[청구번호]

조심 2025인3177 (2026.07.13)

 

 

[세 목]

종합부동산

[결정유형]

기각

---------------------------------------------------------------------------------

[제 목]

① 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점건물을 철거하였으나, 그로부터 6개월 이상 정당한 사유없이 건축이 진행되지 않아 쟁점토지가 별도합산과세대상이 아닌 종합합산과세대상에 해당한다고 보아 종합부동산세 등을 부과한 처분의 당부② 본건 처분은 조사청의 당초 결정에 반하는 것으로 ‘신의성실의 원칙’에 위배된다는 청구주장의 당부

 

 

[결정요지]

쟁점토지가 공사에 착수하였으나 정당한 사유로 인해 6개월 이상 공사가 지연된 건축물의 부속토지에 해당하지 아니하여 「종합부동산세법」상 별도합산과세대상이 아니고, 본건 처분이 신의성실의 원칙에도 위배된다고 볼 수도 없으므로, 처분청이 한 본건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨.

 

 

 

 

 

 

[관련법령]

지방세법 시행령 제103조

 

 

[참조결정]

조심2009서2235 / 조심2024서1909 / 조심2020지0774

 

 

[따른결정]

 

---------------------------------------------------------------------------------

[주 문]

심판청구를 기각한다.

 

[이 유]

 

 

1. 처분개요

 

가. 청구법인은 2021.4.20. 사옥신축 목적으로 서울특별시 OOO 토지 201.9㎡ 및 같은 동 OOO 토지 323.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 그 지상 위 주유소 등 건물 751.96㎡(지상 6층, 지하 1층, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 각 취득하였고, 2021.9.15. 쟁점건물을 철거(건축물대장상 쟁점건물 말소일)하였다.

  

나. 서울특별시 OOO구청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 쟁점건물을 철거·멸실한 후 6개월 이상 건축공사에 착수하지 않은 사실을 확인하고, 「지방세법」제106조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제103조 제1항 제3호에 따라 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 「지방세법」 제111조 제1항 제1호 가목의 세율을 적용하여, 2024.9.11. 2024년도 재산세 등 합계 OOO원(이하 “쟁점지방세처분”이라 한다)을 결정·고지하였고, 2024.12.9. 2022년도 재산세 등 합계 OOO원 및 2023년도 재산세 등 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

 

다. 처분청은 조사청의 과세자료에 따라 2024.11.21. 청구법인에게 2025.7.17. 2024년도분 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원(합계 OOO원)을 경정․고지하였다(이하 “본건 처분”이라 한다).

 

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.19. 이의신청을 거쳐 2025.7.17. 심판청구를 제기하였다.

 

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

가. 청구법인 주장

 

(1) 청구법인이 정상적인 노력을 다하였음에도 외부적인 사유(지반 문제 및 오염토 정화 등)로 인하여 쟁점부동산에 대한 공사가 중단된 것으로, 쟁점토지는 별도합산과세대상으로 구분되어야 하므로 본건 처분은 위법하다.

 

청구법인은 고압가스 제조업을 주업으로 하는 사업자로서 2021.4.20. 청구법인의 사옥을 신축하기 위해 쟁점토지를 매입하였다(1차 건축허가일 2021.12.2.). 쟁점토지는 주유소 부지였고, 2021년 7월경 철거가 시작되었으나 쟁점건물을 철거하는 과정에서 인접 건물의 노후화와 약한 지반이 문제가 되어 2021.8.∼2021.9.경 인접 건물주가 공사 중지를 요청함에 따라 중장비 대신 포크레인과 수작업으로 철거작업을 진행하여 2021.9.경 철거를 완료하였다.

 

이후 청구법인은 지반 문제로 인하여 시공사 선정 등에 장기간이 소요되었다. 건축디자인․구조․기계․전기 및 토목 등에 관한 협의가 반복되었으며, 주변건물 하자 발생시 시공사의 책임 범위와 금융기관 및 신용기관의 보증서 발행 필요성에 대한 의견 조율의 문제가 발생하였다.

