[청구번호]

조심 2025중3789 (2025.12.04)

[세 목]

양도

[결정유형]

기각

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[제 목]

쟁점주택의 양도를 1세대1주택 비과세 대상으로 볼 수 있는지 여부

[결정요지]

상속주택이 2 이상인 경우 비과세 특례 대상은 상속주택 중 소유한 기간이 가장 긴 1주택만을 의미하는데, 상속 개시 당시 상속주택 중 AA 소재 주택이 소유기간이 가장 긴 주택이므로, AA 소재 주택 외의 쟁점외주택은 비과세 특례대상 주택에 해당되지 않음

[관련법령]

소득세법 제89조

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 분양권을 2020.4.17. 취득하였고, 2022.3.19. OOO(이하 “쟁점외주택”이라 한다)을 상속을 원인으로 취득한 후, 쟁점주택의 분양권은 재개발사업이 완료되어 2022.5.25. 쟁점주택으로 전환되었다.

나. 청구인은 2024.6.7. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후 2024.7.25. 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 2024.9.30. 처분청에 일반주택인 쟁점주택을 취득하여 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 규정이 적용되지 않는 것으로 수정신고를 하였으나, 다시금 2024.12.23. 쟁점주택의 양도에 대하여 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 대상으로 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항을 청구인이 적용받기 위해서는 상속개시 당시 일반주택을 보유하고 있어야 하는데, ① 청구인이 상속개시일(2022.3.19.) 당시 쟁점주택을 ‘주택’이 아닌 ‘분양권’ 상태로 보유하였으므로 이는 특례요건을 충족하지 않고, ② 피상속인이 상속개시 당시 2주택을 소유하였는데, 쟁점외주택 외의 다른 주택(대구광역시 소재)의 보유기간이 가장 긴 상속주택이므로 청구인이 상속받은 쟁점외주택은 특례대상이 될 수 없다고 보아, 2025.2.20. 청구인에게 이를 거부통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.16. 이의신청을 거쳐, 2025.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 규정을 적용하기 위한 주택 수에 쟁점외주택은 포함되지 않는다. 양도소득세를 과세하는 이유는 자산을 양도하면서 발생하는 실질적·경제적 이익을 과세함으로써 소득이 있는 자와 없는 자 간의 조세부담의 공평성을 확보하고자 함이다. 청구인은 쟁점주택을 양도하였으나, 이에 대한 실질적·경제적 이익도 없고, 개인의 경제적 이익이 아닌 공익적인 책임을 다하기 위해 양도한 것이다. 그런데도 쟁점주택의 양도를 과세하는 것은 양도소득세의 입법취지에 반하는 것이다. 실제로, 쟁점주택의 처분은 청구인의 경제적 이익을 위한 것이 아닌 농민들의 피해를 보상하기 위한 공익적 목적으로 쟁점주택을 양도하였다. 이는 공공부조의 성격으로 사회적 지출을 위해 사용되었다면 실질적·경제적 이익이 없는 것으로 보아야 하고, 실질과세의 원칙에도 부합하지 않는다. 쟁점외주택은 피상속인이 투자를 위해 매수한 것으로, 피상속인이 연로하여 청구인이 쟁점외주택을 전부 관리하였다. 쟁점외주택은 오래되어 관리비용도 많이 들었고, 이를 관리하기 위해서 청구인은 많은 시간을 할애하였다. 또한, 피상속인이 사망하면서 쟁점외주택을 남겼지만 청구인을 제외한 상속인들은 쟁점외주택 관리에 많은 비용이 든다며 상속을 포기하였고, 청구인은 어쩔 수 없이 쟁점외주택을 상속받았다. 청구인은 지금까지 쟁점외주택의 임대료를 청구인의 모친에게 지급하였고, 앞으로도 임대료를 모친에게 지급할 예정이다. 청구인 모친의 거동이 불편해진다면 쟁점외주택을 양도하고, 그 돈으로 모친의 요양비로 지출하기로 상속인들 사이에 합의하였다. 그렇다면 청구인의 입장에서 쟁점외주택으로 인하여 경제적 이익을 얻는 것이 전혀 없고, 경제적 이익이 없는 쟁점외주택을 1세대1주택 비과세 규정을 적용하기 위한 주택 수에 포함하는 것은 부당하다.

