[청구번호]

조심 2026서0333 (2026.06.11)

[세 목]

양도

[결정유형]

경정

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[제 목]

쟁점부동산의 양도가 이 건 감면규정에 따른 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례 적용대상에 해당하는지 여부

[결정요지]

위 사실관계 및 이 건 감면규정에 대한 입법 취지 등을 고려할 때 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당해 보이는 점. ∘다만, 이 건 감면대상이 “주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득”으로 한정하고 있는바, 쟁점건물의 양도는 양도소득세 과세특례 적용대상에서 제외함(조심 2023서10855, 2024.10.2., 같은 뜻임).위 사실관계 및 이 건 감면규정에 대한 입법 취지 등을 고려할 때 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당해 보이는 점. ∘다만, 이 건 감면대상이 “주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득”으로 한정하고 있는바, 쟁점건물의 양도는 양도소득세 과세특례 적용대상에서 제외함(조심 2023서10855, 2024.10.2., 같은 뜻임).

[관련법령]

조특법 제97조의9 제1항

[참조결정]

조심2024지0204 / 조심2025지0704

[따른결정]

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[주 문]

강남세무서장이 2025.9.18. 청구인에게 한 2025년 귀속 양도소득세 (OOO원)에 대한 경정청구 거부처분은 OOO 대 995㎡ 양도분이 「조세특례제한법」 제97조의9 제1항에 따른 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례에 해당하는 것으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.6.25. OOO㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다) 및 창고시설 536.92㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 2025.3.4. 주식회사 A(이하 “쟁점건설법인”이라 한다)에 쟁점부동산을 OOO원에 양도하고, 2025.5.31. 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구인은 쟁점부동산의 양도가 「조세특례제한법」 (이하 “조특법”이라 한다) 제97조의9 제1항에 따른 공공매입임대주택의 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례(이하 “쟁점감면규정”이라 한다) 적용대상에 해당하는 것으로 보아 2025.7.10. 기납부한 양도소득세 중 일부의 환급을 구하는 경정청구(경정청구세액 : 2025년 귀속 양도소득세 OOO원)를 제기하였으나, 처분청은 2025.9.18. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점건설법인은 서울주택도시공사(이하 “SH공사”라 한다)에 아파트를 신축하여 매도할 목적으로 쟁점토지를 청구인으로부터 매수하여 현재 주택을 건축 중에 있다.

(2) 쟁점감면규정 입법취지는 정부정책으로 공공매입임대주택을 조속히 대량 공급하기 위하여 민간건설업자의 주택 신축용 부지 확보를 지원하는데 있다. 따라서 청구인의 쟁점부동산 양도는 “공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례” 적용 대상이다.

(3) 실제 신축약정 매입주택 절차상 건설회사 등이 토지 소유권을 선확보하여야 매입약정 체결이 가능한바, 이 사건에서 쟁점건설법인이 SH공사와 매입약정을 체결하기 전에 쟁점토지를 양수하였다고 하여 쟁점감면규정 적용을 배제할 수 없다.

(4) 위와 같은 사정을 감안하여 조세심판원은 매입약정 체결 전이라도 쟁점감면규정을 인정한 사례가 있고(조심 2023서10855, 2024.12.30.), 쟁점감면규정과 요건이 유사한 지방세 감면 관련하여서도 감면을 인정한 사례가 있다(조심 2024지204, 2024.5.7.).

(5) 처분청 의견에 대해 아래와 같이 항변한다.

(가) 처분청은 자의적인 확대해석으로 세수일실이 우려된다고 주장하나, 쟁점감면규정의 취지는 임대주택의 공급 및 확대와 서민 주거생활의 안정적인 지원에 있으므로 자의적인 확대해석으로 볼 것이 아니고 입법취지를 고려하여 법규를 적용하는 것이 타당하다. 또한 선감면·후추징 사항이므로 사후관리 대상일 뿐 세수일실의 우려를 이유로 감면을 배제할 수 없다.