 

이에 청구법인은 쟁점토지에 자동차 관련시설(세차장)을 설치하기로 하였고 2023년 1월경 조사청으로부터 세차장을 건설하기로 하는 건축허가를 받았다(2차 건축허가).

 

2차 건축허가를 받은 직후 청구법인은 쟁점토지에는 주유소가 있었으므로, 세차장으로 운영하기 위해서는 쟁점토지의 오염토 정화작업을 거쳐야 한다는 사실을 뒤늦게 인지하고 오염토를 제거하려고 하였으나, 오염토 제거를 위해서는 일반 건물의 신축공사와 같은 공법으로 지하 9m 내외의 굴토 등 공사가 필요하였다. 이에 청구법인은 오염토 제거를 위해 9m 상당의 굴토를 하고 세차장을 만드느니 위 굴토작업을 활용하여 차라리 지하 2층, 지상 10층의 건물을 만들기로 계획을 수정하고 2023.8.21. 다시 건축허가를 받았다(3차 건축허가).

 

이와 같이 청구법인은 인접 건물의 노후화 및 지반 약화로 인한 붕괴 위험, 쟁점토지의 오염토 제거 등의 외부적인 사유로 인하여 불가피하게 공사를 진행하지 못한 것이다.

 

(2) 청구법인은 쟁점토지 위에 건물을 신축하기 위해, 건축물 해체 및 철거, 3차례의 건축허가 완료, 설계, 지하철영향성검토, 지하안전영향평가, 공사 측량 및 지반조사용역, 진동소음 영향평가용역, 굴토심의 등 인허가, 터파기 공사 진행 등을 이행하였고 이는 사실상 건축공사를 진행한 것이다.

 

(3) 처분청은 조사청의 재산세가 종합부동산세의 선행세목으로서 쟁점토지와 관련한 2024년도분 재산세 감액경정이 없으면 2024년도분 종합부동산세를 감액할 수 없다는 의견이나, 이는 법령에 부합하지 않는다. 「종합부동산세법」제17조 제1항, 제3항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항은 관할세무서장 등에게 실지조사에 따른 종합부동산세 경정권을 부여하고 있고 따라서 처분청이 별도합산과세대상인 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 착오한 경우, 재산세가 취소되지 않은 상태에서도 실지조사 등을 통해 종합부동산세를 경정할 수 있다.

 

(4) 청구법인은 조사청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보았다는 사실을 2024.10.경 조사청이 통보한 2022년 및 2023년도 토지분 재산세 과세예고통지를 통해 알게 되었다. 만일 조사청의 위 통지가 더 빨랐거나 조사청 또는 처분청이 쟁점토지가 종합합산과세대상에 해당한다는 내용을 더 일찍 청구법인에게 고지하였다면 청구법인은 쟁점토지 위에 건축을 더 신속히 진행하여 2024년도분 종합부동산세 기준시점에는 쟁점토지를 별도합산과세대상에 포함될 수 있도록 할 수 있었다는 점에서 보더라도 본건 처분은 부당하며 청구법인에게는 ‘6개월 이상 공사를 진행하지 못한 정당한 이유’가 있거나 적어도 ‘신뢰보호의 원칙’이 적용되어야 한다.

  

조사청은 당초 2022년도 및 2023년도 재산세 부과고지 시 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 구분하여 처분하였고, 이는 청구법인에게 공적인 견해표명을 한 것이라 할 수 있다. 청구법인은 조사청을 믿고 해당 재산세 등을 납부한 것이므로 청구법인에게는 귀책사유가 없다.

 

나. 처분청 의견

 

(1) 「종합부동산세법 시행령」제9조 제3항은 재산세의 세액변동에 따른 종합부동산세에 대한 경정은 시장‧군수가 관할세무서장 등에 회신한 자료에 따라 진행한다고 되어 있고, 쟁점토지에 대한 종합부동산세 과세여부는 전적으로 「지방세법」의 해석‧적용에 의한 것이므로, 쟁점토지의 지방세를 관할하는 조사청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 분류하여 처분청에 통보한 이상, 조사청에 의한 지방세의 경정 없이는 본건 처분의 경정은 불가능하다.

