[청구번호]

조심 2024지1890 (2026.01.16)

[세 목]

취득

[결정유형]

경정

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[제 목]

쟁점학교용지의 감정평가액이 아닌 실제 취득가액을 쟁점공동주택의 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

[결정요지]

처분청이 쟁점비용을 쟁점공동주택 취득세 과세표준에서 누락하여 과소신고한 것으로 보아, 쟁점감평액을 그 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

[관련법령]

지방세법 제10조

[참조결정]

조심2017지0349

[따른결정]

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[주 문]

경기도 광주시장이 2024.5.13. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 청구법인이 쟁점학교용지 비용으로 지급한 OOO원을 실제 취득가액으로 쟁점공동주택 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등의 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.7.23. 경기도 광주시 OOO 일원에 공동주택(OOO 건축물 246,298.04㎡, 이하 “쟁점공동주택”이라 한다)을 취득(신축)한 후, 2022.9.14. 처분청에 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2024.3.13.부터 2024.4.1.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과 청구법인이 쟁점공동주택의 신축에 따른 취득세 등을 신고·납부하면서 학교용지 기부채납 비용(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 과세표준에서 누락하여 과소신고한 것으로 보아, 2024.5.13. 청구법인에게 쟁점공동주택에 대한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 경기도 광주시 OOO(OOO) 일대에서 추진된 OOO 공동주택건설사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 시공사로 참여하게 되었고, 이 건 사업의 시행사인 ㈜AAA이 부도에 이르게 되면서 본건 사업 추진이 어려워지게 됨에 따라, 청구법인은 ㈜AAA이 차입한 PF 대출금 약 OOO원을 대위변제하고 이 건 사업 시행권 인수를 하였으며, 이에 따라 청구법인은 2011.12. 이 건 사업의 부지(면적 246,298㎡)를 취득하게 되었다.

이후 쟁점공동주택의 주택건설사업계획이 승인된 무렵 청구법인은 주택건설사업계획승인 조건으로 학교용지부담금 납부의무를 부여받게 되어 경기도 광주하남교육지원청과 협의하여 “OOO 내 학교부지를 무상공급(기부채납)하는 협약”을 체결하였고, 경기도 광주시 OOO지 학교용지 토지(12,499.4㎡, 이하 “쟁점학교용지”라 한다)를 경기도 교육감에게 기부채납하였으며, 2021.12.10. 처분청에 “기부채납 이행 확약서”를 제출하였다.

(2) 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」(이하 “학교용지법”이라 한다)은 학교용지의 조성·개발·공급과 관련 경비의 부담 등에 관한 특례를 규정함으로써 학교용지의 확보를 쉽게 하고, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 기존 학교의 증축을 쉽게 하기 위한 데 그 목적이 있으며, 「주택법」에 따라 공동주택을 건설하는 사업시행자로 하여금 사업계획을 수립할 때 학교용지의 조성·개발에 관한 사항을 포함하도록 하고 있다.

또한 같은 법 제4조에서 개발사업시행자가 학교용지를 관할 시·도에 공급할 의무를 부과하고, 개발사업시행자가 국가나 지방자치단체 등 공영개발사업시행자인 경우 학교용지를 ‘무상’으로 공급할 의무를 규정하는 한편, 그 외의 개발사업시행자(민영개발사업시행자)의 경우 ‘유상(감정평가액)’으로 공급한다고 규정하고 있으며, 민영개발사업시행자가 학교용지를 유상이 아닌 무상으로 공급하는 경우 시·도지사는 사업시행자에게 부과·징수하는 학교용지부담금을 면제하여야 한다고 규정하고 있다.

