[청구번호]

조심 2024전4627 (2025.03.17)

[세 목]

양도

[결정유형]

경정

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[제 목]

쟁점프리미엄을 이 건 분양권의 취득가액으로 볼 수 있는지 여부 등

[결정요지]

청구인이 쟁점프리미엄 및 쟁점수수료를 지급하였다는 사실이 객관적으로 입증되지 않고, 청구인은 이 건 건물의 감가상각비를 계속하여 장부에 기재하였고, 종소세 과세표준 확정신고 시 감가상각비를 필요경비로 공제하였으므로 종소세는 확정되었다 할 것이고, 이후 수정신고를 하였다고 해서 상각액이 필요경비 불산입된 것으로 확정되었다고 볼 수 없으므로 이 부분 청구주장을 받아들이기 어려우나, 청구인이 제출한 자료를 종합하면 쟁점공사비가 허위라고 보기 어렵고, 일반 업무시설로의 용도변경을 통하여 매각하기 위하여 공사를 진행한 것으로 보는 것이 합리적이므로, 쟁점공사비는 자본적 지출액으로서 양도소득의 필요경비에 해당한다고 판단됨

[관련법령]

[참조결정]

조심2019중3484

[따른결정]

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[주 문] 

천안세무서장이 2024.6.12. 청구인에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 공사비용 합계 OOO원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2010.6.30. 충청남도 아산시 OOO ×××1 토지⋅건물 및 같은 리 ○○○1 토지를 취득할 수 있는 권리(이하 “쟁점분양권” 이라 한다)를 A, B(이하 ‘매도인들’이라 한다)로부터 OOO원에 취득하였고, 2011.4.14. 아래 ＜표1＞(목록에 기재된 부동산을 이하 “쟁점부동산”이라 한다)과 같이 OOO ×××1 토지⋅건물 및 ○○○1 토지를 취득하였으며, 2012.6.15. OOO ○○○1(725.2㎡) 지상에 건물(연면적 3,279㎡, 지하 3층∼4층의 제1종 근린생활시설로 이하 ‘쟁점건물’이라 한다)을 신축하여 해당 건물에서 산부인과 병원 및 부동산 임대업을 영위하였다.

＜표1＞ 청구인의 쟁점부동산 취득 및 양도내역

취득경위 소재지 용 도 취득일 양도일 비고 분양권 취득 OOO ×××1 주차장 용지 2011.4.14. 2023.2.15. 주차장 건물 2011.4.14. 2023.2.15. OOO ○○○1 상업용지 2011.4.14. 2023.2.15. 신 축 OOO ○○○1 제1종근린생활시설(의원, 소매점) 2012.6.25. 2023.2.15. 쟁점건물

나. 청구인은 2023.2.15. 쟁점부동산을 OOO원에 일괄양도하고, 취득 당시 중개수수료 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다), 감가상각비 OOO원(이하 “쟁점감가상각비”라 한다), 쟁점건물 관련 공사비용OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)의 합계 OOO원을 필요경비에 산입하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고⋅납부하였고, 2024.3.8. 처분청에 쟁점분양권 취득 시 매도인들에게 프리미엄 OOO원(이하 “쟁점프리미엄”이라 한다)을 수표로 지급하였으므로 이를 취득가액으로 인정하여 양도소득세를 경정하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2024.5.7. 쟁점프리미엄의 실제 지급여부와 귀속 등이 확인되지 아니하여 취득가액으로 인정하기 어렵다고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였고, 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, ① 쟁점중개수수료와 관련한 객관적인 증빙(중개인이 사업소득으로 신고한 사실도 없음)이 없고, ② 쟁점감가상각비는 청구인이 장부에 계상하여 종합소득세 신고 시 임대사업의 필요경비로 공제하였으므로 양도소득의 필요경비에 해당하지 아니하며, ③ 쟁점공사비는 자본적 지출이 아닌 수익적 지출에 해당하므로 필요경비로 인정될 수 없다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024.6.12. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정⋅고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점프리미엄은 쟁점분양권의 취득가액에 포함되어야 한다.

(가) 청구인은 2023.2.15. 쟁점건물을 양도한 후 양도소득세 신고기간에 매도인들에게 중개인을 통하여 쟁점프리미엄을 지급받은 것에 대한 확인서와 수표를 수취한 사실을 증명하는 은행 서류를 요청하였으나, 매도인들은 처음에는 협조할 의사를 표시하였다가 청구인의 요청을 거절하였다.

(나) 청구인은 쟁점프리미엄으로 지급한 수표의 일련번호(수표번호 OOO)까지 모두 제출하였고, 당시 분양권을 중개하였던 중개인이 구체적 사실관계에 대해 확인까지 해주고 있는바, 청구인으로서는 쟁점 프리미엄을 지급한 사실에 대해서 최대한의 입증을 하였다.

