[청구번호]

조심 2025서2155 (2026.07.22)

[세 목]

부가

[결정유형]

재조사

---------------------------------------------------------------------------------

[제 목]

청구법인이 영세율 세금계산서를 적법하게 수취한 것인지 여부

[결정요지]

영세율세금계산서가 전부 가공거래라고 단정할 수 없으나, 실제 수출된 물품 내역에 대한 재조사가 필요하고, 주의의무 위반이 명백하므로 선의의 거래당사자로 보기 어려움

[관련법령]

[참조결정]

조심2025서3874

[따른결정]

---------------------------------------------------------------------------------

[주 문]

강동세무서장이 2025.1.23. 및 2025.3.7. 청구법인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원과 2020년 제1기～2022년 제1기 부가가치세 OOO원은 청구법인이 수취한 영세율세금계산서 중 실제 수출된 물품과 금액 및 그 수취자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 농축산물 수출 지원을 위해 설립된 무역회사로, 2016.9.7. A과 A이 구매한 조미김 등을 청구법인이 수출하는 것으로 계약을 체결하였고, 2018.8.27. 주식회사 A과 2021.3.16. 주식회사 B과 같은 내용의 계약을 이어서 체결(이하 “쟁점계약”이라 한다)하였으며, 청구법인은 A, 주식회사 A, B(이하 세 개 업체를 합하여 “쟁점거래처들”이라 한다)을 하나의 거래처로 인식하여, 쟁점계약에 따라 쟁점거래처들에게 조미김 등에 대한 공급가액을 지급하고 영세율세금계산서를 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.

나. 2022년 1월경 청구법인은 내부 직원이 쟁점거래처들에 대한 결제서류를 확인하는 과정에서 수출계약서상의 품명⋅중량과 쟁점거래처들에서 제시한 포장명세서상의 품명⋅중량이 상이한 것을 발견하여 쟁점거래처들에게 사실관계 확인을 요청하였으나, 쟁점거래처들은 소명을 회피하였고, 청구법인이 중국현지법인을 통해 중국 바이어들과의 거래 사실을 확인한바, 거래기록이 없음을 확인하여 쟁점거래처들과 거래를 중단하였다.

다. 이후 쟁점거래처들이 발행한 채권이 연체됨에 따라, 청구법인은 자체조사를 실시한바, 쟁점계약을 주선한 C(당시 가명 D)의 계획 하에 수출 관련 서류가 위·변조되었고, 쟁점거래의 중국 통관대행사인 ‘E’(이하 “통관대행사”라 한다)는 중국 바이어들과 거래한 사실이 없으며, 2022.3.4. 기준 OOO원 상당의 채권미회수 손실이 발생하였다는 사실을 확인하였다.

라. 이에 따라 청구법인은 청구법인의 모회사인 F 경제지주 감사부(이하 “감사부”라 한다)로 특별감사를 요청하였고, 감사 결과, ‘부당 수출거래 취급에 따른 손실 예상 등’을 확인하여 쟁점거래를 사고로 확정하면서, 사고 관련 임직원들에게 징계 및 변상금 처분하였으며, 청구법인은 쟁점거래처들의 관련자 및 청구법인 임원에게 민·형사소송을 진행하였다.

마. 처분청은 2024.10.2.부터 2024.12.31.까지 청구법인의 2020⋅2021사업연도 법인세 통합조사를 실시한바, 청구법인이 쟁점거래의 일부 수출거래 건에 대해 G 김가공 공장(이하 “G”이라 한다)을 끼워넣어 거래하기로 G 및 쟁점거래처들과 협의한 사실을 확인하였고, G이 쟁점거래처들로부터 매입한 수출용 김을 청구법인이 G으로부터 재매입하고 세금계산서를 수취한 거래를 「조세범처벌법」 제10조 제3항을 위반한 것으로 보아 2024.10.31. 범칙조사로 전환하였다.

바. 또한 쟁점계약은 청구법인이 쟁점거래처들로부터 생김을 매입하여 중국에 수출하는 매취거래로 체결되었음에도 불구하고, 실제로는 쟁점거래처들이 직접 중국 바이어들에게 조미김 등을 공급하기로 하는 매취대행거래를 하였고, 청구법인은 쟁점거래처들이 작성한 수출 관련 서류를 토대로 형식적인 요건 충족 여부만 심사한 것을 확인하였으며, 쟁점거래로 인해 청구법인이 인식해야 할 수익금(수수료) 또한 쟁점거래처들이 청구법인에게 직접 지급한 사실을 확인하였다.

사. 이에 따라 처분청은 쟁점계약 관련 증빙 서류들이 쟁점거래를 가장하기 위해 작성된 위·변조 서류이고, 중국 바이어들도 허위 거래처에 해당한다고 판단하여, 청구법인이 쟁점거래처들로부터 수취한 영세율세금계산서를 실물거래 없는 가공매입세금계산서로 보아 2025.1.23. 2019년 제2기 부가가치세(가산세) OOO원을 경정·고지하였고, 2025.3.7. 2020년 제1기～2022년 제1기 부가가치세(가산세) 합계 OOO원(2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원)을 각 경정·고지하였다.

아. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 일부 서류의 흠결을 근거로 쟁점거래가 가공거래라는 의견이나, 쟁점거래는 복합(해상 및 육상 운송 등) 운송 환경을 전제로 한 대한민국과 중국 사이의 국경을 넘는 무역거래로, 해당 물품이 실제 수출되었는지를 증명하기 위해서는 ① 관세통관 기록, ② 물류운송 기록, ③ 비용 및 대금 흐름, ④ 상거래 기록 등 독립된 시스템의 객관적 자료들을 교차 검증하여 판단해야 하는바, 아래와 같이 상술한 결합증명의 모든 축에서 이 건 거래 관련 실물 공급 사실이 명백히 입증된다.

(가) 청구법인의 모든 수출 건은 관세청 시스템상 정상적으로 수출신고가 수리되었고, 기한 내 적재까지 완료되었으며, 청구법인을 포함한 쟁점거래 당사자들은 미선적 과태료나 범칙 처분을 받은 사실이 없는바, 이는 국가기관이 쟁점거래의 물리적 선적 사실을 공적으로 인정한 것으로, 실물 없는 허위의 가공거래였다면 불가능한 일이다.

또한 청구법인의 수출 건이 선박을 통해 중국 항구에 도착한 후, 수입자의 통관대행업체가 해당 제품을 수입자 명의로 통관하였고, 통관 완료 후 통관사는 상업송장번호, H(B/L) 번호, 제품명, 수량, 제조자, 컨테이너 번호 등을 모두 기재하여, “정상적으로 통관되었고, 외관 및 수량에 이상 없음”이 기재되어 있는 ‘통관확인증’을 발급하였으며, 쟁점거래처들은 해당 문서를 청구법인에게 전달한바, 이 역시 중국 세관이 쟁점거래의 물리적 선적 사실을 공적으로 인정한 것으로, 실물 없는 허위의 가공거래였다면 불가능한 일이다.

(나) 청구법인은 컨테이너 번호 및 Seal 번호가 찍힌 사진, H(B/L), 선사·포워더로부터 발급받은 운임(Freight Invoice) 및 터미널 취급료(THC) 등 실제 물류비용 영수증 및 지급 전표를 모두 확보하고 있고, 처분청이 H(B/L)의 기재사항이 일부 다르다는 점을 문제 삼고 있으나 물류 실무에서는 하나의 화물에 대해 두 종류의 H(MBL, HBL)이 함께 사용되는 경우가 많으며, 서류를 확정하기 전 초안을 검토하고 수정하는 과정에서 내용이 바뀌는 것은 아주 자연스럽고 흔한 일로 아래 ＜참고＞에서 실무적인 내용을 설명하고자 한다.

＜참고＞ 무역실무 설명 내용

상기와 같은 이유로 선사가 발행하는 MBL과 포워더가 발행하는 HBL이 병존하고, Draft B/L이 수정되어 Final B/L이 되는 과정에서 기재사항이 달라지는 것은 흔히 발생하는 것이며, 오히려 조직적 사기 사건에서는 사기범이 H(B/L)을 위·변조하는 과정에서 이러한 불일치가 발생하기도 하므로, 이는 사기의 정황일 뿐 실물 부존재의 증거가 될 수 없다.

(다) 처분청은 수입자 측의 클레임이 없었다는 점이 오히려 거래 부존재의 방증이라 의견이나, 이는 무역 사기의 특성을 이해하지 못한 주장일 뿐이고, 이 건 거래는 정상적인 상거래의 흐름을 보여주는 객관적 정황이 존재한다.

최종 소비자의 클레임이 수출자에게 전달되지 않도록 차단하는 것은 사기 범행의 전형적인 수법으로, 사기범이 유통 경로를 장악하고 정보를 통제하여 정보를 왜곡⋅차단하기 위한 사기 거래의 정황으로 보아야 하는 것이지 실물거래가 없었다는 것을 의미하는 것이 아니다. 한편, 무역 거래에서 실물의 수출 및 공급의 존재 여부는 아래와 같은 각 거래 단위별로 검증할 수 있는데, 이 건 거래의 경우 아래 ＜표1＞과 같이 거래 단위별로 그 존재가 증명된다.

＜표1＞ 거래 단위 별 실물거래 증빙자료

(2) 선량한 관리자의 주의의무는 ‘사후적 완벽성’이 아니라 ‘거래 당시 통상적으로 기대가능한 확인 범위’를 기준으로 판단되어야 하는바, 청구법인은 이 건 거래의 전 과정에 걸쳐 통상적 수준을 상회하는 주의의무를 이행하였고, 납세의무자로서의 선량한 관리자의 주의의무를 다하였다.

(가) 청구법인은 쟁점거래 전, OOO공사를 통해 쟁점거래처들에 대한 신용조사를 하였고, 승인 한도 내에서만 거래를 진행하는 등 철저한 사전 검증을 하였으며, 거래 진행 중에도 필수 무역서류를 건별로 관리하고, 중국 바이어들로부터 납품확인서 수취를 이행하였으며, 쟁점거래 관련 이상징후를 인지하자마자 거래 상대방에 대한 소명 요구 및 현지 확인을 시도하였고, 최종적으로 거래를 중단하고 즉시 수사기관에 고소하는 등 적극적으로 대응하였다.

