[청구번호]

조심 2025서4278 (2026.02.10)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

---------------------------------------------------------------------------------

[제 목]

의무고용비율 미달로 부과된 장애인고용부담금의 손금 여부

[결정요지]

법령 위반 등 의무불이행에 따른 제재로서 부과되는 공과금으로 손금 부인

[관련법령]

법인세법 제21조

[참조결정]

조심2022서1526 / 조심2021서0711

[따른결정]

---------------------------------------------------------------------------------

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019～2023사업연도 기간 동안 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조에 따라 고용노동부장관에게 장애인고용부담금 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 납부하였고, 위 금액을 손금에 산입하지 아니하고 2019～2023사업연도 법인세를 각 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2025.1.23. 처분청에 쟁점부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 아니하므로 쟁점부담금을 손금산입하여 기납부한 2019～2023사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.3.20. 이를 거부하였다.

＜표1＞ 청구법인의 법인세 경정청구 내역

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.13. 이의신청을 거쳐 2025.10.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부담금은 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금에 해당하지 않는다.

장애인 고용부담금의 경우 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조에서 정한 요건에 해당하기만 하면 위와 같은 고의나 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생한다.

예를 들어, 사업주가 장애인고용을 위하여 가능한 한 최대한의 합리적인 노력을 기울였으나 의무 고용률에 상응하는 장애인 지원자가 없어 의무 고용률을 달성하지 못했다는 사정 등이 인정되는 경우와 같이 귀책사유가 없다면 제재가 감면된다는 내용은 발견할 수 없다.

이처럼 장애인 고용부담금은 책임 요건에 대한 고려없이 일률적으로 계산·부과된다는 점에서 이를 의무위반에 대한 ‘제재’로 보기 어렵다.

또한, 장애인 고용부담금은 사회연대 책임이념을 반영하여, 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업 주간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용 촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업 설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동부담금이라고 할 수 있다.

즉, 이 부담금제도는 고용률을 밑도는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하자는 것이며, 그러므로 이상적으로는 장애인 고용 의무가 완벽하게 지켜져서 부담금을 징수하지 않아도 되는 상태가 바람직하다는 점에서 볼 때, 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용 촉진을 주된 목적으로 하는 '유도적․조정적(특별)부담금'의 성격이 강하다고 할 수 있다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정 등).

즉, 장애인고용부담금은 법령 위반의 제재가 아니라 장애인 고용 촉진을 유도하기 위한 부담금에 해당한다.

(2) 관련 법령의 개정 연혁을 보더라도 장애인 고용부담금은 손금불산입 대상에 해당하지 않고, 이를 납세자에게 불리하게 해석하는 것은 조세법률주의와 엄격해석의 원칙에 반한다.

쟁점부담금과 관련된 「법인세법」 개정 연혁을 살펴보면, 1997.12.31. 개정되기 전 「법인세법」은 공과금에 대하여 손금불산입을 원칙으로 하고, 같은 법 시행령에서 손금으로 인정되는 공과금을 예외적으로 열거하면서 장애인고용부담금의 손금성을 인정하였다.

그러나 공과금은 기본적으로 사업경비의 성격을 띠는 것으로 손금에 산입됨이 원칙이고, 과거 「법인세법」에서 공과금은 원칙적으로 손금으로 인정되지만 시행령에서 손금산입되는 공과금을 열거하는 것은 납세자의 권리구제 차원에서 타당하지 않다는 헌법재판소의 위헌결정(헌법재판소 1997.7.16. 선고 96헌바36 결정)에 따라, 공과금은 손금을 원칙으로 하되 시행령에서 손금불산입 대상 공과금을 예외로 열거하는 방식으로 개정되었다.

이에 따라 손금불산입되는 공과금을 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 새로이 규정하는 등 위헌결정 이전 규정(손금산입 공과금 열거주의)보다 손금산입 공과금의 범위가 더 넓어졌으므로, 장애인고용부담금은 현행 규정하에서도 여전히 손금산입된다고 보아야 한다.

위 법령 개정 이후에도 장애인고용부담금은 국세청 예규(질의회신 서이 46012-10673, 2001.12.5.)에서도 2017년까지 손금으로 인정되다가, 2018.2.21. 새로운 유권해석에 따라 2018년 2월 이후 신고․납부분부터 손금불산입 대상으로 해석이 변경되었다.

하지만 위 개정연혁에서 보듯이, 손금으로 인정되는 공과금의 범위를 포괄적으로 규정하기 위하여 개정된 것 외에 관련 법령 어디에도 장애인고용부담금을 손금 부인한다고 명시된 바 없다.

조세법률주의 원칙에 따르면 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석․적용하여야 하며, 비록 과세의 필요성이 있다 하여도 행정편의적인 확장해석이나 유추적용에 의해 이를 해결하는 것은 허용되지 않는데(대법원 2000.3.16. 선고 98두11371 전원합의체 판결), 법률의 개정도 없이 단지 유권해석만으로 기존 견해를 변경하여 장애인고용부담금을 손금 부인하는 것은 납세자의 신뢰를 훼손하고 조세법률주의에 반하는 것이다.

나. 처분청 의견

「법인세법」 제21조는 ‘다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하면서, 제5호에서 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’을 손금불산입 대상으로 규정하고 있다.

「장애인고용촉진 및 직업재활법」은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 이를 실현하기 위하여 국가와 사업주에게 그 책임과 의무를 부담하고, 국가와 사업주가 그 의무를 이행하지 않은 경우 제32조의2와 제33조에 따라 각각 부담금을 납부하여야하는 것으로 규정되어 있는바, 동 법률의 목적과 법률체계에 따르면 장애인 고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 의무를 불이행하여 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금으로 손금불산입 대상에 해당한다.

기획재정부는 유권해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)으로 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상으로 판단한 바 있고, 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과가 발생할 수 있어 당초 정책적 목적달성을 저해할 우려도 감안해야 하는바, 장애인고용부담금은 손금불산입 대상이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장애인고용부담금이 손금불산입 대상에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2019～2023사업연도 기간 동안 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조에 따라 고용노동부장관에게 쟁점부담금 OOO원을 납부하였다.

(나) 청구법인은 2025.1.23. 처분청에 쟁점부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하지 아니하므로 쟁점부담금을 손금산입하여 기납부한 2019～2023사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.3.20. 이를 거부하였으며, 연도별 법인세 경정청구금액은 ＜표1＞과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점부담금을 의무의 불이행 등에 대한 제재로서 부과되는 공과금이 아니라 장애인 고용촉진 등의 재원을 마련하기 위한 부담금으로 보아야하므로 이 건 처분은 위법하다고 주장한다.

그러나, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인 고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인 고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점,

장애인고용부담금은 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 「법인세법」 제21조 제5호의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2021서711, 2021.8.6. 및 조심 2022서1526, 2022.5.2. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 법인세법

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설ㆍ장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건ㆍ기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.