[청구번호]

조심 2025중4202 (2026.07.08)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

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[제 목]

모회사인 청구법인이 자본잠식상태의 완전자회사를 흡수합병하는 경우 소멸한 완전자회사의 주식 취득가액을 청구법인의 손금에 산입할 수 있는지 여부

[결정요지]

청구법인과 자회사 간의 무증자합병은 합병후 신주(자기주식)를 할당하여 보유하다가 소각한 자본거래의 경우와 그 실질이 동일하고, 자회사의 주식이 대체되는 자산 없이 소멸되었다 하더라도, 이는 자본거래에 해당하여 해당 주식취득가액을 손금에 산입할 수 없음

[관련법령]

법인세법 제19조

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.3.20. 설립되어 게임사업 등을 영위하고 있는 법인으로, 2011.12.27. 100% 출자하여 주식회사 A(이하 “A”라 한다)를 설립하였고, 2019.6.17. 경영효율성 제고 등을 목적으로 A를 무증자 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였다.

나. 청구법인은 2025.3.21. 쟁점합병에 따라 소멸된 A 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)의 세무상 장부가액 OOO원(이하 “쟁점가액”이라 한다)을 2019사업연도 법인세 과세표준 산정시 손금에 산입하여 달라는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 완전모자회사 간 무증자합병에 따라 모회사가 보유한 피합병법인 주식이 전부 소멸된 경우는 자본거래로 쟁점가액을 청구법인의 손금에 산입할 수 없다고 보아 2025.7.18. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점합병 결과 청구법인은 당초에 보유하고 있던 쟁점주식이라는 자산이 소멸하였으므로, 그에 따라 발생한 손실인 쟁점가액은 「법인세법」상 손금에 산입되어야 한다.

(가) 이 사건의 본질은 자회사 투자에 따른 손실을 손금에 산입할 수 있는지 여부에 관한 것이다. 회사가 경영 성과에 따라 이익이 발생한 경우에는 그 발생한 이익에 상당하는 법인세를 납부하여야 하듯이, 경영 악화로 인하여 손실이 발생한 경우 그와 같은 손실은 손금에 산입되어야 한다.

(나) 쟁점합병은 A가 개발한 ‘블레스’의 흥행이 실패하여 완전자본잠식 상태에 빠지게 되자 더 이상 A를 별도 자회사로 운영할 수 없어 진행된 것이다. 그 결과 청구법인이 보유하고 있던 쟁점주식이 소멸되는 손실이 발생하였고, 이러한 손실은 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손비로서 사업과 관련하여 발생하는 통상적인 것으로서 법인세법상 손금에 산입되는 것이 타당하다.

(다) 구체적으로 보면, 「법인세법」상 손금이란 자본거래 및 법인세법이나 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고 ① 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용으로서(순자산 감소), ② 사업과 관련하여 발생해야 하고(사업 관련성), ③ 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나(통상성), ④ 수익과 직접 관련된 것(수익 관련성)을 의미하는데, 이 사건 합병에 따라 A 주식이 소멸함으로써 발생한 손실인 이 사건 취득가액은 다음과 같이 위 요건들을 모두 충족하므로, 「법인세법」상 손금에 산입되어야 한다.

1) (순자산 감소) 청구법인은 쟁점주식을 쟁점가액에 취득하였으나, 쟁점합병으로 인해 쟁점주식이 전부 소멸하였고, 피합병법인인 A의 순자산이 부(-)의 값인 관계로 별도로 대가를 수령한 것도 없었다. 이는 청구법인의 순자산이 감소한 경우에 해당한다.

2) (사업 관련성) A는 청구법인의 게임사업과 관련된 법인인데, 적자가 누적됨에 따라 완전자본잠식 상태에 빠지게 되었으므로, 쟁점합병을 통해 경영효율성을 제고하고 지적재산권(IP) 성과를 창출한 것은 청구법인의 사업과 관련되어 있다고 봄이 타당하다.

3) (통상성) 계열사의 경영 실적이 부진한 경우 합병 등 구조개편을 실시하여 경영효율성을 도모하는 것은 통상적이다. 특히 이 사건과 같이 피합병법인(A)이 완전자본잠식 상태에 있는 경우 합병법인이 합병신주를 발행하지 아니하는 무증자합병만 가능하므로, 무증자합병에 의해 이 사건 합병을 진행한 것 또한 통상적이다.

