[청구번호]

조심 2026부1584 (2026.08.05)

[세 목]

양도

[결정유형]

기각

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[제 목]

청구인의 토지 양도(교환)에 대하여 양도가액과 취득가액 모두 기준시가에 의해 산정하여 과세한 처분의 당부

[결정요지]

토지2의 양도가액의 경우 토지교환계약서에 교환 대상 토지별로 구분되는 구체적인 양도대금이 기재되어 있지 않고 객관적인 시가감정이나 정산절차도 거치지 아니하였으므로 실지거래가액을 확인할 수 없으며, 그 밖에 양도가액으로 적용할 수 있는 매매사례가액, 감정가액을 알 수 있는 자료도 없으므로 기준시가를 따를 수 밖에 없음

[관련법령]

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2014년에 아래와 같이 전남광주통합특별시 광산구 OOO(이하 “토지1”이라 한다)와 같은 곳 178번지 등 6필지(이하 “토지2”라 한다) 총 7필지를 청구외 A와 각 2분의 1 지분을 공동명의로 취득하였다.

○○○

나. 청구인과 A는 2020.3.11. 공유하던 토지를 교환(청구인의 토지2 2분의 1 지분을 양도하고 그 대가로 A의 토지1 2분의 1 지분을 취득)하는 계약을 체결하여 다음날 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 청구인은 2020.5.26. 양도한 토지2 2분의 1 지분과 관련하여, 양도가액은 교환으로 받은 토지1 2분의 1 지분의 교환 당시 기준시가(OOO원)를, 취득가액은 토지2 2분의 1 지분의 실지 취득가액(OOO원)을 적용하여 양도차익을 OOO원으로 산정하고, 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 처분청은 청구인과 A 간 거래는 단순교환으로 실지양도가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 ① 양도가액을 청구인이 교환으로 양도한 토지2 2분의 1 지분에 대한 기준시가(OOO원)로 산정하였고, 「소득세법」 제100조 제1항에 따라 ② 취득가액도 청구인이 양도한 토지2 2분의 1 지분에 대한 취득 당시 기준시가(OOO원)를 적용하여 양도차익을 OOO원으로 재계산하여, 2026.1.5. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

토지2의 양도가액이 기준시가로 추계 산정되었다는 이유만으로, 객관적 증빙에 의해 명백히 확인되는 실지취득가액을 배제하고 기준시가를 적용하여 과세한 처분은 위법·부당하다.

먼저, 실지취득가액의 존재는 명백히 확인되고, 「소득세법」상 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액 적용이 원칙이다. 청구인은 토지2를 취득할 당시 총 OOO원을 실지 지급하였으며, 이는 당초 취득 시의 매매계약서, 법무사 영수증, 취득세 납부 확인서 등 객관적인 증빙자료에 의해 명백하게 입증된다.

또한, 판례에 따를 때 기준시가 적용은 부당하다. 처분청은 「소득세법」 제100조 제1항의 양도·취득가액 동일기준 적용 원칙을 내세우고 있으나, 판례(서울고등법원 2016.3.24. 선고 2015누40028 판결, 대법원 2016.7.22. 선고 2016두36949 판결)에 따르면 "교환 자산의 시가를 확인할 수 없어 양도가액을 기준시가로 산정하는 경우에도, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 이를 취득가액으로 보아 양도차익을 계산하여야 한다"고 일관되게 판시하고 있다. 따라서 증빙에 의해 확인되는 실지취득가액이 있음에도 이를 무시하고 기준시가로 추계하는 것은 조세법률주의와 실질과세 원칙에 정면으로 위배된다.

처분청의 방식대로 과세하는 경우 가공의 양도차익이 발생하는 모순이 생긴다. 처분청의 방식대로 양도와 취득 모두에 기준시가를 일괄 적용할 경우, 취득가액이 실지취득가액(OOO원)보다 현저히 낮은 기준시가(OOO원)로 산정된다. 이로 인해 실제로는 발생하지도 않은 약 OOO원 상당의 가공의 양도차익이 산출되며, 이는 '소득이 있는 곳에 과세한다'는 세법의 대원칙 및 실질과세원칙에 명백히 어긋난다.

