[청구번호]

조심 2026중0849 (2026.06.29)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

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[제 목]

쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 보충적 평가방법에 의한 시가와 거래가액의 차액을 손금불산입한 처분의 당부

[결정요지]

쟁점법인의 지분 공정가치 평가보고서는 쟁점주식을 DCF법에 따라 평가(1주당 000,000원)하였으나, 이후 14배 차이나는 가액(1주당 00,000원)으로 쟁점주식을 유상증자하여 쟁점주식에 대한 평가가 합리적으로 이루어졌다고 보기 어려운바,매매사례가액이 없는 쟁점주식을 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가하여 고가매입차액분에 대해 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 처분은 잘못이 없음

[관련법령]

상속세 및 증여세법 시행령 제54조, 상속세 및 증여세법 시행령 58조의3, 법인세법 제52조

[참조결정]

조심2014구5044

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.4.10. 설립되어 운수․보관/냉장․냉동창고업, 도매/무역업, 서비스/복합운송주선업 등을 업종으로 영위하는 법인이고, 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2014.11.5. 설립되어 서비스/광고대행 및 기획․마켓팅대행업, 도․소매/화장품책임판매업, 소매/통신판매․전자상거래업 등을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 2021.8.27. 주식회사 A(이하 “양도법인”이라 한다)로부터 쟁점법인의 발행주식 25,001주(총발행주식수는 50,000주 중 50.002%로, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 140,000원 총 OOO원(이하 “쟁점주식거래가액”이라 한다)에 취득(이하 쟁점주식의 취득과 관련된 거래를 “쟁점주식거래”라 한다)하였고, 2022.1.1. 쟁점주식을 관계기업주식에서 지분법적용투자주식으로 유가증권 재분류하면서 투자자산처분손실로 OOO원을 비용처리하였으며, 2022.4.12. 쟁점법인 발행주식 70,002주를 1주당 OOO원에 유상증자로 추가 취득하였다.

다. 처분청은 2025.8.13.～2025.9.11. 청구법인의 2022사업연도 법인세 조사를 실시한 결과, 청구법인이 2021.8.27. 양도법인으로부터 쟁점주식을 취득한 가액 OOO원은「법인세법 시행령」제35조에 따라 특수관계 없는 법인 간의 고가매입으로 보아 2025.10.2. 쟁점주식거래가액 중「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 쟁점주식의 보충적 평가액 OOO원(25,001주×OOO원)에 대한「법인세법」상 정상가액 OOO원(25,001주×OOO원)을 초과하여 지급한 OOO원을 손금산입(△유보)․손금불산입하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 사업의 다각화를 위해 쟁점주식을 객관적인 교환가치가 반영된 시가로 매입한 것으로 정당한 사유 없이 특수관계인 외의 자로부터 자산을 고가에 매입한 것에 해당하지 않는다.

(1) 관련 법령에 따르면 제3자와의 매매사례가격이 없는 경우 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 계산된 주식가치가 비상장주식의 시가에 해당하는 것이다. 다만, 상증세법에 따른 보충적 평가방법은 과거 기간의 실적을 바탕으로 주식의 가치를 계산하는 것으로서 실제 M＆A 시장에서는 이와 상당히 차이가 있는 가격으로 거래되는 경우가 다수 존재하며, 일부 거래에서는 피인수기업이 당기순손실이 발생하고 있음에도 불구하고 그 거래가액이 50∼100억원에 이르는 것을 확인할 수 있다. 이는 상증세법상 보충적 평가액이 비상장주식의 객관적인 가치를 올바르게 반영하지 못하는 경우가 다수 존재하는 것을 보여준다.

한편, 대법원 판례에 따르면 거래당사자들이 각기 경제적 이익을 추구하는 대등한 관계이고, 합리적인 지식을 갖추고 자유로운 상태에서 거래하였다면 그 거래가격은 객관적인 교환가치를 반영한 것으로서 정상적인 시가에 해당하는 것(대법원 2012.11.29. 선고 2011두11181 판결, 대법원 2007.1.11. 선고 2006두17055 판결, 같은 뜻임)이라고 판시하였다.

