[청구번호]

조심 2025지1405 (2026.07.03)

[세 목]

취득

[결정유형]

취소

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[제 목]

청구법인이 창업중소기업 유예기간 내에 이 건 부동산을 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 경감한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[결정요지]

이 건 건축물과 이 건 토지 중 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ가 사용한 면적(16.5㎡)은 추징 대상에 해당하나 이 건토지 나머지 면적에 대해서는 직접 사용한 것으로 봄이 타당

[관련법령]

지방세특례제한법 제58조의3

[참조결정]

조심2010지0341 / 조심2022지0306

[따른결정]

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[주 문]

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2019.10.31. 경기도 안성시 미양면 OOO 토지(답, 3,759㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 2021.12.22. 이 건 토지 지상에 건축물(공장, 495㎡, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 신축하여 취득하였고, 청구인은 각 2019.10.31. 및 2021.12.29. 처분청으로부터 이 건 부동산의 취득이 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 4년 이내 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득한 부동산에 해당하는 것으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받고, 나머지 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 이 건 부동산을 취득한 후, 「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제1호에 따른 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 기 경감한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2025.2.19. 청구인에게 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 중소기업 A(이하 “A”이라 한다)을 운영하기 위하여 이 건 부동산을 취득하여 OOO을 생산하는 공장으로 사용하고자 하였으나, 코로나19로 인한 중국 내 강력한 봉쇄 조치로 사업 운영에 필수적인 원자재 및 부자재 조달이 어려웠다.

비록 코로나19로 인하여 중국에서 헛개차 원자재 등 수입 및 장비설비 설치 등에 애로가 있어 정상적으로 공장을 준공한 후 가동하지는 못했지만, 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)이 이 건 부동산을 무단사용(2024.8.8.)하기 이전까지는 청구인이 이 건 부동산을 별도 다른 목적으로 사용한바 없이 헛개원료를 활용한 헛개차 음용수 개발 등을 위하여 직접·사용하였고, 처분청이 주장하는 C가 이 건 부동산 일부에 사업자등록을 개설(2022.8.15. 사업장면적 : 16.5㎡)한 것도 이 건 취득세 등 부과처분이 있은 후에야 알게 되었다.

또한, 청구인이 OOO되면서 「OOO법」에 따른 영리업무 종사가 금지되면서 부득이하게 정상적으로 이 건 부동산을 사용하지 못하였으므로 이는 「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제1호에 따른 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하였는지 여부

감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정조건을 붙여 감면하는 것으로 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우는 감면효력이 상실된다(조심 2010지341, 2011.5.17. 참조)할 것이고,

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조)으로서,

청구인은 황기, 오가피, 헛개나무, 엄나무, 건율, 당귀를 가공에 사용한다는 이유로 「지방세특례제한법」제58조의3의 감면을 받았으나,

처분청이 출장하여 확인한바에 따르면 이 건 부동산에 가공에 필요한 시설 장치 등은 확인되지 아니하고, B이 사용하는 물품 등만 적치되어 있는 것이 확인된 점,

청구인 스스로 코로나19 및 OOO 등의 사유로 이 건 부동산을 감면 목적에 맞게 사용하지 못했다고 서술하고 있어 이 건 부동산을 감면받은 용도로 사용하지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보인다.

(2) 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지 여부

“정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애 사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책 사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하는데(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 참조),

청구인은 코로나19로 인하여 원자재를 수입할 수 없는 불가항력적인 상황을 고려하여야 한다고 주장하나, 코로나19를 청구인이 이 건 부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려우며(조심 2022지306, 2022.11.10. 참조),

또한, 청구인이 OOO되어 영리활동 금지로 부득이하게 이 건 부동산을 감면목적으로 사용하지 못하였다고 주장하나, 청구인은 OOO 임기가 시작되었는데, OOO의 임기는 이 건 토지 취득(2019.10.31.) 이후 3년 뒤 개시되었으므로, 이 건 토지를 감면받은 용도로 사용하지 못한데 이유가 없다 할 것인 점,

