[청구번호]

조심 2026중0969 (2026.06.11)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

---------------------------------------------------------------------------------

[제 목]

쟁점금액을 청구법인의 매출누락액에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부 등

[결정요지]

쟁점금액이 청구법인의 매출과 무관하다는 사실이 객관적으로 입증되지 않았고, 청구법인이 매출누락액과 관련된 상품의 종류 등에 관한 자료를 제출하지 않아 해당 매출을 법인세 감면대상 및 부가세 면세 대상으로 간주할 수 없음

[관련법령]

[참조결정]

조심2021서4750

[따른결정]

---------------------------------------------------------------------------------

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.5.12. OOO에서 농업ㆍ작물재배업을 영위하기 위해 설립된 농업회사법인으로 화초ㆍ산식물ㆍ생화 등을 판매하고 「조세특례제한법」 제68조에 따른 농업회사법인에 대한 법인세 감면 규정 및 「부가가치세법」 제26조에 따른 재화의 공급에 대한 면세 규정을 적용하여 법인세와 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 청구법인의 임원 A(대표이사의 배우자) 명의의 계좌(이하 “쟁점계좌”라 한다)를 이용하여 OOO원의 상품을 판매하고 매출을 누락한 것으로 보아 2025.11.10. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2020∼2024사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2020년 제2기∼2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하고, 위 매출누락액을 대표이사에게 상여처분하였다.

＜표1＞ 처분청의 경정ㆍ고지 내역 등

ㅇㅇㅇ

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 법인의 매출과 관련 없는 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 매출누락액에서 제외되어야 한다.

(가) 청구법인은 전화 또는 카카오톡으로 주문ㆍ판매한 대금 중 일부를 쟁점계좌로 받고 매출을 누락한 사실은 있으나, 매출누락액 중 OOO원은 A 개인의 농작물 판매대금, 사적 거래대금 등으로 청구법인의 매출과 무관하다.

＜표2＞ 매출누락액에서 제외되어야 하는 금액

ㅇㅇㅇ

(나) 쟁점금액 중 A가 개인적으로 경작ㆍ판매한 농작물 판매대금 OOO원은 매출누락액에서 제외되어야 한다.

A는 OOO 소재 전 2,428㎡를 소유하면서 농업경영체에 공동경영인으로 등록된 농업인으로, 종자ㆍ 비료ㆍ농약 구입ㆍ인건비 등을 지급한 내역도 확인되는바, A가 개인적으로 농작물을 경작하였다는 사실을 부인할 수 없다.

청구법인은 쟁점금액 중 OOO원의 경우 A가 개인적으로 경작한 농작물을 판매한 대가로 수령한 것임을 입증할 수 있는 사실확인서 총 52매를 제출하였음에도, 처분청이 청구법인의 매출과 A의 농작물 판매금액을 구분하지 않고 전액 청구법인의 매출누락액으로 간주한 것은 부당하다.

(다) 쟁점금액 중 A가 개인적으로 거래한 OOO원은 매출누락액에서 제외되어야 한다.

해당 금액은 A가 가족 및 친인척으로부터의 생활비 등을 입금받거나 지인과 거래한 대여금 회수, 중고 물품 처분 대금, 사적 모임의 경비 입금액, 오입금 반환 등으로 구성되어 있어 법인의 매출과 무관하다. 청구법인은 이와 관련하여 입금자들로부터 구체적인 입금 사유가 적시된 사실확인서를 수령하여 제출한바 있다.

(라) 쟁점금액 중 현금으로 입금된 OOO원은 매출누락액에서 제외되어야 한다.

해당 현금 입금액은 A의 개인적 현금 거래액으로 특정 주기나 패턴을 보이지 않는데도, 처분청은 현금으로 입금되었다는 사실만으로 아무런 근거 없이 청구법인의 매출누락액으로 간주하였다.

(2) 매출누락으로 인한 법인세와 부가가치세는 해당 과세기간의 감면소득비율과 과세비율을 적용하여 경정해야 한다.

(가) 청구법인은 화훼작물재배업을 영위하는 농업회사법인으로서 아래 ＜표3＞과 같이 2020∼2024사업연도 동안 전체 소득의 88.93%가 작물재배업(법인세 면제 대상)에서 발생하였고, 비감면소득비율은 9.41%에 불과하다.

