[청구번호]

조심 2023인7102 (2026.03.25)

[세 목]

부가

[결정유형]

경정

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[제 목]

가산세 감면의 정당한 사유 여부

[결정요지]

쟁점식품 중 중국에서 수입하는 6가지 항목은 부가가치세 면제대상으로 혼동할만한 충분한 이유가 있어 보일 뿐 아니라, 정상적으로 신고의무를 이행하는 것이 무리여서 과소신고가산세 감면의 정당한 사유가 있음

[관련법령]

[참조결정]

조심2022중1843

[따른결정]

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[주 문]

서인천세무서장이 2022.12.12. 청구법인에게 한 2017년 제2기～2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원)의 각 부과처분은, 청구법인이 쟁점식품 중 중국에서 수입한 6가지 식품(깻잎무침, 고들빼기 무침, 무말랭이무침, 고춧잎무침, 간장깻잎, 젓갈)과 관련된 과소신고가산세는 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.12.1. 설립되어 젓갈, 무침 등의 반찬류를 제조 및 도매하는 법인사업자로, 2017년 제2기～2021년 제2기 부가가치세 과세기간 중 제조시설을 갖추고, 젓갈, 무말랭이무침, 장아찌 등(이하 “쟁점식품”라 한다)을 판매하면서 이를「부가가치세법」상 미가공식료품으로 보아 부가가치세가 면제되는 매출로 신고․납부하였다.

나. 인천지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.9.20.부터 2022.10.19.까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 위 과세기간 동안 쟁점식품의 매출이 부가가치세가 면제되는 단순가공식료품에 해당하지 아니하는 것으로 보아 그 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2022.12.12. 청구법인에게 2017년 제2기～2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원)을 각 경정․고지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점식품은 2017년 제2기～2021년 제2기 기간 동안 청구법인이 거래한 15가지 품목으로, 쟁점식품은 「식품위생법」 제7조에 근거하여 A(이라 “A”이라 한다)이 고시한 ‘식품공전’ 제5. 14, 14-1에서 규정된 김치류에서 정의된 바와 동일하게 고들빼기 등 채소류를 주원료로 하여 소금으로 절임공정을 거친 후 양념혼합공정을 거쳐 그대로 또는 발효시켜 가공한 식품이며,

쟁점식품은 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인의 사업장 제조 품목인 간장고추 등 9가지(청구법인이 각 식품의 반제품을 혼합하여 만들어 주로 4kg단위로 포장하여 대리점에 공급하고, 대리점이 여기에 추가양념을 거쳐 소분 등을 하여 소비자에게 공급)와 중국에서 제조된 후 수입하는 깻잎무침 등 6가지(세관 통관 후 바로 대리점으로 공급 후 대리점이 소분 등을 하여 소비자에게 공급) 및 국내 다른업체에 OEM방식으로 주문제조하여 매입하는 무먹지(일명 석박지) 1가지(주로 4kg 단위로 납품받아 대리점에 공급, 대리점이 소분 등을 하여 소비자에게 공급)로 구성되어 있다.

「식품위생법」상 가공식품을 제조, 유통하려면 같은 법 제14조에 따라 식품의 제조・가공・조리・보존방법에 관한 기준과 성분에 관한 규격을 정하여 고시한 사항과 유통과정에서의 기구 및 용기・포장에 관하여도 규격을 정하여 고시한 사항을 엄격하게 준수하도록 의무화하고 있어, 이를 위해 청구법인은 쟁점식품 유통 시 식품의 특성상 국물의 누수방지 및 단순한 운반편의를 위해 일정단위로 구분하여 폴리에틸렌비닐봉투에 진공포장한 후 대형종이박스에 2개～20개를 넣어 포장된 상태로 대리점에 유통하였고, 이를 납품받은 거래처(대리점)는 소매점 및 실수요자의 수요에 맞게 소분하여 판매하는 과정을 거쳤으며,

