[청구번호]

조심 2024광4763 (2025.05.13)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

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[제 목]

쟁점주식 매매대금이 합병의 대가로서 그 양도차익이 의제배당에 해당하는지 여부

[결정요지]

일정한 거래가 조세회피를 위한 것으로 부인할 만한 근거가 제시되지 아니함에도 불구하고 실질과세원칙을 적용하여 적법하게 성립한 독립된 거래를 부인하고 합병에 따른 의제배당이 발생한 것으로 보기에는 무리가 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[관련법령]

국세기본법 제14조

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문] 

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.9.14. 석유화학 제품 생산 및 판매를 주요 사업으로 전라남도 여수시에 설립된 법인으로 2022.1.3. 석유화학 부문을 물적분할한 후 주식회사 A(이하 “A”라 한다)를 분할신설하여 그 발행주식 600,000주(지분율 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하다가 주식회사 B(이하 “B”라 한다)와 2022.4.20. 쟁점주식 및 경영권을 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 양도하는 계약을 체결하고 2022.4.28. 쟁점주식을 양도(이하 “쟁점주식거래”라 한다)하였으며, B는 2022.8.4. 분할신설법인을 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였고, 청구법인은 2022사업연도 법인세 신고 시 쟁점주식 양도차익 OOO원을 익금에 산입하여 법인세 OOO원을 신고하였다.

나. 청구법인은 2023.9.1. 쟁점주식거래가 당초부터 B가 분할신설법인을 합병할 목적으로 선행된 거래(합병거래)에 해당하므로 쟁점주식 양도차익이 합병과정에서 발생한 의제배당에 해당하는 것으로 보아, 「법인세법」 제18조의2에 따라 2022사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 2023.12.22. 쟁점주식거래와 쟁점합병이 각각 독립된 거래이므로 쟁점금액은 합병대가가 아닌 주식의 양도대가로 보는 것이 타당하다는 이유 등으로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.3.4. 이의신청을 거쳐 2024.8.8. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조세심판원은 특정 주식매매 거래가 단순 양도거래인지 또는 일련의 합병(소규모 합병) 절차상 필수적으로 요구되는 전제 요건에 해당하는지 여부와 관련하여 일관되게 다음과 같은 세가지 기준을 충족하는 경우 당해 주식양도차익을 합병에 따른 ‘의제배당’으로 판단하고 있고, 쟁점주식거래는 이러한 판단기준에 모두 부합한다.

(가) 주식매매 계약시 합병을 목적 내지 염두에 두었는지 여부

1) 대법원은 “주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다”라고 판시하였는바(대법원 2002.12.26. 선고 2001두6227 판결 등 다수), B는 단순히 A의 주식을 취득하는 것이 아니라 합병을 통해 신규사업에 진출하고자 하였음이 2022.4.20. B의 투자계획서, 이사회 회의록, 2022.2.19. OOO회계법인이 B에 제출한 A 재무실사보고서 등에서 확인된다.

2) 쟁점주식거래의 경과를 보면, 2022.4.20. 쟁점주식 및 경영권 양수도 계약을 체결하고, 8일 후인 2022.4.28. 쟁점주식을 인도하였으며, 불과 11일 만인 2022.5.9. B 이사회에서 A와의 합병을 결의하였고. 이후 1개월도 경과하기 전인 2022.6.3. B는 A와 합병계약을 체결하였으며, 2개월 후인 2022.8.4. 합병을 완료하였는바, 이와 같은 거래형태는 통상적인 주식매매 거래형태에서는 나타날 수 없는 형태로 합병을 전제한 거래가 아니라면 설명할 수 없다.

(나) 합병절차가 매매대금 지급 전에 진행되었는지 여부

1) 쟁점주식거래의 잔금 지급방식을 보면, 거래가 종결(잔금일 : 2022.8.29.)되기 전 이미 합병(합병완료일 : 2022.8.4.)이 진행 중이었고, 잔금 지급방식 역시 합병과 연계되어 진행(4회 변경계약)되었음을 알 수 있다.

2) 쟁점주식거래와 쟁점합병은 시간순으로 보더라도 거의 동시에 진행되었는데, 대금의 지급과 주식의 인도가 동시에 이루어지는 일반적인 주식매매 거래와는 달리 소규모 합병의 요건을 충족하기 위하여 잔금 지급 전에 주식의 인도가 이루어진 점 등에 비추어 보더라도 합병과 별개의 주식양도 거래가 아닌 실질적으로 자본거래(합병거래)로 보는 것이 타당하다.