(나) 처분청은 쟁점감면규정을 인정한 유사 심판례가 이 사건과 사실관계를 달리한다고 주장하나, 본 건의 매매계약서에도 건물 신축사업을 위한 매입이라는 내용을 확인할 수 있는 문구가 있고, 지방세 선결정례에서 건설업자가 토지 취득 후 6개월 이내에 착공신고를 하였고 이 사건의 경우 쟁점건설법인은 쟁점부동산 취득 후 1개월 내인 2025.3.31. 착공신고를 하고 현재 공사중이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점감면규정은 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자에게 양도한 경우로 한정한다고 규정하고 있고 국세청도 동일하게 해석하고 있다(사전-2022-법규재산-1303).

(2) 쟁점감면규정의 과세특례는 양도자인 청구인에게 적용되지만, 제3항(추징)의 사후관리 규정은 양수자인 주택건설사업자에게 적용되는 이원적인 법구조로서 법조문 그대로 엄격해석해야 한다.

(3) 법조문 그대로 “공공매입임대주택 건설 양도하기로 약정을 체결한 자에게 양도”로 한정하지 아니하고 원활한 사업진행 등을 위해 확대해석하여 적용할 경우, 주택건설사업자가 3년 이내 매매계약 미이행하여 조특법 제97조의9 제3항에 따른 사후관리 위반으로 실제 감면받은 양도자가 아닌 양수자인 주택건설사업자에게 소득세 또는 법인세를 추징시 세수일실 우려가 있다.

(4) 청구인이 제시한 유사 심판례(조심 2023서10855, 2024.12.30.)를 살펴보면 매매계약서상 특약사항에 “본 계약의 매입목적은 매수인이 건물 멸실 후 공공임대주택 신축용으로 매입하는 것”으로 기재되어 있는 등 공공임대주택의 건설을 목적으로 양도하는 것으로 명시하였고, 건물을 신축하여 SH공사에게 소유권을 이전하여 이미 사업이 완료되어 사후관리가 종료되었으므로 세수일실 우려도 없는 상황에서 입법취지를 반영하여 인용된 것으로서 매매계약서상 공공임대주택 관련 특약사항도 없고, 사업이 완료되지 아니하여 사후관리 중에 있는 이 사건 경정청구와는 사실관계가 다르며, 두 번째 유사 심판례(조심 2025지704, 2025.8.18.)는 청구법인의 공공주택 임대사업으로 약정을 체결한 주택건설사업자의 지방세(취득세) 감면에 대한 것으로 사후관리 위반시 추징 대상이 세액감면을 받은 자와 동일하고, 토지 취득 후 6개월 이내 착공신고를 하여 「지방세특례제한법」 제31조의5 제3항 제1호의 추징사유가 해소되어 인용된 것으로 세수일실 우려가 없으므로 이 건에 동일하게 적용할 수 없다.

(5) 청구인 주장에 대한 추가 답변 내용은 아래와 같다.

(가) 청구인은 감면과 추징은 별개의 사안이고 세수 일실의 우려를 이유로 감면배제를 할 수 없다고 주장하나, 처분청은 감면과 추징을 같은 사안으로 보고 세수일실이 우려되기 때문에 감면을 배제한다는 것이 아니라, 쟁점감면규정에 따른 명시적 감면요건(공공매입임대주택 건설 목적 및 양수인 요건)을 충족하지 아니하였으므로 감면적용대상에 해당하지 않는 것이다. 쟁점감면규정이 양수인을 양도 당시 ‘공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자’로 한정한 것은, 장래 사업가능성만으로는 부족하고 양도 당시 이미 해당 토지가 공공매입임대사업으로 확정되어 있을 것을 요구한 취지로서 이는 사후적 사업변경이나 남용을 방지하고 감면대상을 객관적으로 특정하기 위한 입법적 선택이다.

과세특례적용 대상과 사후관리 대상이 다른 해당 법규정을 법조문 그대로 엄격해석하지 아니하고 확대해석하여 양도인에게 세액감면을 해준다면, 추후 양수인이 사업변경으로 공공매입 무산되고 정책목적은 달성되지 않는 상황이 될 경우 양도인이 감면받은 세액을 양수인에게 추징할 근거가 없으므로 결과적으로 세수일실로 이어질 수 있다는 것이다.