청구법인은 쟁점식품을 거래처인 대리점 등에 판매하기 전에 일반적 질의회신문(2009.9.18.자 부가가치세과-1332 예규)에 이어 청구법인이 직접 질의하여 받은 예규(2017.1.9.자 국세청 회신) 및 수입물품 관련 관세청의 통관자료(부가가치세를 면제하는 것으로 통관)를 신뢰하여 쟁점식품을 면세로 유통한 후, 2015년 제2기분～2021년 제2기 과세기간 동안 부가가치세를 면제대상으로 신고하였고, 청구법인 뿐만 아니라 동종업체도 미가공식료품으로 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 부가가치세를 신고하였는바, 국세청은 아무런 특이사항 없이 이를 모두 면세로 판단하여 신고시인하고, 세원관리를 하여 오다가 2022.10.19.에 이르러서야 특별한 사유도 없이 과세물품으로 종전의 입장을 번복하여 2022.12.12. 과거 5년 경과분(2017년 제2기～2021년 제2기 부가가치세)에 대하여 이 건 부과처분을 하였다.

＜표1＞ 이 건 부과처분 대상 쟁점식품 명세

○○○

처분청은 청구법인이 과세품목으로 신고해야 할 쟁점식품을 면세로 신고하였다고 보아 부가가치세를 부과처분하였고, 그 과세 사유는 다음과 같다.

＜표2＞ 유형별 과세 사유

○○○

(2) 쟁점식품은 주재료는 각각 다르나 채소를 주재료로 하여 각 품목별 김치속의 레시피를 그대로 준용하여 가공한 것이므로 본질적으로 ‘식품공전’상 김치류, 장아찌, 젓갈류에 해당하는 식품으로 부가가치세 면제대상으로 보아야 한다.

「부가가치세법」제26조 제1항 각 호 외의 부분 및 같은 항 제1호에서는 가공되지 아니한 식료품(식용 포함) 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 같은 법 시행령 제34조 제1항에서는 가공되지 아니하거나 탈곡‧정미‧정맥‧제분‧정육‧건조‧냉동‧염장‧포장이나 그 밖에 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것을 미가공식료품으로 규정(후단)하고 있으며, 제2항 제1호에서는 김치, 두부 등을 미가공식료품에 포함하도록 하면서 그 범위에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령에 위임하고 있다.

이에 따른 「부가가치세법 시행규칙」 제24조 제1항 및 제2항에 의하면 미가공식료품의 범위는 [별표1]의 미가공식료품 분류표에 따르고, 미가공식료품 분류표는「관세법」별표의 관세율표를 기준으로 하도록 규정하였는바, [별표1]의 ‘면세하는 미가공식료품의 범위’ 중 12호인 그 밖에 식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물과 단순가공 식료품의 품명(① ～ ④ 생략)은 ⑤ 데친 채소류ㆍ김치ㆍ단무지ㆍ장아찌ㆍ젓갈류ㆍ게장ㆍ두부ㆍ메주ㆍ간장ㆍ된장ㆍ고추장(제조시설을 갖추고 판매목적으로 독립된 거래단위로 관입ㆍ병입 또는 이와 유사한 형태로 포장하여 공급하는 것은 제외하되, 단순하게 운반 편의를 위하여 일시적으로 관입ㆍ병입 등의 포장을 하는 경우를 포함한다)이라고 규정하고 있다.

유통과정에서의 포장의 경우 저장, 보관, 상품가치 증진을 위한 것이 아니고 상품의 특수성으로 인하여 필요불가결하여 단순한 운반목적으로 포장된 것에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것으로(부가가치세과-915, 2013.10.8.), 쟁점식품의 포장도 동 식품의 특성상 국물의 누수방지 및 단순한 운반편의를 위해 일정단위(1kg, 2kg, 3kg, 4kg, 10kg, 젓갈은 20kg 단위 캔에 담겨 수입)로 구분하여 폴리에틸렌비닐봉투에 진공포장한 후 20kg들이 대용량포장박스에 넣어 대리점에 유통한 것이고 또한 실제적으로도 공급받은 포장상태 그대로 사용할 수 있는 항아리 또는 도자기형태가 아닌 반드시 다른 주요용기에 쏟아 식음하여야 하는 형태의 폴리에틸렌비닐봉투라는 점에서 단순한 운반편의 및 유통을 위한 것으로 진공 포장한 것도 변질방지목적일 뿐 포장을 통한 제품의 가치가 증가되었다고 볼 만한 수입구조변화 등 증빙이 없으며, 청구법인이 대리점에 공급하면 대리점에서 소비자의 소비성향에 맞게 소분하는 형태의 공급이라는 점에서 볼 때,