＜표3＞ 청구법인의 감면소득 비율

ㅇㅇㅇ

그럼에도 처분청은 매출누락액이 감면대상인지 여부를 확인할 수 없다는 이유로 전액 비감면소득으로 보고 법인세를 부과하였는데, 청구법인의 과거 사업 구조상 93.28%의 매출이 감면 대상이라면 누락된 매출 역시 유사한 비율로 구성되었을 개연성이 매우 높으므로, 각 연도별로 청구법인이 신고한 감면ㆍ비감면 매출액비율을 적용하여 안분 계산하는 것이 합리적이다.

설령, OOO원이 모두 매출누락액이라고 하더라도 그에 대응하는 비용을 반영해야 하나 처분청은 청구법인의 평균 이익률을 고려하지 않고 매출누락액 전액을 이익으로 간주하여 과세하였다.

(나) 매출누락으로 인한 부가가치세는 해당 과세기간의 과세비율을 적용하여 경정하여야 한다.

청구법인은 화초ㆍ산식물ㆍ생화 등을 판매하고 있는 농업회사법인으로 판매되는 상품의 대부분은 「부가가치세법」 제26조에 따른 면세 품목이며, 일부 화분, 비료, 흙 등을 판매하는 경우에만 부가가치세가 과세된다.

청구법인의 2020∼2024년 동안 부가가치세 과세매출 비율은 8.85%에 불과하고 특히 2020년과 2021년은 과세매출 비율이 0%임에도 불구하고, 매출의 구분이 어렵다는 이유만으로 매출누락액 전액을 과세매출로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

＜표4＞ 청구법인의 부가가치세 과세 비율

ㅇㅇㅇ

쟁점금액의 실지 귀속이 불분명하다면 각 연도별로 청구법인이 신고한 과세매출 비율에 따라 합리적으로 안분하여 부가가치세를 재산정하여야 한다.

(3) 쟁점금액이 청구법인의 매출누락액이라면, 쟁점계좌에서 흙, 비료 등을 구입하기 위해 지출된 금액은 상여처분 금액에서 제외되어야 한다.

설령, 쟁점금액을 청구법인의 매출누락액으로 보더라도, 청구법인은 쟁점금액을 개인적인 부의 축적을 위해 유용한 것이 아니라 식물 재배에 필수적인 흙, 비료 구입 및 일용직 인건비 지급 등 식물재배업을 영위하기 위한 경비로 지출한바, 쟁점계좌에서 작물재배 관련 지출로 명확히 확인되는 OOO원과 청구법인의 대표이사 B의 계좌에서 작물재배 관련 지출로 확인되는 OOO원은 상여처분 금액에서 제외되어야 한다.

나.처분청 의견

(1) 쟁점금액은 A의 개인적인 농작물 판매대금이나 사적 거래가 아닌 청구법인의 수입금액에 해당한다.

(가) 청구법인은 A가 독립적으로 농업을 영위할 수 있는 물적 기반을 갖추고 있으며 실제 농작물 경작 내역이 확인되므로, 쟁점금액 중 OOO원은 청구법인의 매출이 아니라고 주장하나, A가 독립적으로 작물을 재배하고 판매하였다면 A 명의로 등록된 사업자가 있어야 하나, A는 2021년 4월 개업하여 2021년 6월 폐업한 개인사업자 ‘OOO’ 외에 다른 사업을 영위한 것이 확인되지 않으며, 해당 개인사업장의 사업기간도 2개월에 불과하여 2020∼2024년 동안 입금된 OOO원이 A가 개인적으로 경작ㆍ판매한 농작물의 판매대금으로 볼 수 없다.

또한 A는 청구법인의 사내이사로 등재되어 있고 청구법인이 제출한 근로소득지급명세서상 직원으로도 확인되며, 청구법인이 제출한 농업경영체 등록확인서상에서도 A는 경영주가 아닌 경영주 외 농업인으로 등록되어 있어 A가 청구법인의 직원으로서 청구법인의 수입금액을 입금받은 것으로 보는 것이 합리적이다.

