[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가. 청구법인은 2010.6.30.부터 정유사의 해상유대리점으로부터 선박연료유 운송의뢰를 받고, 자선(제2보원호) 및 용선(제1세종호)을 이용하여 정박중인 외항선에 해상유류 운송(일명 벙커선)을 영위하는 사업자로 2010년 제2기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 과세표준 합계 OOO원으로, 2010～2014사업연도 법인세 수입금액 합계 OOO원으로 하여 제세 신고를 하였다.

 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.12.23.부터 2016.5.3.까지 청구법인에 대한 거래질서 관련 법인세 통합조사를 실시하여 2010년부터 2014년까지 유류를 납품하는 과정에서 유류 3,763,100ℓ(공급가액 합계 OOO원 상당)을 취득하고, 미등록 판매상인 황OOO·황OOO 등에게 2,614,761ℓ(공급가액 합계 OOO원 상당)을 무자료로 판매하였다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.5.13. 청구법인에게 별지 <표> 기재와 같이 부가가치세 합계 OOO원 및 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

  (1) 우리나라의 급유선업계는 급유선업체의 난립과 과다경쟁 등으로 경영환경이 매우 열악한 상태이다.

   (가) 선박급유업은 1997년 10월에 허가제에서 등록제로 바뀌었고, 1995년 5월에 선박급유업의 자본금을 OOO원에서 OOO원으로 등록기준을 완화하였으며, 2003년 5월에 선박 총톤수가 400톤에서 100톤으로 등록기준이 대폭 완화됨에 따라 선박급유업체가 난립하여 2013년 기준으로 선박급유업체는 총 418개이고, 등록선박수는 총 510척에 이르러 과당경쟁이 심화되었다.

   이와 같은 선박급유업체의 난립과 과당경쟁으로 선박급유업체의 2013년도 재무비율분석결과에 의하면 매출액증가율 0.1%, 매출액영업이익률 마이너스 10.47% 이상, 부채비율 820%, 선박회전율 47%, 선박투자효율 23%로 매우 열악한 상황임을 보여주고 있으며 부산광역시의 경우는 그 정도가 매우 심하다.

   (나) 일반적으로 외항선에 대한 급유경로를 보면 외항선으로부터 발주가 들어오면 정유사↦해상급유대리점↦급유선↦외항선급유의 단계를 거치는데, 정유사는 권역별 선박연료유 수송 급유를 위해 저유시설까지 운송하는 1년 단위의 대리점 계약을 체결하고, 이후 운송 및 계약 물량에 따라 월단위로 운송료가 포함된 용역비를 해상급유대리점에게 지급한다. 하지만 선박유를 운송하는 선박운영비(인건비, 유류비 등)은 지난 20년간 최소 2∼3배 증가하였음에도 불구하고, 운송료를 포함한 용역비는 과당경쟁으로 거의 증가하지 아니하였다. 정유사와 마찬가지로 해상급유대리점도 급유선 선주와 1년 단위의 급유선 용선계약을 체결하고 운송물량에 따라 월단위로 운송료를 선주에게 지급하는데 정유사로부터 떠안은 부당한 계약조건을 급유선 선주에게 일방적으로 모두 떠넘기는데 급유선업체의 난립과 과당경쟁으로 급유선 선주들은 이 같은 계약조건을 울며 겨자먹기로 받아들이지 않을 수 없게 된다.

   쉽게 설명하면 이 사건 제2보원호의 경우 549톤급의 급유선으로서는 중대형급이라고 할 수 있는데 제2보원호의 경우 월 OOO원 정도의 운송료를 대리점에서 받는데 선원들 인건비, 연료비, 선박수리비 등 운영비는 월 OOO원 이상 나오게 되어 있어서 정상적으로 운영하면 계속 적자로 운영할 수 밖에 없는 것이 현 실태이다. 더구나 급유선의 운송과 급유작업에서 발생하는 환경오염 등의 문제는 모두 선박급유업체에게 떠넘기고, 관계법령이나 정유사에서 요구하는 이중선체 변경까지 요구하여 그 비용까지 선박급유업체에서 부담하여야 하는 매우 열악한 상황에 선박급유업체가 놓여 있다.

   (다) 이와 같은 상황에서 정상적으로 면세유가 아닌 기름을 매입하여 연료로 사용하면 선박급유업체는 도저히 수지를 맞출 수가 없어서 뒤에서 설명하듯이 본선에 선박급유를 하고 불가피하게 남을 수 밖에 없고 국제적으로 허용하는 오차범위인 0.3% 내외의 잔존유(Dead Oil)를 모으거나 본선으로부터 일부 기름을 매입하여 급유선의 연료로 사용하거나 이를 일부 유통하는 것은 청구법인만이 아닌 거의 모든 선박급유업체가 수지타산을 맞추기 위해서 하고 있는 암묵적인 업계의 관행이다.

