[청구번호]

조심 2018서3093 (2019.02.01)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

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[제 목]

관계기업 판단시 매출액 산정의 기준시점을 직전 사업연도 종료일로 하여야 한다는 청구주장의 당부 등

[결정요지]

2014.2.21. 개정된「조세특례제한법 시행령」제2조 제4항 및 2014.3.14. 개정된 같은 법 시행규칙 제2조 제8항의 개정(신설) 취지가「조세특례제한법」상 관계기업 적용 여부의 판단시점에 대한 명시적 사항이 없어 종전에 예규로 해석해 오던 사항을 명확하게 하기 위해 선언적으로 규정한 것에 불과한 점, 「중소기업기본법 시행령」제3조의2 제1항에서 직전 사업연도 말일을 기준으로 지배 또는 종속관계 여부를 판단하도록 하고 있다 하더라도 조세정책적 차원에서 세법에 달리 규정하는 사항이 있다면 이를 우선적으로 적용하는 것이 조세법률주의에 부합하다고 보여지는 점 등에 비추어 처분청이 관계기업 적용시 지배․종속관계의 판정 시점을 당해 사업연도 종료일 기준으로 하여 청구법인의 경정청구에 대하여 거부처분한 것은 잘못이 없는 것으로 판단됨.

[관련법령]

소득세법 제21조 / 소득세법 제127조

[참조결정]

조심2017부4691 / 조심2016전3216 / 조심2018중0786

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO되어 모바일 게임 및 온라인 네트워크 게임서비스를 제공하고 있는 법인으로, 2013～2016사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조에 따른 중소기업이 아닌 일반기업으로 보아「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따른 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용시 일반기업 공제율로 계산하고 중소기업 특별세액감면을 적용하지 아니하였으며, 2012～2016사업연도 법인세 신고시 청구법인이 연구개발 전담직원에 대하여 납입한 확정기여형 퇴직연금보험료(이하 “쟁점퇴직연금보험료”라 한다)를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용에서 누락하였다.

나. 청구법인은 2017.11.21. 청구법인을 조특법 시행령 제2조에 따른 중소기업으로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제 및 중소기업 특별세액감면을 적용하고, 쟁점퇴직연금보험료를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용으로 포함하여 아래 ＜표1＞과 같이 2012～2016사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2018.3.27., 2018.6.20. 관계기업 기준 적용시 지배‧종속관계의 판정 시점은 당해 사업연도 종료일을 기준으로 하여야 하고, 연구개발 전담인원에 대한 쟁점퇴직연금보험료를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비로 볼 수 없다는 이유로 거부처분을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 2013사업연도 중소기업 판정시 관계기업 기준 적용과 관련하여 지배‧종속 관계의 판정 시점은 직전 사업연도(2012사업연도) 종료일을 기준으로 하여야 한다.

(가) 청구법인의 2013사업연도 중소기업 판정과 관련하여 당시 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호는 ‘실질적인 독립성’을「중소기업기본법 시행령」(이하 “중기법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항 제2호에 따를 것을 요구하고 있었고, 같은 법 시행규칙 제2조는 중소기업 판정을 위하여 상시 종업원 수‧자기자본‧자본금‧매출액‧자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 규정하고 있었으나, 관계기업 기준의 판정시점에 대하여는 별도로 규정하지 아니하였다.

한편 중기법 시행령 제2조 및 제3조 제1항 제2호, 제3조의2에서 ‘관계기업’이라 함은「주식회사의 외부감사에 관한 법률」(이하 “외감법”이라 한다) 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말하고, ‘지배 또는 종속’의 관계를 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 지배하는 경우 그 기업과 그 다른 국내기업의 관계를 말한다고 규정하고 있다.

따라서 조특법에서는 관계기업 기준 적용시 지배‧종속 관계의 판정 시점에 대하여 별도의 규정 없이 중기법 시행령을 따르도록 하고 있었고, 해당 법령에 따르면 지배‧종속 관계의 판정 시점은 직전 사업연도 말일로 하도록 하고 있었던바, 청구법인의 관계기업 기준 적용과 관련한 지배‧종속 관계의 판정시점은 직전 사업연도 종료일(2012사업연도말)이 되어야 한다.