이는 ‘부가가치세법 기본통칙’ 26-34…5, ‘부가가치세 집행기준’ 26-0…3에서 과세로 규정하고 있는 “최종소비자에게 그 포장상태로 직접 공급하기 위해 소분한 것”이 아님이 명백하므로 쟁점식품은 「식품위생법」 및 ‘식품공전 14-1’에서 규정한 김치류 제조방식을 준수하여 주재료인 채소류를 소금에 절인 후 양념을 혼합하여 만든 아래 「부가가치세법」제12조 제1항 및 같은 법 시행규칙 [별표1] 미가공식료품으로 부가가치세 면제대상에 해당하는 김치류에 해당한다.

＜표3＞ 「부가가치세법 시행규칙」 [별표1] 면세하는 미가공식료품 분류표

○○○

＜표4＞ ‘식품공전 14-1’상 “김치류” 정의 및 전통식품 표준규격 고시

○○○

설령, 처분청의 의견에 따라 전체를 김치류로 볼 수 없다 하더라도 최근에 청구법인이 식품의약품안전처에 직접 질의한 사안에 대하여 2023.7.18.자 A의 회신(식품기준과-6408) 결과를 보면 쟁점식품 중 깻잎무침, 고들빼기무침, 오복지(무짠지), 더덕무침, 오이채, 무먹지(석박지)는 김치류로 분류함이 타당하다고 회신한 점에서 최소한 6개 식품에 대해서만이라도 김치류로 부가가치세 면제대상으로 보아 이 건 부과처분을 감액경정하는 것이 타당하다.

＜표5＞ A 회신(2023.5.15.자, 2023.7.13.자)

○○○

＜표6＞ 무말랭이장아찌가 김치류에 해당하는지에 대한 기획재정부 입장

○○○

(3) 설령, 쟁점식품이 ‘식품공전’상 부가가치세 면제대상인 김치류 등에 해당되지 않아 부가가치세 과세대상이라 하더라도, 아래 ①～ ③에서 기술한 질의회신문과 같이 2009.9.8.자 국세청 예규(면세), 2017.1.9.자 국세청 예규(면세) 및 2010.7.29.자 관세청의 쟁점식품 중 일부의 수입통관물품에 대해 부가가치세 면제대상이라는 이의신청결정서 및 2017년 제1기부터 2021년 제2기까지 쟁점식품이 부가가치세 면제품목으로 분류되어 통관되는 등 국세청장 등이 공적인 견해표명을 함에 따라 청구법인은 이를 신뢰하여 동 기간 부가가치세 신고 시 면제로 신고하였다.

이에 대해 처분청도 2015년 이전부터 쟁점식품을 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치세를 추징함이 없이 면세로의 신고내용을 시인하여 장기간 면제대상이라는 입장을 유지하여 세원관리를 하다가 2022.9.20.에 이르러서야 청구법인에 대한 세무조사과정에서 특별한 사유도 없이 위 해석 및 그동안의 과세관행(다른 동종업종에 대해서도 면세로 인정)을 번복하여 부가가치세 과세대상으로 해석하고 이 건 소급하여 과세한 처분은 신의성실원칙에 위배되므로 이 건 부과처분은 위법․부당하다.

＜표7＞ 국세청 유권해석 및 A 질의 회신 내역

○○○

(4) 쟁점식품이 부가가치세 과세대상이라 하더라도, 청구법인은 세관장의 통관 심사를 신뢰할 수밖에 없고, 동종업계 대부분의 기업들도 쟁점식품을 부가가치세가 면제되는 미가공식료품으로 수입하고 면세로 판매하고 있으므로 청구법인이 쟁점식품을 부가가치세 면제대상으로 볼만한 충분한 이유가 있으며, 그에 대한 귀책사유가 있다고 보기 어려워 당초 부가가치세 신고의무를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이다.

