[청구번호]

조심 2026소1475 (2026.08.05)

[세 목]

종합소득

[결정유형]

재조사

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[제 목]

청구인과 쟁점법인 간 특수관계가 성립하는지 여부 등

[결정요지]

청구인의 배우자가 쟁점법인 발행주식을 전부 소유한 경우 배우자의 지배적 영향력 행사를 인정할 수 있을 뿐, 청구인이 배우자를 통해 쟁점법인에 지배적 영향력을 행사하였다고 인정하기 어려워, 과세관청이 이에 대해 별도로 증명해야 하나,제시된 자료만으로 청구인이 쟁점법인에 지배적인 영향력을 행사하고 있음을 단정하기 어려운바, 청구인과 쟁점법인 간 특수관계 성립여부 등을 재조사해야 함

[관련법령]

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

기흥세무서장이 2025.12.5. 청구인에게 한 2022년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 청구인과 농업회사법인 A 주식회사 간에 특수관계가 성립하는지 여부 및 청구인이 위 법인에 지급한 보관료의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구인은 1999.9.25.부터 경기도 OOO에서 OOO이라는 상호로 식육포장 처리업을 영위하는 개인사업자로, 2022년 과세기간 동안 농업회사법인 A 주식회사(청구인의 배우자가 지분 100%를 보유한 법인으로, 이하 “쟁점법인”이라 한다)에 냉동보관료 OOO원을 지급하고, 이를 사업소득의 필요경비에 반영하여 2022년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 2025.8.26.부터 2025.9.10.까지 청구인에 대한 개인통합조사를 실시하여, 청구인과 쟁점법인 간에 특수관계가 성립하고, 청구인이 쟁점법인에게 보관료를 시가보다 과다 지급한 것으로 보아, 「소득세법」 제41조에 따라 보관료를 월 OOO원으로 계산하여 필요경비를 재산정한 후, 2026.12.5. 청구인에게 2022년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인과 쟁점법인은 특수관계가 성립하지 않는다.

(가) 처분청은 청구인의 배우자 B이 쟁점법인의 대표이사로서 쟁점법인의 발행주식 100%를 소유하고 있기 때문에 청구인이 친족관계인 B을 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 것을 추측하여, 객관적인 증거나 근거 없이 청구인과 쟁점법인을 특수관계로 보았다.

(나) 청구인과 쟁점법인 간에 특수관계가 성립하려면 청구인이 직접 또는 배우자 B을 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있어야 하고, 청구인이 쟁점법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되어야 하며, 청구인이 쟁점법인의 실질적인 대표이사이거나 쟁점법인의 주식을 소유하고 있어야 한다.

1) 청구인의 남편 B은 엄격한 가부장적 인물로, 청구인이 쟁점법인에 대하여 어떠한 간섭이나 조언을 하는 것을 허용하지 아니하므로 청구인은 쟁점법인의 경영에 대하여 영향력을 행사할 수 없다.

2) 청구인은 쟁점법인 임원의 임명권 행사, 사업 방침 결정 등 쟁점법인의 경영에 대하여 영향력을 행사한 사실이 없고, 청구인은 쟁점법인의 주주나 임원도 아니다.

3) 청구인은 배우자 B을 통하여 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 사실도 없다.

(2) 처분청이 부당행위계산에 따라 부인한 OOO원은 부당하다.

(가) 처분청은 청구인의 2020년부터 2024년까지의 매출원가와 재고자산이 각각 비슷한 수준임을 고려하여 월 OOO원을 보관료의 시가로 정하고, 이에 따라 연 OOO원을 보관료로 산정하여, 청구인이 지급한 OOO원에서 OOO원을 차감한 OOO원을 소득금액에 가산하였다.

1) 보관료의 과다 여부는 보관료와 보관물량을 통해 도출하여야 하나 처분청은 매출원가와 재고자산을 비교하여 도출하려 하였고, 처분청은 임의로 청구인이 제출한 2024.11.30.자 전자세금계산서의 공급가액 OOO원에서 OOO원을 차감한 OOO원을 월 보관료 시가로 정하여 확인서를 쓰게 하였다.

2) 이는 ‘다른 사업연도 중 청구인과의 거래’를 기준으로 부당행위계산 부인액을 계산한 것으로, 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제2호의 “해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률을 곱하여 계산한 금액으로 한다”에 맞지 않는 산정방식이다.

(나) 「소득세법」 제41조 관련 집행기준에 따르면 “부당행위에 해당하는지 여부는 행위 당시를 기준으로 하는 것”임에도, 처분청은 2020년부터 2024년까지의 거래내역 전반에서 찾으려 하였고, 조사대상 연도의 2년 뒤인 2024.11.30.자 전자세금계산서에서 유추하였다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인과 쟁점법인 사이에는 특수관계가 성립한다.

