[청구번호]

조심 2024구0546 (2026.04.09)

[세 목]

법인

[결정유형]

취소

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[제 목]

완전자회사 간의 무증자합병으로 소멸된 완전자회사 발행주식 장부가액이 합병일 속하는 사업연도의 모회사 손금에 해당하는지 여부

[결정요지]

합병신주 미교부로 인한 순자산 감소로 손익이 확정되므로 합병구주 장부가액은 손금에 해당하고 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산하는 것은 임의 평가증에 해당하며 개정 시행령 제72조 제5항은 무증자합병시 합병법인 주식 장부가액에 피합병법인 주식 가액을 가산할 근거를 신설한 것으로 보임

[관련법령]

법인세법 제41조제1항제3호 / 법인세법 시행령제72조제2항

[참조결정]

조심2022중5112 / 조심2020서7836 / 조심2019부1051

[따른결정]

조심2024서3654 / OOOOOOOOOO

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[주 문]

OOO세무서장이 2023.5.25. 청구법인에게 한 2017～2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 생산‧판매 등을 목적으로 OOO년 설립된 법인으로, 2010.1.1. 투자사업부문을 영위할 존속법인인 A㈜(청구법인)와 인적분할 신설법인인 B㈜ 및 물적분할 신설법인인 C㈜로 분할하였다.

나. 청구법인의 완전자회사인 C㈜는 2017.10.1. 청구법인의 또 다른 완전자회사인 D㈜를 무증자 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였고, 쟁점합병 후 청구법인은 별도의 세무조정 없이 피합병법인인 D㈜ 지분의 장부가액 OOO원을 차감하고 동 금액을 합병법인인 C㈜ 지분의 장부가액에 가산하였다.

＜표1＞ 합병내용

○○○

＜표2＞ 쟁점합병 전‧후 청구법인 지분

○○○

다. 청구법인은 C㈜와 D㈜의 무증자합병으로 소멸한 피합병법인 D㈜ 주식의 장부가액 OOO원이 「법인세법」 제19조에 따른 손금에 해당한다는 내용으로 2023.3.30. 2017〜2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.5.25. 경정청구를 각각 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.23. 이의신청을 거쳐, 2024.1.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 완전자회사간 무증자합병 시 피합병법인 주식은 소멸되므로 청구법인이 인식하던 피합병법인 주식의 세무상 장부가액(=취득가액)은 「법인세법」상 손금에 해당한다.

(가) 「법인세법」 제19조 제1항은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용을 손금으로 정의하고 있다. 무증자합병을 하게 되면 합병구주의 장부가액만큼 순자산감소가 발생하므로 이는 손금의 정의에 부합하는 거래로 볼 수 있다. 합병 시 합병구주의 가액은 합병신주 가액으로 대체되어야 하나 무증자합병을 하게 되면 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 합병구주가액(피합병법인 주식 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금의 정의를 충족하는 것으로 보아야 하므로 완전모회사는 이를 합병등기일이 속하는 시점에 손금으로 인식하는 것이 타당하다.

즉, 본 사안의 쟁점이 피합병법인 주식의 손금 귀속시기가 “합병시점”인지 아니면 “합병법인 주식의 매각시점”으로 이연되는 것인지 여부인 점을 감안할 때, 「법인세법」 제40조(손익의 귀속사업연도)의 일반원칙인 권리의무확정주의에 따라 피합병법인 주주의 주식이 합병으로 소멸된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 봄이 타당하다.

이에 대하여 처분청은 무증자합병 시 합병법인에게 이전된 피합병법인의 순자산가치만큼 합병법인의 규모도 증가하여 피합병법인 주주(청구법인)는 경제적 손실이 없고 지배권에도 변동이 없어 피합병법인 주식 장부가액은 손금이 아니라는 의견이나,

「법인세법」은 거래 전체의 경제적 효과나 지배권 변동 여부 등을 고려하여 그 적용을 달리하지 않는 것이 일반적이며, 합병법인과 피합병법인, 그리고 해당 법인의 주주 입장에서의 합병법인 주식과 피합병법인 주식은 각각 별개의 「법인세법」 적용대상으로서, 무증자합병에 따른 처리를 각각의 객체별로 판단하여 적정한 세법 규정을 적용하는 게 마땅하나, 처분청의 의견은 이러한 구분 없이 무증자합병 거래에서의 여러 대상을 하나로 묶어 전체 경제적 효과에 따라 「법인세법」을 적용해야 한다는 것인바, 일반적인 「법인세법」의 적용방식에 반하여 근거 없다.

구체적으로 무증자합병으로 인하여 합병법인이 합병으로 피합병법인의 순자산을 취득하여 순자산이 늘어나는 것과 합병으로 인하여 늘어난 순자산 가치만큼 합병법인 주식을 평가하는 것, 그리고 피합병법인이 순자산을 양도하고 소멸하는 것과 이로 인하여 피합병법인 주식이 소멸하는 것은 자산별, 주체별로 적정한 세법 규정에 따라 처리되어야 한다. 그럼에도 무증자합병 거래에서 합병법인과 피합병법인, 그리고 그 주주 간 전체의 경제적 손실이 없다는 이유에서 피합병법인 주식 장부가액을 손금으로 볼 수 없다는 처분청 의견은 타당하지 않다.

(나) 한편, 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제5호는 투자법인이 합병으로 취득한 신주의 취득원가를 피합병법인 주식의 장부가액에 의제배당금액과 특수관계인으로부터 자본거래로 분여받은 이익을 더한 금액에서 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액으로 산정하도록 규정하고 있다. 위 규정은 투자법인이 합병에 따라 새로이 주식을 취득하였을 때 그 주식의 취득가액을 어떻게 산정할 것인지에 관한 것으로, 이는 합병에 따라 새로이 취득하는 ‘자산(주식)’이 있는 경우를 전제하고 있다. 그러나 무증자합병은 합병신주가 발행되지 아니하므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식 장부가액에 가산하여야 한다고 할 문언상 근거가 없다. 따라서 무증자합병과 같이 신주를 발행하지 않는 경우에는 취득한 주식 자체가 존재하지 아니하므로 위 규정은 적용될 여지가 없다.

무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없는 상황에서 합병법인이 발행한 주식가액을 증액하는 것은 임의평가증에 해당하며, 이는 「법인세법」상 허용되지 아니한다.

즉, 합병법인의 주주 관점에서도 무증자합병 거래 시 합병법인 주식을 단순히 보유하고 있는 상황에 불과한바 합병거래가 「법인세법」이 인정하고 있는 합병법인 주식의 평가의 계기에 해당되지 아니한다. 「법인세법」 제42조 제1항은 주식에 대한 평가를 허용하지 않기 때문에 합병법인 주식도 피합병법인의 순자산 승계와 관계없이 원칙적으로 이를 평가할 근거가 없다. 합병법인이 피합병법인 순자산을 승계함에 따라 규모가 변동되었다 할지라도 이는 합병법인에서 일어나는 경제활동의 일종에 불과하고 「법인세법」상 허용하고 있는 자산의 평가 예외에 해당하지 아니하며, 무증자합병에 따라 합병법인 주식에 피합병법인 주식을 가산하기 위해서는 별도의 합병법인 주식 평가규정이 존재하여야 한다.

합병법인 주주와 피합병법인 주주가 동일인이라 할지라도 「법인세법」 제42조 제1항은 주식에 대한 평가를 허용하지 아니하므로 무증자합병으로 피합병법인 주식이 소멸되었다는 이유에서 합병법인 주주가 소유하고 있는 합병법인 주식을 평가(피합병법인 주식을 합병법인 주식에 가산)할 근거는 존재하지 아니한다.

(다) 청구법인의 무증자합병 거래는 피합병법인이 합병으로 감자되는 것이므로 그 실질은 무상감자 또는 무상소각과 유사하다. 그리고, 국세청은 투자주식의 전부가 무상감자되는 경우 그 장부가액을 손금에 산입하는 것으로 해석하고 있고(사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16.), 기획재정부 역시 투자주식의 전부가 무상감자된 후 피투자법인에 대한 채권이 출자전환됨에 따라 주주의 지위가 계속 유지되는 경우에도 무상감자한 주식의 가액을 손금에 산입하는 것으로 해석한 바 있다(재법인-87, 2004.2.5.).

(2) 기획재정부 및 국세청 예규에 대한 청구주장은 다음과 같다.

(가) 기획재정부와 국세청은 여러 유권해석을 통하여 완전자회사 간 무증자합병 시 손금의 일반원칙인 「법인세법」 제19조에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도에 피합병법인 주식의 장부가액이 손금으로 실현된다는 것을 인정하였다[기획재정부 법인세제과-344(2022.8.29.), 국세청 사전-2021-법규법인-1653(2022.9.6.), 국세청 사전-2020-법령해석법인-0170(2020.3.30.), 국세청 법인세과-1412(2009.12.21.), 국세청 서면2팀-524(2004.3.22.), 국세청 법인46012-1441(1999.4.16.) 등].

(나) 그런데, 최근 기획재정부는 기존 해석을 번복하여, 과거 결손 누적으로 자본잠식이 된 법인의 경우에만 무증자합병 시 피합병법인 장부가액을 손비 처리할 수 있다고 하여 무증자합병 시 주식발행법인이 자본잠식 상태에 있지 아니한 경우 피합병법인 주식을 손비 처리를 할 수 없다고 해석하였다[기획재정부 법인세제과-12(2024.1.4.)].

그러나, 무증자합병으로 피합병법인 주식이 소멸하여 손익이 “확정”되었음에도 주식 발행법인의 재무상황에 따라 이러한 손익의 “확정”시점, 즉 피합병법인 주식의 손금 귀속시기가 달라진다고 하는 것은 「법인세법」 제40조에서 규정한 권리의무확정주의에 위배되는 것이다. 즉, 권리의무확정은 자산이나 부채의 규모에 따라 달라진다고 볼 수 없다. 주식을 포함하여 「법인세법」상 순자산 증감에 따른 익금과 손금은 순자산(그 대상 재산)이 확정된 날이 속하는 사업연도에 귀속시키는 것이고, 주식이라는 재산의 경우도 마찬가지로 주식의 권리가 소멸되는 시점에 손금으로 인식되어야 하는 것이며, 이는 주식발행법인의 재무상태와 무관한 것이다. 주식발행법인의 재무상황이나 영업상황에 따라 주식의 손익 귀속시기가 달리 적용되지 아니하는 것이므로, 자본잠식 상황하에서만 피합병법인 주식이 무증자합병 시 소멸한다고 하는 것은 타당하지 아니하다.

또한 일부 결손 상황이면 손금 산입이 전혀 되지 않았다가 자본잠식에 이르러서야 손금에 해당된다고 해석하는 것도 근거 없는 불합리한 해석이고, 자본잠식 또한 세법상 기준에 의한 것인지 아니면 회계상 기준에 의한 것인지, 어떠한 기준이 없는 점에서 이러한 해석은 타당하지 아니하다.

피합병법인이 흑자법인이든지 적자법인이든지 간에 무증자합병으로 피합병법인 주식이 소멸되었다면 「법인세법」 제19조 손비의 일반원칙에 따라 순자산이 감소하였기 때문에 손금으로 처리되어야 한다. 이러한 해석은 「법인세법」상 주식의 평가방법이 원가법이라는 것과 이로 인하여 주식발행법인의 순자산 변동과 주식발행법인이 발행한 주식의 세무상 익금과 손금은 별개로 판단하여야 한다는 점, 이러한 내용을 감안하여 2024.2.29. 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에서도 주식발행법인의 적자 여부가 아닌 완전자회사 간 합병 여부로 합병법인 주식의 평가증을 하도록 개정한 점에서 주식발행법인의 흑자와 적자 여부에 따라 주식의 세무상 처리를 달리한다는 것은 근거 없는 해석이다.