(가) 가산세는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다 할 것이고,

(나) 「부가가치세법」 제57조 제1항에 의하면, 세무서장 등은 신고에 의한 과세표준과 세액의 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우에는 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하여야 한다고 확인조사의무가 있음을 규정하고 있는 바,

이미 관세청의 쟁점식품 중 수입하는 식품에 대하여 통관업무 수행 시 이 건 부과처분 전부터 중국으로부터 수입한 쟁점식품과 같은 유형의 식품에 대해 세관장이 현품확인 및 통관 심사 후 면세 수입신고 수리하면서 면세품목으로 보고 계산서를 교부한 사실이 있고,

처분청은 동일하게 선행적으로 유통한 식품인 2015년 제2기부터 2016년 제2기까지 면세신고분에 대하여 신고내용을 확인조사 후 연속적으로 특별한 이의없이 부가가치세 면제대상으로 보아 신고시인한 사실이 있는 점,

또한 청구법인의 질의에 대한 2017.1.9.자 국세청장으로부터 미가공식료품에 해당한다는 회신문(부가가치세과-84)을 받고 청구법인은 이를 신뢰하여 관행적으로 그 이후 이 사건 거래분인 2017년 제1기부터 2021년 제2기까지 면세로 신고한 것이고, 더욱이 이 건 부과처분 후 최근시점인 2023.7.18.자 청구법인의 쟁점식품에 대한 김치류 해당여부 질의에 대한 회신에서도 A은 쟁점식품 중 식품유형 분류원칙상 일부품목[6가지 : 깻잎김치, 고들빼기김치, 오이김치(오이소박이), 더덕김치, 오복지김치, 석박지(먹지)]이 김치류에 해당한다고 회신한 사실이 있다.

(다) 따라서 2017년 제1기 신고분 뿐만 아니라 그 이후 약 5년의 장기간에 걸쳐 처분청이 쟁점식품을 모두 부가가치세 면제대상으로 인정하여 온 점을 신뢰하여 청구법인이 쟁점식품을 면제대상으로 보아 부가가치세를 면세로 신고한 것은 각 과세기간분 신고당시로서는 정당한 신고라고 할 수 있고,

또한, 처분청이 선행신고분(2015년 제2기부터 2016년 제2까지 신고분)에 대해 연속적으로 이의없이 면세적용대상으로 보아 신고시인한 것을 청구법인 스스로 처분청의 기존 해석 및 면세적용 관행을 깨면서 쟁점식품을 과세대상으로 신고・납부의무를 이행할 것으로 기대하는 것은 무리라고 하는 사정이 있는 점에서 청구법인에게 그 과세신고의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 이 건 부과처분 중 과소신고, 납부불성실가산세는 감액경정함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 과세사유 중 ㉮ 소포장 과․면세 분류

㉮ 과세매출에 해당하는 품목 중 ㉮-1의 젓갈류는 20kg 단위의 대용량으로 부가가치세 면제품목으로 수입하여 청구법인의 제조장에서 1kg, 2kg, 3kg, 4kg 단위로 재포장하여 판매함에도 부가가치세 면세로 신고하였고,

㉮ 과세매출 중 ㉮-2의 간장깻잎, 간장고추, 간장마늘쫑, 오이채는 판매목적으로 독립된 거래단위로 포장하여 최종소비자에게 판매할 수 있는 경우에 해당되므로 당초 과세처분은 정당하다.