만약 처분청 의견과 같이 관계기업 해당 여부를 2012사업연도말이 아닌 2013사업연도말 기준으로 판정하는 것은 법률 해석의 한계를 벗어나는 행정편의주의적인 확장해석 또는 유추적용으로서 조세법률주의에 위배된다OOO.

(나) 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호, 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호, 제2조, 제3조의2, 외감법 제2조를 직접적인 근거 법령으로 하면 직전 사업연도 종료일을 기준으로 실질적인 독립성 여부를 판단할 수 있기 때문에 유추적용을 할 필요성이 없었음에도 이 건 거부처분은 특정한 법률 규정에 근거를 두지 않은 채 매출액 등 다른 기준에 적용되는 시점과 동일한 시점으로 유추적용을 한 점에서도 엄격해석을 원칙으로 하는 조세법률주의에 위배된다.

(다) 법률의 적용에 있어서 납세자에게 불리한 소급 적용은 특별한 사정이 없다면 허용되지 아니하는바, 개정 조특법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 것) 제2조 제8항이 관계기업 여부의 판단시점을 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다고 규정하였더라도 해당 부칙에서 2014.3.14. 이후부터 시행되는 것으로 한 이상 청구법인의 2013사업연도 중소기업 판정과 관련된 이 건 사실관계에는 적용될 수 없다.

위 조특법 시행규칙 제2조 제8항의 개정이 관계기업의 판단 시점을 명확하게 정하기 위한 것이라고 하더라도 개정 전 사실관계에 대해서 임의로 동 규정을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 반하고, 또한 처분청은 동 개정 사항이 종전에 예규로 해석해 오던 사항을 시행규칙에 규정한 것뿐이라는 의견이나, 예규는 행정청 내부에서 하급기관을 구속하는 효력은 있으나 대외적으로 법규성을 가진다고 볼 수 없으므로 개정 조특법 시행규칙의 소급 적용을 허용하는 근거가 될 수는 없다.

(라) 한편 법원에서도 2013사업연도 당시 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호, 제1항 제3호가 관계기업과 관련하여 해당 법규에 직접 그 의미를 정하지 않은 채 중기법 시행령에서 정한 바를 따르고 있었고, 동 시행령에서는 관계기업 판정 시점을 직전 사업연도 말로 하고 있었다는 점 등을 논거로 관계기업 판정 시점을 직전 사업연도 종료일로 판시하고 있다OOO.

(2) 청구법인이 연구개발 전담부서 직원들을 대상으로 납입한 쟁점퇴직연금보험료는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 인건비에 해당한다.

(가) 조특법 시행령 제8조 및 별표 6의 ‘인건비’란 그 명칭 여하에 불구하고 피용자에게 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 일체의 것을 의미하므로 쟁점퇴직연금보험료는 청구법인이 연구개발 전담부서 직원들에게 근로의 대가로 유상으로 지급한 인건비로 보아야 한다.

조특법상 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 별도로 퇴직연금보험료를 제외한다는 규정은 없는바, OOO, OOO, OOO 등의 각종 보험료를 동 인건비에 포함시키면서 이와 유사한 성질의 퇴직연금보험료만을 그 대상에서 제외하는 것은 타당하지 아니하다.

(나) OOO은 쟁점퇴직연금보험료와 같은 퇴직연금보험료를 조특법상 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용으로 판시하고 있다OOO.

OOO은 퇴직연금보험료는 연구개발 전담인원에게 지급하는 ‘인건비’로서 조특법상 인건비와 관련하여 별도로 퇴직연금보험료를 제외한다는 규정을 두고 있지 않고 퇴직연금보험료는 실제로 지출되며 과세연도별 및 대상 근로자별로 그 지출액을 특정할 수 있다는 점, 퇴직연금보험료는 연구 및 인력개발 활동에 직접적으로 대응한다는 점, 조특법 시행령이 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 별표 6에서 ‘퇴직급여충당금’을 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에서 제외한다는 단서 규정을 추가하면서도 ‘퇴직연금보험료’를 이러한 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않은 것은 ‘퇴직연금보험료’를 ‘인건비’에 포함시키려는 입법의도가 있었던 것으로 볼 수 있는 점 등을 근거로 쟁점퇴직연금보험료과 같은 확정기여형 퇴직연금보험료를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용으로 인정하였다.