(나) 쟁점거래처들은 법원이 징역 12년의 중형을 선고할 만큼 고도화된 조직적 사기 범죄자들이고, 청구법인은 사기범죄의 피해자로, 청구법인이 쟁점계약 및 이 건 거래에 대해 통상적인 주의의무를 다하였음에도 사기를 발견하지 못했다는 사실만으로 주의의무를 위반하였다는 것은 사실상 무과실 책임을 묻는 것으로서 부당하다.

(다) 처분청이 가공거래의 근거로 제시하는 감사보고서, 형사판결문, 무역보험공사 면책 통보 등은 그 본질과 판단 기준이 세법과 다르므로, 이 건 거래가 실물의 이전이 없는 거래에 해당한다는 직접적인 증거가 될 수 없고, 재무제표 재작성은 회계적 조치일 뿐, 거래의 실재와는 관련이 없다.

(라) 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 재무제표를 재작성한 이유는 조직적 사기의 피해자로서 이 건 거래와 관련된 채권이 회수 불능에 해당한다는 보수적인 판단에 따라 손실을 인식한 ‘회계적’ 조치일 뿐, 과거 거래의 실재성을 부인하는 ‘세법상’ 자백이 결코 아니고, 관련 형사판결문 및 감사보고서 역시 형사책임 및 내부통제에 관한 것일 뿐이므로, 거래의 실재와는 관련이 없으며, 쟁점거래와 관련된 형사판결은 사기 범행의 ‘형사책임’을 판단한 것이고, 청구법인의 감사보고서는 ‘내부통제’의 책임을 물은 것으로, 결국 두 자료 모두 개별 거래의 ‘세법상 공급의 실재 여부’를 확정한 것이 아니며, 오히려 청구법인이 사기 범죄의 ‘피해자’임을 전제하고 있는 것이다.

(마) OOO공사의 면책 통보 또한 ‘보험계약상 위험 배분’에 따른 보험사의 내부 판단일 뿐, 쟁점거래와 관련된 ‘세법상 공급의 실재 여부’를 확정하는 공적 결정이 아니다.

(3) 처분청은 쟁점거래의 대금 흐름이 ‘돌려막기’라는 의견이나, 이 건 대금 흐름은 무역사기에서 신뢰 유지를 위해 흔히 사용되는 수법으로, 이는 「외국환거래법」상 신고·관리의 문제일 수는 있겠으나, 「부가가치세법」상 실물 공급의 존재 자체를 부정하는 근거가 될 수는 없다.

(4) G을 이 건 거래에 끼워넣은 것은 적자 상태이던 G 김가공공장의 매출 증대를 도모하기 위한 것으로, 대법원 2026.3.12. 선고 2025두35961 판결에서도 거래 구조의 비정형성만으로 허위 거래로 단정할 수 없다고 판시한바 있고, 이와 관련한 조세포탈 혐의에 대해서도 수사기관이 불송치 결정한 바 있다.

(5) 이 건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 청구법인은 거래 상대방의 조직적이고 치밀한 기망행위에 속은 선의의 피해자일 뿐, 이를 알지 못한 데에 어떠한 과실도 없는바, 청구법인에게 가공세금계산서 수취에 따른 가산세를 부과한 것은 위법·부당하므로, 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

(가) 대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결은 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못하였고, 이를 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정을 입증하는 경우에는 매입세액공제가 허용된다고 일관되게 판시하고 있는바, 이러한 법리는 제재적 성격의 이 건 가산세 처분에도 마찬가지로 적용되어야 한다.

(나) 최근 조세심판원(조심 2025서3874, 2026.2.9.)에서도 사업자 명의를 혼동한 사안에 대해 납세자의 손을 들어주었는데, 이 건의 경우 쟁점거래처들이 수년에 걸쳐 치밀하고 조직적인 사기 행각(수출입 서류 위·변조, 유령 회사 동원, 자금 순환)을 벌인 중대 범죄 사건으로 법원이 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(사기) 혐의를 적용하여 주범에게 징역 12년의 중형을 선고한 사실은 이 범죄가 선량한 관리자의 주의의무만으로는 사실상 발견할 수 없는 수준이었음을 객관적으로 증명하는 것인바, 청구법인은 충분한 주의의무를 이행한 것으로 보아야 한다.

(다) 청구법인은 사기 정황을 인지한 후 이를 은폐하거나 방치하지 않고, 오히려 적극적으로 수사기관에 쟁점거래처들을 고소하여 범죄 사실을 밝혀내는 데 결정적인 역할을 하였는데, 사기 범죄의 피해자에게 그 사기 행위로 인해 오염된 서류를 근거로 다시 가산세라는 제재를 가하는 것은 가산세 제도의 취지 및 조세정의와 형평의 원칙에도 정면으로 반하는 것이다.

