등이 쟁점법인과 C로부터 지급받은 쟁점금액은 쟁점법인의 대여금으로서, 쟁점주식의 양도시기는 쟁점법인이 쟁점주식의 질권자로서 질권을 실행하여 E에게 양도하고 명의개서를 한 2016.8.13.로 보아야 함이 타당하다.

(2) 쟁점주식의 양도가액을 쟁점법인의 대여금 총액 OOO원으로 보고, 청구인 지분 20%에 해당하는 OOO원을 쟁점주식①에 대한 양도가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

(가) 저당권이 설정된 부동산이 담보물권의 실행으로 제3자에게 양도(경매)되는 경우 「소득세법」상 양도가액은 제3자가 취득한 가액 즉, 경락가액이 되는 것과 마찬가지로, 질권이 설정된 동산(쟁점주식) 역시 담보물권의 실행으로 제3자에게 양도되는 경우 제3자가 취득한 가액을 쟁점주식의 양도가액으로 보아야 하는바, 처분청에서 E가 쟁점주식을 취득하면서 지불했거나 지불해야 할 금액인 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 보고, 그 중 청구인 지분 20%에 해당하는 OOO원을 쟁점주식①에 대한 양도가액으로 본 것은 정당하다.

(나) 2016.10.24. 쟁점법인의 이사회의사록에 따르면, 쟁점법인은 질권이 설정된 쟁점주식을 E에게 양도하면서, 청구인등에 대한 대여금을 E가 사실상 대위변제하기 전까지의 미수채권 원금 OOO원과 미수이자 OOO원을 합산한 총액 OOO원 중 E가 쟁점법인에게 납입한 금액비율에 상응하는 부분은 질권을 해제하는 조건으로 매매를 추진한다는 내용이 나타난다.

OOO회계법인의 조사보고서 등에 따르면, E는 2015.10.19.부터 2016.2.18.까지 대여금 총액 OOO원 중 OOO원을 A의 이름으로 입금하였고, 쟁점법인의 청구인등에 대한 대여금을 상환처리한 것으로 나타난다.

E는 2016.11.29. 쟁점법인과 2차 확약서를 작성하였는데, E가 A 이름으로 OOO원을 상환하여 쟁점법인의 청구인등에 대한 대여금은 원금 OOO원과 이자 OOO원이 남아 있는 상태로 나타나고, E는 2016.8.23. OOO원, 2016.9.26. OOO원, 2016.11.28. OOO원 합계 OOO원을 쟁점법인에게 추가로 지급하였으며, 이에 따라 쟁점법인의 청구인등에 대한 대여금 총액 OOO원 중 미변제된 금액은 OOO원인 것으로 나타난다.

쟁점법인은 E가 쟁점주식 매매대가로 청구인등에 대한 대여금을 변제하기로 하였음에도 변제하지 않은 OOO원을 지급하라는 내용의 소송을 제기하였고, 제5판결에서 E가 이미 변제한 부분을 제외한 나머지 채무 인수금 OOO원 및 이에 대한 지연손해금을 쟁점법인에게 지급할 의무가 있다는 판결이 있었으며, 2023.7.23. 동 판결은 확정되었다.

(다) 결국, E가 쟁점주식을 양수하면서 쟁점법인에게 변제하거나 변제하여야 할 금액을 정리하면, 2015.10.19.부터 2016.2.18.까지 A 이름으로 대위변제한 OOO원, 2016.8.23.부터 2016.11.28.까지 쟁점법인에게 직접 지급한 OOO원, 대여금 잔액으로 법원에서 지급할 의무가 있다고 확정된 OOO원 합계 OOO원이다.

따라서 위 OOO원 중 청구인 지분 20%에 해당하는 OOO원을 쟁점주식①에 대한 양도가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2007년 주식매매계약에 따라 이루어진 쟁점주식의 양도시기는 2007.11.22.이므로 부과제척기간이 경과하였다는 청구주장의 당부

② 쟁점주식①의 양도가액은 실지거래가액인 OOO원으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(2) 소득세법

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

(3) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

※ 소득세법 기본통칙 96-0-1(채무인수조건부 양도시 양도가액 계산) 양도하는 자산에 일정액의 채무가 있어 동 채무를 그 자산을 취득하는 자가 인수, 변제하기로 하는 계약조건인 경우에 있어서 동 채무는 양도가액에서 공제하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인은 2005.11.25. 경기도 곤지암읍 OOO에서 골프장업을 영위한 법인사업자이고, 쟁점법인의 대표이사는 2005.11.25.부터 2006.3.13.까지 A, 2006.9.4.부터 2008.2.21.까지 C, 2009.8.20.부터 2015.11.10.까지 C, 2015.11.11.부터 2017.1.3.까지 N 등이 등재된 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 청구인등이 2016.8.13. E에게 쟁점주식을 OOO원에 양도한 것으로 보고, 쟁점주식 중 20%를 보유한 청구인에게 아래 ＜표5＞와 같이 2024.5.1. 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