쟁점주식거래는 대등한 지위에 있는 거래당사자들이 각자의 이익을 극대화하기 위하여 합리적인 지식을 바탕으로 자유로운 의사에 따라 이루어진 거래로서, 쟁점주식거래가액은 아래와 같이 관련 법령에 따른 시가에 해당한다.

(가) 청구법인과 거래상대방인 양도법인의 경우 양사간에 공통적인 지분관계나 주요 경영진의 겸임과 같은 특수관계가 전혀 없고, 양사 모두 개인주주가 지배하는 주식회사로 경제적 이익에 반하는 선택을 할 유인이 없다.

(나) 양도법인은 쟁점주식거래 당시 연매출 OOO원, 영업이익 OOO원을 달성한 중견기업으로서 기획, 인사, 재무, 총무, 회계 등 각 부서별로 전문성을 갖추고 있었고, 쟁점주식거래 진행 시에도 재무이사(CFO)를 중심으로 쟁점주식거래를 진행하였으며, 청구법인도 미국공인회계사 자격증을 보유하고 대기업 재무 분야에서 다년간 근무한 B 상무를 중심으로 자체적으로 쟁점주식의 가치를 평가하였으며, 이에 더하여 법무법인 및 회계법인과 별도 계약을 통해 전문적인 자문을 받으면서 쟁점거래를 진행하였다.

(다) 쟁점주식거래 과정에서 양사의 CFO들이 각 회사를 대표하여 독립적인 커뮤니케이션을 수행하였다.

(2) 정당한 사유에 대한 구체적인 내용은「법인세법」에서 규정하고 있지 않으나, 관련 유권해석에 따르면 정당한 사유 해당 여부는 매매 경위 및 목적, 거래가액의 결정 과정, 거래가액의 적정 평가 여부 등 거래의 실질 내용을 종합적으로 검토하여 결정해야 한다(법인세과-695, 2009.6.11., 서면2팀-2108, 2007.11.20.).

청구법인은 아래와 같이 사업의 다각화를 위해 외부기관을 통한 재무실사 및 내부검토를 통해 쟁점주식거래의 타당성 및 거래가격의 적정성을 검토한 후에 쟁점주식거래를 수행하였으며, 정당한 사유 없이 제3자에게 이익을 분여하고자 쟁점주식거래를 수행한 것이 아니다.

(가) 청구법인은 매일유업의 특수관계법인으로서 매출의 90% 이상을 매일유업에 의존하고 있으나, 매일유업의 전문경영인 체제로서의 전환, 물류 기능의 내재화 움직임 및 물류단가와 마진의 감소 등의 원인으로 청구법인은 매일유업과의 경제적 종속관계에서 벗어나기 위해 사업의 다각화를 계획하였다.

청구법인의 경영진은 쟁점법인이 광고대행, 마케팅을 주된 사업으로 하면서 이를 기반으로 커머셜 사업까지 확장할 계획을 가지고 있는 기업으로서 물류업을 전문적으로 수행하는 청구법인과 시너지가 충분할 것이라고 판단하여 해당 기업을 인수하였다. 인수 이후에 청구법인은 대주주로서 쟁점법인의 경영활동에 적극적으로 참여하였다.

(나) 청구법인은 쟁점주식거래가액을 결정할 때 쟁점법인의 사업계획을 바탕으로 현금흐름할인법(DCF)을 통해서 쟁점주식의 가치를 산정하였고, 법무법인 자문 및 회계법인 재무실사를 통해 기타 이슈 및 해당 가치의 적정성을 검토하였다.

(3) 청구법인의 항변 내용은 아래와 같다.

