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[청구번호]	조심 2026소0949 (2026.06.30)

[세 목]	양도	[결정유형]	취소
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[제 목]	쟁점매매계약서상 가액을 쟁점토지의 실제 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부 (인용)

[결정요지]	∘쟁점검인계약서상 계약금 및 중도금에 대한 기재가 없이 매매대금을 일시불로 지급하는 것으로 기재되어 있어 실제 거래내용을 반영하였다고 보기 부족한 점, ∘청구인이 쟁점매매계약서, 계약금 및 잔금 영수증, 잔금 관련 계좌거래내역 등을 증빙으로 제시하고 있고, 해당 증빙들이 사후에 임의 작성되었다는 사정이나 정황이 확인되지 않으며, 잔금 영수증 작성일과 계좌거래내역상 출금일이 일치하는 것으로 확인되는 점, ∘2006.6.1.「부동산등기법」이 개정되기 전 관행상 취등록세 등을 적게 납부할 목적으로 실제 매매계약서 외에 별도의 검인계약서를 작성하여 검인계약서상 가액이 실지거래가액보다 낮게 작성되는 경우가 다수 있는 점 등을 종합해볼 때, ∘쟁점검인계약서상 가액을 쟁점토지의 실제 취득가액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.


[관련법령]	소득세법 제88조

[참조결정]	조심2012서4088

[따른결정]
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[주 문]

연수세무서장이 2025.6.27. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 강원특별자치도 OOO 전 3,534㎡의 취득가액을 실지거래가액인 OOO원으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1.처분개요

가.청구인은 2004.6.29. 매매로 취득한 강원특별자치도 OOO 전 3,534㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2024.1.18. 매매를 원인으로 OOO원에 양도하고, 쟁점토지의 취득가액을 소유권이전등기 신청 시 첨부된 2004.6.25.자 검인계약서(이하 “쟁점검인계약서”라 한다)상 가액인 OOO원으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나.이후 청구인은 쟁점토지의 취득가액으로 신고한 실지거래가액이 쟁점검인계약서상 가액이 아닌 청구인과 전 소유자 A 간에 별도로 작성된 2004.5.15.자 매매계약서(이하 “쟁점매매계약서”라 한다)상 가액인 OOO원이라고 주장하며, 당초 납부한 세액의 일부인 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 2025.3.31. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

다.처분청은 청구인이 주장하는 실지거래가액을 인정할 객관적인 증빙이 부족하다고 보아, 2025.6.27. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2025.9.2. 이의신청을 거쳐, 2026.1.2. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1)청구인과 쟁점토지의 전 소유자 A이 실제 거래내용을 기재하여 작성한 쟁점매매계약서 상에는 쟁점토지의 매매대금으로 OOO원이 명확히 기재되어 있다.

청구인은 처분청에 이의신청을 제기하면서 쟁점토지 취득 당시 작성된 쟁점매매계약서, 쟁점검인계약서, 중개대상물확인․설명서, 계약금 및 잔금 영수증의 원본을 제출하였고, 이의신청 심리과정에서 해당 서류들에 대한 작성시기 동일 여부, 날인된 인장의 동일 여부 확인을 위한 문서감정을 요구한바, 서울지방국세청 OOO의 회신에 따르면 ‘작성시기의 판단은 어려우나, 원본서류에 날인된 매도인 및 전 소유자 A의 인영은 모두 동일한 인영일 가능성이 높은 것으로 분석된다’고 회신하였다.

위 서류들에 날인된 A의 인영을 청구인이 임의로 날인하였다고 보기는 어렵고 A이 본인의 의사에 기해 날인한 것으로 추정할 수 있는데, 대법원 1990.6.26. 선고 88다카22169 판결 등에 따르면 쟁점매매계약서와 같은 처분문서의 경우 그 진정성립이 인정되는 이상 이를 부정할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 그 기재내용대로의 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 한다고 판시하고 있다. 따라서 쟁점매매계약서 및 영수증 등의 서류도 그 기재내용대로 의사표시의 존재 및 내용이 인정되어야 하는 것이다.

(2)청구인이 쟁점매매계약서 상 계약금, 중도금, 잔금을 A에게 지급한 사실은 A이 작성한 영수증 및 청구인의 계좌거래내역 등으로 확인할 수 있다.

