[청구번호]

조심 2026소0670 (2026.06.10)

[세 목]

종합부동산

[결정유형]

기각

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[제 목]

청구인이 신청한 임대주택 합산배제 신고의 적법 여부 및 이 사건 처분이 신의성실 원칙 위반이라는 청구주장의 당부

[결정요지]

쟁점주택은 2020.8.18. 민간임대주택법 개정과 관계없이 최초 신고 당시부터 종합부동산세 합산배제 요건을 충족하지 못하였던 점, 처분청이 청구인의 신고 내용에 따라 종합부동산세를 부과하지 아니하였던 것만으로는 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 합산배제 임대주택에 해당한다는 공적인 견해 표명을 한 것으로 보기 어려움.

[관련법령]

종합부동산세법 시행령 제3조

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구인은 부산광역시 OOO 호실(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2019.4.12. 관할 구청에 단기민간임대주택으로 등록하고, 2019.4.15. 사업자등록을 하였으며, 2019.9.25. 처분청에 쟁점주택에 대한 임대주택 합산배제 신고서를 제출하였다.

나.처분청은 2025년 청구인이 2019.9.25. 제출한 임대주택 합산배제신고서의 적정여부에 대해 사후검증한 결과, 쟁점주택은 「종합부동산세법」 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호 단서의 합산배제 요건(2018.3.31. 이전에 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 민간매입임대주택)을 충족하지 못하는 것으로 보아, 2025.11.7. 청구인에게 2021∼2023년 귀속 종합부동산세(농어촌특별세 포함) 총 OOO원(2021년 귀속 OOO원, 2022년 귀속 OOO원, 2023년 귀속 OOO원)을 결정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 과세처분은 「국세기본법」상의 신의성실 원칙과 「행정기본법」상의 신뢰보호의 원칙에 위배된다.

(가) 청구인은 2021년부터 2023년까지 매년 관할 세무서에 직접 방문하여 합산배제 신고를 하였고, 담당자가 신고서를 검토·수락하여 합산배제 처리가 이루어졌는데, 이는 청구인의 쟁점주택이 합산배제 요건을 충족하는 것으로 명시적 또는 묵시적으로 인정한 행위이다.

(나) 따라서 청구인이 처분청의 행위를 신뢰하고 수년간 납세의무를 이행해 왔음에도 수년이 지난 후 소급하여 고액의 세금을 부과하는 것은 납세자의 신뢰를 저버린 부당한 처분이다.

(2) 처분청은 2020.8.18. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 개정으로 향후 종합부동산세 합산배제 대상에서 단기임대주택이 제외된다는 점을 고지 및 안내하지 않아 청구인이 쟁점주택을 장기임대주택으로 전환함으로써 합산배제를 이어갈 수 있었던 기회를 박탈하였다.

(가) 처분청은 납세자에게 정책 변경 사실을 개별적으로 적극적으로 안내해야 할 의무가 있었음에도 청구인은 단기임대주택의 혜택이 사라진다는 점에 대한 아무런 통지를 받지 못했고, 기존대로 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제가 유지되는 것으로 알고 있었다.

(나) 청구인이 제때 정책 변경에 대한 통지를 받았다면, 임대형태 전환(단기 → 장기)을 통해 불이익을 피할 수 있었고, 실제로 청구인은 4년이 지난 2024년부터 쟁점주택을 장기임대주택으로 전환하였다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구인의 종합부동산세 합산배제 신고에 대해 승인 여부를 통지한 사실이 없으므로 신의성실의 원칙이 적용될 수 없다.

(가) 청구인은 2019.9.25. 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제신고서를 제출하였을 뿐, 청구인의 주장처럼 청구인이 2021년부터 2023년까지 매년 합산배제를 신고하였다는 접수 내역은 없다.

(나) 종합부동산세 합산배제 신고는 납세자의 납세협력의무 이행사항으로 처분청에게 별도의 결정이나 통지를 해야할 의무가 없고, 실제로도 처분청은 2019.9.25. 청구인이 신고한 종합부동산세 합산배제 신고에 대해 승인 여부 등 어떠한 통지도 한 사실이 없다.

(다) 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 먼저 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명했어야 하나, 이 사건의 경우에는 이러한 행위가 전혀 없었으므로 신의성실의 원칙이 적용될 소지가 없다(대법원 2002.11.26. 선고 2001두9103 판결 등).

(2) 쟁점주택은 청구인이 2019.9.25. 종합부동산세 합산배제를 신고한 당시부터 합산배제 대상(2018.3.31. 이전 사업자등록을 한 민간매입임대주택)에 해당하지 않았던 것이지, 그 이후에 청구인에게 불리한 법 개정이 이루어졌던 것이 아니다.