(3) 2024.2.29. 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에 대한 청구주장은 다음과 같다.

(가) 2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항은 제1호의3(이하 “쟁점신설규정”이라 한다)을 신설하여 「법인세법」 제44조 제3항 제2호에 따른 합병(동일한 내국법인이 발행주식총수 등을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우)으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액을 취득가액으로 하도록 규정하고 2024.2.29.부터 시행되는 것으로 규정하였다(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법 시행령」 부칙 제1조). 이는 적격합병으로서 무증자합병의 경우 합병법인 주식가액(보유하는 자산)에 해당 피합병법인 주식등의 취득가액을 가산하여 조정하도록 한 것이다.

(나) 한편, 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제5호는 합병에 따라 취득하는 주식의 취득가액을 ‘종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액’으로 규정하고 있다.

(다) 쟁점신설규정 신설 전에 「법인세법」 제19조, 제41조, 제42조 및 같은 법 시행령 제16조 제1항, 제72조 제2항 제5호 등 합병으로 취득하는 주식의 취득가액 및 이와 관련된 규정이 존재함에도 쟁점신설규정을 신설한 이유는, 무증자합병은 신주 발행이 없어 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호의 적용대상에 해당하지 아니하여 무증자합병 시 합병법인 주식의 평가증을 할 근거가 없는바, 피합병법인 장부가액이 「법인세법」 제19조 손비의 일반원칙에 따라 손금으로 되는 문제가 발생(기획재정부 및 국세청에서 유권해석을 통해 이 부분에 대해 동의한 바 있다)하자 이를 정책적 목적에서 막기 위해 합병법인 주식에 피합병법인 주식을 가산할 수 있도록 신설한 규정이다.

(라) 대법원은 과세 공백을 메우기 위하여 특별히 마련된 조항을 창설적 규정으로 보고 있고(대법원 2018.2.8. 선고 2017두67810 판결), 창설적 규정은 그 규정의 시행 이후부터 적용이 가능하므로 개정 규정이 시행되기 전에는 개정 규정을 적용할 수 없다고 판단하고 있다(대법원 2023.10.12. 선고 2023두41215 판결). 따라서, 쟁점신설규정이 창설적 규정에 해당할 경우 쟁점신설규정의 시행일 전에 이루어진 무증자합병의 경우 쟁점신설규정이 적용되지 아니하나, 확인적 규정에 해당할 경우에는 쟁점신설규정의 시행일 전에 이루어진 무증자합병에 해당하더라도 쟁점신설규정이 적용된다고 할 것인데, 위에서 본 바와 같이 쟁점신설규정은 과세 공백을 보완하기 위해 신설된 규정이므로 확인적 규정이라는 주장은 타당하지 아니하고 창설적 규정에 해당하는 것으로 보아야 하며, 따라서 쟁점신설규정의 시행일 전에 이루어진 청구법인의 완전자회사 간 무증자합병에 대해서는 쟁점신설규정이 적용된다고 볼 수 없으므로, 청구법인의 완전자회사 간 무증자합병에 따른 피합병법인의 주식 장부가액은 무증자합병 시점에 손금의 일반원칙인 「법인세법」 제19조 제1항 및 「법인세법」상 손익 귀속시기의 일반원칙인 같은 법 제40조 제1항에 따라 전액 손금으로 처리함이 타당하다. 즉, 쟁점신설규정 신설 이후에야 비로소 피합병법인 주주의 주식가액의 손금 귀속시기가 합병시점이 아닌 합병법인 주식의 처분시점으로 이연된 것이다.

(마) 쟁점신설규정은 합병법인 주식 장부가액을 피합병법인 주식 장부가액만큼 가산하도록 규정한바, 쟁점신설규정 이전까지는 합병법인 주식 장부가액에 피합병법인 주식 장부가액을 가산할 근거가 없으므로 피합병법인 주식은 무증자합병 시점에 손금의 일반원칙인 「법인세법」 제19조 제1항 및 「법인세법」상 손익 귀속시기의 일반원칙인 같은 법 제40조 제1항에 따라 손금으로 처리함이 타당하다.

(바) 처분청은 기획재정부가 법 개정 시 발간한 개정세법에 대한 설명자료상 적용시기에 시행일을 기재한 것과 개정이유에 “명확화”라고 기재된 것을 기준으로 확인적 효력과 창설적 효력을 정확하게 구분하였고, 쟁점신설규정의 경우 개정이유를 “명확화”로 기재하였으므로 쟁점신설규정이 확인적 규정이라는 의견이나, 해당 법령 시행 전에 이미 납세의무가 성립된 사안에 대해 개정된 법령을 소급하여 적용하는 것은 「국세기본법」 제18조 제2항의 소급과세 금지원칙에 명백히 반하는 것이고, 개정 규정의 개정 시 부칙(2024.2.29. 대통령령 제34266호)에 따르면 별도로 시행시기 규정을 두고 있지 않은 모든 개정규정에 대한 일반적인 시행시기를 제1조에 ‘이 영은 공포한 날부터 시행한다’고 규정하고 있어 개정된 법령의 시행시기는 이론의 여지가 없이 개정 이후로 봄이 타당하다.

또한, 시행령 개정 한 달 전의 기획재정부 유권해석에서는 "피합병법인이 자본잠식상태에 있지 않을 경우" 무증자합병 시 피합병법인 주식 장부가액을 합병법인 주식 장부가액에 가산하도록 해석하였으나, 쟁점신설규정에서는 "「법인세법」 제44조 제3항 제2호"를 가산의 요건으로 규정하고 있어, 오히려 이러한 기획재정부 회신내용으로 볼 때 개정된 시행령 규정은 창설적 규정임이 명확하며, 기획재정부 개정세법 설명자료상 개정이유에 "명확화"라고 기재되어 있음에도 해당 법령 개정이 창설적 개정이라고 판단한 여러 조세심판원 선결정례가 존재한다(조심 2022중5112, 2022.9.8., 조심2020서7836, 2021.8.10., 조심2019부1051, 2020.5.21.).

(4) 처분청 의견에 대한 항변은 다음과 같다.

(가) 처분청은 「국세기본법」 제20조의 기업회계기준 존중의 원칙에 따라 청구법인이 한 회계처리는 존중되어야 한다고 주장하나, 「국세기본법」 제20조 단서는 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 않는다고 정하고 있으므로 기업회계 존중원칙이 적용되기 위해서는 세법상 별도의 규정이 존재하지 않아야 한다. 그러나, 주식의 취득, 처분, 평가와 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정이 「법인세법」상 존재하므로 무증자합병 시 피합병법인 주식의 처리에 대하여 기업회계기준 존중의 원칙이 적용될 여지가 없다.

본 사안의 쟁점이 피합병법인 주식의 손금 귀속시기가 “합병시점”인지 아니면 “합병법인 주식의 매각시점”으로 이연되는 것인지 여부인 점을 감안할 때, 「법인세법」 제40조(손익의 귀속사업연도)에 따라 손익의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것이고, 따라서 피합병법인 주주의 주식이 소멸된 날에 손금이 확정되므로 이때의 손금으로 봄이 타당하며, 「법인세법」에서 별도의 규정이 존재하므로 처분청이 주장하는 기업회계 존중원칙이 적용될 여지가 없다.

또한, 「법인세법」은 자산의 취득단계에서의 취득가액에 대한 규정을 두고 있고(「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조), 자산의 보유단계에서의 평가방법에 대한 규정을 두고 있으며(「법인세법」 제42조, 같은 법 시행령 제73조 제2호 가목), 자산의 처분단계에서 인식하여야 하는 수익과 손비의 범위에 대한 규정을 두고 있고(「법인세법」 제15조, 제19조, 같은 법 시행령 제11조 제2호, 제19조 제2호), 이 규정들은 유가증권 등에도 적용되므로 주식의 취득가액, 평가방법, 처분단계에서의 손익인식 등에 대한 「법인세법」상 규정이 존재한다. 또한, 합병과 관련해서는 「법인세법」상 완전자회사 간 합병 시 합병처리에 대한 규정(「법인세법」 제44조 제3항)이 존재하며, 합병 시 의제배당에 대한 규정(「법인세법」 제16조 제1항 제5호), 합병으로 주식을 발행하는 경우 해당 주식의 취득가액에 대한 규정(「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호)이 존재한다.

따라서, 본 건에서 완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금 산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 판단되어야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단되어야 하며, 세법상 규정이 없는 경우에 적용되는 기업회계 존중의 원칙은 본 사안에 적용될 여지가 없다.

만약 처분청의 의견과 같이 기업회계기준을 준용하여 회계처리에 따라 세무조정도 해야 한다면, 이는 적격합병 여부와 상관없이 동일기업 집단 내 합병에 피합병법인의 주식은 합병법인의 주식 장부가액에 가산해야 한다는 의견인데, 「법인세법」에서는 회계처리와 무관하게 합병을 양도거래로 규정하고 있고 그 중 적격합병의 요건을 충족한 경우에만 특례를 부여하고 있는바, 기업회계기준을 준용하여 회계처리에 따라 처리해야 한다는 의견은 이러한 합병세제 체계에 반하는 의견이다.

(나) 처분청은 합병신주가 발행되지 아니한 경우 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식 장부가액에 가산하여야 할 법령상 근거가 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호, 제80조의4 제1항이라는 의견이나, 해당 규정은 합병을 하게 되는 주체가 되는 법인(합병법인)이 그 합병으로 인하여 취득하는 자산의 세무상 취득가액을 정하고 있는 규정으로서 ‘합병법인의 주주’가 아닌 ‘합병법인’에게 적용되는 규정이다. 따라서 해당 규정은 본 쟁점에서 다룰 합병법인의 주주인 청구법인에게 적용되는 규정이라고 할 수 없고 본 사안과 무관하다.

(다) 처분청은 실질과세의 원칙 측면에서 두 개의 완전자회사가 하나로 합쳐진 것에 불과하기 때문에 피합병법인 주식의 장부가액도 합병법인 주식에 가산하는 것이 타당하고 손금에도 해당하지 않는다는 의견이나, 이는 합병법인의 순자산이 변동되면 합병법인 주식의 세무상 가액도 변동되어야 한다는 의견으로, 합병법인의 주식의 임의평가증을 해야 한다는 논리인데, 주식에 대해 원가법을 규정하여 주식의 평가를 허용하지 아니하는 「법인세법」 제42조 제1항과 배치되는 의견이다. 무증자합병으로 피합병법인 주식은 소멸되는바, 합병법인 주식에 피합병법인 주식을 가산하기 위해서는 별도의 합병법인 주식 평가규정이 존재하여야 한다.

1) 처분청의 의견은 합병법인이 합병으로 순자산이 변동하게 되면 합병법인의 주식가치도 변동한다는 것으로, 합병을 포함한 어떤 거래로 합병법인의 순자산이 변동하게 되면 이에 따라 합병법인의 주식도 평가되어야 한다는 의견이다. 그러나 「법인세법」 제42조 제1항은 “내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있는바, 「법인세법」은 법에서 정하는 경우 외에는 자산과 부채의 평가를 인정하지 아니하고 합병은 법에서 평가를 인정하는 경우가 아니라는 점에서 처분청 의견은 「법인세법」상 허용되지 아니하는 것이다.