(다) 처분청이 쟁점프리미엄이 매도인들에게 지급되었는지에 대하여 매도인들에게 사실확인을 할 수 있고, 관련된 금융기관에 청구인이 지급한 수표의 수취자에 대해 공문으로 쉽게 확인할 수 있음에도 간단한 확인조차 하지 아니한 채 청구인에게 입증책임을 강요하며 청구인의 주장을 배척하는 것은 정당한 세액을 계산하여 과세해야할 의무가 있는 과세관청으로서의 본래 목적에 반하는 것으로서 위법·부당하다고 할 것이다.

(2) 쟁점중개수수료는 청구인이 중개인에게 실제 지급하고 영수증을 수취하였으므로 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다.

(가) 청구인(의사)은 부동산 매매와 관련한 지식이 없는 관계로 중개인의 중개용역이 없이는 쟁점 분양권을 취득할 수도 없고, 중개인을 통해 부동산을 취득하는 경우 중개수수료를 지급하는 것은 지극히 상식적이며, 청구인이 제출한 양도소득세 신고서 내용을 보아도 쟁점중개수수료 외에는 별도의 중개수수료를 양도소득의 필요경비로 산입한 바 없다.

(나) 현직 공인중개사인 중개인 C이 당시 사실 관계에서 대해 허위로 진술할 이유가 없고, 청구인이 쟁점프리미엄을 매도자에게 전달한 사실과 청구인이 매도자들에게 이와 관련한 확인 요청을 하였으나 매도자들이 거절한 사실 등 쟁점부동산 양도 과정에서 대금을 지급한 내용에 대한 구체적인 사실 관계를 확인하고 있는바, 이는 C이 실제로 쟁점부동산을 중개한 사실이 없다면 진술할 수 없는 것으로 C의 확인서에는 매도인 B의 연락처가 기재되어 있으므로 C의 중개 사실은 매도인 B에게 확인해 보아도 알 수 있을 것이다.

(다) 청구인이 쟁점중개수수료를 지급할 당시(2010.6.8.) 적용 법령인 「소득세법 시행령」 제163조 제3항은 증명서류 수취·보관이나 금융거래 증명서류 확인되는 경우만 필요경비로 국한하지 않았는바, 양도소득의 필요경비에 대한 적격증빙 수취의무는 2016.2.17.에 개정된 「소득세법 시행령」에 신설된 것으로서, 신설 이전에는 종전 규정을 적용하므로 2010년에 지출된 쟁점 중개수수료에 대하여 이 규정을 적용할 수 없다.

(라) 청구인이 지급한 쟁점수수료는 당시 프리미엄을 포함한 쟁점분양권 대금 OOO원과 현재 공인중개사 보수요율표에 비추어 보아도 통상적인 수준의 수수료에 해당한다.

(3) 쟁점건물은 2022년 당시 공실상태로 처분예정이었던 “투자자산”으로서 감가상각비 계상이 허용되지 않는 자산이다.

(가) 일반기업회계기준(10.35)에 따르면, ‘내용연수 도중 사용을 중단하고 처분예정인 유형자산은 사용을 중단한 시점의 장부금액으로 표시하며, 이러한 자산에 대해서는 투자자산으로 재분류하고 감가상각을 하지 않는다’라고 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」 제62조 제1항은 감가상각자산을 ‘사업용 유형자산 및 무형자산(투자자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)’라고 규정하고 있으며, 「법인세법 시행령」 제24조 제3항 제1호에서도, ‘사업에 사용하지 아니하는 자산은 감가상각자산에 포함하지 아니하는 것’으로 규정하고 있다.

(나) 청구인은 2021년 말 OOO산업개발에 쟁점건물 매각을 위한 컨설팅을 의뢰하였고, 해당 업체는 산부인과 병원에 특화되어 설계된 기존 시설을 철거하고 일반적인 ‘업무시설(사무실)’ 용도로 용도변경을 진행한 후에 매각하는 것을 제안하였으며, 청구인은 이러한 컨설팅에 기초하여 쟁점건물매각을 위해 2022년 초부터 사무실로 용도를 변경하는 공사를 시작하였다.

(다) OOO산업개발은 당초 청구인이 산부인과 병원을 이전하고 쟁점건물을 병원용도로 매각할 것을 의뢰하였으나, 기존의 병원 상태로는 매매가 불가하여 전체적으로 용도변경을 한 후에 사무실로 매매하여야 한다고 컨설팅을 한 사실을 확인하고 있고, 이러한 컨설팅에 따라 실제로 공사가 이루진 점에 비추어 보면, 청구인이 매각의뢰를 한 시점은 산부인과를 이전한 2021년 7월 이후이고 용도변경 공사를 개시한 2022년 3월 이전이라는 사실을 알 수 있다. 따라서 청구인은 적어도 쟁점건물 용도변경을 위한 공사계약 시점인 2022.3.18. 이전에 매각을 의뢰하였다고 볼 수 있으므로, 2022.3.18. 이후부터는 매각예정자산으로 분류하여야 할 것이다.

