[청구번호]

조심 2026서0290 (2026.06.01)

[세 목]

부가

[결정유형]

취소

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[제 목]

쟁점세금계산서가 실제 공급거래 없이 수수된 가공세금계산서인지 여부

[결정요지]

청구법인이 실물거래를 한 것으로 보기 어려워 사실과 다른 세금계산서에 해당함

[관련법령]

[참조결정]

조심2025중1683

[따른결정]

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[주 문]

1. 성동세무서장이 2025.9.12. 청구인에게 한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분(「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과된 세금계산서불성실가산세는 각 제외한다)은 이를 각각 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2012.6.1. ‘A’라는 상호로 개업하여 컴퓨터 주변기기 및 전산소모품에 대한 도․소매업을 영위하는 사업자로, 2018년 제1기∼2019년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 B(이하 “㈜C”라 한다)에게 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발급하는 한편, 주식회사 D(거래 당시 법인명은 주식회사 E으로, 이하 “㈜D”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 앞선 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.

나. 처분청은, 안양세무서장이 2024년 8월경 ㈜C에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과 실물거래 없이 청구인으로부터 쟁점매출세금계산서를 수취하였다고 보아 처분청에 과세자료를 파생하고, 구로세무서장도 2024년 9월경 ㈜D에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과 실물거래 없이 청구인에게 쟁점매입세금계산서를 발급하였다고 보아 처분청에 과세자료를 파생함에 따라 2025.4.21.∼2025.7.10. 기간 동안 청구인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 모두 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아, 청구인에게 2025.9.12. 2018년 제2기 부가가치세 OOO원, 2019년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 각 경정․고지하는 한편, 2025.9.15. 2018년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급한다는 내용의 통지를 하였다(과세처분의 세부내역은 ＜별지1＞ 참조).

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 먼저 청구인이 ㈜C 및 ㈜D와 쟁점세금계산서 수수 거래를 하게 된 경위를 설명하면 다음과 같다.

(가) 청구인은 F대학교 공대를 졸업하고 2012년 6월경 ‘A’라는 상호로 사업을 시작하였다. 여기서 A는 ‘OOO’의 줄임말로, 청구인은 개업 이후 현재까지 10년 넘게 해당 사업장을 운영하면서 컴퓨터, 마우스, 키보드, 프린터(개인용․사무용), 프린터 토너 등 주변기기 및 복사기(사무용) 등을 판매하거나 판매․렌탈 후의 유지보수(카트리지 교체, 부품교체, 고장 수리 등)를 하고 있다. 그 과정에서 청구인은 제조업체나 도매업체들로부터 사무용 기기와 주변기기들을 구매하여 그대로 소매점에 납품하기도 하고, 매입한 물품을 일부 가공하여 도·소매로 매출하기도 하는데, 이는 군부대, 학교, 약국 체인점 등의 대규모 벌크 판매부터 인터넷을 통한 개인 판매 등에 이르기까지 다양한 루트로 이루어진다. 참고로, ‘A’의 직원 수는 3∼5명로, 많을 때는 10명 정도가 유지되고 있었고, 사업용 차량은 최대 7대 정도를 운영하였다.

(나) 청구인은 2014∼2015년경 동종업계 운영자들 모임에서 ㈜C를 운영하는 a을 처음 알게 되었는데, a은 자신이 취급하는 도매용 물건들이 청구인이 취급하는 물건들과 일부분 겹치면서도 그 판매처는 다른 경우가 많으니 같이 알고 지내며 거래를 하면 서로 윈윈할 수 있지 않겠느냐고 하였다. 청구인도 사업기회 창출을 위한 좋은 기회라 여겨, 2015∼2018년까지 a이 운영하는 ㈜C로부터 키보드와 마우스를 대량 구입한 후 해당 제품에 청구인이 운영하는 사업체의 상호명인 ‘G’라는 로고를 새겨 인터넷 소매로 판매하여 수익을 얻었다.

(다) 한편, 청구인은 a의 권유로 약 10여명의 동종업체 사장들의 모임체인 ‘OOO’에 가입하여 2017∼2020년 기간 동안 해당 조합원들과 교류하였는데, 그 과정에서 ㈜D의 대표이사인 b을 만났다.