(2) 농민들에게 지급한 금액은 양도비용으로 보아야 하고, 이는 쟁점주택의 양도차익에서 공제하여야 한다. 청구인과 그 배우자는 농민들에게 호박 종자를 판매하였으나, 청구인이 판매한 호박 종자는 유전자 변형된 종자로 밝혀졌다. 이에 청구인과 배우자는 농민들에게 이를 보상할 의무가 없는데도 도의적인 책임을 다하기 위해 피해보상을 하였다. 청구인은 쟁점주택을 양도하였지만, 양도차익 중 일부는 농민들에게 귀속되었다. 위에서 보듯이, 쟁점주택의 양도는 사익이 아닌 공익을 위한 것이고, 실제로 쟁점주택의 양도대가 중 일부를 농민들의 피해보상을 위해 사용하였으므로 이는 양도비용으로 보아야 한다.

나.처분청 의견

(1) 쟁점주택의 양도는 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 대상이 아니다. 「소득세법 시행령」 제155조 제2항에 따르면, 상속받은 주택과 상속개시 당시 보유한 주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대1주택 비과세를 적용한다고 규정하고 있다. 청구인이 양도한 일반주택인 쟁점주택은 상속개시 당시 보유한 주택이 아닌, 상속개시 이후 취득한 주택이므로 상속주택 비과세 특례대상에 해당하지 않는다. 또한, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택을 소유하고 있는 경우에는 1주택만을 상속받은 주택으로 보는데, 상속개시 당시 피상속인이 2 이상의 주택을 소유하고 있었고, 쟁점외주택 외 소유기간이 가장 긴 주택이 있으므로 쟁점외주택을 비과세 특례대상인 상속주택으로도 볼 수 없다.

(2) 쟁점주택의 양도대금 일부를 양도비가 아닌 것으로 본 처분은 적법하다. 청구인은 양도금액 중 OOO원은 쟁점주택의 양도와 직접 연계된 공익적 처분으로서, 실질과세 원칙상 「소득세법」 제97조 제1항 제3호의 양도비에 해당하는 것이라고 주장하나, 청구인이 원용한 양도대금이 회수불능된 경우 양도가액에서 차감하여야 한다는 대법원 판례(OOO)의 내용과 이 건 사실관계가 다른 점 등을 볼 때 「소득세법 시행령」 제163조에 해당하는 필요경비에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점주택의 양도를 1세대1주택 비과세 대상으로 볼 수 있는지 여부

② 양도대금 중 일부를 「소득세법」 제97조 제1항 제3호에 따른 양도비로서 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

5. 「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 감소되어 같은 법 제20조에 따라 지급받는 조정금

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산취득가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법 개정 법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 “의제취득일”이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

(2) 소득세법 시행령

제155조(1세대1주택의 특례) ② 상속받은 주택[조합원입주권 또는 분양권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택{상속받은 1주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(이하 “재개발사업”이라 한다), 재건축사업(이하 “재건축사업”이라 한다) 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업, 소규모재개발사업, 가로주택정비사업, 자율주택정비사업(이하 “소규모재건축사업등”이라 한다)의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다}을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항 제1호, 제156조의2 제7항 제1호 및 제156조의3 제5항 제1호에서 같다).

1. 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 1주택

2. 피상속인이 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 거주한 기간이 가장 긴 1주택

3. 피상속인이 소유한 기간 및 거주한 기간이 모두 같은 주택이 2이상일 경우에는 피상속인이 상속개시 당시 거주한 1주택

4. 피상속인이 거주한 사실이 없는 주택으로서 소유한 기간이 같은 주택이 2이상일 경우에는 기준시가가 가장 높은 1주택(기준시가가 같은 경우에는 상속인이 선택하는 1주택)

제163조(양도자산의 필요경비) ⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 “금융기관”이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 2024.8.30. 비주거용 임대업을 영위할 목적으로 서울특별시 강서구 마곡중앙로에서 아래 ＜표1＞과 같이 개업하였다.

＜표1＞ 청구인의 사업자등록 내역

ㅇㅇㅇ

(나) 피상속인의 상속개시 당시, 아래 ＜표2＞와 같이 2주택을 소유하고 있었고, OOO는 청구인의 모친에게, 쟁점외주택은 청구인에게 각 상속되었다.