   (라) 이와 같이 열악한 급유선 업계의 형편에 급유선 선주들이 도저히 참을 수 없게 된 데다가 청구법인 등에 대해 형사기소가 이루어지자 2015.6.5. 급유선 선주들이 단체행동에 들어가 동맹휴업을 결의하고 항만기간산업인 급유업이 중단되는 중대사태가 발생하였고, 해양수산부장관의 주재하에 급유선선주협회와 4대 정유사간에 협상이 개시되었고 이례적으로 운송료가 2016년 3월 기준으로 최소 47% 이상 최대 65% 인상하기로 합의된 바도 있다.

  이처럼 많은 폭의 운송료 인상이 합의된 것은 그만큼 과거의 운송료 수준이 낮은 것을 방증하는 것인데 이마저도 현 운송실태에 비하면 한참 모자라는 수준으로 급유선 업계의 어려운 현 실태이다.

  (2) 어려운 급유선 업계의 형편상 잔존유(Dead Oil) 중 일부는 급유선의 연료로 사용하기도 하고 때로는 이를 업자에게 파는 등의 방법으로 처리하고 있는바, 잔존유(Dead Oil)의 처리에 대하여 국가적으로 합리적인 처리방안을 마련하지 않고 있으면서 유독 청구법인에 대하여만 이를 과세의 근거로 삼는 것은 부당하다.

   (가) 청구법인의 제2보원호는 기름탱크 8개 총용량 1,250k 를 급유할 수 있는 선박이고, 제1세종호는 기름탱크 10개 총용량 850k 를 급유할 수 있는 선박이고, 외항선에 대하여 1회에 급유하는 기름은 통상 800k 에서 1,000k 정도이다.

   이렇게 대용량의 급유를 하다보면 호수를 통해서 빨려 들어가지 않은 기름 일부가 기름탱크의 내벽을 타고 흘러내려 기름탱크 바닥에 일부 남아있기도 하고, 호수를 통한 기름급유를 완벽하게 하기 위해 호수를 통해 공기압을 가하는 Air Blow를 하기도 하는데 Air Blow가 제대로 안되면 호수를 타고 기름이 내려와 기름탱크 바닥에 일부 남아 있게 되는 잔존유(Dead Oil)가 발생한다.

   이들 잔존유(Dead Oil) 문제로 인해 국제적으로도 급유량의 0.3% 정도의 오차범위 내에서는 이를 인정해주고 급유가 완료된 것으로 평가해주는 것이 상관례라고 할 수 있다.

   (나) 이처럼 잔존유(Dead Oil)는 자연적으로 발생할 수밖에 없는데 외항선에서는 급유가 완료된 것으로 처리되고 이에 대해 정유사에서 받아 주는 것도 아니며 이를 받아주는 시스템은 아직 마련되어 있지 아니하여, 굳이 처리한다면 폐유로 처리해야 되는데 연료로 쓸 수 있는 기름을 폐유로 처리한다는 것도 경제적이지 않다.

  (3) 처분청 의견에 대한 청구법인의 세부주장은 다음과 같다.

   (가) 처분청은 무자료매출액에 대하여 과세를 하면서 부가가치세 매출액(과세표준)과 법인세 매출액(수입금액)이 아래 <표1>과 같이 합계 OOO원이나 차이가 나므로 납세자에게 유리한 법인세 산정시 인정한 무자료 매출액으로 부가가치세를 과세하여야 한다.

<표1> 무자료 매출액 산정내역

(단위 :원)

   (나) 조사청은 소매급유업자에게 2013년～2014년 조사시 무자료매입액에 대해서는 매출원가율을 68%로 인정하여 과세하였고 또 앞으로도 그렇게 하겠다는 내용의 공문서를 송부하였고, 이는 앞서 설명한 바와 같이 급유선업계의 OOO 형편상 불가피하게 잔존유(Dead Oil)나 사입류의 처리문제가 발생하는바, 이를 암묵적으로 인정하여 과세시 고려하겠다는 것이다.

   그렇다면 청구법인에 대한 과세에 있어서도 매출원가율을 68%로 인정하고 부가가치세와 법인세를 산정하여야 신뢰보호의 원칙에 맞는다고 할 것이다.

