[주    문]

심판청구를 기각한다.

[이    유]

1. 처분개요

 가. 청구법인은「산업안전보건법」상 보건관리자를 전임으로 선임하지 못하는 OOO를 위탁받아 대행하는 OOO 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)에 대하여 부가가치세 면제대상으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았다.

 나. 처분청은 쟁점용역이 「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건용역으로 열거되지 아니하여 부가가치세 과세대상으로 보아, 2014.12.5. 청구법인에게 부가가치세 2009년 제2기분OOO, 2012년 제1기분OOO원을 각 경정·고지하였다.

 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.23. 이의신청을 거쳐 2015.7.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 가. 청구법인 주장

  (1) 「부가가치세법」 제12조 제1항 제5호에는 의료보건 용역으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제29조 제1호에는 의료보건 용역의 범위에 대하여「의료법」에 따른 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역으로 「의료법」 또는「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는것을 포함한다고 규정하고 있다. 「부가가치세법」상 면세사업 해석의 기본원칙은 「의료법」에 따른 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역은 면세대상임을 알 수 있고, 동 규정에 따르면, 의사나 간호사가 제공하는 용역이면 면세인 것이지 반드시 의료기관 또는 동물병원을 개설하는 것으로 제한을 하고 있지 않으므로, OOO 대행이 「의료법」에 의한 의사나 간호사가 제공하는 용역의 범위에 해당하는지 여부가 면세여부를 판단하는 준거라 할 수 있다. 

   「산업안전보건법」 제17조에는 사업주는 근로자의 건강관리나 그 밖의 보건관리자의 업무를 지도하기 위하여 사업장에 산업보건의를 두어야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제21조에는 산업보건의의 자격을 「의료법」에 의한 의사로 한정하고 있으며, 더하여 작업환경의학과 전문의, 예장의학 전문의 또는 산업보건에 관한 학식과 경험이 있는 사람으로 하여 의사의 자격 뿐만 아니라 산업현장에 대한 학식과 경험을 추가로 요구하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제22조에는산업보건의의 주요 직무내용은 건강진단 검토, 근로자의 건강보호 조치, 건강장애의 원인 조사 등 의학적 조치, 근로자의 건강유지 및 증진을 위한 의학적 조치 등을 주요 직무로 규정하고 있고, 보건관리전문기관은 「산업안전보건법 시행규칙」 별지 표6에서 정하는 바와 같이 의사 1명 이상, 의료법에 의한 간호사 2명 이상 등의 기준을 설정하고 있다.

   OOO은 「의료법」에 의한 의사와 간호사로 구성될 뿐만 아니라 산업보건의로서 근로자의 건강 예방과 증진 그리고 의학적 조치를 그 주목적으로 하고 있으므로, 「의료법」상 의료인의 범위에 산업보건의가 포함되는 것은 당연한 것이다.

   따라서, 청구법인이 OOO용역은 「의료법」에 의한 의사와 간호사의 업무와 일치하고, 청구법인에 정규직으로 의사와 간호사가 고용되어 수행한 쟁점용역OOO은 부가가치세 면제대상 용역이 분명하다.

  (2)청구법인은 1999.1.29. 이후 지속적으로 수행해 온 쟁점용역이 추호의 의심도 없이 부가가치세 면제용역으로 보아 왔고, 2014년까지 과세당국 또한 단 한 번도 면세가 아니라는 통지를 하거나 결정한 바가 없다.

   처분청이 과세근거로 제시하고 있는 국세청 유권해석(법규부가2009-73, 2009.3.31.)은 「산업안전보건법」에 따라 OOO으로 지정된 법인이 제공하는 보건관리업무의 대행용역은 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 아니하다는 해석을 근거로 하고 있는데, 동 유권해석은 법령에서 명백하게 의료보건요역임이 확인됨에도 불구하고 잘못 해석한 것이므로 이는 분명히 변경되어야 한다.

