[청구번호]

조심 2018광3025 (2019.05.08)

[세 목]

부가

[결정유형]

취소

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[제 목]

쟁점시설물이 기부채납된 것으로 보아 청구법인에게 세금계산서미발급 가산세 및 영세율과세표준무신고 가산세를 부과한 처분의 당부

[결정요지]

XX광역시에서 사업시설과 쟁점시설물 둘 다 무상사용기간을 부여하였다고 하여 쟁점시설물도 사업시설과 같이 기부채납이 필연적으로 이루어져야 한다거나 이루어졌다고 보기 어려운 점, 공유재산법에서 지방자치단체가 무상으로 취득하는 기부채납 재산에 대하여 일정한 절차를 거쳐 권리 보전에 필요한 조치를 하도록 규정하고 있는데, 청구법인과 XX광역시 모두 이에 따른 기부채납 절차를 이행한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점시설물을 기부채납된 것으로 보아 청구법인에게 세금계산서미발급 가산세 및 영세율과세표준무신고 가산세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

[관련법령]

부가가치세법 제66조

[참조결정]

국심2005서4217

[따른결정]

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[주 문]

OOO세무서장이 2017.11.15. 청구법인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2004.3.17. 도로의 건설, 관리 및 운영에 관한 사업 등을 목적으로 설립된 법인으로 설립전인 2004.1.8. 광주광역시와 광주OOO제4구간 중 총연장 4.52㎞(OOO지점 구간)의 도시고속도로 건설(이하 “쟁점고속도로”라 한다) 및 관리운영 등을 사업범위로 하는 민간투자사업 실시협약(이하 “실시협약”이라 한다)을 체결하였고 2007년 쟁점고속도로를 준공하여 2007.6.18. 이를 광주광역시에 기부채납하였으며 2007.7.1.부터 2037.6.30.까지(관리운영기간 30년) 쟁점고속도로에 대한 관리운영권을 부여받아 통행료를 징수하였다.

나. 이후 청구법인은 2012.2.29. 광주광역시와 민간투자사업 변경실시협을 체결하여 관리운영권의 기간을 당초 30년에서 26.25년으로 변경하였고 2015.12.30. 광주광역시와 체결한 전자징수시스템 설치 및 운영에 관한 합의서에 따라 2016년 중 OOO이하 “쟁점시설물”이라 한다)을 설치하였으며, 2017.3.21. 광주광역시와의 민간투자사업 변경실시협약(이하 “쟁점변경실시협약”)을 통해 관리운영권의 기간을 26.25년에서 26.78.으로 변경하였다.

다. 처분청은 쟁점변경실시협약을 통하여 청구법인이 쟁점시설물을 광주광역시에 기부채납한 것으로 보고 영세율세금계산서를 발행하지 아니한 것에 대하여 2017.11.15. 청구법인에게 2017년 제1기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.9. 이의신청을 거쳐 2018.7.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점시설물 소유권은 청구법인에 있고, 쟁점시설물은 기부채납 대상 시설물이 아니며, 실제로도 이를 광주광역시에 기부채납하지 않았다.

(가) 기부채납이란 국가 외의 자가 그 재산의 소유권을 무상으로 국가에 이전하여 국가가 이를 취득하는 것으로 기부채납의 행위가 이루어졌는지 여부에 대한 판단은 쟁점시설물을 누가 보유하고 있는 지에 달려있다.

(나) 실시협약 제5조(사업시설의 귀속)는 실시협약 체결일로부터 운영개시일 전날까지(건설기간) 건설된 사업시설의 경우 준공시점에 주무관청으로 소유권이 이전된다는 의미이며 실시협약 제63조에 의거 윤영개시일 이후(운영기간) 취득한 자산은 청구법인의 소유이고 실시협약이 종료되는 시점에 주무관청에 귀속된다.

즉, 소유권의 자동이전은 OOO사업의 준공시점 이전에 취득․ 건설된 사항에 국한되며 운영(Operate) 개시 이후에 운영비용으로 취득한 자산과는 무관한 사항이다.

(다) 청구법인은 실시협약 제37조 운영비용 제3항 제2호에 따라 주무관청의 요청에 따라 쟁점시설물을 설치하였고 2017.3.21. 쟁점변경실시협약에서 쟁점시설물 설치금액을 운영비용에 반영하였으며 청구법인의 자산으로 처리하여 내용연수 8년을 적용하여 감가상각비를 계상중에 있다.

쟁점시설물이 청구법인의 감사보고서상 재무상태표상에도 청구법인의 유형자산으로 2016년 OOO백만원이 계상되어 전년대비 동 금액만큼 증가하였음을 알 수 있다.