＜표2＞ 피상속인의 소유주택 내역

ㅇㅇㅇ

(다) 청구인은 2020.4.17. A로부터 쟁점주택의 분양권을 OOO원에 매수하였는데, 위 금액은 분양가 OOO원과 확장옵션비 OOO원, 프리미엄 OOO원을 합한 금액이고, 청구인은 2023.4.11. B에게 쟁점주택을 OOO원에 양도하기로 계약하였는데, 계약금 OOO원은 계약 당일에, 중도금 OOO원은 2023.4.21.에, 잔금 OOO원은 2024.6.7.에 각 지급하기로 하였고, 쟁점주택의 임대보증금 OOO원은 매수인이 승계하기로 하였다.

(라) 청구인은 2024.7.25. 처분청에 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 규정을 적용하여 신고하였으나, 2024.9.30. 쟁점주택에 대한 2017년 귀속 양도소득세를 OOO원으로 수정신고하였고, 2024.12.23. 다시 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 규정이 적용되어야 한다고 보아, 수정신고한 2017년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구를 하였다. 청구인은 2024.9.30. 수정신고하면서 OOO원 중 OOO원만 납부하고, 나머지는 징수유예 중이다.

(마) 처분청은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항을 적용하기 위해서는 상속 당시 일반주택을 보유하고 있어야 하는데, 청구인이 양도한 일반주택인 쟁점주택은 상속개시 당시 보유한 주택이 아닌, 상속개시 이후 취득한 주택으로 상속주택 비과세 특례대상에 해당하지 않는다고 보아, 2025.2.20. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

＜표3＞ 청구인에 대한 2017년 귀속 양도소득세 경정 등

ㅇㅇㅇ

(바) 청구인은 모친에게 쟁점외주택의 임대료를 생활비로 지급하였는데, 매월 OOO원씩 청구인의 계좌에서 청구인의 모친 계좌로 이체하였고, 청구인의 가족인 C, D는 2024년 11월경 처분청에 진정서를 제출하였는데, 쟁점주택은 상속인들이 협의하여 청구인이 상속받게 된 것이고, 청구인은 쟁점주택에서 발생한 수입을 피상속인 및 청구인의 모친에게 지급하였다고 기재되어 있다.

(사) 청구인은 배우자 E가 운영하는 OOO의 사업용계좌와 농업회사법인 A 주식회사의 법인계좌에서 농민들에게 총 OOO원을 입금하였다고 주장하면서 금융거래내역을 제시하였고, 청구인은 농민들로부터 유전자변형된 종자를 수거하였다고 주장하면서 제시한 수거내역과 확인증을 제시하였으며, 청구인이 제출한 쟁점주택 사진에 의하면, 2층 규모의 건물이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 양도에 대해 1세대1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」 제155조 제2항은 상속주택과 상속개시 당시 보유한 일반주택 중 일반주택을 양도하는 경우에 1세대1주택 비과세 특례규정을 적용한다고 규정하고 있고, 피상속인의 사망 당시 쟁점주택은 분양권 상태였으므로 주택으로 볼 수 없는 점, 상속주택이 2 이상인 경우 「소득세법 시행령」 제155조 제2항의 특례대상은 상속주택 중 소유한 기간이 가장 긴 1주택만을 의미하는데, 피상속인의 사망 당시, OOO 주택과 쟁점외주택을 소유하고 있었고, 상속주택 중 OOO 주택이 소유기간이 가장 긴 주택이므로, OOO 주택 외의 쟁점외주택은 「소득세법 시행령」 제155조 제2항의 특례대상 주택에 해당되지 않는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 양도대금 중 일부가 농민들에게 손해배상액으로 사용되었으므로 이는 양도비로서 필요경비에 해당한다고 주장하나, 양도자산의 필요경비로 인정되기 위해서는 양도와 직접적인 관련이 있어야 하는데, 양도대금 중 일부를 손해배상 명목으로 지급한 것은 양도자산의 양도와 직접적인 관련이 없어 보이는 점, 「소득세법」상 양도소득의 필요경비는 열거되어 있는바, 양도자산과 직접 관련된 손해배상이 아닌 양도자산과 관련 없는 손해배상은 필요경비로 볼 수 없는 것인 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.