＜학교용지법상 개발사업시행자의 학교용지공급 및 부담금 여부＞

처분청은 청구법인에 대한 세무조사시 쟁점학교용지의 감정평가액을 쟁점공동주택 및 청구외 공동주택(OOO)의 총 분양가액으로 안분한 금액을 쟁점공동주택 취득세 과세표준에 산입하여 추징세액을 산출하였으나, 학교용지법에 의하면 학교용지를 기부채납하는 경우 이를 감정평가액으로 유상 공급하였다고 볼 수 없고, 「지방세법 시행령」제18조 제1항에서도 학교용지의 감정평가액을 공동주택 취득세 과세표준에 산입할 근거도 없다.

따라서, 기부채납된 쟁점학교용지의 감정평가액이 아닌 실제 취득가격으로 취득세 과세표준액을 산정하는 것이 타당하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 처분청이 쟁점학교용지의 감정평가액을 산입하여 추징세액을 산출하는 것은 부당한 처분이고, 학교용지법에 따라 학교용지를 기부채납하는 경우 이를 감정평가액으로 유상 공급하였다고 볼 수 없으며, 기부채납 토지의 감정평가액이 아닌 실제 취득가액을 기준으로 쟁점공동주택 취득세 과세표준액에 산입하여야 한다고 주장한다.

대법원 판례에 의하면 ‘취득가격’에는 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 외에 실제로 당해 물건의 취득대가로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함되고(대법원 2009.9.10. 선고 2009두5343 판결, 같은 뜻임), 개발사업시행자가 공동주택을 신축하면서 학교용지법에 따라 학교시설을 무상공급하지 않는 대신 납부하는 학교용지부담금은 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용으로 보아 취득세 과세표준에 포함하는 것(조심 2017지349, 2017.6.5. 외 다수, 같은 뜻임)인바, 쟁점학교용지를 무상공급하기 위하여 지출한 비용도 쟁점공동주택의 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다.

그러나, 처분청의 세무조사 당시 청구법인의 쟁점학교용지 취득 비용을 청구법인 장부에서 특정하는 것이 불가능하였고, 이에 쟁점학교용지 기부채납과 관련된 실제 취득비용을 처분청과 청구법인이 모두 확인할 수 없었으므로, 경기도 광주하남교육지원청의 쟁점학교용지 감정평가액을 쟁점학교용지에 대한 기부채납 비용으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다.

(2) 학교용지법 제3항 제2호에서 국가등 외의 개발사업시행자가 공급하는 학교용지의 공급가액은 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제2조 제2호에 따른 감정평가에 의한 가액으로 한다고 규정하고 있고, 청구법인은 감정평가법인에 쟁점학교용지에 대한 감정평가를 의뢰하여 그 쟁점학교용지에 대한 감정평가를 받았으며, 경기도 교육청은 그 감정평가액을 쟁점학교용지 공급가액으로 보아 공유재산관리대장에 계상하였으므로, 쟁점학교용지의 감정평가액을 기부채납 비용인 쟁점비용으로 보아 쟁점공동주택 취득세 과세표준에 포함한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점학교용지의 감정평가액이 아닌 실제 취득가액을 쟁점공동주택의 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1982.2.2. 경상북도 포항시 OOO을 본점으로 하고, 인프라 및 건축사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로 확인된다.

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(나) 청구법인이 시공사로 참여한 이 건 사업 진행경과는 아래와 같다.

(다) 처분청(교육청소년과)이 2020.2.6. 청구법인에게 통보한 학교용지부담금 부과‧징수 유예 공문(OOO)에 따르면, 청구법인이 경기도 광주하남교육지원청과 “OOO개발사업 학생배치에 관한 협약서(안)”을 체결하였고, 해당 학교용지부담금 부과‧징수를 유예한다는 내용이 아래와 같이 나타난다.

＜처분청의 학교용지부담금 부과‧징수 유예 공문＞

◯◯◯

(라) 처분청(건축과)이 2010.3.31. 청구법인에게 통지한 주택건설사업계획승인 공문(OOO)에 따르면, 해당 사업계획을 승인하는 이행 조건 등의 내용이 아래와 같이 확인된다.