(다) 처분청은 위 (나) OOO 판례의 해당 사업연도 이후 조특법 시행령이 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되면서 인건비의 범위에서 퇴직소득 및 퇴직급여충당금이 제외되었기 때문에 시행일 이후 납입한 쟁점퇴직연금보험료는 조특법상 연구 및 인력개발비 대상에서 제외되어야 한다는 의견이나, 아래와 같은 이유로 부당하다.

첫째, 확정기여형 퇴직연금보험료는 퇴직소득 및 퇴직급여충당금으로 볼 수 없고, 둘째, OOO 판례에서도 인건비 제외 단서 규정을 추가하면서 퇴직연금보험료를 동 인건비에서 제외한다는 규정을 두지 않은 것에 대하여 퇴직연금보험료를 인건비에 포함시키려는 입법의도가 있었던 것으로 인정하였으며, 셋째, 조특법 시행령 개정 사유를 보면 기존의 통칙(조특법 통칙 9-8...1)에 규정된 인건비 범위를 시행령에서 직접 규정하기 위함으로 명시하고 있는바, 인건비에서 제외되는 단서 조항은 창설적 조항이 아닌 확인적 조항으로 해석되어야 한다.

(라) 처분청은 청구법인이 제시한 OOO 판결이 2012.2.2. 조특법 시행령 별표6의 개정으로 인해 이 건 심판청구에 적용될 수 없고 쟁점퇴직연금보험료는 퇴직급여의 성격에 해당하므로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 않는다는 의견이나, 동 판결은 확정기여형 퇴직연금보험료가 근로자에게 확정적으로 귀속되는 금액이고 비용 추산액인 퇴직급여충당금과 달리 근로자별로 실제 지출된 비용이라는 점을 근거로 원심 판결을 유지하였고, 2012.2.2. 개정된 조특법 시행령 별표6은 특정 과세연도에 확정적으로 귀속되지 않고 금액도 특정할 수 없는 퇴직소득과 퇴직급여충당금에 대해서 세액공제를 배제하는 규정인 점에서 위 대법원 판결 논리를 반영하여 개정한 것이다.

만약 위 개정 시행령 별표6이 특정 과세연도에 확정되고 금액도 확정할 수 있는 확정기여형 퇴직연금제도에 대해서도 세액공제를 배제하고자 하였다면 조문에서 퇴직소득과 퇴직급여충당금으로 규정할 것이 아니라 퇴직연금제도 자체를 배제하도록 규정했어야 할 것이다.

(마) 처분청은 사용자가 확정급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금 제도를 설정한 경우와 달리 확정기여형 퇴직연금보험료의 경우에만 조특법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면 사용자가 어떤 퇴직급여 제도를 선택하는지에 따라 조특법상 세액공제 여부가 달라지는 점에서 불합리하다는 의견이나, 위 대법원 OOO 판결은 세액공제 해당 여부를 퇴직연금보험료가 확정적으로 귀속되는지 여부 및 실제 지출된 비용인지 여부를 기준으로 판단하였고 이에 따라 2012.2.2. 개정된 조세특례제한법 시행령 별표6에서도 위 두 가지 기준에 부합하지 않는 퇴직급여와 퇴직급여충당금에 대하여만 세액공제를 배제하도록 규정한 이상, 사용자가 선택한 퇴직급여제도에 따라 조특법상 세액공제 여부가 달라지는 것은 별론으로 하더라도 해당 문언에 충실하게 세액공제 해당 여부를 해석 및 적용하는 것이 조세법률주의에 부합하는 타당한 해석이라 할 것이다.

(바) 처분청 의견과 같이 만약 확정급여형 퇴직연금보험료에 대하여 2012.2.2. 개정된 조특법 시행령 별표6을 적용할 경우에도 아래와 같이 불합리한 결과가 발생할 수 있다.

근로자가 자신의 선택으로 퇴직연금을 연금으로 수령하는 경우 동 소득은 연금소득으로 구분되어 세액공제의 대상이 될 가능성이 있는데 반하여, 근로자가 퇴직연금을 퇴직소득의 형태로 수령할 경우에는 조특법 시행령 별표6에 따라서 세액공제 대상에서 배제될 것인데, 이는 근로자의 사후 선택에 따라 규정의 적용여부가 달라질 수 있다는 점에서 합리적이지 아니하다.