(라) 주무관청인 광주광역시에서 처분청에 회신한 OOO로 4구간 OOO설치 관련 의견회신에서 주무관청에 준공과 동시에 자동 귀속되는 사항은 운영개시일 이전에 건설된 사업시설에 국한되는 것이며 운영기간 중 운영비용을 통해 취득한 쟁점시설물은 청구법인이 취득한 유형자산으로 실시협약이 종료되는 시점에 광주광역시에 소유권이 귀속됨을 명시하였다.

처분청이 주장하는 주무관청 담당 주무관이 구두로 “쟁점시설물만 OOO방식을 취할수 없다”고 진술한 사항은 쟁점시설물의 소유권이 청구법인에게 있다고 해서 본 사업방식이 OOO방식에서 OOO방식으로 변경되는 것이 아니라는 의미이지 쟁점시설물의 소유권이 주무관청에 있다는 의미가 아닐 것이며 위 언급한 공문을 통한 주무관청의 공식적인 답변이 담당 주무관의 구두로 이어진 답변에 우선하여야 한다.

(마) 처분청은 쟁점시설물의 소유가 청구법인이라면 주무관청이 비용을 부담하며 무상사용기간을 연장하여 줄 이유가 없다라고 주장하나, 쟁점시설물의 설치는 민원으로 인해 주무관청의 요구로 설치된 사항(실시협약 제37조 제3항 제2호)으로 주무관청이 설치비용을 실시협약에서 정해진 세 가지 방식(①통행료의 조정, ②무상사용기간의 조정, ③광주광역시의 보조금의 지원)중에서 광주광역시의 열악한 재정상태를 고려하여 주무관청의 예산이 소요되지 않는 무상사용기간의 연장을 통해 현금지원효과를 반영한 것이다. 더욱이 쟁점시설물에 대한 유지관리비용의 경우에는 무상사용기간 연장기간을 산정하는 비용에도 포함되지 않아 청구법인이 모두 부담해야 하는 상황이고 쟁점시설물을 운영하고 추후 교체 또는 유지관리하는 비용 모두 청구법인이 부담하여야 하기 때문에 소유권 유무에 따른 유불리는 없는 상황으로 쟁점시설물의 소유가 청구법인이라면 주무관청이 무상사용기간을 연장하여 줄 이유가 없다.

(바) 따라서 위에서 언급한 청구법인과 주무관청 간의 실시협약 및 쟁점변경실시협약, 주무관청이 처분청에 회신한 공문내용, 청구법인의 재무상태표 등을 감안할 때 쟁점시설물은 기부채납 대상자산이 아닐 뿐만 아니라 청구법인의 소유임이 확실하므로 쟁점시설물에 대하여 기부채납이 이루어 졌다는 과세관청의 주장은 사실을 오인한 것이다.

나. 처분청 의견

다음의 사정들에 비추어 볼 때, 민간투자법에 근거하여 체결된 쟁점변경실시협약에 따른 쟁점시설물은 기부채납대상 자산에 해당되고, 기부채납절차가 완료된 2017.3.21. 쟁점변경실시협약 시점이 쟁점시설물의 공급시기로 봄이 타당하다.

(가) 쟁점시설물의 설치 과정을 살펴보면, ① 2015.12.30. “총사업비 중 설치비 OOO백만원(부가가치세 포함)는 광주시가 부담한다. 다만, 쟁점설치비는 청구법인이 자체 조달하되, 무상사용기간 조정을 통해 소요 설치비를 반영하는 방식“으로 합의서 체결, ② 2016.3.14. 민간투자법 제23조 제1항 및 동법시행령 제20조에 의거 무상사용기간 연장 검토를 OOO에 의뢰, ③ 2016.5.17. 무상사용기간 연장 관련 검토의견서 회신, ④ 2016.12.1. 무상사용기간 연장 방식으로 기부채납가액 산정, ⑤ 2017.3.21. 4차 변경 실시협약으로 사용수익기간 연장 확정 등, 일반적인 사회간접자본시설 기부채납의 절차와 같이 실시협약 단계에서 계약을 체결하고, 그 의사에 따라 승인(승낙)이 있었고, 그 과정에 총사업비 및 사용수익기간을 확정하는 등 기부채납 절차를 준용한 것으로 판단된다.

(나) 실시협약 제5조(사업시설의 귀속)에 따라 본 사업에 의한 본 사업시설의 소유권은 준공과 동시에 광주광역시에 귀속된다고 정의되어 있고, 이후 상기 조항에 대한 변경실시협약이 없는 것으로 보아, 쟁점시설물(민간투자법 제2조 제1호 가목에서 정의하는 도로법 제2조 제2호 ‘다목’에 해당)과 같이 추가로 증설ㆍ개량되는 시설물 등은 실시협약 제5조에 따라 사업시설의 귀속을 판단해야 된다고 보인다.