 

(2) 경기침체로 인한 분양저조 및 소송 등으로 인한 공사재개의 어려움 등은 공사중단의 정당한 사유가 아닌바(조심 2009서2235, 2010.4.19., 같은 뜻임), 청구법인에게는 4년여 동안 공사를 중단하여야 할 외부적인 사정이 없다.

 

(3) 또한 청구법인의 2024년도분 재산세가 조세심판원 등에서 취소되지 않는 이상 재산세의 후행세목인 종합부동산세의 감액경정이 이루어질 수 없다(조심 2024서1909, 2024.11.26., 참고).

 

3. 심리 및 판단

 

가. 쟁점

 

① 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점건물을 철거하였으나, 그로부터 6개월 이상 정당한 사유없이 건축이 진행되지 않아 쟁점토지가 별도합산과세대상이 아닌 종합합산과세대상에 해당한다고 보아 종합부동산세 등을 부과한 처분의 당부

 

② 본건 처분은 조사청의 당초 결정에 반하는 것으로 ‘신의성실의 원칙’에 위배된다는 청구주장의 당부

 

나. 관련 법령 등 : <별지> 참조

 

다. 사실관계 및 판단

 

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

 

(가) 등기사항일부증명서(법인)에 의하면, 청구법인은 1993.12.10. OOO을 본점으로 하고, 고압가스, 의약품 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 확인된다(2021년 이후 부동산 매매업 및 임대업 추가).

 

(나) 쟁점부동산과 관련하여 2021.2.26.∼2021.3.4. 조사청에 의한 토양오염도(수시)검사가 이루어져서, 2021.3.10. 정밀조사명령이 내려지고, 2021.4.9. 토양정밀조사결과가 제출되었으며, 2021.4.13. 종전 주유소 소유자인 ㈜A에게 정화명령처분이 내려진 것으로 확인된다. 「토양환경보전법 시행령」제8조 제1항 제1호 및 제2호에 따르면 주유소 등 토양환경오염시설의 사용을 종료․폐쇄하거나 그 운영자가 달라지는 등의 경우 토양오염도 검사대상에 해당하게 된다.

 

(다) 청구법인은 2021.4.20. 쟁점부동산을 사옥신축 목적으로 취득하였고, 취득 당시 쟁점토지의 지목은 주유소 용지이며, 쟁점건물의 주용도는 ‘위험물저장 및 처리시설’이었다. 청구법인이 2026.6.15. 제출한 쟁점부동산 관련 매매계약서 별첨(2021.1.20.자)에는 쟁점부동산의 토양오염물질 제거와 관련된 내용이 기재되어 있다. 또한 청구법인은 2021년 4월경 토양정밀조사결과 보고서를 전달받았다고 인정하였다.

 

<표> 2021.1.20.자 쟁점부동산 매매계약서 별첨(일부)

OOO

 

청구법인은 최초 청구이유서(2025.7.17.) 및 추가이유서(2026.2.)에서 2차 건축허가(세차장) 무렵 토양오염물질 제거와 관련하여 알게 되었다고 주장하였는데, 2026.6.15. 제출한 진술서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

 

<표> 2026.6.15. 청구법인 제출 진술서(일부)

OOO

 

(라) 청구법인은 2021.9.15. 쟁점건물(지하 1층〜지상 6층)의 철거·멸실사실을 등록하였고, 말소된 건축물대장의 내용은 아래와 같다.

 

OOO

 

(마) 청구법인은 2021.12.2. 조사청으로부터 쟁점토지 상 건축에 대한 최초 허가를 받았고, 2023년 1월경 조사청으로부터 세차장을 건설하기로 하는 2차 건축허가를 받았다가 2023.8.21. 3차 건축허가(변경)를 받았다.

 

(바) 조사청은 2022.9.13. 쟁점토지를 별도합산과세대상 토지로 구분하여 2022년도분 재산세 등을, 2023.9.13. 쟁점토지를 별도합산과세대상 토지로 구분하여 2023년분 재산세 등을 각 결정·고지하였다.