(가) 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호에 따르면, 본인이 직접 또는 그와 친족관계인 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인은 특수관계인에 해당하는바, 쟁점법인은 청구인의 배우자 B이 지분 100%를 보유한 법인으로, 청구인이 그와 친족관계인 배우자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우에 해당한다.

(나) 쟁점법인과 청구인이 발행ㆍ수취한 전자세금계산서 상 이메일 주소OOO 및 CPU 고유번호, 저장매체 고유번호가 동일하고, 청구인은 조사 당시 청구인의 사무실에서 쟁점법인의 창고수불 내역을 확인시켜주는 등 쟁점법인의 업무를 하고 있었다.

(2) 청구인이 쟁점법인에 지급한 보관료는 경제적 합리성이 결여되어있다.

(가) 청구인은 쟁점법인으로부터 2022.9.30.자 세금계산서 1매(공급가액 OOO원)와 2022.12.31.자 세금계산서 1매(공급가액 OOO원)를 수취하고 부가가치세를 포함한 OOO원을 2022년 귀속 종합소득세의 필요경비로 산입하였다.

(나) 최근 5년간 청구인이 쟁점법인에게 지급한 보관료 등을 확인하면 2020년에는 매월 OOO원의 보관료를 지급하다가, 2021년에는 지급하지 않았고, 2022년에는 OOO원, 2023년에는 OOO원, 2024년에는 OOO원을 지급하는 등 일률적이지 않은 거래행태를 보인다.

(다) 쟁점법인은 청구인 외의 거래처에는 매달 세금계산서를 발행하였으나, 청구인에게는 2022년 9월과 12월에만 보관료를 청구하는 등 특수관계가 아니라면 불가능한 비정상적인 세금계산서를 발행하였다.

(3) 청구인은 쟁점법인에게 지급한 보관료를 과다계상하여 조세부담을 부당하게 감소시켰다.

(가) 청구인은 쟁점법인과의 거래를 통하여 청구인의 매입과 쟁점법인의 매출을 과다계상하는 방법으로 소득의 귀속을 인위적으로 분산시켰다.

(나) 이를 통해 결과적으로 높은 세율(40%)이 예상되는 청구인의 소득을 상대적으로 낮은 세율(10%)을 적용받는 쟁점법인에게 이전하여 전체 세 부담이 줄어드는 효과를 발생시킨바, 이는 특수관계가 아닌 독립된 제3자 간의 거래라면 선택하기 어려운 구조이다.

(4) 처분청이 청구인의 보관료에 대하여 부당행위계산부인 규정에 따라 산정한 시가는 타당하다.

(가) 청구인은 쟁점법인에게 지급한 OOO원의 산출 근거로 2025.9.2. 처분청에 창고 임치 계약서(2022.1.1.자)를 제출하였다.

1) 계약서에 따르면 쟁점법인은 일일 보관료 OOO원/파렛트(돈육 OOO박스) 및 입출고비 OOO원을 월 단위로 정산하여 매달 청구인에게 청구하고, 청구인은 해당 비용을 다음달 5일까지 현금으로 지급하기로 계약하였다.

2) 처분청은 해당 보관료 산정 방식을 쟁점법인이 청구인 외 제3자와 거래하는 보관료 산정 방식과 일치한다고 보아, 청구인이 지급한 OOO원의 산출 내역 소명을 요청하였으나, 청구인은 매달 지급했어야 할 보관료를 어림하여 금액으로 정하였을 뿐 따로 계산한 내역은 없다고 구두로 소명하였다.

3) 처분청은 매달 입ㆍ출고되는 돈육의 수량이 동일하다는 청구인의 설명과 2021년부터 2024년까지 청구인의 매출원가와 재고자산이 각각 유사한 수준이었던 점 등을 고려하여, 청구인이 제시한 월 OOO원을 보관료의 시가로 인정하였다.

(나) 쟁점법인이 제3자에게 유사한 용역을 제공하였을 때 적용되는 것으로 보이는 일일 보관료 OOO원을 기준으로, 청구인이 제출한 입출고 내역 수량(연간 OOO박스)을 2주간 보관하였을 때 산출되는 거래가액은 연간 OOO원으로 처분청이 월 OOO원을 기준으로 인정한 시가 OOO원과 큰 차이가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인과 쟁점법인 간 특수관계가 성립하는지 여부

② 처분청이 산정한 보관료의 시가가 적정한지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 쟁점법인의 관계와 관련하여 확인되는 사항은 다음과 같다.