따라서 근로자 또는 사용자의 임의적인 선택에 따라 세액공제 대상이 결정될 수 있는 판단 기준을 적용할 것이 아니라 OOO의 판시 내용 및 2012.2.2. 개정된 조특법 시행령 별표6의 취지에 따라서 쟁점퇴직연금보험료가 확정적으로 귀속되는지 여부 및 실제 지출된 비용인지 여부를 기준으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 여부를 판단하는 것이 타당하다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 2013사업연도 중소기업 판정시 관계기업 기준 적용과 관련하여 지배‧종속 관계의 판정 시점은 해당 사업연도(2013사업연도) 종료일을 기준으로 하여야 한다.

(가) 청구법인은 관계기업 기준의 판정시점이 조특법에 규정되어 있지 아니하므로 중기법 시행령에 따라 직전 사업연도 말일을 기준으로 판단하여야 한다고 주장하나, 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업 해당 여부나 유예 여부는 ‘조특법령’에 따라 판단하여야 하고, ‘중기법령’에 의하여 판단할 수는 없는 것인바OOO, 중기법 시행령 제3조의2 제1항에서 직전 사업연도 말일을 기준으로 지배‧종속관계 여부를 판단하도록 하고 있더라도 조세정책상 세법에 달리 규정하는 사항이 있다면 이를 우선적으로 적용하는 것이 조세법률주의에 부합한다.

(나)「중소기업기본법」은 중소기업을 지원‧육성하고자 하는 목적으로 설립된 법이므로 중소기업인지 여부를 직전 사업연도 기준으로 판단하여 해당 사업연도 중에 제반 지원을 하여야 할 것이나, 조특법은 해당 과세연도의 과세표준 및 세액을 계산함에 있어 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하기 위한 법이므로 입법 취지가 다르고,

법인세의 납세의무는 해당 사업연도가 끝나는 때에 성립되므로 과세 여부 및 납세의무의 범위는 그 때 결정된다고 할 것인바, 청구법인이 관계기업에 해당하여 조특법상 각종 세제혜택을 받을 수 없게 되는지 여부도 과세연도가 끝나는 시점에 판정하는 것이 타당하다.

따라서 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’인지 여부는 조특법 시행령 부칙(대통령령 제22583호) 제1조 단서에 따라 관계기업 규모기준이 도입되어 시행된 2012.1.1. 이후의 해당 과세연도 종료일을 기준으로 판단하여야 할 것이다.OOO

(다) 청구법인은 관계기업에 속하는 기업인지의 판단을 ‘과세연도 종료일 현재’를 기준으로 한다는 내용의 개정 조특법 시행규칙 제2조 제8항은 해당 부칙에 따라 2014.3.14. 이후부터 시행되는 것이므로 이 건에 적용될 수 없다고 주장하나, 이는 종전에 예규로 해석해 오던 사항을 시행규칙에 규정한 것으로 2014.3.14 기획재정부령 제406호로 개정된 조특법 시행규칙 제2조 제8항에서 ‘관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다’라고 규정한 것은 이를 명확하게 하기 위한 것일 뿐이다OOO.

(라) OOO 심판례OOO 및 법원 판례OOO에서도 관계기업 판정 시점을 아래와 같은 사유로 해당 과세연도 종료일로 판단하도록 판시하였다.

조특법의 입법취지에 비추어 볼 때 법인세 등의 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정되는 해당 과세연도 종료일을 기준으로 관계기업 규모기준을 충족하는지를 살펴 조특법에 따른 세제혜택의 적용 여부를 판단함이 합리적이고, 조특법에 중소기업 해당 여부의 판단 기준으로 매출액 외에도 상시 종업원 수, 자기자본, 자산총액을 대등적‧병렬적으로 규정하고 있는데 이들은 모두 과세연도 종료일을 기준으로 판단하도록 규정하고 있으며, 2014.3.14. 개정된 조특법 시행규칙 제2조 제8항의 개정취지는 중소기업 판정시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 한 것이다.

(2) 청구법인이 납입한 쟁점퇴직연금보험료는 ‘퇴직급여의 성격’에 해당하므로 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 인건비에 해당하지 아니한다.

(가) 쟁점퇴직연금보험료와 같은 확정기여형 퇴직연금보험료는 퇴직하는 때에 연금 또는 일시금 형태로 지급하기 위한 퇴직급여의 성격인바, 개정 전 조특법 시행령 별표6에는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 인건비 범위에 대하여 명시적 규정이 없었으나 2012.2.2. 개정시 퇴직소득 및 퇴직급여충당금에 해당하는 금액은 세액공제 대상 인건비에서 제외함을 명문으로 규정하였다.