4) (수익 관련성) 청구법인은 A의 악화된 재무구조 및 사업으로 인한 추가적인 손실을 회피하고, 완전자회사를 흡수합병함으로써 경영효율성을 달성하기 위해 이 사건 합병을 한 것이므로, 이는 청구인의 수익과 직접 관련이 있는 경우에 해당한다.

(2) 이 사건과 경제적 실질이 유사한 사안들에서도 취득가액의 손금 산입이 허용되고 있다.

(가) 자회사 간 무증자합병으로 모회사가 보유하고 있던 자회사 주식이 소멸하는 경우 그 취득가액의 손금 산입이 가능하다. 과세당국 역시 자본잠식상태에 있는 자회사(피합병법인)가 다른 자회사(합병법인)에 무증자합병(합병비율 1:0)되어, 합병신주를 교부받지 못함에 따라 피합병법인의 모회사가 보유하고 있던 피합병법인 주식이 전부 소멸된 경우, 모회사는 소멸한 피합병법인 주식의 취득가액을 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금으로 산입하는 것으로 보고 있다(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.).

(나) 만약 이 사건에서 청구법인이 직접 A를 흡수합병하지 않고, 별도의 자회사를 설립하여 해당 자회사로 하여금 A를 흡수합병하도록 하였다면, 자회사 간 무증자합병 시 모회사가 보유한 자회사(피합병법인)의 주식 취득가액을 손금산입하는 것으로 보는 위 유권해석에 따라 이 사건 취득가액은 법인세법상 손금으로 인정되었을 것이다.

(다) 쟁점합병은 청구법인이 별도의 자회사를 설립하지 않고 직접 A를 흡수합병하고 A로부터 순자산을 승계한 것일 뿐, 자회사의 합병으로 투자손실이 발생하였다는 측면에서 위 유권해석 사안과 아무런 본질적인 차이가 없다. 즉, 이 사건도 위 예규와 마찬가지로 청구법인이 보유한 쟁점주식이 이 사건 합병으로 인해 전부 소멸한 것이므로, 그 취득가액은 이 사건 합병등기일이 속한 2019사업연도 손금에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(라) 또한, 모회사가 자회사를 청산하는 방법으로 자회사의 사업을 종결한 경우 그 투자손실 역시 손금에 산입되는바, 경제적 실질을 살펴보았을 때 A를 청산하고 그 잔여재산을 분배받은 것으로 볼 수 있는 이 사건 합병 역시 마찬가지로 보아야 한다.

관련 예규에 따르면, ‘청산 시 분배받은 잔여재산가액이 당초 주식취득가액에 미달하여 주식처분손실로 계상한 경우의 주식처분손실은 손금으로 인정’되고(기획재정부 법인세제과-852, 2009.9.23.), ‘투자법인이 해산하는 경우 당해 법인의 해산으로 인하여 분배받는 금액과 투자자산가액과의 차액은 청산이 종료되는 날이 속하는 사업연도의 손금으로 인정(법인 46012-363, 1995.2.9.)’되는 등 모회사가 자회사를 청산하는 방법으로 자회사의 사업을 종결한 경우에는 그 투자손실이 당연히 손금에 산입된다고 해석하고 있다.

쟁점합병 역시 ‘블레스’의 성과 부진을 고려하여 관련 사업을 구조조정하고 A를 실질적으로 청산한 것이므로, 이 사건 취득가액 역시 손금에 산입되는 것이 타당하다.

(3) 「법인세법 시행령」 제19조 제2호는 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 손실 또는 비용으로 규정하고 있다. 즉, 법인이 보유한 자회사 주식을 제3자에게 양도한 경우 당해 자회사 주식의 양도 당시 장부가액은 손금에 산입되어야 하므로, 만약 청구법인이 A 주식을 제3자에게 양도하였다면 쟁점가액은 청구법인의 손금으로 인정될 수 있을 것이다.