3) 처분청은 A가 OOO회계법인에게 의뢰하여 받은 합병 세무 검토보고서의 내용을 근거로 쟁점주식거래와 쟁점합병을 각각 독립된 거래로 인식하였을 것이라는 의견이나, 해당 검토보고서가 쟁점주식이 B에게 인도(2022.4.28.)되고 합병이 완료(2022.8.4.)된 이후 제출(2022.8.8.)된 것이고, A가 합병에 따른 세법상 신고의무 이행 등을 검토를 하기 위하여 의뢰한 것인바, 이를 근거로 쟁점주식거래와 쟁점합병을 별개의 거래로 인식하였다고 보는 것은 타당하지 않다.

4) 처분청은 쟁점주식거래와 쟁점합병을 하나의 합병거래로 볼 경우, B가 합병으로 인한 승계 자산의 취득가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하여 합병 매수 차익으로 인식하여야 한다는 의견이나, 이는 합병에 따른 B의 과세 문제를 청구법인의 과세와 연계하는 것이므로 부당하다.

(다) 주식양도 후에도 합병과 관련하여 의무와 책임 및 계약해제 위험을 부담하는지 여부

청구법인과 B 사이에 작성한 2022.8.29.자 계약변경합의서 3항에서는 매수인의 본건 합병이 무효되거나 민·형사상 분쟁이 발생하는 경우에 매수인을 면책하고 잔금 지급 이후에도 매도인인 청구법인이 합병에 관한 법률상 책임을 지는 것으로 합의한 것으로 나타나바, 이는 일반적인 상거래 또는 주식매매거래에서의 관념 과 부합하지 아니하는 것으로 쟁점주식거래가 합병의 완수를 전제로 한 거래임을 확인할 수 있고, 이에 따른 주식매매대금은 ‘합병대가’로 보아야 하며, 결론적으로 쟁점주식 양도차익은 「법인세법」상 의제배당에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식거래의 조세회피 목적이 확인되지 않아 실질과세의 원칙을 적용할 여지가 없다.

(가) 청구법인은 실질과세원칙은 납세자도 적용을 주장할 수 있고, 세법을 해석·적용할 때에 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 주장하나, 「국세기본법」제14조 제3항에 따르면 ‘실질과세원칙’은 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다고 정하고 있고, 「헌법」상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적인 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에는 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 재고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다.

(나) 청구법인과 B는 적격합병에 따른 과세특례 요건을 맞추기 위해 쟁점주식거래 후 합병의 방식을 선택한 것으로 보이고, 쟁점주식거래 및 쟁점합병에서 조세회피 목적이 확인되지 않아 비정상적‧비합리적이라 볼 수 없으며, “본 계약의 체결 및 이행과 관련하여 자신에게 부과되는 조세를 납부할 책임을 부담한다”는 주식 및 경영권 양수도 계약서 제11조 제5항 제2호에 따라 당초 청구법인이 쟁점주식 양도차익 상당액을 각 사업연도 소득금액에 포함하여 법인세를 신고하였는바, 위와 같은 법률관계는 존중되어야 하므로 쟁점주식거래와 쟁점합병에 실질과세의 원칙이 적용될 여지가 없다.

(2) 쟁점주식거래와 쟁점합병은 각각 독립된 거래이고, 쟁점금액은 자본거래인 쟁점합병에 따른 의제배당이 아닌 자산거래인 주식의 양도대가로 보아야 한다.

(가) 경제주체는 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 법인이 다른 법인을 흡수합병하고자 하는 경우 주주총회의 승인을 거치는 정식의 합병 방식과 법에서 정한 일정한 요건을 갖춘 후 이사회 승인으로 주주총회의 승인을 갈음할 수 있는 간이합병, 소규모 합병의 방식 중 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련 비용의 부담 정도 등을 고려하여 특정 방식을 선택할 수 있고, 특정 방식을 선택하여 흡수합병을 위한 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이며, 서로 다른 궁극의 목적이 흡수합병에 있었다는 이유만으로 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받아야 한다고 볼 수 없다.