(가) 쟁점주식거래가액은「법인세법」및 상증세법에서 정의하는 시가에 해당한다.

「법인세법 시행령」제89조 제1항은 시가에 대해 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’이라고 규정하고 있고, 상증세법 제60조 제2항 역시, 시가란 ‘불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액’이라고 규정하고 있다.

쟁점주식거래는 청구법인과 양도법인 사이에 지분관계나 인적 구성원의 특수관계가 전혀 존재하지 아니하고, 과거 상거래 또는 자금거래가 일체 없는 독립된 당사자 간의 거래이다. 청구법인은 투자자문사를 통해 쟁점법인의 지분 매각 사실을 인지한 후, 법무법인 및 회계법인을 통해 재무실사를 거쳐 내부 투자심의위원회(이사회)의 승인을 거쳤고, 이후 경쟁 입찰 과정에서 낙찰을 위해 최적의 가격을 산정하여 매수의향서를 제출하였으며, 거래당사자 간의 대표이사 및 재무이사간의 대면 또는 서면 회의를 거치고 최종 가격을 결정하였고, 양 당사자간의 SPA 조건협의 등 통상적인 제3자간 지분매입거래에 수반되는 모든 절차를 이행한바, 매도·매수인 각 이해당사자가 최선의 이익을 창출하려는 합리적 의사결정에 의해 결정된 가액이다.

대법원은 쟁점주식거래와 유사한 거래에 대하여 회계법인에게 객관적인 회계자료를 제공하여 회사의 적정가치를 평가하였고, 회사의 경영 및 재무현황을 반영하여 실질적인 가격협상을 통해 매수가격을 결정한 것으로 보여 주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하는 정상적인 거래로 인하여 형성된 가격이므로, 이는 시가에 해당한다고 판시한 바 있다(대법원 2013.1.15. 선고 2012두20687 판결).

(나) 시가가 존재하는 이상, 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 과세할 수 없다.

청구법인은 이와 같이 쟁점주식거래가액을 시가라고 판단한 반면, 상증세법 제61조 제3항에서 정한 바와 같이, 시가를 산정하기 어려운 경우 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 상증세법 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다고 규정하고 있고, 처분청이 상증세법 제63조를 적용하여 산정한 가액은 보충적으로 적용될 수 있을 뿐이다.

이러한 시가의 순차적 적용 취지는 다수의 판례에서 나타난다. 대법원은 시장성이 적은 비상장주식의 시가는 객관적 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 거래의 실례가 있거나 또는 그러한 실례가 없더라도 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 경우에는 그 가격을 시가로 봄이 상당하다고 판시(대법원 1987.10.26. 선고, 87누500 판결, 대법원 1994.12.22 선고, 93누22333 판결 등, 같은 뜻임)하였고, 비상장주식의 경우에 있어 구 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상증세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것) 제54조가 규정하는 방법에 따른 평가는 증여 당시 시가를 산정하기 어려울 때에 한하여 택할 수 있는 보충적인 평가 방법인데, 비상장주식의 시가를 산정하기 어려워서 보충적인 평가 방법을 택할 수밖에 없었다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에 있다고 할 것이라고 판시(대법원 2011.12.22. 선고 2011두22075 판결, 같은 뜻임)하였다.

그러나 이 건 처분과 관련하여 처분청은 단순히 상증세법상 보충적 평가가액보다 높다는 이유만으로 쟁점주식거래를 비정상적인 가액이라 추단하여 그 차액을「법인세법」상 비지정기부금으로 보아 손금불산입하였으나, 이는 세법에서 정하는 과세 취지와 시가에 관한 법리를 오해한 것이다. 상증세법상 보충적 평가가액을 시가로 보아 과세여부를 판단하기 위해서는 ‘특수관계인 간의 거래’에서 이익분여를 통해 과세소득을 감소시키려는 경우, 비특수관계인간에는 정당한 사유 없이 높은 가액으로 매입한 경우 등에 한해 제한적으로 적용되어야 한다.