(다) 실시협약 제63조(협약 종료의 효과)는 쟁점시설물 등 사업시설은 실시협약이 종료되는 시점에 광주광역시에 귀속되고 무상사용기간이 종료된다는 의미로 무상사용기간 조정을 통해 설치비를 반영하는 방식으로 체결된 4차 변경 실시협약의 쟁점시설물이 청구법인 소유라는 의미가 아니라 무상사용기간이 종료 후 반환된다는 의미로 판단된다.

(라) 광주광역시가 처분청에 송부한 공문의 내용에 대해 담당주무관은 “청구법인과 광주광역시의 실시협약 추진방식은 OOO방식으로 쟁점시설물만 별개로 OOO방식을 취할 수는 없다”고 진술하였다.

(마) 기부채납시 공급시기를 판단함에 있어 기부채납절차가 완료되는 때를 언제로 볼 것이냐는 사안에 따라 판단해야 할 것(재정경제부 재소비 46015-209, 2002.8.8. 및 국심 2005서4217, 2006.5.30. 참조)으로 청구법인과 광주광역시와 쟁점시설물에 대한 무상사용기간 연장을 확정한 2017.3.21. 4차 변경 실시협약시 기부채납절차가 완료되어 기부채납이 이루어졌다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점시설물이 광주광역시에 기부채납된 것으로 보아 청구법인에게 세금계산서미발급 가산세 및 영세율과세표준무신고 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우 : 재화의 공급이 확정되는 때

제60조(가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 이 경우 제1호 또는 제2호가 적용되는 부분은 제3호부터 제5호까지를 적용하지 아니하고, 제5호가 적용되는 부분은 제3호 및 제4호를 적용하지 아니한다.

2. 제34조에 따른 세금계산서의 발급시기가 지난 후 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 공급가액의 2퍼센트

(2) 국세기본법

제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

2. 「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고하거나 신고하지 아니한 경우: 제1항 각 호의 구분에 따른 금액에 그 과소신고되거나 무신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 더한 금액

(3) 조세특례제한법

제105조(부가가치세 영세율의 적용) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2018년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.

3의2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역

(4) 사회기반시설에 대한 민간투자법

제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(제2호에 해당하는 경우는 제외한다)

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용·수익하는 방식

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되는 방식

5. 민간부문이 제9조에 따라 사업을 제안하거나 제12조에 따라 변경을 제안하는 경우에 해당 사업의 추진을 위하여 제1호부터 제4호까지 외의 방식을 제시하여 주무관청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식

6. 그 밖에 주무관청이 제10조에 따라 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식

제28조(권리의 변경 등) ① 관리운영권 또는 관리운영권을 목적으로 하는 저당권의 설정·변경·소멸 및 처분의 제한은 주무관청에 갖추어 두는 관리운영권 등록원부에 등록함으로써 그 효력이 발생한다.

제29조(시설사용 내용의 변경) ① 주무관청은 제25조 제1항 및 제2항에 따른 시설사용 내용을 변경할 수 없다. 다만, 국가 또는 지방자치단체가 직접 공용 또는 공공용으로 사용하기 위하여 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 해당 사업시행자와 협의하여 시설사용 내용을 변경할 수 있다.

② 제1항 단서에 따른 시설사용 내용의 변경으로 인하여 해당 사업시행자에게 손해가 발생하였을 때에는 해당 시설을 사용한 행정기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 손해를 보상하여야 한다.

(5) 공유재산 및 물품 관리법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "기부채납"이란 지방자치단체 외의 자가 제4조 제1항 각 호에 해당하는 재산의 소유권을 무상으로 지방자치단체에 이전하여 지방자치단체가 이를 취득하는 것을 말한다.

제7조(기부채납) ① 지방자치단체의 장은 제4조 제1항 각 호의 재산을 지방자치단체에 기부하려는 자가 있으면 대통령령으로 정하는 바에 따라 받을 수 있다.

제9조(공부 등록 등) ① 지방자치단체의 장은 공유재산을 취득하거나 기부채납을 받으면 법령에서 정하는 바에 따라 지체 없이 등기ㆍ등록이나 그 밖에 권리 보전에 필요한 조치를 하여야 한다.

② 부동산이나 그 밖의 권리에 해당하는 공유재산으로서 등기 또는 공부(公簿)에 등록이 필요한 공유재산의 권리자 명의는 해당 지방자치단체로 한다.