(나) 청구법인은 쟁점주식거래가 당초부터 합병을 목적으로 형식상 주식 매매가 선행된 것이므로 하나의 ‘합병거래’에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 합병등기일(2022.8.4.) 약 4달 전에 쟁점주식 양도계약(2022.4.20.)을 체결한 후 2022.4.28. 쟁점주식 전부의 소유권을 이전하였는바, 주식의 양도 시기는 ‘그 대금을 청산한 날 또는 대금을 청산하기 전에 소유권의 이전등기를 하거나 인도일 또는 사용수익일중 빠른 날’이고, 「증권거래세법」 제5조 및 같은 법 시행령 제2조 제3호에서 양도의 시기를 ‘증권 등을 인도하거나 대가의 전부를 받아 당해 매매거래가 확정되는 때와 그 권리가 이전되는 때 중 빠른 날’로 규정하고 있으며, 「법인세법」상 권리의무 확정주의에 따라 주식을 인도한 시점에 수익을 인식하여야 하므로 합병일 이전에 이미 청구법인은 주식양도 대금에 대한 손익이 적법하게 확정된 것으로 보아야 한다.

(다) 청구법인과 B가 적격 합병 중 하나인 ‘무증자 흡수합병’의 방편으로 합병계약 이전에 쟁점주식 양수도 계약을 체결한 이상 쟁점합병이 예정되어 있었다거나 청구법인이 그 계획을 알고 있었다는 등의 사정만으로 적법하고 유효하게 이루어진 쟁점주식 양도거래의 사법상 효력을 부인하기 어렵다.

(라) 청구법인은 A가 자문받은 합병 세무 검토보고서가 특수 관계가 종료된 후 자문받은 것이므로 해당 자료의 내용을 근거로 하여 청구법인이 쟁점주식거래와 쟁점합병을 별개의 거래로 인식하였다고 볼 수 없다고 주장하나, 합병등기일(2022.8.4.) 약 4달 전에 쟁점주식거래에 대한 납세의무가 이미 성립하였고, 위 검토보고서는 A가 회계법인에게 쟁점합병과 관련하여 발생할 수 있는 과세 문제에 대한 검토를 의뢰한 것인바, 선행된 쟁점주식거래를 전제로 동일 과세연도에 발생한 쟁점합병과 관련한 세무상 신고 의무 검토를 위한 보고서로 보는 것이 타당하다. 해당 검토보고서를 보면 「법인세법」, 「증권거래세법」 등 관련 세법 조문 및 유권해석 등을 토대로 세법 검토 결과에 따른 의견을 제시하고 있고, 쟁점주식거래와 쟁점합병을 독립된 거래로 보아 쟁점합병이 적격합병의 특례요건을 적용받을 수 있다고 검토하고 있으므로 쟁점금액은 합병대가가 아닌 주식 양도대금으로 봄이 타당하다.

＜합병 세무 검토보고서 일부＞

○○○

(3) 청구법인은 B 등의 과세 문제를 청구법인의 과세문제와 연계하는 것은 부당하다고 주장하나, 이는 거래당사자 간 신의성실의 원칙에도 위배될 뿐만 아니라 청구법인의 주장과 같이 거래를 재구성할 경우, 하나의 거래에 거래당사자(피합병법인과 합병법인) 간의 합병자산 평가 및 합병과세특례 적용이 달라지게 되는 문제가 발생한다.

만약, 청구법인 주장대로 쟁점주식거래와 쟁점합병을 하나의 거래로 볼 경우, 이 건 합병대가가 100% 현금으로 지급되었는바, 지분의 연속성 요건(합병 신주 교부비율이 합병대가의 80% 이상)을 충족하지 못하여 비적격 합병에 해당하므로 B는 합병으로 인한 승계 자산의 취득가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하여 합병매수차손익을 인식해야하고, A는 「법인세법」 제44조에 의하여 피합병법인이 합병으로 해산함에 따라 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 그 양도에 따른 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여 법인세를 납부하여야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식 매매대금이 합병의 대가로서 그 양도차익이 의제배당에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조【실질 과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】 ① 세법을 해석⋅적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

(2) 법인세법

제16조【배당금 또는 분배금의의제】 ① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.