(사) 조사청의 담당공무원은 2024.5.31. 쟁점토지에 출장하여 청구법인이 쟁점건물을 멸실한 후 건축공사를 착수하지 않은 사실을 확인하였고, 출장결과보고서의 주요내용은 아래와 같다.

 

OOO

 

(아) 조사청은 2024.9.11. 쟁점토지를 별도합산과세대상에서 종합합산과세대상으로 그 구분을 변경하고, 「지방세법 시행령」 제109조에 따라 쟁점지방세처분을 결정·고지하였으며, 2024.12.9. 2022년분 및 2023년분 각 재산세를 경정·고지하였다.

 

(자) 청구법인이 2021.12.2. 건축허가를 받은 후 착공신고서를 제출하거나 터파기·규준틀 설치 등의 공사를 진행하였는지 여부에 관한 자료는 제출되지 않았으나 청구법인은 쟁점토지 위에 건물을 신축하기 위해, 건축물 해체 및 철거, 지하 유류탱크 제거, 3차례의 건축허가 완료, 설계, 지하철영향성검토, 지하안전영향평가, 공사 측량 및 지반조사용역, 진동소음 영향평가용역, 굴토심의 등 인허가, 터파기 공사 진행 등을 이행하였고 이는 사실상 건축공사를 진행한 것이라는 주장이다. 청구법인은 2023.12.29. ‘착공연기신청서’를 제출하였으며, 위 착공연기신청서 상 착공예정일은 2024.12.2.로 기재되어 있으나, 선행지방세사건 결정문에는 청구법인이 2026년 1월경까지 착공을 하지는 않은 것으로 기재되어 있다. 그리고 위 착공연기신청서 상 연기사유는 “건축주 경제적인 사유로 자금 확보 시간 필요”로 기재되어 있다.

 

<표> 청구법인이 제출한 착공연기신청서(2023.12.29.)

OOO

 

(2) 청구법인이 그 주장을 입증하기 위해 추가적으로 제시한 자료는 아래와 같다.

 

(가) 청구법인으로부터 쟁점건물의 철거용역을 수주한 ㈜B의 사실확인서 일부는 아래와 같다.

 

<표> ㈜B의 사실확인서(일부)

OOO

 

또한 청구법인과 ㈜B 간 작성된 철거용역계약서 상 업무범위의 내용에는 다음의 사항이 포함되어 있다.

 

<표> 철거용역계약서(일부)

OOO

 

(나) 청구법인은 쟁점토지와 관련하여 2021.5.24. 측량 및 지반조사 용역을 맡겼다는 사실과 관련하여 측량 및 지반조사 용역계약서(일부)를 제출하였다[용역범위 : 지반조사(NX3공, 탐성파탐사1공 외), 현황측량 및 지하철노선측량].

 

(다) 청구법인은 2021.5.24. ㈜C에 ‘소규모지하안전영향평가’ 용역을 맡기는 계약을 체결하였고, 그 용역 대상 업무 범위는 아래와 같다.

 

<표> 소규모지하안전영향평가 용역계약서(일부)

OOO

 

(라) 청구법인은 2026.6.15. 현재 공사가 진행 중이라는 취지로 아래 사진을 제시하였는데, 위 시점의 공사진척도는 25% 상당이라는 주장이다.

 

<사진> 청구법인이 제시한 쟁점토지 위의 건설사진(일부)

OOO

 

 

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

 

(가) 쟁점①과 관련하여, 청구법인은 건축물 해체 및 철거, 지하 유류탱크 제거, 3차례의 건축허가 완료, 설계, 지하철영향성검토, 지하안전영향평가, 공사 측량 및 지반조사용역, 진동소음 영향평가용역, 굴토심의 등 인허가, 터파기 공사 진행 등을 이행하였는데 이는 사실상 건축공사를 진행한 것이고, 정상적인 노력을 다하였음에도 외부적인 사유(지반 문제 및 오염토 정화)로 인하여 쟁점부동산에 대한 공사가 중단된 것이고 또한 2024.10.경 조사청의 2022년 및 2023년도 토지분 재산세 과세예고통지를 통해 쟁점토지가 종합합산과세대상에 해당될 여지가 있다는 사실을 뒤늦게서야 알게 되었는바, 공사중단의 정당한 사유가 인정된다고 주장한다.