2) 또한, 「법인세법」 제44조는 합병이 양도거래임을 규정하고 있고, 같은 법 제16조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제14조 제1항 나목, 제72조 제2항 제5호는 피합병법인의 주주가 합병으로 교부받은 합병신주에 대하여 의제배당과 취득가액 처리를 각각 규정함으로써 합병이 합병법인과 피합병법인의 단순 합산이나 합병법인 주식 및 피합병법인 주식의 단순 합산으로 볼 수 없는 점 역시 명확하게 규정하고 있는바, 합병이 단순 합산의 대상이라면 이러한 규정은 불필요하다.

(라) 처분청은 무증자합병 시 합병법인의 순자산가치가 승계한 피합병법인의 순자산가치만큼 증가하여 경제적으로 입는 손실이 없고 지배권도 변동이 없으므로 피합병법인 주식의 장부가액은 손금이 아니라는 의견이나, 「법인세법」상 납세의무자, 과세소득 등을 별개로 취급하는 법적 실체가 다른 두 법인을 추상적으로 합칠 수 있다는 처분청 의견은 납득할 수 없는, 근거 없는 것이다.

피합병법인의 순자산가치만큼 합병법인의 순자산가치가 증가하는 합병거래는 경제적으로 입는 손실이 없다. 그럼에도 불구하고 「법인세법」에서는 피합병법인의 순자산을 피합병법인이 양도한 것으로 보며, 합병법인은 이를 취득한 것으로 본다. 처분청 의견대로 합병거래를 경제적으로 손익이 동일하다는 이유로 세무상으로도 손익 효과가 없는 것으로 본다면, 적격합병에 따른 특례를 포함하여 「법인세법」상의 합병 세제를 둘 이유가 없다.

자회사 간 무증자합병에서 피합병법인은 합병거래를 통해 순자산을 모두 양도하고 소멸되는바, 그 주식도 소멸되어 「법인세법」 제19조 제1항에 의거 손금으로 인정됨이 타당하다.

처분청이 근거로 제시한 대법원 2022.12.29. 선고 2018두59182 판결은 합병법인 주주와 피합병법인 주주가 동일한 경우 분여받은 이익은 실제 얻은 이익과 손실을 고려하여 산정하라는 것으로, 해당 판례에서는 “실제 이익분여가 존재하는지 여부를 판단하지 아니하고 「법인세법」상 부당행위계산 부인 적용을 한 과세처분”에 대해 「법인세법」에서 규정한 부당행위계산 부인의 특성상 “분여받은 이익이 실제 존재하지 아니하면 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다”는 판례인바, 이러한 법리를 일반화시켜 피합병법인 주식이 소멸되는지 여부를 판단하는 것은 불합리하다.

한편, 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일인이라 할 때, 합병을 통해 피합병법인의 순자산이 양(+)의 가액이라면 합병법인의 순자산가액이 증가하여 합병 전과 순자산이 동일한 것은 사실이나, 합병신주가 발행되지 않기 때문에 피합병법인의 주주가 취득하는 자산은 없고, 합병법인의 주식 또한 「법인세법」 제42조 제1항에서는 주식에 대한 평가를 허용하지 않으므로 합병존속법인의 주식가액을 증액할 수 없다.

또한 피합병법인의 주식이 소멸한 상태에서 합병으로 늘어난 합병법인의 순자산가치가 합병법인 주식의 장부가액에 반영되는 방법은 “평가증” 외에 없으나, 합병에 대해 「법인세법」 제42조 제1항에서 평가를 허용하고 있지 아니하며(원가법), 합병거래로 늘어난 합병법인의 순자산 또한 미실현손익으로서 합병법인의 영업활동, 재무활동, 투자활동 등으로 변동되는 순자산 변동(미실현손익)과 다르지 아니한바, 합병법인의 주주 입장에서 합병으로 늘어난 합병법인의 순자산가치를 합병법인 주식의 장부가액에 가산하는 평가증은 허용될 수 없다.

(마) 처분청은 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산해야 한다는 의견의 근거 규정으로 「법인세법」 제44조 제3항 제2호, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호를 제시하고 있으나, 「법인세법」 제44조는 합병 시 “피합병법인”의 양도소득을 계산하는 규정으로서, 같은 조 제2항 및 제3항은 제1항 제1호의 “피합병법인”이 합병으로 받은 양도가액(합병대가)을 피합병법인의 순자산가액으로 하여 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다는 내용이므로 “피합병법인의 주주”와 관련이 없는 내용이다.

한편, 처분청은 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호의 합병으로 취득한 자산의 취득가액은 적격합병 시 장부가액으로 한다는 규정을 근거로 합병법인의 주주 또는 피합병법인의 주주가 합병으로 취득한 주식(합병대가를 의미)이 없음에도 합병법인의 주주가 피합병법인 주식을 장부가액으로 승계해야 한다는 의견이다.

그러나, 위 규정에서 인용하고 있는 「법인세법」 제44조의3 및 같은 법 시행령 제80조의4 제1항의 규정은 “합병법인”이 “피합병법인으로부터 합병으로 승계한 자산”에 대한 규정이고, “합병법인의 주주” 또는 “피합병법인의 주주”가 취득하는 합병법인의 주식에 대한 규정이 아니므로 이를 근거로 피합병법인의 주식을 장부가액으로 승계할 수 없다.

따라서, 처분청이 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산해야 한다는 의견의 근거로 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호 가목을 제시한 것은 해당 조문의 적용 대상을 오인한 부적절한 것이다.

(바) 처분청은 쟁점신설규정이 없더라도 기존 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호 또는 제3호에 의해서도 이 건 처분의 근거가 충분히 도출될 수 있다는 의견이다.

1) 먼저 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제3호를 보면, 2024.2.29. 개정 전 「법인세법 시행령」 제72조 제5항은 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있으면 법인이 보유하는 자산의 취득가액을 조정하도록 규정하고 있고, 제3호는 합병으로 받은 같은 영 제11조 제8호에 따른 이익이 존재하는 경우 그 이익을 법인이 보유하는 자산에 가산하도록 규정하고 있다.

또한, 「법인세법 시행령」 제11조 제8호는 같은 영 제88조 제1항 제8호 각 목 및 제8호의2에 따른 자본거래를 통해 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 의미하며, 같은 영 제72조 제5항 제3호 괄호에서 같은 조 제2항 제5호의 “합병에 따라 취득한 주식 등”을 제외하는 것으로 규정한 점을 고려하여 볼 때 합병거래에서 신주 발행으로 인하여 분여받은 이익이 있는 경우 합병법인 주식(보유하고 있는 자산)의 취득가액에 “분여받은 이익”을 가산하라는 것으로 해석된다.

근본적으로 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제3호는 쟁점신설규정과 같이 합병법인 주식의 취득가액에 가산하는 금액이 “피합병법인 주식의 취득가액”이 아니고 분여받은 이익이므로, 처분청의 의견과 같이 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제3호의 규정이 쟁점신설규정을 대신할 수는 없다.

다만 이러한 근본적인 문제를 별론으로 하고 무증자합병 시 합병법인 주식을 “분여받은 이익”만큼 가산할 수 있는지를 살펴보면, 여기에서 가산하는 분여이익은 「법인세법 시행령」 제11조 제8호에 따라 “특수관계인으로부터 받은 이익”이라고 할 것이나, 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일한 경우에는 설령 무증자합병으로 어느 한쪽 법인의 주주가 이익을 얻었다 할지라도 그 주주가 동일인이므로 「법인세법 시행령」 제11조 제8호에 따른 “특수관계인으로부터 받은 이익”이 존재할 수 없다[이와 관련하여 국세청 역시 합병법인과 피합병법인이 동일인인 경우 이익분여가 발생될 수 없어 부당행위가 성립할 수 없다고 해석하였다(국세청 서면-2023-법인-0161, 2023.8.3., 서면-2016-법인-4217, 2016.9.12., 서면인터넷방문상담2팀-1187, 2007.6.19. 등)].

한편, 처분청은 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호와 같은 항 제8호의2 중 어떤 규정에 근거하여 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산해야 한다고 주장하는지 불분명하나, 본 건의 쟁점은 ‘합병법인 주주가 소유한 주식에 대한 평가증’이나 ‘피합병법인 주주의 미실현’에 대한 다툼이기 때문에 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호에 근거하여 주장하는 것이 타당할 것이나, 처분청은 답변서에서 ‘합병법인은 … 모회사로부터 이익을 분여받았다고 평가할 수 있는 것’이라고 하면서 이에 따라 ‘「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제3호는 그러한 이익을 취득가액에 가산하도록 규정한 것’이라는 의견을 제시하여, 처분청의 의견이 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호의2에 근거하여 합병법인이 이익을 분여받았다는 것일 수도 있으므로 이에 대하여 살펴보면, “합병법인”이 모회사(주주)로부터 이익을 얻어 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에 따라 합병법인이 보유하고 있는 자산에 그 이익을 가산해야 한다는 처분청 의견은 “청구법인(합병법인의 주주 또는 피합병법인의 주주)”이 아닌 “합병법인”의 소득과 관련된 것으로 본 심판청구에서 다루어야 할 사항이 아니다.

고가 또는 저가 합병거래를 통해 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주 상호 간 분여한 이익이 있는 경우 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 및 제8호의2 규정에 따라 부당행위계산의 부인 규정을 적용하는 것이고, 같은 항 제8호의2는 ‘제8호 외의 경우’를 전제로 하고 있어 제8호의 보완적 규정이라는 점을 고려할 때, 자본거래 중에 제8호에서 규정되지 않은 거래로 이익분여가 발생되는 상황을 규정할 필요가 있을 때 적용하는 것인바, 제8호에 명백히 합병거래에 따른 주주 간 이익분여를 규정하고 있는 상황에서, 이와 중복되는 이익분여 효과인데 제8호의2에서 추가로 “합병 당사 법인”과 “합병 당사 법인의 주주” 간의 이익분여를 규정했다고 보는 것은 논리적으로 타당하지 아니한 의견이다.

2) 다음으로, 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호에 대하여 보면, 처분청은 합병법인의 주식가치가 합병으로 변동되었다면 쟁점신설규정이 없더라도 위 규정 및 「법인세법」 제42조 제1항 단서에 따라 법인이 보유하고 있는 자산의 평가를 허용하므로 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산할 수 있다는 의견이다.

「법인세법」 제42조는 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다고 규정하여 원가법을 원칙으로 하고 있으며, 다만 재고자산 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가는 원가법의 예외를 두고 있다. 한편, 원가법의 예외인 자산은 같은 법 시행령 제73조에 따라 유가증권 등으로서 주식 등이 해당되나, 같은 영 제75조에 따라 일반회사는 주식 등에 대해 총평균법과 이동평균법으로 취득가액을 산정하는 방법에 대해서만 규정하고 있고, 투자회사 등과 보험회사만 시가법을 허용하고 있으며, 이와 관련하여 국세청도 유가증권의 평가는 원가법임을 분명히 하고 있다. 따라서, 무증자합병 시 합병법인 주식의 장부가액을 피합병법인 주식 장부가액만큼 평가증을 하는 근거로 「법인세법」 제42조 및 2024.2.29. 개정 전 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호를 제시하는 것은 타당하지 아니하다.

(사) 처분청이 제시한 비닐봉지 사례에 대한 청구주장은 다음과 같다.

처분청은 하나의 손에 들린 두 개의 과일 비닐봉지 그림을 통하여 두 봉지가 합쳐졌어도 들고 있는 손은 그대로이고 봉지만 하나로 변경된 것이므로 실질적으로 어떠한 손익도 발생하지 않았다는 의견이다. 이러한 의견은 겉보기에 설득력이 있어 보이나, 「법인세법」상 합병법인과 피합병법인은 별도의 법적 실체로서, 「법인세법」이 이들을 명백하게 구분하여 취급하고 있다는 점에서 타당하지 아니하다.

