[청구번호]

조심 2026서1231 (2026.08.05)

[세 목]

법인

[결정유형]

재조사

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[제 목]

이자대납액이 분담금으로 납부되었으므로 기타로 소득처분해야 한다는 청구주장의 당부 등

[결정요지]

최종 관리처분계획인가를 보면 총사업비에 포함하여 조합원들에게 분담시킨 것으로 추정되고, 쟁점이자비용을 대납하였다 하더라도, 추후 이를 다시 지급받을 것이 예정되어 있어 사외유출된 것으로 보기 어려운바, 각 조합원별 분담내역 또는 정산내역 등을 재조사하여 기타로 경정하는 것이 타당함

[관련법령]

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

OOO세무서장이 2025.5.28. 청구법인에게 한 청구법인의 배당소득 원천세 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 대납한 조합원 개인별 이주비 대출이자금액과 이에 대한 조합원들의 분담금 납입내역을 재조사하여 조합원에 대한 배당소득처분을 청구법인이 이주비 대출이자를 대납한 조합원에 대한 기타소득처분으로 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 서울특별시장으로부터 주택재건축사업조합으로 설립인가를 받아 설립된 주택재건축정비사업조합으로, OOO 서울특별시 OOO 일대의 재건축정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)에 대한 사업시행인가를 받아 조합원 분양(OOO%)과 일반분양(OOO%)을 함께 추진하면서, 2019사업연도에 조합원들의 이주비 대출이자로 금융회사에 지급한 이자비용 OOO원(이하 “쟁점이자비용”이라 한다)을 손금불산입하여 2019사업연도 법인세와 쟁점이자비용이 사외유출된 것으로 보아 조합원들에 대한 인정배당으로 하여 배당소득원천세를 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점이자비용은 청구법인의 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당하므로 쟁점이자비용 중 수익사업에 해당하는 금액 OOO원을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세 OOO원과 조합원의 인정배당소득으로 소득처분하여 신고·납부한 배당소득원천세 OOO원을 환급해달라는 취지로 2025.3.27. 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.5.28. 이를 거부하였다.

＜표1＞ 2018사업연도 법인세 등 경정청구 현황

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.22. 이의신청을 거쳐 2026.1.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 조합원을 대신하여 납부한 쟁점이자비용 중 일반분양분에 해당하는 비율의 금액은 이 건 정비사업의 공통손금에 해당하므로 손금에 산입하여야 한다.

(가) 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의7 제2항에 따르면, 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 설립된 조합에 대해서는 「법인세법」 제1조에도 불구하고 비영리내국법인으로서 「법인세법」을 적용하여 법인세 등을 신고·납부할 의무가 있고, 같은 법 시행령 제104조의4에 따라 재건축사업조합이 정비사업의 시행으로 건설된 주택 및 그 부속토지 등을 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 의제하고 있다.

청구법인과 같은 정비사업조합은 사업시행구역 내 정비사업으로 건설된 주택 및 그 부속토지 중 일부를 조합원이 아닌 일반인에게 분양하는 부분(이하 “일반분양분”이라 하고 일반분양분과 관련한 사업부분을 이하 “수익사업”이라 한다)에 한하여 법인세 등을 신고·납부할 의무가 있고, 이때 「법인세법」제19조 제2항에 따른 손비란 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정되어 있으므로, 재건축사업 전반의 과정에 걸쳐 필연적으로 발생할 수밖에 없는 사업비용은 공통 사업비에 해당하여 그 중 일반분양분에 해당하는 비용만큼은 손금으로 반영되어야 한다.

(나) 청구법인은 2018.10.25. 이 건 정비사업과 관련하여 조합원에 대한 이주비 대출을 추진하기 위하여 중소기업은행과 업무협약을 체결하였고, 아래 ＜표2＞와 같이 2018년부터 2023년까지 조합원 이주비 대출이자비용에 대하여 조합원을 대신하여 지급하였다.