＜그림1＞ 간장깻잎 판매사진(예시)

○○○

(2) 과세사유 중 ㉯ 쟁점식품의 미가공식료품 해당 여부

(가) ㉯ 쟁점식품은 식품의약품안전처에서 절임류로 구분하고 있고, 아래의 식품의약품안전처 회신공문(＜그림2＞ 참조)에서 제품에 대한 원재료배합비(100%기준), 제조공정 등의 자료가 제시되지 않아 정확한 답변이 어렵다고 기재되어 있는 반면, 깻잎김치와 깻잎무침, 고들빼기김치와 고들빼기무침, 더덕김치와 더덕무침을 김치류와 절임류로 명확하게 구분하여 회신하였는데, 청구법인은 쟁점식품 등의 식품‧식품첨가물 제조보고서 등(＜그림3＞～＜그림6＞ 참조)에서 원재료, 배합비 및 제조공정 상 김치에 해당하면 ‘김치’로, 무침에 해당하면 ‘절임식품’으로 식품의 유형을 구분하였는바, ㉯ 쟁점식품은 모두 절임류로 표기하여 보고하였다.

＜그림2＞ 식품의약품안전처의 민원 회신 공문 내용(2023.7.8.자)

○○○

＜그림3＞ 쟁점식품 중 깻잎무침의 식품·식품첨가물 품목제조보고서

○○○

＜그림4＞ 쟁점식품 중 깻잎무침의 원재료명·성분명·배합비율

○○○

＜그림5＞ 쟁점식품 중 양념깻잎의 제조 방법

○○○

＜그림6＞ 양념깻잎 유통기한 설정 사유서

○○○

(나) ㉯ 쟁점식품은 절임류로 국내 수입시 관세청에서 부가가치세를 과세하는 수입품목이다.

인천세관은 매년 부가가치세 면세적용 오류신고 대상사업자에게 수정신고를 안내하고 있으며, 인천세관의 공문 ＜그림7＞에 표기된 부가가치세 과세대상에 청구법인의 ㉯ 쟁점식품이 모두 포함되어 있는데, 청구법인처럼 ‘수입식품등의 수입신고서’ 상 과세품목을 면세로 오류 신고한 업체 등은 세관의 사후검증에서 사실이 확인되면 ＜그림9＞의 수정신고 안내를 받게 되고, 미이행시 부가가치세가 부과되는바, 청구법인의 ㉯ 쟁점식품이 과세품목으로 같은 공문에 명확하게 기재되어 있다.

＜그림7＞ 인천세관 부가가치세 수정신고 안내 (2023년 시행공문)

○○○

(다) ㉯ 쟁점식품은 ‘식품공전’상 ‘김치류’로 구분될 수 없고, 절임류에 해당하며, 청구법인도 관계기관에 절임류로 보고하였으며, 절임류인 ㉯ 쟁점식품에 별도의 양념을 가미하였으므로 부가가치세 과세대상이다.

청구법인이 김치류라고 주장하는 깻잎무침, 고들빼기무침, 오복지, 더덕무침, 오이채는 아래 ＜표7＞과 같이 염장깻잎 등 염장식품을 주원료로 양념을 혼합하여 제품을 제조하고 있고, ＜그림8＞과 같이 포장단위를 1kg, 2kg, 4kg으로 규격화해서 밀봉포장하여 외부 공기 습기를 차단하고 있으며, ＜표8＞ 및 ＜그림9＞와 같이 대부분의 유통기한을 1년 이내로 설정(김치류는 60∼90일내)하여,「식품위생법」에 의해 식품유형을 “절임식품”으로 보고하고 판매하였으므로 처분청이 당초 ㉯ 쟁점식품 매출을 과세 매출로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

＜표7＞ 아래① 쟁점식품 품목제조 보고서 내용 예시

○○○

＜그림8＞ 쟁점식품 중 개별 포장 및 제품설명(밀봉포장)

○○○

＜표8＞ ③ 타법인 김치(식품유형) 품목제조 보고서 내용 비교 : 유통기한 최대 3개월

○○○

＜그림9＞ 쟁점식품 중 고들빼기무침(절임식품)의 유통기한(「식품위생법」상 1년)

○○○

(3) ㉯ 쟁점식품은 식품의약품안전처에서 김치류가 아닌 절임류로 구분하고 있고, 국세청과 관세청 모두 일관되게 과세대상으로 판단하고 있어 청구법인이 쟁점식품을 면세대상으로 오인할 정당한 사유가 없다.