「법인세법」은 합병법인과 피합병법인을 각각의 납세의무자로 보도록 규정하고 있고, 합병법인과 피합병법인의 주주가 동일인인지 여부와 무관하게 합병 관련 규정을 두고 있으며, 합병법인과 피합병법인의 주주가 동일인이라는 이유로 피합병법인의 합병 시 각사업연도소득에 대한 신고 의무를 면제해 주거나, 피합병법인의 합병 전 결손금, 세액공제 등의 처리에 대해 혜택을 주는 부분이 없다. 따라서, 모회사가 동일인이라는 이유에서 비닐봉지처럼 합병법인과 피합병법인을 합칠 수 있는 것이 아니다.

아울러, 피합병법인의 주주 입장에서도 이러한 합병당사법인의 합병에 따른 권리·의무 승계 거래나 세무처리, 합병법인의 주주가 누구인지 여부와 무관하게, 피합병법인의 주주 입장에서 받은 합병대가의 처리에 대해 「법인세법」에서 별도로 규정(「법인세법」 제16조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제5호)하고 있어 이러한 법문을 무시하고 두 개의 비닐봉지를 들고 있던 손이 하나라는 표현(그림)만으로 해당 합병거래에서 피합병법인이나 그 주주에게 손익이 발생되지 않았다는 의견은 「법인세법」상 합병의 과세체계에 반하는 것이다.

참고로, 완전자회사 간의 합병은 2016.12.20. 「법인세법」 제44조 제3항을 개정하여 기존에 모자 간 합병만 의제적격합병으로 규정했던 것에 추가하여 의제적격합병으로 규정한 것으로, 처분청의 의견과 같이 하나의 손에 있던 2개의 과일 비닐봉지가 단순히 하나로 합쳐져 「법인세법」상 어떠한 손익도 발생하지 아니하고 주주에게도 「법인세법」상 영향을 미쳐서는 안 된다는 것이 「법인세법」 저변에 존재했던 근본적인 개념이라면, 애초부터 「법인세법」은 완전자회사 간 합병을 의제적격합병으로 규정했어야 하거나 더 나아가 아예 이런 적격합병 규정이 필요 없었어야 한다.

(아) 처분청은 비닐봉지 사례에서와 같이 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일한 경우에는 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 다른 경우와 그 처리를 달리 해야 한다는 의견이나, 피합병법인 주식에 대한 손익 실현은 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일인인지, 여러 명인지에 따라 달리 적용할 수 없다. 「법인세법」 제19조 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용’이라고 정의한바, 합병법인과 피합병법인으로 각각 구분되어 있음에도 주주가 동일하다는 이유로 어느 한쪽의 주식이라는 재산의 감소가 있었는데 손금으로 보지 않을 이유는 없는 것이다.

(5) 완전모자회사 간 합병 사례는 모회사가 합병을 통해서 결국 본인의 주식가액을 손금으로 인정받을 수 있는지 여부가 쟁점인 것으로, 이 경우 완전모회사는 합병으로 인하여 자본에 변동이 생기는바, 해당 거래는 자본거래에 해당할 뿐 아니라 「법인세법」에서도 이를 자본거래로 규정하고 있으므로(「법인세법」 제17조), 「법인세법」상 별도의 명문규정이 없는 한 자회사의 주식가액을 손금으로 인정받을 수 없다(「법인세법」 제19조).

다른 관점에서 살펴보면, 완전모자회사 간 합병에서 완전모회사의 지위는 합병법인에 해당하는데, 이 경우 피합병법인(자회사)의 취득가액과 피합병법인(자회사)의 순자산 가액과의 차액은 사실상 합병매수차손익에 해당한다. 비적격합병의 경우에는 해당 합병매수차손(익)에 대해 손금(익금)으로 강제 조정(「법인세법」 제44조의2)을 하나, 완전모자회사 간 합병과 같은 적격합병의 경우에는 「법인세법」에서 합병매수차손익을 인식하지 못하도록 하고 있는바, 이러한 관점, 즉 완전모회사인 합병법인의 관점에서 볼 때에도 완전모자회사 간 합병에서 완전모회사는 합병에 따른 손익의 인식은 불가하다.

이에 반해, 완전자회사 간 합병의 경우, 자회사 간 합병거래는 자본거래에 해당하나, 모회사는 투자자로서 투자주식을 처분하는 일반 양도거래(손익거래)로 봄이 타당하다. 모회사가 보유하고 있는 자회사 주식은 세법상 자산임은 명백하고, 또한, 「법인세법」상 자본거래(「법인세법」 제17조) 유형에 해당하지도 않는바, 일반 양도거래(손익거래)로 봄이 타당하다. 따라서, 원칙과 달리 자회사 간 무증자합병시 모회사의 입장에서 투자주식에 대한 손익을 인식하지 못하도록 하기 위해서는(손익이연을 위해서는) 「법인세법」상 명문의 규정이 절대적으로 필요하다.

나. 처분청 의견

(1) 완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액은 손금에 해당하지 아니한다.

(가) 청구법인은 쟁점합병이 합병신주가 발행되지 아니하여 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산하여야 할 문언상 근거가 없다고 주장하나, 「국세기본법」 제20조는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고 납세자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계기준 또는 일반적으로 공정·타당하게 인정되는 것은 존중하여야 한다고 규정하고 있고, ‘일반기업회계기준 실무지침’은 종속기업 간의 합병으로 인해 연결재무제표에 반영되는 금액은 합병으로 인해 변동되지 않는다고 규정하고 있으므로 청구법인이 한 회계처리는 존중되어야 한다. 청구법인의 쟁점합병에 대한 회계처리는 기업회계기준서에 따라 합병법인의 주식과 피합병법인의 주식을 원가법으로 평가하여 합병시점에 합병법인의 주식을 증액하고 피합병법인의 주식을 감액한 것으로 청구법인이 보유한 종속회사들의 주식가액의 합계액이 변동되지 아니하였다. 또한, 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호, 제80조의4 제1항은 합병법인이 피합병법인의 자산·부채를 승계하도록 규정하고 있고, 쟁점합병은 자본잠식 상태가 아닌 피합병법인을 흡수합병한 경우로 두 개의 완전자회사가 하나로 합쳐진 것에 불과하므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산하는 것이 「국세기본법」 제14조의 실질과세의 원칙에도 부합한다.

(나) 청구법인은 쟁점합병이 무증자 합병으로 피합병법인의 주식 OOO주 전체가 소멸하여 피합병법인 D㈜ 주식의 장부가액 OOO원은 손금 산입 대상임을 「법인세법」 제19조 및 기획재정부와 국세청의 해석사례를 근거로 주장하나, 합병법인에게 이전된 피합병법인의 순자산가치만큼 합병법인의 규모도 증가하여, 완전모회사인 청구법인은 전체적으로 경제적 손실이 없으며 주주로서 가지는 지배권에도 변동이 없다.

(다) 청구법인은 무증자 합병거래의 실질이 무상감자 또는 무상소각과 유사하다고 주장하나, 무상감자 및 무상소각의 경우 대가 없이 주식을 감소시켜 주주의 경제적 손실을 일으키는 반면, 본 건은 쟁점합병으로 감소한 피합병법인의 순자산 가치만큼 합병법인의 순자산 가치가 증가하므로 주주인 완전모회사에 실질적인 경제적 손실이 발생하지 아니한다.

(라) 완전자회사 간 무증자 흡수합병을 할 경우, 원칙적으로 모회사로서는 (합병으로 인한 시너지 효과 등의 다른 제3의 변수를 논외로 한다면) 자산가치에 아무런 변동이 발생하지 아니한다. 예를 들어 100억원, 200억원의 가치를 갖는 두 기업이 합병하면 자산가치 300억원의 기업이 되는 것이므로, 모회사의 관점에서 합병 그 자체만으로 어떤 수익이나 손실이 발생하지 아니한다. 이 건의 쟁점은 바로 그러한 원칙적 상황에 대한 세무회계 처리로서 소멸되는 피합병법인 주식의 장부가액을 존속하는 합병법인 주식의 장부가액에 덧붙이는 것이고, 이는 특별히 새롭거나 복잡한 일이 아니다.

다만, 위와 별개의 문제로서 자회사의 주식가치가 모회사의 장부에 100억원으로 표시된 기업이 실제로는 자본잠식 상태로서 자산가치가 0원인 경우가 있을 수 있고, 그러한 경우 장부상에 유보되어 있던 손실을 어느 시점에 드러내어 손금에 산입해야 할 것이며, 그러한 시점 중 하나로 자본잠식된 회사가 피합병법인이 되어 흡수합병됨으로써 주식이 소각될 경우, 유보된 손실을 반영하여 손금처리하는 세무처리가 이루어질 수 있다.

이처럼 두 가지 전혀 다른 문제를 청구법인은 혼란스럽게 결합하여, 마치 이 건에서도 피합병법인의 주식 소멸에 따른 손금산입이 이루어져야 할 것처럼 주장하나 이는 분명히 잘못된 주장이다.

(마) 완전자회사 간의 합병이 청구법인(모회사)에게 어떠한 의미를 갖는지 직관적으로 이해할 필요가 있는바, 아래의 사진은 한 명의 사람이 과일이 담긴 두 개의 비닐봉지를 들고 있는 사진으로, 이 사건 흡수합병을 이 사진에 빗대어 보면 과일봉지를 든 사람(모회사)이 두 개의 비닐봉지(두 개의 완전자회사)를 소유하고 있다가 어떤 이유에서든 두 개의 비닐봉지에 나누어 담겨 있던 과일을 어느 하나의 비닐봉지로 합치려는 것이다.

○○○

이처럼 완전자회사 간의 흡수합병은 1인의 소유자(모회사)가 갖고 있던 두 개의 회사를 어느 하나로 합치는 것으로, 특히 두 개의 과일 봉지의 주인이 서로 다른 사람이었던 경우가 아니라 위와 같이 합쳐질 두 과일 봉지의 주인이 동일인이라는 점이 무엇보다 중요한 사항이다.

그리고 과일을 하나의 봉지로 옮기는 과정에서 실수로 과일을 망가뜨리거나 흘리지 않은 한, 합치기 전·후의 과일 봉지의 총가치가 달라진다거나 과일의 총수가 달라지지 않는다. 따라서 단지 2개의 비닐봉지를 하나로 합친다고 하더라도 어차피 두 비닐봉지를 모두 갖고 있던 1인의 주인 입장에서는 실질적으로 무슨 수익 또는 손실이 발생하지 않는다.

한편, 비닐봉지에 담긴 과일의 숫자를 파악하기 위한 장부(혹은 구매 영수증)가 있고, 어느 비닐봉지의 장부에 총 20개의 과일이 있는 것으로 기록되어 있었는데, 실제로는 그보다 더 많은 과일이 있다면 이는 장부와 실질의 불일치로 세무상으로는 미실현이익에 대한 익금산입이 이루어져야 할 상황이 언젠가 올 것이다. 또는 그 반대로 실제로는 장부에 기재된 숫자에 못 미치는 과일이 담겨 있을 수도 있고 그 경우에는 향후 손금산입이 필요한 상황이 올 수도 있다. 이러한 장부상 개수와 실제 개수의 차이를 파악하고 이를 반영하는 조정이 필요한 순간(이벤트)이 있을 수 있는데, 채무초과(자본잠식) 회사를 피합병법인으로 하는 합병이 이루어지는 경우는 바로 그러한 순간 중 하나에 해당하여 피합병법인의 부실로 인한 손실을 인식하는 계기가 된다.

그러나 이 건에서 피합병법인인 D(주)는 자본잠식 상태에 있지 아니하였기 때문에 당장 장부와 실질의 차이에 대한 문제는 논외로 한 채 (적격합병 시의 과세이연 특례가 적용되어) 무증자 흡수합병을 진행할 수 있었던 것이다.