(나) 첫번째 유사 심판례(조심 2023서10855, 2024.12.30.)의 매매계약서상 특약사항에 매입목적이 “공공임대주택 신축용”으로 기재된 것과 이 사건의 매매계약서의 특약사항 2호에 “건물 신축사업을 하려는 것임을 감안하여”라고 기재되어 있는 것을 동일하다고 볼 수 없다.

쟁점감면규정의 취지는 공공매입임대주택 공급 확대, 공공이 매입할 주택의 건설을 유도, 사업초기 단계의 토지 확보를 지원하기 위해 공공매입임대주택 건설을 목적으로 토지를 양도하는 경우 일정 요건을 충족하면 양도소득세의 10%를 감면해 주는 특례 규정으로서, 청구인의 주장처럼 건물 신축사업을 하는 자에게 양도하고 결과적으로 “나중에 임대주택이 될 수도 있다”는 결과를 보려는 것이 아니라 처음부터 공공매입임대사업으로 확정된 토지인지를 보려는 규정이다.

두 번째 유사 심판례(조심 2025지704, 2025.8.18.)는 양수자인 주택건설사업자의 지방세(취득세) 감면에 대한 것으로 토지 양도자의 양도소득세 세액감면여부를 다투는 이 건과는 쟁점이 다르고, 설령 일부 심판례에서 예외적으로 감면을 인정한 사례가 있다고 하더라도 이는 구체적 사정에 따른 개별 판단이므로 쟁점감면규정의 문언상 요건을 완화하는 일반적인 법리로 볼 수 없다.

(다) 청구인은 약정 체결일이 양도 이후에 이루어진 것은 양수자인 주택건설사업자의 “건축용 토지를 확보”가 공공주택사업자와 약정체결 조건이므로 현실적으로 절차상의 제약이 있어 법이 정한 요건을 지킬 수 없다고 주장하나, 통상적으로 부동산 거래에서는 계약 체결 후 중도금을 지급하고 잔금일을 조정하는 방식으로 양도시점을 설계할 수 있는바, 약정체결 이후에 잔금일이 도래하도록 조정하는 것 또한 가능하였다고 볼 수 있어 제도상 불가피한 사정으로 보기 어렵고, 그럼에도 양도 당시 약정이 체결되지 아니한 주택건설사업자와 거래를 종결한 이상 그 법적 효과는 납세자의 선택에 따른 결과로 보아야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 양도가 쟁점감면규정에 따른 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례 적용대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법(2025.12.23. 법률 제21212호로 개정되기 전의 것)

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2025.12.23. 법률 제21223호로 개정되기 전의 것)

제97조의9(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례) ① 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “공공매입임대주택”이라 한다)을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다]에게 2027년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 사람은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 세액감면 신청을 하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 토지를 양도받은 날(인허가 지연 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 양도하지 아니한 경우에는 해당 사유가 해소된 날)부터 3년 이내에 해당 토지에 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 아니하는 경우 주택건설사업자는 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

(3) 공공주택 특별법(2025.10.1. 법률 제21065호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1의3. “공공매입임대주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다.

제4조(공공주택사업자) ①국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다.

1. 국가 또는 지방자치단체

2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사

3. 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사

4. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관

5. 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 100분의 50을 초과하여 출자ㆍ설립한 법인

6. 주택도시기금 또는 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 전부(도심 공공주택 복합사업의 경우에는 100분의 50을 초과한 경우를 포함한다)를 출자(공동으로 출자한 경우를 포함한다)하여 「부동산투자회사법」에 따라 설립한 부동산투자회사

(4) 지방세특례제한법(2025.12.31. 법률 제21309호로 개정되기 전의 것)

제31조의5(공공주택사업자의 임대 목적으로 주택 등을 매도하기로 약정을 체결한 자에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)의 임대가 목적인 대통령령으로 정하는 주택 및 건축물(이하 이 조에서 “주택 등”이라 한다)을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자(주택등을 건축하기 위하여 부동산을 취득한 날부터 60일 이내에 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자를 포함한다)가 해당 주택등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 15를 2027년 12월 31일까지 경감한다.