나아가 처분청은 청구법인이 쟁점주식거래가액 및 거래의 적정성 등 실질에 관하여 주장·입증하여야 비로소 ‘정당한 사유’에 해당한다는 의견이나, 비특수관계인 간 거래에서의 ‘정당한 사유’는 특별한 사정이 존재하는 경우에 한하여 거래가액을 인정하겠다는 취지가 아니라, 오히려 경제적 합리성을 결여한 가액으로 거래가 이루어진 경우 그 사정을 보완적으로 고려하기 위하여 도입된 규정으로 이해되어야 하므로 통상적인 시장원리에 부합하는 거래에 대하여까지 과도한 입증책임을 요구하는 것은 해당 규정의 입법취지에 부합하지 않다.

대법원은 ‘정당한 사유’에 대해서 거래 당사자들이 그 거래가격을 객관적 교환가치가 적절하게 반영된 정상적인 가격으로 믿을 만한 합리적인 사유가 있었던 경우는 물론, 그와 같은 사유는 없더라도 양도인이 그 거래가격으로 재산을 양도하는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이었다고 볼 수 없는 객관적인 사유가 있었던 경우에도 ‘거래의 관행상 정당한 사유’가 있다고 봄이 타당한 것으로 판시하고 있는바(대법원 2014.6.12. 선고 2012두20915 판결, 같은 뜻임), 거래의 제반 사정을 고려할 때 양수인이 그 가격으로 자산을 매입하는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이라고 볼 수 없는 객관적인 사유가 존재하는 이상 상증세법에 따른 보충적 가액을 기준으로 한 과세소득 산정은「법인세법」취지에 어긋나는 과세처분이다.

(다) ‘정당한 사유’에 대한 입증책임은 처분청에 있고, 세무조사는「국세기본법」에서 정하는 바에 따라 객관적이고 공정하게 이루어져야 한다.

「법인세법」상 비특수관계인 간의 고가매입에 따른 기부금 의제 규정을 적용함에 있어 ‘거래의 관행상 정당한 사유가 없다는 점’에 대한 입증책임은 과세관청인 처분청에 있다. 판례나 조세심판원 선결정례 등에서는 “「법인세법」에 따라 시가보다 높은 가액으로 자산을 매입하였다고 하여 이를 곧바로 기부금으로 의제할 수는 없고, ‘정당한 사유’가 없다는 점이 처분청에 의해 증명되어야 한다”는 점을 명확히 하고 있다(서울행정법원 2014.2.7. 선고 2013구합10540 판결, 서울고등법원 2015.1.28. 선고 2014누45071 판결, 대구지방법원 2015.4.1. 선고 2014구합22443 판결, 심사증여2016-0044, 2017.2.2., 조심 2014구5044, 2015.1.29.).

그럼에도 불구하고 처분청은 세무조사 시 및 불복 시 일관되게 쟁점주식거래가액이 적정하다는 거래의 실질 내용을 입증할 수 있는 구체적인 증빙을 청구법인이 제시하지 못하고 있다는 의견이나, 청구법인은 쟁점주식거래 가액을 산정하는 과정에서 최선의 절차를 이행하였다는 각종 제출자료를 조사 과정과 이 건 심판청구 시 동일하게 제출한바 있음에도 불구하고, 그 이상의 입증책임을 청구법인에게 전가하는 것은 법적 근거가 미흡하며, 전술한 바와 같이 쟁점주식거래 가액이 시가에 해당하는 이상 청구법인은 성실하게 소명할 의무를 다한 것이다.