   이에 대하여 국세청이 운영하는 법령의 해석 세부집행기준 중 「부가가치세 집행기준」 26-35-2(면세 대상인 의료보건용역에 해당하지 아니하는 사례) 제1항에는 「의료법」에 따른 면허나 자격이 없는 자가 제공하거나 「의료법」상의 업무 범위를 벗어나서 제공하는 의료용역은 면세대상에 해당하지 아니한다고 해석하고 있다. 동 해석기준에 따르면, 「의료법」에 따른 면허나 자격이 없는 자가 제공하는 의료용역이나 「의료법」상의 업무범위를 벗어나서 제공하는 의료용역에 한하여 면세 적용을 배제하는 것으로 해석된다. 즉,「의료법」에 따른 면허소지자인 의사나 간호사가 제공하는 OOO을 「의료법」상의 업무 범위를 벗어난 경우에 한하여 면세적용을 배제해야 할 것이다.

   한편, 국세청은 법령해석 세부집행기준을 2010.12.14. 마련하여 공시하였으므로, 기존의 국세청 유권해석(법규부가2009-73, 2009.3.31.)은 이미 폐지된 것이다.

  (3) 특별히 「부가가치세법 시행령」 제29조 제12호에서 「산업안전보건법」 제42조의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역에 대하여 면세하는 규정을 두고 있다.

   이는 작업환경측정용역이 의료인이 아닌 산업보건기사 등이 수행하는 업무로써 의료용역에 유사하고 근로자 건강증진에 도움이 되는 유해환경 측정업무이기 때문에 「의료법」에 의한 의료용역이 아님에도 특별히 면세하는 규정이다.

   그런데, 엄연히 「의료법」에 의한 의료 행위의 일부인 OOO은 의료행위인 까닭에 특별히 면세규정을 두지 아니한 것이므로 처분청이 쟁점용역을 부가가치세 면제대상이 아니라고 보아 이 건 부과처분은 전액 취소되어야 한다.

 나. 처분청 의견

  (1) 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 특히 부가가치세 면제 규정과 같은 규정은 과세 사업과의 형평에 맞게 엄격하게 해석(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임)하여야 하므로, 의료보건 용역으로 부가가치세 면제의 범위를 규정한 「부가가치세법 시행령」 제29조에 열거되지 아니한 보건관리업무의 대행용역은 부가가치세 면제용역에 해당하지 아니한다.

  (2) 청구법인은 OOO으로 지정된 법인이 제공하는 보건관리업무는 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 않는다는 국세청 유권해석(법규부가 2009-73, 2009.3.31.)은 법령해석 세부집행기준 12-29-2(현재 26-35-2)이 2010.12.14. 마련되어 공시되었으므로 폐지되었다고 주장하나, 「부가가치세 세부집행기준」 19-29-2는 면세대상인 의료보건용역에 해당하지 아니하는 사례를 예시한 것에 불과하고, 국세청 유권해석(부가가치세과-699, 2014.8.12.) 및 기획재정부 유권해석(부가가치세제과-384, 2015.5.29.)에서도 일관되게 보건관리 전문법인이 제공하는 OOO은 부가가치세가 면제되지 아니한 것으로 해석하고 있으므로, 쟁점용역이 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당한다는 청구법인의 주장은 법령을 잘못 해석한 것이다.

  (3) 부가가치세가 면제되는 의료보건용역이란 「의료법」에 규정하는 의사나 의료기관이 공급의 주체가 되어 「의료법」에 따라 제공하는 의료보건용역을 의미하는 것(대법원 2013.5.9. 선고 2011두5834 판결, 같은 뜻임)으로, 청구법인은 「의료법」에 따른 의료기관이 아닌 「산업안전보건법」에 따라 보건관리업무 대행기관으로 지정된 법인이고, 청구법인에 고용된 의사가 제공하는 용역은 「의료법」에 따른 의료인이 직접 제공한 용역이 아닌 보건관리 대행기관이 제공한 대행용역이므로 부가가치세가 면제되는 의료보건용역에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

 가. 쟁 점

 「산업안전보건법」상 OOO으로 지정된 청구법인이 제공한 OOO 대행용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

 나. 관련 법령 등

  (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

   제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

 5.의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서대통령령으로 정하는 것과 혈액

  (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

   제29조【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

 1.「의료법」에 따른의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제41조 제3항에 따라요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

   가. 쌍꺼풀수술

   나. 코성형수술

   다.유방확대·축소술. 다만, 유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다.

   라. 지방흡인술

   마. 주름살제거술

 12. 「산업안전보건법」 제42조의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역

  (3) 의료법

   제2조【의료인】① 이 법에서 “의료인”이란 보건복지부장관의 면허를 받은 의사·치과의사·한의사·조산사 및 간호사를 말한다.