＜표2＞ 청구법인의 사업연도별 이주비 대출이자 대납액 및 조합원에 대한 배당소득 처분금액

OOO

(다) 쟁점이자비용은 재건축사업을 원활히 추진하기 위하여 반드시 필요한 사업비용으로, 재건축사업은 기존의 아파트 및 상가를 철거하고 그 대지 위에 새로운 아파트 및 상가를 신축하는 사업으로서 재건축사업의 원활한 사업을 추진하기 위하여 무엇보다도 해당 조합이 설정한 이주기간 이내에 조합원들의 빠른 이주 진행이 매우 중요한바,

청구법인은 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 조합원들의 이주에 필요한 자금을 금융기관으로부터 대출받도록 알선하고 효율적 업무 진행을 위하여 금융기관과 업무협약을 체결하였는데, 조합원들의 이주가 지체되면 지체될수록 일반분양 시점도 지체될 수 밖에 없었으므로, 이주는 원활한 수익사업의 진행을 위해 필수적이고 선행적 절차에 해당하여 통상 조합이 그 대출이자를 대신 부담하는 방식으로 진행하고 있다.

(라) 2018.2.9. 제정된 ‘정비사업 계약업무 처리기준’(국토교통부 고시 제2018-101호) 제30조에 의하면, 건설업자 등이 입찰서 작성시 사업시행자(정비사업조합)에게 시공과 관련 없는 사항에 대한 금전이나 재산상의 이익을 제공하는 제안을 금지하면서도, 예외적으로 조합원들의 원활한 이주를 지원하기 위하여 금융기관의 이주대출금에 대한 이자를 사업시행자에게 대여하는 것을 허용하고 있는데, 위 고시의 제정 목적이 사업시행자 등이 계약을 체결하는 경우 계약의 방법 및 절차 등에 필요한 사항을 정함으로써 정비사업의 투명성을 개선하고자 하는데 있음에도 불구하고, 예외적으로 거래처로 하여금 조합에게 조합원 이주비 대출이자를 대여할 수 있는 규정을 둔 것은 그만큼 조합원 이주 절차가 정비사업의 수행에 있어 조합원 이주 절차가 가장 필수적으로 선행되어야 할 절차에 해당하기 때문이다.

(마) 대법원은 손비로서 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라 함은 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황아래 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미한다고 판단(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결)하였고,

서울행정법원은 본 사안과 같이 정비사업조합이 사업시행구역 내에 거주하고 있는 조합원 또는 세입자들을 타지역으로 이주하는 것을 지원하기 위하여 금융기관과 연계하여 조합원들에게 이 사건 이주비를 무이자로 대여하면서 그 이자를 부담한 것에 대하여, 그 행위 자체로 영리를 목적으로 하는 행위라고 보기 어렵다고 할 것이나, 정비사업이 그 자체로 사업시행구역 내 건축물을 건설하여 공급하는 것을 내용으로 하고, 수익사업은 그렇게 건설된 건축물 중 일부를 일반인에게 분양하는 것임을 고려하면, 사업시행구역 내 거주하고 있던 조합원들의 이주를 위한 기본이주비의 대출이자가 그 자체로 수익사업과는 무관하게 목적사업에만 대응되는 비용이라고 볼 수는 없으므로 조합의 이주비이자대납액은 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다고 봄이 타당하다고 판결(서울행정법원 2023.9.15. 선고 2023구합51205 판결)하였는바, 청구법인이 조합원을 대신하여 납부한 이주비 대출 이자비용에 상당하는 금액은 정비사업의 공통손금에 해당하므로 그 중 수익사업에 해당하는 금액만큼은 수익사업의 손금에 산입하여야 한다.

(바) 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고·납부 시 2018년부터 2021년까지 4개년 동안 조합원에게 무상으로 지원한 이주대출금의 금융이자 대납액 합계 OOO원에 대하여 일반분양분 비율(OOO%)에 상당하는 금액 OOO원을 조합원의 배당소득으로 보아 배당소득세를 원천징수하여 신고·납부하였는데,

위 ＜표2＞의 2019사업연도에 귀속되는 조합원 대출이자 대납액 OOO원 중 일반분양비율에 상당하는 금액인 OOO원을 2019년 사업연도의 각 사업연도소득에서 손금에 산입하여 차감한 후 법인세를 재계산한 금액을 초과하는 세액 OOO원을 환급하여야 하고, 2019사업연도에 귀속되는 OOO원 중 일반분양비율에 상당하는 금액인 OOO원을 조합원의 인정배당소득으로 처분하고 원천징수하여 신고·납부한 OOO원은 환급하는 것이 타당하다.