(라) 상기와 같이, 청구법인은 ① 국가기관을 통한 신용조사, ② 체계적인 서류 관리, ③ 이상 징후 발생 시 즉각적인 거래 중단 및 법적 조치 등 통상적인 수준을 훨씬 뛰어넘는 주의의무를 다하였으나, 이러한 노력에도 불구하고 사기 피해를 막지 못한 것은 그만큼 상대방의 기망행위가 전문가의 관점에서도 간파하기 어려울 정도로 치밀했기 때문인 것이고, 이러한 사정을 종합하면, 청구법인은 사기 거래의 공모자나 방조자가 아닌 명백한 피해자이며, 이러한 피해자에게 결과만을 가지고 책임을 전가하여 거액의 가산세를 부과하는 것은 심히 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점계약은 감사부 감사 결과 명의가 도용된 중국 바이어들과 실물거래 없이 허위로 거래한 것임이 확인되었고, 이에 따라 관련 임직원 21명에 대해 징계 및 변상조치(견책 2명, 감봉 7명, 퇴직자 12명, 변상액 OOO원)받은 바 있다.

(가) 쟁점거래처들은 수출 관련 일체의 서류를 위·변조하여 청구법인에 송부하였고, 청구법인은 쟁점거래처들이 알려준 명의가 도용된 가상의 중국 바이어들의 이메일을 통해 구매주문서 및 수출계약서 등을 주고받았으며, 쟁점거래처들이 보내온 이메일 자료와 서류 등의 수출물품 및 순중량에 총 705건 중 699건의 불일치가 있음에도 불구하고, 쟁점거래를 하면서 물품을 실제 검수하거나 수출계약서에 따른 정확한 물량이 선적되는지를 확인하지 않았다.

(나) 수출대금은 계약서의 결제조건에 따라 중국 현지은행에서 달러 등의 외국통화 및 지정된 외국환계좌로 수취하여야 함에도 청구법인은 중국 바이어들로부터 수취해야 할 수출대금의 97.9%를 쟁점거래처들로부터 외국환계좌가 아닌 ‘국내송금’ 방식으로 수취하였는데, 그 자금의 흐름을 보면, 청구법인이 쟁점거래처들에게 지급한 수출물품 구매대금 전액이 쟁점거래처들 계좌로 입금되었고, 일정 시간 간격을 두고, 쟁점거래처들은 청구법인에게 수출대행수수료를 입금하였으며, 이 역시 쟁점거래처들의 주거래 은행인 OOO금융센터 등에서 입금된바, 쟁점거래처들은 청구법인이 지급한 수출물품 대금을 다시 청구법인에게 수출대행수수료로 입금한 이른바 ‘돌려막기’를 한 것으로 판단된다.

(다) 또한, 청구법인이 통관대행사를 방문 및 유선으로 확인한바, 중국 바이어들은 청구법인과 거래사실이 없다는 것을 확인한 사실이감사부 사고조서에서 구체적으로 확인되는바, 쟁점거래처들은 청구법인과 실물거래 없이 수출물품대금만 금융 편취한 것으로 판단된다.

(라) 청구법인이 쟁점거래 사실관계 확인을 위해 OOO회계법인에게 서류의 진위 여부 등에 대한 조사 용역을 요청한 바, OOO회계법인은 계약서 검토 및 관련자 인터뷰 등을 통해 청구법인의 수출계약서에는 원초김을 수출하는 것으로 되어 있으나, 쟁점거래처들이 작성한 포장명세서 등에는 조미김을 수출하는 것으로 작성되어 있고, 순중량에 큰 차이가 나며, 통관대행사는 중국 바이어들과 거래사실이 없고, 쟁점거래처들이 청구법인에게 제시한 업무위탁약정서, 통관확인서 및 통관대행사의 직인 모두 허위로 확인하였으며, 청구법인이 쟁점거래로 인하여 수출한 항목은 모두 청구법인과 계약을 체결한 수입자에게 이동하지 않은 것으로 보인다는 최종 의견을 제시하였다.

(마) 청구법인은 쟁점거래로 인한 피해를 보상받기 위하여 OOO공사에 보험금을 청구하였는데 OOO공사의 사고조사 결과 ① 증권상 중국 바이어들(14개사) 모두 계약 체결사실을 부인하고 ② 서류 간 내용(선적항, 중량)이 서로 불일치하고 ③ 계약상 결제통화는 외화(USD/CNY)임에도 불구하고 수출대금이 국내은행(OOO금융센터)에서 원화로 송금되는 등의 사유로 청구법인과 수입자 간에는 유효한 수출 계약이 존재하지 않는 것으로 판단되어 OOO공사는 보험금 지급거절을 통보하였다.

(바) 쟁점거래처들의 실질 운영자인 C에 대한 형사판결문(서울동부지방법원 2024.5.24. 선고 OOO, 이하 “형사판결문”이라 한다)의【범죄사실】에서도 청구법인이 허위의 구매주문서, 송장 등 수출 서류에 의하여 ① 중국 바이어들이 아닌 불상의 중국회사에 수출하였고, ② 구매주문서에 기재된 중량과 송장 및 포장명세서에 기재된 중량이 일치하지 않음을 들어 쟁점거래가 허위거래임을 구체적으로 설명하고 있다.