청구법인이 보유하던 A 주식은 쟁점합병 결과 소멸하였고, 청구법인은 별도로 대가를 받은 것이 없으므로(위 주식의 소멸과 별개로 자산과 부채가 승계되었으나, 그 역시 순자산이 음수였었다), 이는 청구법인이 쟁점가액에 취득한 A 주식을 대가 없이 제3자에게 양도한 경우와 그 경제적 실질에서 본질적인 차이가 없다. 따라서 이 사건 투자손실은 「법인세법」상 손금에 해당한다.

(4) 청구법인이 처분청 답변에 대해 항변한 내용은 아래와 같다.

(가) 처분청은 합병 시 합병법인이 보유하고 있던 피합병법인의 주식(포합주식)에 대해 합병법인이 합병신주를 교부한 후 자기주식으로 소각하는 것은 자본거래에 해당하는데, 모회사가 100% 자회사와 합병 시 포합주식에 대해 합병신주를 교부하지 않더라도 이는 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각하는 경우와 실질적으로 동일하므로, 쟁점주식이 소멸한 거래는 자본거래로서 그 손실을 손금산입 대상으로 볼 수 없다는 의견이다.

그러나 이러한 처분청의 의견은 A와 같은 순자산 완전잠식상태의 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병에는 적용될 수 없는 논리이다. 처분청의 주장은 기본적으로 ‘포합주식에 대하여 합병신주를 교부하지 않는 것’을 ‘포합주식에 대하여 합병신주를 발행한 후 자기주식으로 소각되는 것’과 동일시하여 논리를 전개하는 것인데, 두 가지 경우가 동일한지 여부는 차치하더라도, 피합병법인의 순자산이 음수(-)인 채무초과회사에 대해서는 자기주식의 발행 및 소각이라는 개념을 상정할 수 없기 때문이다.

즉, 피합병법인의 순자산이 음수(-)인 채무초과회사에 대해서는 자기주식의 발행 및 소각이라는 개념을 상정할 수 없으므로, 자기주식을 발행하였다가 소각하였다고 보는 처분청의 논리가 순자산이 양수인 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병에 적용될 수 있더라도, 자기주식의 발행이 원천적으로 불가능한, 순자산 완전잠식상태의 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병에는 적용될 수 없다.

결국, 순자산 완전잠식상태의 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병의 경우 포합주식에 대해 합병신주를 발행한 후 이를 자기주식으로 소각하는 것이 아니라, 청구법인이 보유하고 있던 기존 포합주식이 무상으로 감소되는 손익거래에 해당하는 것이다.

자매회사 간 합병이 문제된 경우에 있어서, ① 순자산이 양수(+)인 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병의 경우 자기주식 발행 및 소각을 전제로 기존 취득가액은 합병법인의 주식 취득가액에 가산하여야 한다고 해석하고 있지만(사전-2022-법규법인-1013, 2023.1.27.), ② 순자산이 음수(-)인 법인을 피합병법인으로 하는 무증자합병의 경우 기존 취득가액은 손금산입 대상이라고 보고 있다(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.). 기획재정부에서 순자산이 음수(-)인 법인에 대해서는 기존 취득가액의 처리를 달리하도록 해석하는 것은, 피합병법인으로 하는 무증자합병의 경우 합병 이전에 ‘기존 주식의 무상소각’이라는 손금 산입의 계기가 되는 사건이 발생하였기 때문으로, 동일한 논리에 따라 이 사건에서도 손금 산입의 계기가 되는 사건이 발생하였다고 보아야 한다.

(나) 처분청은 완전 모자회사 간 합병은 형식적 조직개편과 유사하고 법인 순자산의 실질적 감소가 없으므로 손익을 인식하지 않는 것이 합리적이라는 의견이나, 쟁점주식이라는 자산은 소멸하여 그 손실이 실현되었으므로 이를 형식적 조직개편과 유사하게 취급할 수는 없다.

즉, 이 사건에서 A는 이미 완전자본잠식 상태에 있었기에, 합병신주를 발행할 수 없는 상황이었고, 그에 따라 이는 부득이 무증자합병으로 진행될 수 밖에 없었다. 결과적으로 합병구주가 합병신주로 대체되는 대신, 합병구주의 상태 그대로 소멸하여 손실이 실현되었으므로, 자산이 소멸하여 그로 인한 손실이 실현되었다고 보아야 한다.