＜표5＞ 청구인에 대한 양도소득세 결정내역

(3) 쟁점매매계약(서)와 쟁점금전소비대차약정(서)는 아래 ＜표6＞·＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점매매계약(서)

＜표7＞ 쟁점금전소비대차약정(서)

(4) 쟁점금액은 위 ＜표1＞과 같이 청구인등에게 지급되었으며, 청구인등은 쟁점주식의 매매대금에 해당한다는 주장이고, 처분청은 쟁점금전소비대차약정에 따른 금전소비대차 거래금액이라는 의견이다.

(5) 제1판결～제5판결의 주요내용은 아래와 같다.

(가) C 등의 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(횡령) 등 혐의에 대한 제1판결에서 피고인 중 C에게 징역 3년이 선고된 것으로 나타난다.

(나) C 등의 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(횡령) 등 혐의에 대한 제2판결의 주요내용은 아래 ＜표8＞과 같고, C에 대한 공소사실 중 A에게 쟁점법인의 자금을 임의로 지급하였다는 점에 대하여는 무죄가 선고된 것으로 나타난다.

＜표8＞ 제2판결 주요내용

(다) C 등의 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임, 횡령) 등 혐의에 대한 제3판결의 주요내용은 아래 ＜표9＞와 같고, 피고인 중 C에게 징역 3년이 선고된 것으로 나타난다.

＜표9＞ 제3판결 주요내용

(라) C 등의 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임, 횡령) 등 혐의에 대한 제4판결에서 피고인 중 C에게 징역 3년에 5년간 집행유예가 선고된 것으로 나타난다.

(마) 쟁점법인이 쟁점주식의 양수자 E에게 약정금을 지급하라고 제기한 민사소송에 대한 제5판결에서, 법원은 E가 쟁점법인과 사이에 채무를 인수하기로 하고 채무 인수금을 2016.11.30.까지 변제하기로 하는 내용의 확약을 체결한 사실이 있으므로, E는 쟁점법인에게 이미 변제한 부분을 제외한 나머지 채무 인수금 OOO원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판결하였으며, 2023.7.23. 판결이 확정된 것으로 나타난다.

＜표10＞ 제5판결문에 기재된 2016.11.29. 쟁점법인과 E와의 확약서

(6) 쟁점법인은 2016.12.2. 서울회생법원에 회생절차개시신청을 하였고 서울회생법원은 2016.12.23. OOO로 회생절차개시결정을 하였으며, 회생절차는 2018.5.28. 종결되었는바, 2017.2.17. OOO회계법인의 쟁점법인에 대한 조사보고서 주요내용은 아래 ＜표11＞과 같다.

＜표11＞ 쟁점금액과 관련한 조사보고서상 주요내용

(7) 청구인은 2007년 2월 C와 쟁점주식 매매계약을 체결하고 2007.11.22.까지 위 ＜표1＞과 같이 매매대금 OOO원을 모두 수령하였다고 주장하며, 2007.9.29. 작성된 잔금 OOO원의 지급에 관한 합의서와 A이 2010.11.8. C와 작성한 추가합의서 등을 제출하였다.

＜표12＞ 쟁점주식 양도에 따른 잔금 OOO원의 지급에 관한 합의서

＜표13＞ A이 2010.11.8. C와 작성한 추가합의서

(8) 처분청은 청구인등이 지급받은 쟁점금액은 쟁점법인의 대여금으로 2007년에 쟁점주식이 양도된 것으로 볼 수 없다는 의견으로, A의 피의자 신문조서(2015.10.6.) 및 쟁점법인 직원 M의 진술조서(2015.9.15.) 등을 제출하였다.

＜표14＞ A의 피의자 신문조서(2015.10.6.) 주요내용

＜표15＞ M의 진술조서(2015.9.15.) 주요내용

(9) 처분청이 제출한 심리자료상 청구인은 2018.7.16. 쟁점주식①의 매매일자를 2016.8.13.로 하고 양수자를 E로 하여 처분청에 증권거래세 기한 후 신고서를 제출한 것으로 나타난다.

(10) 2016.10.24.자 쟁점법인의 이사회의사록에 따르면, 쟁점주식의 매수인 E가 대위변제해야 하는 청구인등에 대한 총 대여금은 OOO원으로 기재된 내용이 나타난다.