 나. 처분청 의견

  (1) 조사청의 조사결과 청구법인은 운송선박의 연료로 불법취득한 벙커유를 직접사용하고 선박발전기에 필요한 경유는 벙커유와 경유를 2.5 : 1의 비율로 중간판매상 황OOO와 물물교환하여 사용한 사실을 청구법인의 실질대표자 임OOO의 진술에 의하여 확인하였다.

   청구법인에 대한 부가가치세 결정시 매출액과 법인세 결정시 수입금액과의차이OOO원이 발생한 이유는 이렇게 벙커유와 물물교환하여 사용한 발전기용 연료인 경유 매입에 따른 것으로, 「부가가치세법」상 물물교환도 과세거래에 해당되기 때문에 부가가치세 경정시에는 매출액에 포함하여 결정하고, 법인세 경정시에는 수입금액을 제외하여 결정하였기 때문에 발생한 차이로 차이 세부내역은 아래 <표2>와 같다

<표2> 부가가치세 과세표준과 법인세 수입금액의 차이내역

(단위 : 리터, 천원, 공급가액)

    주) 부가가치세 경정 매출액 : ①+②,

        법인세 경정 수입금액 : ②

   따라서 청구법인의 부가가치세 결정 매출액과 법인세 결정 수입금액에 차이가 있으므로 법인세 수입금액을 부가가치세 매출액으로 보아 결정하여 달라는 청구는 이유 없다.

  (2) 불법해상유의 유통흐름은 ① 벙커선 ⇒ ② 중간판매업자(1단계 이상) ⇒ ③ 소매판매상 ⇒ ④ 해운업체로 다단계로 구성되는데, 불법해상유의 최초발생단계인 벙커선에서 판매된 불법해상유는 매입 비용이 전혀 발생하지 않는 잔유(데드오일)와 외항선 선원들로부터 저렴하게 현금구입한 유류로 구성되는 반면 소매판매업자의 경우는 벙커선과 중간판매상들의 이익이 포함된 유류매입가격이 매출원가를 구성하게 된다.

   따라서 벙커선과 소매판매업자의 원가율을 일률적으로 동일하게 적용하는 것은 실질과세에 어긋나고, 청구법인의 매출액 및 매출원가의 결정은 일반적인 추계가 아닌 청구법인의 실운영자 임OOO의 진술내용과 제2보원호, 제1세종호의 유류운반기록 및 제2보원호의 선원이 직접 작성한 연료기록일지, 검찰수사기록 등을 근거로 가장 합리적인 방법으로 산정한 것으로 청구법인의 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  ① 부가가치세 과세표준 산정이 적정한지 여부

  ② 법인세 각사업연도 소득금액 산정시 OOO지방국세청장이 소매해상유 판매업자의 무자료 매입액에 대하여 안내한 매출원가율 68%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

 나. 관련 법령

  (1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제1조(과세대상) ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

 1. 재화 또는 용역의 공급

② 제1항에서 재화 란 재산 가치가 있는 모든 유체물(有體物)과 무체물(無體物)을 말한다.

   제6조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기나 그 사용인의 개인적인 목적 또는 그 밖의 목적으로 사용·소비하거나, 자기의 고객이나 불특정 다수인에게 증여(贈與)하는 경우 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

④ 사업자가 사업을 폐업하는 경우 남아 있는 재화(제17조 제2항 각 호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화는 제외하고, 제6항 제2호에 따른 사업양도에 의하여 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 제17조 제1항 각 호의 세액을 공제받은 재화를 포함한다)는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서에 따라 등록한 경우 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

 1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

 3. 법률에 따라 조세를 물납(物納)하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

⑦ 제1항에 따른 재화의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (2) 법인세법 제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

 1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

  (3) 법인세법 시행령 제104조(추계결정 및 경정) ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

 2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

 3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

 1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

 가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

 나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

 다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청이 제출한 심리자료 등에는 아래와 같은 사실이 나타난다.

   (가) 청구법인은 해상유류 판매업계에서 근무하던 임OOO이 설립한 법인으로, 대표이사가 2011.9.28. 정OOO에서 임OOO의 배우자 유OOO로 변경되어 운영중이다.

   (나) 부산지방검찰청 동부지청의 수사기록 및 남부경찰서의 수사기록 및 임OOO의 진술내용 등을 통하여 사업자등록상 청구법인의 대표자가 유OOO로 되어 있으나 불법해상류 유통을 실질적으로 주도한 자는 임OOO으로 확인된다.

   (다) 청구법인의 무자료 벙커유 매입량은 아래 <표3>과 같으며, 잔유량은 선박 대 선박 유류운송과정에서 물리적 한계로 유류저장 탱크바닥이나 급유호스 등에 필연적으로 발생하는 유류를, 매입량은 급유시 본선 선장이나 기관장으로부터 현금으로 구입하는 유류로 거래시 마다 가격차이는 있으나 청구법인의 판매가격의 50% 수준(해운조합 고시가격기준 17.5%)에서 매입하는 유류를, 절취량은 운송중에 불법으로 절취한 유류를 의미한다.