(바) 이 사건 쟁점 이해를 위한 추가 예시 사례를 제시해 보면 다음과 같다.

甲회사는 자기자본으로 100억원의 토지를 매입한 뒤 50억원을 투입하여 그 위에 건물을 짓기로 결정하였다. 이 때 甲회사는 토지와 건물에 대한 몇 가지 소유 방식을 선택할 수 있는데, 건물과 토지 모두 甲회사가 직접 소유하는 방식, 1개 또는 2개의 자회사를 설립하여 자회사를 통해 소유하는 방식을 생각할 수 있다.

○○○

위 그림상 전자의 경우 甲회사가 보유하는 자산은 ‘건물’과 ‘토지’가 될 것이고, 후자의 경우 甲회사가 보유하는 자산은 자회사 A, B의 ‘주식’이 된다. 다만, 그 형식이 어떠하든 자산의 취득가액(장부가액)이 총 150억원이라는 점은 동일하다.

그런데, 甲회사가 자회사 A, B를 통해 자산을 보유하던 상황에서, 어떠한 이유에서든 2개의 자회사를 1개의 자회사로 합치는 선택을 할 수 있고, 이 사건처럼 무증자 흡수합병 방식을 선택하게 될 경우, 甲회사의 자산은 결국 A회사 주식만 남게 되고, A회사가 건물과 토지를 보유하는 형식을 취하게 된다(이때 A회사 신주를 발행하여 주식수를 늘리든 이 사건처럼 무증자 흡수합병을 하여 주식 수를 유지하든 A회사가 보유한 자산은 동일하므로 A회사 주식 100%의 가치는 동일할 수밖에 없다).

○○○

이 건 처분은 처분청이 무증자 흡수합병 후, 소멸된 B회사 주식 취득가액 100억원을 전부 손금산입하여 달라는 청구법인의 경청청구를 거부한 것인바, 이 건 처분의 적법성에 관한 유일한 쟁점은, 위와 같은 무증자 흡수합병 시 甲회사가 보유한 B회사 주식이 대가 없이 소각된 사정을 두고 손금산입을 인정할 것인지, 즉 甲회사에게 ‘순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실’이 있다고 볼 것인지 여부이다. 즉, 이 건 처분의 적법성을 따지기 위한 논의는 오로지 자회사 주식의 소각이 모회사에게 손금산입 사유에 해당하는지 여부에 국한되는 것이므로, 무증자 흡수합병 이후 존속하는 A회사 주식의 취득가액을 150억원으로 평가할 것인지 아니면 기존 취득가액인 50억원으로 일단 그대로 유지할 것인지는 부수적 문제이고 이 건 처분의 적법성에 관한 쟁점은 아니라고 할 것이다.

(사) 완전자회사 간의 무증자 흡수합병은 모회사에 대한 손금 요건을 충족할 수 없다.

1) 「법인세법」상 손금에 해당하는 손비는 ‘순자산을 감소시키는 거래’로 인한 것이어야 하고, ‘업무관련성’과 ‘통상성’ 및 ‘수익관련성’이 인정되어야 한다. 그러나 완전자회사 간의 무증자 흡수합병은 모회사의 순자산을 감소시키는 거래에 해당하지 아니한다.

청구법인 주장은 위 예시 사례에서 B회사 주식을 100억원에 취득하였는데, 무증자 흡수합병 후 B회사 주식이 A회사 신주로 대체되지 않고 전부 소멸하였으므로, B회사 주식 취득가액(장부가액) 전액을 손금으로 인식하여야 한다는 것이다.

그러나 ‘합병’이란 두 개 이상의 회사가 「상법」의 절차에 따라 청산절차를 거치지 않고 합쳐지면서 최소한 한 개 이상의 법인격을 소멸시키되, 합병 이후에 존속하는 회사 또는 합병으로 인해 신설되는 회사가 소멸하는 회사의 권리·의무를 포괄적으로 승계하고 그의 사원을 수용하는 「상법」상의 법률사실(‘법인세법 집행기준’ 44-0-1)이므로 합병대상법인의 자산이 어느 일부가 어떤 명목으로든 합병 과정에서 외부로 유출되는 사정이 있지 않았다면 결코 그 자체가 ‘순자산을 감소시키는 거래’가 될 수 없다(대법원 2008.8.21. 선고 2008두8314 판결 참조).

또한 예시 사례에서 B회사의 주식은 소멸되더라도, B회사의 자산이었던 토지는 A회사의 자산으로 이전되므로, 결과적으로 A회사 주식 100%를 보유한 甲회사의 순자산에는 아무런 변화가 없다.

합병법인과 피합병법인의 주주가 상이한 경우라면 합병비율 등에 따라 각자의 자산가치에 차이가 발생할 수 있겠지만 합병법인과 피합병법인의 주주가 동일인이므로 그러한 문제가 발생하지도 아니한다(즉, 어차피 동일인에게 귀속되므로 합병비율이나 합병신주 발행 여부가 아무런 실익이 없는 경우이다).

2) 한편, 이 건은 「법인세법」 제42조에 따른 자산 평가가 문제되는 상황도 아니다. 「법인세법」 제42조는 내국법인이 보유하고 있는 자산의 장부가액을 취득시점 이후 변경된 시가를 반영하여 증액 또는 감액(평가)하는 경우, 어떤 기준으로 시가를 평가하고, 평가이익을 어떻게 처리할 것인지 등을 규율하는 것인데, 이 건의 경우는 甲회사 자산을 평가하여 장부가액을 증액 또는 감액하려는 것이 아니다. 즉, 취득시점 이후 보유하고 있던 토지나 건물의 시가가 변동됨으로 인한 평가를 실시하여 이를 장부가액에 반영하는 상황과 전혀 다른 경우임을 이해할 필요가 있다.

이 건은 그저 2개의 자회사를 통해 보유하던 자산들을 1개의 자회사를 통하는 방법으로 그 자산 보유 방식을 변경한 것에 불과하고, 보유 자산의 평가를 전제로 한 자산가액의 증감 변동은 전혀 이루어지지 않는 경우이다.

3) 사업관련성, 통상성 및 수익관련성 등에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

가) ‘사업관련성’이란 ‘사업에 필요하여’, ‘사업에 수반하여’ 또는 ‘사업의 과정에서’의 의미로 해석되고, 이와 유사한 ‘업무관련성’은 법인의 목적사업이나 그 영업내용을 기준으로 판단한다(대법원 1992.11.10. 선고 91누8302 판결). 그런데 청구법인은 이 건 무증 자흡수합병이 어떤 사업관련성이 있는지에 대하여 아무런 입증노력을 하지 않았다.

나) 손금으로서의 통상성이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 말하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(서울행정법원 2016.9.30. 선고 2016구합51658 판결).

만약 청구법인의 주장이 타당하다면, 앞선 예시 사례에서 보듯 어느 법인이든 지금까지 직접 보유하고 있던 자산들을 자회사를 설립·현물 출자하여 주식 형식으로 보유 자산을 전환시킨 뒤, 자회사 간 무증자 흡수합병을 하면 소각되는 자회사 주식의 장부가액만큼 무조건 손금으로 인정받을 수 있다는 도저히 납득할 수 없는 결론에 이르게 된다. 그러나 대한민국의 수많은 기업들은 결코 청구법인과 같은 이유를 내세워 손금 산입을 요구하지 아니한다.

따라서 청구법인에게 (전체적으로 볼 때) 순자산의 감소도 없었거니와, 설령 미시적으로 접근하여 오로지 소멸되는 피합병법인 주식만을 기준으로 순자산의 감소를 인정한다고 하더라도 도저히 지출의 ‘통상성’을 인정할 수 없다.

다) ‘수익과 직접 관련된 것’이라는 법문에 비추어 보면, 이는 ‘법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용에 포함되지 않는 비용으로서 그 법인의 수익과 직접적으로 관련된 것’으로 해석된다. 앞서와 마찬가지로 B회사 주식이라는 자산 형식에 한정하여 순자산 감소를 인정하더라도, 이는 청구법인의 수익 창출 활동과 아무런 관련이 없을 뿐만 아니라, 이러한 경우를 두고 손금으로 허용하는 명시적인 근거 규정도 없다(가령 부도나 파산의 경우, 자산의 평가손실을 손금에 산입하는 「법인세법」 제22조, 제42조 제3항 제3호 등 명시적 근거 규정이 있는 것과 비교된다).

4) 청구법인의 손금 발생 여부는 합병법인의 주주로 얻은 이익과 피합병법인 주주로서 얻은 손실을 통산하여 실질적으로 평가해야 한다는 점은 대법원 2022.12.29. 선고 2018두59182 판결의 입장에도 정확히 부합한다. 위 대법원 판결은 완전자회사 간 무증자 합병 시 피합병법인 주식의 세무상 장부가액(=취득가액)을 「법인세법」상 손금으로 인정할 수 있을지와 관련하여 결정적인 기준을 제시한 바 있다.

위 대법원 판결의 사안은 두 회사가 불공정비율의 합병을 하였는데, 당해 원고는 두 합병회사(합병당사법인들)의 주식을 모두 갖고 있는 주주였다. 과세당국은 원고가 불공정비율의 합병으로 과소평가된 법인의 주주 입장에서 과대평가 된 회사의 주주에게 이익을 분여한 점에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하고 과대평가된 된 회사의 주주로서 분여받은 이익 등에 대해서도 익금산입하는 과세를 하였던 사건이다. 위 대법원 판결 사안에서는 원고가 합병당사법인들의 주식을 보유하고 있기는 하였지만 100% 지분을 보유한 완전자회사 관계는 아니었기 때문에(각 9.01%, 13.33%를 보유하고 있었다) 불공정합병 시 과대평가된 법인의 주주로서 받은 이익과 과소평가된 법인의 주주로서 받는 이익의 금액이 완전히 일치하지 않을 수도 있었다.

그러나 이 건의 경우 완전자회사 간의 무증자 흡수합병으로서 과소평가 피합병법인 주주로서 얻는 이익과 과대평가된 합병법인의 주주로서 얻는 이익이 완전히 일치할 수밖에 없는 상황이다. 따라서 위 대법원 판결에 따르면, ‘익금’에 해당하기 위하여 법인의 ‘순자산이 증가’하여야 하고, 어느 법인이 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있는 상태에서 불공정합병이라는 하나의 자본거래가 이루어지는 경우 해당 법인의 순자산이 증가하였는지 여부는 순자산의 개념상 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실을 통산하여 판단하는 것처럼, ‘손금’에 해당하는지 여부도 법인의 ‘순자산이 감소’하였는지 여부에 따라 판단하여야 하는데, 순자산이 감소하였는지 여부는 그 개념상 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익과 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실을 통산하여야 하는 것이다.

그 결과 청구법인에게는 아무런 이익 또는 손실이 발생하지 않았다고 평가할 수밖에 없으므로 손금 산입을 주장하는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 지극히 타당하다.

(2) 기획재정부 및 국세청 예규에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(가) 이미 동일 사안에 대한 국세청 예규가 2023년 발표되었다. 국세청은 2023.1.27. 관련 법령들을 종합적으로 검토한 뒤 예규[사전-2022-법규법인-1013, 2023.1.27.]를 발표하였는바, 그 당시에도 이 건에서 청구법인이 주장하는 바와 같이 피합병법인 주식의 세무상 장부가액을 손금산입하는 안이 제기되었으나, 결국 이 건에서의 처분청 입장이기도 한 피합병법인 주식의 세무상 장부가액을 합병법인 주식의 세무상 장부가액에 가산하는 안으로 결론이 내려진 것이다.