(2) (예비적 청구) 쟁점이자비용은 추후 조합원 분담금으로 충당되므로 이는 조합원의 배당소득이 아니라 기타로 소득처분이 되어야 한다.

(가) 쟁점이자비용의 지출 자체는 그 성격을 수익사업 또는 수익사업을 포함한 공통된 비용이 아닌 조합의 고유목적사업에 속하는 비용으로 볼 수 있다 하더라도, 쟁점이자비용은 실질적으로 조합원의 사업비용 부담을 잠시 줄여주기 위한 수단으로서 추후 조합원 분담금으로 충당되므로 조합원의 배당소득에 해당하지 않는다.

(나) 정비사업 조합은 통상 사업시행에 따른 아파트 등이 준공된 후 각 조합원이 입주하는 시점에 각 조합원별 분담금을 산정하여 최종 사업비를 충당하는 방식으로 사업 정산을 하고 있고, 이때 조합원 분담금 산정방식을 보면 조합원 분담금은 조합원 분양기준가액에서 분양받을 아파트 또는 상가의 분양가액을 제외한 것으로 산정하는데, 양의 분담금이 나오는 경우 조합원에게 “환급금”이 발생하고, 음의 분담금이 나오는 경우 조합원에게 “부담금”이 발생하게 되며,

여기서 “조합원 분양기준가액”이란 “개인별 종전자산평가액 × 추정비례율”으로 계산되는데, “추정비례율”은 아래 ＜표3＞과 같이 산정되고 있어 각 조합원에 대하여 아파트 입주시점에 아래의 계산산식에 따른 조합원 분담금이 최종 산정되는 방식으로, 각 조합원은 쟁점이자비용을 포함한 총지출 추산액을 총수입 추산액에서 정산하여 분담금을 부담하게 되므로 쟁점이자비용은 조합이 사업을 진행하는 과정에서 조합원 명의로 발생한 채무에 대해 사업비 명목으로 미리 납부한 것일 뿐 조합이 조합원에게 수익분배의 성격으로 배분하는 배당소득의 개념으로 볼 수 없다.

＜표3＞ 추정비례율 산정방법

(다) 처분청이 인용하고 있는 서울고등법원 판결(서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결) 또한, 조합이 조합원들의 이주비 대출 이자비용을 대납한 것은 정비사업 고유목적사업의 일환으로서 비영리적 성격을 지니고 있으므로 이를 조합원에 대한 직접적인 이익분배행위로 보기 어렵고, 오히려 이는 조합원들의 분담금으로 최종적으로 정산되는 비용으로 볼 여지가 있으므로 조합원의 배당소득으로는 보기 어렵다고 판시하였고, 위 판결은 대법원의 심리불속행 상고기각 판결(대법원 2024.9.13. 선고 2024두42260 판결)로 확정되었는바,

청구법인이 각 조합원들을 대신하여 지출한 이 건 이주비 대출이자 대납액을 이 사건 정비사업의 수익(분양)사업의 일환으로 보아 공통 손금으로 인정받지 못한다 하더라도, 이를 단순히 조합원의 이익으로 사외유출된 것으로 단정지을 수 없으며, 이에 대한 구체적인 입증책임은 과세관청에게 있다

(라) 또한 각 조합원들은 쟁점이자비용을 포함한 이 건 정비사업에 소요된 일체의 비용을 입주시점에 조합원 분담금의 형태로 청구법인에게 최종 정산하여 부담하였으므로, 이를 조합원에게 배분된 배당소득으로 볼 여지가 전혀 없는바,

처분청의 의견대로, 쟁점이자비용을 수익사업에서 함께 발생한 공통손금이 아닌 고유목적사업에 속하는 비용으로 본다면, 적어도 이는 조합원의 배당으로 소득처분할 것이 아니라 ‘기타’ 소득처분의 대상으로 보는 것이 타당하다. 그렇다면 청구법인이 원천징수의무자로서 신고·납부한 조합원 배당소득에 대한 원천소득세는 취소되어야 한다.

