[청구번호]

조심 2021중3239 (2022.02.24)

[세 목]

종합소득

[결정유형]

기각

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[제 목]

쟁점법인이 특수관계자인 청구인으로부터 자기주식을 취득한 것이 무효이며, 그 대가지급액이 업무무관가지급금이라고 보아 그 인정이자에 대해 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부

[결정요지]

대가 지급시부터 주식 소각시까지의 이자상당액에 대하여 부과되는 법인세나 소득세는 그 과세대상 소득이 동일하다고 보기 어려우므로 자기자기주식 거래에 대해 부과된 양도소득세의 부과제척기간이 도과되어 이를 취소하지 못한 채로 해당 거래가 유효하지 아니한 사정이 발견되어 그 주식대가를 업무무관 가지급금으로 보아 소득세와 법인세 등을 부과하더라도 후행 처분이 중복과세에 해당하게 되는 것은 아니라 할 것임

[관련법령]

「법인세법」제52조 「법인세법 시행령」제88조

[참조결정]

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.12.1. 주식회사 AAA(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 쟁점법인에 양도한 후, 2009.12.30. 관할세무서장에 양도가액을 OOO원으로 하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 쟁점법인이 쟁점주식을 2018년경 소각하자, OOO서장은 쟁점법인이 소각할 목적 없이 특수관계인으로부터 자기주식을 취득하고 그 대가(OOO원) 명목으로 업무무관 가지급금을 지급한 것이라고 보아 쟁점법인이 쟁점주식을 취득한 날부터 이를 소각할 때까지의 인정이자 상당액을 귀속자인 청구인에게 소득처분하여 2020.1.10. 쟁점법인에 소득금액변동통지를 하였다.

다. 처분청은 위 과세자료에 따라 2021.4.8. 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2021.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1994년부터 쟁점법인의 주주이자 등기이사로서 부회장직을 수행하여 왔는데, 2009.12.1. 쟁점법인의 최대주주이자 대표이사인 청구인의 형 AAA가 본인의 자녀 BBB에게 경영권을 승계하기 위하여 청구인의 지분(17%지분)을 매수하면서 자금사정으로 쟁점법인이 매수하는 형식을 취하였다.

이에 따라 청구인은 2009.12.1. 쟁점주식을 쟁점법인에 양도하고 거래대금 OOO원 중 OOO원만 수령하고 나머지 OOO원은 현재까지 미수상태이며 2020.7.7. 쟁점법인을 상대로 잔금 지급을 구하는 소송을 제기하였다.

쟁점법인은 자기주식소각 목적으로 쟁점주식을 취득하였음을 2009년·2010년 감사보고서와 내부품의서 등에서 명확히 밝혔고, 청구인도 쟁점주식에 대해 양도소득세를 신고·납부하였으며, OOO청장도 2011년 쟁점법인에 대한 조사(이라 “종전조사”라 한다)를 하여 주식 가액만 재평가하여 증액하였을 뿐 주식거래 자체는 정상적인 거래로 인정하였고(이에 따라 OOO서장이 청구인에게 증권거래세 및 양도소득세를 부과), 쟁점법인은 쟁점주식을 결국 2018.12.21. 소각하였다.

그런데 OOO청장은 2019년경 다시 이 건 조사를 하여 쟁점법인이 쟁점주식을 취득한 것은 상법상 자기주식 취득요건을 결하여 무효라며 양도대금을 업무무관가지급금으로 과세하라는 내용으로 처분청에 이 건 과세자료를 통보하였다.

OOO청장은 종전조사에서 쟁점주식 거래를 청구인의 주식 양도거래로 판단하고 양도소득세와 증권거래세를 부과하도록 하여 그 납세의무가 확정되었는데, 이 건 세무조사에서는 이를 완전히 뒤집고 쟁점법인이 위법한 자기주식 취득을 통해 업무무관 가지급금을 지급한 것이라고 보아 이 건 종합소득세를 부과하도록 하였는바, 이 건 종합소득세 부과처분이 정당하다면 종전 양도소득세와 증권거래세(신고납부분과 부과고지분 모두)는 이 건 종합소득세 부과처분과 서로 양립되지 아니하므로 중복과세에 해당하여 위법하고, 이 건 종합소득세 또는 종전 양도소득세 중 한 쪽을 취소하고 환급함이 마땅하다.