(사) 청구법인은 2023년 금융감독원에 2020․2021사업연도에 대한 감사보고서를 정정하여 공시하였는데, 정정된 감사보고서 주석사항에는 수출물품 공급계약과 관련한 매출, 매출원가, 매출채권 과대계상에 따라 재무제표를 재작성한다고 기재되어 있고, 청구법인의 내부문건에 따르면 ‘쟁점거래처들에 대한 거래가 모두 허위로 판명됨에 따라 허위거래에 대한 취소로 인하여 재무제표를 재작성한다’고 재작성 사유를 기재한바, 이와 같은 재무제표 재작성 및 감사보고서 정정신고는 청구법인 스스로 쟁점거래가 실제 존재하지 않는 거래임을 인정한 것이다.

또한, 청구법인은 이 건 세무조사 결과 관련 매출액 및 매출원가를 감액하고 법인세 환급을 받은 사실이 있는바, 청구법인의 주장대로 쟁점거래가 매취수출이라면 법인세 환급도 부적정하다고 주장했어야 했다.

(2) 청구법인은 모든 무역서류를 정식으로 작성·보관하고 있으며, 실제 물리적 제품이 생산·포장·적재·운송·통관된 실물수출 거래라고 주장하지만, ① 감사부 사고조서, ② OOO회계법인의 조사보고서, ③ OOO공사 면책통보서, ④ C에 대한 형사판결문, ⑤ 재무제표 재작성 및 감사보고서 정정신고 모두 쟁점거래에 대해 동일하게 위·변조 서류를 통한 허위 거래임을 명시하고 있다.

(가) 청구법인은 컨테이너 내부에 제품이 적재된 모습과 Seal 번호가 찍힌 컨테이너 도어 사진을 증거로 제시하였으나, 이러한 사진이 언제, 어디에서, 누가 찍은 것인지 및 트럭에 적재된 상자 안에 무엇이 있는지 알 수 없고, 이러한 거래 일부에 대한 사진이 거래의 존재를 증명하는 것도 아니며, 청구법인이 제출한 BILL of Landing 서류 또한 아래 B. Notify party*가 기재되어 있지 않다.

* “통지처”를 의미하며 제품의 도착사실을 알릴 연락처

(나) 수입자가 작성하지 않은 구매주문서, 수입자가 주문한 적 없는 H의 발급, 주문 승낙하는 수출계약서와 수출통관에 필요한 송장, 포장명세서상의 품명 및 순중량의 차이, 통관업체가 작성한 사실이 없는 통관확인서, 수입자가 작성한 사실이 없는 납품확인서 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 보관하고 있는 서류는 쟁점거래처들이 위·변조한 서류다.

(다) 「부가가치세법」 제9조는 재화의 공급을 ‘계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.’라고 규정하고 있는바, 설령 청구법인의 주장과 같이 김이 수출되었다 하더라도 청구법인은 위·변조 서류로 인해 ① 어떤 수출물품 공급계약에 따라 ② 어떤 종류(품명)의 김이 수출되었는지, ③ 수출 물품 총중량(수량)이 정확히 어떻게 되는지, ④ 물품 공급가액이 정확히 어떻게 되는지, ⑤ 거래상대방 누구에게 수출되었는지 등을 제시하지 못하는 상황은 「부가가치세법」에서 말하는 계약상 및 법률상 모든 원인에 따라 정상적으로 재화를 인도하거나 양도한 것이 아니므로, 이 건 거래는 재화의 공급에 해당하지 않는 가공거래이다.

(라) 아울러 재화의 공급은 대가 관계가 수반되어야 함에도 수출대금으로 지급받은 금액 또한 청구법인의 자금으로 단순히 ‘돌려막기’ 한 것에 불가하여 재화의 공급 요건을 충족하지 못하고 있다.

(3) 청구법인은 쟁점거래가 ‘수출 서류 간 흐름 및 항목 정합성’을 전제하여 이행되었다고 주장하나, 상기와 같은 다수의 공문에서 쟁점 계약 관련 수출 서류가 위·변조된 허위 서류라고 결론 낸 점에 비추어 볼 때, 관련 입증서류 일체를 확보하여 거래의 실재성을 명확히 증명할 수 있다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

(가) 청구법인은 통관확인증과 Confirmation Letter로 수입국 현지에서의 통관 및 납품 완료 사실을 입증할 수 있다고 주장하나, 감사부, 법원 및 OOO공사에서 존재하지 않는 거래로 본 이 건 거래에 대한 증빙인 통관확인증과 Confirmation Letter를 기반으로 통관 및 납품 완료 사실을 입증할 수 있다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(나) 또한, 「관세법」에 따라 어떠한 과태료 처분도 확인되지 않아 적정성을 입증한다고 주장하나, 이는 청구법인의 주장일 뿐 주무관청인 관세청의 공식 입장은 아니다.