(라) 다만 청구인은 a․b과 사업적 관계를 넘어선 친분 관계는 전혀 없었다. 참고로, 청구인이 2025년에 처분청으로부터 이 건 세무조사를 받아 과세처분을 받으면서 고발까지 되는 과정에서 자초지종을 알아보기 위해 수년만에 a에게 전화를 한 적이 있는데, a은 청구인에게 ‘사장님께 곤란을 겪게 해드려 뵐 면목이 없다. 사장님은 잘못한 것 없으시니 잘 해결될 것이다’라는 취지의 사과를 하였으나, 그 이후부터는 몇 번 전화해도 연락을 받지 않고 피하고 있다.

(2) 쟁점세금계산서 수수 거래는 실물거래가 동반된 진성거래이다.

(가) 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하는 것이 원칙으로(대법원 2008.12.11. 선고 OOO 판결 등), 과세관청은 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 해당 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관해 입증을 하여야 한다(대법원 1987.3.24. 선고 OOO 판결). 과세관청이 세금계산서의 허위성에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 상당한 정도의 입증을 한 경우에는, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하는 납세의무자 측에서 자신의 주장에 부합하는 증빙과 자료를 제출하여야 하나(대법원 1995.7.14. 선고 OOO 판결, 대법원 2005.6.10. 선고 OOO 판결), 이와 같이 입증책임이 납세의무자에게 전환되기 위해서는 과세관청이 단순히 간접적으로 소명하는 것만으로는 부족하고, 합리적으로 수긍할 수 있을 정도의 상당한 입증을 하여야 한다.

(나) 그러나 처분청은 막연한 추측과 불명확한 자료 일부만을 근거로 이 건 과세처분은 하였는바 입증책임을 다하였다고 볼 수 없다.

처분청은 이 건 과세대상기간으로부터 5년 이상 경과한 2025년 7월경 급작스럽게 세무조사를 실시하면서, 청구인에게 “허위거래가 아니라는 증거를 제시하라”는 일방적인 요구를 하였다. 청구인은 그간 많은 사업적 변화(업종 변경, 직원 퇴사, 사무실 이전)를 겪었기 때문에 5년도 더 지난 일에 대한 기억을 떠올리거나 관련 서류(계약문서와 사진 등)를 마련하는 일이 막막할 수밖에 없었다. 그럼에도 처분청은 본인의 입증책임을 오히려 청구인에게 떠넘기다가 막연한 추측과 정황증거만으로, 혹은 청구인이 잘 알지 못하는 a과 b 사이의 관계나 a의 사업 형태를 근거로 하여 청구인이 대상 기간 동안 행했던 모든 거래를 뭉뚱그려 허위의 거래라 단정하면서 이 건 과세처분을 행하였는데, 그 처분 이유를 요약하면 “해당 거래들이 허위거래가 아니라는 사실을 청구인이 효과적으로 입증하지 못하였다”는 것에 불과한바, 이는 처분청이 마땅히 행했어야 할 자신의 책임을 방기한 것에 해당한다.

(다) 반면, 쟁점세금계산서 수수 거래가 실물거래가 동반된 진성거래라는 점은 다음과 같은 사실을 통해 확인된다.

1) 청구인은 2017.1.10. ㈜C의 대표이사 a과 물품공급에 관한 포괄적 계약서를 작성하고 상호 거래를 하면서 쟁점매출세금계산서를 발급하였으며, 그로부터 1년 6개월 후인 2018.6.4. ㈜D의 대표이사 b과 물품공급 계약서를 작성하고 거래를 하면서 쟁점매입세금계산서를 수취하였는데, 청구인이 이들과 실물거래를 하면서 쟁점세금계산서를 수수하였다는 것은 각종 발주서와 거래명세서 및 관련 사진 등을 통해 확인된다.

2) 예를 들어, 2018.6.15. 공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 보면 해당 세금계산서상 거래 품목은 “H”이고[H란, 글과 동영상을 함께 담을 수 있는 동영상사진인화기(OOO)를 말한다], 청구인은 이와 관련하여 ㈜C로부터 발주를 받고 세금계산서를 발행한 후, 경기도 수원시 영통구에 소재한 OOO점에 입점해있는 “I”라는 상호의 사업장에 H를 직접 설치해주었는데, 이러한 사실이 해당 매장 사진을 통해 확인된다.