② 의료인은 종별에 따라다음 각 호의 임무를 수행하여 국민보건 향상을 이루고 국민의 건강한 생활 확보에 이바지할 사명을 가진다.

 1.의사는의료와 보건지도를 임무로 한다.

 2. 치과의사는 치과 의료와 구강 보건지도를 임무로 한다.

 3. 한의사는 한방 의료와 한방 보건지도를 임무로 한다.

 4. 조산사는 조산(助産)과 임부(姙婦)·해산부(解産婦)·산욕부(産褥婦) 및 신생아에 대한 보건과 양호지도를 임무로 한다.

 5.간호사는상병자(傷病者)나 해산부의 요양을 위한 간호 또는 진료 보조 및 대통령령으로 정하는 보건활동을 임무로 한다.

  (4) 산업안전보건법

   제16조【보건관리자 등】① 사업주는 사업장에 보건관리자를 두어 제13조 제1항 각 호의 사항 중 보건에 관한 기술적인 사항에 관하여 사업주 또는 관리책임자를 보좌하고 관리감독자에게 조언·지도하는 업무를 수행하게 하여야 한다.

② 관리책임자는 제15조에 따른 안전관리자와 제16조에 따른 보건관리자를 지휘·감독한다.

③ 관리책임자를 두어야 할 사업의 종류·규모, 관리책임자의 자격, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  (5) 산업안전보건법 시행령

   제17조【보건관리자의 업무 등】① 법 제16조 제2항에 따라 보건관리자가 수행하여야 할 업무는 다음 각 호와 같다.

 1. 법 제19조 제1항에 따른 산업안전보건위원회에서 심의·의결한 업무와 안전보건관리규정 및 취업규칙에서 정한 업무

 2. 안전인증대상 기계·기구등과 자율안전확인대상 기계·기구등 중 보건과 관련된 보호구(保護具) 구입 시 적격품 선정에 관한 보좌 및 조언·지도

 3. 법 제41조에 따라 작성된 물질안전보건자료의 게시 또는 비치에 관한 보좌 및 조언·지도

 4. 법 제41조의2에 따른 위험성평가에 관한 보좌 및 조언·지도

 5. 제22조 제1항에 따른 산업보건의의 직무(보건관리자가 별표 6 제1호에 해당하는 사람인 경우로 한정한다)

 6. 해당 사업장 보건교육계획의 수립 및 보건교육 실시에 관한 보좌 및 조언·지도

 7. 해당 사업장의 근로자를 보호하기 위한 다음 각 목의 조치에 해당하는 의료행위(보건관리자가 별표 6 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우로 한정한다)

   가. 외상 등 흔히 볼 수 있는 환자의 치료

   나. 응급처치가 필요한 사람에 대한 처치

   다. 부상·질병의 악화를 방지하기 위한 처치

   라. 건강진단 결과 발견된 질병자의 요양 지도 및 관리

   마. 가목부터 라목까지의 의료행위에 따르는 의약품의 투여

 8. 작업장 내에서 사용되는 전체 환기장치 및 국소 배기장치 등에 관한 설비의 점검과 작업방법의 공학적 개선에 관한 보좌 및 조언·지도

 9. 사업장 순회점검·지도 및 조치의 건의

 10. 산업재해 발생의 원인 조사·분석 및 재발 방지를 위한 기술적 보좌 및 조언·지도

 11.산업재해에 관한 통계의 유지·관리·분석을 위한 보좌 및 조언·지도

 12. 법 또는 법에 따른 명령으로 정한 보건에 관한 사항의 이행에 관한 보좌 및 조언·지도

 13. 업무수행 내용의 기록·유지

 14. 그 밖에 작업관리 및 작업환경관리에 관한 사항

   제18조【보건관리자의 자격】법 제16조 제2항에 따른 보건관리자의 자격은 별표 6과 같다.

   제19조【보건관리 업무의 위탁 등】① 법 제16조 제3항에 따라 보건관리자의 업무를 위탁할 수 있는 보건관리전문기관은 지역별 보건관리전문기관과 업종별·유해인자별 보건관리전문기관으로 구분한다.

② 보건관리자의 업무를 보건관리전문기관에 위탁할 수 있는 사업은 상시 근로자 300명 미만을 사용하는 사업 및 외딴곳으로서 고용노동부장관이 정하는 지역에 소재하는 사업으로 한다.

