[청구번호]

조심 2026서1109 (2026.08.18)

[세 목]

부가

[결정유형]

기각

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[제 목]

쟁점용역이 부가가치세 영세율 적용대상인지 여부

[결정요지]

이 건 심판청구에서 제시된 자료만으로는 선행심판 결정에서 주장하였던 내용과 달리 「부가가치세법」 상 영세율 적용대상에 해당하는 국제복합운송계약의 직접 당사자로서 자기 책임과 계산으로 쟁점용역을 공급하였음이 입증되었다고 보기 부족해 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

[관련법령]

[참조결정]

조심2024서4500 / 조심2014서3536 / 조심2015서5553 / 조심2016서0923

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 항공화물혼재업을 영위하는 법인으로, A로부터 항공운송에 따른 운임을 받고, 항공료를 항공사에 지급한 후 남은 차익을 수수료 매출로 인식함에 따라, 중소기업 기준 매출액 OOO원 이하를 충족한 것으로 보아 창업중소기업 등에 대한 세액감면 및 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제를 적용하여 2020⋅2021사업연도 법인세 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 2023.11.21.∼2023.12.8. 강서세무서 종합감사 중, 청구법인의 매출액은 A로부터 항공운송에 따른 운임 중 항공사에 지급한 항공료를 제외한 차액(순액법)이 아닌, A로부터 받은 운임 전체(총액법)로 인식하여야 하고, 이 경우 매출액이 중소기업 기준을 초과하여 중견기업에 해당하므로, 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 부인하고, 고용증대세액공제 일부를 감액하는 것으로 처분지시한바, 처분청은 2024.5.2. 청구법인에게 2020⋅2021사업연도 법인세 합계 OOO원(2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원)을 각 경정⋅고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여, 청구법인의 매출은 순액법으로 인식하여야 한다는 주장으로 2024.7.25. 심판청구를 제기하였고(이하 “선행심판청구”라 한다), 우리 원은 2025.7.3. 청구법인이 ‘항공화물선적중개업’을 중개인의 지위에서 사업을 영위하고 있는 것으로 보이므로, 항공운송에 따른 운임 중 항공사에 지급한 항공료를 제외한 순액법으로 매출액을 인식함이 타당하다는 취지의 인용결정(조심 OOO, 이하 “선행심판결정”이라 한다)을 하였다.

라. 서울지방국세청장은 선행심판결정에 따라 청구법인의 사업이 “중개인의 지위에서 항공화물을 운송하는 항공사로부터 실을 수 있는 화물 적재량 및 운임정보를 받아, 항공기에 화물을 싣고자 하는 A를 대상으로 영업하는 항공화물 선적공간을 중개하는 용역을 제공하고 그에 따른 수수료를 받는 사업”에 해당하는바, 청구법인이 A에 제공한 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)은 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호에 따른 영세율 적용 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 부가가치세 일반세율을 적용하여 경정할 것을 처분청에 지시하였고, 이에 따라 처분청은 2026.1.6. 청구법인에게 2020년 제2기 부가가치세 OOO을 경정⋅고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 선행심판결정은 「법인세법」상 매출액 인식방식에 대한 판단일 뿐이고, 그 결정이 이 건 「부가가치세법」상 영세율 적용을 배제하는 근거가 될 수는 없다.

(가) 선행심판결정의 쟁점은 「조세특례제한법」상 중소기업 해당 여부를 판단하기 위한 매출액의 인식 방식, 즉 총액법인지 순액법인지 여부로, 이는 법인세 신고 시 손익계산서의 매출액을 기업회계기준에 따라 어떻게 인식할 것인지에 대한 문제인 반면, 이 건 쟁점은 청구법인이 제공한 용역이 「부가가치세법」상 영세율 적용대상인 국제운송용역인지 여부이다.

(나) 이는 「법인세법」상 매출액 인식 문제와는 세목, 과세요건, 판단기준이 서로 다른 별개의 문제로, 법인세 영역에서는 기업회계기준에 따른 손익계산서상 매출액 산정 시 일반기업회계기준을 적용하여 본인 및 대리인의 판단 하에 총액법 또는 순액법으로 구분하는 것이 중심이 되는 반면, 부가가치세의 경우, 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위 자체를 과세대상으로 하는 거래세로, 거래의 외형, 계약구조, 공급 내용 및 영세율 요건 충족 여부가 중심이 된다.

(다) 따라서 이 건 거래구조에 대하여 회계상으로는 순액법 인식이 허용될 수 있는 것(손익계산서상 매출 표시 방식의 문제)이고, 이와 별도로 「부가가치세법」상 쟁점용역은 국제운송용역에 해당하여 영세율 적용대상(공급된 용역의 법적 성질과 영세율 요건 충족 여부의 문제)이 될 수 있는 것으로 이는 법적으로 충분히 병존할 수 있다.

(라) 청구법인은 선행심판결정에서 A와 B의 업무와 책임범위에 차이가 있고 실질적으로 업종 분류가 달리 될 수 있으므로 전형적인 A와 동일한 기준으로 매출을 총액으로 인식하는 것은 부당하다는 점을 설명하였고, 이는 어디까지나 「법인세법」상 매출액 인식에 관한 주장이었으며, 그 과정에서 청구법인의 실질적인 사업형태와 업종 특성을 설명하기 위하여 전형적인 A와 구별되어 그 책임의 범위에서 차이가 나는 점, 한국표준산업분류상 실질적 업종이 A와 달리 분류될 수 있는 점, 기업회계기준상 본인⋅대리인 판단요소 등을 제시한 바 있으나, 이는 청구법인이 국제물류주선업을 영위하지 않는다거나 국제물류주선업자로서의 지위를 전면 부인한다는 취지가 아니었고, 선행심판결정 역시 「법인세법」상 매출액 인식 문제에 관하여 판단하였을 뿐, 청구법인의 국제물류주선업자 지위 자체를 부정하거나, 쟁점용역이 「부가가치세법」상 영세율 적용대상이 아니라고 판단한 바 없다.

(마) 그럼에도 처분청은 선행심판결정 중 일부 표현만을 떼어내어, 청구법인의 국제물류주선업자로서의 법적 지위 자체를 부정하고 쟁점용역의 부가가치세 영세율을 배제하고 있는데, 처분청이 판단의 근거로 삼은 일부 표현은 선행심판결정에서 회계상 순액법 인식의 합리성을 설명하는 여러 판단 요소 중 하나에 불과한 것으로, 이를 별개의 세목인 부가가치세 영세율 적용을 전면 배제하는 근거로 삼을 수는 없다.

(2) 청구법인은 국제물류주선업자로서 A로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 국제운송용역을 제공하였으므로, 쟁점용역은 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호의 영세율 적용대상에 해당한다.

(가) 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호는 “운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역”을 외국항행용역의 범위에 포함한다고 규정하고 있고, 쟁점용역은 아래와 같이 위 요건을 충족한다.

1) 청구법인은 국제물류주선업을 목적으로 설립되었고, 그에 따른 등록과 자격을 모두 갖춘 사업자로, 서울특별시 국제물류주선업 등록, 인천세관 화물운송주선업자 등록, IATA 가입, 지급보증보험 가입 등을 마쳤으며, 이는 항공사 및 A와의 거래를 위해 반드시 필요한 요건들이다.

2) 청구법인은 청구법인 명의로 A와 국제혼재항공화물 운송계약을 체결하고, A로부터 화물을 인수하며, 이에 따라 「상법」상 운송인의 지위를 취득하고, 해당 계약의 권리⋅의무의 주체가 된다. 또한, 청구법인은 화물을 최종 수하인에게 신속⋅정확하게 도착하도록 하여야 하고, 실수하인에게 인도하기까지 발생한 손해에 대한 책임과 배상 의무를 부담하게 되는데, 이러한 사실은 청구법인이 A와 맺은 혼재항공화물 운송계약서 및 청구법인에 들어오는 운송 관련 클레임에 대해 청구법인이 합의금액을 부담하거나, 운송가격(수수료) 차감 방식으로 책임을 부담하여 온 사실에서도 확인된다.