3) 또한 쟁점세금계산서의 개별내역을 보면, 공급가액이 OOO원 단위의 금액부터 억대의 금액까지 다양하게 존재하며 그 금액의 단수도 OOO원 단위까지 자세하게 기재되어 있음이 확인된다. 이는 해당 거래가 순환거래나 자전거래가 아닌 실제 거래임을 강력하게 뒷받침하는 것이다. 실제로 청구인은 지난 수년간 판매 상품용은 물론이고 C의 사무실 사용 용도로 ㈜C에 다수의 프린터기와 복합기, 컴퓨터 및 그 주변기기 등을 꾸준히 공급하였고, 그 중 ㈜C의 사무실용 물품에 대해서는 A/S, 카트리지 잉크 교체, 부품교환 등의 사유로 매우 빈번하게 재화 또는 용역을 공급하였는데, 2018.1.15.자 공급가액 OOO원짜리의 매출세금계산서, 2018.2.6.자 공급가액 OOO원짜리 매출세금계산서, 2018.3.15.자 공급가액 OOO원의 매출세금계산서, 2019.1.8.자 공급가액 OOO원의 매출세금계산서 및 2019.7.자 공급가액 OOO원의 매출세금계산서 등을 통해 이를 확인할 수 있다. 처분청 의견과 같이 청구인이 순환거래나 자전거래의 의도로 쟁점세금계산서를 수수하였다면, 상당한 기간 동안 이와 같은 소액의 세금계산서를 수수하지 않았을 것이다.

4) 한편, 쟁점매입세금계산서상 매입 총액과 쟁점매출세금계산서상 매출 총액 간 상당 액수가 불일치하고, 개별적 매입과 매출 간에도 금액적 혹은 시기적 연관성을 찾을 수 없다는 점을 보면, 이 건 매입과 매출 거래가 소위 순환거래 혹은 자전거래가 아님을 직관적으로 알 수 있다. 특히, 허위거래로 의심되는 청구인의 매입 총액이 매출 총액보다 OOO원 이상 많다는 점은 청구인이 최소한 OOO원 이상의 물품을 ㈜D로부터 매입하여 이를 다른 매출처에 공급하였음을 의미한다.

(라) 그 밖에 처분청의 의견에 반박하면, 다음과 같다.

1) 처분청은 쟁점세금계산서상 거래품목으로 ‘J’가 기재된 것에 지나치게 집착하면서 해당 품목이 허구의 품목이라는 의견이나, 이는 아무런 근거가 없는 잘못된 주장이다. 해당 품목은 청구인이 영위하는 사업의 거래품목 중 매우 소액의 지엽적인 품목이었고, 표기의 편의상 세금계산서 기재 품목의 앞에 표시한 것일 뿐이다. 게다가 ‘J’라 표기된 품목은 단일의 품목을 지칭하는 것이 아니라 석유화학 합성수지 물품(플라스틱 제품, 비닐 제품, 필름, 스티로품 등등)을 통칭하는 용어로, 청구인은 ㈜D 등으로부터 공급받은 재고 정리품과 불용자재 등을 포함한 합성수지 원료 등을 분류․세분화․배합․포장한 후, 이를 ㈜C 등에 납품하는 업무를 수행하기도 하였다. J는 휴대폰용 필름이나 컴퓨터 모니터용 필름은 종류에 따라 강한 강도를 갖는 것, 부드러운 것(플립), 얇은 것(저렴한 필름지) 등으로 구분되고 원재료의 성분과 배합에 따라 다르게 분류된다. 또한 스티로폼이나 파지 또는 기타 포장재 부품류는 한 군데 모아 놓았다가 재사용이 가능한 물품(용품)과 재사용이 불가능한 물품(불용품)으로 분류작업을 해야 할 필요도 있다. 청구인은 거래 상대방으로부터 이러한 물품을 전달받아 상대방이 원하는 대로 배합을 해 주거나 용품과 불용품을 구분해주는 작업을 하여 새롭게 구분정리·배열·박스포장을 하여 납품하였고, 해당 물품 중 청구인이 판매하는 물품에 장착할 필요가 있는 것은 자체적으로 소비하기도 했다. 참고로, ‘J’ 품목의 다양한 형태의 포장, 적재, 이동 사실은 각종 사진을 통해서도 확인된다.