(3) 처분청 답변에 대한 추가 항변내용은 다음과 같다.

(가) 「소득세법」 제17조 제1항 제9호는 배당소득의 범위를 포괄적으로 규정하면서 법인의 이익을 구성원에게 분배하는 것과 실질적으로 유사한 경우에 한하여 적용하도록 하고 있고, 쟁점이자비용은 이익의 분배가 아니라 사업의 진행과정에서 사전적으로 발생한 이주비 관련 비용을 추후 조합원의 분담금의 형태로 정산하는 사업비 성격에 불과하여 이를 배당소득이라 할 수 없다.

(나) 쟁점이자비용의 성격 및 정산과정에 대한 입증자료는 다음과 같다.

1) 청구법인의 조합 정관 제7장 제37조를 보면 조합원은 원칙적으로 사업을 진행하는 동안 ‘자신의 부담으로’ 이주할 의무가 존재하나 다만, 이주비 지원을 희망하는 조합원에 한하여 청구법인이 직접 금융기관과의 약정을 체결하여 지원하도록 알선할 수 있다고 정하고 있다.

2) 이에 청구법인은 2018년 OOO월 금융기관과 이주비대출협약을 직접 체결하고, 각 조합원들로 하여금 이주비 신청서류를 제출하도록 요청하였으며, 이때 이주비 대출은 각 조합원 개인을 대상으로 하였고, 개별 신청서에서 ‘이주비 이자는 조합의 공통사업비로 충당하고, 조합원이 별도로 부담하지 아니한다’고 안내하였다.

3) 청구법인은 정기총회를 개최하여 기수행 업무로 지급한 사업비 충당내역을 정기적으로 의결하였고, 그 상세내역을 보면 매월 청구법인이 조합원을 대신하여 지급한 ‘이주비이자’도 함께 확인된다.

4) 청구법인은 2023년 9월 최종 관리처분계획인가 변경을 위한 정기총회를 개최하면서 아래 ＜표4＞와 같이 각 조합원의 부담금 산정을 위한 총사업비(OOO원)를 추산한 후 아래 ＜표5＞와 같이 이를 반영한 비례율을 산정하였고, 최종적으로 추산된 총사업비에는 쟁점이자비용 합계액(OOO원)이 포함되어 있으며, 부담금 산출방식을 보면 쟁점이자비용 합계액이 총사업비에 반영된 만큼 조합원의 권리가액이 작아지게 되어 조합원이 부담하는 금액은 그만큼 더 증가하는 것을 알 수 있다.

＜표4＞ 최종 관리처분계획 인가에 따른 총사업비 추산액

OOO

＜표5＞ 최종 관리처분계획 인가에 따른 조합원의 부담금 산출내역

OOO

5) 쟁점이자비용은 원칙적으로 각 조합원이 부담할 의무가 있고, 청구법인이 이를 대납한 것은 단순히 조합의 내부적인 비용처리에 불과하며, 각 조합원은 이미 부담금(비례율) 정산을 통해 쟁점이자비용을 부담하였으므로 이를 이익분배의 성격으로 보아 배당으로 소득처분하는 것은 타당하지 아니하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점이자비용을 대납한 것은 청구법인의 고유목적사업인 조합원에 대한 분양사업을 위한 지출에 해당하므로 사업의 공통비용에 해당한다는 주장은 타당하지 아니하다.

(가) 조특법 제104조의7 제5항은 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 「법인세법」 제3조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하면서 같은 법 시행령 제104조의4는 조특법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하였는바, ‘조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업’은 명시적으로 과세대상 소득의 사업 범위에서 제외하고 있다.