3) 청구법인은 청구법인 명의와 계산으로 운송용역을 수행하고 그 대가를 직접 수령한다. 청구법인은 항공사별 노선운임, 국내외 운송경비, 하역비, 창고·보관비, 적재비, 취급수수료, 통관비 등 직접비와 임대료, 인건비, 보험료, 감가상각비 등 간접비 외에 운송 일정, 중량 할인, A별 거래 실적, A별 거래 전망, 청구법인의 이익(마진) 등 제반 요인을 감안하여 A에 대한 운송가격을 독립적으로 산정하고, 그 대가를 청구법인 자신의 명의로 수취한다.

4) 청구법인은 A에 대한 운송가격(운임정산표)을 결정함에 있어 항공사별 노선운임, 국내외 운송경비, 하역비, 창고·보관비, 적재비, 취급수수료, 통관비 등 직접비와 임대료, 인건비, 보험료, 감가상각비 등 간접비 외에 운송 일정, 중량 할인, 거래실적, 거래전망, 청구법인의 마진(이익) 등 제반 요인을 감안하여 산정하고, 필요시 청구법인 임의로 변경할 수 있는바, 청구법인은 A에 대한 운송가격 결정권을 보유하여 행사하고 있다.

이러한 이유로 청구법인은 A가 요청(네고)한 운송가격을 거부하기도 하고, 동일 일자⋅동일 구간⋅동일 항공편임에도 A별로 다른 운송가격(단가)을 적용하기도 한다. 이는 청구법인이 항공사에서 정한 가격을 단순히 전달만하는 중개자가 아니고 운송가격 결정권자라는 점을 보여준다.

5) 청구법인은 항공사와의 거래에서 운송대가 지급의무 및 그에 따른 신용위험도 부담한다. 청구법인은 지급보증보험에 가입하여 항공료 지급에 대한 책임을 부담하고, 일부 노선에 대해서는 항공화물 적재공간 확보를 위한 전세계약 또는 운송약정을 체결하여 일정 물량 미달 시에도 운송비를 부담하는 구조를 가지고 있으며, 실제 청구법인은 코로나19 사태 이후 전세계약과 운송약정을 다수 체결하였으나, 약정 물량을 준수하지 못하여 2022사업연도의 경우 OOO원의 손실을 입기도 하였다. 이는 청구법인이 단순한 수수료 중개업자가 아니라 자기 책임과 계산 아래 운송용역을 제공하는 사업자라는 점을 뒷받침한다.

6) 상기 내용은 청구법인이 A와 체결한 국제혼재항공화물 운송계약서에서도 명확히 확인되는바, 청구법인은 국제복합운송계약에 의하여 A로부터 화물을 인수하여 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 A로부터 운임을 받는 국제물류주선업자에 해당하므로, 쟁점용역은 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호의 국제운송용역으로서 영세율 적용대상이다.

(3) 조세심판원 선결정례에서도 처분청은 청구법인과 같은 B(항공화물혼재업자)가 제공한 용역에 대하여 국제물류주선업자로서 영세율 대상임을 전제하였고, 조세심판원도 이를 인정하였으며, 이와 같은 사실은 대법원에서 다툼 없는 사실로 확정된 바 있다.

(가) 조세심판원 선결정례(조심 OOO 등)의 처분개요에서도 처분청은 혼재업자가 제공하는 운송용역은 「부가가치세법 시행령」 제25조 제2항의 운송주선업에 따른 것으로 영세율 적용대상인 외국항행용역에 해당함을 전제하였고, B가 제공한 용역이 영세율 대상이라는 점은 다툼없이 사실관계로 인정되었으며, 이러한 사실은 이후 대법원 OOO 판결에서도 확정된 바 있다.

(나) 서울행정법원 OOO 판결에서는 A와 B(혼재업자) 사이의 관계를, A가 화주에 대하여는 운송주선인의 지위에 있고, B(혼재업자)에 대하여는 화주의 지위에서 운송을 의뢰하며, B(혼재업자)는 복합운송주선업자로서 실제 운송인의 운송수단을 이용하여 운송 업무를 수행한 것으로 보았다.

(4) 부가가치세는 거래의 외형과 공급행위를 기준으로 판단하는 거래세인바, 청구법인이 국제물류주선업자로서 외형에 부합하게 수행한 거래에 대하여 사후적으로 영세율을 배제하는 것은 부당하다.

(가) 대법원 OOO 전원합의체 판결은, 부가가치세는 실질적인 소득이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래 자체를 과세대상으로 하는 거래세로 판시하였고, 청구법인은 국제물류주선업 등록사업자로서 A와 운송계약을 체결하고, A로부터 운임을 수령하며, 항공사에 운임을 지급하고, 국제운송용역의 대가로 영세율 세금계산서를 발급하여 부가가치세를 신고하여 온바, 이는 업계 실무와 거래의 외형에도 부합한다.

(나) 처분청은 선행심판결정에서 회계상 판단과 관련하여 언급된 일부 표현을 근거로, 이미 거래 당시 형성된 계약관계와 외형을 뒤늦게 “중개수수료만 있는 일반 과세용역”으로 재구성하고, 수익 부분에만 10% 세율을 적용하였는데, 이는 부가가치세의 거래세적 성격과 거래 외형 중시 원칙에 비추어 허용되기 어렵다.

(5) 처분청의 이 건 처분은 거래 현실상 실행이 곤란한 세 부담을 청구법인에게 전가하는 것이다.

(가) 청구법인은 통상 A로부터 전체 대금을 받고 그 전액(OOO원)에 대하여 영세율 세금계산서를 발급한 후, 그 중 일부를 항공사에 운임(OOO원)으로 지급하고, 남는 금액(OOO원)이 청구법인의 수익이 되는데, 처분청의 논리대로라면, 청구법인은 사후적으로 기존 영세율 세금계산서를 취소하고 수익 상당액(OOO원)에 관하여 일반 세금계산서를 다시 발급하여야 하며, A로부터 부가가치세 상당액(OOO원)도 추가로 징수하여야 한다.

(나) 한편, A는 국제물류주선업자로부터 영세율 세금계산서를 수취하는 구조를 전제로 거래하고 있으므로, 사후적으로 일부 금액에 대한 일반 세금계산서를 다시 수취하고 추가 세액을 부담하는 것은 현실적으로 수용되기 어렵고, 더욱이 청구법인의 수익(OOO원)은 화물량, 항공료, 혼재 효율성, 노선상황 등에 따라 가변적으로 정해지며, 거래 당시 특정되지도 않기에, 수익 부분만을 사후에 특정하는 것 자체도 쉽지 않다. 결국 처분청의 방식은 업계 실무와 거래 현실상 실행이 극히 곤란한 방법으로 납세자에게 일방적인 세 부담을 전가하는 것이다.

(다) 이와 관련하여 수원지방법원 OOO 판결은, 운송주선업자가 제공하는 복합운송용역 중 일부 국내 구간만을 분리하여 영세율 적용을 배제하는 것은 수출산업 지원 및 장려라는 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호의 입법 목적에 반한다고 판시하였고, 청구법인과 같이 A로부터 운임을 받아 항공사에 항공료를 지급하고 남는 금액이 수익이 되는 구조에서, 처분청의 사후적으로 그 수익 부분만 일반과세 매출로 재구성하여 영세율 적용을 배제하는 이 건 처분은 국제운송용역 전체의 구조를 왜곡하는 것이다.