2) 처분청은 청구인의 사업장에 충분한 적재 공간이 없음을 지적하나, 이는 사실과 다르다. 청구인은 사업장 내부에만 최소 100평 이상의 공간을 확보하여 그곳에 수시로 수백 대의 프린터기, 잉크카트리지, 복사기, 컴퓨터 및 주변기기 등 상당한 양의 재고품을 적재해놓았고, 그와 별도로 외부 적재공간도 있었을 뿐만 아니라, 7대의 차량을 이용하여 수시로 거래품목들을 운송하였다.

3) 처분청은 청구인이 ㈜C와 ㈜D의 실질 운영자인 a의 요청에 따라 허위·가공의 거래 외향을 작출하였다고 이야기하나, 이는 근거와 입증이 없는 가정적 주장에 불과하다.

앞서 설명한 바와 같이 청구인은 a을 통해 ㈜D의 대표이사 b을 알게 되었고 이 둘이 상호 동업관계라는 점을 알고 있기는 하였으나, 두 사람과 개인적 친분관계가 없는 청구인으로서는 그 둘이 정확히 어떤 사업적 관계를 맺고 있는지까지는 알 수 없었다. 청구인의 ㈜D의 대표이사 b과 직접 물품공급계약서를 작성하였고, b이 대표이사로 표기되어 있는 ㈜D의 사업자등록증을 근거로 ㈜D로부터 물품을 납품받고 그 대금을 지불하였으며, 이는 a과는 무관한 일이다.

4) 처분청은 청구인의 사업용 계좌에서 ㈜C로부터 입금받은 돈이 단기간 내에 다시 ㈜D로 출금되는 사정이 여럿 발견된다면서 이것이 쟁점세금계산서 수수 거래가 허위거래임을 뒷받침한다는 의견이나, 이는 중소기업들의 일반적인 대금지급방식에 불과하다. 사업자들은 늘상 만성적 유동성 부족상태에서 사업을 영위하기 때문에 납품과 동시에 매입대금을 지급하지 못하고, 추후 매출처로부터 대금이 입금되었을 때 매입채무를 지급하여 해결한다. 이와 같은 자금의 흐름에서 볼 때 처분청이 지적하는 자금이체 내역은 매우 자연스럽고도 흔한 것이다. 더욱이 해당 흐름이 2년간 몇 차례에 불과하다는 점은 오히려 이 건 거래들이 통정의 거래나 허위 거래가 아니라는 점을 방증하는 증거이다. 만일 이 건 거래가 통정 등의 허위 거래라면 ‘같은 액수의 돈이 입금되었다가 곧바로 출금되는 형태’가 더욱 빈번히 포착되었을 것이기 때문이다.

5) 마지막으로 처분청은 청구인의 사업용 계좌, 컴퓨터협동조합 명의의 계좌 및 a 명의의 계좌 간 일부 거래를 가지고 ‘상호 유착관계’가 있었다는 의심을 하나, 청구인은 이에 대하여 정확한 기억이 없을 뿐만 아니라, 설령 3자 간 계좌거래가 몇 개 존재한다 하더라도 이는 당시 a이 조합의 대표로서 활동하였고, 청구인도 조합원으로서 여러 활동을 하였던 점을 고려할 때 달리 이상할 것이 없는 것이다.

(3) 설령 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하더라도, 10년의 장기부과제척기간을 적용한 것을 위법․부당하다.

(가) 국세의 부과제척기간은 「국세기본법」 제26조 제1항에 따라 원칙적으로 5년이다. 납세자가 허위 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받았고, 이러한 행위가 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하여 10년의 부과제척기간의 적용대상이 되려면 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2017.1.12. 선고 OOO 판결 등).

(나) 그런데 청구인은 이 건 과세대상기간(2018년 제1기∼2019년 제2기)의 부가가치세를 모두 법령상 기한 내 신고․납부하였으므로, 5년의 일반 부과제척기간이 적용되어야 하고, 이 경우 이 건 과세처분은 모두 부과제척기간을 도과하여 이루어진 것으로서 무효이다.

