[청구번호]

조심 2023서10018 (2024.02.27)

[세 목]

양도

[결정유형]

취소

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[제 목]

이 건 주식양도 관련 귀속시기 판단

[결정요지]

쟁점법인의 2012사업연도 주식등변동상황명세서, 쟁점법인에 대한 조사종결보고서, 쟁점법인의 심판청구에 대한 우리 원 결정문, 쟁점판결문 등의 내용을 종합하여 볼 때, 쟁점주식의 양도일은 2012년으로 봄이 타당함

[관련법령]

「국세기본법」제26조의2

[참조결정]

조심2023서1001

[따른결정]

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[주 문]

서초세무서장이 2023.6.7. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1988년에 설립되어 화공약품의 제조·판매업을 영위하는 OOO 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사 및 대주주이었던 자로서, 2012.11.27. 쟁점법인에게 쟁점법인 발행 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(1주당 OOO원)에 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)한 것에 대해 2013.5.27. 양도일자를 2013.5.20.로 하여 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 2015.11.16.∼2015.12.30. 기간 동안 쟁점법인에 대한 조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 쟁점주식 취득은 「상법」의 규정을 위반한 것으로, 주식소각을 위한 것이 아니라고 보아 쟁점주식 매매대금 OOO원을 업무무관가지급금으로 하여 연도별 관련 지급이자 및 인정이자 합계 OOO원을 손금불산입 및 익금산입하고, 2016.3.1. 이를 청구인의 상여로 소득처분하여 쟁점법인에게 소득금액변동통지를 하였으며, 처분청은 2016.4.4. 쟁점법인에게 2012∼2014사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하고, 청구인이 기납부한 양도소득세 OOO원은 귀속연도를 2013년으로 하여 환급하였다.

다. 쟁점법인은 상기 법인세 처분에 불복하여 2016.4.25. 심판청구를 제기하였고, 이에 대해 우리 원은 2016.7.7. 기각결정 하였으며, 이후 쟁점법인은 2016.8.30. 법원에 행정소송을 제기하여 서울고등법원 OOO 판결(대법원 파기 환송후 항소심으로, 이하 “쟁점판결”이라 하고, 대법원 2023.4.13. 선고 OOO 판결로 확정되었다)을 거쳐 최종적으로 승소하였다.

라. 처분청은 쟁점판결에 따라 쟁점법인에게 당초 과세한 법인세를 환급하는 한편, 2023.6.7. 청구인에게 귀속연도를 2013년으로 하여 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 구 「국세기본법」 제26조(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)는 “국세 및 강제징수비를 납부할 의무는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에 소멸한다”고 하면서, 제2호에서 “제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때”를 규정하고 있다.

구 「국세기본법」 제26조의2 제1항에 의하면, 양도소득세 등 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고, 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간 기산일은 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한의 다음 날이며, 양도소득세의 경우 확정신고 기한은 해당 과세기간의 다음 연도 5.1.부터 5.31.까지인바, 과세관청은 부과제척기간이 만료된 날 이후에는 국세를 부과할 수 없고, 제척기간을 경과하여 한 과세처분은 당연무효가 된다(대법원 2011.10.27. 선고 2010두5127 판결 등 다수).

(2) 쟁점거래는 2012.11.27.(명의개서일) 이루어졌으므로, 이 건 부과처분의 제척기간 기산일은 국세를 부과할 수 있는 날로서 양도소득세 과세표준 신고기한 다음날인 2013.6.1.이 되고, 청구인은 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으므로 부과 제척기간은 5년이 된다.

그런데, 이 건 처분은 2013.6.1.부터 5년이 훨씬 경과한 2023.6.7.에야 이루어졌으므로, 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 과세처분으로서 당연무효에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」제26조의2 제6항 및 같은 항 제1호에는 “행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다”라고 규정되어 있다.

