[청구번호]

조심 2026중1169 (2026.07.22)

[세 목]

법인

[결정유형]

각하

---------------------------------------------------------------------------------

[제 목]

적법한 심판청구인지 여부

[결정요지]

이 건 심리일 현재 불복대상이 되는 경정청구 거부처분이 부존재하므로, 부적법한 심판청구에 해당함

[관련법령]

국세기본법 제55조

[참조결정]

[따른결정]

---------------------------------------------------------------------------------

[주 문]

심판청구를 각하한다.

[이 유]

1.처분개요

가.청구법인은 2008.7.2. 설립되어 경기도 안양시 OOO에서 OOO업 등을 영위하는 법인으로, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 2019년도분 장애인고용부담금 합계 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 납부하였다.

나.청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점부담금을 손금에 산입하지 아니하였다가, 2025.3.27. 쟁점부담금을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세 과세표준에서 쟁점부담금 상당액을 감액하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점부담금이 「법인세법」(2024.12.31. 법률 제20613호로 일부개정되기 전의 것) 제21조 제5호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 손금불산입되는 공과금에 해당하는 것으로 보아 2025.5.29. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2025.8.25. 이의신청을 거쳐, 2026.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

장애인고용부담금은 일반적인 과태료나 벌금과 성격이 다르고, 의무불이행에 대한 ‘제재’로서의 성격보다는 장애인 고용 촉진이라는 정책적 목적을 달성하기 위한 수단으로서의 성격을 가지는바, 쟁점부담금은 손금 대상이 되는 공과금에 해당하므로 이를 2019사업연도 법인세 과세표준에서 감액하여야 하고, 최근 대법원 또한 이와 같은 취지의 판결을 선고(대법원 2026.3.12. 선고 2024두30809 판결)하였다.

나. 처분청 의견

장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하면서 의무고용률(3.1%) 미달 시 부담금을 부과하도록 규정하고 있고, 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 부담기초액은 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 중한 정도에 따라 가산되며, 장애인고용부담금 납부의무자가 납부의무를 이행하지 아니할 경우 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있는바, 장애인고용부담금은 「법인세법」상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로서 손금불산입 대상에 해당 보는 것이 타당하고, 한편 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 손금으로 인정되는 부담금을 납부하는 선택을 하게 되는 역효과 문제가 예상되기도 한다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한지 여부

② 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부

나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1)청구법인은 쟁점부담금이 쟁점규정에 따른 손금불산입 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.3.27. 아래 ＜표＞ 기재와 같이 2019사업연도 법인세 과세표준에서 쟁점부담금 상당액을 감액하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점부담금이 쟁점규정에 따라 손금불산입되는 공과금에 해당하는 것으로 보아 2025.5.29. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

＜표＞ 청구법인의 경정청구 내역

OOO

(2) 이후 장애인고용법상 장애인고용부담금이 법인세법령상 손금에 해당한다는 대법원 판결이 선고(대법원 2026.3.12. 선고 2024두30809 판결 등)되었다.

(3) 처분청은 2026.5.21. 쟁점부담금 상당액을 손금에 산입하여 해당 금액만큼 청구법인의 2019사업연도 법인세 과세표준을 직권으로 감액경정하였고, 그 내용을 2026.6.6. 청구법인에게 통지하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항은 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 제65조 제1항 제1호 마목, 제80조의2 및 같은 법 시행령 제52조의2 제1호는 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바,

처분청은 청구법인이 쟁점부담금 상당의 2019사업연도 법인세 과세표준 감액을 구하며 제기한 경정청구를 당초 거부하였다가, 이 건 심판청구가 제기된 이후 위 경정청구를 받아들여 2019사업연도 법인세 과세표준을 감액경정하였으므로, 이 건 심판청구는 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②는 쟁점①이 각하되어 심리 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4.결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1)국세기본법

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(2) 국세기본법 시행령

제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우

3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우

(3)법인세법

(가) 1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것

제16조(손금불산입) 다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 벌금, 과료(通告處分에 의한 罰金 또는 科料에 상당하는 金額을 포함한다), 과태료(過料와 過怠金을 포함한다), 가산금과 체납처분비

5. 대통령령이 정하는 공과금

(나) 2024.12.31. 법률 제20613호로 일부개정되기 전의 것

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(4) 법인세법 시행령

(가) 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 일부개정되기 전의 것

제25조 (공과금의 범위) ① 법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다.

32. 장애인고용촉진등에관한법률에 의하여 납부하는 장애인고용부담금

(나) 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전부개정되기 전의 것

제25조(공과금의 범위) 법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것

2. 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것

(5)장애인고용촉진 및 직업재활법

제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.

제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

제30조(장애인 고용장려금의 지급) ① 고용노동부장관은 장애인의 고용촉진과 직업 안정을 위하여 장애인을 고용한 사업주(제28조 제1항을 적용받지 아니하는 사업주를 포함한다)에게 고용장려금을 지급할 수 있다.

② 고용장려금은 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수에서 의무고용률(제28조 제1항을 적용받지 아니하는 사업주에게 고용장려금을 지급할 때에도 같은 비율을 적용한다)에 따라 고용하여야 할 장애인 총수(그 수에서 소수점 이하는 올린다)를 뺀 수에 제3항에 따른 지급단가를 곱한 금액으로 한다. 다만, 제33조에 따라 낼 부담금이 있는 경우에는 그 금액을 뺀 금액으로 한다.

③ 고용장려금의 지급단가 및 지급기간은 고용노동부장관이 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 범위에서 제33조제3항에 따른 부담기초액, 장애인 고용부담금 납부 의무의 적용 여부, 그 장애인 근로자에게 지급하는 임금, 고용기간 및 장애정도 등을 고려하여 다르게 정할 수 있다. 이 경우 중증장애인과 여성장애인에 대하여는 우대하여 정하여야 한다.

④ 「고용보험법」과 「산업재해보상보험법」에 따른 지원금 및 장려금 지급 대상인 장애인 근로자 및 그 밖에 장애인 고용촉진과 직업안정을 위하여 국가나 지방자치단체로부터 지원을 받는 등 대통령령으로 정하는 장애인 근로자에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 고용장려금의 지급을 제한할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 고용장려금의 지급 및 청구에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 그 지급 시기ㆍ절차 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설ㆍ장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의5 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건ㆍ기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.

제37조(독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.

② 고용노동부장관은 제1항에 따라 독촉을 하는 경우에는 독촉장을 발부하여야 한다. 이 경우에는 10일 이상의 납부 기간을 주어야 한다.

③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.

④ 고용노동부장관은 제3항에 따른 체납처분의 예에 따라 압류한 재산의 공매(公賣)에 전문 지식이 필요하거나 그 밖에 특수한 사정이 있어 직접 공매하기에 적당하지 아니하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 대로 「한국자산관리공사 설립 등에 관한 법률」에 따라 설립된 한국자산관리공사(이하 “공사”라 한다)에 이를 대행하게 할 수 있고, 이 경우 공매는 고용노동부장관이 한 것으로 본다.

⑤ 고용노동부장관은 제4항에 따라 공사가 공매를 대행하면 고용노동부령으로 정하는 바에 따라 수수료를 지급할 수 있다.

⑥ 제4항에 따라 공사가 공매를 대행하는 경우에 공사의 임원ㆍ직원은 「형법」 제129조부터 제132조까지의 규정을 적용하는 경우 공무원으로 본다.

제86조(과태료) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 1천만원 이하의 과태료를 부과한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 200만원 이하의 과태료를 부과한다.

1. 제33조 제5항에 따른 신고를 하지 아니하였거나 거짓된 신고를 한 때