(라) 조세심판원은 감가상각대상 자산인지 여부가 쟁점이 된 사안에서 임대사업장을 임대한 사실이 없는 점, 임대사업장의 매각을 추진한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 임대사업장은 임대사업에 사용되는 자산 내지 감가상각자산에 해당하는 유휴설비로 보기는 어렵다고 판단한 바 있다(조심 2019중3484, 2021.03.19. 참조).

(마) 청구인은 2023.2.15. 쟁점부동산 매각 직후 세무대리인을 통해 양도소득세 신고를 하였고, 세무대리인이 쟁점부동산의 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내인 2023.4.27.(2022년 귀속 종합소득세 신고기간 이전임) 양도소득세 신고를 하였는바, 쟁점건물의 2021년말까지의 감가상각누계액(OOO원)을 제외한 금액을 취득가액으로 하여 양도소득세 신고를 진행하였다.

그런데 청구인의 2022년 귀속분 종합소득세 신고를 대행한 세무대리인은 청구인이 쟁점부동산을 매각예정자산으로 분류한 사실과 2023.2.15. 쟁점부동산을 매각한 사실에도 불구하고, 이에 대한 회계적·세법적 검토는 물론 청구인에게 어떠한 의사도 확인하지 아니한 채 2023.6.30. 일방적으로 전년도까지 하던 방식대로 쟁점감가상각비를 장부에 계상하여 청구인의 2022년 귀속분 종합소득세를 신고하였는바, 청구인이 당초 신고한 종합소득세 신고서는 청구인의 진정한 의사에 의한 것이 아니고, 임대사업장의 재무제표 및 세무조정계산서는 회계기준 및 세법에 비추어 오류가 있으므로 쟁점감가상각비를 손금불산입하여 2024.7.31. 처분청에 2022년 귀속 종합소득세 수정신고서를 제출하게 된 것이다.

(4) 쟁점공사비는 쟁점건물의 용도변경을 위하여 지출한 비용이므로 양도소득 필요경비로 인정하여야 한다.

(가) 「소득세법」 제97조 제1항 제2호는 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것을 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조 제3항 제3호는 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 자본적 지출액으로 규정하고 있다.

(나) 청구인은 쟁점건물을 업무시설(사무실)로 용도변경을 하기 위해 ㈜종합건축사사무소 장원에게 이 사건 건물의 설계를 맡겼고, 해당 설계개요를 보면 “수정빌딩 용도변경 공사”라고 명시적으로 기재되어 있으며, 청구인은 2022년 10월경 아산시에 용도변경신고[제1종근생(의원, 산후조리원) → 업무시설(사무소)]를 하였으며, 처분청도 이러한 사실에 대해서는 이견이 없다.

(다) 「소득세법 시행령」은 용도변경을 위한 공사에 해당하면 자본적 지출액으로 규정하고 있을 뿐, 그 공사내용에 대해 규정하고 있지 않으므로 해체공사 등이 용도변경을 위한 공사에 해당하면 이는 자본적 지출액으로 보는 것이 타당하다. 처분청은 용도변경 공사가 아닌 원상회복 수준의 공사라고 주장하나, 쟁점건물은 당초부터 산부인과병원에 맞게 설계되어 건축한 후 임대를 하였는바, 원상회복이라 함은 산부인과병원 용도와 관련된 시설은 유지한 채 임차인이 설치한 일부 시설물만 제거하여야 할 것이나, 쟁점공사는 바닥 온돌시설 전부 해체, 계단실 해체, 엘리베이터해체(이러한 시설물은 임차인이 설치한 시설도 아님) 등 병원용 건물을 일반 사무실용 건물로 변경하기 위한 공사들이므로 원상회복 수준이라는 처분청의 주장은 사실과 다르다.

(라) 또한 처분청은 쟁점부동산의 건축물관리대장에 용도변경에 대한 내역이 없다고 하나, 건축물대장은 매수인 측에서 필요에 따라 정리하면 충분한 것으로, 쟁점건물을 매수한 학교법인 호서학원(이하 “매수법인”이라 한다)은 이 건 심판청구일 이후인 2024.9.3. 쟁점부동산을 교육연구시설로 용도변경하고 건축물대장에 등재하였다.

(마) 처분청은 청구인이 내부해체공사비를 수익적지출로 보아 수선비로 계상하였고 설령 자본적 지출이라 하더라도 이를 즉시상각의제에 따라 세법상 감가상각비로 계상한 것으로 보아야한다는 의견이나, 앞서 청구인의 주장과 같이 쟁점건물은 2022년 당시 “투자자산”에 해당하고, 세법상 감가상각자산이 아니므로 즉시상각의제를 적용할 수 없는 자산으로 분류되며, 즉시상각의제가 적용된다고 하더라도 전액이 감가상각 한도액를 초과하여 필요경비에 산입되지 않았으므로 취득가액에서 차감하여서는 안된다.