설사, 쟁점주식 거래대금을 업무무관가지급금으로 보더라도 주식 양도대금 OOO원 중 OOO원만 실제로 지급되었으므로 미지급된 OOO원은 업무무관가지급금 적수에서 제외함이 타당하다.

나. 처분청 의견

쟁점주식이 거래될 당시의 상법(2011.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 상법”이라 한다)은 자기주식의 폐해를 막기 위해 회사의 자기주식 보유를 원칙적으로 금지하고, 극히 예외적인 경우에 한하여 이를 허용하며, 이러한 예외적인 취득의 경우에도 즉시 소각하거나 상당한 기간 내 처분하도록 하여 장기적인 자기주식 보유를 금지하였다.

그런데 쟁점법인은 지배주주의 경영권 승계에 활용하기 위해 쟁점주식을 취득한 것이고, 실제로 이를 장기간 보유하면서 새로운 대표이사 BBB가 지배권을 행사하는데 활용되다가, 2018.1.8. 법원의 강제조정결정에 의해 경영권 승계 관련 분쟁이 마무리 된 후에야 소각하였다.

그렇다면 쟁점법인이 쟁점주식을 취득한 거래는 ① 쟁점법인이 자기주식을 합리적 이유 없이 장기간 보유하다가 소각한 점, ② 쟁점법인이 자기주식을 보유하는 동안 지배주주가 경영권 승계 및 방어에 활용함으로써 다른 주주의 지배권을 침해하는 결과를 초래한 점 등에 비추어 구 상법에서 자기주식 취득이 허용되는 것으로 인정한 예외적인 경우에 해당하지 아니하여 무효이고, 그 대가는 법률상 원인 없이 지급한 금액에 해당하므로 쟁점법인이 그 대가로 청구인에게 지급한 금액은 특수관계인에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당한다고 보아야 한다.

따라서 쟁점금액을 업무무관 가지급금으로 보아 쟁점법인에게 법인세를, 청구인에게 종합소득세를 각 부과한 처분은 잘못이 없다.

OOO청장이 종전조사를 할 당시에는 그 조사대상기간이 2006∼2009사업연도로 쟁점법인이 쟁점주식을 취득한 이후가 조사대상범위에 포함되어 있지 아니하였고, 조사시점도 쟁점주식 취득일부터 1년 남짓 지난 때이며, 청구법인이 소각 목적으로 적법하게 자기주식을 취득한 한 것으로 서류를 작성해두고 이를 공시까지 하였고, 경영권 분쟁이 표면화되기 전이어서 쟁점법인이 자기주식을 계속 보유하면서 경영권 분쟁에 활용할 것으로 예측하기 어려웠으므로 쟁점주식 거래를 정상적인 양도거래로 볼 수밖에 없었다.

그런데, OOO청장이 이 건 조사를 하면서 청구법인이 장기간 쟁점주식을 소각하지 아니하고 보유하면서 경영권 분쟁에 활용한 사실을 확인하게 되었으므로, 청구법인이 상법을 위반한 거래를 통해 청구인에게 업무무관 가지급금을 지급한 것이라고 판단하여 이 건 부과처분을 하게 된 것이다.

종전 양도소득세 부과처분을 취소하고 대가 상당액을 의제배당으로 소득세를 부과하는 방안을 검토하였으나, 이 건 양도소득세는 부과제척기간이 도과하여 감액·경정할 수 없어 양도소득세와 그 과세대상이 중복되는 배당소득세는 부과하지 아니하였고(배당소득세는 일반세율, 비상장주식에 대한 양도소득세는 10% 세율이 각 적용되므로 배당소득세가 납세자에게 불리함), 과세대상이 중복되지 아니하는 업무무관 가지급금에 대하여만 이 건 종합소득세를 과세한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점법인이 특수관계자인 청구인으로부터 자기주식을 취득한 것이 무효이며 그 대가지급액이 업무무관가지급금이라고 보아 그 인정이자에 대해 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점법인은 1994.10.15. 청구인의 형 AAA 등에 의해 반도체 및 반도체부품 제조업을 주업으로 하여 설립된 법인이고, 청구인은 쟁점법인 설립당시부터 등기이사로 재직하다가 2009.9.30. 퇴사하였다.