청구법인이 원용한 OOO 판결은 해당 과세대상 연도가 2007～2010사업연도로 조특법 시행령 별표6이 2012. 2.2. 개정되기 전의 세액공제 대상 인건비에 대하여 법령상 명시적 규정이 없다는 이유로 과세관청이 패소한 사건으로 이 건에 적용될 판례가 될 수 없다.

(나) 연구 및 인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발 전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에 기업의 기술‧인력 개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가 있으므로 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것인바, 청구법인이 납입한 쟁점퇴직연금보험료는 퇴직급여 제도의 하나로서「소득세법」제22조에서 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점,「근로자퇴직급여 보장법」및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점퇴직연금보험료와 같은 확정기여형 퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이고 해당 과세연도의 연구 및 인력개발비에 직접 대응되는 비용으로 보기 어렵다OOO.

(다)「근로자퇴직급여 보장법」에 의하면 사용자는 퇴직급여제도 중 하나 이상의 제도를 설정하여야 하는데, 확정기여형 퇴직연금제도와 확정급여형 퇴직연금제도 및 퇴직금제도 중 어느 제도를 설정할지는 사용자의 선택에 맡겨져 있다.

사용자가 확정급여형 퇴직연금제도 또는 퇴직금제도를 설정한 경우에는 퇴직금, 퇴직급여충당금, 중간정산퇴직금은 조특법상 세액공제대상이 되는 인건비에 해당하지 않는데 반하여, 확정기여형 퇴직연금보험료의 경우에만 조특법상 세액공제의 대상이 되는 인건비에 포함된다고 본다면 사용자가 어떤 퇴직급여제도를 선택하는지에 따라 조특법상 세액공제 여부가 달라지게 되는 불합리한 결과를 가져오게 되는 점에서도 청구주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인의 2013사업연도 중소기업 판정시 관계기업기준 적용과 관련하여 지배‧종속관계의 판정 시점을 직전 사업연도OOO 종료일 기준으로 하여야 하는지 아니면 당해 사업연도OOO 종료일 기준으로 하여야 하는지 여부

② 청구법인이 납입한 쟁점퇴직연금보험료가「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인 인건비에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 외감법 제2조에 따른 외부감사 대상으로, 2012사업연도말 기준 주식 30%이상 보유하면서 최대출자자인 국내 종속기업은 없으나 2013사업연도말 기준 주식 30%이상 보유하고 최대출자자인 국내 종속기업은 OOO 주식회사 등 3개 법인으로 나타난다.

(2) 청구법인은 2013사업연도에 처음으로 자기자본 OOO 원을 초과하였다.

(3) OOO에서 발간한 2013 간추린 개정세법 내용에 의하면, 2014.3.14. OOO 제406호로 개정된 조특법 시행규칙 제2조 제8항 개정(신설) 취지에 대해 중소기업 판단시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 함을 명확히 규정하기 위한 것으로 기술하고 있고, 2012.2.2. 대통령령 23590호로 개정된 조특법 시행령 별표6의 개정 취지는 다음과 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 중소기업 판정시 관계기업 기준 적용과 관련하여 당시 조특법령은 지배‧종속 관계의 판정 시점에 대하여 별도의 규정 없이 중기법 시행령을 따르도록 하고 있었고 해당 법령에 따르면 지배‧종속 관계의 판정 시점은 직전 사업연도 말일로 하도록 하고 있었으므로 청구법인의 관계기업 기준 적용과 관련한 지배‧종속 관계의 판정시점은 직전 사업연도 종료일OOO이 되어야 한다고 주장한다.