(6) 선행심판결정 과정에서 처분청은 부가가치세 영세율 적용과 관련하여 동일한 문제를 제기하였고, 당시 청구법인은 영세율 적용대상이라는 주장을 일관되게 하였으며, 선행심판결정에서도 이를 검토한 것으로 이러한 사정이 이 건 결정에서 반영되어야 하고, 같은 맥락에서 청구법인의 이 건 주장은 신의성실원칙에 위배되지 않는다.

(가) 선행심판결정 과정에서 청구법인은 실질적인 업종을 항공기화물선적공간 중개로 분류할 수 있다는 주장을 하였고, 이에 처분청은 이 건 처분과 같이, 그렇다면 청구법인은 국제물류주선업자가 적용받는 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호에 따른 영세율 대상이 아니라는 의견을 제시하였으며, 당시 청구법인은 항공기화물선적공간 중개업으로 보더라도 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제5호에서 명시하고 있는 “외국을 항행하는 항공기에 공급하는 용역”에 해당하여 영세율 대상이라는 주장을 아래와 같이 일관되게 하였다.

1) 청구법인은 A로부터 세관 통관이 완료된 화물을 보세구역에서 인수하여 콘솔작업을 거쳐 항공기 등 운송수단을 이용하여 해외로 화물을 운송하고 있는바, 쟁점용역은 A와 항공사 사이에서 항공기에 화물을 효율적으로 실을 수 있는 용역을 제공하는 것으로 「부가가치세법」 제24조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제5호에 의한 기타 외화 획득 용역으로서 부가가치세 영세율 대상이다.

2) 항공기가 외국을 항행하는 이유는 화물을 수출하기 위함으로 이는 곧 외화 획득과 직결되는 것으로서 외화획득과 관련이 있는 것이고, 청구법인은 수출통관된 화물을 보세구역에서 A로부터 인도받아 혼재작업과 기적 관련 업무를 수행한 후 항공사에 인도하고 있다. 청구법인의 업무는 외국을 항행하는 항공기에 화물이 적정하게 적재되어 해외로 운송될 수 있도록 하는데 직접적으로 기여하는 용역이므로 청구법인이 항공사에 아무런 용역도 제공하지 않았다고 보는 것은 불합리하다.

(나) 상기 논쟁이 선행심판결정 과정에서 있었고, 당시 이 건 쟁점이 직접적인 판단의 대상은 아니었으나, 선행심판결정에서 이에 대해서도 충분히 살펴 결정되었다는 사정이 고려되어야 한다.

(다) 과세관청이 아닌, 납세의무자에 대한 신의성실원칙은 판례상 매우 제한적으로 인정되어야 하고, 확대해석 되어서는 안 되며, 어떤 동일한 사실관계에 대하여 법률적 평가를 달리하여 주장하는 것만으로 곧바로 신의성실원칙이나 금반언원칙에 반한다고 볼 수 없다.

(라) 청구법인은 선행심판결정에서 「법인세법」상 매출액 인식 문제에 관하여, A와 B의 업무와 책임범위의 차이, 회계기준상 순액법 인식의 가능성을 주장하였고, 이는 청구법인이 제공한 쟁점용역이 국제물류주선업자로서 A로부터 화물을 인수하여 자기 책임과 계산으로 제공한 국제운송용역으로서 「부가가치세법」상 영세율 적용 대상이라는 것과는 별개의 주장이다.

(마) 청구법인은 동일한 거래구조를 두고 세목별 과세요건과 법률효과에 따라 그 의미를 구분하여 설명하는 것이지, 서로 양립 불가능한 모순주장을 하는 것이 아니고, 더욱이 재결의 이유는 별개의 세목과 별개의 사건에 대하여 판결과 같은 기판력을 가지지 않는다. 따라서 선행심판결정의 이유 중 일부 표현을 근거로, 청구법인이 이 건에서 다른 세목에 관한 방어논리를 제시하는 것 자체를 신의성실원칙 위반으로 볼 수는 없다.

(바) 오히려 이 건에서는 처분청이 선행심판결정의 일부 표현을 과도하게 확대하여, 법인세 단계에서는 총액법을 전제로 중소기업 지위를 부인하고, 그 처분이 취소되자 다시 부가가치세 단계에서는 국제물류주선업자로서의 영세율 적용까지 배제하는 방식으로 청구법인에게 이중으로 불리한 해석을 하고 있는바, 이러한 사정을 두고 청구법인에게 신의성실원칙 위반을 논하는 것은 타당하지 않다.

(7) 청구법인과 같은 콘솔전문업체들 중 상당수가 「법인세법」상 순액법에 따라 매출을 인식하면서, 「부가가치세법」상으로는 국제물류주선업자로서 영세율을 적용받고 있는 현실에 비추어 볼 때, 이 건 처분은 과세형평에도 반하는 부당한 처분이다.

처분청은 청구법인에 대하여만 법인세 단계에서는 총액법을 전제로 중소기업 해당성을 부인하였다가, 선행심판결정으로 그 처분이 취소되자 다시 그 결정의 일부 표현을 들어 국제물류주선업자로서의 영세율 적용까지 부인하고 있는바, 이는 동일한 사업구조를 가진 다른 사업자들과 비교하여 청구법인에게만 이중으로 불리한 기준을 적용한 것으로 과세형평에 현저히 반하는 것이다.

(8) 청구법인은 A와 국제혼재항공화물 운송계약을 체결하고, 항공사와 국제항공화물운송 대리점 계약을 체결하는바, 아래 ＜표1＞과 같이 A와 항공사 사이에서 두 개의 계약 관계를 동시에 맺는 이원적 지위에 있고, 이에 따라 한국채택국제회계기준(이하 “K-IFRS”라 한다) 제1115호에 따른 본인(principal)과 대리인(agent)의 판단 지표 중 본인적 요소와 대리인적 요소가 모두 존재하는 것이지 어느 한 거래관계는 본인적 요소만, 다른 거래관계는 대리인적 요소만을 가지는 것이 아니다. 이는 청구법인만의 특수한 사정이 아니라 국제물류주선업 전체에 공통된 구조적 특성이다.

＜표1＞ 청구법인의 이원적 지위

(가) 청구법인은 대한항공 등과 대리점 계약을 체결하여 항공사 명의의 항공화물운송장(AWB)을 발행하고, 항공사에 운임을 지급하면서 화물을 위탁하는 화주(貨主)의 역할과 계약상 대리점의 지위를 겸하고 있다. K-IFRS상 대리인 지표(고객에게 재화를 공급하기 전에 통제하지 않음, 항공운임의 최종 귀속 등)는 주로 이 관계에서 도출된다.

(나) 동시에 청구법인은 A와 직접 국제혼재항공화물 운송계약을 체결하고, 화물 인수 시점부터 최종 목적지 수하인 인도 시까지 운송 전체에 관한 책임을 부담하는 운송주선업자(「상법」상 운송인과 동일)로서, 항공사, 노선, 일정을 독자적으로 선정하고, 직접비·간접비·이윤을 가산하여 운임을 독립적으로 결정하며, 전세계약에 따른 재고위험과 신용위험을 전적으로 부담하는바, K-IFRS상 본인 지표(운임 결정권, 재고위험, 전 구간 책임 등)는 이 관계에서 도출된다.

(다) 이처럼 청구법인의 거래 구조에는 본인적 요소와 대리인적 요소가 공존하므로, K-IFRS상 총액법과 순액법 중 어느 방법을 선택하더라도 적법한 것이고, 선행심판결정도 이 점을 감안하여 청구법인의 순액법 선택을 타당한 것으로 결정하였으며, 청구법인이 어떤 수익인식 방법을 선택하였든, 「부가가치세법」상 과세표준과 영세율 적용 여부는 기업회계기준과 독립적인 별개의 기준으로 판단하여야 하고, K-IFRS상의 선택은 재무제표 표시 방법에 관한 것일 뿐, 「부가가치세법」상 청구법인의 지위(국제운송용역 제공자 여부)까지 결정하는 것이 아니다.