(나) 정비사업조합(재건축사업조합)인 청구법인은 「법인세법」상 ‘비영리내국법인’에 해당하여 과세대상 소득이 수익사업으로 생기는 소득에 한정되고 비수익사업(고유목적사업)으로 생기는 소득의 경우에는 과세대상 소득에서 제외되는데, 조특법에서 조합원분양분에 대한 것을 명백히 과세대상 소득에서 제외하고 있으므로, ‘조합원분양분에 대한 것’의 경우 청구법인의 고유목적사업으로 인한 소득에 해당하여 비과세 대상이다.

(다) 「법인세법」상 비영리내국법인이 법인세 납세의무를 부담하는 수익사업의 판단기준에 관하여 대법원은 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 1980.11.11. 선고 80누278 판결, 1996.6.14. 선고 95누14435 판결 등, 참조)고 판시하였는바,

비영리법인의 어떠한 행위(사업)가 과세대상인 수익사업에 해당한다고 보기 위해서는 그 행위(사업) 자체에 수익성이 있거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 하고, 「법인세법」 제19조 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 손비는 ‘그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 각 규정하고 있어, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로 이를 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다(대법원 2020.5.28. 선고 2018두32330 판결, 참조).

(라) 청구법인은 자기가 부담하여야 할 의무가 없음에도 이주비를 대출받는 조합원을 지원하기 위해 금융기관과 연계하여 그 이주비 대출이자를 지원하였고, 이는 어디까지나 청구법인 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’을 위한 지출 등에 해당하는 행위이며, 이러한 행위는 그 자체가 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 한 것이라고 볼 수는 없고 조합원들 이주비 대출이자 지출이 수익사업을 포함한 전체 재건축정비사업 진행을 위한 필수적인 지출이란 명목으로 그 중 일부가 수익사업에 속하는 비용에 해당한다고 볼 수 없어 쟁점이자비용은 수익사업이 아닌 고유목적사업에 속하는 비용으로 보아야 한다.

(마) 또한 청구법인이 대납한 조합원 이주비에 대한 이자비용이 손금으로 인정되기 위해서는 ‘수익사업의 소득을 얻기 위해서 지출한 비용’에 해당해야 하는데, 쟁점이자비용 대납행위는 ‘조합원을 지원하기 위한 행위’에 해당하고, ‘일반분양에 대한 분양 사업을 위한 행위’가 아니므로 수익사업을 얻기 위한 지출로 볼 수 없어 해당 사업의 공통비용에 해당되지 않고, 이자를 대납함에 따라 조합원에게 귀속된 이익은 배당소득에 해당하므로, 이 건 경정청구 거부는 정당하다.

(2) 청구법인이 쟁점이자비용을 대납함에 따라 조합원에게 귀속된 이익은 배당소득에 해당한다.

청구법인은 2018사업연도부터 2023사업연도까지 쟁점이자비용을 조합원을 대신하여 지급하였고, 이에 대하여 전액 비수익사업으로 구분하여 법인세를 신고하였으며, 쟁점이자비용에 대하여 배당소득 원천세로 신고·납부하였다가 쟁점이자비용은 이 건 정비사업 관련 공통경비에 해당하므로 일반분양분 비율에 해당하는 금액을 손금으로 인정하여 법인세 및 배당소득세 원천분을 환급하여 줄 것을 경정 청구하였다가 항변서에서 쟁점이자비용에 대하여 조합원별 분담금 최종 정산 시 상환하였으므로 기타 소득처분 대상으로 보아야 한다고 주장하나,

신고납세방식의 조세에 있어 납세의무자가 스스로 신고한 과세표준이 잘못 신고되었음을 주장하는 경우 입증책임은 납세의무자에게 있고(대법원 2005.6.10. 선고 2004두14168 판결, 참조), 청구법인은 각 조합원들은 쟁점이자비용 대납액을 포함한 정비사업에 소요된 일체의 비용을 입주시점에 조합원 분담금의 형태로 최종 정산하여 부담하므로 쟁점이자비용을 조합원에게 배분된 배당소득으로 볼 여지가 전혀 없다고 주장하면서도 관련 증빙의 제출이 전혀 없어 사실 여부 확인이 되지 않았고, 경정청구 시 또는 항변 시 조합원별 분담금 최종 산정내역을 확인할 수 있는 자료를 제출하여 청구주장을 입증했어야 함에도 관련 증빙 제출하지 아니하여 쟁점이자비용의 정산여부 및 그 타당성이 확인되지 아니하였으므로 청구주장을 인정하기가 어렵다.