그러나 처분청은 납세자가 제출한 자료의 구체적 내용이나 산정 과정의 합리성에 대하여 실질적인 반박이나 검토를 제시하지 않은 채, 단순히 “거래의 실질을 입증할 증빙이 부족하다”는 추상적인 추단만을 반복하고 있을 뿐, 청구법인이 제출한 실질적인 거래 관련 증빙을 충분히 검토하지 아니한 채, 단지 보충적 평가방법에 따른 평가액과의 차이를 근거로 이 건 처분을 하였으므로 이는「국세기본법」제81조의3 및 제81조의4에 따른 납세자 권익 보호 및 공정한 조사 의무에 정면으로 배치되는 것이다.

이와 같은 처분청의 소명자료 검토 외면과 소극적 판단은 불필요한 조세불복절차를 야기하였을 뿐만 아니라, 청구법인에게는 과도한 불복 비용과 법적 불확실성을 부담시키고, 나아가 국가적으로도 심판 및 행정 자원의 비효율적 소모를 초래하는 등 불필요한 조세행정비용을 유발하였다.

나. 처분청 의견

세무 조사 시 및 불복 청구 시 청구법인이 제출한 증빙자료 등만으로 쟁점주식거래가액이「법인세법」상 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(1) 청구법인은 2021.8.27. 쟁점주식을 최초 취득 시 1주당 140,000원에 취득하였음에도 불구하고, 2022.1.1. 쟁점주식을 관계기업주식 계정에서 지분법적용투자주식 계정으로 유가증권 재분류하면서 1주당 OOO원씩 총 OOO원의 투자자산처분손실을 계상한 후, 다시 2022.4.12. 쟁점법인 발행주식 70,002주를 1주당 OOO원에 유상증자로 취득한 것으로 보아, 쟁점법인과 청구법인 간 최초 취득일(2021.8.27.)로부터 유상증자 납기일(2022.4.12.)까지의 기간 동안 쟁점주식 평가와 관련된 숨겨진 거래(장부 외)가 존재할 것으로 추정된다.

청구법인은 이와 관련하여 조사 당시 쟁점주식거래에 대한 주주 간 계약서, 주식 및 경영권 양수도계약서, 이사회의사록 2부(2021.8.27. 취득 시 및 2022.4.12. 유상증자 시) 등 소명자료를 제출하였으나, 처분청은 청구법인이 제출한 자료만으로 쟁점주식거래가액을 시가(거래가액, 공정가치)로 인정할 만한 구체적인 증빙의 제출이 없고, 주식가치의 적정평가 등 거래의 실질내용을 입증하였다고 보기 어렵다고 판단하였을 뿐만 아니라, 불복 시 제출한 서류도 이와 동일하여 달리 보기 어렵다.

(2) 나아가 청구법인이 제출한 불복 시 제출자료를 검토한바, 쟁점주식거래의 실질 내용, 쟁점주식거래가액의 적정성 판단을 위한 합목적성을 갖추고 있는 구체적 합리적인 제출자료를 발견할 수 없다.

청구법인은 다수의 회사 간 합병, 주식인수 시 비상장주식을 상증법상 평가가액이 아닌, 매매 경위, 목적, 거래가액 결정과정 등 거래의 실질내용에 따른 공정가치(시가)로 쟁점주식의 쟁점주식거래가액을 결정하였다고 주장할 뿐, 상증법상 평가를 배척할 수 있는 비상장주식의 거래가격(공정가치)을 입증할 증빙이 결여된 주장으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 시가를 보충적 평가방법으로 평가하고 시가와 쟁점주식거래가액과의 차액을 비지정기부금으로 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제24조(기부금의 손금불산입) ① 이 조에서 “기부금”이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

④ 제2항 제1호 및 제3항 제1호 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제35조(기부금의 범위) 법 제24조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 거래"란 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 특수관계인 외의 자로부터 정상가액보다 높은 가액으로 매입하는 것을 말한다. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 더하거나 뺀 범위의 가액으로 한다.

제89조(시가의 범위 등) ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때" 직전6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는3개월로 한다)"은 각각 "직전6개월"로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 "상장주식"이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.