(나) 한편, 청구법인은 ‘기획재정부 법인세제과-344(2022.8.29.), 국세청 사전-2020-법령해석법인-0170(2020.3.30.) 예규에서 완전자회사 간 무증자합병 시 피합병법인이 소멸하므로 피합병법인 세무상 장부가액을 모회사의 손금으로 처리해야 한다고 해석하였고, 이는 청구법인 주장 내용과 동일하다’고 주장한다.

청구법인이 제시한 기획재정부 법인세제과-344(2022.8.29.) 예규를 살펴보면, 그 질의내용 속에 ‘결손누적으로 자본이 전액 잠식된 자회사(피합병법인)’라는 전제가 명확히 기재되어 있음을 확인할 수 있다. 그러한 상황을 그림 예시를 통해 설명하면 아래와 같은바, 아래의 상황은, 비닐봉지A, B의 장부상 과일 개수는 30개(=20개+10개)이지만, 실제로 비닐봉지B(피합병법인)에는 과일이 0개인 상황이어서 두 비닐봉지를 합치더라도 실제로 과일 개수는 총 20개뿐인 것이다. 따라서 합병 이후 합병법인 장부에 굳이 장부를 기준으로 10개를 더 가산할 이유가 없다(그래서 과거 대법원 상업등기 선례는 가공자산이 생길 수 있다는 점을 이유로 채무초과 회사를 소멸회사로 하는 합병 자체를 막았던 것이다).

○○○

즉, 흡수합병을 하는 기회에 피합병법인 장부에 숨어있는 부실을 정리하고 손금처리를 하는 것이 타당하다는 결론을 내린 것이 위 기획재정부 예규의 내용이다. 따라서 청구법인이 자신의 주장 내용과 동일하다고 하면서 제시한 기획재정부 법인세제과-344(2022.8.29.) 예규는 이 건에서의 청구법인과 전혀 다른 상황(채무초과 회사를 소멸회사로 하는 무증자 흡수합병)에 대한 기획재정부의 판단이고, 처분청도 이러한 기획재정부의 판단에 아무런 이견이 없다.

국세청 사전-2020-법령해석법인-0170(2020.3.30.) 예규도 마찬가지로, 해당 예규의 사실관계를 살펴보면 피합병법인이 자본잠식 상태에 있어 지분가치가 없는 법인이라는 설명이 기재되어 있다. 따라서 청구법인이 언급한 국세청 예규는 그동안 내재되어 있는 손실을 무증자 흡수합병의 기회에 인식하여 손금산입하도록 하는 것으로 위 기획재정부 예규와도 그 내용이 다르지 아니하다.

무증자합병 시 자본잠식 상태에 있다는 것이 합병을 위한 기업 평가 과정에서 확인되었다면 이는 실질적으로 「법인세법」 제42조 제3항 제3호 가목 또는 라목에 해당한다고 볼 수 있다. 그럼에도 자본잠식 상태의 피합병법인 주식의 장부가액을 손금산입하지 않고 합병법인 주식 장부가액에 그대로 가산하면 합병법인은 바로 부실화가 발생할 것인바, 과세당국은 무증자합병을 계기로 부실 자회사를 정리할 수 있는 기회를 인정하는 해석을 하였던 것이다.

청구법인은 법인에 유보되어 있던 손실을 장부 밖으로 드러내 손금으로 처리하는 문제와 이 건의 쟁점인 자회사 간 무증자 흡수합병 문제를 혼동하고 있는 것이다.

(3) 2024.2.29. 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점신설규정이 무증자 합병 시 합병법인 주식의 취득가액의 증액을 허용하고 있으나 그 시행시기가 2024.2.29.이므로 본 심판청구에 적용되지 않는 것이라고 주장한다.

(나) 그러나 기획재정부에서 발간한 ‘2023년 세법개정 후속 시행령 개정안(상세본)’을 보면, 기획재정부는 2023년 세법개정에 따른 「법인세법 시행령」 개정안들을 모두 망라하여 정리하면서, 창설적 효력을 갖는 것과 확인적 효력을 갖는 것을 정확하게 구분해 놓았고(＜별지1＞), 쟁점신설규정은 기존 규정의 명확화, 즉 확인적 규정이지 창설적 규정이 아님을 명시하고 있다(＜별지2＞).

참고로 창설적 효력을 가지는 다른 개정안의 경우는 설명자료 말미에 ‘적용시기’에 관한 별도의 언급이 있음을 확인할 수 있다. 몇 가지 개정규정의 설명자료를 살펴보면, ＜별지3＞과 같이 그 ‘적용시기’를 명확하게 기술해 놓았다. 만약 쟁점신설규정이 시행령 공표 이후부터 적용될 것이었다면, 분명하게 그러한 취지로 ‘적용시기’를 기술해 놓았을 것인데, 위에서 보듯이 ‘자산의 취득가액 조정 규정’인 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에 관련하여서는 단지 ‘명확화’하기 위한 개정임을 분명히 밝히고 있다.

(다) 한편, 쟁점신설규정이 없더라도 기존 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호 또는 제3호에 의해서도 이 건 처분은 충분히 도출될 수 있는 결론이다. 합병법인은 모회사의 무증자 흡수합병 결정에 의해 피합병법인의 자산을 대가 없이 전부 취득할 수 있었는바, 이는 100% 주주인 모회사로부터 그 이익을 분여받았다고 평가할 수 있는 것이므로, 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제3호는 그러한 이익을 취득가액에 가산하도록 규정한 것으로 해석할 수 있다.

(4) 청구법인의 주장 및 항변에 대한 반론은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제5호가 합병에 따라 새로이 취득하는 ‘주식’이 있는 경우를 전제하고 있는데, 무증자합병은 합병신주가 발행되지 않으므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산하여야 할 문언상 근거가 없다고 주장하나, 청구법인의 주장은 전혀 관계가 없는 별개의 사항을 혼동스럽게 연결시킨 뒤 잘못된 결론을 내리고 있는 것이다.

무증자 흡수합병 시에는 피합병법인의 주주에게 합병법인의 주식이 교부되지 않기 때문에 새로이 취득하는 ‘주식’이 없다는 측면에서, 취득한 자산의 취득가액을 산정하는 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조 등이 무증자 흡수합병 시에 적용될 여지가 없다는 전제는 틀리지 아니하다.

그런데, ‘피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식의 장부가액에 가산’하는 문제는 (무증자합병이든 증자합병이든) 피합병법인 주주의 관점이 아니라 합병법인 주주의 관점에서 논의될 문제인데, 합병법인의 주주는 피합병법인의 주식(자산)을 합병으로 취득하였으므로 그러한 피합병법인 주식의 취득가액을 산정할 필요가 있다.

이때 「법인세법」 제44조 제3항 제2호에 따라 완전자회사 간의 합병의 경우에는 ‘적격합병’으로 볼 수 있고, 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호에 따르면, 적격합병 시 합병법인이 취득한 자산(피합병법인 주식)은 장부가액에 따라 산정된다.

따라서 이 건에서 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액이 가산된 것은 바로 위와 같은 취득가액 산정에 관한 분명한 법률상 근거에 기초하여 이루어진 것이므로 ‘문언상 근거’가 없다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(나) 청구법인은 처분청이 주장하는 규정인 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제3호 및 같은 영 제80조의4 제1항은 ‘합병법인의 주주’에게 적용되는 규정이 아니라 ‘합병법인’에게 적용되는 규정이므로, 본 쟁점에서 다룰 합병법인의 주주인 청구법인에게 적용되는 규정이라고 할 수 없어 본 사안과 무관하다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제72조 제5항은 법인이 보유하는 주식 자산에 대하여 각 호의 사유가 발생하는 경우의 취득가액에 대한 규정인바, 이는 정확하게 ‘합병법인 주식’이라는 주식 자산을 보유한 ‘청구법인’에게 적용되는 규정이므로 청구법인의 위 주장은 부당하다.

(다) 청구법인은 처분청이 실질과세의 원칙 측면에서 두 개의 완전자회사가 하나로 합쳐진 것에 불과하므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합치는 것이 타당하다고 한 의견에 대하여, 이는 합병법인과 피합병법인의 주주가 합병신주를 받지 않았기 때문에 “합병법인의 주식”의 임의평가증을 해야 한다는 것인데 「법인세법」상 주식의 평가를 허용하지 아니하므로 「법인세법」 규정과 배치되는 불합리한 의견이라고 주장한다.

즉, 청구법인은 「법인세법」 제42조 제1항에서 “내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(평가)한 경우 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다”라고 되어 있으므로 처분청이 합병법인 주식의 장부가액을 (피합병법인 주식 장부가액만큼) 증액하는 것이 잘못이라는 취지로 주장한다.

그러나 합병을 통해 합병법인의 주식가치가 변동되었다면 이를 반영하여 세무처리하는 것은 원칙적으로 당연하며, 「법인세법」 제42조 제1항의 본문은 ‘평가 전의 가액’으로 각 사업연도의 소득금액을 계산하도록 규정하고 있으나, 단서의 경우는 그렇지 아니하다. 단서가 적용되는 각 호 중 제2호(재고자산 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가)의 대통령령을 살펴보면 주식 자산은 바로 「법인세법 시행령」 제73조 제2호에 따라 위 단서의 적용을 받는 자산에 해당하고, 따라서 평가 후의 가액으로 각 사업연도 소득금액을 계산한다. 그리고 평가에 있어 단순히 장부가액만 가산하는 것은 자회사 간 무증자 흡수합병은 적격합병처럼 의율되기 때문이다.

(라) 청구법인은 무증자 합병을 하게 되면 합병신주의 교부가 일어나지 않아 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하므로 합병구주가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조에 따른 손금의 정의를 충족하는 것이라고 주장한다.

만약 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일하지 아니한 상황에서 무증자 흡수합병이 이루어진다고 가정한다면, 피합병법인의 주주는 자신이 보유한 주식이 모두 소각됨에도 불구하고 이를 대체하는 아무런 자산을 취득하지 못하기 때문에 (피합병법인이 자본잠식 상태가 아닌 이상) 그 손실액이 구체적으로 얼마인지와 상관없이 손실을 보게 되므로 그에 따른 손금산입이 필요할 것이고, 합병법인 주주는 피합병법인의 자산을 취득하면서 아무런 대가를 지급하지 않으므로 피합병법인 주주가 입은 손실만큼 이익을 얻을 것인바 이에 대한 가치평가 및 익금산입이 필요할 것이다.

그런데, 이 건의 경우는 완전자회사 간의 흡수합병으로 피합병법인의 주주로서 손실을 보는 자와 합병법인의 주주로서 이익을 얻는 자가 동일인이므로 이 건 흡수합병은 결과적으로 모회사의 손익에 아무런 영향을 미칠 수가 없다.

이러한 상황을 위에서 예시한 2개의 과일 비닐봉지 사례로 설명해 보면 아래의 그림과 같이 정리해 볼 수 있다. 즉, 아래의 그림에서 소유자 K는 흡수합병이 있기 전에도 실제로 40개의 과일을 보유하고 있었고, 흡수합병을 하더라도 동일하게 40개의 과일을 보유하게 된다. 소유자 K가 보유한 실제 과일 개수는 아무런 변동이 없다. 다만, 별개의 문제로서 비닐봉지B의 가치를 어떻게 평가할 것인가를 두고 적격합병으로 보기 때문에, 장부상 과일 개수인 10개로만 평가하여 비닐봉지A의 장부에 기재함으로써 과세이연의 효과를 계속 누릴 수도 있는 것이다.