(다) 참고로, 세금계산서불성실가산세에 한하여 10년의 부과제척기간을 적용해야 한다는 의견이 있을 수 있으나, 이와 관련해서도 청구인에게 ‘허위 세금계산서를 발급한다’는 인식 외에 ‘그로 인해 결과적으로 국가 조세수입이 감소한다는 인식’이 추가로 있었다는 사실이 입증되어야 하는바, 이 또한 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서는 실물거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서이다.

(가) 청구인은 컴퓨터․복합기 등 주변기기를 취급하는 도․소매업자이고, 해당 사업을 영위하는 경우 통상 수액 용기 제조 등에 사용되는 합성수지 품목을 취급하지 않는다. 그런데, 청구인은 본인의 사업과 관련 없는 합성수지 품목을 ㈜D로부터 매입하여 ㈜C에 매출한 반면, ㈜C 이외의 매출처에 발급한 세금계산서상 품목은 ‘유지보수수수료, 복사기 렌탈, 컴퓨터 및 주변기기’ 등으로 합성수지 품목은 없었다.

(나) 특히 쟁점세금계산서 수수 거래는 “주식회사 K(이하 “㈜K”라 한다) → ㈜D → 청구인 → ㈜C → ㈜K”라는 일련의 순환거래를 구성하는 거래이고, ㈜C에서 입금된 금액이 같은 날 ㈜D에게 그대로 바로 입금되는 행태가 다수 관찰되는 한편, 건별 지급․수취내역이 일치하지 않으며, 순환거래 내역의 업체별․기별 및 수수 총액이 불분명하므로, 이 건 쟁점세금계산서 수수거래는 비정상적이라고 볼 수밖에 없다.

(다) 또한 전자세금계산서 발급 IP 주소를 확인한 결과, 일련의 순환거래를 하는 업체들이 사용하는 IP 주소, 랜카드 고유번호(Mac Address)가 동일하고, 쟁점세금계산서의 발급과 수취가 한 곳에서 이루어진 것으로 나타나는바, 청구인을 선의의 거래당사자라고 볼 수도 없다.

(라) 처분청은 청구인에게 쟁점세금계산서 수수 거래와 관련하여 실물거래를 입증할 수 있는 자료의 제출을 요청하였으나, 청구인은 ‘코로나-19 이후 업종을 전환하면서 서류를 폐기처리하여 일부 거래명세서 등의 자료밖에 없다’고 하였다. 청구인이 심문조서 작성일에 제품 등 매입거래내역을 제출하기는 하였으나, 해당 자료를 ㈜C의 대표이사 a으로부터 받았다고 소명하였고, 해당 자료는 ㈜C에 대한 안양세무서장의 세무조사 이후 작성된 것으로 보이는 등 그 신빙성을 신뢰할 수 없다.

(마) 안양세무서장과 구로세무서장은 각각 ㈜C와 ㈜D에 대한 세무조사를 실시한 결과, 그들과 청구인 간 거래를 실물거래 없는 가공거래로 보고 두 업체를 가공 매출․매입세금계산서 발급을 통한 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하면서 처분청에 관련 과세자료를 파생하였는바, 해당 자료는 단순한 가공혐의자료가 아니다. 그러므로 쟁점세금계산서 수수와 관련된 실물거래가 실제로 있었다는 점에 대한 입증책임은 청구인에게 있다고 보는 것이 공평의 관념에도 부합하는데(대법원 2005.6.10. 선고 OOO 판결), 청구인은 앞서 언급하였듯이 쟁점세금계산서 수수 거래가 실물거래를 동반한 진성거래라는 점에 대한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는바, 이 건 과세처분은 타당하다.

참고로, ㈜C가 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2025.12.17. 기각결정을 받았다[조심 OOO(병합)].

(2) 청구인은 ㈜D 및 ㈜C와 공모하여 실물거래를 한 것으로 위장하기 위하여 쟁점세금계산서를 수수하고 금융거래내역을 조작하였고, 과세당국의 조사 결과 순환거래처 중 하나인 ㈜K가 금융기관으로부터 고액의 단기차입금을 받은 사실이 확인되었으므로, 청구인은 「국세기본법」 제12조의2 및 「조세범 처벌법」 제3조에 따른 부정행위를 한 것이 되는바, 10년의 장기 부과제척기간을 적용한 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서가 실제 재화․용역의 공급거래 없이 수수된 사실과 다른 세금계산서인지 여부

② 장기부과제척기간(10년)을 적용한 처분의 적법 여부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 처분청의 이 건 세무조사 종결보고서의 주요 내용은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 이 건 세무조사 종결보고서의 주요 내용

(나) 쟁점①과 관련한 주요 내용은 다음과 같다.