이 사건 투자손실은 A의 경영 부진 등으로 인한 합병 과정에서 발생한 ‘사업상 손실’로서 이러한 자회사 투자에 따른 손실이 「법인세법」상 손금에 해당함은 너무나 분명하다. 나아가 이 사건과 경제적 실질이 유사한 다수의 사안들에서 취득가액의 손금 산입을 인정하고 있음을 고려할 때, 이와 아무런 본질적인 차이가 없는 이 사건 취득가액 역시 손금에 산입되는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 완전모자회사 간 무증자 흡수합병은 「법인세법」상 자본거래로, 쟁점가액은 손금으로 산입할 수 없다.

(가) 「법인세법」에 따른 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용으로, 이러한 손실은 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다.

(나) 청구법인은 쟁점주식이 쟁점합병 결과 소멸하여 「법인세법」상 손금의 요건을 모두 갖춘 것이므로, 쟁점가액이 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나, 무증자합병은 합병하는 과정에서 합병법인이 소멸법인의 주주에게 신주를 발행하여 교부하지 않는 합병을 말하는 것으로, 신주를 발행하지 않는 가장 핵심적인 이유는 ‘이미 지분을 모두 소유하고 있거나, 소유할 가치가 없는 경우’로, 완전모자회사 간 합병의 경우 모회사가 이미 자회사의 주식을 100% 소유하고 있는 상황이다.

합병은 기본적으로 소멸하는 회사의 주주들에게 그들이 보유하던 주식의 대가로 합병하는 회사의 주식을 교부하는 과정이나, 완전모자회사 관계에서는 소멸하는 자회사의 주주가 바로 모회사 자신이며, 모회사가 자회사의 주주에게 신주를 발행한다는 것은 결국 모회사가 자기 자신에게 신주를 발행하는 것과 같으며, 이는 아무런 실익이 없고 불필요한 절차만 가중시키게 되므로, 모회사는 자회사 주주에게 신주를 발행하지 않고 모회사가 보유하고 있던 자회사 주식(포합주식)은 합병과 동시에 소멸하게 된다.

결국 무증자합병은 그 실질이 주식의 소각으로 자산이 소멸되었으므로 소각일이 속하는 사업연도에 관련 유보금액을 손금 추인하여야 하며, 주식소각 손익은 자본거래로서 익금 또는 손금에 해당하지 않는 것이므로 다시 손금불산입(기타)의 세무조정을 하여야 한다.

(2) 쟁점합병은 형식적 조직개편과 유사하므로 합병에 따른 손익을 인식하지 않는 것이 합리적이다.

(가) 지분관계가 100%인 완전모회사가 완전자회사를 합병하는 경우, 실질적으로 합병 전후가 경제적으로 동일한 것으로 볼 수 있어 「법인세법」상 적격합병으로 간주하여, 피합병법인의 양도손익 계산시 양도가액을 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있으며, 합병법인의 경우 합병매수차손익 계산시 양도가액 및 순자산 시가를 각각 순자산 장부가액으로 보아 합병매수차손익이 없는 것으로 할 수 있다.

(나) 이 규정을 적용받기 위해서는 「법인세법 시행령」 제80조 제3항에 따라 합병과세특례신청서를 제출하여야 하며, 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고시 A를 합병하면서 합병과세특례신청서를 제출하였다.

(다) 상기 규정을 비추어 볼 때 완전 모자회사 간 합병을 형식적 조직개편과 유사하게 보고 있다는 사실을 알 수 있으며, 합병에 따른 손익 역시 형식적 조직개편과 같이 손익을 인식하지 않는 것이 합리적이다.

(3) 청구법인은 이 사건과 경제적 실질이 유사한 사안들에서도 쟁점가액의 손금 산입이 허용되고 있다고 주장하나, 「법인세법」상 과세소득은 기본적으로 순자산증가설에 입각하여 산정되고 있으며, 손금에 산입되기 위해서는 법인 순자산의 실질적 감소가 발생하여야 한다.

