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1. 처분개요
가. 청구인은 2003.6.7. OOO 답 1,071㎡(2002.11.20. 토지거래계약 허가구역으로 지정된 토지이며, 이하 “종전농지”라 한다)를 취득하고, 2007.2.12. OOO 외 5필지 답 4,825㎡(이하 “신규1농지”라 한다)를, 2008.6.12. 같은 리 414 외 4필지 답 4,493㎡(이하 “신규2농지”라 한다)를 각 취득하였으며, 2007.5.17. 종전농지 중 509㎡를, 2016.2.26. 종전농지 중 잔여지분(562㎡)을 각 양도하였다.
나. 청구인은 2016.4.30. 종전농지를 8년 자경 감면대상(종전농지 전체를 2016.2.26. 양도한 것으로 신고함)으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였다가, 2016.6.30. ① 종전농지 중 509㎡를 농지대토 감면대상(양도일을 토지거래계약 허가구역 해제일인 2009.1.30., 대토농지를 신규2농지로 신고함)으로, ② 잔여지분을 8년자경 감면대상으로 하여 양도소득세를 수정신고·납부하였다.
다. 처분청은 양도소득세 조사결과, ① 대토농지 감면신청의 경우, 청구인이 종전농지(509㎡)를 3년 이상 자경한 사실이 확인되지 아니하고 대토농지(신규2농지) 또한 종전농지 양도일(2007.5.17.)부터 1년 이내에 취득하지 아니하였다는 이유로, ② 8년자경 감면신청의 경우, 종전농지(잔여지분) 양도일(2016.2.26.)이 주거지역 편입일(2011.7.14.)부터 3년이 지났다는 이유로 각각 부인하고 2017.5.30. 청구인에게 양도소득세 2007년 귀속분 OOO원을 경정·고지하였다.
라. 청구인은 대토농지 감면 부인 건에 불복하여 2017.8.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
청구인은 2003.6.7.부터 종전농지 소재지에서 거주하며 동 농지를 직접 경작하다가 2007.2.12. 신규1농지를 취득하고 그로부터 1년 이내인 2007.5.17. 종전농지 중 509㎡를 양도하였다. 비록, 청구인이 종전농지(509㎡)의 양도일을 토지거래 허가일인 2009.1.30.로 오인하여 신규2농지를 대토농지로 신고한 잘못은 있으나, 신고하지 않은 신규1농지가 그 요건을 충족하므로 감면을 부인하고 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
청구인은 종전농지(509㎡)를 2007.5.17. 양도하고 신규2농지를 대토농지로 하여 감면신청을 하였는바 신규2농지는 종전농지 양도 후 1년이 지난 2008.6.12. 취득한 것이므로 대토농지로서의 요건을 충족하지 못하고, 설령 청구인의 주장과 같이 신규1농지를 대토농지로 인정하더라도 청구인이 종전농지를 3년 이상 직접 경작하였음이 확인되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
농지대토에 대한 감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제70조(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토(代土)로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역
② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.
③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득한 후 계속하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것
2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1이상일 것
나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1이상일 것
⑦ 법 제70조 제3항의 규정에 따라 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 종전농지 중 509㎡를 2007.5.17. OOO 주식회사에게 양도하였으나, 동 토지가 토지거래계약 허가구역으로 지정되어 있어 토지거래에 대한 등기 접수 및 양도소득세 신고를 하지 못하다가, 2016.2.26. 잔여지분(562㎡)을 양도하고 종전농지 전체를 8년 자경감면 대상으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
(2) 그 후, 청구인은 종전농지 중 509㎡의 양도일을 토지거래 허가일인 2009.1.30.로 보아 신규2농지를 대토농지로 하여 대토농지 감면신청을 하고, 잔여지분을 8년자경 감면대상으로 하여 양도소득세를 수정신고하였다.
(3) 처분청은 양도소득세 조사결과, 청구인이 부당하게 대토농지 및 8년자경 감면을 신청한 것으로 보고 이를 각각 부인하여 이 건 양도소득세(2건)를 부과하였는바, 조사내용은 다음과 같다.
(가) 대토 감면대상 여부
청구인은 종전농지 중 509㎡를 양도하고 신규2농지를 대토농지로 하여 대토감면 신청을 하였는바, 종전농지(509㎡)의 양도일은 대금청산일인 2007.5.17.이고 신규2농지는 그로부터 1년이 지난 2008.6.12. 취득한 것이므로 대토감면 요건을 충족하지 못한다.
(나) 종전농지 자경 여부
1) 청구인은 토지거래계약 허가구역내 토지인 종전농지(답 1,071㎡)를 2003.6.7. 취득하였는바, 동 농지는 청구인의 생활 근거지인 OOO와 직선거리 17.29km에 위치하고 있어 투자목적의 부동산으로 판단된다.
2) 종전농지(509㎡) 양도와 관련하여, 청구인에게 2003～2007년 기간에 동 농지를 직접 경작한 사실을 입증할 만한 증빙의 제출을 요구하였으나 농지원부(농업인 : 남편 OOO, 세대원 : 청구인 외 5인) 외에는 다른 증빙을 제출하지 못하고 있으므로 청구인이 종전농지를 직접 경작한 것으로 볼 수 없다.