또한, 수익적 지출로 보더라도, 「소득세법 시행령」 제67조 제3항은 자본적 지출에 포함되지 않는 경우를 열거하고 있는데, 이에 따르면 내부해체공사비 OOO원은 쟁점건물 장부가액의 100분의 5 이상에 해당하여 수익적지출로 판단할 근거가 없고, 기업회계상으로도 내부해체공사비가 투자자산에 일상적으로 발생하는 유지원가도 아닌바, 수익적지출로는 볼 수 없다.

이에, 청구인은 2024.7.31. 수선비로 계상한 내부해체공사비 OOO원을 기업회계기준 및 세법에 따라 수선비로 계상이 불가능한 것으로 보아 해당 수선비를 손금불산입하여 처분청에 2022년 귀속 종합소득세를 수정신고하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점프리미엄을 쟁점분양권의 취득가액으로 볼 수는 없다.

(가) 청구인은 쟁점프리미엄 지급 증빙으로 당시 부동산중개인 C의 확인서와 수표일련번호를 제시하였으므로 처분청이 이를 확인해야 한다고 주장하나, 필요경비의 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있으므로 납세자가 객관적 증빙 등을 제시하여 그 실지 지급여부를 입증하여야 하는 것인바(대법원 2017두45728, 같은 뜻임), ① 청구인이 제시한 수표 일련번호로는 수취자를 확인할 수 없는 점, ② 매도인들의 양도소득세 신고 조회 결과 분양권 양도 관련한 신고내역이 없는 점, ③ 청구인이 매도인들과 작성한 쟁점분양권 취득계약서엔 쟁점프리미엄에 관한 내역이 기재되어 있지 않고, 청구인이 관련된 계약서와 영수증을 제시하지 못하고 있는 점, ④ 청구인이 쟁점분양권에 대한 취등록세 과세표준액을 OOO원이 아닌 OOO원으로 신고한 점 등에 비추어 경정청구를 기각한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점수수료를 쟁점부동산의 필요경비로 볼 수 없다.

(가) 「소득세법」제97조 제1항 및 같은 법 시행령 제67조 제3항에 의하면, 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 그 실지거래가액이 확인되어야 하고, 그 입증책임은 청구인에게 있는바, 청구인이 쟁점수수료에 대한 객관적인 증빙을 제출하고 있지 못하므로 이를 부인하고 양도소득세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

(나) 당초 취득계약서엔 쟁점분양권을 중개한 공인중개사 또는 입회인에 관한 내용이 기재되어 있지 않고, 청구인이 지출증빙으로 제출한 C의 영수증(백지에 수기로 작성되어 있음)과 신분증 사본, 현금출금(ATM)에 따른 수표번호는 청구인의 통장거래내역 등에 맞추어 사후 작성이 가능한 자료이므로 인정하기 어려우며, C은 소개비를 소득으로 신고한 사실이 없으며(해당 종합소득세의 제척기한이 만료됨), 단순히 통장에서 현금 출금되었다는 사실만으로는 청구인이 C에게 해당 금액을 실제 지급하였는지 여부 등이 불분명하다.

(3) 쟁점감가상각비를 쟁점건물의 취득가액에서 차감할 수 없다.

(가) 「소득세법」제97조 제3항은 이중공제의 문제로 양도자산의 보유기간 중 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 양도소득의 필요경비에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다고 규정하고 있고, 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 과세표준확정신고를 한 후에는 당초의 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고를 하거나 경정 등의 청구를 할 수 없다.

(나) 청구인이 계속하여 유형자산인 쟁점건물에 대하여 감가상각비를 필요경비로 산입하여 왔고, 2022년 귀속 종합소득세 신고 시에도 유형자산에 대한 감가상각비를 필요경비에 산입하였으며, 이 건 양도소득세 신고 시 양도소득의 필요경비에서 차감하지 않았는바, 청구인의 임대사업에 계상된 감가상각비를 쟁점건물의 양도차익 산정 시 쟁점부동산 취득가액에서 차감한 것은 잘못이 없다.

(다) 청구인은 2021년부터 매각주선업체를 통하여 매각컨설팅을 진행하였고, 2022년 당시 쟁점부동산이 ‘투자자산’이었으므로 감가상각이 허용되지 않는 자산이라고 주장하나, 청구인이 제출한 건물매매와 관련한 컨설팅 용역계약서의 계약체결일이 2023.1.5.로 확인되는바,

청구인은 컨설팅 용역계약 체결이 2023.1.5.로 되어 있는 것에 대하여 컨설팅 용역의 착수를 위한 계약이 아니라, 컨설팅 용역의 목적이 달성되어 용역의 대가를 확정하고 근거를 남기기 위해 작성한 계약일 뿐이라고 주장하나, 청구인이 제출한 용역계약서를 보면, 컨설팅 목적이 달성되어 매매가 성사되어 용역을 확정하고 근거를 남기기 위해 작성한 계약서라기 보다는 컨설팅용역의 착수를 위한 계약으로 보이고, 2021년경 컨설팅용역 의뢰 및 매각결정을 하였다는 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있다.

