[청구번호]

조심 2026중0817 (2026.06.30)

[세 목]

법인

[결정유형]

각하

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[제 목]

적법한 심판청구인지 여부

[결정요지]

이 건 심리일 현재 불복대상이 되는 경정청구 거부처분이 부존재하므로, 부적법한 심판청구에 해당함

[관련법령]

국세기본법 제55조

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 각하한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1977.8.20. 개업하여 강원특별자치도 OOO에서 OOO 개발 및 판매업을 주업으로 하는 법인으로, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조 제1항에 따라 2019사업연도 장애인 고용부담금 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 납부하고 이를 손금에 산입하지 아니하여 2019사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2025.3.27. 쟁점부담금이 손금에 해당한다고 보아 2019사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.5.29. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.19. 이의신청을 거쳐 2025.12.23. 심판청구를 제기하였다.

라. 처분청은 2026.5.20. 쟁점부담금을 2019사업연도 법인세 손금에 산입하여 직권경정을 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부담금은 제재로서 부과된 것으로 보기 어려우므로 이를 손금에 산입하여 법인세를 경정하는 것이 타당하다.

(1) 「법인세법」은 장애인 고용부담금에 대하여 오랫동안 손금에 산입하는 공과금으로 인정되어 왔으나, 2018년 기획재정부에서 기존해석을 변경하면서 손금에 불산입하는 것으로 판단하여 손금에 산입하지 아니하였다가 최근 서울고등법원(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결)은 장애인 고용부담금은 법령에 따른 의무의 불이행에 대하여 부과된 것은 인정되지만, 고용의무 불이행에 대한 형사처벌 규정이 없는 점, 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적·조정적 부담금의 성격이 강한 점 등을 사유로 제재로서 부과된 것으로 보기 어려워 장애인 고용부담금을 손금에 산입하여야 한다고 판단한바 있다.

(2) 청구법인이 2019사업연도에 손금불산입한 장애인 고용부담금에 대하여 위 판례와 같이 손금에 산입하는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

쟁점부담금은 법령에 따른 의무의 불이행에 대한 재재로서 부과되는 공과금이므로 손금불산입대상에 해당한다.

(1) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고, 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하도록 하고 있으며, 장애인 고용부담금의 산정의 중요한 요소인 부담기초액은 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 중한 정도에 따라 가산하도록 하고 있고,

장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 기초부담액은 「최저임금법」상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로, 이는 장애인 고용부담금이 징벌적 성격이 있는 것을 보여주는 것이며, 장애인고용법 제37조는 장애인 고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있도록 규정하고 있는바, 장애인 고용부담금은 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무로 보아야 한다.

(2) 장애인고용법이 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업자에게 장애인 고용부담금을 납부하도록 하고 있는 점, 기획재정부 또한 유권해석을 통하여 장애인 고용부담금을 손금불산입대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면, 장애인 고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하고, 장애인 고용부담금은 「법인세법」제21조 제5호의 법령에 따른 의무 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당하므로 쟁점부담금을 손금에 산입하여야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

적법한 심판청구인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.

1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분

2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분

3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(2) 국세기본법 시행령

제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우

3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2019사업연도에 쟁점부담금을 납부한 후 이를 손금불산입하여 법인세를 신고·납부하였다가, 2025.3.27. 쟁점부담금이 손금에 해당한다고 보아 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2025.5.26. 이를 거부하였다.

(나) 2019사업연도 청구법인의 법인세 경정결의서에 의하면 처분청은 2026.5.20. 쟁점부담금을 2019사업연도 법인세 손금에 산입하고 부과된 가산세 포함 OOO원을 감액하여 직권경정을 한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」제80조의2에서 준용하는 같은 법 제65조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제52조의2 제1호는 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우에 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있고, 처분청은 2026.5.20. 쟁점부담금을 2019사업연도 법인세 손금에 산입하여 직권으로 감액경정하였으므로, 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않아 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.