나. 처분청 의견

시가감정 및 정산절차가 없는 단순교환은 실지양도가액을 확인할 수 없으므로 기준시가를 적용해야 하며, 「소득세법」상 양도가액을 기준시가로 하는 경우 취득가액도 기준시가를 적용하여야 한다.

먼저, 실지양도가액은 확인이 불가능하다. 청구인이 제출한 교환계약서에는 매매가액이나 평가가액이 일절 기재되어 있지 않고, 객관적인 감정절차 없이 당사자 간의 임의로 상호 지분을 교환한 것이므로

실지거래가액을 확인할 수 없는 단순교환에 해당한다.

「소득세법」상 동일기준 적용 원칙은 강행규정이다. 부동산을 교환하는 경우에 실지거래가액이 없고 매매사례가액 및 감정가액도 존재하지 않으면 양도가액을 기준시가로 결정할 수밖에 없다. 이 경우 「소득세법」 제100조 제1항에 따라 양도가액을 기준시가로 경정하는 경우 '동일기준 원칙'에 따라 취득가액도 예외 없이 기준시가를 적용하여야 한다.

청구인 제시 판례 및 예규는 이 건에 적용할 수 없다. 청구인은 국세청 예규 등을 근거로 양도가액은 기준시가로, 취득가액은 실지거래가액으로 신고한 것이 정당하다고 주장하나, 해당 예규는 실지거래가액을 확인할 수 없을 때 추계결정한다는 원칙을 설명한 것일 뿐, 양도가액을 기준시가로 신고하면서 취득가액만 실지거래가액으로 산정할 수 있다는 의미가 아니다. 법문언상 명확한 동일기준 적용 원칙을 훼손할 수 없으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인의 토지 양도(교환)에 대하여 양도가액과 취득가액을 모두 기준시가에 의해 산정하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. (단서 생략)

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 A의 전체토지 취득과 관련하여 제출된 부동산매매계약서, 법무사 영수증, 취득세 납부확인서 및 등기사항전부증명서 등에 따르면 청구인과 A가 2014년에 토지1과 토지2를 2분의 1 지분씩 각각 공동 취득한 사실이 확인되고, 취득 당시 지불한 거래가액 및 관련 부대비용의 지출 내역이 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 교환계약서에 따르면, 청구인은 소유 중인 토지2(6필지) 2분의 1 지분을 A에게 이전하고, A는 토지1 2분의 1 지분을 청구인에게 이전한다고 약정되어 있으나, 해당 계약서 상에는 목적물의 시가, 평가액, 교환차액 또는 금전 정산에 대한 기재는 없다.

(3) 처분청의 과세전적부심사 결정문(2025.12.26.)에 따르면, 처분청은 토지2의 교환거래가 시가감정이나 정산절차가 없는 '단순교환'이므로 실지양도가액을 확인할 수 없다고 판단하여 토지2의 양도가액을 양도자산인 토지2의 기준시가(OOO원)로 추계결정하였고, 이 경우 취득가액도 토지2의 취득당시 기준시가(OOO원)를 적용하여 전체 양도차익을 OOO원으로 재계산한 사실이 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

「소득세법」 제100조 제1항은 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다고 규정하고 있고, 같은 법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제3항에서는 양도가액 또는 취득가액을 확인할 수 없어 이를 추계결정 또는 경정하는 경우에는 그 가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액, 기준시가 순으로 산정하도록 하고 있는데,

토지2의 양도가액의 경우 청구인과 A 간의 토지교환계약서에 교환 대상 토지별로 구분되는 구체적인 양도대금이 기재되어 있지 않고 객관적인 시가감정이나 정산절차도 거치지 아니하였으므로 실지거래가액을 확인할 수 없으며, 그 밖에 양도가액으로 적용할 수 있는 매매사례가액, 감정가액을 알 수 있는 자료도 없으므로 기준시가를 따를 수밖에 없어 보인다.

따라서, 양도가액을 기준시가에 따르고 「소득세법」 제100조 제1항에 따라 취득가액도 기준시가를 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.