(라) 청구인이 심판청구(2024.8.1.) 직전인 2024.7.31. 당초 필요경비에 산입하였던 감가상각비 및 수선비를 임의로 필요경비 불산입한 후 유보로 처리하는 2022년 귀속 종합소득세 수정신고를 하였으나,

「소득세법」제70조 제4항 제3호에 의하면, 종합소득세 과세표준 확정신고를 할 때에는 사업소득금액을 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무재표 및 손익계산서 등을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하고, 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 과세표준확정신고를 한 후에는 당초의 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고를 하거나 경정 등의 청구를 할 수 없으며(서울행정법원 2012.4.3. 선고 2011구단23613 판결, 같은 뜻임), 부동산임대업을 영위하며 건물의 감가상각비를 매년 장부에 기재하였고 종합소득세 과세표준 확정신고 시 감가상각비를 필요경비로 공제하였으므로 이로써 종합소득세는 확정되었다 할 것이고, 이 후 수정신고를 하였다고 하여 상각액이 필요경비 불산입된 것으로 확정되었다 할 수 없는 것인바(서울행정법원 2012.4.3. 선고 2011구단23613 판결 등 같은 뜻임),

청구인이 쟁점건물을 계속하여 투자자산이 아닌 유형자산으로 분류하고, 매년 감가상각비를 필요경비로 관할 세무서장에게 신고하였음에도 투자자산으로 볼 만한 비치·기록된 장부와 객관적인 증명서류 제출 없이 불복과정에서 임의로 수정신고한 것으로 보인다.

(4) 쟁점공사비를 자본적지출로 볼 수 없다.

(가) ‘양도소득세 집행기준’(97-163-33)에서는 건물 전체의 용도를 변경하거나, 대수선 공사를 한 경우에 자산의 개량을 위한 지출비용으로 보아 필요경비에 산입한다고 규정하고 있는바, 청구인이 지출한 엘리베이터해체 및 바닥콘크리트공사, 철거비(폐기물처리비), 내부인테리어 및 원상복구공사 비용은 건물의 내용연수 연장이나 현실적으로 가치를 증가시키는 자본적지출에 해당된다고 보기보다는 원상회복정도의 수익적 지출에 해당하므로 필요경비에 산입하지 않은 당초 처분은 정당하다.

(나) 청구인이 제출한 쟁점건물 임대차계약서에서는 “임대차계약이 종료된 경우에 임차인은 위 부동산을 원상으로 회복하여 임대인에게 반환한다”라고 되어 있고, 특약사항에는 “계약기간 만료 후 임차인은 임대인에게 일체의 시설비나 권리를 주장하지 못한다”라고 기재되어 있으며, E 주식회사에 의뢰한 상가내부해체(철거)공사는 2022년 귀속 종합소득세 신고시 제출한 손익계산서에 수선비로 반영되어 있다.

(다) 2024년 6월경 처분청이 쟁점부동산을 현장방문하여 확인한 결과, 산부인과 시설이 철거되었을 뿐 사무실로 용도변경이 이루어졌다고 보기 힘들다.

(라) 청구인이 충청남도 아산시장으로부터 쟁점부동산의 용도변경에 대한 사용승인을 받았다고 주장하나, 조사청이 확인한 결과, 우리자산신탁주식회사(2021년 6월 신탁)가 2022.9.26. 쟁점건물의 용도변경 허가신청을 하였고, 2022.10.28. 충청남도 아산시장이 허가한 내역만 확인될 뿐, 용도변경을 완료(사용승인)한 내역은 확인되지 않으며, 쟁점부동산의 건축물관리대장에서도 용도변경 승인(준공승인)에 대한 기재 내역은 없다.

(마) 쟁점부동산 매수법인이 충청남도 아산시장(세정과)에게 취득세 신고 시 제출한 서류에 의하면, 쟁점부동산의 취득 목적은 서울 및 수도권에서 접근이 용이한 KTX 천안아산역사 인근에 위치한 “교육연구시설로 용도변경 및 활용이 가능한 건물(교육용 기본재산)로 사용하기 위하여 쟁점부동산을 매입한 것”으로 기재되어 있는바, 매수법인이 매수 후 자유롭게 매수목적에 맞게 용도변경(교육연구시설)이 가능할 수 있을 정도로만 공사(원상회복)를 완료한 후 양도한 것으로 보이고, 조사청이 충청남도 아산시장(건축과)으로부터 용도변경에 관하여 확인한 서류에 의하면, 매수법인이 쟁점건물 취득 후 온라인교육관으로 용도변경을 하기 위하여 건축설계 후 대수선공사(2023년 6월∼2024년 8월)를 한 것으로 확인되었으며, 공사착수 전 쟁점부동산의 내부 사진은 사무실로 용도변경 되었다기 보다는 단지 산부인과 시설이 철거되어 교육시설로 용도변경 및 활용이 용이한 공사착수 직전의 상태로 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①쟁점프리미엄을 쟁점분양권의 취득가액으로 볼 수 있는지 여부