5. 피합병법인의 주주 등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

6. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주주인 내국법인이 취득하는 분할대가가 그 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식(분할법인이 존속하는 경우에는 소각 등에 의하여 감소된 주식만 해당한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

② 제1항 제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 합병대가 : 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액

2. 분할대가 : 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할로 인하여 취득하는 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(분할등기일 현재 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액

제18조의2【내국법인 수입배당금액의 익금불산입】 ① 내국법인(제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인(이하 이 조에서 “피출자법인”이라 한다)으로부터 받은 이익의 배당금 또는 잉여금의 분배금과 제16조에 따라 배당금 또는 분배금으로 보는 금액(이하 이 조 및 제76조의14에서 “수입배당금액”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 이 경우 그 금액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다.

1. 피출자법인별로 수입배당금액에 다음 표의 구분에 따른 익금불산입률을 곱한 금액의 합계액

2. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 차입금의 이자 중 제1호에 따른 익금불산입률 및 피출자법인에 출자한 금액이 내국법인의 자산총액에서 차지하는 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액

제40조【손익의 귀속사업연도】 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의2【합병 시 합병법인에 대한 과세】 ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

제44조의3【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】 ① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

(3) 법인세법 시행령

제13조【배당 또는 분배의제의 시기】 법 제16조제1항에 따라 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 날은 다음 각 호의 구분에 따른 날로 한다.

1. 법 제16조 제1항 제1호부터 제3호까지의 경우: 그 주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회에서 주식의 소각, 자본 또는 출자의 감소, 잉여금의 자본 또는 출자에의 전입을 결의한 날(이사회의 결의에 의하는 경우에는 「상법」제461조제3항에 따라 정한 날을 말한다. 다만, 주식의 소각, 자본 또는 출자의 감소를 결의한 날의 주주와「상법」제354조에 따른 기준일의 주주가 다른 경우에는 같은 조에 따른 기준일을 말한다) 또는 사원이 퇴사ㆍ탈퇴한 날

2. 법 제16조 제1항 제4호의 경우: 해당 법인의 잔여재산의 가액이 확정된 날

3. 법 제16조 제1항 제5호의 경우: 해당 법인의 합병등기일

4. 법 제16조 제1항 제6호의 경우: 해당 법인의 분할등기일

제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

(4) 증권거래세법

제5조【양도의 시기】 ① 이 법을 적용할 때 주권 등의 양도 시기는 해당 매매거래가 확정되는 때로 한다.

② 제1항의 매매거래 확정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 증권거래세법 시행령

제2조【양도의 시기】 주권 등의 법 제5조 제2항에 따른 매매거래의 확정시기는 다음 각 호에 따른다.

1.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장에서 거래(다자간매매체결회사에서의 거래를 포함한다)된 주권에 대하여는 그 양도가액이 결제되는 때

2. 제1호에 따른 주권 외의 주권 등을 금융투자업자가 매매·위탁매매 또는 매매의 중개나 대리를 하는 경우에는 그 대금의 전부를 결제하거나 결제받는 때

3. 제1호 및 제2호 이외의 경우에는 당해 주권 등을 인도하거나 대가의 전부를 받는 때. 다만, 그 주권 등을 인도하거나 대가의 전부를 받기 전에 권리가 이전되는 때에는 그 권리가 이전되는 때로 한다.

(6) 상법

제527조의3【소규모합병】 ① 합병 후 존속하는 회사가 합병으로 인하여 발행하는 신주 및 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에는 그 존속하는 회사의 주주총회의 승인은 이를 이사회의 승인으로 갈음할 수 있다. 다만, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산을 정한 경우에 그 금액 및 그 밖의 재산의 가액이 존속하는 회사의 최종 대차대조표상으로 현존하는 순자산액의 100분의 5를 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 경우에 존속하는 회사의 합병계약서에는 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 기재하여야 한다.

③ 제1항의 경우에 존속하는 회사는 합병계약서를 작성한 날부터 2주내에 소멸하는 회사의 상호 및 본점의 소재지, 합병을 할 날, 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지하여야 한다.

④ 합병후 존속하는 회사의 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 소유한 주주가 제3항의 규정에 의한 공고 또는 통지를 한 날부터 2주내에 회사에 대하여 서면으로 제1항의 합병에 반대하는 의사를 통지한 때에는 제1항 본문의 규정에 의한 합병을 할 수 없다.