청구법인은 관세사사무소를 통해 쟁점식품을 수입하고 수입신고필증을 교부받은 것이고, 교부받은 수입신고필증은 세관에서 형식적 요건만을 심사한 것으로 신고내용이 사실과 다를 경우 신고인 또는 수입화주가 책임을 지도록 기재되어 있으며, 신고내역이 상이한 경우 관세청에서 추후 경정되어야 할 사항이다.

쟁점식품이「부가가치세법」제12조 제1항의 규정에 의한 미가공식료품의 범위에 해당하지 아니하여 부가가치세 과세대상이 되는 점은 국세청 예규 및 판례 등에 규정하고 있는바, 해당 부과처분이「국세기본법」제15조에 따른 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없고, 청구법인이 부가가치세 신고․납세의무를 이행하지 아니한 데에「국세기본법」제48조에 따른 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점식품이 부가가치세 면제 대상인 미가공식료품에 해당하는지 여부

② 이 건 부과처분이「국세기본법」제15조의 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

③ 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1.재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2.재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3.재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4.재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

5.재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6.재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

(2)부가가치세법 시행령

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 절임·젓갈류 등을 판매하고 부가가치세를 신고한 내역은 다음과 같고, 2017년 제1기 부가가치세는 OOO원의 환급 신고를 하였고, 처분청은 이를 2017.8.18. 전액 환급한 사실이 나타난다.

＜표9＞ 조사법인의 과․면세 신고내역

○○○

(2) 조사청이 2022.9.20.부터 2022.10.19.까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과에 따라 처분청은, 청구법인이 ① 제조시설을 갖추고 판매목적으로 독립된 거래 단위로 관입·병입·기타 이와 유사한 형태로 포장하여 공급한 젓갈류·장아찌와, ②「식품위생법」제14조 규정에 의한 ‘식품공전’상 김치류 또는 젓갈류에 해당되지 않아 포장단위와 관계없이「부가가치세법」제12조 제1항 규정에 의한 미가공식료품 범위에 해당하지 않은 쟁점식품의 매출을 과세매출로 각 과세하였는바, 그 세부내역은 위 ＜표1＞과 같다.

“기간별 판매명세서 상세”내역에 따르면, 청구법인은 포장 규격이 1㎏인 경우 과세로, 4kg 경우는 면세로 대부분 신고하였으며, 과세 및 면세 매출로 신고한 제품 상세 내역은 다음 ＜표10＞ 및 ＜표11＞과 같다.

＜표10＞ 조사법인의 과세 판매내역(합계 OOO원 이상)

○○○

＜표11＞ 조사법인의 면세 판매내역(합계 OOO원 이상)

○○○

조사청은 2017년 제2기～ 2021년 제2기 기간 동안 쟁점식품의 매출이 부가가치세가 면제되는 단순가공식료품에 해당하지 아니하는 것으로 판단하여 그 조사결과를 처분청에 통보하였다.

(3) 처분청은 위 조사결과에 따라 2022.12.6. 청구법인에게 2017년 제2기～2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

＜표12＞ 조사법인의 과세물품 면세 판매분 고지내역

○○○

(4) 청구법인은 거래처인 대리점 대표들로부터 ‘청구법인과 2017년 7월부터 2023년 9월까지 청구법인이 취급하는 쟁점김치류(반찬류)를 매입하여 직판 또는 소분하여 소비자 등에게 판매하였음을 확인합니다’라는 내용의 사실확인서 6매를 징취하여 처분청에 제출하였다.

(5) 청구법인은 무말랭이, 고들빼기 김치, 고추잎 무침, 깻잎김치, 삭힌고추무침, 오이고추무침, 오복지 무침, 오이소박이, 석박지 및 더덕김치 등의 래시피, 쟁점식품의 구성요소와 완제품 사진 등을 제출하였다.

(6) 청구법인의 대표 B은 국세청으로부터 다음과 같은 질의회신문을 받았다.

＜그림10＞ 국세청 질의회신 내역

○○○

(7) 청구법인은 2016년 제1기～2017년 제1기 부가가치세를 환급신고하였고, 처분청은 아래 ＜표13＞과 같이 환급한 사실이 나타나고, 청구법인에 대한 조사이력은 조사청이 이 건 부과처분과 관련하여 2022.9.20.부터 2022.10.19.까지 실시한 부가가치세 조사가 전부인 것으로 확인된다.