② 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택 등을 건축하여 공공주택사업자에게 매도하기로 약정을 체결한 자가 해당 주택등을 건축하여 최초로 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 15를 2027년 12월 31일까지 경감한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 및 제2항에 따라 경감받은 취득세를 추징한다.

1. 제1항에 따라 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 공공주택사업자의 임대가 목적인 주택등을 착공하지 아니한 경우

2. 제2항에 따라 최초로 취득한 주택 등을 6개월 이내에 공공주택사업자에게 매도하지 아니한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인이 쟁점부동산 양도에 대해 2025.5.31. 신고한 양도소득세 신고내용은 아래와 같다.

＜표1＞ 양도소득세 신고내역

OOO

(나) 청구인은 2025.7.10. 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례를 적용하여 당초 신고한 세액의 10%에 해당하는 OOO원의 환급(농어촌특별세 OOO원 신고)을 구하는 경정청구를 제기하였다.

(다) 처분청은 2025.9.18. “공공주택사업자와 주택건설사업자(쟁점건설법인) 간 매입약정 체결일이 청구인과 쟁점건설법인 간 쟁점부동산 양도일보다 2개월이 지난 2025.5.16.임이 부동산매매이행약정서를 통해 확인되어 조특법상 특례요건을 충족되었다고 보기 어려움”이라는 사유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(라) 쟁점부동산 매매계약서에 따르면 매매대금은 OOO억원으로 소재지는 OOO번지, 물건은 토지(대), 건물(창고시설)로, 양도인과 양수인은 각각 청구인과 쟁점건설법인으로 기재되어 있다.

＜표 삽입을 위한 여백＞

＜표2＞ 2024.10.16. 부동산매매계약서

OOO

(마) 매매계약서 특약사항 제2조에 따르면 “매수인은 쟁점부동산을 매수하여 그 지상에 건물 신축사업을 하려는 것임을 감안하여 중도금 지급 이후 매도인은 건축사전심사의뢰, 건축심의, 건축인허가, 지질조사 등 사업에 필요한 절차에 관하여 매수인의 요청이 있으면 그로부터 1주일 내에 요청받은 서류 일체를 요청 내용에 따라 매수인에게 제공하거나 관계 기관에 제출하기로 하고 이에 따른 비용 및 법적인 사항에 대해 매수인은 모든 책임을 지기로 한다”고 기재되어 있다.

＜표3＞ 매매계약서 특약사항 내용 중 일부

OOO

(바) 2024.11.15. 청구인과 쟁점건설법인 간 작성된 중도금 지급 연기 관련 합의서에 의하면 “청구인과 쟁점건설법인은 공공매입주택사업 진행을 전제로 중도금 일정을 연기하는 것으로 쟁점건설법인이 공공매입주택사업을 성사하지 못하였을 경우, 을은 중도금 연기로 인한 청구인의 대출금 상환지연 이자를 연 6%로 계산하여 5개월분 OOO원을 잔금일에 잔금과 함께 지급한다”는 내용이 나타난다.

(사) 쟁점건설법인과 SH공사 간 공공매입임대주택 매입약정 체결 과정은 아래와 같다.

＜표4＞ 매입약정 체결 과정

OOO

(아) SH공사 홈페이지 공지사항 중 ‘2024년 제2차 신축약정 매입임대주택 매입공고’에 따르면 ‘매매이행약정 체결 전 매도신청인은 토지 소유권을 완전히 확보하여야 하며 토지상 압류 등 각종 권리관계가 정리되어야 함’이라는 내용이 나타난다.

(자) 2024.12.3. 쟁점건설법인과 SH공사 간 체결된 주택매도신청서상에 따르면 소재지는 쟁점부동산 소재지로 사업유형은 신혼·신생아, 주택 유형은 주거용 오피스텔로 나타난다.

＜표5＞ 매도신청서

(차) 2025.5.16. 쟁점건설법인과 SH공사 간 체결된 부동산 매매이행약정서에 따르면, 매매예정 주택 소재지로 쟁점부동산 지번이, 건물의 호수는 OOO호, 매입유형은 OOO로 나타난다.