(3) 이 건 2021∼2023년 귀속 종합부동산세는 「종합부동산세법」 제17조(결정과 경정) 및 「국세기본법」 제26조의2(부과제척기간)에 따라 부과제척기간(5년) 내에 적법하게 부과된 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 신청한 임대주택 합산배제 신고의 적법 여부 및 이 사건 처분이 신의성실 원칙 위반이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

(2) 종합부동산세법

제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

제17조(결정과 경정) ① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 “관할지방국세청장”이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다.

(3) 종합부동산세법 시행령

제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정한다.

⑧ 법 제8조 제2항 제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 기획재정부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 기획재정부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.

(4) 종합부동산세법 시행규칙

제2조(임대주택 등의 과세표준 합산배제신고) ② 영 제3조 제8항 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 사항”이란 임대주택의 소유권 또는 전용면적을 말한다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 2016.12.19. 부산광역시 OOO(관할 구청)에 처음 임대사업자로 등록한 후(최초 등록 당시 임대주택은 쟁점주택 외의 주택임) 현재까지 임대사업을 영위하고 있는 사업자로, 2019.4.12. 쟁점주택을 관할 구청에 단기민간임대주택(매입)으로 추가로 등록하고, 2019.4.15. 처분청에 쟁점주택에 대한 사업자등록을 하였다.

(2)청구인은 2019.9.25. 「종합부동산세법」 제8조 제3항 등에 따라 처분청에 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 대상으로 신고하였고, 처분청은 청구인이 신고한 대로 아래 ＜표1＞의 청구인 보유 주택 중 쟁점주택을 종합부동산세 합산 대상에서 제외하여 2020년부터 2023년까지 청구인에게 종합부동산세를 부과하지 않았다.

＜표1＞ 청구인의 보유 주택 및 합산배제 신고 현황

OOO

(3)처분청은 청구인이 2019.9.25. 제출한 임대주택 합산배제신고서의 적정 여부에 대해 사후 검증한 결과, 쟁점주택이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제2호 단서의 요건(2018.3.31. 이전에 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 민간매입임대주택)을 충족하지 못하는 것으로 보아, 2025.11.7. 청구인에게 2021년부터 2023년까지의 종합부동산세(농어촌특별세 포함) 총 OOO원을 아래 ＜표2＞와 같이 결정ㆍ고지하였다.

＜표2＞ 2021년, 2022년, 2023년 귀속 종합부동산세 결정내역

OOO

(가) 청구인은 그동안 처분청이 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준 합산에서 제외해 온 것을 청구인의 합산배제 신고를 수락하는 명시적·묵시적 의사표시로 보아야 한다고 주장한다.

(나) 청구인은 최초 합산배제 신고(2019.9.25.) 외에도 2021년부터 2023년까지 매년 처분청에 임대주택 합산배제 신고서를 직접 제출하였고, 담당자가 이를 수락하였다고 주장하였으나, 신고서 접수 내역이나 처분청의 통지내역 등의 증빙자료는 제출하지 아니하였다.

(다) 처분청은 종합부동산세 합산배제 신고는 납세자의 납세협력의무 이행사항으로 처분청에게 별도의 결정이나 통지를 해야할 의무가 없고, 실제로도 처분청은 2019.9.25. 청구인의 종합부동산세 합산배제 신고에 대해 어떠한 통지도 한 사실이 없으므로 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명이 전혀 없었다는 의견이다.

(4) 2020.8.18. 법률 제17482호로 민간임대주택법이 아래 ＜표3＞과 같이 개정됨에 따라, 단기임대주택이 민간임대주택 종류에서 제외되고, 종전 법률에 따라 등록된 단기임대주택은 법 시행 이후 장기임대주택으로 변경등록할 수 없으며, 그 임대의무기간이 종료한 날 등록이 자동말소되도록 관련 제도가 변경되었다.

＜표3＞ 2020.8.18. 민간임대주택법 개정내용

(5) 청구인은 쟁점주택(총 28개호)을 각각 2023.6.12.부터 2025.7.16.까지 순차적으로 장기일반민간임대주택(10년, 매입)으로 전환하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에서 제외한 이 건 과세처분이 신의성실 원칙에 위배되고, 임대주택 관련 제도 변경에 대하여 안내하지 않은 처분청에 귀책사유가 있다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호에서 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 2018.3.31. 이전에 지방자치단체장 및 세무서장에게 주택임대사업자 등록 등을 하여야 하는바, 청구인은 쟁점주택에 대하여 2019.4.12. 지방자치단체장에게 주택임대사업자 등록을 하고 2019.4.15. 세무서장에게 사업자등록을 한 것으로 확인되므로 쟁점주택은 2020.8.18. 민간임대주택법 개정과 관계없이 최초 신고 당시부터 종합부동산세 합산배제 요건을 충족하지 못하였던 점, 처분청이 청구인의 신고 내용에 따라 종합부동산세를 부과하지 아니하였던 것만으로는 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 합산배제 임대주택에 해당한다는 공적인 견해 표명을 한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.