(나) 청구인은 2009.10.9. 쟁점법인과 사이에 ‘청구인이 쟁점법인에 청구인 소유의 쟁점주식을 OOO원에 양도하고, 계약금 OOO원은 계약당일에, 중도금 OOO원은 2009.12.1.에, 잔금 OOO원은 2010.9.30.에 각 받으며 2009.12.1. 명의개서하기로 하는 주식양도계약을 체결한 후(주식양수도 매매계약서), 같은 날 쟁점법인으로부터 OOO원을 받았다.

(다) 쟁점법인은 2009.12.1. 청구인에게 쟁점법인의 청구인에 대한 채권과 상계하는 방법으로 중도금 OOO원을 지급하고 같은 날 쟁점주식에 대한 명의개서를 하였다.

(라) 청구인은 쟁점주식의 양도가액을 OOO으로 하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

(마) 쟁점법인의 내부문서인 ‘주식양도양수자료(품의)’에는 쟁점법인이 청구인으로부터 쟁점주식을 취득한 후 소각할 예정이라고 기재되어 있고, 그와 관련한 감자절차와 비용, 양도소득세 등 신고납부절차와 비용 등이 검토되어 있다.

(바) 쟁점법인이 공시한 감사보고서에 의하면, 쟁점법인은 소각목적으로 2009년 쟁점주식을 OOO원에 취득하였다가 2018년 소각한 것으로 기재되어 있다.

(사) 쟁점법인의 등기부등본에 의하면, 청구인의 형 AAA는 쟁점법인 설립당시부터 2012.6.25.까지 대표이사로, AAA의 자녀 BBB는 2012.6.25.부터 현재까지 대표이사로 각 재직한 것으로 기재되어 있다.

(아) OOO서장은 2013.1.11. 쟁점주식 양도가액을 OOO원으로 증액하여 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 증액·경정하였다(같은 날 증권거래세는 과세표준을 OOO원으로 하여 부과·고지하였다).

(자) 처분청은 OOO청장이 2011년경 쟁점법인에 대해 실시한 2006∼2009사업연도 법인세 통합세무조사 내용에 따라 위 부과처분을 한 것이나, 위 과세의 근거가 된 자료는 오래되어 보관하고 있지 않다고 소명하였다.

(차) OOO서장은 쟁점법인이 쟁점주식을 취득한 후 즉시 소각하지 아니한 것이 상법상 허용되지 않는 자기주식 거래를 한 것이므로 주식대가가 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그 인정이자 상당액에 대하여 2020.1.10. 쟁점법인에 2014.1.1.∼2014.12.31. 사업연도 OOO원을 청구인의 기타소득으로 처분하는 등의 내용의 소득금액변동통지를 하였고, 그에 따라 처분청은 2021.4.8. 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다(처분청은 OOO청장이 쟁점법인에 대하여 한 이 건 세무조사결과에 따른 것이라고 소명하였으나, 조사복명서 등의 자료는 제출하지 아니하였다).

(카) 청구인은 쟁점법인으로부터 쟁점주식의 매매잔금 OOO원을 받지 못하였다며 2020.7.7. 쟁점법인을 상대로 쟁점주식 매매잔금 OOO의 지급을 구하는 소를 OOO에 제기하였으나(OOO), 법원은 청구인의 쟁점주식 잔금 채권이 상사채권으로 그 소멸시효가 5년이므로 그 변제기인 2010.9.30.로부터 5년 이상 경과한 2020.7.7. 청구인이 소를 제기한 이상 소제기 전에 이미 소멸시효 완성으로 소멸하였다고 보아 2021.3.25. 청구인의 청구를 기각하는 판결을 선고하여 2021.4.9. 그 판결이 확정되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 처분청이 쟁점주식 양도대가를 업무무관 가지급금으로 보아 종합소득세를 부과한 처분이 중복과세 등에 해당하여 위법한지 여부에 대하여 본다.