나.가목 외의 주식 등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

2.제1호 외에 국채(國債)ㆍ공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대해서는 제1항 제1호에도 불구하고 해당 법인의 사업성, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

1. 기업 공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령으로 정하는 기간에 유가증권 신고를 한 법인의 주식등

2. 제1항 제1호나목에 규정된 주식등 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 주식등을 거래하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간에 거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등

3. 거래소에 상장되어 있는 법인의 주식 중 그 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일 현재 상장되지 아니한 주식

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(대통령령으로 정하는 중소기업, 대통령령으로 정하는 중견기업 및 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

④ 예금ㆍ저금ㆍ적금 등의 평가는 평가기준일 현재 예입(預入) 총액과 같은 날 현재 이미 지난 미수이자(未收利子) 상당액을 합친 금액에서 「소득세법」 제127조 제1항에 따른 원천징수세액 상당 금액을 뺀 가액으로 한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령

제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조 제1항 제1호 나목의 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등

2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 「법인세법」 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.

3. 법인의 자산총액 중 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목 및 의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

4. 삭제 ＜2018.2.13＞

5. 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

6. 법인의 설립 시 정관에 존속기한이 확정된 법인으로서 평가기준일 현재 잔여 존속기한이 3년 이내인 법인의 주식등

⑤ 제2항을 적용할 때 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따른다.

⑥ 비상장주식등을 평가할 때 납세자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 평가한 평가가액을 첨부하여 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회에 비상장주식등의 평가가액 및 평가방법에 대한 심의를 신청하는 경우에는 제54조 제1항ㆍ제4항, 제55조 및 제56조에도 불구하고 평가심의위원회가 심의하여 제시하는 평가가액에 의하거나 그 위원회가 제시하는 평가방법 등을 고려하여 계산한 평가가액에 의할 수 있다. 다만, 납세자가 평가한 가액이 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지의 범위 안의 가액인 경우로 한정한다.

1. 해당 법인의 자산ㆍ매출액 규모 및 사업의 영위기간 등을 고려하여 같은 업종을 영위하고 있는 다른 법인(제52조의2 제1항에 따른 유가증권시장과 코스닥시장에 상장된 법인을 말한다)의 주식가액을 이용하여 평가하는 방법

2. 향후 기업에 유입될 것으로 예상되는 현금흐름에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법

3. 향후 주주가 받을 것으로 예상되는 배당수익에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 방법으로서 일반적으로 공정하고 타당한 것으로 인정되는 방법

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2021.8.27. 양도법인으로부터 쟁점주식을 쟁점주식거래가액 OOO원(1주당 가액 OOO원)에 취득하여 관계기업주식 계정(투자자산 계정)에 계상하였고, 2022.1.1. 쟁점주식을 관계기업주식에서 지분법적용투자주식으로 유가증권 재분류하면서 투자자산처분손실로 OOO원을 비용처리하였으며, 2022.4.12. 쟁점법인 발행주식 70,002주를 1주당 OOO원에 유상증자로 추가 취득하였고, 이에 대한 회계처리 및 세무조정 내역은 다음과 같다.

＜표＞ 쟁점주식 관련 회계처리 내역(분개장)

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＜표＞ 쟁점주식 관련 세무조정 내역

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(나) 처분청은 2025.8.13.～2025.9.11. 청구법인의 2022사업연도 법인세 조사를 실시한 결과, 청구법인이 2021.8.27. 양도법인으로부터 쟁점주식을 취득한 가액 OOO원은「법인세법 시행령」제35조에 따라 특수관계 없는 법인 간의 고가매입으로 보아 2025.10.2. 쟁점주식거래가액 중 상증세법상 쟁점주식의 보충적 평가액 OOO원(1주당 가액 : OOO원)을 기준으로 산정한「법인세법」상 정상가액 OOO원(1주당 가액의 130%)을 초과하여 지급한 OOO원을 유가증권 과대계상액으로 손금산입 후, 같은 금액을 비지정기부금으로 보아 손금불산입하였으며, 조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

＜표＞ 조사종결보고서의 주요 내용

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(다) 청구법인의 2021～2023사업연도의 법인세 신고내역 및 재무 현황은 다음과 같다.