청구인이 제출한 OOO지점의 계좌거래내역 상 2004.6.25. 청구인의 계좌에서 OOO원이 출금된 내역이 확인되고 동 금액에서 중개업자에게 지급한 중개수수료 OOO원을 공제하면 쟁점매매계약서 상 잔금인 OOO원과 거의 일치함을 알 수 있다. 2004.6.25. 출금내역 상 이체 상대방은 확인되지 아니하나, 출금일과 잔금지급일이 동일하고 출금액도 잔금액수와 거의 동일하다는 점에서 동 출금내역이 쟁점토지 매수에 따른 잔금지급을 위한 것임은 충분히 입증된다고 할 수 있다.

다만 2004.5.27.에 지금된 중도금 OOO원에 관한 자료는 청구인도 찾지 못했는데, 당시 현금이나 수표로 지급하였던 것으로 기억하고 중도금 영수증의 경우 이를 분실한 것으로 보인다. 하지만 쟁점토지의 취득은 무려 20여년 전인 2004년에 있었던 일로서 당시는 현재와 같은 금융거래내역의 장기 보존 관행이나 제도가 정착되어 있지 않았는바, 일반 납세자에게 20년이 훨씬 경과한 시점에 이르러 중도금 관련 증빙을 제출할 것을 요구하는 것은 사회통념상 기대가능한 범위를 넘은 것이다. 계약금과 잔금에 대한 증빙을 명확히 제출하였다면 중도금을 포함한 전체 대금이 실질적으로 지급되었을 개연성이 충분히 인정되는 것이다.

(3)쟁점검인계약서는 실제 거래의 경과를 반영하지 아니한, 절세를 목적으로 형식적으로 작성된 이른바 다운계약서에 해당한다.

쟁점검인계약서는 2004.6.25.이 계약체결일로 기재되어 있고 매매대금이 일시불로 기재되어 있는 등 통상적인 거래관행과 부합하지 않는 내용으로 작성되었다. 또한 거래를 중개한 공인중개사의 기재가 누락되어 있으며, 청구인의 도장은 막도장으로 날인되어 있다. 이러한 점을 종합할 때 실제 거래의 경과를 충실히 반영하기보다는 검인절차의 편의상 단순화된 형식을 취한 것이라고 보인다.

2004년 당시는 부동산실거래가 신고제도가 본격적으로 시행(2006.1.1.)되기 이전으로서 그 이전에는 실거래가 신고의무가 없어 공시지가를 반영하여 작성되는 검인계약서를 기준으로 취․등록세를 납부하는 것이 관행이었다. 전 소유자인 A도 다운계약서 작성의 동기가 분명하였던바, A은 2004.3.3. 쟁점토지를 취득하여 2004.6.29. 청구인에게 양도하였는데 이는 1년 미만의 단기 양도에 해당하여 당시 50%의 높은 양도소득세율이 적용되는 경우였고, 따라서 양도소득세를 회피하기 위해 실제 거래가액보다 현저히 낮은 금액으로 이른바 다운계약서인 쟁점검인계약서를 작성한 것이다.

(4)쟁점토지가 소재한 강원특별자치도 OOO 소재의 토지 중 면적이 1,000㎡∼5,000㎡이고 지목이 전인 토지의 2006년 실거래가에 따르면 쟁점검인계약서 상 매매대금 OOO원은 전혀 현실성이 없는 금액임이 확인된다.

국토교통부 실거래가 조회시스템 상 2006년 쟁점토지 인근의 토지들의 실거래가는 아래 ＜표1＞과 같은바, 쟁점검인계약서상 매매대금을 기준으로는 그 가액이 1㎡당 OOO원이 되는데 비교토지(1∼12)들의 2006년 실거래가 평균은 OOO원/㎡으로서 매우 큰 차이가 나는 것을 알 수 있다.

＜표1＞실거래가 비교

OOO

이는 2년 간 토지가격의 상승이 있었던 점을 고려하더라도 쟁점검인계약서상 매매가격은 실제 매매가격이 아닌 검인용 매매가격을 기재한 것이라는 것을 알 수 있다.