(4) 청구법인은 청구법인이 충분히 요구되는 수준 이상의 관리조치를 다하였다고 주장하나, 감사부 사고조서 ‘사고 내용 요약’을 살펴보면 청구법인은 거래상대방 미확인, 각종 규정 위반, 구매한도 초과 운용, 수출구매물품 인수도 및 검사 미이행 등 충분한 주의의무를 다하지 못한 것이 확인되고, 그에 따라 임직원 총 21명에 대해 징계 및 변상을 요구한 것으로 확인되고, 청구법인이 쟁점거래에 따른 수수료를 국내송금을 통해 한화로 수취하면서, C 개인의 요청으로 외상기일을 부당하게 연장하여 채권 잔액을 늘려준 사실이 확인되는바, 이러한 사실들은 청구법인이 쟁점거래에 대해 주의의무를 게을리 하였다는 것을 방증한다.

(가) 청구법인은 수출물품을 정상적으로 선적하였다고 주장하나, 이는 확인된 바 없고, 감사부 감사보고서에는 청구법인이 거래 실물의 존재 확인에 대해 “수출구매물품 인수도 및 검사 미이행”으로 명시하였으며, 이 건 거래 실무 담당자(2018년 담당자 J, 2019년～2022년 담당자 K)는 국세청 심문조서에서 선적과정을 직접 확인하거나 사진을 전송받는 등의 절차는 없었다고 진술한바, 청구법인이 쟁점거래에 대해 선량한 관리자의 주의의무를 다 하였다는 것은 이치에 맞지 않는 주장이다.

(나) 청구법인은 쟁점거래처들로부터 별도의 계약 변경 없이 쟁점거래의 97.9%에 해당하는 수출대금을 ‘국내송금’ 방식으로 원화로 수취하였고, 중국 수입자의 요청이 아닌 ‘C’의 개인 이메일을 통한 요청에 따라 외상기일을 당초 90일에서 120일로 부당하게 연장하여 채권 잔액을 늘려준 사실도 확인된다.

(다) 결국 청구법인은 쟁점계약과 다른 거래를 하면서도 쟁점거래처들이 3%의 수수료를 입금하였기에, 수출대금 수취에 문제가 없다고 판단하였고 위·변조된 서류를 믿고 거래를 이어오다가 결과적으로 OOO원의 대금을 수취하지 못한 것으로, 청구법인의 주장과 달리 매출채권 적정성 검증에 실패한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 영세율세금계산서를 적법하게 수취한 것인지 여부

② 청구법인은 선의의 거래당사자로서 가산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 감사부는 이 건에 대해 조사한 후 2022.5.2. 사고조서를 작성하였고, 감사부가 작성한 사고조서에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 감사부는 쟁점거래를 매취거래가 아닌 청구법인 사업규정 내 존재하지 않는 매취대행 거래로 판단하면서, 청구법인의 ‘부당한 수출업무 위탁으로’ 쟁점거래처들이 ‘서류 위·변조 및 허위거래’를 한 것으로 판단하였다.

＜감사부 사고 조서 중 일부 발췌＞

(나) 감사부는 청구법인이 거래 실물의 존재 확인에 대해 ‘수출구매물품 인수도 및 검사를 미이행’하여 사고예방을 할 수 있는 기회를 상실하였다고 판단하였다.

＜감사부 사고조서 중 일부 발췌＞

(다) 감사부는 청구법인이 수행했어야 할 수출업무 중 일부만 수행함으로써, 쟁점거래처들이 서류를 위⋅변조할 수 있는 빌미를 제공하였다고 판단하였다.

＜감사부 사고조서 중 일부 발췌＞

(라) 감사부는 청구법인이 C의 요청에 따라 외상기일을 당초 90일에서 120일로 부당하게 연장하여 손실금액이 비약적으로 증가하였다고 판단하였다.

＜감사부 사고조서 중 일부 발췌＞

(마) 감사부가 중국현지법인을 통해 확인한바, 쟁점거래 관련 일체 서류는 위⋅변조된 것으로 확인되었다.

＜감사부 사고조서 중 일부 발췌＞

(바) 청구법인 직원들은 서류상 순중량 등의 차이가 있음에도 실제 선적물량은 확인하지 않은 것으로 확인된다.

＜감사부 사고조서 중 일부 발췌＞

(사) 감사부는 쟁점거래 관련 거래대금이 부당하게 정산된 것을 확인하였다.

＜감사부 사고조서 중 일부 발췌＞

(2) 청구법인은 쟁점거래 실태를 파악하기 위해 OOO회계법인에 쟁점거래 관련 조사를 요청하였고 2022.9.26. OOO회계법인이 작성한 조사보고서에서는 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) OOO회계법인은 수출물품이 실제 선적되어 중국으로 운송되었는지에 대해 수출계약서와는 다른 내용의 물건이 출고되어 OOO항까지 이동한 것으로 보았고, 청구법인 직원들은 수출계약서와 포장명세서의 차이는 수입관세를 낮추기 위한 편법으로 이해하였으며, 통관대행사 확인 결과, 쟁점거래처들이 제시한 중국 바이어들이 아닌 I이라는 업체로 수출물품이 발송된 사실도 확인된다.

＜OOO회계법인 작성 조사보고서 일부 발췌＞

(나) OOO회계법인은 조사대상 기간 동안 쟁점거래 관련 704건의 서류를 검토한바, 아래와 같이 579건의 불일치를 찾아낸 것이 확인된다.

