[청구번호]

조심 2026부1219 (2026.06.22)

[세 목]

부가

[결정유형]

기각

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[제 목]

세무조사 중지 요청을 거부한 채, 조사를 강행하여 과세한 처분이 부당하다는 청구

[결정요지]

「국세기본법」 제63조의9 등을 보면 세무공무원이 사정에 따라 세무조사를 중지할 수 있도록 한 재량적 성격으로 보일 뿐, 강행성격으로 보기 어려움

[관련법령]

[참조결정]

조심2025부2383 / 조심2025부3225

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2023.11.1. 사업자등록(광고․마케팅 등)을 한 이래 2025.11.15.까지 약 2년간 총 11회에 결쳐 사업장소재지를 정정한 이력이 있는 자로, 2025.4.14. 자신에 대한 부가가치세 세목별조사(자료상혐의)가 착수되자, 2025.4.15. 및 2025.4.17. 의학상․건강상의 이유로 세무조사를 중지해 달라고 신청하였다.

나. 처분청은 청구인의 요청이 법령상 세무조사 중지 사유에 해당하지 않는다고 보아 거부하였고, 이후 세무조사를 거쳐 2025.11.26. 청구인에게 2024년 제1기 및 제2기의 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 의료전문가의 의학적 판단이 반영된 진단서를 첨부하여 세무조사를 중지해 달라고 요청하였음에도, 처분청은 이를 무시한 채, 세무조사를 강행한 다음 위법․부당한 이 건 처분을 하였는바, 적법절차, 납세자보호 등을 위반한 처분으로 즉시 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 주장하는 건강상 사정은 「국세기본법 시행령」 제63조의9가 정한 세무조사 중지 사유에 해당한다고 보기 어렵고(국세청 납세자보호위원회도 이 건 세무조사 진행을 정당하다고 판단하였다), 이후 적법한 절차(세무조사 결과통지, 과세예고통지 및 과세전적부심사)를 거쳐 이 건 처분을 하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세무조사 중지 요청을 거부한 채, 조사를 강행하여 부가가치세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다.

제81조의8(세무조사 기간) ④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.

(2) 국세기본법 시행령

제63조의7(세무조사의 연기신청) ① 법 제81조의7 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때

2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때

3. 권한 있는 기관에 장부, 증거서류가 압수되거나 영치되었을 때

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있을 때

제63조의9(세무조사의 중지) 법 제81조의8 제4항에서 “납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우

5. 제63조의16 제1항 제1호(같은 조 제2항에서 위임한 경우를 포함한다)에 따라 법 제81조의16 제2항에 따른 납세자보호관 또는 담당관이 세무조사의 일시중지를 요청하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2023.11.1. OOO 소재지를 사업장으로, “A”라는 상호로 사업자등록(서비스업)을 한 후 그간 사업장을 2024.6.11. OOO, 2024.7.29. OOO, 2024.9.30. OOO, 2024.10.17. OOO, 2024.11.5. OOO, 2024.11.13. OOO, 2024.11.20. OOO, 2025.2.6. OOO, 2025.3.12. OOO, 2025.8.16. OOO, 2025.11.15. OOO로 각각 이전하여 현재까지 사업을 영위하는 계속사업자이다(약 2년 걸쳐 총 11회에 걸쳐 시업장 소재지를 정정).

(2)처분청(조사과)은 2025.4.14.∼2025.6.20.을 조사기간으로 하여 청구인에 대한 2023년 제2기부터 2024년 제2기까지의 부가가치세 세목별조사(자료상 혐의)를 2025.4.14. 착수하였으나, 청구인은 2025.4.15. 질병으로 인한 입원치료를 이유로 2025.4.14.∼2025.10.31. 기간 중 세무조사 중지를 신청(이하 “1차신청”이라 한다)하였다.