(가) 청구인은 식육포장처리업을 영위하면서, 농업회사법인 C 주식회사 등으로부터 돈육을 공급받아 OOO 등에 판매하였으며, 자체 냉동보관시설 없이 아래 ＜그림1＞과 같이 청구인의 배우자가 대표이사인 쟁점법인의 냉동창고에 물품을 보관해 오고 있다.

＜그림1＞ 청구인 및 쟁점법인의 거래 개요

OOO

(나) 쟁점법인의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점법인은 농업경영 생산성 향상 등을 목적으로 2015.1.2. 설립되었고, 사내이사는 청구인의 배우자인 B 1인이며, 감사는 D으로, 청구인은 쟁점법인의 임원 등으로 등록되어 있지 아니하다.

(다) 쟁점법인의 대표 B이 2023.3.21. 화성세무서에 제출한 쟁점법인의 주식등변동상황명세서에 따르면, 쟁점법인의 발행주식은 OOO주(1주당 액면가액 OOO원, 자본금 OOO원)이고, B이 전부 소유하고 있다.

(라) 주주총회 의사록 등 쟁점법인의 임원 선임이나 사업방침 결정이 이루어진 과정을 확인할 수 있는 서류는 제시되지 아니하였고, 청구인은 청구인의 남편 B이 엄격한 가부장적 인물로 청구인이 쟁점법인에 대하여 어떠한 간섭이나 조언을 하는 것을 허용하지 아니하였다고 주장하였다.

(2) 청구인이 쟁점법인에 지급한 보관료와 관련하여 확인되는 사항은 다음과 같다.

(가) 청구인과 쟁점법인은 2022.1.1. 창고 임치 계약서를 체결하여, 청구인 소유의 물품을 쟁점법인이 운영하는 냉동창고에 임치하는 데 필요한 제반 사항을 정한바, 계약서상 보관비용 등과 관련된 사항은 아래 ＜그림2＞와 같다.

＜그림2＞ 2022.1.1.자 창고 임치 계약서상 보관비용 규정

OOO

(나) 청구인이 처분청에 제출한 냉동창고 입고내역에 따르면, 청구인은 2022.1.3.부터 2022.12.30.까지 478회에 걸쳐 제품(냉동돈육 등) OOO박스를 냉동창고에 입고하였고, 청구인은 냉동창고에 입고된 냉동돈육 등은 부위에 따라 1개월에서 6개월까지 보관되나, 수요가 많은 시기에는 1주일 안에 출고되는 경우도 있다고 설명하였다.

(다) 쟁점법인이 2022.9.30. 및 2022.12.31. 청구인에게 발급한 세금계산서는 아래 ＜그림3＞, ＜그림4＞와 같다.

＜그림3＞ 2022.9.30.자 세금계산서

OOO

＜그림4＞ 2022.12.31.자 세금계산서

OOO

1) 청구인은 세금계산서에 해당하는 거래대금을 쟁점법인에게 현금으로 지급하였다고 주장하였다.

2) 위 세금계산서 상 공급자인 쟁점법인과 공급받는 자인 청구인의 이메일 주소가 동일한데, 청구인이 처분청에 별도로 제출한 아래 ＜그림5＞의 2024.11.30.자 세금계산서와 비교하면, 해당 이메일 주소는 청구인의 이메일 주소와 같은 것으로 나타난다.

＜그림5＞ 2024.11.30.자 세금계산서

OOO

(라) 청구인이 2020년부터 2024년까지 쟁점법인으로부터 수취한 세금계산서 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구인이 쟁점법인으로부터 수취한 세금계산서 내역

OOO

(3) 처분청이 부당행위계산부인 규정(「소득세법」 제41조)에 따라 산정한 시가와 관련한 내용은 다음과 같다.

(가) 처분청이 확인한 청구인의 연도별 매출원가 및 재고자산 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구인의 연도별 매출원가 및 재고자산

OOO

(나) 청구인은 2025년 9월경 아래 ＜그림6＞과 같이 보관료 시가를 월 OOO원으로 기재한 확인서를 처분청에 제출하였다.

＜그림6＞ 청구인이 처분청에 제출한 확인서

OOO

1) 이에 대해 청구인은 처분청이 조사 과정에서 청구인에게 가장 정확한 거래가 언제였는지를 독촉하여 2024.11.30.자 세금계산서(＜그림5＞, 공급기간 : 2024.11.1.∼2024.11.30.)를 제출하였고, 처분청은 해당 세금계산서를 토대로 OOO원을 월 보관료 시가로 하는 확인서를 쓰게 하였으며, 이는 「법인세법 시행령」 제89조 제4항 제2호에서 규정한 부당행위계산 부인액의 기준이 되는 “해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래”에 해당하지 않는다고 주장하였다.

