[청구번호]

조심 2018중4073 (2018.11.23)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

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[제 목]

2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된「조세특례제한법 시행령」부칙 제22조(소기업 범위에 관한 경과조치)에 따라 청구법인이 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당하는지 여부

[결정요지]

기업의 소득세 및 법인세는 해당 과세기간의 매출액 등을 기준으로 하여 적용하고, 개정법률의 시행일인 2016.1.1. 현재의 기업의 지위는 2016.1.1.이 속하는 과세기간에는 동일하게 적용되는 것이므로 개정 조특법 시행령 부칙 제22조의 “시행 당시”의 기업의 지위는 2016.1.1.이 속하는 과세기간의 매출액 등을 기준으로 결정됨이 타당해 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

[관련법령]

조세특례제한법 제7조 / 조세특례제한법 시행령제6조 / 조세특례제한법 시행규칙제2조 / 조세특례제한법 시행규칙제5조

[참조결정]

조심2017전4105 / 조심2018서1776

[따른결정]

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[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인(제조/의료기기)은 2016․2017사업연도 법인세를 신고하면서 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하였으나, 이후 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」(이하 “개정 조특법 시행령”이라 하고, 그 전의 것을 “종전 조특법 시행령”이라 한다) 부칙 제22조를 적용할 경우 소기업에 해당하므로 중소기업특별세액감면 적용대상이라고 보아 2016․2017사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 청구법인의 2016사업연도 및 2017사업연도의 매출액이 각각 OOO억원, OOO억원으로 종전 및 개정 조특법 시행령 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하여 중소기업특별세액감면 적용대상이 아니라고 보아 2018.7.27. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

개정 조특법 시행령 부칙 제22조에 의하면 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”고 규정하고 있는바, 법률 제13560호 일부개정법률 시행 당시(2016.1.1.) 종전 조특법 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업 기준만 충족하면 2019년까지는 중소기업특별세액감면을 적용할 수 있는바, 청구법인은 2015사업연도에 매출액 OOO억원, 근로자수 24명으로 소기업 요건을 충족하였으므로 2016～2019사업연도까지 감면을 적용받을 수 있다(조심 2017전4105, 2018.2.12. 같은 뜻임).

나. 처분청 의견

(1) 개정 조특법 시행령 제6조 제5항과 관련한 경과규정인 부칙 제22조를 보면 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”고 규정하고 있는데, 여기서 “종전 조특법 시행령에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 2016.1.1. 이후 개정 조특법 시행령에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우”란, 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도의 직전 과세연도에 종전 조특법 시행령에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 종전 조특법 시행령에 의해서는 소기업에 해당하나 개정 조특법 시행령에 따라서는 소기업에 해당되지 않는 경우를 의미하는 것이다.

(2) 청구법인은 2015사업연도에는 소기업 기준을 충족하였으나, 2016사업연도 매출액은 OOO억원이고, 2017사업연도 매출액은 OOO억원이므로 종전 조특법 시행령(매출액 OOO억원 미만)이나 개정 조특법 시행령(매출액 OOO억 이하) 둘 중 어느 규정을 적용하더라도 매출액 기준 초과로 소기업에 해당하지 아니하는바, 개정 조특법 시행령 부칙 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치)의 적용대상에 해당하지 아니한다(조심 2018서1776, 2018.6.21. 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」 부칙 제22조(소기업 범위에 관한 경과조치)에 따라 청구법인이 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. (후단생략)

1. 감면 업종

마. 제조업

2. 감면 비율

가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10

나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20

다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)

제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.

부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세와 관한 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것)

제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업 중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(4) 조세특례제한법 시행규칙

제2조【중소기업의 범위】④ 「조세특례제한법 시행령」(이하 "영"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액으로 한다.

⑧ 영 제2조 제4항에 따른 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다. (2014.3.14. 신설)

제5조【소기업의 매출액】영 제6조 제5항에 따른 매출액은 제2조 제4항에 따른 매출액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고시 중소기업특별세액감면을 적용하였으나 이후 감면세액을 배제하는 수정신고를 하고 법인세 OOO원을 추가 납부하였으며, 2017사업연도 법인세 신고시에는 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하였다.