아울러 청구법인이 제출한 확인서에 의하면 ‘A에게 개인 거래로 식물을 매입한 사실이 있다’는 취지로 기재되어 있어 사실확인서의 내용만으로는 A가 개인적으로 재배한 작물을 매입한 것인지, 청구법인의 작물을 A를 통해 거래한 것인지 명확하게 알 수 없다.

(나) 청구법인은 쟁점금액 중 OOO원은 A의 사적 거래라고 주장하며 입금자들이 작성한 확인서를 제출하였으나, 이는 거래 당시가 아닌 사후에 작성하여 제출된 것으로 진위가 불분명할 뿐만 아니라 실제 사적 거래임을 확인할 수 있는 중고거래 플랫폼 거래내역, 휴대전화 기록 등을 제출하지 않아 이를 인정할 수 없다.

또한 쟁점금액 중 OOO원의 경우, 청구법인은 거래에 대한 원시 자료가 없다고 진술하였으며, 계약서, 입금표, 납품 당시 사진, 택배 송장 등 청구법인의 주장을 입증할 만한 최소한의 객관적인 증빙도 제출하지 못하였다.

(2) 청구법인의 2020∼2022년 비감면 대상에 해당하는 소득 비율은 0%이며 2020∼2021년 과세매출 비율 또한 0%이나, 이후 2023∼2024년에는 비감면 대상 소득 비율이 각각 12.64%, 19.96%로 급증하였으며, 과세매출 비율도 각각 13.18%, 19.88%로 늘어난 것에 비추어 볼 때, 청구법인이 비감면 대상 소득이자 과세매출을 신고ㆍ누락했을 가능성을 배제할 수 없다.

또한 2020∼2024년도에 청구법인이 어떠한 근거를 바탕으로 감면ㆍ비감면 소득 및 과세ㆍ면세 매출을 구분했는지 전혀 확인되지 않으며, 이러한 상황에서 과세관청이 청구법인의 주장에 따라 과거 신고한 자료를 토대로 임의적으로 비율을 재계산하여 경정하는 것은 근거과세원칙에 어긋나는 것이므로, 쟁점금액 전액을 비감면 소득 및 과세매출로 보는 것이 타당하다.

(3) 청구법인은 쟁점금액이 청구법인의 매출누락으로 인정된다 하더라도 사업을 영위하기 위해 지출한 경비로 확인되는 금액을 반영하지 않고 매출누락액 전액을 대표자 상여로 처분하는 것은 위법하다고 주장하나, 청구법인은 쟁점계좌의 출금내역에 대한 소명자료 및 이와 관련된 증빙서류를 제출한 바 없다.

또한 쟁점계좌에서 출금된 내역을 살펴보면 객관적인 근거 없이 전산파일(Excel) 거래기록사항에 단순히 내용을 기재하여 소명한 것에 불과하고, ‘인건비’로 기입한 부분에서도 해당 근로자에 대한 근로소득지급명세서, 근로계약서 등 실질적으로 근로를 제공하였다는 최소한의 자료도 제출하지 않아 실 근무 여부를 확인할 수 없었으므로, 경비로 인정할 수 있는 객관적인 증빙자료가 전혀 없는 이상 쟁점금액 전액을 대표자에 대한 상여로 처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 법인의 매출과 무관한 쟁점금액은 매출누락액에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인의 법인세 감면소득비율과 부가가치세 면세비율을 고려하여 법인세와 부가가치세를 과세해야 한다는 청구주장의 당부

③ 대표이사 상여처분 금액에서 부외 경비를 차감해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2016.5.12. OOO에서 화초ㆍ산식물ㆍ생화 납품 및 원예용품 판매 등 작물재배업을 영위할 목적으로 설립되었으며, 쟁점계좌주인 A는 대표이사의 배우자로 청구법인의 사내이사로 등재되어 있다.

(나) 청구법인이 제출한 A의 농업경영체 등록확인서(경영주 B)에 의하면, A는 OOO 소재 답 2,428㎡ 등에서 기타화훼 및 조경수 등을 재배하고 있는 것으로 확인된다.

ㅇㅇㅇ

(다) 처분청의 조사내역 및 청구법인의 제출자료는 다음과 같다.