③ 제1항에 따른 업종별·유해인자별 보건관리전문기관에 보건관리 업무를 위탁할 수 있는 사업의 종류는 고용노동부령으로 정한다.

④ 보건관리 업무의 위탁에 관하여는 제15조 제2항을 준용한다.

   제19조의2【보건관리전문기관의 지정요건】법 제16조 제3항에 따른 보건관리전문기관으로 지정받을 수 있는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 고용노동부령으로 정하는 인력·시설 및 장비를 갖춘 자로 한다. 

 1. 법 제52조의4에 따라 등록한 산업보건지도사

 2. 국가 또는 지방자치단체의 소속 기관

 3. 「의료법」에 따른 종합병원 또는 병원

 4. 「고등교육법」 제2조 제1호부터 제6호까지의 규정에 따른 대학 또는 그 부속기관

 5. 보건관리 업무를 하려는 법인

  제21조【산업보건의의 자격】법 제17조 제2항에 따른 산업보건의의 자격은 「의료법」에 따른 의사로서 직업환경의학과 전문의, 예방의학 전문의 또는 산업보건에 관한 학식과 경험이 있는 사람으로 한다.

   제22조【산업보건의의 직무 등】① 법 제17조 제2항에 따른 산업보건의의 직무 내용은 다음 각 호와 같다.

 1. 법 제43조에 따른 건강진단 결과의 검토 및 그 결과에 따른 작업 배치, 작업 전환 또는 근로시간의 단축 등 근로자의 건강보호 조치

 2. 근로자의 건강장해의 원인 조사와 재발 방지를 위한 의학적 조치

 3. 그 밖에 근로자의 건강 유지 및 증진을 위하여 필요한 의학적 조치에 관하여 고용노동부장관이 정하는 사항

 다. 사실관계 및 판단

  (1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

   (가) 청구법인은 1997.1.29.부터 경기도 OOO을 영위하고 있다.

   (나) 청구법인은 쟁점용역을 부가가치세 면제대상에 포함하여 아래 <표1>과 같이 부가가치세 및 법인세 신고를 하였고, 처분청은 아래 <표2>와 같이 쟁점용역을 부가가치세 과세대상에 포함하여 이 건 부과처분을 하였다.

  (2) 청구법인은 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라고 주장하며, OOO지정서, 청구법인에 소속된 의사 및 간호사들의 명단 및 자격증 사본, 국내수행기관명부(2009년～2013년) 등을 제시하고 있다.

   (가) 중부지방고용노동청장이 발생한 보건관리대행기관지정서(변경)에는 총대행 한계는 사업장 200개소, 근로자 20,000명이고, 대행지역은 OOO 및 그 소속 관할지청 내로 기재되어 있다.

   (나) 청구법인에 소속된 의사 및 간호사들의 명단에는OOO은 2015.2.9. 현재 청구법인에 재직 중으로 나타난다.

  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

   조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 부가가치세 면제 규정과 같은 명백히 특혜규정이라 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임) 할 것이다.

   부가가치세가 면제되는 의료보건용역이란 「의료법」에 규정하는 의사나 의료기관이 공급의 주체가 되어 「의료법」에 따라 제공하는 의료보건용역을 의미하는 것(대법원 2013.5.9. 선고 2011두5834 판결, 같은 뜻임)으로, 청구법인은 「의료법」에 따른 의료기관이 아닌 「산업안전보건법」에 따라 OOO 대행기관으로 지정된 법인이고, 청구법인에 고용된 의사가 제공하는 용역은 「의료법」에 따른 의료인이 직접 제공한 용역이 아닌 보건관리 대행기관이 제공한 대행용역인 점, 「산업안전보건법」 제42조의 규정에 의한 지정측정기관이 공급하는 작업환경측정용역에 대하여는 「부가가치세법 시행령」 제29조에 의거 부가가치세를 면제하고 있으나, 「산업안전보건법」에 따른 보건관리자가 제공하는 용역에 대하여는 별도의 부가가치세 면제규정이 없는 점, 국세청 및 기획재정부는 일관되게 보건관리 전문법인이 제공하는 보건관리용역은 부가가치세가 면제되지 아니하는 것으로 유권해석하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 제공한 보건관리업무 대행용역을 과세대상으로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 의하여 주문과 같이 결정한다.