 

이와 관련하여 「종합부동산세법」제11조, 「지방세법」제106조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 다목, 「지방세법 시행령」제101조 제1항, 제103조 제3호, 제103조의2 제1호의 각 문언을 종합하면, 종합부동산세 과세 대상이 되는 토지 위에 공사에 착수한 건축물의 경우 정당한 사유가 있다면 과세기준일 현재 6개월 이상 공사가 중단되더라도 당해 토지는 별도합산과세대상에 해당될 수 있으나, 착공 준비작업만 하였다면 ‘공사에 착수한 건축물’에 포함되지 않고 착공하지 못한 데 정당한 사유가 있더라도 공사에 착수한 건축물의 부속토지로 볼 수 없다(조심 2020지774, 2020.10.6., 대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결, 같은 뜻임). 따라서 이 사건 청구주장이 인용되기 위해서는 쟁점건물이 철거된 이후 새로운 건축물의 공사에 착수한 사실이 인정되고 동시에 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2024.6.1. 현재까지 6개월 이상 공사가 중단되었음에도 그 중단에 정당한 사유가 있다는 사정이 인정되어야 할 것이다.

 

(나) 그런데 청구법인이 제출한 자료만으로 건물을 신축하기 위한 공사가 시작되었다고 보기 어렵다. 우선, 청구법인이 제시하는 건축물 해체 및 철거, 지하 유류탱크 제거, 3차례의 건축허가 완료, 설계, 지하철영향성검토, 지하안전영향평가, 공사 측량 및 지반조사용역, 진동소음 영향평가용역, 굴토심의 등 인허가 등은 쟁점건물의 철거 내지 새로운 건물을 착공하기 위한 준비행위에 불과한 것으로 여겨진다. 청구법인은 특히 지하 유류탱크를 제거한 것은 착공행위에 해당한다고 주장하나, 유류탱크 제거 시점은 2021년경으로 보이는데 실제 신축공사는 2026년 5월 이후경으로 보이는 상황에서 그 시간 간격상 유류탱크 제거가 2026년 5월 이후경의 공사에 직접적으로 관련이 있다고 볼 만한 추가적인 자료가 없고, 유류탱크 제거는 철거회사와의 계약범위에 포함되어 있어(철거용역계약서 제43조 제1항 제1호) 이를 두고 신축공사의 범위에 해당한다고 보기도 어렵다. 아울러 청구법인은 청구이유서 등에서 ‘터파기’ 작업을 한 것이라 주장하나 신축공사를 위한 터파기 작업을 하였다고 볼 자료가 없고, 조사청의 2024.5.31. 쟁점토지에 대한 출장결과보고서에 첨부된 사진에도 신축 건물을 위한 터파기나 기타 착공행위를 한 내용이 확인되지 않으며 오히려 쟁점토지는 나대지 상태로 방치되어 있던 것으로 보인다. 또한 청구법인 스스로 착공신고를 한 사실이 없고 착공연기신청서를 제출한 사실에 비추어 보더라도 청구법인이 새로운 건물의 건축공사를 개시하였다고 볼 수 없다.

 