<표3> 무자료매입 내역

(단위 : ℓ, 천원, 공급대가)

    주) 매입액 : 무자료 매입액은 잔유량과 절취량을 제외한 매입량에대하여만 월별 해운조합 고시가격(세전가격)의 17.5% 적용하여 산정

   (라) 무자료 매출량은 검찰수사기록상 확인되는 자가 연료사용량을 제외한 수량은 매출량으로 확정하고, 매출액은 거래일자별 편차는 있으나 평균적으로 해상유 기준가격인 해운조합고시가격의 35% 수준에서 거래된 것으로 보아 이를 적용하여 아래 <표4>와 같이 산정하였다.

<표4> 무자료매출 내역

(단위 : ℓ, 천원, 공급가액)

    주1)연료사용량 : 검찰수사시 확보한 제2보원호 자가사용 벙커유 사용량

    주2) 매출량 : 매출량에는 제2보원호 연료로 사용한 MGO(해상경유)와 벙커유 물물교환 수량 649,175ℓ 포함

    주3) 매출액 : 매출액 산정시 월별 해운조합 고시가격의 35% 적용

   (마) 청구법인은 제2보원호의 연료 등에 필요한 경유는 무자료매입한 벙커유와 교환으로 취득하였는바, 벙커유와 경유의 교환비율은 2.5대 1로 중간판매상 황OOO와 교환으로 취득하였고, 그 세부내역은 앞 <표2>와 같다.

   (바) 조사청은 청구법인의 벙커유 무자료매입과 무자료매출 등에 대하여는 제세 과세하고, 청구법인과 실질대표자 임OOO에 대하여는「조세범처벌법」 제4조 3항 및 같은 법 제10조 제1항 및 제2항 위반으로, 무등록 해상유 판매상인 황OOO, 황OOO에 대하여는「조세범처벌법」제10조 제1항 및 제2항 위반으로 관계기간에 고발조치하였다.

  (2) 청구법인의 제시증빙은 다음과 같다.

   (가) 문OOO(OOO 회장)에 대한 증인신문 녹취서(2016.4.14.)에는 “선박급유업은 1997년 7월경에 허가제에서 등록제로, 1995년 5월경 자본금을 OOO원에서 OOO원으로, 2003년 5월경 선박 총톤수도 400톤에서 100톤으로 등록요건도 완화됨에 따라 선박급유업체가 난립하여 과당경쟁이 생기게 되었을 뿐만 아니라 선진국에서는 1.5%의 잔존유를 인정해 주나 우리나라는 이를 인정하여 주지도 아니한다. 잔존유를 급유선선주들이 음성적으로 판매하게 하는 것이 아니라 환경관리공단에서 받아주는 시스템을 만들어 달라고 정부에 건의를 하고 있다.”라는 내용이 나타난다.

   (나) 조사청의 해상유 판매업자에게 보낸 안내문(2015년 3월)에는 “조사청에서는 해상유 판매업체에 대하여 성실신고 권장과 지하경제 양성화의 일환으로 사전 성실신고 안내를 실시하고 있다. 신고시 유의할 사항은 신고원가율에 대하여는 적정여부를 반드시 검토할 예정(참고사항 : 2013～2014년 조사시 확인된 매출원가율 평균 68% 수준임)이므로 불성실하게 신고할 경우에는 사후검증 등을 통하여 조사대상자 선정 등 불이익을 받을 수 있다”라는 내용이 나타난다.

  (3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 부가가치세 과세표준을 법인세 경정수입금액으로 하여야 한다고 주장하나,「부가가치세법」제6조에 따른 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것이므로 청구법인의 운송선박 연료인 경유를 취득하기 위하여 그 대가로 무자료로 매입한 벙커유를 인도한 것은 부가가치세 과세대상이고, 법인세 경정수입금액에는 경유를 매입하기 위하여 인도한 벙커유가 제외되었으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  (4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 매출원가율 68%를 적용하여 추계의 방법으로 법인세 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다고 주장하나,「법인세법」상 과세표준과 세액을 경정함에 있어서 원칙적으로 장부 기타 증빙서류를 근거로 계산하되 부득이한 경우에 추계의 방법에 의하는 것인바, 청구법인의 소득금액을 장부 기타 증빙서류를 근거로 계산이 가능하여 추계결정의 적용대상이 아니므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.