[청구번호]

조심 2026서2015 (2026.07.22)

[세 목]

부가

[결정유형]

기각

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[제 목]

청구법인은 쟁점사업장 명의로 발급된 세금계산서 거래의 실제 용역공급자가 아니라는 청구주장의 당부

[결정요지]

분당세무서장의 세무조사 결과, 청구법인과 쟁점사업장의 전자세금계산서 발급 IP주소가 동일하고, 쟁점사업장의 수입금액은 코드블럭(주)의 주주와 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 나타나는 점, 분당세무서장의 세무조사 과정에서 청구법인의 대표이사, 쟁점사업장의 대표이사 및 코드블럭(주) 대표이사는 청구법인의 법인세 부담을 낮추기 위해 실제 청구법인이 코드블럭(주)에 용역을 공급하였으나, 쟁점사업장이 세금계산서를 발급하였다는 내용의 확인서를 작성한 점 등에 비추어 청구주장을 바아들이기 어려움

[관련법령]

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 서울특별시 서초구 OOO에서 경영컨설팅 서비스업을 영위하고 있는 법인이다.

나. 분당세무서장은 2024.6.24.부터 2024.11.11.까지 A㈜에 대한 세무조사를 실시한 결과, ㈜B(이하 “쟁점사업장”이라 한다)가 A㈜에 제공한 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)이 사실상 청구법인이 공급한 용역이라고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 청구법인에게 2020∼2022년도분 부가가치세를 경정·고지하였으며, 청구법인은 2023년 제1기 및 제2기(예정·확정), 2024년 제1기 부가가치세(예정)를 수정신고·납부하였다.

다. 이후 청구법인은 2026.1.5. 처분청에 쟁점사업장과 청구법인이 각각 독립된 사업장을 운영하면서 임직원을 고용하였고, A㈜와 각각 용역계약을 체결하여 수수료를 지급받은 등 청구법인이 쟁점용역을 공급한 것이 아니므로 2023년 제1기 부가가치세(예정) OOO원, 2023년 제1기 부가가치세(확정) OOO원, 2023년 제2기 부가가치세(예정) OOO원, 2023년 제2기 부가가치세(확정) OOO원, 2024년 제1기 부가가치세(예정) OOO원 등 합계 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 제시한 자료만으로는 분당세무서장의 조사내용을 부인할 근거가 부족하다고 보아 2026.3.9. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점사업장과 전혀 관련 없이 독립된 사업장을 갖추고 임직원을 고용하여 A㈜와 용역계약을 체결한 후 용역수수료를 받았는데도, 처분청이 청구법인이 실제로 쟁점용역을 공급하고 쟁점사업장이 이에 대한 세금계산서를 발급한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

(2) 쟁점사업장(대표이사 C)은 청구법인과 관계 없이 독립된 사업장을 운영하면서 프리랜서로서 PG서비스 영업을 하는 D, E을 고용하였고, A㈜로부터 용역대가를 지급받아 대표이사 등 임직원의 급여, 임대료, 일반관리비를 지출하는 한편, D, E에게 영업대가를 지급하고 사업소득 원천징수를 이행한 후 지급수수료로 신고하였다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 청구주장을 입증할 자료로서 청구법인이 A㈜와 작성한 ‘OOO 영업대행(신청서)’, ‘OOO 영업대행(계약서)’, 쟁점사업장이 A㈜와 작성한 ‘OOO 가맹점모집 위탁업무(대리점) 계약서’, ‘OOO 영업대행(신청서)’를 제출하였으나, 이로써 두 법인이 독립적 사업장을 운영하였는지, 쟁점용역 제공의 실체가 누구인지를 확인하기는 어렵고,

쟁점사업장과 A㈜가 작성한 2020.2.20.자 ‘OOO 영업대행(신청서)’의 특약사항에 따르면, “㈜F 대리점의 영업대행 계약에 대한 조건에 대해 A㈜와 청구법인의 계약에 종속하여 반영된다”는 내용이 확인되는바, 이는 쟁점사업장이 청구법인과 관련 없이 계약을 체결하였다는 청구주장과 배치된다.