(라) 세법은 “조정후수입금액명세서” 및 “부가가치세 과세표준과 수입금액 차액검토서” 등의 법정 서식을 통하여 「법인세법」상 수입금액과 「부가가치세법」상 과세표준이 서로 다를 수 있음을 명시적으로 예정하고 있는바, 만약 양자가 반드시 일치하여야 한다면, 입법자가 굳이 세법 시행규칙에 별도의 조정·검토 서식을 마련하여 그 차이를 기재·설명하도록 요구할 이유가 없었을 것이다. 따라서 「법인세법」상 매출액과 「부가가치세법」상 과세표준이 일치하여야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(마) 한편 처분청은 선행심판청구에서 청구법인이 운송계약을 통해 전 구간 책임을 부담하고 독자적으로 운임을 결정하는 등 회계기준상 본인(principal) 지표에 해당하여 운송인의 지위에 해당한다는 의견을 제시하면서, 이를 뒷받침하는 증빙까지 직접 수집하여 제출한 바 있으나, 선행심판결정에서 청구법인의 순액법 수익인식을 인정하자, 관세관청으로서 그 결정의 구속력에 따라 이 건 부가가치세 처분을 하게 된 것이며, 특히, 처분청은 이 건 심판청구 전 과세전적부심사위원회에서 “지금도 청구법인의 지위에 대하여 본인에 가깝다는 당초의 주장에 변함이 없으나 선행심판결정의 구속력에 따라 과세하였다”고 직접 진술한바, 처분청 스스로도 정당한 처분으로 확신하지 않는 것을 납세자에게 강요하는 것은 과세행정의 적법성을 상실한 처분이다.

(바) 나아가 청구법인은 동일일자⋅동일구간⋅동일항공편임에도 A별로 상이한 운임(OOO)을 청구한 사실을 입증서류로 제출한바, 청구법인이 단순히 항공사 요금을 전달하는 중개인이었다면 이는 불가능한 일이다.

(9) 2026년 개정된 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항은 운송주선업자가 직접 화주(貨主)가 아닌 다른 운송주선업자로부터 운임을 받는 경우에도, 자기 책임과 계산으로 타인의 운송수단을 이용하여 국제운송용역을 제공하는 경우에는 영세율 적용대상임을 명확히 하였다.

(가) 국제물류 실무상 B⋅C⋅복합운송주선업자가 최종 화주뿐 아니라 다른 운송주선업자로부터 화물을 인수하고 운임을 받는 구조가 일반적임에도, 과세관청이 간혹 “직접 화주로부터 운임을 받지 않으므로 단순중개용역에 불과하다”는 의견을 제시하면서 부과처분한 것에 대해 재정경제부 세제실은 이를 입법적으로 명문화하여 차단하였다.

(나) 상기 개정은 종전 규정을 명확히 한 확인적 규정이라는 것이 개정요강에서도 확인되므로, 이 건 과세기간에 대해서도 당연히 동일한 법리가 적용되어야 하고, 청구법인은 A로부터 화물을 인수하여, 항공사 등 타인의 운송수단을 통해 자기 책임과 계산으로 국제운송용역을 제공하였으며, 그 대가를 A로부터 수취한바, 개정 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항에 따른 영세율 적용 대상에 해당하는 것이고, 거래상대방이 최종 화주가 아닌 A라는 사정만으로 국제운송용역 또는 영세율 적용을 배제할 수 없는 것이며, 이를 달리 보는 처분청 의견은 위의 개정 시행령의 명문 규정에도 정면으로 배치되는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 선행심판결정은 이 건 심판청구와 쟁점이 동일하므로 「부가가치세법」상 영세율 적용을 배제하는 근거가 될 수 있으며, 처분청은 철저하게 선행심판결정에 따라 부가가치세를 과세하였다.

(가) 선행심판결정의 쟁점은 청구법인이 자기의 책임과 계산 하에 본인으로서 용역을 제공하여 운송운임 전체를 매출액으로 인식해야 하는지 아니면 대리인으로 활동하여 수수료 수익만을 매출액으로 인식해야 하는지에 대한 것이었고, 이 건 심판청구의 쟁점 또한 청구법인이 자기의 책임과 계산 하에 국제운송용역을 제공하므로 영세율을 적용해야 하는지 아니면 항공화물 선적공간 중개업을 영위하여 수수료 수익에 대하여 부가가치세를 과세해야 하는지에 관한 것이다.

(나) 이 두 쟁점은 청구법인의 사업형태에 대한 판단기준에 대한 문제로, 청구법인 주장처럼 별개로 구별해서 법적으로 병존하거나 다르게 판단할 수 있는 사항이 아니고, 법인세 수익인식기준과 부가가치세 영세율 적용여부를 판단함에 있어 동일한 사업내용이므로 동일한 기준을 적용해야 한다.

(다) 청구법인은 선행심판청구에서 법인세가 인용될 경우 처분청에서 영세율을 부인하여 과세할 것이라고 충분히 예상할 수 있었음에도, 청구법인은 일관되게 쟁점용역은 자기 책임과 계산 하에 국제운송용역을 제공한 것이 아닌 중개업자의 지위에서 ‘항공화물 선적공간 중개업’을 영위한다고 주장하여 선행심판청구에서 인용결정된 바 있다.

(라) 이에 처분청은 선행심판청구 결정에 따라 청구법인이 중개용역을 제공하는 것으로 보고 수취한 수수료에 대하여 영세율이 아닌 일반세율로 부가가치세 과세처분한 것으로, 처분청은 이 건 부가가치세 과세 시, 청구법인의 업종(쟁점용역의 성격)을 결정함에 있어 처분청의 어떠한 자의적인 판단 없이 철저하게 선행심판결정의 내용을 따랐을 뿐이다.

(2) 청구법인은 선행심판과정에서 아래와 같은 사실관계 및 내용을 바탕으로 청구법인이 복합운송주선인이 아닌 ‘항공화물 선적공간 중개업’을 중개인의 지위에서 영위하고 있다고 주장하였다.

(가) 청구법인은 항공화물혼재사(B)로서, 항공화물을 운송하는 항공사로부터 실을 수 있는 화물 적재량 및 운임정보를 받아, 항공기에 화물을 싣고자 하는 A를 대상으로 영업하고, 항공화물선적 공간을 중개하는 용역을 제공하며 그에 따라 수수료를 받는 사업자이다. A로부터 대금을 지급받아 항공사에 운임을 지급하고 남은 차액이 청구법인의 수수료가 되는 구조로, 고객에게 여행상품을 팔고 받는 대가에서 항공, 숙박, 음식 요금을 제외한 나머지를 수수료로 인식하는 여행알선 수수료와 유사하고, 이 경우 항공, 숙박, 음식을 미리 확보할 목적으로 예약했다가 외부사정으로 여행상품이 팔리지 않는 경우 손실을 보게 되었다고 해서 수수료 목적사업이 아니라 볼 수는 없는 것과 같은 이치이다.

(나) A의 경우 화주를 상대로 본인의 책임 하에 운송장을 발행⋅교부하고, 화물위험을 담보하기 위해 직접 적하보험에 가입하며, 출발지로부터 도착지까지의 운송에 관한 광범위한 용역을 제공하는 반면, 청구법인은 화주와 직접 거래하지 않고, 오직 A를 대상으로 A가 지정한 항공사의 항공화물 선적공간을 중개하며, A로부터 받은 소량화물을 취합하여 청구법인의 용역사 창고에서 항공사 창고까지 화물을 전달하고, 항공기의 선적 및 도착을 확인하는 업무를 담당한다.