2) 처분청은 청구인의 2021년부터 2024년까지 매출원가 및 재고자산이 각각 유사한 수준인 점 등을 고려하여 청구인이 제출한 시가 월 OOO원을 보관료의 시가로 인정한 것이라는 의견이다.

(다) 처분청은 이와 별도로 2022.1.1.자 임치 계약서(계약기간 2022.1.1.∼2022.12.31.)상의 일일 보관료(OOO원)와 입출고비(OOO원)를 제3자에게 유사한 용역을 제공하였을 때 적용되는 시가로 보고, 입고 수량(OOO박스)과 보관기간(냉동제품임을 고려하여 2주로 가정하였다고 설명), 입고 횟수(478회)를 각각 적용하여 거래가액 OOO원을 산출한 후, 앞에서 월 OOO원을 기준으로 인정한 시가 OOO원과 큰 차이가 없음을 확인하였다.

1) 처분청이 시가(월 OOO원)와 비교하기 위하여 임치 계약서에 따라 거래가액을 산출한 방식은 아래와 같다.

＜ 처분청의 거래가액 산출 방식 ＞

OOO

2) 임치 계약서에 따른 보관료는 보관기간에 따라 변동하나, 처분청의 조사 당시 청구인은 물품의 창고보관 기간과 관련한 자료를 보유하고 있지 아니하였고, 처분청은 냉동제품임을 고려하여 보관기간을 2주로 가정하였다.

2012.2.2. 대통령령 제23588호로 「소득세법 시행령」이 아래 ＜표3＞과 같이 개정됨에 따라, 부당행위계산 부인시 적용되는 “특수관계인”의 범위는 「국세기본법」 제1조의2 규정을 따르게 되었다.

＜표3＞ 2012.2.2. 「소득세법 시행령」 개정내용

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 그와 친족관계인 배우자를 통하여 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있으므로 청구인과 쟁점법인 간에 특수관계가 성립한다는 의견이나, 청구인의 배우자가 쟁점법인의 발행주식을 전부 소유한 경우, 「국세기본법」 제1조의2 제4항 제1호 가목에 따라 쟁점법인의 경영에 대한 배우자의 지배적인 영향력 행사를 인정할 수 있을 뿐, 그러한 사정만으로 곧바로 청구인이 배우자를 통하여 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고까지 인정하기는 어렵고, 이에 대해서는 과세관청이 별도로 증명하여야 하는 점(대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결, 같은 뜻임), 청구인이 쟁점법인에 지급한 보관료의 지급형태나 과다 여부 등은 청구인과 쟁점법인과의 거래가 경제적 합리성을 결여하였는지 여부를 판단하는 근거가 될 수는 있을지언정, 이를 근거로 청구인이 직접 또는 배우자 B을 통하여 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있음을 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인과 쟁점법인 간에 특수관계가 성립하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 「소득세법」 제41조의 부당행위계산 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인의 보관료에 대하여 처분청이 부당행위계산부인 규정에 따라 산정한 시가가 타당하다는 의견이나, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’ 또는 ‘적정 임대료’에 대한 주장·입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있고(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 참조), 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제4항 제2호에 따르면, 부당행위계산 부인액은 해당 법인과 특수관계인이 아닌 자 간의 거래 또는 제3자 간의 일반적인 거래를 기준으로 하여야 하는바, 처분청은 청구인의 2021년부터 2024년까지 매출원가와 재고자산, 청구인과 쟁점법인 간의 계약서 및 입고 수량 등을 고려하여 청구인이 제출한 시가인 월 OOO원을 보관료의 시가로 인정하였을 뿐, 특수관계인이 아닌 자 간의 거래를 기준으로 이를 산정한 사정은 나타나지 아니하는 점, 쟁점법인과 같이 냉동축산물 보관창고를 운영하는 사업이 동종업종의 제3자 간 유사한 거래를 찾기 어려울 만큼 희소한 업종으로 보이지 않고, 실제로 쟁점법인에게도 청구인 외에 다른 거래업체가 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 쟁점법인에 지급한 보관료의 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법

제41조(부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조 제1항 제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다.

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

3. 특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

4. 특수관계인으로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

5. 그 밖에 특수관계인과의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다.

(3) 국세기본법 시행령(2021.2.2. 대통령령 제23592호로 개정된 것)

제1조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제20호 가목에서 "혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

② 법 제2조 제20호 나목에서 "임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조 제20호 다목에서 "주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

(4) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정된 것)

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 자산(금전은 제외한다) 또는 용역을 제공할 때 제1항 및 제2항을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 해당 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적인 용역제공거래를 할 때의 수익률(기업회계기준에 따라 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.