(3) 청구법인의 항변에 대한 추가 답변내용은 다음과 같다.

청구법인은 조합원들이 쟁점이자비용 대납액을 포함한 정비사업에 소요된 일체의 비용을 입주시점에 분담금의 형태로 청구법인에게 최종 정산하여 부담하였으므로 젱점이자비용은 기타 소득처분을 하여야 한다고 주장하나,

이에 대한 입증자료로 제시한 청구법인의 조합 정관 제37조는 조합에 관련된 규정을 정한 원칙일 뿐 구체적인 입증자료라고 볼 수 없고, 이주비 대출 신청서 양식은 단순한 대출 신청양식일 뿐 대출을 신청한 조합원 명단과 함께 조합원이 실제 작성한 대출 신청서가 아니며, 최종 관리처분계획인가에 따른 총 사업비 추산액은 말 그대로 추산액으로 조합이 청산절차를 거쳐 모든 수익과 비용을 정확하게 계산 후 해산시 관할구청에 신고하여야 정산이 완료되는바, 최종 관리처분계획인가에 따른 조합원 부담금(비례율) 산출내역 및 총 사업비 추산액 자료만으로는 쟁점이자비용이 조합원 분담금에 포함되었다고 보기 어렵고,

실제 조합원이 분담한 근거자료인 각 조합원별 이주비 대출이자 대납액 분담내역과 각 조합원들 정산 내역을 제출한 바 없어 기타 소득처분하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 조합원 이주비 이자대납액 중 수익사업 비율 상당액은 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당하므로 손금으로 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

② 조합원이 이자대납액을 추후 분담금으로 납부하였으므로 조합원들에게 기타로 소득처분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

제112조(장부의 비치ㆍ기장) 납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다. 다만, 비영리법인은 제4조 제3항 제1호 및 제7호의 수익사업(비영리외국법인의 경우 해당 수익사업 중 국내원천소득이 발생하는 경우만 해당한다)을 하는 경우로 한정한다.

(2) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

가. 법 제24조에 따라 법 제24조 제2항 제1호에 따른 기부금 또는 같은 조 제3항 제1호에 따른 기부금의 손금산입한도액을 초과하여 익금에 산입한 금액

나. 법 제25조 및 「조세특례제한법」 제136조에 따라 익금에 산입한 금액

다. 법 제27조의2 제3항(같은 항 제2호에 따른 금액에 한정한다) 및 제4항에 따라 익금에 산입한 금액

라. 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 이자‧할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액

마. 법 제28조 제1항 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

사.「조세특례제한법」 제138조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

아 .제1호 각 목 외의 부분 단서 및 제2항에 따라 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 익금에 산입한 금액

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제76조(비영리법인의 구분경리) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

(4) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

(5) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다

(6) 도시 및 주거환경정비법

제35조(조합설립인가 등) ③ 재건축사업의 추진위원회(제31조 제7항에 따라 추진위원회를 구성하지 아니하는 경우에는 토지등소유자를 말한다)가 조합을 설립하려는 때에는 주택단지의 공동주택의 각 동(복리시설의 경우에는 주택단지의 복리시설 전체를 하나의 동으로 본다)별 구분소유자의 과반수(복리시설로서 대통령령으로 정하는 경우에는 3분의 1 이상으로 한다) 동의(공동주택의 각 동별 구분소유자가 5 이하인 경우는 제외한다)와 주택단지의 전체 구분소유자의 100분의 70 이상 및 토지면적의 100분의 70 이상의 토지소유자의 동의를 받아 제2항 각 호의 사항을 첨부하여 제16조에 따른 정비구역 지정ㆍ고시 후 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 한다.