처분청은 양도일 기준 개별공시지가(OOO원/㎡)가 쟁점토지 취득당시 개별공시지가(OOO원/㎡)에 비해 약 13배 정도 상승한 것을 고려하면, 최초 신고한 취득가액 OOO원이 양도가액 OOO원의 약 1/10으로서 청구인이 주장하는 취득가액보다 더 적정하다는 의견이나, 이는 쟁점검인계약서상 취득가액이 실제 취득가액이라는 전제에서 출발하는 순환논리의 오류를 범한 것일 뿐더러, 공시지가와 실거래가의 괴리를 고려하지 못한 단순 비교일 뿐이다. 2004년 당시는 실거래가 신고제도 시행 이전으로 공시지가와 실거래가의 괴리가 현재보다 훨씬 컸던 시기이며, 쟁점토지가 위치한 OOO 지역은 OOO 등의 개발이 예정되어 있어 2004년 당시 이미 개발 기대감이 반영된 가격으로 거래되었을 가능성이 매우 높다.

나.처분청 의견

(1)검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약대로 작성된 것으로 추정되는 것이므로, 쟁점토지의 취득가액은 쟁점검인계약서 상 가액인 OOO원으로 보아야 한다.

청구인은 쟁점검인계약서가 그 당시 관행상 작성된 다운계약서라고 주장하나, 판례(대법원 1993.4.9. 선고, 93누2353 판결 참조) 등에 따르면 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약대로 작성된 것으로 추정된다. 청구주장과 같이 쟁점검인계약서의 기재내용을 번복하기 위해서는 해당 거래가액이 허위임을 인정할 만한 구체적이고 객관적인 반증이 필요하지만, 청구인은 쟁점검인계약서와 다르게 실제 작성하였다고 주장하는 쟁점매매계약서상의 금액에 대해서도 객관적으로 입증할 만한 금융거래내역 등 자료를 제출하지 못하였다.

또한 검인계약서는 관할관청의 검인이 있고, 이를 토대로 취․등록세 세액산출 및 소유권이전등기가 이루어지는 것이기 때문에 양도소득세 과세표준 산정에 있어서도 검인계약서상 매매대금을 실지거래가액으로 봄이 타당하다.

(2)청구인은 쟁점검인계약서의 추정력을 부인하면서 2006년 쟁점토지 인근의 실거래가 분포 등에 비추어 쟁점검인계약서상의 거래가액은 적절하지 않다고 주장하나, 취득가액은 시세 추정에 의해 인정될 사항이 아니라 실제 지급되어 매도인에게 귀속된 금액을 입증하여야 하는 것으로, 취득시점과 2년의 시차가 있는 거래의 사례를 근거로 2004년의 실지거래가액을 판단하여 검인계약서의 추정력의 번복 근거로 삼는 것은 타당치 않다.

(3)청구인은 쟁점매매계약서상 계약금․중도금․잔금이 구체적으로 기재되어 있는바, 중도금에 대한 증빙이 없더라도 사회통념 및 경험칙상 이를 부인하는 것은 과도한 형식논리이며 납세자에게 과도한 책임을 지우는 것이라고 주장하나,

이는 실제로 매도인에게 지급 및 귀속되었음을 확인할 최소한의 객관적 자료요구에 불과하며, 실지거래가액은 추정이나 관행에 의해 인정될 수 있는 사항이 아니라 실제 지급되어 매도인에게 귀속된 금액을 객관적으로 입증하여야 할 사항으로 청구인은 쟁점매매계약서상 가액에 대해 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있다

청구인은 당시 청구인의 예금통장에서 인출된 금액은 쟁점토지 취득에 사용되었고, 제출된 계약서 및 관련증빙에 2004년 당시 매도인 A의 인영이 확인되므로 실제 취득가액으로 보아야 한다고 주장하나,

계약금, 중도금, 잔금의 이체내역이 제대로 확인되었다고 볼 수 없고, 잔금일 당시 예금통장에서 인출된 금액이 해당 토지의 쟁점매매계약서상 잔금과 유사한 액수이지만 실제 수령자가 확인되지 아니하여 동 금액이 쟁점토지의 취득에 사용되었다고 단정할 수도 없다. 그리고 제출한 계약금, 잔금 관련 영수증도 사인간 임의 작성이 가능한 것으로 객관적인 증빙으로 보기 어렵다.