3) 또한, 종전농지의 잔여지분(562㎡)은 2011.7.14. OOO 도시개발사업의 주거지역에 편입되었고, 양도일 현재 주거지역에 편입된 지 3년이 지났으므로 8년자경 감면대상에 해당하지 아니한다.
(4) 청구인은 다음과 같은 이유에서 처분청이 대토농지 감면신청을 부인하고 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장한다.
(가) 「조세특례제한법」상 감면에는 ① “감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”는 형식과 ② “감면을 받고자 하는 자는 그 감면신청을 하여야 한다”는 형식이 존재하는바, ①은 신청이 없으면 감면이 허용되지 아니하는 경우(신청감면)이고, ②는 조세행정에 대한 협력절차에 불과하여 실체적 감면 요건만 충족되면 감면이 허용되는 경우(당연감면)이다. 「조세특례제한법」 제70조 제3항은 그 형식을 보면 당연감면에 해당하므로 비록 청구인이 대토농지를 잘못 신고하였다 하더라도 감면요건이 충족되면 당연히 감면이 허용되어야 한다. 무신고의 경우 감면이 허용된다면 착오신고의 경우에도 당연히 감면이 허용되어야 한다.
(나) 청구인은 1990년 배우자와 함께 OOO으로 이사한 후현재까지 OOO에서 거주하고 있으며, 종전농지 외에도 다수의 농지에서 농사를 짓고 있는 전업농민이다.
(다) 「조세특례제한법 시행령」 제67조 제1항에 따르면, 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 받을 수 있는 농지소재지에 거주하는 거주자란 해당 농지와 연접한 시·군·구 안의 지역에 거주하는 자를 말하는바, 현재는 직선거리 30㎞로 규정되어 있지만, 종전농지 양도시점에는 해당 농지와 연접한 시·군·구 안의 지역에 거주하는 자로 되어 있을 뿐 거리규정은 없었다. 청구인은 종전농지 소재지인 OOO와 연접한 OOO에서 거주하고 있었으므로 거주요건을 충족한다.
(라) 처분청은 청구인이 농지원부 외에 다른 증빙을 제출하지 아니하였다는 이유로 청구인의 경작사실을 부인하였으나, OOO이 발행한 농지원부에는 청구인이 종전농지를 자경한 것으로 기록되어 있는바 농지원부는 특별한 사정이 없는 한 그 내용대로 작성되었다고 추정되므로 그 내용이 사실과 다르다는 사실은 그와 같이 주장하는 처분청이 입증하여야 할 것이다.
(마) 청구인이 세무조사시 자경증빙을 제출하지 못한 것은 정확히 무엇을 제출해야 하는지 몰라서 그랬던 것뿐이고, 아래와 같이 심판청구후 추가 제출한 자료를 보더라도 청구인이 종전농지를 직접 경작하였음을 알 수 있다.
1) 조합원 증명서 : 청구인 부부는 전업농민으로서 남편은 1998.1.1., 청구인은 2005.12.30. OOO의 조합원이 되었는바, 이는 당초 부부 중 한 명만 가입대상이 되는 줄 알았다가 이후 각자 가입할 수 있다는 사실을 알았기 때문이다.
2) 농가재 구입내역 : OOO에서 현재 보관하고 있는 자료는 2006년 이후 것뿐이고, 그것에 의하면 청구인이 2006.1.27.～2007.5.16. 기간에 유류 6회 및 비료 1회를 구입한 것으로 확인된다.
3) 쌀직불금 대상자 사업이력(OOO 행정8급 OOO 확인) : 청구인이 2005년부터 쌀직불금을 수령하였음을 알 수 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 대토농지로서 신고한 신규2농지는 종전농지 양도 후 1년이 지나 취득한 것이므로 대토농지로서의 요건을 충족하지 못하고, 설령 신규1농지가 대토농지로서의 요건을 충족하더라도 청구인이 종전농지를 3년 이상 직접 경작한 사실이 확인되지 아니하므로 대토농지 감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 「조세특례제한법」 제70조 제3항은 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다고 되어 있는바 동 규정은 그 형식에 비추어 양도인으로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 제출하도록 협력의무를 부과한 것으로 보이므로 같은 조 제1항에 따라 그 감면요건이 충족되면 감면신청을 하지 않은 경우에도 감면을 적용함이 합리적이라고 할 것인바, 심리자료에 의하면 청구인이 토지거래계약 허가구역내 토지인 종전농지(509㎡)의 양도시기를 토지거래허가일(2009.1.30.)로 오인하여 신규2농지를 대토농지로 하여 감면신청을 하였으나 양도시기는 대금청산일인 2007.5.17.이므로 신규1농지가 대토농지로서의 요건을 충족하고, 심판청구 후 추가제출된 증빙에 의하면 청구인이 전업농민으로서 남편과 함께 종전농지를 3년 이상 직접 경작한 것으로 보이므로 청구인의 종전농지(509㎡) 양도에 대하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
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