제38조(조합의 법인격 등) ① 조합은 법인으로 한다.

② 조합은 조합설립인가를 받은 날부터 30일 이내에 주된 사무소의 소재지에서 대통령령으로 정하는 사항을 등기하는 때에 성립한다.

③ 조합은 명칭에 “정비사업조합”이라는 문자를 사용하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 정비사업 추진현황은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 OOO 사업시행인가를 받아 서울특별시 OOO호 일대(OOO㎡)에 부대복리시설과 OOO 아파트 OOO개동 전체 공급세대 OOO세대 중 조합원 분양 OOO세대, 일반분양 OOO세대, 소형 임대주택 OOO세대의 주택재건축사업(아파트 명칭 : OOO)을 추진하였고, 현재 조합원의 분담금은 정산하여 입주완료되었으며, 조합은 현재 청산되지 아니하였고, 이 건 정비사업의 추진현황은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 이 건 정비사업 추진현황

OOO

(나) 청구법인이 2018.10.2. 중소기업은행(OOO지점)과 체결한 업무협약서에 의하면, 목적은 조합원에게 가계성 집단이주비대출을 위한 것이며, 대출종류는 가계일반자금대출(이주비대출), 대출금액 총한도는 OOO원, 세대당 한도는 조합원 종전 자산감정가의 최대 OOO% 범위 이내로 하고, 대출기한은 2023.1.31.이며, 대출금이자 납부는 매월 이자납입일(29일)에 조합과 조합원이 연대하여 은행에 납부하기로 한다고 기재되어 있다.

＜표7＞ 청구법인과 중소기업은행의 업무협약서(일부발췌)

OOO

(2) 쟁점이자비용이 분담금 형태로 최종 정산되었음을 입증하기 위하여 청구법인이 제시한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구법인의 정관상 조합원의 이주대책(제37조 제1항 및 제2항) 관련 내용은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 청구법인의 정관 중 이주대책 관련 조항

OOO

(나) 청구법인은 조합원들에게 이주계획서와 함께 이주비 신청서류를 제출하도록 요청하였고, 이주계획 및 이주비신청 안내 책자를 보면 분양신청조합원이 현금청산대상자(사업완료 전 조합분양권 이전)가 되는 경우에 사유가 발생한 날로부터 7일 이내 이주비의 원금 및 이자 발생분 전액을 해당 조합원 부담으로 상환하여야 한다고 기재되어 있고, 이주비 이자는 조합의 공통사업비로 충당하며, 조합원이 별도로 부담하지 아니한다고 기재되어 있다.

＜표9＞ 조합원들의 이주계획 및 이주비 신청 책자내용(일부 발췌)

OOO

(다) 청구법인은 사업비로 이주비 이자를 충당하였음을 입증하기 위하여 2023.9.20. 정기총회시 OOO년 OOO월분 및 OOO월분 사업비로 이자를 지급한 내역을 아래 ＜표10＞과 같이 제출하였고, OOO년 OOO월말 기준 조합원 명부와 OOO년 OOO월 한달의 조합원별 이주비 대출이자 집계액을 제출하면서, 조합원 분양세대 OOO세대에 대한 조합원 수는 총 OOO명이며, 이 중 이주비 대출을 신청한 조합원은 OOO명이고, 청구법인은 매월 발생한 이주비 대출이자를 사업비로 추인해왔다며 엑셀자료를 제출하는데, 이는 2022사업연도 자료로, 2022년 당시 조합원별 대출이자는 OOO%∼OOO%로 조합원별로 각기 다른 것으로 나타난다.

＜표10＞ 사업비 지급내역 중 이주 이자비 지급 내역(일부 발췌)

OOO

(라) OOO 관리처분계획변경인가 고시에 의하면 평가액 또는 추산액 및 자금운용과 관련하여 총 소요사업비는 OOO원, 수입 추산액은 OOO원으로 나타난다.