＜표6＞ 매매이행 약정서

OOO

(카) 2026.4.7. 서울특별시 구로구청장이 발급한 사용승인서에 따르면 대지위치는 쟁점부동산 소재지, 건축주는 쟁점건설법인, 주용도는 업무시설(주거용 오피스텔)로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산이 양도될 당시 매수인인 쟁점건설법인과 SH공사와 별도의 매입약정이 없으므로 쟁점감면규정에 따른 공공매입임대주택의 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점감면규정에 따르면 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 “공공주택사업자”라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다]에게 2027년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있는 점, 쟁점부동산에 대하여 중도금 지급 연기 관련 합의서 내용에 따르면 “청구인과 쟁점건설법인은 공공매입주택사업 진행을 전제로 중도금 일정을 연기하는 것으로 쟁점건설법인이 공공매입주택사업을 성사하지 못하였을 경우, 을은 중도금 연기로 인한 청구인의 대출금 상환지연 이자를 연 6%로 계산하여 5개월분을 잔금일에 잔금과 함께 지급한다”는 내용이 확인되는 등 쟁점부동산은 공공임대주택의 건설을 목적으로 양도된 것으로 보이고, 실제로 이후 쟁점부동산의 매수인인 쟁점건설법인은 2025.5.16. SH공사와 쟁점부동산에 대한 매매이행의 약정을 체결한 후 쟁점부동산이 위치한 토지에서 실제 건물을 신축하여 2026.4.7. 서울특별시 구로구청장으로부터 사용승인서를 교부받은 것으로 나타나는 점 등을 종합하여 보면 쟁점부동산 양도 당시 단순히 장래의 사업가능성에 그치는 것이 아니라 이미 공공매입임대주택 사업이 구체적이고 현실적으로 진행되고 있는 단계에 있었다고 보는 것이 타당해 보이는 점, SH공사에서 공고한 신축약정 매입임대주택 매입공고에 따르면 “매매이행약정 체결 전 매도신청인은 토지 소유권을 완전히 확보하여야 하며 토지상 압류 등 각종 권리관계가 정리되어야 함”이라는 내용이 기재되어 있는 점을 미루어 볼 때 공공매입임대주택 사업 구조상 건설사업자가 사업시행자와 매입약정을 체결하기 위해서는 토지 소유권을 선 확보하여야 하는 것으로 보이는바, 이 사건에서 쟁점건설법인이 SH공사와 매입약정을 체결 전에 청구인으로부터 쟁점부동산을 취득한 것은 사업 구조적 제약에 따른 것으로 보아야 할 것이고, 이를 단순히 납세자의 선택에 따른 것만으로 보기는 불합리해 보이는 점, 설령 장래에 해당 사업이 중단되는 경우가 발생한다 하더라도 관련 법령에서 정한 사후관리 규정에 따라 주택건설사업자(쟁점건설법인)로부터 감면세액 상당액을 추징하는 것이 가능해 보이는 점, 쟁점감면규정은 ‘신축매입 주택 등의 약정을 통한 임대주택의 공급 확대 및 서민주거생활 안정지원’에 그 입법목적이 있다 할 것인데 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 비록 쟁점건설법인과 SH공사와의 매입약정이 없었다 할지라도 이미 앞서 언급한 바와 같이 중도금 지급 연기 관련 합의서에 따르면 양도거래의 목적이 공공임대주택 신축용임이 확인되고, 이후 쟁점건설법인은 쟁점부동산을 청구인으로부터 취득한 이후 약 2개월만에 실제 SH공사와 매입이행약정을 체결하는 등 단기간에 필요한 절차가 이루어진 것으로 나타나며, 쟁점감면규정에 대한 입법 취지 등을 고려할 때 양도소득세 감면을 적용하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

다만, 쟁점감면규정에 따르면 감면대상에 대해 “주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득”으로 한정하고 있는바, 쟁점건물의 양도는 쟁점감면규정에 따른 양도소득세 과세특례 적용대상으로 보기는 어렵다 할 것이다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2026. 6. 11.