(다) 추가적으로, 청구법인이 주장하는 공사를 진행하지 못한 정당한 사유 역시 아래의 사정에 비추어 보면 인정되기 어렵다. 「종합부동산세법」 및 「지방세법」상 별도합산과세대상에 포함되기 위한 6개월 이상 ‘정당한 사유로 인해’ 공사를 진행하지 못한 경우란, 토지 소유자가 그 내부적․주관적 사정이 아닌 외부적․객관적 사정에 의해 공사를 진행하지 못하게 되는 경우를 의미한다. 그런데 청구법인이 2023.12.29. 조사청에 제출한 착공연기신청서에는 연기사유로 “건축주 경제적인 사유로 자금 확보 시간 필요”라고 기재되어 있고, 위 기재내용이 사실과 달리 작성되었다고 볼 직접적인 자료가 없다(즉, 청구법인이 실제로 건축을 하기 위한 충분한 경제적인 자력이 있었다고 볼 자료가 없다). 또한 청구법인이 제출한 자료 및 청구법인의 주장대로라고 하더라도 청구법인은 2021.1.20.자 쟁점부동산매매계약서에서 이미 쟁점부동산의 매도인인 ㈜A에게 「토양환경보전법」에 따른 토양오염을 제거하도록 그 의무를 부과하였고, 2021.4.경 토양정밀조사 보고서를 전달받았음에도 토양오염물질 제거 등을 비교적 단순한 절차로 이해하다가 그로부터 상당기간이 지난 후에야 위 문제 때문에 공사를 진행하기 어렵다는 것을 깨닫게 되었다고 하였는바, 청구법인은 쟁점토지의 취득시부터 이미 토양오염 문제를 알고 있었음에도 즉각적으로 이를 검토하거나 신축건물 공사와 관련된 장애사실이 되는지를 확인하지 않은 것으로 이는 오로지 외부적 사유로 공사를 착공하지 못한 것이라고 보기 어렵다. 이와 관련하여 토양오염의 제거의무자는 공법상 ㈜A이나 청구법인이 ㈜A에게 장기간동안 그 의무의 이행을 촉구하거나 청구법인이 그 자력으로 먼저 이를 해결하고 ㈜A에 관련 비용을 구상하는 등의 노력을 하고자 하였다고 볼 자료도 없다. 즉, 청구법인은 장기간 공사를 못한 것에 지반문제, 오염토 제거 등의 외부사유가 있었다고 주장하나, 지반문제 및 오염토 제거의 사유는 이미 쟁점건물 철거시점인 2021.9. 이전에 확인된 문제로서 그 후 5년 가까이 지나 신축공사가 개시된 것으로 볼 수 있는 2026.5.경까지 위 문제를 해결할 수 없었던 객관적인 사유가 있다고 보기도 어렵다. 아울러 조사청이 통보한 2022년 및 2023년도 토지분 재산세 과세예고통지를 통해 뒤늦게 청구법인이 쟁점토지가 종합합산과세대상에 해당될 수 있다는 사실을 알게 되었다는 점도, 조사청이나 처분청이 청구법인을 위해 미리 위와 같은 사정을 고지하여야 할 법적의무가 있다고 보기 어려우므로 공사중단의 정당한 사유가 될 수 없다.

 

(라) 다음으로 쟁점②에 관하여 살펴본다. 청구법인은 조사청이 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 구분하고 재산세를 부과한 당초 재산세 결정은 공적인 견해표명에 해당하므로, 이미 부과한 세액을 변경하여 본건 처분을 한 것은 ‘신의성실의 원칙’에 위배된다는 취지로도 주장한다. 그러나 ‘신의성실의 원칙’이란 과세 관청이 공적인 견해표명을 한 후에 그에 반하는 처분 등을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되는 것을 의미하는 것인바, 처분청 및 조사청이 현황 착오로 인한 과세대상 토지 구분을 바로잡고 잘못 부과한 세액을 정당한 세액으로 변경하여 부과제척기간 내에 종합부동산세를 수시부과하는 것은 적법한 처분에 해당하는 점, 또한 조사청이 당초 재산세 결정을 한 것 자체를 두고 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어려운 점, 처분청이 당초 결정과 달리 적법한 세액을 산정하여 경정한 것을 두고 청구법인의 신뢰이익을 침해하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

 

(마) 그렇다면 쟁점토지가 공사에 착수하였으나 정당한 사유로 인해 6개월 이상 공사가 지연된 건축물의 부속토지에 해당하지 아니하여 「종합부동산세법」상 별도합산과세대상이 아니고, 본건 처분이 신의성실의 원칙에도 위배된다고 볼 수도 없으므로, 처분청이 한 본건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

 

4. 결론

 

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

 

(1) 종합부동산세법

 

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

4. “토지”라 함은 「지방세법」제104조 제1호에 따른 토지를 말한다.