(다) 청구법인은 A와 달리 화물에 대한 별도의 운송장을 발행하지 아니하였고, A로부터 화물을 공급받아 항공사에 화물을 공급하는게 아닌, 항공기 화물의 선적공간을 중개하는 용역을 제공하고 그에 따른 수수료를 받는 사업자에 불과하다.

(라) 중개하는 용역과 관련하여 운송용역의 주된 책임은 항공사에 있으며 운송 시 화물에 대한 손해배상책임도 항공사가 지게 되며 적하보험에 가입한 사실이 없다.

(마) 항공화물 운송료 결정의 실질적 기준이 되는 주된 가격은 항공사에서 정한 가격이므로 청구법인에게는 가격 결정의 권한이 없고, 운송용역의 공급자인 항공사는 A가 선정한다.

(3) 조세심판원은 선행심판결정에서 아래와 같은 이유로 청구법인이 ‘항공화물선적중개업’을 중개인의 지위에서 영위하였다고 보아 인용결정하였다.

(가) 청구법인은 화주가 아닌 A와 ‘항공혼재화물 운송계약’을 체결하고 있고, 청구법인이 영위하는 ‘항공화물선적공간 중개업’은 A의 항공화물운송업과는 책임 및 역할범위가 같다고 단정하기 어렵다.

(나) A가 항공화물운송장을 발행하고, 운송운임을 A의 징수여부에 관계없이 청구법인에게 지불하게 되어있으며, 청구법인이 자기 책임과 계산 하에 타인의 항공기 등 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 직접 운임을 받는 거래로 보기 어려우며, 청구법인이 항공사의 운임표 및 일정을 공유하면 A가 선택하고, A의 요청에 맞게 항공화물 운송을 중개하는 업무를 수행한 것으로 보인다.

(다) A는 화주와의 물류운송 계약을 설정하며 전반적인 책임을 부담하는데 반해, 청구법인은 항공화물운수업의 전반적인 책임을 부담하기 위한 적하보증보험을 가입하지 아니하고, 화물운송의 손해배상책임 등을 항공사에게 부담하게 하는 것으로 보아 주된 책임을 부담하지 아니한다.

(라) 청구법인은 A에게 항공사의 화물운임표를 알려주어 A로부터 항공사를 지정받고, 청구법인은 A가 정한 항공사와 거래하며 항공운임을 정산하고 수수료를 수취한다.

(4) 청구법인은 청구법인의 사업환경이나 업종이 변경되지 않은 상황에서 청구법인은 선행심판결정에서 “선적공간만을 중개하는 중개업”으로 주장하여 법인세 취소 관련 인용결정을 받고, 이 건 부가가치세 심판청구에서는 당초 입장과 달리 ‘자기 책임과 계산 하에 타인의 선박 또는 항공기의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 운송주선업자’로서 국제운송용역을 수행하므로 영세율이 적용된다고 주장하고 있는바, 이는 신뢰하기 어렵다.

(가) 청구법인은 이 건 심판청구에서 국제물류주선업을 목적으로 설립하고, 국제물류주선업자로서 그에 따른 등록과 자격을 갖추었음을 주장하나, 선행심판청구에서는 이와 반대로 항공사와의 거래를 위해서는 국제물류주선업 등록이 필수조건이었기 때문에 부득이하게 국제물류주선업 등록을 한 것으로 외관상 국제물류주선업자로 보여질 수 있으나, 형식적인 ‘등록’을 가지고 업종을 구분할 수 없고 실질적으로 콘솔 업무만을 전문으로 항공화물 선적공간 중개업을 영위하고 있음을 일관되게 주장하였다.

(나) 이 건 심판청구에서는 A와 국제혼재항공화물 운송계약을 체결하고 화물을 인수함으로써 화물의 손해에 대한 책임과 배상의무를 부담한다고 주장하나, 선행심판청구 과정에서는 이와 반대로 운송용역의 주된 책임은 항공사에 있으며 운송 시 화물에 대한 손해배상책임도 항공사가 지게 되며, 실질적인 운송에 대한 책임 및 권한을 항공사가 가지고 있고, 항공사 통제하에 콘솔작업만 수행하였으므로 주된 책임이 없다고 주장하였으며, 실제 화물분실사고 발생건에 대한 항공사가 최종책임을 지고 보상한 항공사 운송책임 사례 및 항공사 공문 샘플을 증거목록으로 제출한 바 있다.

(다) 또한, 항공사에서 정한 가격을 단순히 전달만 하는 중개자가 아니고 운송가격을 독립적으로 산정하고 결정권을 보유하여 행사하고 있다고 주장하면서 관련 사례를 제시하였으나, 선행심판청구에서는 이와 반대로 계약상 항공사가 정한 운임 및 중량할인 금액에 따라 청구법인의 수수료가 정해지는 구조이기에 청구법인에 가격결정 권한이 없으며, 항공사 또한 A가 지정하는 곳을 선정하므로 항공사를 선정할 재량이 없다고 주장하였다.

(라) 운송대가 지급의무 및 그에 따른 신용위험을 부담한다고 주장하며 지급보증보험증권을 증거목록으로 제출하였으나, 선행심판청구에서는 지급보증보험증권은 항공사와의 계약을 위한 국제항공운송협회(IATA) 등록에 필수서류였을 뿐, 운송 관련 위험은 항공사가 부담하고, 화물에 대한 손해배상 책임도 항공사가 지게 되므로 화물과 관련된 적하보험에도 가입하지 않았음을 주장하였다.

(5) 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 OOO) 및 서울행정법원 OOO 판결의 쟁점은 항공화물 혼재업자가 타인의 수요에 응하여 유상으로 자기의 명의와 계산으로 항공운송사업에 사용되는 항공기를 이용하여 화물을 혼재하여 운송하는 사업(항공운송주선업)을 영위하여 영세율이 적용된다는 전제하에 세금계산서 발급의무가 면제되는 거래에 해당하는지 여부에 관하여 다툰 것이고, 이 건 심판청구는 청구법인이 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호의 국제운송용역을 제공하여 영세율 적용대상인지 여부가 쟁점인 사안으로 사실관계 및 쟁점이 달라 원용할 수 없으며, 선적공간 중개업에 대하여 조세심판원 및 대법원에서 영세율 적용 대상임을 인정한 사례는 현재까지 확인되지 않는다.

(6) 처분청은 선행심판청구에서 법인세 부과처분이 적정하다고 주장하며 청구법인이 복합운송주선업자를 영위함을 전제로 「부가가치세법」 제23조에 따른 영세율을 적용한 사실을 근거로 제시하였으나, 청구법인은 이를 전면 부인하였고, 선행심판결정문에서 부가가치세 영세율에 대하여 일체 판단하거나 언급한 사실이 없다.

(가) 처분청은 선행심판청구 과정에서 청구법인 설립 이후 현재까지 부가가치세 신고서상 ‘영세율 매출명세서’에 영세율 적용근거로 「부가가치세법」 제23조에 따른 ‘국제복합운송계약에 의한 외국항행용역’으로 기재하였고, 동종업계의 다른 항공화물혼재업자 또한 해당 규정에 따라 영세율을 적용하고 있으므로, 청구법인은 ‘운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역’을 제공하여 대리인의 지위가 아닌 본인이 운송주선업자로서 활동한 것이므로 운송운임 전체를 매출액으로 인식해야 한다고 주장하였다.

(나) 이에 청구법인은 청구법인이 신고한 부가가치세 신고내용조차 전면적으로 부인하면서 이를 반박하였고, 청구법인은 중개업자의 지위에서 중개용역을 제공하여, 「부가가치세법」 제23조 및 같은 법 시행령 제32조 제2항 제1호에 따라 영세율을 적용한 것이 아닌, 「부가가치세법」 제24조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제5호에 따라 “외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역”에 해당하여 영세율을 적용하였다고 주장하였다.