1) 2023.12.21.자 사업자등록증상 청구인이 영위하는 사업의 종류는 아래 ＜표2＞와 같다. 이와 관련하여 청구인은 합성수지 원료의 도․소매업도 취급하고 있다고 주장하고 있고, 처분청은 2025.4.21. 청구인의 사업장을 방문한 결과, 청구인이 즉석사진기기를 주요 거래품목으로 하고 있었다고 설명하고 있다.

＜표2＞ 청구인의 사업자등록 내용

2) 청구인은 쟁점세금계산서의 세부 내역을 아래 ＜표3＞과 같이 정리하여 제출하는 한편, 각 거래가 실물이 거래된 진성거래임을 입증하기 위한 증빙자료들을 제출하였는데, 각 자료의 주요 내용은 아래 ＜표4＞∼＜표10＞과 같다.

＜표3＞ 청구인이 제출한 쟁점세금계산서 세부 내역

(단위 : 원)

OOO

＜표4＞ 청구인과 ㈜C 간 2017.1.10.자 공급계약서

＜표5＞ 청구인과 ㈜D 간 2018.6.4.자 물품공급계약서

＜표6＞ 잉카 로고가 새겨진 키보드 인터넷 판매 사진

OOO

＜표7＞ 2018∼2019년 ㈜D(구 E)에 대한 발주서․거래명세서(발췌)

OOO

＜표8＞ 2018∼2019년 ㈜C의 발주서 및 거래명세서

OOO

＜표9＞ ‘J’ 품목의 다양한 형태의 포장, 적재, 이동

OOO

＜표10＞ 청구인이 2018.6.15. 공급한 H가 매장에 설치된 사진

OOO

3) 청구인은 사업장 내 100평 이상의 내부 적재공간과 별도의 외부 적재공간이 있었고 7대의 차량이 수시로 운행되었다고 주장하면서, 아래 ＜표11＞과 같은 사업장 사진을 제출하였다.

＜표11＞ 청구인의 사업장 사진

OOO

4) 처분청은 아래 ＜표12＞와 같이 쟁점세금계산서 관련 일련의 순환거래를 하는 업체들이 사용하는 전자세금계산서 발급 IP 주소, 랜카드 고유번호(Mac Address)가 서로 동일하고, 쟁점세금계산서의 발급과 수취가 한 곳에서 이루어진 것으로 나타난다고 설명하고 있다. 참고로, 처분청은 고유번호(Mac Address)란 통신을 위해 랜카드, 모뎀, 스마트폰 등 네트워크에 사용되는 모든 장비에 부여되는 일종의 주소로, IP 주소와 달리 부품을 교체하지 않는 한 바뀌지 않는 것이라고 설명하고 있다.