(2) 「조세특례제한법」 제7조 제1항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 있는 “대통령령으로 정하는 소기업”에 대해서는 「조세특례제한법 시행령」 제6조 제5항에서 규정하고 있는데, 동 규정을 의료기기제조업을 영위하는 청구법인에 적용하여 보면, 종전 조특법 시행령 제6조 제5항(매출액 OOO억원 미만, 근로자수 100명 미만)이 적용되는 2015사업연도에 청구법인은 매출액 OOO억원, 근로자수 24명이고, 개정 조특법 시행령 제6조 제5항(매출액 OOO억원 이하, 근로자수 기준 삭제)이 적용되는 2016사업연도 및 2017사업연도에 청구법인 매출액은 OOO억원 및 OOO억원으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

청구법인은 개정 조특법 시행령에 대한 부칙 제22조 “개정법률 시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업”에서 “시행 당시”를 2016.1.1.로 보아야 하고, 이 경우 2016.1.1. 당시에는 2016년의 매출액이 아직 확정되지 아니하였기에 2015년 매출액을 기준으로 소기업 여부를 판단하여야 한다고 주장하나,

기업의 소득세 및 법인세는 해당 과세기간의 매출액 등을 기준으로 하여 적용하고, 개정법률의 시행일인 2016.1.1. 현재의 기업의 지위는 2016.1.1.이 속하는 과세기간에는 동일하게 적용되는 것이므로 개정 조특법 시행령 부칙 제22조의 “시행 당시”의 기업의 지위는 2016.1.1.이 속하는 과세기간의 매출액 등을 기준으로 결정됨이 타당해 보이는 점,

조세법의 입법취지는 과세기간이 되는 해당 사업연도의 종료일을 기준으로 과세표준의 크기를 확정하여 적정한 세액을 산출하기 위함인데 2016.1.1. 시점에 매출액이 확정되지 않아 불가피하게 2015년 매출액을 기준으로 소기업 해당여부를 살펴야 한다고 판단할 법적 근거가 없는 점,

부칙 규정 중 개정규정의 적용방법에 관하여 규정하는 ‘적용례’와는 달리, ‘경과규정’은 법령 개정 과정에서 발생할 수 있는 법적 불안정 및 기존 납세자 이익의 침해 등을 방지하기 위하여 종전규정의 과도기적인 적용 방법에 대한 내용을 담고 있는 규정인바, 청구법인이 2016년에 기존 이익이 침해되는지 여부는 2016사업연도에 대해 종전규정을 적용하였을 경우 소기업 혜택을 누릴 수 있었는지 여부로 판단함이 타당하며, 만일 청구주장처럼 2015년 기준으로 판단할 경우에는 이미 2015사업연도에 소기업의 이익을 향유한 사업자에 대하여 법령 개정에도 불구하고 추가적으로 향후 4년간 조세특례의 이익을 보장해주게 되어 경과규정의 취지에 부합하지 아니한 점,

본법인 「조세특례제한법 시행령」 제6조 제5항은 종전규정이나 개정규정 모두 일정 규모를 초과하면 별도의 유예기간 없이 바로 소기업에서 제외하고 있음을 감안하면, 개정규정의 구체적인 적용방법을 정하였을 뿐인 경과조치가 본법을 압도하여 본법에서 규정하지 아니한 4년의 유예기간이 발생한다고 보기 어려운 점,

청구주장에 따를 경우 2015.12.31. 이전에 소기업이었던 법인은 2016.1.1. 이후 중기업으로 성장하더라도 무조건 4년의 유예기간이 적용되어 2019사업연도까지 과도한 조세혜택을 누리게 되는 반면, 2015.12.31. 이전에 중기업이었다가 2016사업연도에 종전규정에 의한 소기업에 해당하는 다른 법인들에게는 조세혜택이 과도하게 제한되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.