제522조의 3 【합병반대주주의 주식매수청구권】 ① 제522조 제1항에 따른 결의사항에 관하여 이사회의 결의가 있는 때에 그 결의에 반대하는 주주(의결권이 없거나 제한되는 주주를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)는 주주총회 전에 회사에 대하여 서면으로 그 결의에 반대하는 의사를 통지한 경우에는 그 총회의 결의일부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대하여 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

② 제527조의2 제2항의 공고 또는 통지를 한 날부터 2주 내에 회사에 대하여 서면으로 합병에 반대하는 의사를 통지한 주주는 그 기간이 경과한 날부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대하여 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 확인되는 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인, A, B 기본사항은 다음과 같다.

1) 청구법인은 2023.3.29. 주식회사 C로 상호를 변경하였고, 2022.6.30. 대표자가 D에서 E으로 변경되었다.

＜표1＞ 청구법인 사업자 기본사항

상 호 (대표자) 사업장 개업일 (폐업일) 주업태/주종목 청구법인 (E) 전남 여수시 OOO 2011.9.14. 제조/철구조물 압력용기탱크

2) A는 청구법인의 석유화학 부문이 2022.1.3. 물적분할되어 설립되었다가 2022.8.4. B에 합병되었다.

＜표2＞ A 사업자 기본사항

상 호 (대표자) 사업장 개업일 (폐업일) 업종 주식회사 A (D) 전남 여수시 OOO 2022.1.1. (2022.7.31.) 제조/중유, 중유대체연료유

3) B는 2015.6.25. 코스닥에 상장되었고, 2023.3.30. 대표자가 F, G에서 D으로 변경되었다.

＜표3＞ C 사업자 기본사항

상 호 (대표자) 사업장 개업일 (폐업일) 업종 C (D) 경기도 용인시 OOO 2007.7.4. 제조/반도체소자, 조명장치

(나) 청구법인의 2022사업연도 법인세 신고 및 경정청구 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구법인의 2022사업연도 법인세 신고 및 경정청구 내역

○○○

(다) 쟁점주식거래 및 쟁점합병 관련 세부 일정을 보면, 청구법인은 합병등기일(2022.8.4.) 약 4달 전인 2022.4.20. B와 쟁점주식 양도계약을 체결하였고, 2022.4.28. 쟁점주식의 소유권을 B에게 전부 이전하였으며, B 이사회는 2022.5.9. A와의 합병을 결의하였고, B는 2022.6.3. A와 합병계약을 체결, 2022.8.4. 합병을 완료한 것으로 나타난다.

＜표5＞ 쟁점합병 등 세부 일정

○○○

(라) 청구법인의 2022 회계연도 감사보고서 중 지분법적용투자주식의 증감내역에서는 청구법인이 석유화학 부문을 분리하여 A를 분할신설하여 그 발행주식의 100%를 배정받아 취득하였다가 당기 중에 전액 매각한 것으로 나타난다.

＜청구법인의 2022 회계연도 감사보고서 중 일부＞

○○○

(마) B의 2022 회계연도 공시자료에서는 OOO회계법인의 쟁점주식 양수가액 적정성에 대한 평가의견서(2022.4.20. 공시)와 합병 등 종료 보고서(2022.7.29. 공시) 등이 아래 ＜표6＞과 같이 확인된다.

＜표6＞ B의 2022 회계연도 공시자료

○○○

(바) 청구법인이 경정청구 당시 제출한 A가 OOO회계법인에 의뢰한 합병 세무 검토보고서, B가 OOO회계법인에 의뢰한 A에 대한 재무실사보고서 등의 주요 내용은 아래 ＜표7＞⋅＜표8＞과 같은바, 처분청은 위 합병 세무 검토보고서와 전자공시시스템에 공시된 OOO회계법인의 양수가액 적정성에 대한 평가의견서의 내용 등에 비추어 볼 때, 청구법인과 B가 쟁점주식의 양수도 당시 쟁점주식거래와 쟁점합병을 각각 독립된 거래로 인식하였다는 의견이다.