＜표12＞ 쟁점세금계산서 발급 IP 주소

OOO

(다) 쟁점②와 관련하여, 처분청은 국세청 통합전산망(NTIS)상 청구법인의 이 건 거래 관련 체납사실은 확인되지 않으나, ㈜D가 2019년 제2기 부가가치세를 신고 후 무납부하여 이 건 거래와 관련하여 체납한 사실이 있다고 설명하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 보건대, 청구인은 쟁점세금계산서 수수 거래의 경우 실물거래가 있었던 진성거래이고 이는 발주서․거래명세서, 1원 단위의 공급가액이 기재된 쟁점세금계산서, 사업장 및 거래처 현장 사진 등을 통해 확인되며, 청구인으로서는 이들이 서로 공모하여 순환거래 등을 하였는지 여부에 대해서는 알 수 없었다고 주장하나, 처분청이 조사한 바에 의하면, 이 건 과세대상기간의 다른 거래들과 달리 쟁점세금계산서 수수 거래의 경우 거래대금 이체내역이 확인되지 않고, 실제 실물의 이동이 입증되는 자료도 제출되지 않았으며, 사업자등록증상 영위 업종을 고려할 때 청구인이 합성수지 관련 물품을 취급하는 것은 이례적인 상황에서 쟁점세금계산서 수수 거래 이외의 거래에서 해당 품목을 거래한 사실은 확인되지 않을 뿐만 아니라, ㈜D와의 거래는 이 건 과세기간 외에는 발생하지 않았고, 청구인과 ㈜C 및 ㈜D 간 각각의 계약서를 보면 공급대상이나 거래금액이 특정되지 않는 등 그 계약의 내용이 매우 추상적인 점, 처분청을 비롯한 과세당국은 앞선 내용과 더불어, 청구인의 매출처인 ㈜C에서 입금된 금액이 당일 매입처인 ㈜D로 그대로 입금되는 거래행태가 다수인 것으로 나타나고 각 전자세금계산서 발급 시 사용된 IP주소와 랜카드 고유번호가 동일한 사실 등을 고려하여 ㈜K에서 시작된 품목이 ㈜D, 청구인, 컴퓨터 및 주변기기 취급업체인 ㈜C를 거쳐 다시 ㈜K로 귀속되는 ‘실물거래 없는 순환거래’가 있었다고 판단한 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

1) 처분청은 청구인이 ㈜D 및 ㈜C와 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수수하는 등 부정행위를 행하였으므로, 이 건 과세대상기간 전체에 대하여 10년의 장기 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다는 의견이나, 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 「국세기본법」(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것으로, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 보아 10년의 장기 부과제척기간을 적용하기 위해서는 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 하는 점(대법원 2014.2.27. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임), 앞선 쟁점①에서 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서에 해당하고 쟁점세금계산서의 수수를 통해 순환거래가 이루어졌다고 인정된 이상 청구인이 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 제2호․제5호․제7호 등의 부정행위를 하였다고 볼 수 있겠으나, 쟁점세금계산서 중 세금계산서 발급자인 ㈜D가 관련 부가가치세액을 신고 후 무납부한 2019년 제2기 과세기간의 매입세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서에 대해서는 해당 세액이 무신고․납부되었다거나 신고․납부 후 경정청구를 통해 환급되었다는 등의 사정은 확인되지 않는바, 2019년 제2기 과세기간에 ㈜D가 청구인에게 발급한 세금계산서를 제외한 각 세금계산서와 관련해서는 5년의 일반 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다.

그러나 부가가치세 본세액의 포탈이 없다 하더라도 납세자가 부정행위를 하여 「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과되는 세금계산서불성실가산세에 대해서는 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호의2 다목에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다 하겠다.

2) 다만, 「국세기본법」제79조 제2항에 의하면 조세심판관회의는 납세자가 심판청구를 한 처분보다 불리한 결정을 하지 못하고 부가가치세는 기간 단위 과세 세목이므로, 과세기간별로 불이익변경금지원칙 해당 여부를 판단하여야 할 것인데(대법원 2016.9.28. 선고 OOO 판결, 서울고등법원 2012.9.26. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임), 위와 같이 부과제척기간을 구분하여 적용하는 경우 최종적으로 2018년 제1기 및 2019년 제2기 부가가치세에 대해서는 이 건 과세처분보다 납부세액이 증가되는 결과가 초래되는바, 불이익변경금지원칙에 반한다 할 것이므로, 당초 처분을 그대로 유지하는 것이 타당하다.

3) 따라서, 결국 이 건 과세처분 중 2018년 제2기 및 2019년 제1기 부가가치세 부과처분에 한하여 「부가가치세법」 제60조 제3항에 따라 부과된 세금계산서불성실가산세를 각 제외하여 이를 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로, 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2026. 6. 1.

＜별지1＞ 결의서상 이 건 과세처분의 세부내역

(단위 : 원)

OOO

(단위 : 원)

OOO

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것)

제26조의2 [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항

제79조 [불고불리, 불이익변경금지] ② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

(2) 국세기본법 시행령(대통령령 제28644호로 일부개정된 것)

제12조의2 [부정행위의 유형 등] ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다

(3) 조세범 처벌법

제3조 [조세 포탈 등] ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 일부개정된 것)

제32조 [세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조 [공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조 [가산세] ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 금액의 3퍼센트