(다) 실제 청구법인은 중개업자의 지위에서 항공사에 운송요금을 지불(전달)할 뿐, 항공기에 용역을 공급하는 것이 아니고, 국내업체인 A에 선적공간 중개용역을 제공하는 회사로서, 오히려 청구법인 및 A가 항공사로부터 운송용역을 공급받고 있으며, 이는 외화를 획득하는 사업도 아니므로, 쟁점용역은 “외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역”에 해당하지 않는다. 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제5호에 따른 영세율 적용 재화 또는 용역의 공급에 해당하는 사례로는 ‘외항선박, 항공기에 제공하는 유류 및 선용품 등, 외항선박에 제공하는 도선, 통선, 예인, 하역, 고장수리 등의 용역, 항공기에 제공하는 하역용역 등으로, 청구법인은 선행심판결정에서 청구법인이 주장한 영세율 적용규정에 청구법인이 해당하지 않자, 이 건 심판청구에서는 선행심판결정에서 청구법인이 전면 부인했던 처분청이 제시한 영세율 규정을 적용해야 한다며 상반된 주장을 하고 있다.

(라) 또한, 청구법인은 선행심판결정에서 부가가치세 영세율 적용여부를 검토한 것으로 보아야 한다고 하나, 선행심판결정문을 보면 청구법인이 “항공화물선적중개업”을 중개인의 지위에서 영위하는 것으로 보이므로 그 매출을 기업회계기준에 따라 설정한 순액법으로 인식하는 것이 타당하다고 되어 있을 뿐, 청구법인의 영세율 적용이 적정하다거나 적정여부에 대하여 판단한 사실이 없다.

(7) 처분청의 이 건 처분은 선행심판청구에서 청구법인의 잘못된 판단과 거짓된 주장에서 기인한 것이므로, 전적으로 청구법인이 책임져야 한다.

(가) 이 건 처분은 선행심판청구에서 청구법인의 주장이 인용됐기 때문이고, 당시 청구법인은 해당 영세율 규정의 가장 중요한 요건인 “자기 계산과 책임”을 부담하지 않는다고 주장하였으며, 쟁점용역의 대가인 중개수수료는 국제운송용역의 대가가 아니고, 청구법인의 사업은 외화를 획득하는 사업에도 해당하지 않으므로 처분청은 쟁점용역에 대해 영세율 적용을 부인한 것이다.

(나) 청구법인은 국제물류주선업자로서 외형에 부합하게 수행한 거래에 대해 사후적으로 영세율을 배제하는 것은 부당하고, 거래현실상 실행이 곤란한 세 부담을 청구법인에게 전가한다고 주장하나, 처분청이 선행심판결정에서 현재 청구법인이 주장하고 있는 내용(거래당시 수수료 수익을 특정할 수 없고, 동종업계 모두 국제물류주선업자로서 영세율을 적용하고 있다 등등)을 법인세 총액인식에 대한 근거로 제시하였음에도 청구법인이 이에 대하여 부인하고 이 건 심판청구에서 부가가치세 영세율이 적정하다고 주장하는 것은 선행심판청구에서 청구법인이 거짓되게 진술했음을 스스로 인정하는 것이므로 이에 대한 책임은 전적으로 청구법인이 부담해야 한다.

(다) 청구법인은 수원지방법원 OOO 판결을 사례로 들며 이 건 처분이 수출산업지원 및 장려라는 입법목적에 반한다고 주장하나, 해당 판결은 본 건과 사실관계가 다르며, 또한 이어진 항소심 수원고등법원 OOO 판결에서 원고는 화주로부터 직접 화물을 인수하거나 운임을 받지 아니하였으므로 위 시행령 조항이 정한 국제복합운송계약에 해당되지 않고, 쟁점 국내 운송용역에 대한 부가가치세 부과는 국내에서 이루어진 용역 거래에 대한 것으로 소비지국 과세원칙에 부합하는 것이며, 과세요건의 해석결과로 인한 조세 부과가 이 사건 조항의 입법 목적에 반한다고 볼 수도 없고, 상위 공급자의 부가가치세액 공제나 환급 여부는 그 상위자가 부가가치세 관련 법령에서 정한 공제 또는 환급에 관한 요건에 해당하는지 여부에 의하여 결정되는 것에 불과하여 이로 인하여 당해 거래에 관한 부가가치세 부과 여부를 결정할 수는 없으므로 원고의 주장을 받아들일 수 없다고 판시하였으며, 해당 판결은 대법원 OOO 판결로 확정되었다.

(라) 이 건의 경우에도 일반적인 A와 국제물류주선업자의 국제운송용역 거래구조가 쟁점용역의 부가가치세 과세 여부를 결정하는 것은 아니고, 국내 거래인 항공화물공간 중개용역의 대가로 청구법인이 수취하는 중개수수료에 대하여 부가가치세를 과세하는 것이 영세율 규정의 입법 목적에도 반하지 않으며, 청구법인이 선행심판청구에서 주장한 바와 같이 청구법인의 사업은 「부가가치세법」 제32조 제2항 제1호에도 해당하지 않으므로 영세율 대상이라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(8) 청구법인은 청구법인의 사업을 ‘국제물류주선업’이 아닌 ‘중개하고 수수료를 지급받는 사업’으로 설명해온바, 이 건 과세처분은 과세형평에 반하지 않는다.

(가) 청구법인은 선행심판청구 과정 중 심판관의 요청에 따라 통계청에 청구법인의 업종을 한국표준산업분류상 어디에 해당하는지에 대해 질의하면서, 청구법인의 사업내용을 “A(국제물류주선업, 항공화물주선업)의 화물을 항공기에 적재하여 운송할 수 있도록 중개하고 수수료를 지급받음”으로 설명하였고, 통계청은 이에 대하여 “통관 대리 및 관련 서비스업, 화물 운송 중개·대리 및 관련서비스업, 화물포장 검수 및 계량 서비스업을 제외한, 그 외 기타 분류 안된 운송관련 서비스업을 수행하는 것이 주된 산업활동인 경우 52999, 그 외 기타분류 안된 운송관련 서비스업(대분류 H. 운수 및 창고업)으로 분류합니다.(B에서 수행하는 항공기 화물 선적공간 중개를 포함)”라고 회신한 바 있는데, 이 때에도 청구법인은 청구법인의 사업을 “국제물류주선업”이 아닌 “중개하고 수수료를 지급받는 사업”으로 설명하였다.

(나) 또한, 선행심판청구 과정에서 처분청이 동종업계인 항공화물혼재업자(콘솔업자) 모두 부가가치세 신고 시 ‘국제복합운송계약에 의한 외국항행용역’을 제공하는 것을 전제로 「부가가치세법」 제23조 제2항에 따른 영세율을 적용하고 있음에도 청구법인만 이와 다르게 「부가가치세법」 제24조의 규정에 해당한다는 것은 적절하지 않고, 청구법인을 제외한 다른 콘솔업체는 설립한 지 최소 15년 이상된 법인으로 매출인식기준(총액법 또는 순액법)에 따른 법인세 감면문제가 발생하지 않으나, 부가가치세 영세율 문제는 과거 및 향후에도 지속적으로 영향을 미치는 사항이라는 처분청 의견에도, 청구법인이 이를 반박하고 다른 콘솔업체와는 달리 중개용역을 제공한다고 일관되게 주장하였던바, 다른 콘솔업체가 국제운송용역을 제공하는 것으로 영세율을 적용한다하여 청구법인도 해당 규정에 해당하므로 영세율을 적용해야 하고 이 건 처분이 과세형평에 반한다는 청구법인의 주장은 적절하지 않다.