1) 처분청은 2025.4.27.∼2025.9.27. 동안 청구법인의 2020∼2024사업연도 수입금액 누락혐의에 대한 서면확인을 실시하였다.

2) 청구법인은 쟁점금액 OOO원은 A가 개인적으로 경작한 농산물의 판매대금, 사적 거래대금, 기타 현금입금액이라고 주장하며 아래와 같이 거래상대방으로부터 받은 확인서 총 59매를 제출하였다.

＜청구법인 제출 사실확인서 발췌＞

ㅇㅇㅇ

3) 처분청은 A가 제출한 사실확인서 및 거래명세표는 서면확인기간 중에 작성되었다는 사유로 쟁점금액 전액을 청구법인의 매출누락금액으로 경정하였다.

＜처분청의 서면확인 내용 발췌＞

ㅇㅇㅇ

4) 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 처분청은 쟁점계좌 전체 입금액 합계 OOO원 중 OOO원은 A의 개인거래 내역 등에 해당하는 것으로 보아 이를 제외하고 OOO원을 매출누락액으로 하여 이 건 부과처분을 한 것으로 확인된다.

5) 청구법인은 쟁점계좌 및 대표이사 B의 계좌에서 작물재배 관련 지출로 각각 OOO원과 OOO원이 지출되었다며, 관련 출금내역을 제출하였다.

6) 청구법인은 A가 실제 농작물을 경작하고 있다며, 농작물 경작 사진을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 매출누락액 중 법인의 매출과 무관한 OOO원은 매출누락액에서 제외되어야 한다고 주장한다.

그러나, 일반적으로 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세당국에게 있다 할 것이나, 과세당국이 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실이 밝혀지면 상대방이 문제된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다할 것인바(조심 2021서4750, 2021.9.30., 같은 뜻임), 처분청은 청구법인이 쟁점계좌를 이용하여 판매대금을 수령하고 이를 신고하지 아니한 사실을 확인하였고, 청구법인은 쟁점계좌를 이용하여 매출을 누락한 사실이 있음을 인정한 이상, 쟁점계좌 입금액 중 청구법인의 매출이 아닌 금액이 있다는 점에 대한 입증책임은 청구법인에게 있는데, 청구법인이 제출한 사실확인서만으로는 쟁점금액이 A가 개인적으로 경작한 작물을 판매한 대가로 수령한 것인지, 청구법인의 작물을 A가 판매한 것인지 구분되지 않고, 그 외 청구법인은 쟁점금액이 청구법인의 매출과 무관하다는 사실을 입증할만한 객관적이고 구체적인 증빙자료를 제출하지 못한 점, 처분청은 이 건 조사과정에서 쟁점계좌에 입금된 금액 합계 OOO원 중 OOO원은 A의 개인거래 내역 등에 해당하는 것으로 보아 이를 매출누락액에서 제외한 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 매출누락으로 인한 법인세와 부가가치세는 해당 과세기간의 법인세 감면소득비율과 부가가치세 면세비율을 적용하여 경정해야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점계좌를 이용하여 판매한 상품의 종류와 금액을 확인할 수 있는 자료를 제출하지 못하고 있는 상황에서, 청구법인의 주장만으로 쟁점금액이 법인세 감면대상이거나 부가가치세 면세 대상에 해당한다고 간주할 수 없는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점계좌 및 청구법인의 대표이사 계좌에서 작물재배를 위해 지출한 OOO원을 상여처분 금액에서 제외되어야 한다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하고, 다만 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있고, 대표자에 대한 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상 부당행위를 방지하기 위해 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주(OOO)하도록 하는데 그 취지가 있는 점, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있으므로 그에 대한 입증책임은 과세관청보다는 납세의무자에게 있다 할 것인데(OOO), 청구법인은 매출누락에 대응하는 부외경비를 입증할 수 있는 구체적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 위 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(라) 따라서 처분청이 쟁점계좌를 이용하여 매출을 누락한 것으로 보아 청구법인에게 법인세와 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ② 법 제68조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 재정경제부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 재정경제부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업회사법인”이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5 제1항 제6호 가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득. 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.

(3) 부가가치세법

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물, 임산물 포함) 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물, 임산물로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 법인세법 시행령

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타사외유출

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 기 귀속자에 대한 기타소득