(4)종합해보면, 청구인이 주장하는 다운계약의 관행, 2년의 시차가 있는 사후적인 유사매매사례 시세자료 및 객관적인 증빙이 없는 쟁점매매계약서는 쟁점검인계약서의 기재내용을 직접적으로 부정할 반증으로 보기는 어렵다고 판단된다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점매매계약서에 따른 거래가액을 쟁점토지의 실제 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1)쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점토지의 전 소유자 A은 쟁점토지를 2004.3.3. 매매로 취득한 후, 2004.6.29. 청구인에게 매매로 양도하였고, 청구인은 쟁점토지를 계속 보유하다가 2024.1.18. OOO원에 매매로 양도하였다.

(2)청구인과 A은 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하고, OOO지방법원에 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점검인계약서를 제출하여 소유권이전등기를 신청하였는바, 이에 따르면 매매대금 OOO원을 일시불로 지급하는 것으로 기재되어 있고, A과 청구인의 도장이 날인되어 있으며, 작성일로는 2004.6.25.이 기재되어 있다.

＜표2＞ 쟁점검인계약서

OOO

(3)청구인은 쟁점검인계약서가 아닌 쟁점매매계약서 상의 가액이 쟁점토지의 실지거래가액이라고 주장하며 아래와 같은 자료를 제출하였다.

(가)청구인이 제출한 아래 ＜표3＞의 쟁점매매계약서(작성일 : 2004.5.15.)를 제출한바, 이에 따르면 매매대금으로 OOO원(계약금 OOO원, 중도금 OOO원 잔금 OOO원)이 기재되어 있고, 매도인으로는 A의 성명과 도장 날인이 확인되며, 매수인으로는 청구인의 성명과 그 대리인인 B의 성명 및 도장 날인이 확인된다.

또한 특약사항란에 ‘1. 현재 농사지으시는 분의 지위 승계한다(백미)’라고 기재되어 있고, 중개업자란에는 ‘OOO’ C의 성명과 도장 날인이 확인된다.

＜표3＞쟁점매매계약서

OOO

(나)청구인은 쟁점매매계약서의 내용과 같이 A에게 계약금․중도금․잔금을 지급하였다고 주장하며 A의 기명날인이 되어 있는 계약금 및 잔금영수증을 아래 ＜표4＞와 같이 제출하였다.

＜표4＞계약금 및 잔금 영수증

OOO

(다)청구인이 잔금지급 증빙으로 제출한 아래 ＜표5＞의 청구인 명의 계좌의 거래내역에 따르면 청구인의 계좌에서 OOO원이 지급된 것으로 확인된다.

＜표5＞계좌거래내역

OOO

(라)청구인이 제출한 공인중개사(OOO공인중개사 C)의 중개수수료 영수증에는 ‘거래액 OOO원에 대하여 청구인 부담으로 OOO원을 영수하였다’는 취지의 내용이 기재(작성일 : 2004.6.25.)되어 있다.

(마)청구인은 쟁점토지를 매수할 당시인 2004년은 ‘부동산 실거래가 신고제’가 도입되기 이전으로서, 공시지가에 따라 작성되는 검인계약서를 기준으로 부동산 취․등록세를 납부하는 것이 관행이었다는 주장에 대한 증빙으로 아래 ＜표6＞의 언론기사를 제출하였다.

＜표6＞부동산 실거래가 신고제 도입 관련 언론기사(청구인 제출)

OOO

(4)청구인은 이 건 이의신청 심리과정에서 쟁점검인계약서, 쟁점매매계약서, 계약금 및 잔금 영수증, 중개대상물확인․설명서의 원본 서류를 제출하며 작성시기 동일여부, 날인된 인장의 동일여부 확인을 위한 문서감정을 요구하였고, 서울지방국세청 OOO은 문서감정결과 아래 ＜표7＞과 같이 ‘잉크분석에 따른 작성시기는 판단불명이고, 쟁점검인계약서 및 쟁점매매계약서 등에 날인된 A의 인영은 모두 동일한 인영일 가능성이 높다’고 회신하였다.

＜표7＞문서감정결과 회신내용

OOO

(5)처분청이 제출한 A의 양도소득세 신고서에 따르면, A은 2004.6.29.자 쟁점토지 양도에 대해 취득가액을 OOO원으로, 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고서를 제출한 것으로 확인되고, 처분청 담당자가 2025.9.12. 협조공문을 통해 A에게 당시의 ‘실제거래가액 및 이를 입증할 수 있는 서류를 요청’하였으나, A은 ‘20년 전의 일이어서 기억하지 못한다’는 취지로 회신한 것으로 확인된다.