(9) 이 건 심판청구에서 청구법인이 쟁점용역에 대해 영세율 적용을 주장하는 것은 명백하게 신의성실원칙에 위배된다.

(가) 청구법인은 이 건 과세전적부심사청구에서 “청구법인이 사실관계를 오인하여 선행심판청구에서 실질에 부합하지 않는 내용을 주장했다”고 하였으나, 이 건 심판청구에서는 “처분청이 선행결정의 일부표현을 과도하게 확대한다”라는 표현을 하며 신의성실원칙에 반하지 않는다고 합리화하고 있는바, 청구법인은 선행심판청구 과정에서 법인세가 인용될 경우 처분청에서 부가가치세 영세율을 부인하여 과세할 것을 충분히 예상할 수 있었음에도, 운송주선업자가 아닌 중개업자의 지위에서 중개용역을 제공하였다고 일관되게 주장하였고, 다시 이 건 심판청구에서는 국제운송용역을 제공했다고 주장하고 있는데, 이는 이 건 심판청구에서 또다시 인용결정이 내려진다면 선행심판청구결정에 따라 취소되었던 법인세를 기속력에 따라 과세관청이 선행심판결정 및 그 취지에 어긋나는 처분을 할 수 없음을 알고, 이를 악용한 것이라고 밖에 볼 수 없으며, 이는 조세정의에도 어긋나는 것이다.

(나) 청구법인은 재결의 이유는 별개의 세목과 별개의 사건에 대하여 판결과 같은 기판력을 가지지 않는다는 주장이나, 이 건의 경우, 청구법인의 사업형태를 어떻게 판단하는지에 따라 청구법인의 매출액 인식결정기준(법인세)과 쟁점용역에 대한 영세율 적용여부(부가가치세)가 결정되는 것으로서 세목이 다르긴 하나 유기적으로 연결되어 있어 서로 달리 판단할 수 없다.

(다) 처분청이 선행심판청구에서 제출했던 조세심판원 선결정례(조심 OOO)에서도 매출액을 총액법으로 인식하는 것에 대한 근거 중 하나로 「부가가치세법」 제23조 제1항에 따른 영세율 적용을 거론한바, 매출액 인식결정기준과 부가가치세 영세율 적용 여부는 별개의 사건에 해당하지 않는다.

(라) 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있어야 하는 것인데, 청구법인은 동일한 사업내용에 대하여 법인세 쟁점인 선행심판청구와 부가가치세 쟁점인 이 건 심판청구에서 객관적으로 완전히 상반되고 모순된 주장을 하고 있고, 이는 선행심판결정에 따라 처분청에서 영세율을 부인하여 고액의 부가가치세를 과세하자 선행심판청구 과정에서의 주장을 전면 부인하는 것으로, 청구법인이 법인세와 부가가치세에 대한 과세를 모두 회피하고자 하는 의도로 밖에 보이지 않는다.

(마) 막대한 행정력 낭비를 초래한 청구법인의 이러한 행태는 조세심판원 및 과세관청을 기만한 심한 배신행위로, 명백한 신의성실원칙 위반에 해당하고, 처분청은 청구법인의 당초 주장을 신뢰하여 조세심판원이 인용한 선행심판결정에 따라 이 건 처분을 한바, 이 건 과세처분은 정당하다.

(10) 청구법인은 수취한 총액운임이 대가관계가 있는 공급가액이며, 마진(매출총이익)만을 과세표준으로 삼은 것은 「부가가치세법」 제29조 위반이라고 주장하나, 「부가가치세법」 제29조의 “공급가액”은 ‘자신이 제공한 용역’의 대가로, 청구법인의 선행심판결정에서 운송주선업이 아닌 선적 공간중개업을 영위한다고 주장하였고, 그 것이 인정된 이상, 청구법인이 A로부터 수취한 전체 대금 중 ‘항공운임 상당액’은 항공사에 전달하기 위해 임시로 수취한 예수금의 성격을 가지는 것이다.

이에 따라, 쟁점용역의 대가인 「부가가치세법」상 공급가액은 A에 운송용역을 주선하고 A로부터 수취한 ‘중개수수료’에 한정되는 것이 명백하고, 처분청은 법률이 정한 공급가액의 정의에 따라 청구법인의 실제 용역 대가(청구법인이 법인세 신고 시 수입금액으로 인식한 금액)인 수수료에 과세한 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

(11) 2026년 개정된 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항은 영세율이 적용되기 위한 절대적인 전제조건으로 “자기 책임과 계산 하에 국제운송용역을 제공할 것”을 명시하고 있으나, 청구법인은 선행심판청구 과정에서 ‘자기 책임과 계산이 없는 선적공간 중개업자’임을 스스로 입증하여 인용 결정을 받은바, 청구법인은 “자기 책임과 계산 하에 운송을 주선하는 국제운송주선업자”가 아니므로 해당 개정 시행령의 대상에 원천적으로 포함될 수 없다.

개정된 시행령이 확인적 규정이든 창설적 규정이든 “중개업자”로 확정된 청구법인에게는 애초에 적용될 여지가 없으므로, 청구법인의 주장은 중개인으로 확정된 청구법인이 운송주선업자를 위한 규정을 자신에게 적용해달라고 잘못된 주장을 하는 것에 불과하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점용역이 부가가치세 영세율 적용대상인지 여부

② 이 건 심판청구에서 청구법인의 주장이 신의성실원칙에 위배되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제23조(외국항행용역의 공급) ① 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

② 제1항에 따른 외국항행용역은 선박 또는 항공기에 의하여 여객이나 화물을 국내에서 국외로, 국외에서 국내로 또는 국외에서 국외로 수송하는 것을 말하며, 외국항행사업자가 자기의 사업에 부수하여 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것을 포함한다.

③ 제1항에 따른 외국항행용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제24조(외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등) ① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 부가가치세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36133호로 일부개정되기 전의 것)

제32조(선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 범위) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용역은 법 제23조 제3항에 따라 외국항행용역의 범위에 포함된다.

1. 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주(貨主)로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역

제33조(그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위) ② 법 제24조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

또는 용역. 다만, 사업자가 법 제32조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우는 제외한다. 

(3) 부가가치세법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36133호로 일부개정된 것)

제32조(선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 운송주선업자가 국제복합운송계약에 따라 화주(貨主) 또는 다른 운송주선업자로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주 또는 다른 운송주선업자로부터 운임을 받는 국제운송용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 2020.7.2. 설립되었고, 아래와 같이 국제물류 주선업 등을 목적으로 설립된 사실이 등기사항전부증명서에서 확인된다.

＜청구법인 등기사항전부증명서 상 사업 목적 발췌＞

(나) 청구법인은 “서비스/국제물류주선업 외”를 주업종으로 하고, 개업일을 2020.7.27.로 하여 강서세무서에 사업자등록한 사실이 확인된다.

(다) 청구법인의 2021년 제2기 부가가치세 신고내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 2020년 제2기 부가가치세 신고내역

(라) 처분청은 청구법인이 선행심판청구 당시와 상반된 주장을 한다는 의견으로 그 내용을 아래 ＜표3＞으로 정리하여 제시하였다.

＜표3＞ 청구법인 주장 차이점 비교

(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인의 등기사항전부증명서 및 사업자등록증에서 청구법인이 국제물류주선업 및 물류컨설팅업 등을 영위한다는 사실이 확인되고, 청구법인은 국제물류주선업 등록증, 화물운송주선업자 등록증, IATA 가입 협약서, 지급보증 가입증명을 제출하였고, 이러한 문서는청구법인이 항공사 및 A와의 거래를 직접 영위하기 위해 반드시 필요한 것으로, 청구법인이 관련 등록 및 자격을 모두 갖춘 사업자라는 사실을 증명하는 것이라고 주장한다.