＜처분청의 주택건설사업계획승인 공문(일부발췌)＞

◯◯◯

(마) 청구법인은 2021.4.13. 경기도 교육청(교육감)과 쟁점학교용지 기부채납 약정서를 아래와 같이 작성하였고, 해당 지번(면적)은 경기도 ‘광주시 OOO(12,499.4㎡)’인 것으로 확인된다.

＜쟁점학교용지 기부채납약정서＞

(바) 처분청이 제출한 공유재산관리대장(토지)에 따르면, 경기도 교육청은 2022.9.1. 쟁점학교용지를 기부채납을 통해 취득하였고, 해당 면적 및 금액은 12,499.4㎡ 및 약 OOO원인 것으로 아래와 같이 확인된다.

＜쟁점학교용지 공유재산관리대장(처분청 제출)＞

◯◯◯

(사) 처분청의 세무조사 결과에 따르면, 쟁점학교용지에 대한 분양금액, 쟁점공동주택 및 청구외 공동주택간 면적 비율, 학교용지부담금 등의 산출내역은 아래과 같이 나타난다.

＜쟁점학교용지 부담금 산출내역(처분청 제출)＞

◯◯◯

(아) 청구법인이 제출한 감정평가서에 따르면, 청구법인은 ㈜BBB감정평가법인에 쟁점학교용지 감정평가를 의뢰하였고, 2021.3.25. 기준 쟁점학교용지에 대한 감정평가액은 OOO원(이하 “쟁점감평액”이라 한다)인 것으로 확인된다.

＜쟁점학교용지 감정평가결과(처분청 제출)＞

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(자) 처분청은 쟁점학교용지의 감정평가액 OOO원 중 48.4%에 해당하는 약 OOO원을 쟁점공동주택 취득세 과세표준에 포함시킨 반면, 청구법인은 쟁점학교용지의 실제 취득가액인 OOO 중 48.4%에 해당하는 약 OOO원을 해당 과세표준에 포함시켜야 한다고 주장하며 증빙자료들을 아래와 같이 제출하였다.

◯◯◯

1) 청구법인은 이 건 사업 부지를 취득하고, 그 취득가액인 OOO원(토지 OOO원, 감정평가액 등 수수료 OOO원)을 과세표준으로 하여 취득세를 신고·납부하였다.

＜취득세 과세표준 세부내역＞

◯◯◯

2) 쟁점학교용지 총면적은 12,499.4㎡(대위변제토지 및 별도 추가 취득한 토지의 합)이고, 쟁점학교용지 취득가액은 약 OOO이다.

＜쟁점학교용지 전체 취득가액＞

(단위 : ㎡, 원)

◯◯◯

3) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 이 건 사업 부지 전체 면적에서 쟁점공동주택 및 쟁점외 공동주택의 각 면적 비율에 따라 취득가액을 안분한 결과, 쟁점비용은 OOO원인 것으로 나타난다.

＜쟁점학교용지 면적 비율 및 취득가액 안분＞

(단위 : 원)

◯◯◯

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제10조 제5항 제3호에서 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하면서, 같은 항 제5호에서 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액을 간접비용으로 규정하고 있으며, 취득가격에는 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 외에 실제로 당해 물건의 취득대가로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다(대법원 2009.9.10. 선고 2009두5343 판결, 같은 뜻임)고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 세무조사시 쟁점비용을 청구법인 장부에서 특정하는 것이 불가능하였으므로, 쟁점학교용지의 감정평가액을 쟁점공동주택 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 의견이다.