②쟁점수수료를 쟁점부동산의 필요경비로 볼 수 있는지 여부

③쟁점감가상각비를 쟁점건물 취득가액에서 공제할 수 있는지 여부

④쟁점공사비를 자본적 지출로 보아 양도소득 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제70조(종합소득세과세표준 확정신고) ④ 종합소득 과세표준확정신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조 제3항에 따른 복식부기의무자가 제3호에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.(생략)

2. 종합소득금액 계산의 기초가 된 총수입금액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것

3. 사업소득금액을 제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 경우에는 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표ㆍ손익계산서와 그 부속서류, 합계잔액시산표(合計殘額試算表) 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서. 다만, 제160조 제2항에 따라 기장(記帳)을 한 사업자의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 간편장부소득금액 계산서

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

(2) 소득세법 시행령

제62조(감가상각액의 필요경비계산) ① 법 제33조 제1항 제6호에 따른 감가상각비(이하 “상각액”이라 한다)는 사업용 유형자산 및 무형자산(투자자산을 제외하며, 이하 “감가상각자산”이라 한다)의 상각액을 필요경비로 계상한 경우에 각 과세기간마다 감가상각자산별로 관할세무서장에게 신고한 방법에 따라 계산한 금액(이하 “상각범위액”이라 한다)을 한도로 하여 이를 소득금액을 계산할 때 필요경비로 계상한다. 이 경우 해당 과세기간 중에 사업을 개시하거나 폐업한 경우 또는 해당 과세기간 중에 감가상각자산을 취득 또는 양도한 경우에는 상각범위액에 해당 과세기간 중에 사업에 사용한 월수를 곱한 금액을 12로 나누어 계산한 금액을 상각범위액으로 하며, 월수의 계산은 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다.

제67조(즉시상각의 의제) ① 사업자가 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 필요경비로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 “자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

③ 사업자가 각 과세기간에 지출한 수선비가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 해당수선비를 필요경비로 계상한 경우에는 제2항에 따른 자본적 지출에 포함되지 않은 것으로 한다.

1. 개별 자산별로 수선비로 지출한 금액이 600만원 미만인 경우

2. 개별 자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 과세기간종료일 현재의 재무상태표상 자산가액(취득가액에서 감가상각누계상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우

3. 3년 미만의 주기적인 수선을 위하여 지출하는 비용의 경우

제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취․보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.(생략)

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해․노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

(3) 건축법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.(생략

9. "대수선"이란 건축물의 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부 형태를 수선ㆍ변경하거나 증설하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

10. "리모델링"이란 건축물의 노후화를 억제하거나 기능 향상 등을 위하여 대수선하거나 건축물의 일부를 증축 또는 개축하는 행위를 말한다.(생략)

제19조(용도변경) ① 건축물의 용도변경은 변경하려는 용도의 건축기준에 맞게 하여야 한다.

② 제22조에 따라 사용승인을 받은 건축물의 용도를 변경하려는 자는 다음 각 호의 구분에 따라 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받거나 신고를 하여야 한다.

1. 허가 대상: 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설군(施設群)에 속하는 건축물의 용도를 상위군(제4항 각 호의 번호가 용도변경하려는 건축물이 속하는 시설군보다 작은 시설군을 말한다)에 해당하는 용도로 변경하는 경우

2. 신고 대상: 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설군에 속하는 건축물의 용도를 하위군(제4항 각 호의 번호가 용도변경하려는 건축물이 속하는 시설군 보다 큰 시설군을 말한다)에 해당하는 용도로 변경하는 경우

③ 제4항에 따른 시설군 중 같은 시설군 안에서 용도를 변경하려는 자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 건축물대장 기재내용의 변경을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 변경의 경우에는 그러하지 아니하다

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 산부인과 의사로 2010.6.30. 쟁점부동산을 취득한 후 같은 날 분양자인 한국토지주택공사와 권리의무승계계약서를 작성하였고, 2011.4.14. 한국주택관리공사로부터 소유권을 이전받았으며, 2012.6.15. OOO ○○○1 지상에 쟁점건물을 신축하여 산부인과 병원 및 부동산 임대업을 영위하다가 2023.2.15. 매수법인에게 쟁점부동산을 OOO원에 일괄 양도하였다.

(나) 쟁점프리미엄과 관련하여 보면, 쟁점분양권 매매계약서에는 매매대금이 OOO원으로 기재되어 있고(중개인 목록은 공란으로 되어있음), 청구인이 매도인들에게 쟁점분양권 매매대금으로 분양가액인OOO원 외에 쟁점프리미엄을 더하여 총 OOO원을 지급하였다는 근거로 제출한 지급내역을 정리하면 아래 ＜표2＞와 같으며, 중개인 C의 확인서는 아래 ＜표3＞ 같고, 매도인들이 쟁점분양권 양도와 관련하여 양도소득세를 신고한 내역은 확인되지 않는다.