(나) 청구법인은 쟁점용역을 제공한 것에 책임을 지고 있고, A에 대한 운송가격 결정권을 보유하여 행사하고 있다는 주장에 대한 증빙으로 아래 국제 혼재항공화물 운송계약서를 제출하였고, 해당 계약서 제1조 제1항 및 제8조 제1항에서 청구법인의 책임 및 손해배상 규정이 확인된다.

＜국제 혼재항공화물 운송계약서 일부 발췌＞

(다) 또한 청구법인은 청구법인이 운송가격을 직접 결정하여, 동일일자⋅동일구간⋅동일항공편을 이용하였음에도 운송가격을 달리 청구(수취)한 사례를 제시하면서, 만약 A에 대한 운송가격을 항공사가 결정하고, 청구법인이 항공사가 결정한 가격을 단순히 전달(중개)만 하였다면 운송가격이 다를 수 없었을 것이라고 주장하였다.

＜청구법인 제출 운송가격 결정사례＞

(라) 청구법인은 콘솔전문업체들 중 상당수가 「법인세법」상 순액법에 따라 매출을 인식하면서도, 「부가가치세법」상으로는 국제물류주선업자로서 영세율을 적용받고 있는바, 매출액의 인식방법은 쟁점용역에 대한 영세율적용 여부는 무관하다는 주장으로 아래 ＜표4＞를 제시하였다.

＜표4＞ 콘솔전문업체 매출인식 및 「부가가치세법」상 영세율 적용 현황

(마) 「부가가치세법 시행령」 제32조는 2026.2.27. 아래 ＜표5＞와 같이 개정되었고, “개정세법 해설”에서 그 개정 취지를 영세율 적용범위 명확화라고 하였다.

＜표5＞ 「부가가치세법 시행령」 제32조 개정 내용 비교

＜2026년 개정세법 해설＞

(3) 선행심판결정 중 이 건 쟁점과 관련하여 확인되는 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 A로부터 받은 항공운송에 따른 운임에서 항공사에 지급한 항공료를 차감한 금액을 중개수수료로 보고 해당 수수료를 매출액으로 인식하여 2020사업연도 매출액 OOO원을 아래 ＜표6＞과 같이 신고하였고, 그 매출액 기준이 「중소기업기본법 시행령」 [별표1]의 중소기업 기준(운수 및 창고업은 매출액 OOO원 이하)에 해당된다고 보아 2020사업연도 법인세 신고 시 창업중소기업 세액감면과 중소기업고용증대 세액공제를 아래 ＜표7＞과 같이 적용한 사실이 확인된다.

＜표6＞ 2020사업연도 법인세 신고내역

＜표7＞ 2020사업연도 공제감면 내역

(나) 서울지방국세청장은 청구법인의 2020사업연도 매출은 총액으로 인식하여야 하고, 이 경우 청구법인의 2020사업연도 매출액은 OOO원으로, 청구법인이 2020년 7월 설립된 사실은 감안하여 환산하면, 매출액은 OOO원이므로, 해당 업종의 중소기업 매출액(OOO원)을 초과하므로 중견기업에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 2020사업연도 법인세를 경정⋅고지하였으나, 조세심판원은 청구법인의 주장이 이유있다고 판단하여 2020사업연도 법인세 부과처분을 취소하였다.

(다) 이에 서울지방국세청장은 선행심판결정에 따른다면, 쟁점용역은 「부가가치세법」상 영세율적용 대상이 아니라는 의견으로 아래 ＜표8＞과 같이 2020년 제2기 부가가치세를 증액경정할 것을 처분청에 지시하였다.

＜표8＞ 2020년 제2기 부가가치세 경정 내용

(라) 선행심판청구에서 처분청은 청구법인이 국제물류주선업이 한국표준산업분류상 ‘화물운송중개, 대리 및 관련 서비스업(분류코드 52992)’에 해당한다는 의견을 제시하였다.

(마) 선행심판청구에서 청구법인은 ‘항공화물혼재사’에 해당한다고 주장하면서, 국토교통부에서 운영하는 국가물류통합정보센터에서 확인한 내용을 아래 ＜표9＞로 정리하여 제출하였다.

＜표9＞ A와 항공화물혼재사의 비교

또한, 항공화물혼재사와 A를 비교하여 정리한 내용을 아래 ＜표10＞으로 제출하였다.

＜표10＞ A와 항공화물혼재사 비교

(바) 한국표준산업분류표 상 ‘화물 운송 중개, 대리 및 관련 서비스업(52992)’은 A의 항공화물주선업이고, 청구법인은 ‘그 외 기타 분류 안 된 운송 관련 서비스업(52999)’에 해당한다고 주장하였다.

(사) 청구법인은 실제 운송과 관련하여 발생한 분실사고에 대해 청구법인이 아닌 항공사가 최종책임을 지고 보상한 사례를 아래 ＜표11＞과 같이 제출하였다.

＜표11＞ 항공사 운송책임 사례(클레임 및 처리 내용)

(아) 청구법인은 적하보험에 가입한 바가 없고, A가 적하보험에 가입하고 있다고 주장하였다.

(자) 청구법인은 A로부터 항공화물 운송 관련 예약을 요청받는 내용의 수신 이메일을 제출하였는데, 이에 대하여 A는 화주가 의뢰한 물량과 운송장소를 청구법인에게 알려주고 청구법인이 제시한 일정을 선택하는 방식이라고 주장하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 선행심판결정은 「법인세법」에 따른 매출액 인식방식에 대한 판단이므로 그 결정이 「부가가치세법」상 영세율 적용을 배제하는 근거가 될 수 없으며, 청구법인은 국제물류주선업자로서 A로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 국제운송용역을 제공하였으므로 쟁점용역은 「부가가치세법 시행령」 제32조 제2항 제1호의 영세율 적용대상이라고 주장하나,

「부가가치세법」 제23조에서 선박 또는 항공기에 의한 외국항행용역의 공급에 대해 영세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제32조 제2항 제1호에서 그 범위를 운송주선업자가 국제복합운송계약에 의하여 화주(貨主)로부터 화물을 인수하고 자기 책임과 계산으로 타인의 선박 또는 항공기 등의 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 운임을 받는 국제운송용역으로 규정하고 있는바,

청구법인이 제기한 법인세 관련 선행심판결정 내용을 보면, 우리 원은 청구법인의 업종이 ‘항공화물선적공간 중개업’으로 A의 항공화물운송업과는 책임 및 역할 범위가 같다고 단정하기 어렵고, 계약 내용으로 보아 청구법인이 제공한 쟁점용역이 자기 책임과 계산 하에 타인의 항공기 등 운송수단을 이용하여 화물을 운송하고 화주로부터 직접 운임을 받는 거래로 보기는 어려운 점, 지급보증에 대한 법적 책임을 지기 위한 지급보증보험에는 가입되어 있으나, 항공화물운수업의 전반적인 책임을 부담하기 위한 적하보증보험은 가입하지 아니한 점 등을 종합하여 매출을 기업회계기준에 따라 설정한 순액법으로 인식하는 것이 타당하다고 결정한 점, 비록 청구법인이 제공하는 쟁점용역이 본인적 요소와 대리인적 요소가 존재하는 이원적 성격이 있다 할지라도 이 건 심판청구에서 제시된 자료만으로는 선행심판결정에서 주장하였던 내용과 달리 「부가가치세법」상 영세율 적용대상에 해당하는 국제복합운송계약의 직접 당사자로서 자기 책임과 계산으로 쟁점용역을 공급하였음이 실제 입증되었다고 보기 부족해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점용역을 영세율 적용대상이 아니라고 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②는 쟁점①이 기각되어 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.