그러나, 처분청이 쟁점공동주택 취득 당시 취득세 과세표준으로 포함한 쟁점감평액인 OOO원은 청구법인이 실제 지급한 금액이 아니라 당시 시세 등을 반영한 잠정적인 평가 금액에 불과하므로, 쟁점감평액은 쟁점학교용지의 취득을 위하여 지급한 비용에 해당하지 아니하여 과세표준에 포함될 수 없다고 봄이 타당한 점, 개발사업시행자가 공동주택을 신축하면서 학교용지법에 따라 학교시설을 무상공급하지 아니하는 대신 납부하는 학교용지부담금은 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용으로 보아 취득세 과세표준에 포함하는 것과의 형평차원에서도 쟁점학교용지를 무상공급하기 위하여 청구법인이 실제 지출한 비용을 쟁점공동주택의 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당해 보이는 점,

청구법인이 이 건 취득세 신고시 제출한 자료에 의하면, 청구법인이 쟁점학교용지 취득시 실제 지급한 취득가액이 OOO원인 것으로 확인되는 점, 처분청이 이 건 취득세 처분시 반영한 쟁점학교용지 중 쟁점공동주택에 해당하는 안분 비율(48.4%)에 대하여 청구법인과 이견이 없고, 해당 안분비율을 청구법인의 쟁점학교용지 취득가액인 OOO원에 적용하면 OOO원으로 특정되는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비용을 쟁점공동주택 취득세 과세표준에서 누락하여 과소신고한 것으로 보아, 쟁점감평액을 그 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(2) 지방세법 시행령

제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용

2. 할부 또는 연부(연부) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

3.「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비ㆍ수수료

5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액

6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손.(후분 생략)

7.「공인중개사법」에 따른 공인중개사에게 지급한 중개보수. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격 또는 연부금액에서 제외한다.

8. 붙박이가구ㆍ가전제품 등 건축물에 부착되거나 일체를 이루면서 건축물의 효용을 유지 또는 증대시키기 위한 설비ㆍ시설 등의 설치비용

9. 정원 또는 부속시설물 등을 조성ㆍ설치하는 비용

10. 제1호부터 제7호까지의 비용에 준하는 비용

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 취득가격에 포함하지 아니한다.

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

(3) 학교용지 확보 등에 관한 특례법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “개발사업”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법률에 따라 시행하는 사업 중 100세대 규모 이상의 주택건설용 토지를 조성ㆍ개발하거나 공동주택(「주택법」 제2조 제4호에 따른 준주택 중 대통령령으로 정하는 규모의 오피스텔을 포함한다. 이하 같다)을 건설하는 사업을 말한다.

3. “학교용지부담금”이란 개발사업에 대하여 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사 또는 특별자치도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 “부담금”이라 한다)를 말한다.

제3조(학교용지의 조성ㆍ개발) ① 300세대(제5조 제5항 제3호에 해당하는 개발사업은 그 개발사업분을 뺀 세대 수를 대상으로 하고, 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 다목의 재건축사업 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제3호 다목의 소규모재건축사업은 기존 세대를 뺀 세대 수를 대상으로 한다) 규모 이상의 개발사업을 시행하는 자(이하 “개발사업시행자”라 한다)는 개발사업을 시행하기 위하여 수립하는 계획에 학교용지의 조성ㆍ개발에 관한 사항을 포함시켜야 한다. 이 경우 학교용지의 위치와 규모 등은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제43조에 따른 학교시설의 설치기준 등에 관한 규정을 준용한다.

제4조(학교용지의 확보 및 경비의 부담) ① 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)인 개발사업시행자는 제3조에 따른 학교용지를 확보하여 시ㆍ도 교육비특별회계 소관 공유재산(公有財産)으로 하여야 한다.

③ 제1항과 제2항에 따른 학교용지의 공급가액은 다음 각 호와 같다.

2. 제1호 각 목의 개발사업시행자 외의 개발사업시행자가 공급하는 학교용지의 공급가액은 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조 제2호에 따른 감정평가에 의한 가액으로 한다.

제5조(부담금의 부과ㆍ징수) ① 시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자(이하 이 조에서 “공동주택분양자등”이라 한다)에게 부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개발사업분의 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부담금을 면제할 수 있다. 다만, 제1호ㆍ제3호 및 제4호의 경우에는 부담금을 면제하여야 한다.

1. 개발사업시행자가 제3조 제3항에 따른 교육감 의견으로 제시된 학교용지를 시ㆍ도 교육비특별회계에 기부채납(寄附採納)하는 경우