(6)청구인의 쟁점토지 취득․양도 당시 공시된 연도별 공시지가 및 보유기간 중 상승률 등은 아래 ＜표8＞과 같이 나타난다.

＜표8＞연도별 개별공시지가 등

OOO

(7)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 계약 내용대로 작성되었다고 추정되고 쟁점매매계약서상 거래가액이 실지거래가액이라는 객관적인 증빙이 부족하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견이나,

부동산의 양도차익을 산정함에 있어 ‘실지거래가액’이라 함은 취득당시 거래당사자간에 실제로 거래된 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 가액을 말하는 것이므로, 검인계약서의 경우에도 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 보기 어려운 특별한 사정이 있다면 그 거래가액을 실지거래가액으로 확정하기는 어렵다 할 것인바(조심 2012서4088, 2021.7.6. 같은 뜻임),

쟁점검인계약서의 경우 계약금 및 중도금에 대한 기재가 없이 매매대금을 일시불로 지급하는 것으로 기재되어 있고, 쟁점매매계약서 상 기재된 특약사항도 확인되지 아니하는 등 실제 거래내용을 반영하였다고 보기에는 미흡한 측면이 존재하는 점, 청구인이 쟁점검인계약서 외에 실제 거래내용을 반영하였다는 쟁점매매계약서, 계약금 및 잔금 영수증, 잔금 관련 계좌거래내역 등을 증빙으로 제시하고 있고, 해당 증빙들이 청구인에 의해 사후에 임의로 작성되었다는 사정이나 정황은 확인되지 아니하는 점, 제출된 잔금 관련 계좌거래내역상 지급금액(OOO원)이 중개수수료 영수증에 청구인 부담분으로 기재된 금액(OOO원) 및 쟁점매매계약서상 잔금 금액(OOO원)을 합한 금액(OOO원)과 거의 일치하는 것으로 나타나고, 잔금 영수증 작성일자와 계좌거래내역상 출금일자도 일치하는 것으로 확인되는 등 쟁점매매계약서에 기재된 거래가액을 전 소유자인 A에게 지급하고 쟁점토지를 취득하였다는 청구주장에 신빙성이 높아 보이는 점, 실지거래가액을 기재하도록 「부동산등기법」이 개정된 2006.6.1. 이전에는 관행상 지방세인 취‧등록세 등을 적게 납부할 목적으로 실제 매매계약서 외에 별도의 검인계약서를 작성‧제출하여 검인계약서상 매매가액은 실제 매매가액보다 낮게 작성된 경우가 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점검인계약서상 거래가액을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부통지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1)소득세법

(가)2023.12.31. 법률 제19933호로 개정된 것

제97조(양도소득의 필요경비 계산)①거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1.취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가.제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나.대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

(나)2003.12.30. 법률 제7006호로 개정된 것

제96조(양도가액)①제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

4.취득후 1년 이내의 부동산인 경우

(2)부동산등기법

(가)2005.12.29. 법률 제7764호로 개정되기 전의 것

제40조(등기신청에 필요한 서면)①등기를 신청할 때에는 다음의 서면을 제출하여야 한다.

1.신청서

2.등기원인을 증명하는 서면

3.등기의무자의 권리에 관한 등기필증

4.등기원인에 대하여 제삼자의 허가, 동의 또는 승낙을 요할 때에는 이를 증명하는 서면

5.대리인에 의하여 등기를 신청할 때에는 그 권한을 증명하는 서면

6.소유권의 보존 또는 이전의 등기를 신청하는 경우에는 신청인의 주소를 증명하는 서면

7.법인이 등기권리자인 경우에는 법인등기부등본 또는 초본, 법인아닌 사단이나 재단(外國法人으로서 國內에서 法人登記를 畢하지 아니한 社團이나 財團을 포함한다. 이하 같다) 또는 외국인이 등기권리자인 경우에는 제41조의2에서 규정하는 부동산등기용등록번호를 증명하는 서면

8.소유권의 이전의 등기를 신청하는 경우에는 토지대장ㆍ임야대장ㆍ건축물대장의 등본 기타 부동산의 표시를 증명하는 서면

(나)2005.12.29. 법률 제7764호로 개정된 것