(나) 그러나 법인세의 납세의무는 사업연도가 끝나는 때 성립되므로 해당 법인의 과세 여부 및 납세의무의 범위는 그 때 결정된다고 할 것이므로 관계기업에 해당하여 조특법상 각종 혜택을 받을 수 없게 되는지 여부도 당해 과세연도가 끝나는 시점의 상시 근로자수 등으로 판정하는 것이 타당하다고 보이는 점, 2014.2.21. 개정된 조특법 시행령 제2조 제4항 및 2014.3.14. 개정된 같은 법 시행규칙 제2조 제8항의 개정(신설) 취지가 조특법상 관계기업 적용 여부의 판단시점에 대한 명시적 사항이 없어 종전에 예규로 해석해 오던 사항을 명확하게 하기 위해 확인적으로 규정한 것에 불과한 점, 중기법 시행령 제3조의2 제1항에서 직전 사업연도 말일을 기준으로 지배‧종속관계 여부를 판단하도록 하고 있다 하더라도 조세정책적 차원에서 세법에 달리 규정하는 사항이 있다면 이를 우선적으로 적용하는 것이 조세법률주의에 부합하다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 관계기업 적용시 지배‧종속관계의 판정 시점을 당해 사업연도 종료일 기준으로 하여 청구법인의 경정청구에 대하여 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 조특법 시행령 제8조 및 별표 6에서 규정하는 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 피용자에게 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 일체의 것을 의미하므로 청구법인이 연구개발 전담부서 직원들에게 근로의 대가로 지급한 쟁점퇴직연금보험료는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용으로 보아야 한다고 주장한다.

(나) 그러나, 2012.2.2. 개정된 조특법 시행령 별표6의 제1호 가목 1) 괄호에서 인건비 중「소득세법」제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및「법인세법」제33조에 따른 퇴직급여충당금을 인건비에서 제외하도록 규정하고 있고,「소득세법」제22조 제1항 제2호에서 사용자 부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 확정기여형 퇴직연금제도에 가입한 근로자는 원칙적으로 퇴직하는 때에 비로소 연금 또는 일시금의 형태로 퇴직급여를 지급받을 수 있는 점,「근로자 퇴직급여 보장법」및 같은 법 시행령은 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도에 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하여 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이고 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접 대응되는 비용으로 보기는 어렵다 할 것이므로 이를 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당되지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분도 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2014.1.1 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제5조(중소기업 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.(각 호 생략)

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, …(중략)… 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원 수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원 수‧자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(2-1) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21 대통령령 제25211호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위) ④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원 수‧자기자본‧자본금‧매출액‧자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업의 범위) ② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원 수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원,「소득세법 시행령」제20조에 따른 일용근로자,「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및「근로기준법」제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원 수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.

③ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표(이하 이 조에서 "재무상태표"라 한다)상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다.

④ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 재무상태표상의 자산총액으로 한다.

(3-1) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위) ⑧ 영 제2조 제4항에 따른「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.

부칙 ＜기획재정부령 제406호, 2014.3.14.＞

제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제27조 제2항 제1호 각 목 외의 부분 전단, 같은 항 제2호 각 목 외의 부분 및 제27조의3의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행한다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계기업”이란「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

제3조(중소기업의 범위) ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업.(단서 생략)

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나. 가목에 해당하는 개인의 친족

(5) 조세특례제한법(2012.6.2. 법률 제11486호로 개정되기 전의 것)

제9조(연구‧인력개발준비금의 손금산입) ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구‧인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구‧인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구‧인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

제10조(연구‧인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구‧인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구‧인력개발비에 대해서만 적용한다.(단서 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구・인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구・인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구‧인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(6) 조세특례제한법 시행령(2012.8.31. 대통령령 제24077호로 개정되기 전의 것)

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표6의 비용을 말한다.

＜2012.2.2. 개정＞

(7) 근로자퇴직급여 보장법

제17조(급여 종류 및 수급요건 등) ① 확정급여형퇴직연금제도의 급여 종류는 연금 또는 일시금으로 하되, 수급요건은 다음 각 호와 같다.

1. 연금은 55세 이상으로서 가입기간이 10년 이상인 가입자에게 지급할 것. 이 경우 연금의 지급기간은 5년 이상이어야 한다.

2. 일시금은 연금수급 요건을 갖추지 못하거나 일시금 수급을 원하는 가입자에게 지급할 것

제19조(확정기여형퇴직연금제도의 설정) ② 제1항에 따라 확정기여형퇴직연금제도를 설정하는 경우 가입기간에 관하여는 제14조를, 급여의 종류, 수급요건과 급여 지급의 절차·방법에 관하여는 제17조 제1항, 제4항 및 제5항을, 운용현황의 통지에 관하여는 제18조를 준용한다. 이 경우 제14조 제1항 중 “제13조 제3호”는 “제19조 제6호”로, 제17조 제1항 중 “확정급여형퇴직연금제도”는 “확정기여형퇴직연금제도”로 본다.