＜표11＞ 최종 관리처분계획변경인가 고시 중 추산액 및 자금운용

OOO

(3) 청구법인은 기본이주비의 대출이자의 손금산입과 관련하여 동일 사건에 대한 1심 판결을 제시하였고, 처분청은 동일 사건에 대한 2심 판결을 제시하였으며, 현재 위 사건은 상고가 제기되어 대법원에 계류 중이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 조합원 이주비 이자대납액 중 수익사업 비율 상당액이 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당하므로 이를 손금으로 산입하여야 한다고 주장하나,

조특법 제104조의7 제2항은 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축정비사업조합은 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령은 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 및 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있다.

청구법인은 이 건 정비사업 구역 내 거주하고 있는 조합원들이 다른 지역으로 이주하는 것을 지원하기 위해 2018.10.25. 금융기관과 협약을 체결하고 해당 금융기관으로부터 대출을 받은 조합원이 납부하여야 할 쟁점이자비용을 대납하였고, 이는 청구법인의 고유목적사업인 조합원에 대한 분양사업을 위한 지출 등에 해당하며, 이자비용 대납행위 자체가 수익성을 가진 것이거나 청구법인의 수익을 목적으로 한 것으로 보기는 어려워 쟁점이자비용은 청구법인의 고유목적사업에 속하는 비용으로 보이는 점,

조합원들의 이주가 이 건 정비사업 진행을 위한 필수적인 절차이고, 이를 진행하기 위하여 쟁점이자비용을 대납하였다는 사정만으로 일반분양분에 해당하는 비용이 수익사업에 속하는 비용에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점이자비용을 청구법인의 고유목적사업에 속하는 비용에 해당한다고 보아 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 유출 시점에 회수가 전제된 것으로 볼 사정이 있을 때에는 사외유출로 처분할 수 없고, 청구법인의 정관 제37조 이주대책 및 청구법인이 조합원들에게 배부한 이주계획 및 이주비 신청 책자 내용을 보면 조합원은 자신의 부담으로 이주하도록 하면서 청구법인이 쟁점이자비용을 금융기관에 미리 지급한 것으로 나타나며, 최종 관리처분계획인가를 보면 이후 이를 총사업비에 포함하여 산정하여 조합원들에게 분담시킨 것으로 추정되고, 현재 청구법인이 청산절차를 완료하지 아니하였다 하더라도 조합원들이 분담금을 납부하고 재건축 아파트에 입주한 것으로 보이는바,

청구법인이 금융기관에 이주비 대출을 받은 조합원들이 지급하여야 할 쟁점이자비용을 대신 지급하였다 하더라도 추후 조합원으로부터 쟁점이자비용을 다시 지급받을 것이 예정되어 있었고, 쟁점이자비용을 실제 부담하여야 할 조합원과 대출금에 대한 이자비용확인이 가능해 보이므로 청구법인이 쟁점이자비용을 지출한데 대하여 쟁점이자비용의 귀속이 불분명하다거나 확정적으로 사외유출되었다기 보다는 가지급금(유보)성격으로 볼 수 있으므로 당초 청구법인이 법인세 신고 시 쟁점이자비용에 대하여 사외유출된 것으로 보아 전체 조합원들에 대한 인정배당소득으로 소득처분하여 신고·납부한 배당소득 원천세는 경정되어야 할 것으로 보이는 점,

다만, 청구법인이 제출한 자료를 보면 청구법인은 이주비 대출을 받은 조합원 OOO명(OOO세대) 중 이주비 대출을 신청한 조합원 OOO명의 이주비 이자비용을 전체 조합원에게 분담시킨 것으로 보이고, 청구법인은 조합원별 대납한 이자비용 내역이나 실제 조합원들이 쟁점이자비용을 분담하였다는 근거자료인 각 조합원별 분담내역 또는 조합원들의 분담금 정산내역 등을 제출한 바 없으므로 처분청은 청구법인이 대납한 조합원 개인별 이주비 대출이자금액과 이에 대한 조합원들의 분담금 정산내역 등을 청구법인으로부터 자료를 제출받아 재조사하여 이미 환수(정산)된 경우, 조합원에 대한 배당소득처분을 기타 소득처분하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359 판결, 참조).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.