＜표13＞ 부가가치세 환급이력

○○○

(8) 처분청의 조사담당자와 청구법인의 대표이사는 2024.10.8., 2024.11.5. 심판관회의에 참석하여 다음과 같이 진술하였다.

(가) 2024.10.8., 처분청 조사담당자는 청구법인의 쟁점식품이 C 등 온라인판매처에서 불특정 다수의 최종소비자에게 판매되고 있고, 청구법인은 쟁점식품을 대리점에 100% 납품하고 있으며, 청구법인의 매출과 무관하나, 일부 대리점에서 판매하고 있는 것으로 보인다고 진술하였다.

＜그림11＞ 쟁점식품의 온라인 판매

○○○

(나) 처분청 조사담당자는 2024.11.5. 심판관회의에 참석하여 이 건 부과처분 이후 부가가치세가 과세된 쟁점식품의 매입세액 공제 여부에 대한 조세심판관의 질문에 대하여 ‘수정세금계산서가 발행되지 않아 매입세액 공제가 이루어지지 않았다’고 답변하였고, 청구법인의 대표이사 역시 이 건 부과처분과 관련된 과세기간에 있어 매입세액 공제를 받지 못하였다고 진술하였다.

(9) 기획재정부는 2022.7.1.부터 시행되는 「부가가치세법 시행규칙」(기획재정부령 제918호, 2022.6.28. 일부개정) [별표1]이 개정됨에 따라 공고(제2022-9호)를 통해 ‘단순가공식료품 주요 쟁점품목 부가가치세 대상 분류’를 안내하였다.

＜표14＞ 기획재정부 공고(발췌)

○○○

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대,

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점식품은 본질적으로 ‘식품공전’상 김치류, 장아찌, 젓갈류에 해당하는 식품으로 부가가치세 면제대상으로 보아야 한다고 주장하나,「부가가치세법 시행규칙」에서 젓갈류 및 절임류 중 제조시설을 갖추고 판매목적으로 독립된 거래단위로 관입·병입 기타 이와 유사한 형태로 포장하여 공급하는 것은 미가공식료품에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 판매목적으로 독립된 거래단위로 관입․병입 등의 포장을 하는 경우에는 과세되는 것으로 명시하고 있는 점, 부가가치세가 면제되는 미가공식품의 경우 김치류, 젓갈류만 양념이 가능하고 다른 식품은 양념을 하였을 경우 과세된다고 해석(국세청 부가 46015-3585, 2000.10.23.)하고 있는 점, 청구법인은 쟁점식품의 포장이 판매목적이 아닌 위생 또는 운반․보관 등을 위한 포장이라고 주장하나, 대리점 등에 의해 쟁점식품이 C 등에서 독립된 거래 단위로 포장하여 최종소비자에게 판매되는 것으로 보이는 점, 쟁점식품이 김치류에 해당한다고 보기 어렵고, 이 중 일부는 양념을 혼합하여 경제적 가치를 증식시킨 것으로 보여 위 유권해석을 그대로 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점식품을 부가가치세 면제 대상인 미가공식료품에 해당하지 않는다고 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부과처분이「국세기본법」제15조의 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 「국세기본법」제15조에 규정하는 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로 과세관청의 공적인 견해표명이 있어야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하며, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인바(대법원 1987.5.26. 선고 86누92 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 주장하는 국세청의 유권해석은 쟁점식품에 대한 부가가치세 과·면세 여부에 대한 처분청의 공적인 견해로 볼 수 없는 점, 이로 인해 쟁점식품에 대하여 부가가치세가 면제된다는 해석 또는 관행이 존재했다고 보기 어렵고, 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 청구법인이 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하여 한 행위로도 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청의 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위반한 것으로 볼 수 없다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점②와 같이 신의성실의 원칙을 주장하면서 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권 행사 및 조세채권 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하고, 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니어서 정당시할 수 있는 사정이 있거나 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는바(대법원 2015.3.12. 선고 2014두44205 판결, 같은 뜻임), 전술한 바와 같이 신의성실의 원칙에 위배되었다고 보기 힘들고, 단순한 세법해석에 대한 부지나 오해는 가산세 감면의 사유로 보기 어려운 점, 이 건 부과처분에 처분청의 과실이나 위법사항이 존재하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