○○○

청구법인은 이 건에서 오로지 피합병법인의 주식이 대가 없이 소각된다는 측면만을 언급하며 자산의 감소를 주장하지만, 그 반대 측면에서 합병법인이 대가 없이 피합병법인을 그대로 흡수하게 된다는 측면을 함께 고려해야 한다. 피합병법인의 주주와 합병법인의 주주가 다른 사람이 아니라 동일인이기에 양자는 결코 분리될 수 없다.

(마) 청구법인은 무증자 합병거래의 실질이 무상감자 또는 무상소각과 유사하다고 주장하나 이는 타당하지 아니하다.

무상감자는 주로 부실기업의 재건방법의 일환으로써 누적 결손금이 큰 경우에 자본금 규모를 줄여서 회계상의 손실을 털어내고 자본을 순자산에 접근시키기 위한 방편으로 사용되고 있다. 청구법인이 언급한 예규도 투자주식의 전부가 무상감자되는 경우, 즉 100% 무상감자(자본금이 0원)가 실시되는 경우에 대한 세무처리 방법을 설명하고 있는 것으로 채무초과(자본잠식) 회사를 전제로 한 내용이다. 즉, 100% 무상감자는 그동안 회사에 숨어 있던 손실을 공개하고 투자금액 전부를 손금처리하는 것이다.

그러나 무증자 흡수합병의 경우에는 소멸법인(피합병법인)이 자본잠식 상태에 있지 아니한 이상, 무증자 합병거래 자체가 무상감자 또는 주식소각과 그 성질이 유사한 것이 아니다. 물론 흡수합병을 하는 기회에 장부 안에 숨어있는(유보된) 손익을 드러낼 수도 있지만 선택에 따라 완전자회사 간 합병은 적격합병으로 취급할 수 있으므로, 장부가액 그대로 자산을 평가함으로써 별도의 손익 인식 없이 피합병법인 주식의 장부가액을 그대로 합병법인 주식의 취득가액으로 전이할 수 있는 것이다.

따라서 일반적인(소멸회사가 채무초과 상태가 아닌 경우) 무증자 흡수합병은 청구법인의 주장처럼 회사에 내재된 손실을 드러내어 법인의 자본금을 줄이는 무상감자 또는 주식소각과 그 성질이 동일하다고 평가할 수 없다.

(바) 청구법인은 「법인세법」 제44조 제1항에서 합병이 양도거래임을 천명하고 있는 등 합병이 합병법인과 피합병법인의 단순 합산이나 합병법인 주식과 피합병법인 주식의 단순 합산으로 볼 수 없다고 주장하나, 이는 그에 이어지는 제44조 제2항과 제3항을 간과하고 있는 것으로, 자회사 간 합병은 ‘적격합병’으로 간주하여 양도손익이 없는 것으로 보고 단순히 장부가액만을 기준으로 합병할 수 있다는 점을 고려하지 아니한 주장이다.

(사) 청구법인은 완전자본잠식 상태의 법인만 손금산입을 인정하고 순자산이 조금이라도 남아있는 법인에 대하여 손금산입을 인정하지 아니하는 것은 부당하다는 취지로 주장한다.

그러나 완전자본잠식 상태임이 확인된 법인의 경우는 이미 기업가치 평가가 이루어져 잔존가치가 0원임이 확인된 것으로, 해당 시점에 장부가액 전부를 손금산입하는 것이 특별히 문제가 되지 아니하지만, 일정액의 순자산이 남아있는 법인이라면 그에 대한 정확한 가치평가를 통해 유보된 손실이 얼마인지를 평가하는 과정이 필요하다.

그런데, 청구법인은 그러한 절차 없이 단지 무증자 흡수합병이 이루어져서 피합병법인의 주식이 소멸된다는 사실에만 착안하여 피합병법인 주식의 장부가액 전부를 손금산입해달라는 부적절한 주장을 개진하고 있는 것이다.

만약 장부가액 100억원의 피합병법인 주식의 잔존가치가 30억원이라고 한다면(물론 이를 확인하기 위한 과정이 필요한데, 통상 자회사간의 무증자 흡수합병 시에는 이를 확인하기 위한 기업실사 과정을 거치지 아니한다) 이를 반영하여 70억원만을 손금산입하는 것이 타당한데, 청구법인의 주장은 잔존가치가 얼마인지 따지지도 말고 무조건 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액 전부인 100억원을 손금산입해달라는 주장을 하는 것이다.

그러나 개정 법령이나 유권해석은 일단 자회사 간 무증자 흡수합병 시에는 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산하도록 한 것으로, 이는 유보된 이익 또는 손실이 얼마인지 확인되지 않는 상황에서 이루어져야 할 지극히 타당한 세무회계이다.

(아) 청구법인은 기업회계 존중의 원칙이 적용되기 위해서는 세법상 별도의 규정이 존재하지 않아야 하는데, 주식의 취득, 처분, 평가와 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정이 「법인세법」상 존재하므로 기업회계 존중의 원칙이 적용될 여지가 존재하지 않는다고 주장한다.

청구법인은 기업회계 존중의 원칙에 우선하여 적용될 「법인세법」 관련 규정들이 마치 청구법인 주장에 부합하는 것처럼 왜곡된 전제에서 위 주장을 개진하고 있다.

청구법인은, “본 건인 완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금 산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 판단되어야 하며, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단되어야 한다”고 주장하였다.

그러한 일반론 자체는 틀리지 않고, 이는 처분청도 동의하나, 다만 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조를 적용할 때 청구법인의 주장처럼 이 건 자회사 간 무증자 흡수합병을 손금을 발생시키는 거래로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면, 「법인세법」 제19조 제1항에서 ‘손금’은 ‘해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실’을 의미하는바, 청구법인은 이 건에서 오로지 피합병법인의 주식이 대가 없이 소각된다는 측면만을 언급하며 자산의 감소를 주장하지만, 그 반대 측면에서 합병법인이 대가 없이 피합병법인을 그대로 흡수하게 된다는 측면을 함께 고려해야 한다. 피합병법인의 주주와 합병법인의 주주가 다른 사람이 아니라 동일인이기에 양자는 결코 분리될 수 없다.

게다가 「법인세법」 제19조뿐만 아니라 같은 법 제41조(자산의 취득가액), 제42조(자산·부채의 평가) 등도 결코 처분청의 의견에 배치되는 것이 아니며, 오히려 이 건 처분의 정당성을 뒷받침하는 근거가 될 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액이 합병일이 속하는 사업연도에 완전모법인의 손금으로 인정되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지4＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 D(주) 주식 취득가액 구성 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구법인의 D(주) 주식 취득가액 구성 내역

○○○

(나) 청구법인이 쟁점합병과 관련하여 한 회계처리 및 세무처리 내역은 다음과 같다.

○○○

(다) C(주)(합병법인)가 쟁점합병으로 인하여 인수한 D(주)(피합병법인)의 자산과 부채의 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점합병 시 합병법인이 인수한 피합병법인의 자산․부채 내역

○○○

(라) 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고 시 청구법인이 100% 지분을 소유하고 있던 D(주) 주식의 세무상 장부가액 OOO원을 손금에 반영하지 아니하였는바, D(주)의 회계상 장부가액 및 세무상 장부가액은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 피합병법인의 장부가액 내역

○○○

(마) 합병법인인 C㈜의 쟁점합병 전후 재무상태 내역은 아래 ＜표6＞과 같은바, C(주)의 자본은 쟁점합병 후 OOO원 증가하였다.

＜표6＞ 합병법인의 재무상태 내역

○○○

(바) 이 건의 쟁점과 관련한 기획재정부 예규 및 국세청 예규는 다음과 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액은 모회사의 손금에 해당하지 아니한다는 의견이나,

완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금 산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 판단되어야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단되어야 할 것인바, 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당하는 것으로 보이는 점,

무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없어 보이므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식가액에 가산하여 증액하는 것은 임의평가증에 해당하는 것으로 보이고, 이는 「법인세법」상 허용되지 아니한다고 할 것인바, 이에 대하여 처분청은 이러한 증액이 자산의 대체라는 의견이나, 합병법인의 주식 수가 변동이 없는 상황에서 그 장부가액을 증가시키는 것을 평가(임의평가증)가 아니라고 보기 어려운 점,

2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에서 쟁점신설규정을 신설한 것은 ‘무증자합병의 경우 신주 발행이 없어 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호의 적용대상에 해당하지 아니하여 무증자합병 시 합병법인 주식의 평가를 할 근거가 없고, 피합병법인의 장부가액이 「법인세법」 제19조 손비의 일반원칙에 따라 손금으로 되는 문제가 발생함에 따라 이를 정책적 목적에서 방지하기 위해’ 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산할 수 있도록 근거를 마련한 것으로 보이는 점 등에 비추어,

완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액이 모회사의 손금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안(상세본) 목차

＜별지2＞ 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안(상세본) 제44면

＜별지3＞ 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안(상세본) : 적용시기를 기재한 경우 및 그렇지 않은 경우

＜별지4＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 일부개정되기 전)

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조 제4항에 따른 외국법인세액(세액공제된 경우만 해당한다)에 상당하는 금액

3. 「조세특례제한법」제100조의18 제1항에 따라 배분받은 소득금액

③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병에 따라 소멸하는 법인[이하 “피합병법인”(被合倂法人)이라 한다]의 주주등이 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 법인(이하 “합병법인”이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등의 가액과 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액[이하 “합병대가”(合倂對價)라 한다]이 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

제17조(자본거래로 인한 수익의 익금불산입) ① 다음 각 호의 구분에 따른 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다.

1. 주식발행액면초과액 : 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액(무액면주식의 경우에는 발행가액 중 자본금으로 계상한 금액을 초과하는 금액을 말한다). 다만, 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식등의 제52조 제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다.

2. 주식의 포괄적 교환차익 : 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환을 한 경우로서 같은 법 제360조의7에 따른 자본금 증가의 한도액이 완전모회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 그 초과액

3. 주식의 포괄적 이전차익(移轉差益) : 「상법」 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전을 한 경우로서 같은 법 제360조의18에 따른 자본금의 한도액이 설립된 완전모회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과액

4. 감자차익(減資差益) : 자본감소의 경우로서 그 감소액이 주식의 소각, 주금(株金)의 반환에 든 금액과 결손의 보전(補塡)에 충당한 금액을 초과한 경우의 그 초과금액

5. 합병차익 : 「상법」 제174조에 따른 합병의 경우로서 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 합병 후 존속하는 회사의 자본금증가액 또는 합병에 따라 설립된 회사의 자본금을 초과한 경우의 그 초과금액. 다만, 소멸된 회사로부터 승계한 재산가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그 회사의 주주에게 지급한 금액과 주식가액을 초과하는 경우로서 이 법에서 익금으로 규정한 금액은 제외한다.

6. 분할차익 : 「상법」 제530조의2에 따른 분할 또는 분할합병으로 설립된 회사 또는 존속하는 회사에 출자된 재산의 가액이 출자한 회사로부터 승계한 채무액, 출자한 회사의 주주에게 지급한 금액과 설립된 회사의 자본금 또는 존속하는 회사의 자본금증가액을 초과한 경우의 그 초과금액. 다만, 분할 또는 분할합병으로 설립된 회사 또는 존속하는 회사에 출자된 재산의 가액이 출자한 회사로부터 승계한 채무액, 출자한 회사의 주주에게 지급한 금액과 주식가액을 초과하는 경우로서 이 법에서 익금으로 규정한 금액은 제외한다.

② 제1항 제1호 단서에 따른 초과금액 중 제18조 제6호를 적용받지 아니한 대통령령으로 정하는 금액은 해당 사업연도의 익금에 산입하지 아니하고 그 이후의 각 사업연도에 발생한 결손금의 보전(補塡)에 충당할 수 있다.