(3)처분청은 1차신청에 첨부된 병원진단서가 위조임을 확인하고 2025.4.16. 거부하였고, 이에 청구인은 새로운 진단서를 발급받아 2025.4.17. 재차 신청(이하 “2차신청”이라 한다)하였는데, 처분청은 청구인의 제시 사유가 「국세기본법 시행령」 제63조의9 제1호에 따른 세무조사 중지 사유에 해당하지 아니한다고 보아 2025.4.21. 2차신청을 거부(이하 “쟁점거부”라 한다)하였다.

(4)한편, 청구인은 2025.4.17. 서울지방국세청장에게 권리보호요청을 접수하였고, 이를 인계받은 부산지방국세청 납세자보호위원회는 심의결과, 쟁점거부는 정당했다며 2025.5.1. 청구인에게 그 결과를 통지하였다.

(5)이후 청구인은 2025.5.7. 국세청장에게 재차 납세자권리 보호 요청을 접수하였고, 국세청 납세자보호위원회도 이를 심의하여 2025.6.2. 청구인에게 동일한 결과(쟁점거부는 정당함)를 통보하였다.

(6)청구인은 이에 불복하여 2025.6.4. 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 과세처분이 이루어지지 아니한 상태에서의 쟁점거부는 불복청구의 대상이 되는 처분이 아니라는 취지로 각하 결정(조심 2025부2383, 2025.7.8.)을 하였다.

(7) 청구인은 2025.6.4. 부산지방국세청장에게 권리보호 요청을 재차 접수하였고, 부산지방국세청 납세자보호위원회는 심의 후 청구인에 대한 권리침해 사실 및 위법·부당성은 없다며 2025.6.25. 청구인에게 같은 결과를 통지하였다.

(8)이후 청구인은 2025.6.30. 국세청장에게 권리보호 요청을 재접수하였고, 국세청이 이를 심의한 결과 처분청의 조사 진행은 정당하다고 보아 2025.7.22. 청구인에게 시정 불가함을 통보하였다.

(9)청구인은 이에 또 불복하여 2025.7.23. 심판청구를 제기하였으나, 앞선 2025.6.4. 심판청구와 같은 취지로 각하로 결정(조심 2025부3225, 2025.9.22.)되었다.

(10) 세무조사가 종료되어, 처분청은 청구인이 2023년 제2기부터 2024년 제2기까지의 과세기간 동안 수수한 세금계산서는 실물거래가 없었다고 보아, 이 건 부가가치세를 부과하였는데, 청구인은 이에 불복하여 납세자요청 등 적법절차가 준수되지 않았다는 등의 취지로 이 건 심판청구를 제기하였다.

(11) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 자신의 세무조사 중지 요청을 무시한 채, 조사를 강행한 다음 이 건 부가가치세를 부과한 것은 납세자권리 침해 등 절차상 중대한 하자가 있다고 주장하나,

세무조사 중지와 관련한 「국세기본법」상의 규정을 살펴보면, 원칙적으로 세무공무원이 사정에 따라 세무조사를 중지할 수 있도록 한 재량적 성격으로 보일 뿐, 납세자의 요청에 따라 반드시 중지하여야 하는 강행적 성격은 아닌 것으로 보이는 점(물론, 납세자도 세무조사 연기신청에 준하여 세무조사 중지를 신청할 수 있으나, 「국세기본법」 제81조의8 제4항은 그에 대해 “조사공무원이 세무조사를 중지할 수 있다”고 규정하여, 재량적으로 판단할 수 있음이 나타난다),

청구인이 1차신청 당시 제출한 진단서는 허위였던바, 연이은 2차신청도 신뢰할 수 없었다는 처분청의 판단이 부당했다고 보기도 어려운 점(특히, 청구주장에 따르면, 청구인은 세무조사를 받지 못할 정도로 건강상에 사정이 있다고 하면서도, 사업장은 2년간 11회에 걸쳐 이동한 점을 고려하면 더욱 그러하다), 부산지방국세청과 국세청 납세자보호위원회도 처분청의 조사진행이 정당하다고 판단한바, 세무조사 중지요청 거부가 담당 조사공무원의 주관적․직관적 판단이었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 세무조사 중지요청을 거부하고 조사를 진행하여 청구인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분에는 달리 잘못은 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.