(가) 지분관계가 100%인 완전모자회사간 합병은 실질적으로 합병 전후가 경제적으로 동일하므로 순자산의 실질적 감소가 발생했다고 보기 어렵다.

(나) 모회사가 지분 전체를 보유하고 있는 완전모자회사 간 합병에서는 소멸회사의 순자산을 포함한 모든 권리의무가 존속회사로 그대로 이전되기 때문에 모회사 입장에서는 합병에 따른 순자산 감소가 발생하지 않고 보유지분 가치가 합병전과 변동이 없으므로 소멸된 피합병법인의 주식가액을 합병법인의 주식가액에 가산함이 타당하다.

(4) 청구법인의 주장을 뒷받침하는 예규(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.)는 자회사 간 무증자합병에서 합병법인이 자본잠식 상태인 경우로 이 사건과는 사실관계가 다르다.

상기 예규는 자본잠식 상태인 법인에 대한 기존 해석이 실제가치가 없는 소멸법인 주식을 합병을 통해 손금산입할 수 있도록 하여 납세자의 부담을 덜어주게끔 예외적인 해석을 한 것으로 보이고, 이마저도 2024년 2월 「법인세법 시행령」 제72조의 개정을 통해 기존 자본잠식상태인 소멸법인 주식가액도 완전자회사 간 합병을 통해 손금산입될 여지가 없다.

(5) 청구법인은 모회사가 자회사를 청산하는 방법으로 자회사의 사업을 종결한 경우 그 투자손실 역시 손금에 산입되므로, 쟁점합병 또한 자회사를 청산하고 그 잔여재산을 분배받은 것으로 볼 수 있으므로 손금산입이 가능하다고 주장한다. 그러나, 청산은 회사를 완전히 없애는 절차로 회사의 권리･의무가 정리 후 소멸되는 것이나, 합병은 둘 이상의 회사가 하나로 합쳐져 피합병회사의 권리･의무가 존속회사에 포괄승계 되는 것으로 청산과 합병을 동일하게 적용할 수 없다.

(6) 청구법인은 쟁점합병이 청구법인이 쟁점가액에 취득한 쟁점주식 대가 없이 제3자에게 양도한 경우와 그 경제적 실질에서 차이가 없으므로 청구법인 보유한 쟁점주식을 제3자에 양도한 경우와 동일하게 손금산입이 가능하다고 주장하나, 「법인세법」은 순자산증가설에 입각하므로 손금으로 인정받기 위해서는 순자산의 실질적 감소가 이루어져야 한다.

합병은 외부거래가 아닌 내부 구조조정이므로 실제 경제적 손실이 발생하였다고 보기 어려우며, 피합병법인의 자산･부채가 그대로 합병법인에 승계되어 계속 사용되므로 합병 시점에서 손실을 인식하는 것은 부당하며, 적격합병의 경우 합병법인의 합병매수차손익을 자산의 감가상각 및 자산의 양도시까지 과세를 이연하는 이유도 이와 같은 이유 때문이다. 따라서 쟁점합병을 소유권이 제3자에게 완전히 이전된 양도와 동일하게 적용할 수 없다.

(7) 청구법인 항변에 대한 처분청의 추가답변 내용은 아래와 같다.

(가) 「법인세법」상 자산･부채 평가금액은 손익으로 인정되지 않지만, 부도･파산 등의 경우에는 예외적으로 자산･부채 평가금액이 손익으로 인정되는 것인바, A가 자본잠식 상태에 있었다 하더라도 적격합병으로 인하여 소멸하였기 때문에 부도･파산과 같은 사유로 청산된 것으로 보기 어렵다.

(나) 또한, 합병법인은 피합병법인의 이월결손금을 승계받아 피합병법인이 영위하던 사업소득을 한도로 공제받을 수 있고 미환류소득 계산 시 기업소득에서도 차감할 수 있는데, 청구법인은 2021～2022사업연도 미환류소득 계산 시 A의 이월결손금 OOO원을 전액 차감한 것으로 확인된다.