＜표7＞ A의 합병 세무 검토보고서 중 일부

○○○

＜표8＞ A에 대한 재무실사보고서

○○○

(사) 청구법인이 제출한 2022.2.15.자 OOO와 2022.3.31.자 OOO의 기사내용에서는 B가 경영악화로 인한 관리종목 편입 또는 상장폐지 우려로 사업구조 개편과 흑자전환을 위해 A와의 합병을 추진한 것으로 나타나고, 청구법인은 B가 쟁점주식 매매 계약 당시 합병을 목적 내지 염두에 두었고, 쟁점주식거래의 목적이 배당 등 투자목적이 아닌 경영권 확보를 위한 것이었다는 사실을 입증하기 위해 OOO회계법인의 A에 대한 재무실사보고서(2022.2.9.), B의 이사회 회의록 및 투자계획서(2022.4.20.), 주식 및 경영권 양수도 계약서 등을 아래 ＜표9＞⋅＜표10＞과 같이 제출하였으며, 해당 이사회 회의록 등에서는 쟁점주식의 양수 목적이 합병을 통한 신규 사업진출 등으로 나타난다.

＜표9＞ 2022.4.20. B의 이사회의사록⋅투자계획서 등

○○○

＜표10＞ A에 대한 재무실사보고서(2022.2.9.)

○○○

(아) 청구법인이 제시한 A와 B의 합병 경위 및 합병과정에 대한 구체적 설명은 아래와 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이나, 실질과세의 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 하는 것(대법원 2002.12.26. 선고 2001두6227 판결 외 다수, 같은 뜻임)이라고 주장하는 한편, B가 당초부터 A와의 합병을 통한 신규사업 진출을 염두에 두고 형식상 쟁점주식의 매매가 선행된 것이라는 사실이 청구법인이 제출한 자료에서 충분히 입증되는 점, 쟁점주식거래가 종결(잔금일 2022.8.29.)되기 전 이미 합병(합병완료일 2022.8.4.)절차가 진행 중이었고, 잔금 지급방식 역시 합병과 연계되어 진행(4회 변경 계약)되는 등 별도의 독립된 주식양도 거래가 아닌 실질적으로 자본거래(합병거래)로 보는 것이 타당한 점, 청구법인과 매수법인 사이에 작성한 2022.8.29.자 계약변경합의서에 의하면 합병이 무효되거나 민·형사상 분쟁이 발생하는 경우에 매수인을 면책하고 잔금 지급 이후에도 매도인인 청구법인이 합병에 관한 법률상 책임을 지는 것으로 합의한 것으로 나타나는 등 일반적인 주식매매거래에서의 관념 내지 통념에 부합하지 아니하는 점 등을 점 등을 종합하면, 쟁점주식거래가 합병을 전제로 한 거래임이 명백하므로 이에 따른 쟁점주식 거래대금은 합병대가(의제배당)로 보아야 한다고 주장한다.

(나) 「국세기본법」 제14조 제3항은 ‘제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다’고 규정하고 있는바, 대법원은 과세관청이 동 규정을 근거로 거래를 재구성하여 과세처분을 한 사건 등에서 위 조항의 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이며, 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고, 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 되는 것(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 같은 뜻임)으로 판시하고 있다.

(다) 종합하여, 이 건의 경우 쟁점합병의 경위 및 합병과정에 대한 청구법인의 설명 등에 의하면, B가 쟁점주식거래 이전부터 경영악화로 인한 상장폐지 우려로 사업구조 개편 및 흑자전환을 위해 A와의 합병을 추진하는 과정에서 청구법인과 B는 이 건 거래로 인한 세부담(과세특례 등) 측면과 합병철차의 간소화 및 편의(합병반대주주의 주식매수 청구권 등)을 고려하여 합리적이고 적절한 방식을 모색하기 위해 쟁점주식거래 후 소규모(무증자)합병이라는 거래방식을 추진한 것으로 나타나는데, 이를 청구법인 등이 조세부담을 회피할 목적으로 독자적 의미를 부여하기 어려운 중간행위의 외관을 취한 것에 불과하다고 단정하기 어려운 점, 합병거래에 선행하여 쟁점주식거래를 한 것이 처음부터 조세의 부담을 회피할 목적으로 하나의 거래(합병)를 두 개의 거래로 나누어 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 것으로 볼 충분한 근거가 없는 상황에서 법적 안정성 등을 고려할 때 원칙적으로 애초에 거래 당사자들이 선택한 위와 같은 법률관계가 존중되어야 하는 것이 타당한 점 등을 종합하면, 일정한 거래가 조세회피를 위한 것으로 부인할 만한 근거가 제시되지 아니함에도 불구하고 실질과세원칙을 적용하여 적법하게 성립한 독립된 거래를 부인하고 합병에 따른 의제배당이 발생한 것으로 보기에는 무리가 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.