＜표2＞ 청구인이 제출한 대금 지급내역

000

＜표3＞ 청구인이 제출한 C의 확인서

000

(다) 쟁점수수료와 관련하여 청구인은 쟁점분양권을 중개한 C에게 쟁점수수료를 지급하였다는 증빙으로 C의 확인서와 영수인이 C으로 기재된 2010.6.30.자 영수증을 제출하였고, C이 쟁점수수료와 관련하여 사업소득으로 신고한 내역은 확인되지 않는다.

(라) 청구인은 쟁점부동산이 2021년 말부터 사용이 중단된 처분예정 유형자산이라는 근거로 2023.1.5.자 ‘건물매매 컨설팅 용역계약서’를 제출하였는바, 해당 계약서에 의하면 청구인은 2023.1.5. 쟁점부동산 매각을 위한 컨설팅용역을 주식회사 OOO산업개발과 체결한 것으로 나타나고, 2023.12.14.자 컨설팅 내역서에서는 기존 병원 시설을 존치하고는 매매가 불가능하여 필요 없는 승강기 등 기존 시설을 철거하고 화상실 등을 재시공 한 이후 매매(사무실로 매매)하기로 결정, 양수법인에 매각을 완료하였다는 내용이 나타난다.

000

(마) 청구인은 위 컨설팅 용역계약서의 계약일자(2023.1.5.)와 관련하여 쟁점건물의 매각을 위한 컨설팅은 2021년부터 시작되었으나, 컨설팅 용역계약서는 용역 착수를 위해 작성한 것이 아니라 컨설팅 용역의 목적이 달성되어 매매가 성사된 시점에 용역 대가를 확정하고 지급하기 위한 근거를 남기기 위해 작성한 계약일 뿐이며, 실제 쟁점부동산의 매매계약일(2023.1.13.)과 용역계약 체결일과의 차이가 8일에 불과한 점을 주장의 근거로 제시하나, 이를 뒷받침할 수 있는 구체적인 자료는 제출하지 아니하였다.

(사) 쟁점건물 공사와 관련한 세금계산서, 도급공사계약서 등에서 확인되는 공사내역은 아래 ＜표5＞와 같고, 주요 공사내용은 엘리베이터 및 계단 해체, 화장실 추가 공사, 바닥난방 철거 공사 등으로 나타나며, 청구인은 2022.9.28. 충청남도 아산시장에게 쟁점건물 용도변경신고를 하였고, 충청남도 아산시장은 2022.10.28. 용도변경(주용도 : 업무시설) 신고필증을 교부한 것으로 확인되는바, 쟁점건물 용도변경 허가신청일(2022.9.26.) 및 충청남도 아산시장의 허가처리일(2022.10.28.) 이전에 쟁점건물 공사가 진행되었던 것으로 나타난다.

＜표5＞ 쟁점건물 공사와 관련한 공사내용 등

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(아) 쟁점건물 건축물대장을 보면, 이 사건 양도일 이후인 2024.9.3. 매수법인측에서 쟁점건물 건축물대장을 교육연구시설로 용도변경한 것으로 확인되고, 청구인이 용도변경을 완료(사용승인)한 내역은 확인되지 아니하며, 매수법인이 취득세 신고 시 제출한 서류에는 쟁점부동산의 취득 목적이 “교육연구시설로 용도변경 및 활용이 가능한 건물(교육용 기본재산)로 사용하기 위하여 쟁점부동산을 매입한 것”으로 기재되어 있고, 조사청이 아산시청 등에 확인한 바에 의하면, 매수법인이 쟁점부동산 취득 후 온라인교육관으로 용도변경을 하기 위하여 건축설계 후 대수선 공사(2023년 6월∼2024년 8월)를 하고 공사비용 약 10억원을 지출한 것으로 나타난다.

＜쟁점건물 건축물대장의 변동내역＞

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(자) 처분청이 2024년 6월경 현장방문하여 촬영한 쟁점건물의 사진은 아래와 같다.

000

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점프리미엄을 수표로 인출하여 매도인에게 지급하였고, 중개인도 청구인이 매도인들에게 쟁점프리미엄을 지급하였다는 사실을 확인해 주고 있으므로 쟁점프리미엄을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나,

취득가액 등 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역의 것으로 입증책임이 납세자에게 있는바(대법원 2017.8.18. 선고 2017두45728 판결, 같은 뜻임), 청구인이 제시한 수표 일련번호로는 수취인의 확인이 어렵고, 청구인이 매도인들과 작성한 쟁점분양권 취득계약서엔 쟁점프리미엄에 관한 내역이 기재되어 있지 않으며, 청구인이 신고한 쟁점분양권의 취등록세 과세표준액에도 쟁점프리미엄이 포함되어 있지 않은 점 등에 비추어 지급사실 등이 객관적인 증빙으로 입증되지 않으므로 쟁점프리미엄을 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점수수료 수표로 인출하여 중개인에게 지급하였고, 중개인도 청구인이 쟁점수수료를 지급하였다는 사실을 확인해 주고 있으므로 이를 쟁점부동산의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나,