 

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

 

제12조(납세의무자) ①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

 

제17조(결정과 경정) ① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 “관할지방국세청장”이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다.

② 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제16조 제3항에 따른 신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 해당 연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

③ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.

⑤ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하여야 한다.

1. 제8조 제2항에 따라 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에서 제외된 주택 중 같은 항 제1호의 임대주택, 같은 항 제2호의 가정어린이집용 주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택이 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

2. 제8조 제4항 제2호에 따라 1세대 1주택자로 본 납세의무자가 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

 

(2) 종합부동산세법 시행령

 

제9조(결정ㆍ경정) ① 법 제17조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제21조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 행정안전부장관이 국세청장에게 통보한 과세자료에 의한다.

② 법 제17조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 제8조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 현황 등에 대한 실지조사에 의한다.

③ 법 제17조 제4항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징은 법 제22조의 규정에 의하여 시장ㆍ군수가 관할세무서장 또는 관할지방국세청장에게 회신한 자료에 의한다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항의 규정에 의한 경정ㆍ재경정 또는 추징을 함에 있어서 행정안전부장관에게 의견조회를 할 수 있다.

 

(3) 지방세법

 

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

 

제115조(납기) ① 재산세의 납기는 다음 각 호와 같다.

1. 토지 : 매년 9월 16일부터 9월 30일까지

2. 건축물 : 매년 7월 16일부터 7월 31일까지

3. 주택 : 해당 연도에 부과ㆍ징수할 세액의 2분의 1은 매년 7월 16일부터 7월 31일까지, 나머지 2분의 1은 9월 16일부터 9월 30일까지. 다만, 해당 연도에 부과할 세액이 20만원 이하인 경우에는 조례로 정하는 바에 따라 납기를 7월 16일부터 7월 31일까지로 하여 한꺼번에 부과ㆍ징수할 수 있다.

4. 선박 : 매년 7월 16일부터 7월 31일까지

5. 항공기 : 매년 7월 16일부터 7월 31일까지

② 제1항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과ㆍ징수할 수 있다.

 

(4) 지방세법 시행령

 

제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

2. 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지

가. 법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 건축물의 부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지

 

제103조(건축물의 범위 등) ① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

2. 건축허가를 받았으나 「건축법」 제18조에 따라 착공이 제한된 건축물

3. 「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세 기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.

 

제103조의2(철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 범위) 법 제106조 제1항 제2호 다목에서 "대통령령으로 정하는 부속토지"란 과세기준일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물 또는 주택의 부속토지를 말한다. 이 경우 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 허가 등을 받지 않은 건축물 또는 주택이거나 사용승인을 받아야 하는 건축물 또는 주택으로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않은 건축물 또는 주택의 부속토지는 제외한다.

1. 건축물 또는 주택이 사실상 철거·멸실된 날(사실상 철거·멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거·멸실된 날을 말한다)부터 6개월이 지나지 않은 건축물 또는 주택의 부속토지(건축물 또는 주택의 건축을 위한 용도 외의 다른 용도로 사용하는 부속토지는 제외한다). 이 경우 건축물의 부속토지는 철거·멸실되기 전 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제101조 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위의 토지를 말한다.

2. 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 빈집정비사업 또는 「농어촌정비법」에 따른 생활환경정비사업(빈집의 정비에 관한 사업만 해당한다)의 시행으로 빈집이 사실상 철거된 날(사실상 철거된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거된 날을 말한다)부터 3년이 지나지 않은 빈집의 부속토지[건축물 또는 주택의 건축을 위한 용도 외의 다른 용도로 사용하는 부속토지는 제외하되, 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용(1년 이상 사용할 것이 계약서 등에 의하여 입증되는 경우를 포함한다)하는 부속토지로서 법 제109조 제2항 단서에 따른 재산세의 부과 대상이 되는 부속토지를 포함한다]

 

(5) 건축법

 

제18조(건축허가 제한 등) ① 국토교통부장관은 국토관리를 위하여 특히 필요하다고 인정하거나 주무부장관이 국방, 「국가유산기본법」 제3조에 따른 국가유산의 보존, 환경보전 또는 국민경제를 위하여 특히 필요하다고 인정하여 요청하면 허가권자의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

② 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 지역계획이나 도시ㆍ군계획에 특히 필요하다고 인정하면 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 건축허가나 허가를 받은 건축물의 착공을 제한할 수 있다.