(2) 분당세무서장은 세무조사 당시 청구법인 대표이사 G, 쟁점사업장 대표이사 C, A㈜의 대표이사 H로부터 쟁점용역은 사실상 청구법인이 공급한 것이라는 내용의 확인서를 제출받았고, 쟁점사업장의 수익은 A㈜의 주주인 D와 청구법인의 대표이사 G에게 귀속되었으며, 청구법인과 쟁점사업장은 사업장 소재지가 다름에도 불구하고 같은 IP주소로 전자세금계산서를 발급한 사실 등을 확인하여, A㈜가 청구법인이 실제 용역을 공급하였음에도 불구하고 수익을 분산하기 위해 특수관계자(주주 등)가 주주인 쟁점사업장을 공급자로 하여 세금계산서를 수취한 것으로 확정하고 처분청에 과세자료를 통보하였고,

쟁점사업장의 관할 세무서인 금천세무서장 역시 쟁점사업장에 대한 조사 결과 쟁점용역은 청구법인이 실제로 공급한 것으로서 관련 수입금액도 청구법인에게 귀속되는 것으로 보아 부가가치세, 법인세, 대표자 상여처분금액 등을 확정한바, 청구법인의 주장만으로는 이러한 조사내용 등을 부인할 근거가 부족하고 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인은 쟁점사업장 명의로 발급된 세금계산서 관련 거래의 실제 용역 공급자가 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제3조【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

(2) 부가가치세법 시행령

제3조【용역의 범위】① 법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에 재산가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위로 한다.

5. 금융 및 보험업

7. 전문, 과학 및 기술 서비스업과 사업시설관리 및 사업지원 서비스업

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정청구 검토보고서(2026.2.27.자)의 주요 내용은 아래 ＜표1＞과 같고, 처분청은 ‘분당세무서장이 처분한 내용을 부인할 근거가 부족하다’는 사유로 청구법인에게 2026.3.9. 경정청구 거부통지한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 경정청구 검토보고서(2026.2.27.자) 주요 내용

○○○

(2) 분당세무서장이 A㈜에 대한 세무조사 과정에서 청구법인과 쟁점사업장의 거래에 대하여 확인한 내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점사업장은 A㈜에게 2020년 OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원 등 합계 OOO원 상당의 세금계산서를 발급한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인과 쟁점사업장의 거래의 사실관계 조사내용은 아래 ＜표2＞와 같고, 분당세무서장은 A㈜에 대한 세무조사 및 거래처 확인 등을 거쳐 쟁점사업장이 A㈜에게 본점 매출분의 업무대행 용역을 제공한 것으로 하여 세금계산서를 발급하였으나 실제로는 청구법인이 해당 용역을 공급한 것으로 확정한 것으로 나타난다.

＜표2＞ 사실관계 조사내용

○○○

(다) 조사과정에서 청구법인 대표이사 G, 쟁점사업장 대표이사 C, A㈜ 대표이사 H가 제출한 확인서의 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구법인 대표이사 등의 확인서 주요 내용

○○○

(라) 처분청은 A㈜의 주주이자 마케팅 총괄이사인 D의 문답서의 일부 내용을 아래 ＜표4＞와 같이 발췌하여 제출하였다.

＜표4＞ A㈜의 주주 D의 문답서 발췌

○○○

(3) 청구법인이 A㈜와 작성한 ‘OOO 영업대행(신청서)’, ‘OOO 영업대행(계약서)’의 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 청구법인과 A㈜의 주요 계약 내용

○○○

(4) 쟁점사업장이 A㈜와 작성한 ‘OOO 가맹점모집 위탁업무(대리점) 계약서’, ‘OOO 영업대행(신청서)’의 주요 내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점사업장과 A㈜의 주요 계약 내용

○○○

(5) 청구법인의 부가가치세 수정신고 및 경정청구 내역은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 청구법인의 부가가치세 수정신고 및 경정청구 내역

○○○

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업장이 독립적인 사업장을 갖추어 직원을 고용하고 A㈜과 계약을 체결하여 실제로 쟁점용역을 공급하고 세금계산서를 발급한 것으로서 청구법인이 A㈜에게 쟁점용역을 공급한 것이 아니라고 주장하나,

분당세무서장의 A㈜에 대한 세무조사 결과에 따르면, 청구법인과 쟁점사업장의 전자세금계산서 발급 IP주소가 동일하고, 쟁점사업장의 수입금액은 A㈜의 주주인 D와 청구법인의 대표이사인 G에게 귀속된 것으로 나타나는 점, 청구법인의 대표이사 G, 쟁점사업장의 대표이사 C 및 A㈜의 대표이사 H는 분당세무서장의 A㈜에 대한 세무조사 과정에서 청구법인의 법인세 부담을 낮추기 위하여 실제로는 청구법인이 A㈜에 용역을 공급하였으나 쟁점사업장이 A㈜에 세금계산서를 발급하였다고 인정하는 내용의 확인서를 작성하여 제출한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제출한 A㈜와 쟁점사업장의 ‘OOO 가맹점 모집 위탁업무(대리점) 계약서’ 및 ‘영업대행신청서’(2020.2.20.자)의 특약사항에 따르면, ㈜F 대리점의 영업대행계약 조건에 대해서는 A㈜와 청구법인과의 계약에 종속하여 반영한다는 내용이 나타나는 점, 그 외 쟁점사업장이 A㈜에 실제로 쟁점용역을 공급하였음을 입증할 수 있는 객관적인 증빙은 달리 제시되지 아니한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.