당초 취득계약서엔 쟁점분양권을 중개한 공인중개사 또는 입회인에 관한 내용이 기재되어 있지 않고, 청구인이 증빙으로 제출한 중개인 C의 영수증은 백지에 수기로 작성되어 있는 등 사후에 작성이 가능한 것으로 보이는 점, 중개인 C은 쟁점수수료를 소득으로 신고한 사실이 없고, 해당 종합소득세의 국세 부과제척기한이 만료된 이후에 쟁점수수료를 소개비로 수령하였다고 확인한 C의 확인서는 신뢰하기 어려운 점, 청구인이 제시한 수표인출 내역 등 단순히 통장에서 현금 출금되었다는 사실만으로는 청구인이 C에게 해당 금액을 실제 지급하였는지 여부 등이 불분명한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물은 2021년 매각을 위한 컨설팅을 거쳐 2022년 당시 공실상태로 처분예정이었던 투자자산이므로 감가상각비 계상이 허용되지 않는 것이고, 청구인이 2022년 종합소득세 신고시 필요경비에 산입한 쟁점감가상각비를 불산입하는 것으로 수정신고 하였는바, 쟁점감가상각비를 쟁점건물의 취득가액에 포함하여 양도소득세를 경정하여야 한다고 주장하나,

「소득세법」 제97조 제3항에서 ‘양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 취득가액에서 공제한다’고 규정하고 있고, 이는 양도소득금액계산시 그 금액을 취득가액에서 공제하지 아니하도록 하여 이중으로 공제되는 것을 막기 위한 것인 점, 청구인이 부동산임대업을 영위하며 쟁점건물의 감가상각비를 계속하여 장부에 기재하였고 종합소득세 과세표준 확정신고시 감가상각비를 필요경비로 공제하였으므로 이로써 종합소득세는 확정되었다 할 것이고, 이 후 수정신고를 하였다고 하여 상각액이 필요경비 불산입된 것으로 확정되었다 할 수 없는 점, 청구인이 2021년부터 매각주선업체를 통하여 쟁점건물의 매각컨설팅을 진행하였다고 주장하나, 건물매매와 관련한 컨설팅 용역계약서의 계약체결일이 2023.1.5.로 확인되는 반면, 2021년경 컨설팅용역 의뢰 및 매각결정을 하였다는 객관적인 증빙은 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점공사비가 쟁점건물의 원상회복정도의 공사에 소요된 수익적 지출에 해당하고, 쟁점건물의 용도변경은 청구인에 의한 것이 아니라 양도 이후 매수법인의 대수선 공사 이후에 이루어졌으므로 쟁점공사비를 자본적 지출로 보기 어렵다는 의견이나,

「소득세법 시행령」 제163조 제3항 제3호는 ‘양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’을 자본적 지출액으로 규정하고 있는 점, 쟁점건물은 당초 산부인과병원에 맞게 설계되어 건축한 후 청구인이 해당 건물에서 산부인과 병원을 운영하였던 것으로 2022년 진행된 쟁점건물에 대한 공사는 산후조리원으로 사용되었던 공간의 바닥난방을 철거하고 산모 전용 엘리베이터와 계단을 해체하는 등 산부인과 용도의 시설을 철거하고 일반 업무시설로 변경하기 위한 공사들로 나타나는 바, 쟁점건물의 원상회복 공사로 보기는 어렵다 할 것이다.

청구인이 진행한 2022.3.18. 건물 내부해체공사, 2022.3.28. 엘리베이터 해체 및 바닥콘크리트공사, 2022.7.19. 용도변경 건축설계, 2022.8.1. 내부인테리어 원상복구공사 등의 공사계약 내용과 ‘기존 병원 시설을 존치하고는 매매가 불가능하여 필요 없는 승강기 등 기존 시설을 철거하고 화상실 등을 재시공 한 이후 사무실로 매매하기로 결정한 것’으로 나타나는 2023.12.14.자 컨설팅 내역서, 청구인이 2022.9.28. 아산시장에게 쟁점건물 용도변경신고를 하였고, 아산시장은 2022.10.28. 용도변경(주용도 : 업무시설) 신고필증을 교부한 것으로 나타나는 점 등을 종합하면, 청구인이 당초 쟁점건물을 원상태로 병⋅의원 등에 매각하려 하였으나 여의치 않자 일반 업무시설로의 용도변경을 통하여 매각하기 위하여 공사를 진행한 것으로 보는 것이 합리적인 점, 이 사건 양도일 이후인 2024.9.3. 매수법인이 쟁점건물을 대수선 공사를 통하여 교육연구시설로 용도변경한 것은 사실이나, 매수법인이 쟁점건물을 취득한 이후 대수선 공사를 하였다는 사정만으로 곧바로 쟁점공사가 건물의 원상회복을 위한 공사에 해당하는 것으로 보기에는 어려운 점, 청구인이 제출한 공사계약서 및 세금계산서 등에 의하여 쟁점공사비가 허위라고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점공사비가 쟁점부동산의 용도변경을 위하여 지출한 자본적지출액으로서 양도소득의 필요경비에 해당한다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.