구 상법 제341조에서는 자기주식의 폐해를 막기 위해 회사의 자기주식 보유를 원칙적으로 금지하고, 주식을 소각하기 위한 때 등 극히 예외적인 경우에 한하여 이를 허용하고 있는바, 회사가 특수관계자로부터 자기주식을 취득하였으나 장기간 이를 소각하지 아니하는 등 제반 사정에 비추어 해당 거래가 위법한 자기주식거래로서 무효라고 볼 만한 사정이 발견되는 경우, 과세관청으로서는 법인이 해당 거래를 통해 특수관계자에게 주식 대가로 지급한 금액을 법률상 원인 없이 특수관계자에게 지급한 금액으로서 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 대가지급시부터 주식소각시까지 인정이자 상당액에 대해 법인세와 소득세를 과세하는 한편 주식소각시 주식대가 상당액이 배당된 것으로 보아(의제배당) 배당소득세를 부과할 수 있을 것이고, 다만 이러한 경우는 자산의 양도거래가 유효함을 전제로 하여 그 양도차익에 대해 부과된 양도소득세를 취소함이 타당하며, 양도소득세의 부과제척기간이 도과되는 등의 사정으로 이를 취소하지 아니하면서 다시 배당소득세를 부과하는 것은 동일한 소득에 대한 중복과세에 해당하여 위법하다 할 것이나(대법원 2002.12.26. 선고 2001두6227 판결 등, 같은 뜻임), 주식 거래가 유효함을 전제로 하여 그 양도차익에 대하여 부과되는 양도소득세와 주식 거래가 유효하지 아니함을 전제로 그 주식대가가 법률상 원인 없이 업무와 무관하게 지급된 것이라고 보아 대가 지급시부터 주식 소각시까지의 이자상당액에 대하여 부과되는 법인세나 소득세는 그 과세대상 소득이 동일하다고 보기 어려우므로 자기주식 거래에 대하여 부과된 양도소득세의 부과제척기간이 도과되어 이를 취소하지 못한 채로 해당 거래가 유효하지 아니한 사정이 발견되어 그 주식대가를 업무무관 가지급금으로 보아 소득세와 법인세 등을 부과하더라도 후행 처분이 중복과세에 해당하게 되는 것은 아니라 할 것이다.

이 건의 경우, 쟁점법인이 청구인으로부터 자기주식(쟁점주식)을 취득한 후 10년 이상 그 주식을 소각하지 아니하고 보유한 사실이 확인되고, 이러한 자기주식 취득이 구 상법상 자기주시 취득이 허용되는 예외에 해당하는 사정이 발견되지 아니하므로 쟁점주식 거래는 구 상법에 반하여 위법하고 무효한 거래에 해당한다 할 것이다.

따라서 쟁점법인이 청구인으로부터 쟁점주식을 취득하면서 청구인에게 지급한 대가를 업무와 무관하게 지급한 가지급금으로 보아 그 인정이자 상당액에 대하여 귀속자인 청구인에게 소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점주식 양도대가로 OOO원을 받은 것으로 보아 과세한 처분이 타당한지에 대하여 본다.

청구인이 제출한 민사판결서에 의하면 청구인이 쟁점법인으로부터 쟁점주식의 대가 중 계약금과 중도금 OOO원만 지급받고 잔금 OOO원은 2020년까지 지급받지 못하여 잔금채권이 시효소멸한 것으로 기재되어 있으나, 청구인의 양도소득세 신고서, 쟁점법인의 감사보고서, 쟁점법인의 내부문서 등에 쟁점주식의 거래가액은 OOO원으로 기재되어 있고, 청구인이 제출한 민사판결서는 쟁점법인이 이 건 조사를 받은 이후 청구인과 쟁점법인간에 진행된 민사판결에 따른 것이어서 그 기재내용을 그대로 받아들이기 어려운 면이 있으므로 처분청이 쟁점법인의 장부 등에 기재된 바와 같이 청구인이 쟁점법인으로부터 쟁점주식의 양도대가로 OOO원을 받은 것으로 보아 이 건 종합소득세를 부과함이 타당하다 할 것이다.

(다) 따라서 쟁점법인이 청구인으로부터 쟁점주식을 OOO원에 취득한 것으로 보아 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1)법인세법

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 법인세법 시행령

제53조【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】① 법 제28조제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

(3) 상법＜2001.4.14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것＞

제341조【자기주식의 취득】회사는 다음의 경우 외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다.

1. 주식을 소각하기 위한 때

2. 회사의 합병 또는 다른 회사의 영업전부의 양수로 인한 때

3. 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 때

4. 단주의 처리를 위하여 필요한 때

5. 주주가 주식매수청구권을 행사할 때