다만, 쟁점법인은 2015.12.1. 설립되어 미가공식료품의 제조업을 영위하는 법인으로, 중국으로부터 수입하는 쟁점식품의 포장에 대하여 국세청에 부가가치세 면제대상 여부를 질의하였고, 국세청은 2017.1.9. ‘중국에서 20kg 단위의 벌크형태와 4kg 단위의 소포장한 제품 4개를 16kg 단위로 포장하여 수입한 깻잎장아찌를 국내의 식료품 유통업자에 판매하는 경우, 해당 사업자가 수입하는 깻잎장아찌는「부가가치세법」제12조 제2항 제1호에 따른 면세되는 미가공식료품에 해당한다’는 유권해석을 함에 따라 쟁점식품을 부가가치세 면제대상으로 신고한 것으로 보이는 점, 청구법인은 위 유권해석 이후 부가가치세 면제대상으로 계속해서 신고․납부하면서 이러한 신고 과정에서 쟁점법인이 2017년 제1기 부가가치세의 환급신고를 하였음에도 처분청이 이를 신고시인하여 동 부가가치세를 환급해 준 점, 중국에서 쟁점식품을 수입할 때 부가가치세가 면제되는 것으로 수입신고 후 관세청의 쟁점식품 중 수입하는 식품에 대하여 신고 수리가 이루어져 장기간 동일하게 통관이 이루어지다가 관세청도 쟁점식품을 부가가치세 면제품목으로 보고 계산서를 교부한 사실이 있고, 조사청이 2022.9.20.부터 2022.10.19.까지 청구법인의 부가가치세에 대한 조사를 실시한 결과, 그 간 미가공식료품에 대하여 부가가치세 면세를 적용하다가 2022.12.12. 쟁점식품에 대하여 부가가치세를 부과하였으며, 관세청이 조사청의 조사 후 2023.3.9. 뒤늦게 쟁점식품에 대한 부가가치세 면제적용을 오류로 인지하여 청구법인에게 이를 수정신고 안내한 점, 이러한 국세청의 유권해석, 관세청의 통관 수리 및 처분청의 부가가치세 환급에도 불구하고, 처분청이 상당한 기간 내에 부가가치세의 납세에 대한 안내, 지도, 독촉이나 부과처분을 하지 아니하였다면 청구법인으로서는 쟁점식품이 부가가치세 면제대상에 해당한다고 믿을 여지가 있는 점(조심 2022중1843, 2022.6.27., 같은 뜻임), 이러한 상황에서 처분청이 이 건 부과처분을 부과제척기간 내의 과세기간까지 소급하여 과세한 것으로, 이를 미리 예상하여 청구법인에게 수정신고 안내 등을 하기 어려운 것으로 보이는 점, 중국으로부터 수입하여 대리점에 매출한 쟁점식품 중 6가지[㉠ 깻잎김치(무침), ㉡ 고들빼기 김치(무침), ㉢ 무말랭이무침, ㉣ 고춧잎무침, ㉤ 간장깻잎(절임류), ㉥ 젓갈]의 경우 기존에 면세로 수입함에 따라 세금계산서를 받지 못하였고, 앞선 청구법인과 처분청의 심판관회의상 진술에 따르면 이 건 부과처분 이후에도 수입분에 대한 세금계산서를 수정하여 발행받지 못하여 이와 관련된 매입세액 공제도 받지 못한 점 등에 비추어, 청구법인이 중국에서 수입하는 쟁점식품(6가지)을 부가가치세 면제대상으로 혼동할만한 충분한 이유가 있어 보일 뿐만 아니라, 청구법인이 정상적으로 부가가치세의 신고의무를 이행하는 것이 무리여서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보이므로 이 건 부가가치세에 더하여 과소신고가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.