(6) 공유재산 및 물품 관리법 시행령

제5조(기부채납) ① 지방자치단체의 장은 법 제7조 제1항에 따라 기부(寄附)를 받아들일 때에는 기부자로부터 다음 각 호의 사항을 분명하게 적은 기부서와 권리 확보에 필요한 서류를 받아야 한다. 이 경우 지방자치단체의 장은 필요한 경우 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 재산의 건물등기사항증명서 또는 토지등기사항증명서, 건축물대장, 토지대장, 임야대장, 지적도나 임야도 등을 확인하여야 한다.

1. 기부할 물건의 표시

2. 기부자의 명칭, 성명(법인의 경우는 그 대표자의 성명) 및 주소

3. 기부의 목적

4. 기부할 물건의 가격

5. 기부할 물건의 도면

② 지방자치단체의 장은 대표자가 기부하는 경우에는 그 대표자임을 증명하는 서류와 각 기부자의 성명ㆍ주소 및 기부 재산 등을 적은 명세서를 제1항의 기부서에 첨부하게 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2004.1.18. 청구법인과 광주광역시는 다음 사항을 주요내용으로 하는 실시협약을 체결하였고, 그 내용에서 “본 사업시설”에 해당하는 시설은 준공과 동시에 귀속되는 광주광역시에 기부채납(귀속)하도록 하였으며 본 사업시설에는 요금징수시설(TCS)는 포함되나, 쟁점시설물은 제37조에 따른 운용비용 증감에 해당하는 사항으로 열거되어 있다.

(2) 2007.6.18. 청구법인은 실시협약 제5조에 따른 사업시설의 귀속에 따라 “본 사업시설”을 광주광역시에 기부채납하였고 광주광역시에 OOO의 영세율 매출세금계산서를 발행하였다.

(3) 2015.12.31. 청구법인과 광주광역시는 쟁점시설물 관련 합의서를 체결하였고, 이 때 총사업비 중 설치비 OOO백만원은 광주광역시가 부담하며 운영비는 청구법인이 부담하기로 하였다. 다만, 광주광역시 부담분은 무상사용기간을 조정하여 반영하기로 하였다.

(4) 2017.3.21. 청구법인과 광주광역시는 쟁점시설물 설치와 관련하여 무상사용기간을 26.78년(2034.4.9.까지)으로 변경하는 쟁점변경실시협약을 체결하였다.

(5) 광주광역시는 처분청에 발송한 쟁점시설물 설치관련 의견회신 문서를 발송하여 실시협약체결일(2004.1.8.)부터 운영개시일(2007.7.1.) 전날까지 건설된 사업시설은 실시협약 제5조에 따라 광주광역시에 기부채납(귀속)되었고 쟁점시설물은 운영기간 중 청구법인이 취득한 유형자산으로 실시협약 제63조에 따라 실시협약이 종료되는 시점(2034.4.9.)에 광주광역시에 귀속된다고 회신하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

처분청은 쟁점시설물이 기부채납대상 자산에 해당되고 2017.3.21. 기부채납절차가 완료된 것으로 보아야 한다는 의견이나,

청구법인과 광주광역시가 체결한 실시협약 제2조, 제5조, 제37조에 따르면 쟁점시설물은 광주광역시에 귀속되어야 하는 사업시설이 아닌 운영비용에 해당하는 것으로 보이고, 실제로도 광주광역시가 이에 대한 비용을 부담하기로 하여 쟁점고속도로의 무상사용기간을 연장한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 실시협약 제2조에 따라 사업시설을 광주광역시에 기부채납하기 위하여 관련 법령(현행「공유재산 및 물품 관리법 시행령」제5조 제1항으로, 이하 「공유재산 및 관리법」을 “공유재산법”이라 한다)에 따라 기부서를 작성하고 광주광역시에 이를 기부함과 동시에 이에 대한 영세율 세금계산서도 발행한 반면, 쟁점시설물에 대해서는 이러한 절차를 이행하지 아니했을 뿐만 아니라 광주광역시도 쟁점시설물은 청구법인의 자산으로 실시협약이 종료되는 시점에 광주광역시에 귀속된다고 밝히고 있는 점, 광주광역시에서 사업시설과 쟁점시설물 둘 다 무상사용기간을 부여하였다고 하여 쟁점시설물도 사업시설과 같이 기부채납이 필연적으로 이루어져야 한다거나 이루어졌다고 보기 어려운 점, 공유재산법에서 지방자치단체가 무상으로 취득하는 기부채납 재산에 대하여 일정한 절차를 거쳐 권리 보전에 필요한 조치를 하도록 규정하고 있는데, 청구법인과 광주광역시 모두 이에 따른 기부채납 절차를 이행한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점시설물을 광주광역시에 기부채납된 것으로 보아 청구법인에게 세금계산서 미발급가산세 및 영세율과세표준 무신고가산세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다.