＜표＞ 청구법인 2021～2023사업연도 법인세 신고내역

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＜표＞ 청구법인의 재무현황

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(라) 쟁점법인의 2021～2023사업연도의 법인세 신고내역 및 재무 현황은 다음과 같다.

＜표＞ 쟁점법인 2021～2023사업연도 법인세 신고내역

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＜표＞ 쟁점법인의 재무제표 주요 내역

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(마) 2021.8.27. 현재 청구법인과 양도법인 간에 특수관계는 성립되지 않는 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 2021.8.27. 양도법인으로부터 쟁점주식을 취득 시 현금흐름할인(DCF)법을 적용하여 평가한 가액 OOO원(1주당 가액 : OOO원)으로 취득하였다.

(사) 처분청은 쟁점주식의 상증세법상 보충적 평가가액을 OOO원(1주당 가액 : OOO원)으로 산정하였고, 이를 기초로 한「법인세법」상 정상가액은 OOO원(1주당 가액의 130%)으로 산정한 것으로 나타난다.

(아) 청구법인은 쟁점주식거래가액은 양 당사자간 합의로 결정된 가액으로 정당하다고 주장하면서, 쟁점주식거래가액 결정 시 참고한 자료로 다음과 같은 자료를 제출하였다.

1) 2020～2024년 발생한 국내 OOO원 미만 비상장사의 지분거래 사례(163건)를 제출하면서 실제 M＆A 시장에서 상증세법에 따른 보충적 평가방법과 상당히 차이가 있는 가격으로 거래되는 경우가 다수 존재하고, 일부 거래에서는 피인수기업이 당기순손실이 발생하고 있음에도 불구하고 그 거래가액이 50∼100억원에 이르는 것을 확인할 수 있으며, 이는 상증세법상 보충적 평가액이 비상장주식의 객관적인 가치를 올바르게 반영하지 못하는 경우가 다수 존재하는 것을 보여준다고 주장하였다.

2) 청구법인은 현대회계법인이 2021년 2분기 기준 작성한 쟁점법인의 평가요약서(DCF 기준 자기자본가치 OOO원, 1주당 가액 OOO원으로 산정함)와 2021.7.6. 작성된 쟁점법인의 재무실사보고서 등을 제출하면서, 사업의 다각화를 위해 외부기관을 통한 재무실사 및 내부검토를 통해 쟁점주식거래의 타당성 및 거래가격의 적정성을 검토한 후에 쟁점주식거래를 수행하였고, 정당한 사유 없이 제3자에게 이익을 분여하고자 쟁점주식거래를 수행한 것이 아니라는 주장이다.

＜그림＞ 평가요약서

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＜그림＞ 재무실사보고서 주요내용

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쟁점법인의 2020사업연도 매출 중 쟁점법인의 대주주였던 양도법인과 관련된 매출이 OOO원으로 연간 광고매출액 OOO원 대비 38,71%에 이르고, 2020사업연도 Normalized EBITDA는 약 △OOO원으로 매출액 대비 약 △7.6% 수준이라고 표기되어 있다.

3) 청구법인은 쟁점주식거래와 관련하여 2021년 8월경 법무법인유한회사 정진과 체결한 법률자문계약서를 제출하였는데, 그 주요 내용은 ‘청구법인의 법률 문제에 대한 법령의 검토, 청구법인이 제3자와 사이에서 주고받는 서면 검토, 청구법인의 법률 질의에 대한 상담, 문서작성 등 전반적인 법률자문, 기타 청구법인이 의뢰하는 사항’ 등에 대하여 연 70시간을 기준으로 연고문료 OOO원을 지불하는 것으로 나타난다.