이 건 건축물의 경우 취득(2021.12.22.)한 후 3년 이내에 OOO 임기가 시작되었기는 하나, 「OOO법」제29조의2 제2항에서 OOO 영리업무에 종사하고 있는 경우에는 임기 개시 후 6개월 이내에 그 영리업무를 휴업하거나 폐업하여야 한다고 정하고 있는바, 청구인은 OOO 임기개시일인 2024.5.30.부터 6개월 이후인 2024.11.30.부터 영리업무가 금지된 것으로 보이므로 이는 이 건 건축물의 감면유예기간(3년) 종료일인 2024.12.22.과 겹치는 기간이 약 50일 가량에 불과한 점,

청구인은 OOO될 경우 영리업무가 금지된다는 것을 사전에 충분히 알고 있었을 것이고, 그럼에도 불구하고 OOO하기로 결정한 것은 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 보기 어려워 정당한 사유로 인정될 수 없는 것 등을 종합하여 볼 때 청구인이 이 건 부동산을 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 보기가 어렵다.

(3) 따라서 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 창업중소기업 유예기간 내에 이 건 부동산을 직접 사용하지 아니하거나 다른 용도로 사용한 것으로 보아 기 경감한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구인은 2019.10.31. 이 건 토지를 취득한 후, 같은 날 처분청에 아래 사업계획서를 첨부하여「지방세특례제한법」제58조의3 제1항의 규정에 따라 창업중소기업이 4년 이내 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하였고, 처분청은 같은 날 감면결정을 한 것으로 확인된다.

○○○

(나) 청구인은 2019.10.22. 처분청(창조경제과)으로부터 아래와 같이 사업계획승인을 받은 것으로 확인된다.

○○○

(다) 청구인은 2019.10.31. 평택세무서장으로부터 아래와 같이 사업자등록증을 발급받은 것으로 확인된다.

○○○

(라) 이 건 건축물의 건축물대장을 보면 청구인은 이 건 건축물을 신축하기 위하여 처분청으로부터 2020.4.23. 건축허가를, 2020.6.30. 착공신고 수리통지를, 2021.12.22. 사용승인을 받은 것으로, 이 건 토지 전체는 이 건 건축물의 부속토지로, 구조는 일반철골구조로, 층수는 1층으로, 용도 및 면적은 공장(429㎡), 사무실(57㎡) 및 화장실(9㎡)로 기재되어 있는 것으로 확인된다.

(마) 중소벤처기업부장관은 2021.12.29. 청구인에게 아래와 같이 중소기업확인서를 발급한 것으로 확인된다.

○○○

(바) 처분청이 이 건 부동산에 출장후 작성한 결과보고서를 보면 이 건 부동산은 B이 사용중인 것으로 확인되고, B의 법인등기를 보면 경기도 안성시 미양면 OOO을 본점소재지로, 친환경기술 제조·판매업, 친환경비료 제조·판매업 등을 목적사업으로 하여 2024.8.8. 설립되었고, 대표이사는 충청남도 천안시에 주소를 둔 a이 대표이사로, 청구인은 B의 임원으로 기재되어 있지 않은 것으로 확인된다.

(사) 처분청은 2025.5.14. 이 건 부동산에 출장한 후 아래와 같이 결과보고한 것으로 확인된다.

○○○

(아) 처분청은 위 사실관계 (사) 출장당시 촬영한 현황사진 등을 우리원에 제출하였고, 그 사진을 보면 이 건 건축물에 B 간판 등이 부착되어 있는 것으로 확인된다.

(자) 처분청이 위 사실관계 (사) 출장당시 조사한 C 및 B의 사업자등록증을 보면 C는 2022.8.15. 개업한 것으로, 사업장면적은 16.5㎡(1층 출입구 좌측사무실 책상한켠 주차장 및 화장실 사용)으로 기재되어 있고, B은 2024.8.13. 개업한 것으로, 사업장면적은 198㎡로 기재되어 있다.