(2) 이 건 처분은 쟁점법인에 대한 1차 처분이 위법하다는 쟁점판결의 취지에 따라 사실관계에 기초하여 실제 과세원인에 대한 원상회복의 처분으로, 「국세기본법」 제26조의2 제6항의 “그 밖의 필요한 처분”에 해당하고, 쟁점판결에도 “주식 거래의 매매대금으로 매매계약에 따라 매도인에게 지급한 정당한 대가에 해당하는 것”이라고 명시되어 있듯이 적법한 처분이다.

(3) 상기 조항에 의해 그 밖의 필요한 처분이 이루어지지 않는다면 쟁점거래로 인해 양도차익이 발생하였음에도 어떠한 세금도 발생하지 않는바, 이는 과세형평에 어긋난다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 처분의 귀속시기가 2012년인지 2013년인지 여부

② 이 건 처분이 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제1호의 적용대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1.납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(괄호 생략)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(괄호 및 단서 생략)

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년

(2) 소득세법

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. (단서 생략)

(3) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점거래와 관련한 양도소득세 신고서상 쟁점주식 양도일은 2013.5.20., 양도유형은 매매, 양도주식수는 OOO주, 주당 양도가액은 OOO원, 신고일은 2013.5.27., 납부세액은 OOO원(신고불성실가산세 OOO원 및 납부불성실가산세 OOO원 포함)인 것으로 나타나고, 쟁점법인의 2012사업연도 주식등변동상황명세서상 청구인은 쟁점법인의 주식을 기초에 OOO 보유하고 있다가 2012년도 중에 OOO주를 양도하여 기말에 OOO를 보유한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점법인 등에 대한 조사종결보고서의 내용(일부)은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점법인 등에 대한 조사종결보고서의 내용(일부)

(3) 쟁점법인의 심판청구에 대한 우리 원 결정문상 처분개요의 내용을 보면, 쟁점주식 양도와 관련하여 청구인은 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다고 기재된 것으로 나타난다.

(4) 쟁점판결의 내용(일부)은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 쟁점판결의 내용(일부)

(5) 청구인의 심판청구이유서를 보면, “쟁점주식의 양도일(명의개서일)은 2012.11.27.이므로, 이 사건 부과처분은 2012년 귀속 양도소득세에 관한 것으로 보이고, 관련 행정소송 전심 조세심판결정문 등에도 이를 2012년 귀속 양도소득세라고 표기하고 있습니다. 다만, 처분청의 납부고지서상 2013년 귀속 양도소득세라고 표기되어 있어 청구취지에는 2013년 귀속 양도소득세라고 표기하였으나, 이하에서는 2012년 귀속 양도소득세임을 전제로 설명합니다”라고 기재되어 있고, 청구인이 제출한 납부고지서의 세액산출근거를 보면, “이 납부고지서는 2013년에 귀속되는 양도소득세로서 납세의무 성립연도는 2013년입니다”라고 기재되어 있음이 확인된다.

(6) 처분청은 이 건 처분 관련 결의서상 귀속연도가 2013년으로 작성된 사유에 대한 답변으로 서울지방국세청장이 조사 당시 청구인으로부터 받은 질문서를 제출하였는데, 그 내용(일부)은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구인에 대한 질문서 내용(일부)

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점법인에 대한 1차 처분이 위법하다는 쟁점판결에 따라 귀속연도를 2013년으로 하여 청구인에게 양도소득세를 과세하였으나, 쟁점법인에 대한 조사종결보고서 및 청구인으로부터 받은 질문서, 쟁점법인의 2012사업연도 주식등변동상황명세서 및 쟁점법인의 심판청구에 대한 우리 원 결정문, 쟁점판결문 등의 내용을 종합하여 볼 때, 쟁점주식의 양도일은 2012년으로 보이므로, 이 건 처분은 귀속되지 아니한 양도소득에 대한 것으로서 위법하여 이를 취소함이 타당한 것으로 판단된다.

쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.