＜표16＞ 2016.10.24.자 쟁점법인의 이사회의사록 주요내용

(11) 쟁점법인은 2016.8.13. E를 매수자로 하여 아래 ＜표17＞과 같이 주식매매계약을 체결하였다.

＜표17＞ 쟁점법인이 2016.8.13. E와 체결한 쟁점주식① 매매계약

(12) 청구인은 쟁점주식①의 양도가액은 위 매매계약서상 실제 거래가액인 OOO원으로 보아야 한다고 주장하고, 처분청은 E가 쟁점법인에게 상환하기로 한 청구인등의 차입금 총액 OOO원을 쟁점주식의 양도대가로 보고, 그 중 청구인 지분 20%에 해당하는 금액 OOO원이 쟁점주식①의 양도가액에 해당한다는 의견이다.

(13) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2007년 2월 체결된 쟁점매매계약에 따라 2007.11.22.까지 실질적으로 쟁점주식의 양도대금을 수취하였으므로, 쟁점주식의 양도시기는 2007.11.22.이고 부과제척기간을 경과하여 청구인에게 부과한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 청구인등은 2007.2.23. 쟁점법인과 OOO원을 한도로 쟁점금전소비대차약정을 체결하면서 쟁점주식을 담보로 하여 질권을 설정해 주었고, 쟁점법인은 2007년 청구인등에게 지급한 금액 중 OOO원을 청구인등에 대한 대여금으로 회계처리한 점, 제2판결에서 쟁점법인이 청구인등에게 지급한 금액은 쟁점금전소비대차약정에 따라 자금이 집행된 것으로 청구인등에 대한 대여금 채권을 취득한 쟁점법인에 재산상 손해가 발생한 것으로는 보기 어렵고, 이를 대여금이 아니라 C 개인의 쟁점주식 매매대금 명목으로 지급된 것으로 보기는 어렵다고 판결한 점, A의 피의자 신문조서(2015.10.6.)상 A은 쟁점주식의 매매거래가 완전히 이행된 것이 아니라는 취지로 진술하였고, C에게 위임장을 써주는 방식으로 주주총회에 관여하였으며, 언제든지 쟁점법인에 대여금을 변제하고 대주주가 될 수 있는 지위에 있었다고 진술한 점, 쟁점법인은 2016년 8월경 청구인등이 채무를 변제하지 않아 쟁점주식을 처분하여 대여금 변제에 충당하기로 하고, 2016.8.13. 질권을 실행하여 청구인등에 대한 대여금을 모두 상환하는 조건으로 E에게 쟁점주식을 양도하고 명의개서를 한 것으로 나타나는 점, 청구인은 2018.7.16. 쟁점주식①의 매매일자를 2016.8.13.로 하고 양수자를 E로 하여 처분청에 증권거래세 기한 후 신고서를 제출한 점, 청구인이 제시한 증빙으로는 쟁점금전소비대차약정이 형식적이고 사실상 2007.11.22. 쟁점주식의 양도가 완결되었다는 주장이 객관적으로 충분하게 입증되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식①의 양도가액을 주식매매계약서상 실지거래가액인 OOO원으로 보아야 하고, 이와 달리 처분청이 임의로 정한 가액을 쟁점주식①의 양도가액으로 산정하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점법인의 2016.10.24.자 이사회의사록에 따르면, 쟁점법인의 청구인등에 대한 대여금 총액 OOO원 중 E가 상환한 금액 비율에 따라 쟁점주식의 질권을 해제하는 조건으로 E와의 주식매매계약을 추진한 것으로 나타나는 점, 쟁점법인이 2016.11.29. E와 작성한 확약서에 따르면, E는 청구인등의 대여금을 면책적으로 인수하는 조건으로 쟁점주식을 양수한 것으로 나타나고, E는 2015년 10월부터 OOO원을 대위변제하여 약 OOO원의 대여금이 남아있는 것으로 나타나는 점, OOO회계법인이 2017.2.17. 작성한 쟁점법인에 대한 조사보고서상 E는 2016년 8월부터 11월까지 추가로 OOO원을 쟁점법인에 상환한 것으로 나타나는 점, 제5판결에서 법원은 E가 쟁점법인에게 이미 변제한 부분을 제외한 나머지 채무 인수금 OOO원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판결한 점 등에 비추어, 처분청이 E가 2016.8.13. 쟁점주식을 양수하면서 실제 부담하였거나 부담하여야 할 금액 OOO원 중 청구인 지분에 해당하는 OOO원을 쟁점주식①의 양도가액으로 보아, 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.