(차) 처분청이 제출한 자료에 따르면 청구인이 처분청에 주민세(사업소분), 지방소득세(특별징수분)을 납부한 내역이 없는 것으로 확인된다.

(카) 코로나19는 2023.6.1. 격리의무가 권고로 전환되고, 감염병 등급이 2023.8.31. 2급에서 4급으로 하향 조정된 것으로 확인된다.

(타) 청구인은 OOO한 것으로 확인된다.

(파) 청구인은 이 건 심판청구 심리일까지 이 건 부동산을 소유하고 있는 것으로 확인된다.

(하) 처분청이 2025.2.19. 청구인에게 부과한 이 건 취득세 등은 이 건 토지 취득에 대한 취득세 등 합계 OOO원과 이 건 건축물 취득에 대한 취득세 등 합계 OOO원의 합(OOO원)인 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 하면서 그 제1호에서 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)이라고 규정하고 있고, 같은 조 제7항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다고 하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우라고, 제2호에서 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우라고, 제3호에서 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우라고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 적법하다는 의견이나,

청구인은 창업일(2019.10.31.)부터 4년 이내인 2019.10.31. 이 건 토지를, 2021.12.22. 이 건 건축물을 신축하여 취득한 후 B에게 임대한 날(2024.8.8.)까지 청구인이 해당 사업에 직접 사용한 것으로 보이는 점[2022.8.15. 개업한 C 사업장 건축물면적(16.5㎡) 및 그 부속토지는 제외],

청구인은 이 건 토지를 취득(2019.10.31.)한 후 3년 이내에 해당 사업에 사용하기 위하여 이 건 건축물을 신축(2021.12.22.)하였고, 3년(2022.10.30.) 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각․증여한 것으로 볼만한 사정이 확인되지 않는바[2022.8.15. 개업한 C 사업장 건축물 면적(16.5㎡)의 그 부속토지는 제외], 이 건 토지 취득은 「지방세특례제한법」 제58조의3 제7항의 추징요건에 해당하지 않는 점,

반면, 이 건 건축물의 경우는 신축하여 취득(2021.12.22.)한 후 3년(2024.12.21.) 이내에 B에게 임대(2024.8.8.)하여 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수 있어 「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제2호에 따른 추징요건에 해당하고 동 규정에서는 정당한 사유가 기재되어 있지 않아 정당한 사유 여부에 대한 판단이 필요없는 점 등에 비추어,

청구인이 취득한 이 건 부동산 중 이 건 건축물과 이 건 토지 중 C가 사용한 부분(건축물 연면적 16.5㎡)의 그 부속토지는 「지방세특례제한법」제58조의3 제7항에 따른 추징대상에 해당되는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 "확인일"이라 한다)부터 4년간 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)

2. 2020년 12월 31일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 "창업벤처중소기업"이라 한다)

② 2020년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용(임대는 제외한다)하는 부동산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는 용도지역별적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 확인일)부터 3년간 재산세를 면제하고, 그 다음 2년간은 재산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대해서는 등록면허세를 면제한다.

1. 2020년 12월 31일까지 창업하는 창업중소기업의 법인설립 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)

2. 2020년 12월 31일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인일부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다.

2. 제조업

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 「조세특례제한법」 제31조 제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 "중소기업간 통합"이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 "법인전환"이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것)

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제64조의2의 개정규정은 2021년 1월 30일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제4조(창업중소기업 등에 대한 감면에 관한 적용례) 제58조의3 제1항, 제2항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업하는 경우부터 적용한다.

제9조(창업중소기업 등에 대한 감면에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 창업한 기업에 대한 지방세의 경감에 관하여는 제58조의3 제1항, 제2항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29438호로 개정된 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일

2. 개인이 창업하는 경우: 「부가가치세법」 제8조에 따른 사업자등록일