③ 국토교통부장관이나 시ㆍ도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축허가를 받은 건축물의 착공을 제한하려는 경우에는 「토지이용규제 기본법」 제8조에 따라 주민의견을 청취한 후 건축위원회의 심의를 거쳐야 한다.

④ 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한기간은 2년 이내로 한다. 다만, 1회에 한하여 1년 이내의 범위에서 제한기간을 연장할 수 있다.

⑤ 국토교통부장관이나 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 제1항이나 제2항에 따라 건축허가나 건축물의 착공을 제한하는 경우 제한 목적ㆍ기간, 대상 건축물의 용도와 대상 구역의 위치ㆍ면적ㆍ경계 등을 상세하게 정하여 허가권자에게 통보하여야 하며, 통보를 받은 허가권자는 지체 없이 이를 공고하여야 한다.

⑥ 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사는 제2항에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 건축허가나 건축물의 착공을 제한한 경우 즉시 국토교통부장관에게 보고하여야 하며, 보고를 받은 국토교통부장관은 제한 내용이 지나치다고 인정하면 해제를 명할 수 있다.

 

(6) 토양환경보전법(2025.10.1. 법률 제21065호로 개정되기 전의 것)

 

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

4. "특정토양오염관리대상시설"이란 토양을 현저하게 오염시킬 우려가 있는 토양오염관리대상시설로서 환경부령으로 정하는 것을 말한다.

 

제14조(특정토양오염관리대상시설의 설치자에 대한 명령) ① 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장은 특정토양오염관리대상시설의 설치자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 기간을 정하여 토양오염방지시설의 설치 또는 개선이나 그 시설의 부지 및 주변지역에 대하여 토양관련전문기관에 의한 토양정밀조사 또는 오염토양의 정화 조치를 할 것을 명할 수 있다.

1. 토양오염방지시설을 설치하지 아니하거나 그 기준에 맞지 아니한 경우

2. 제13조 제3항에 따른 토양오염도검사 결과 우려기준을 넘는 경우

3. 제13조 제3항에 따른 누출검사 결과 오염물질이 누출된 경우

 

(7) 토양환경보전법 시행령(2025.10.1. 대통령령 제35804호로 개정되기 전의 것)

 

제8조(특정토양오염관리대상시설의 토양오염검사) ② 특정토양오염관리대상시설의 설치자는 제1항에 따른 토양오염검사 외에 토양관련전문기관으로부터 다음 각 호에 따른 검사를 받아야 한다. 다만, 제1항제1호에 따른 토양오염도검사를 받은 후 3개월 이내에 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 특정토양오염관리대상시설의 설치자가 그 시설의 사용을 종료하거나 이를 폐쇄할 경우에는 사용종료일 또는 폐쇄일 3개월 전부터 사용종료일 전일 또는 폐쇄일 전일까지의 기간 동안에 토양오염도검사를 받을 것

2. 특정토양오염관리대상시설의 양도·임대 등으로 인하여 그 시설의 운영자가 달라지는 경우에는 변경일 3개월 전부터 변경일 전일까지의 기간 동안에 토양오염도검사를 받을 것

 

(8) 토양환경보전법 시행규칙

 

제1조의3(특정토양오염관리대상시설) 법 제2조 제4호의 규정에 의한 특정토양오염관리대상시설은 별표 2와 같다.

 

[별표2] 특정토양오염관리대상시설(일부)

1. 석유류의 제조 및 저장시설

○「위험물안전관리법 시행령」 별표 1의 제4류 위험물중 제1․제2․제3․제4석유류에 해당하는 인화성액체의 제조․저장 및 취급을 목적으로 설치한 저장시설로서 총 용량이 2만리터 이상인 시설(이동탱크저장시설을 제외한다)