4) 청구법인은 양도법인에게 구주[쟁점법인 총발행주식 중 25,001주(양도법인 보유 주식 30,000주 중 83.34%)]를 1주당 OOO원 총 OOO원에 인수하고, 신주를 회계법인 평가 주식발행가액 산정하여 청구법인을 제3자로 배정하되, 증자예정금액 OOO원에 인수하여 경영에 참여하는 인수의향서(2021.7.29.)를 제출하였고, 2021.8.27., 2022.4.12. 쟁점주식을 취득 또는 유상증자 시 개최된 이사회 의사록(2021.7.22.자, 2022.2.7.자, 공증 등이 없어 실제 작성일자는 확인되지 않음)을 제출하였다.

5) 청구법인은 청구법인의 B 상무와 양도법인의 C 상무 간의 쟁점주식거래에 관련하여 주고 받은 메일 내역을 제출하였는데, 이를 청구법인의 D 대표 등 여러 사람에게 참조로 공람을 한 것으로 나타난다.

＜그림＞ 커뮤니케이션 내역

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(2) 청구법인 대리인은 2026.6.4. 조세심판관 회의에 출석하여 쟁점주식거래는 대등한 지위에 있는 거래당사자들이 각자의 이익을 극대화하기 위하여 합리적인 지식을 바탕으로 자유로운 의사에 따라 이루어진 거래로서 쟁점주식거래가액은 관련 법령에 따른 시가에 해당한다고 주장하면서, 2022.4.12. 유상증자 시에는 경영목적상 쟁점법인 발행주식을 상증세법 보충적 평가액으로 평가한 후 쟁점법인의 주주 전원이 유상증자에 참여하지 않아 상증세법상 보충적 평가액보다 낮은 가액으로 발행하게 되었다고 진술하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주식의 시가를 보충적 평가방법으로 평가하고 시가와 쟁점주식거래가액과의 차액을 비지정기부금으로 손금불산입한 처분은 위법․부당하다고 주장하나,

「법인세법 시행령」 제89조는 비상장주식 거래 시 특수관계인이 아닌 제3자간 일반적으로 거래된 가격이 없을 경우 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액을 시가로 보도록 규정하고 있는데, 비상장법인인 쟁점법인의 발행주식과 관련하여 청구법인과 양도법인 간 쟁점주식거래를 제외하고는 매매사례가액을 찾을 수 없는 등 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액을 시가로 보아야 하고, 처분청은 쟁점주식의 상증세법상 보충적 평가액인 OOO원에 130%를 적용하여 1주당 OOO원으로 정상가액을 산정한 것으로 확인되는 점, 청구법인이 제출한 현대회계법인이 작성한 쟁점법인의 지분 공정가치 평가보고서는 2021.8.27. 쟁점주식 취득 시 주당평가액(1주당 가액 OOO원)의 평가방법으로 DCF법을 사용하고 있는 것으로 확인되어 있는데 반해, 2022.4.12. 유상증자 시에는 유상증자 시에는 상증세법 보충적 평가액보다 낮은 가액(1주당 가액 OOO원)으로 쟁점법인 발행주식을 취득함에 따라 그 차이가 대략 14배에 달하는 점, 청구법인은 2021.8.27. 쟁점주식을 1주당 OOO원에 최초 취득한 후, 2022.1.1. 유가증권 재분류하면서 투자자산처분손실 OOO원을 계상하였고, 다시 2022.4.12. 쟁점법인 발행주식 70,002주를 1주당 OOO원에 유상증자로 취득하는 일련의 과정이 쟁점법인의 발행주식 평가에 있어 정상적인 사유가 있어 보이지 않는 점, 청구법인이 제출한 증빙만으로 쟁점주식에 대한 평가가 합리적으로 이루어졌음이 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 고가매입 차액분에 대하여 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.