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제42조(자산ㆍ부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「보험업법」이나 그 밖의 법률에 따른 고정자산의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)

2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가

② 제1항제2호에 따른 자산과 부채는 그 자산 및 부채별로 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가하여야 한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 제1항과 제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.

1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것

2. 고정자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것

3. 대통령령으로 정하는 주식등으로서 그 발행법인이 부도가 발생한 경우 또는 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받았거나 「기업구조조정 촉진법」에 따른 부실징후기업이 된 경우의 해당 주식등

4. 주식등을 발행한 법인이 파산한 경우의 해당 주식등

④ 제2항과 제3항에 따라 자산 및 부채를 평가한 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 자산 및 부채의 평가에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 제2항과 제3항에 따라 자산 및 부채를 평가함에 따라 발생하는 평가이익 및 평가손실의 처리 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 “순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호‧제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의2(비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 “순자산시가”라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

(3) 법인세법 시행령(2018.7.31. 대통령령 제29067호로 일부개정되기 전의 것)

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 자산의 양도금액

9. 제88조 제1항 제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익

제14조(재산가액의 평가 등) ① 법 제16조 제1항 각 호에 따라 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 “주식등”이라 한다)인 경우에는 다음 각 목의 금액

가. 법 제16조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 주식등의 경우: 액면가액 또는 출자금액. 다만, 법 제51조의2 제1항 제2호의 법인(이하 이 조, 제70조, 제75조 및 제86조의2에서 “투자회사등”이라 한다)이 취득하는 주식등의 경우에는 영으로 한다.

나. 법 제16조 제1항 제5호 및 제6호에 따른 주식등의 경우: 법 제44조 제2항 제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다) 또는 법 제46조 제2항 제1호 및 제2호(주식등의 보유와 관련된 부분은 제외한다)의 요건을 모두 갖추거나 법 제44조 제3항에 해당하는 경우에는 종전의 장부가액(법 제16조 제1항 제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 일부를 금전이나 그 밖의 재산으로 받은 경우로서 합병 또는 분할로 취득한 주식등을 시가로 평가한 가액이 종전의 장부가액보다 작은 경우에는 시가를 말한다). 다만, 투자회사등이 취득하는 주식등의 경우에는 영으로 한다.

다. 「상법」 제462조의2에 따른 주식배당의 경우에는 발행금액(투자회사등이 받는 주식배당의 경우에는 영으로 한다)

라. 기타의 경우에는 취득당시 법 제52조의 규정에 의한 시가(이하 “시가”라 한다). 다만, 제88조 제1항 제8호의 규정에 의하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액으로 한다.

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

제72조(자산의 취득가액 등) ① 법 제41조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 금융자산”이란 기업회계기준에 따라 단기매매항목으로 분류된 금융자산 및 파생상품(이하 이 조에서 “단기금융자산등”이라 한다)을 말한다.

② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 “건물등”이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

3의2. 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식등의 경우 : 물적분할한 순자산의 시가

가. 삭제 ＜2014. 2. 21.＞

나. 삭제 ＜2014. 2. 21.＞

4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 출자법인(법 제47조의2 제1항 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자를 포함하며, 이하 “출자법인등”이라 한다)이 현물출자로 인하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식등만 취득하는 현물출자의 경우 : 현물출자한 순자산의 시가

나. 그 밖의 경우 : 해당 주식등의 시가

4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등 : 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제1항 제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

5의2. 단기금융자산등 : 매입가액

5의3. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조에 따른 공익법인 등이 기부받은 자산 : 제87조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인 외의 자로부터 기부받은 법 제24조 제1항에 따른 지정기부금에 해당하는 자산(제37조 제1항에 따른 금전 외의 자산만 해당한다)은 기부한 자의 기부 당시 장부가액[사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우만 해당한다)의 경우에는 취득 당시의 「소득세법 시행령」 제89조에 따른 취득가액을 말한다]. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 출연재산에 대하여 증여세의 전액이 부과되는 경우에는 기부 당시의 시가로 한다.

6. 「온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률」 제12조에 따라 정부로부터 무상으로 할당받은 배출권 : 영(0)원

7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 법 제28조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액

3. 유형고정자산의 취득과 함께 국ㆍ공채를 매입하는 경우 기업회계기준에 따라 그 국ㆍ공채의 매입가액과 현재가치의 차액을 당해 유형고정자산의 취득가액으로 계상한 금액

④ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 자산을 제68조 제4항에 따른 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당해 현재가치할인차금

2. 기획재정부령이 정하는 연지급수입에 있어서 취득가액과 구분하여 지급이자로 계상한 금액

3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액

4. 삭제 ＜2001. 12. 31.＞

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제9호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액

⑥ 제4항 제1호에 따른 현재가치할인차금의 상각액 및 같은 항 제2호에 따른 지급이자에 대하여는 법 제18조의2 제1항 제3호, 제18조의3 제1항 제3호, 제28조, 제73조, 제98조, 제120조 및 제120조의2를 적용하지 아니한다.

제73조(평가대상 자산 및 부채의 범위) 법 제42조 제1항 제2호에서 “재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채”란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 재고자산

가. 제품 및 상품(부동산매매업자가 매매를 목적으로 소유하는 부동산을 포함하며, 유가증권을 제외한다)

나. 반제품 및 재공품

다. 원재료

라. 저장품

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 유가증권 등

가. 주식등

나. 채권

다. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제20항에 따른 집합투자재산

라.「보험업법」 제108조 제1항 제3호의 특별계정에 속하는 자산

3. 기업회계기준에 따른 화폐성 외화자산과 부채(이하 “화폐성외화자산ㆍ부채”라 한다)

4. 제61조 제2항 제1호부터 제7호까지의 금융회사 등이 보유하는 통화 관련 파생상품 중 기획재정부령으로 정하는 통화선도, 통화스왑 및 환변동보험(이하 이 조 및 제76조에서 “통화선도등”이라 한다)

5. 제61조 제2항 제1호부터 제7호까지의 금융회사 등 외의 법인이 화폐성외화자산ㆍ부채의 환위험을 회피하기 위하여 보유하는 통화선도등

제75조(유가증권 등의 평가) ① 제73조 제2호 가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가는 다음 각 호의 방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.

1. 개별법(채권의 경우에 한한다)

2. 총평균법

3. 이동평균법

4. 삭제 ＜2009. 2. 4.＞

② 제74조 제3항 내지 제6항의 규정은 제73조 제2호 가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 제74조 제4항 중 “선입선출법”은 “총평균법”으로, 동조 제6항 중 “재고자산평가조정명세서”는 “유가증권평가조정명세서”로 본다. ＜개정 2011. 3. 31.＞

③ 투자회사등이 보유한 제73조 제2호 다목의 자산은 시가법에 따라 평가한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제230조에 따른 환매금지형집합투자기구가 보유한 같은 법 시행령 제242조 제2항에 따른 시장성 없는 자산은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법 또는 시가법 중 해당 환매금지형집합투자기구가 법 제60조에 따른 신고와 함께 납세지 관할 세무서장에게 신고한 방법에 따라 평가하되, 그 방법을 이후 사업연도에 계속 적용하여야 한다.

④ 「보험업법」에 따른 보험회사가 보유한 제73조 제2호 라목의 자산은 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법 또는 시가법 중 해당 보험회사가 법 제60조에 따른 신고와 함께 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 따라 평가하되, 그 방법을 이후 사업연도에도 계속 적용하여야 한다.

제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 적격합병의 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

제80조의4(적격합병 과세특례에 대한 사후관리) ① 합병법인은 법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조 제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액이 0보다 큰 경우에는 그 차액을 익금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 손금에 산입하며, 0보다 작은 경우에는 시가와 장부가액의 차액을 손금에 산입하고 이에 상당하는 금액을 자산조정계정으로 익금에 산입한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다.

1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정 : 자산조정계정으로 손금에 산입한 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다)와 상계하고, 자산조정계정으로 익금에 산입한 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정 : 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.

나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채ㆍ신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정ㆍ인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주등의 주식등을 소각하는 경우

8의2. 제8호 외의 경우로서 증자ㆍ감자, 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할, 「상속세 및 증여세법」 제40조 제1항에 따른 전환사채등에 의한 주식의 전환ㆍ인수ㆍ교환 등 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등 중 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 발행하는 경우는 제외한다.

(4) 법인세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 일부개정된 것)

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 “건물등”이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

1의2. 내국법인이 외국자회사를 인수하여 취득한 주식등으로서 그 주식등의 취득에 따라 내국법인이 외국자회사로부터 받은 법 제18조의4 제1항에 따른 수입배당금액(이하 이 조에서 “수입배당금액”이라 한다)이 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 경우에 해당하는 주식등 : 해당 주식등의 매입가액에서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 수입배당금액을 뺀 금액

가. 내국법인이 외국자회사의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10(「조세특례제한법」 제22조에 따른 해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 100분의 5) 이상을 최초로 보유하게 된 날의 직전일 기준 이익잉여금을 재원(財源)으로 한 수입배당금액일 것

나. 법 제18조의4 제1항에 따라 익금에 산입되지 않았을 것

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우: 해당 자산의 시가

3의2. 물적분할에 따라 분할법인이 취득하는 주식등의 경우 : 물적분할한 순자산의 시가

가. 삭제 ＜2014. 2. 21.＞

나. 삭제 ＜2014. 2. 21.＞

4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 출자법인(법 제47조의2 제1항 제3호에 따라 출자법인과 공동으로 출자한 자를 포함하며, 이하 “출자법인등”이라 한다)이 현물출자로 인하여 피출자법인을 새로 설립하면서 그 대가로 주식등만 취득하는 현물출자의 경우 : 현물출자한 순자산의 시가

나. 그 밖의 경우 : 해당 주식등의 시가

4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등 : 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등 : 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제8호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조 제2항 제1호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제2호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

5의2. 단기금융자산등 : 매입가액

5의3. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조에 따른 공익법인 등이 기부받은 자산 : 특수관계인 외의 자로부터 기부받은 법 제24조 제3항 제1호에 따른 기부금에 해당하는 자산(제36조 제1항에 따른 금전 외의 자산만 해당한다)은 기부한 자의 기부 당시 장부가액[사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우만 해당한다)의 경우에는 취득 당시의 「소득세법 시행령」 제89조에 따른 취득가액을 말한다]. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 증여세 과세가액에 산입되지 않은 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 않은 출연재산에 대하여 증여세의 전액이 부과되는 경우에는 기부 당시의 시가로 한다.

6. 「온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법률」 제12조에 따라 정부로부터 무상으로 할당받은 배출권 : 영(0)원

7. 「대기관리권역의 대기환경개선에 관한 특별법」 제17조에 따라 정부로부터 무상으로 할당받은 배출허용총량 : 영(0)원

8. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

⑤ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다.

1. 법 제18조 제8호에 따른 배당을 받은 경우에는 그 금액을 차감(내국법인이 보유한 주식의 장부가액을 한도로 한다)한 금액

1의2. 법 제42조 제1항 각호 및 제3항의 규정에 의한 평가가 있는 경우에는 그 평가액

1의3. 법 제44조 제3항 제2호에 따른 합병으로서 합병법인으로부터 합병대가로 취득하는 주식등이 없는 경우에는 해당 피합병법인 주식등의 취득가액(주식등이 아닌 합병대가가 있는 경우에는 그 합병대가의 금액을 차감한 금액으로 한다)을 가산한 금액

2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액

3. 합병 또는 분할합병(제2항 제5호에 해당하는 경우는 제외한다)으로 받은 제11조 제8호에 따른 이익이 있는 경우에는 그 이익을 가산한 금액