＜OOO회계법인 작성 조사보고서 일부 발췌＞

(다) 국내에서 수출이 이루어졌는지에 대해 포워더사 팀장과 인터뷰한 결과, 수출물품의 이동은 실재하였다고 진술한 사실이 확인된다.

＜OOO회계법인 작성 조사보고서 일부 발췌＞

(라) 중국현지법인이 통관대행사를 현지확인한바, 청구법인과 중국 바이어들 간 업무위탁약정서, 통관확인서, 통관대행사 직인 등이 모두 허위라는 사실을 확인한 것으로 확인된다.

＜OOO회계법인 작성 조사보고서 일부 발췌＞

(3) 이 건과 관련하여 현재 다수의 소송이 진행 중이며, 그 진행경과는 다음과 같다.

(가) 쟁점거래 관련자들에 대한 소송 진행 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점거래 관련자들 소송 진행사항

(나) C의 1심 판결문 범죄사실에서는 청구법인과 쟁점거래처들이 매취대행거래를 하기로한 사실, 쟁점거래대금을 ‘돌려막기’한 사실, 수출물품을 중국 바이어들이 아닌 I 등으로 빼돌린 사실, 쟁점거래를 위해 수출관련 서류를 허위로 작성하여 청구법인을 기망한 사실 등이 확인되어, 형사처벌이 이루어진 내용이 확인된다.

＜C 1심 판결문 중 일부 발췌＞

(다) 처분청은 쟁점계약 일부 건에 대해 청구법인이 G을 끼워넣을 경우 가공거래로 볼 가능성이 매우 높다는 것을 인지하면서도 끼워넣기 거래를 하였다는 의견으로 이를 「조세범 처벌법」 위반으로 고발하였다.

＜G 끼워넣기 거래구조도＞

＜청구법인 식품팀 작성 내부 문서 일부 발췌＞

(라) 이에 대해 서울강동경찰서는 2025.9.17. 감사부 감사결과 및 OOO회계법인 조사보고서에 따라 아래와 같이 증거불충분으로 불송치한 사실이 확인된다.

＜서울강동경찰서 불송치 결정문 일부 발췌＞

(4) 처분청은 쟁점거래와 관련하여 청구법인 직원인 J⋅K⋅L, C 조카 M을 심문한바, 문답서에서 확인되는 사실은 아래와 같다.

(가) 쟁점거래의 2018년 실무담당자인 J은 쟁점거래 관련 선적과정을 직접 확인하거나 사진을 전송받는 등의 절차는 없었고, G과의 거래에 따라 세금계산서가 문제될 줄은 몰랐다고 진술한 것으로 확인된다.

＜J 심문조서 중 일부 발췌＞

(나) 쟁점거래의 2019년～2022년 담당자인 K은 쟁점거래 관련 처리절차를 상세히 기술하면서, 공장을 방문하여 실제 김이 생산되는 것을 확인하였다고 진술하였으나, 선적과정을 직접 확인하거나 사진을 전송받는 등의 절차는 없었다고 진술한 것으로 확인된다.

＜K 심문조서 중 일부 발췌＞

(다) 당시 핵심 실무자였던 L은 국세청 조세범칙혐의자 심문조서에서 G과 ‘끼워넣기’ 거래를 하였다고 진술하였으나, 서울강동경찰서 피의자신문조서에서는 해당 사실을 부인하였다.

＜국세청 조세범칙혐의자 심문조서 중 일부＞

＜서울강동경찰서 피의자신문조서 중 일부＞

(라) C 조카 M은 국세청 조세범칙혐의자 심문조서에서 G과의 거래가 없었다고 진술하였다.

＜M 심문조서 중 일부 발췌＞

(5) 처분청이 상기 외 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인의 외부감사인(OOO회계법인)은 2023.4.12. 금융감독원 전자공시시스템에 감사보고서를 기재정정하면서 그 사유를 ‘주석39에서 설명하고 있는 바와 같이 회사는 수출물품 공급계약과 관련한 매출, 매출원가, 매출채권 과대계상’이라고 공시하였고, 청구법인은 내부품의서에 ‘허위거래에 대한 취소(7개년)’로 기재하였다.

＜청구법인 내부품의서 일부 발췌＞

(나) OOO공사가 발행한 중국 바이어 N의 신용평가 보고서(발행일 : 2022.1.30.)에는 ‘본 보고서는 조사된 국외기업이 수출거래 상대방과 일치하는지 여부를 담보하지 않으며, 그 일치 여부를 확인할 책임이 청구법인에 있고, 수출 사기피해는 OOO공사에서 담보하는 위험이 아니라고 기재되어 있다.

＜국외기업 신용평가 보고서 일부 발췌＞

(다) 청구법인은 OOO공사에 쟁점거래 사고에 대해 보험을 신청하였으나, OOO공사는 청구법인과 중국 바이어들 간 유효한 수출계약이 존재하지 않는 것으로 판단하였고, 쟁점거래가 청구법인 고의 또는 과실로 인하여 발생한 손실로 보아 보험금을 지급하지 않은 것으로 확인된다.