이와 같이 이 사건에서의 무증자합병은 자산･부채를 장부가액으로 승계받는 적격합병에 해당하여 세무상 자본거래에 해당하므로 손익으로 인식할 수 없고, 기업이 자산을 현금화하고 채무를 정리하여 남은 재산을 주주에게 배분한 후 소멸하는 청산으로 볼 수 없다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

완전모자회사 간 무증자합병으로 인해 소멸하는 피합병법인 주식의 세무상 장부가액에 대해 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것)

제19조 (손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

9. 자산의 평가차손

22. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

(3) 법인세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 것)

제72조 (자산의 취득가액 등) ⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1의3. 법 제44조 제3항 제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식 등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인이 2025.3.21. 처분청에 제기한 경정청구 내역은 아래와 같다.

＜표1＞ 경정청구세액 상세내역

OOO

(나) 청구법인은 2011.12.27. OOO원을 출자하여 A를 설립하였고, A에 제3자 배정 유상증자를 통해 OOO원을 투자한 사모투자전문회사의 전환우선주 전량을 약 OOO원에 매수하고, 그 외에 주식매수선택권 행사 등의 사유로 보통주를 취득한 임직원 등으로부터 보통주를 액면가액(1주당 OOO원)에 매수하여 쟁점합병 당시 청구법인은 A의 주식 100%를 보유하였다.

＜표2＞ 청구법인의 A 주식 취득 내역

OOO

(다) A가 개발한 ‘OOO’는 2016.2.5. 정식 출시되었고, 2018.11.20. 국내 서비스 종료일 속한 2018사업연도 A의 재무상태표에 따르면 완전자본잠식 상태로 확인된다.

＜표3＞ 2018사업연도 A 자본 상황 요약

OOO

(라) 청구법인은 A 주식에 대해 2017사업연도부터 합병시까지 손상차손으로 인식하였고 이에 대해 손금불산입(유보) 세무조정을 하였다.

＜표4＞ 손상차손 회계처리 내역

OOO

(마) 청구법인의 회사 합병결정 공시 자료(2019.4.8.)에 따르면 청구법인이 A를 흡수합병하는 것으로 하고 합병목적은 경영효율성 제고 및 IP(지식재산권) 성과 창출을 통한 기업가치 제고로 확인된다. 또한 합병비율 산출근거 내용에 따르면 청구법인이 A의 주식에 대해 신주를 발행하지 않는 무증자 방식이므로 합병비율은 1:0으로 진행된 것으로 확인된다.

(바) 청구법인은 이사회 결의 및 A와의 2019.4.10. 합병계약을 거쳐 2019.6.17. A를 흡수합병하였다.

(사) 2019.6.17. 합병당시 A의 순자산장부가액은 △OOO원으로 확인된다.

(아) 청구법인은 합병 전 쟁점주식과 관련하여 합병등기일이 속하는 2019사업연도 소득금액 계산시 손금산입(△유보) 및 손금불산입(기타) 세무조정을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 완전자회사인 A를 흡수합병하여 청구법인이 보유하고 있던 A 주식은 대체되는 자산 없이 소멸되었는바, 이는 청구법인의 순자산을 감소시키는 거래에 해당하므로, 청구법인의 주식 취득가액은 손금에 산입하여야 한다고 주장하나,

합병법인이 합병 전 피합병법인의 주식을 보유하고 있다가 합병을 하면서 피합병법인 주식을 전부 소각한 경우에 그 소각으로 인한 손익은 합병차손익에 포함된 자본거래라고 봄이 상당한바(서울고등법원 2012.2.3. 선고 2010누43466 판결, 같은 뜻임), 청구법인(모회사)과 A(자회사) 간의 무증자합병은 합병 후 신주(자기주식)를 할당하여 보유하다가 소각한 자본거래의 경우와 그 실질이 동일해 보이는 점, 「법인세법」 제17조에서도 합병으로 인하여 자본에 변동이 생기는 사항에 대해서는 자본거래로 규정하고 있는 점 등에 비추어, 모회사인 청구법인이 청구법인과 A의 합병비율을 1:0으로 하여 A의 주식에 대하여 신주를 발행하지 않는 방식으로 흡수합병함으로써 A 주식은 대체되는 자산 없이 소멸되었다 하더라도, 이는 자본거래에 해당하여 해당 주식 취득가액을 손금에 산입할 수 없는 것으로 판단되므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.