＜OOO공사 통보 공문 발췌＞

(라) 처분청은 쟁점거래에 따라 청구법인이 수취한 영세율 세금계산서를 실물거래 없는 가공매입으로 보아 아래 ＜표3＞과 같이 2019년 제2기〜2022년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

＜표3＞ 이 건 부과처분 내역

(6) 청구법인이 상기 외 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 청구법인은 쟁점거래처들로부터 아래와 같이 주식회사 B의 사업자번호 및 주소가 기재된 전자세금계산서를 발급받은 것으로 확인된다.

＜청구법인 수령 전자세금계산서＞

(나) 청구법인은 실제 수출물품을 수출하였다는 주장에 대한 증빙으로 청구법인을 수출업자로, 통관대행사(E)를 수하인으로 하고, 조미김을 수출하는 것이 기재된 관세청 발급 통관신고증, 쟁점거래처들이 제조한 것이 확인되는 수출승인번호 조회내역, 청구법인이 수출하는 것과 통관대행사 이름 및 주소, 선명 및 출발일자 등이 기재된 통관 과정 조회내역을 제출하였다.

(다) 인보이스 및 패킹리스트 등에서도 쟁점거래의 품목 및 중량이 확인된다고 주장하면서, 쟁점거래 관련 인보이스, 패킹리스트, 예약내용을 제출하였고, 컨테이너, 봉인(Seal), 선사 및 포워더 기록 일부를 아래와 같이 사진으로 제출하였으며, 쟁점거래처들이 제시한 쟁점거래처들의 제조시설의 위생증명서를 제출하였다.

＜청구법인 제출 사진＞

＜쟁점거래처들의 위생증명서＞

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대해 살피건대, 처분청은 청구법인의 쟁점계약은 매취거래이나 실제 청구법인이 행한 거래는 청구법인이 수행해야 할 제반업무를 부당하게 위탁한 매취대행거래로서, 청구법인이 수취한 영세율세금계산서는 매취거래에 맞추어 발행된 실물거래 없는 허위의 가공세금계산서라는 의견이나,

OOO회계법인이 작성한 청구법인에 대한 조사보고서에 따르면, 비록 수출계약서와는 다른 내용의 물건이라 하더라도 수출물품이 실제 출고⋅선적되어 중국 OOO항까지 이동한 것으로 조사된 점, 청구법인 직원들은 수출계약서와 포장명세서 간의 차이를 수입관세를 낮추기 위한 쟁점거래처들의 편법으로 이해하여 문제 삼지 않은 점, 통관대행사 확인 결과, 쟁점거래처들이 제시한 중국 바이어들이 아닌 I이라는 업체로 수출물품이 발송된 사실 등이 확인되는 점, 포워더사 팀장과의 인터뷰에서도 수출물품이 실제로 이동하였고, 쟁점거래 수출통관 시 선적항목이 기재된 H과 수출신고필증을 대사하여 차이가 있을 경우 배가 출발하지 못하는데, 쟁점거래와 관련하여서는 이러한 문제가 한 번도 발생하지 않았다고 진술한 점 등에 비추어, 쟁점거래가 전적으로 실물거래 없이 영세율세금계산서만 발행된 가공거래라고 인정하기에는 부족하다 할 것이다.

다만, 2026.6.18. 개최된 조세심판관회의에 참석한 청구법인과 처분청 측의 진술내용을 보면, 조사대상 기간 동안 청구법인이 수취한 영세율세금계산서 중 실제 수출된 품목 및 금액이 얼마인지와 누구에게 귀속되었는지에 관하여 명확히 파악하거나 설명하지 못한 것으로 나타나는바, 처분청은 청구법인이 수취한 영세율세금계산서 중 실제 수출된 물품과 금액 및 그 수취자 등을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 철저한 사전검증과 거래 진행 중에도 건별로 중국바이어들로부터 납품확인서를 수취하여 관리하였으며, 이상 징후를 인지하자마자 현지 확인하고 최종적으로 거래를 중단한 후 수사기관에 고소하는 등 적극적으로 대응하여 선관주의의무를 다하였으므로 이 건 가산세 부과는 부당하다고 주장하나,

감사부의 청구법인에 대한 사건조서에 따르면, 청구법인은 거래상대방 미확인, 각종 규정 위반, 구매한도 초과운용, 수출구매물품 인수도 및 검사 미이행 등 주의의무를 다하지 못하여 임직원 21명에 대한 징계를 요구한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점거래처들과 협의하여 쟁점거래의 형태를 변경하고 자금회수와 관련하여 편법으로 기한을 연장하는 등 쟁점거래처들의 편의를 제공한 사실이 확인되는 점, 이러한 이유로 쟁점거래처들이 관련 서류의 위⋅변조를 쉽게 할 수 있는 환경을 제공한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 직원 및 쟁점거래처들 관련자들의 문답서에서도 이와 같은 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출 하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트 

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

(2) 조세범 처벌법

제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위

④ 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 자도 제3항과 같은 형에 처한다. 이 경우 세무를 대리하는 세무사ㆍ공인회계사 및 변호사가 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 때에는 「세무사법」 제22조 제2항에도 불구하고 해당 형의 2분의 1을 가중한다.

⑤ 제3항의 죄를 범한 자에 대해서는 정상(情狀)에 따라 징역형과 벌금형을 병과할 수 있다.